【ゲノム】スパコンを用いがん治療の標的遺伝子スピード特定、抗がん剤の開発スピード向上につながる /東大

"東大、がん治療の標的遺伝子スピード特定　治療薬開発効率化 "

東京大学医科学研究所の宮野悟教授らはスーパーコンピューターを使い、
がん治療の標的となりそうな遺伝子を効率よく探し出す手法を開発した。
この手法を生かして３カ月で、がん転移にかかわるとみられる遺伝子を新たに10種類見つけた。
従来は数年かけて１種類の遺伝子を特定する例が多かった。
抗がん剤の開発スピード向上につながると期待している。

成果は３日から横浜市で始まる日本癌（がん）学会で発表する。
転移や薬剤耐性などに関する遺伝子が分かれば創薬の糸口になる。

経済学やマーケティングなどで使う因果関係を調べる統計手法を遺伝子解析に応用した。
遺伝子は影響しあっており、ある遺伝子がつくったたんぱく質は、他の遺伝子がつくるたんぱく質の量を左右する。
たんぱく質量に関わる大量のデータから相互の関係をスパコンで予測し、
がんの性質にかかわる遺伝子候補を短時間で見つける。

実験では700種類のがん細胞で働く１万種類以上の遺伝子をスパコンで調べた。
がん転移にかかわるとみられる遺伝子が24種類特定できた。このうち14個は
すでに転移関連遺伝子だと知られており、新手法が有効だと確かめられた。
理化学研究所のスパコン「京」を活用できれば、計算時間は１時間ですむという。

従来は遺伝子を１つずつ実験で調べて働きを解明するのが一般的で、膨大な時間がかかっていた。

2013/10/2 13:16
http://www.nikkei.com/article/DGXNASGG01014_S3A001C1CR0000/

３ヶ月が１時間か．．．．
昼食食べたら答えが出るのか。

こんなことやってもそう簡単にガンは治らんよ。

.
　遺伝子の解析法
　遺伝子の発現と制御

　まで分かっていて、最後は

　遺伝子の完全修復

　だけなんだがなぁ。

スパコンの使えなさは異常

「3ヶ月じゃダメなんですか！！？(ﾟДﾟ#)」

ハードウェアとソフトウェアはセットだ
スパコンに相当するソフトウェアを開発するべきなんだ
日本のマスコミは馬鹿だからだれもいわない

京最大の欠点は、これ以上かいりょうの余地がないこと

3か月も列に並んでいられないからな。

>>8
アホか、まだまだパワーアップできるわ

【計算機】２位じゃダメ？　「京」の１００倍スパコン開発へ/文科省
http://anago.2ch.net/test/read.cgi/scienceplus/1367852385/
【神経】スパコン「京（けい）」を使い10兆個結合の神経回路シミュレーションに成功…世界最大最大規模／理研など
http://anago.2ch.net/test/read.cgi/scienceplus/1375536469/
【スパコン/気象】理化学研究所や東京大などの研究チーム、全地球の大気の状況を「京」で計算し模擬実験することに成功と発表
http://anago.2ch.net/test/read.cgi/scienceplus/1379727685/

２位じゃダメですか！？

世間ではGPUが注目されてるんだが
スパコンでも使えないの？

民主党とその投票者にはスパコンの成果は保険適用除外で

大学のスパコンってどの程度の実力なんだろ
中古のCore2系Celeronを大量並列でもしてるのかな？

ﾐﾝｽの連中は全員死刑にして下さい

いいや炭坑で強制労働だ

>>13
TSUBAME
>>15
京の改良版のFX-10を導入しているところもある

>>18
GPUがあればスパコンは事足りる時代なんだよな。

>>１
科学者よ、ガンと戦うな　by 近藤誠

１時間なら、余命半年の末期がん患者個人の治療の研究に役立つ速さだ。

期待できそうな治療法が学術レベルで発表されても、何年待っても
治験が進まないのを何とかして欲しい。

>>19
ぜんぜん

京をつかって1万種以上の遺伝子を統計解析か
しかし実験データを必要とするんだな
手法的に飛躍があるわけじゃなく単に力技って感じだねぇ

原論文を読んでないがビッグデータとかそういう感じ?
力技と言えば力技だけどコンピューター無しの人手じゃ無理だし。

これからの新薬は、電力（演算）の塊になるのかもね。
米国なんかでは、儲かるなら1都市レベルの電力をスパコンにつぎ込みかねない。

>>26
患者からしたらそんなこと考えてる暇ないな

仮想のビッグデータをシミュレーションで作り出すより、実際の細胞が作り出している
ビッグデータを短時間分析・解析する分析手法の開発の方が効果的だろうな。

遺伝子からたんぱく質・酵素、シグナルまで辿ることこそ本当に難しい。
遺伝子解析ならヒトゲノムですら全解析が終了しているのだから。

team 2chってまだやってるのかなぁ

がん幹細胞とかたたいても治らんのか がん根治って夢かな

こんなの、インテルのi7で十分です
インテルの数学ライブラリなら１万２万は余裕

東大医科研といえば北里先生と野口先生がかつていたとこだね。
煉瓦作りの建物と春先の桜がきれいな研究所だ。

力技でなんとかなるなら
それにこしたことはない

メタボーロム解析とかと組合せると
おいしいことになりそうだな

何だ統計解析か、手持ちデータやりつくしたらそれで終わりだな。
見つけた10種が本当に転移に係るかどうかもこれからだし、その10種を調べるのに予算を取って何年もかかって．．．
スタートが3ヶ月早くなる？それが京に切り替えた時の効果か。

しかも京よりコスパのいいのあるだろ、本当にそれじゃだめなのか？
少しは遅れるかもしれんけどな。

癌は高熱出すと消えるんだよね？
解熱剤と逆に薬飲むと体温が40度に上がる薬出ないの？

>>36
以外とIBMのPowerが高いんだよね…
日本に安くおろしてくれるかどうか。

>>37
それなら40度まで何かで温めればいいのでは

>>37
癌細胞って、単体だと基本的に正常細胞と同一なんだよ。
だから、癌細胞が死ぬ温度になると正常細胞も死ぬ。
熱で殺す手術のときは、癌細胞を集中的に温める技術使ってる。付近の正常細胞もついでに死んでる。

全身高熱にしたらそのまま生物としての全機能停止しちゃう。やばい。

test

test

TSUBAMEだと3時間くらいか？
それでも十分だ。

【スパコン/気象】理化学研究所や東京大などの研究チーム、全地球の大気の状況を「京」で計算し模擬実験することに成功と発表
http://anago.2ch.net/test/read.cgi/scienceplus/1379727685/

------------

【IT】中国のスパコン「天河２号」、世界一を守る
http://anago.2ch.net/test/read.cgi/scienceplus/1384823948/