【医療】新薬開発にスパコン「京」を活用　候補の絞り込みが3年半から半年に短縮／大日本住友製薬

神戸市で２８日から本格稼働するスーパーコンピューター「京」を活用し、
大日本住友製薬が、新薬候補の絞り込みを通常の３年半から半年程度に
短縮する計画であることが２３日、分かった。低迷する日本の新薬開発だが、
「京」の活用で活性化し、海外勢に対して優位に立つことができる。

医薬品開発は、研究開始から発売まで１０〜２０年弱かかる。
健康な人や患者に投与して効果を調べる治験（臨床試験）には一定の期間が必要で、
有望な新薬候補を絞り込む段階の期間短縮が早期の新薬投入のカギを握る。

従来は、病気に関連するタンパク質と化合物を反応させる実験を手作業で繰り返し、
新薬候補を選んでいたが、この絞り込み作業を京が担う。

大日本住友製薬はすでに、社内のコンピューターを使ったバーチャル（仮想現実）実験で、
新薬候補の絞り込み期間短縮を図ってきた。しかし、薬効を正確に評価するには、
１日に１タンパク質に対して１化合物を解析するのが限界だった。

これに対し、京は１秒間に１兆の１万倍の１京回の計算ができ、
１日に１００化合物以上の解析ができるようになるという。

ソース：産経新聞（2012年9月24日（月）07:57）
http://news.goo.ne.jp/article/sankei/business/snk20120924075.html
関連スレ：【スパコン】文部科学省　スパコン「京」利用　研究課題の採択結果を初発表、一般枠に製薬共同研究など　
http://anago.2ch.net/test/read.cgi/scienceplus/1346781674/

もう寝る。

っていうかね、ぶっちゃけね
化学構造式よりも
安全性や副作用、実際の効果を調べる
臨床試験、治験が一番時間がかかるわけなのさ。

そういや最近レンポウさん見ないな
どうしてるんだろう？

で、もう新しい薬はできたのかね？　　　　　　　　　　ん？

よし、俺の家に１台、回しておいてくれ。

さすがは実用性能も持ったスパコン。

他国の「ベンチマークマシン」とは出来が違う。

ムーアの法則が正しければ、大雑把に、
1.5年で性能２倍だから９年後で６４倍。
今半年かかる計算も、３日で出来るってことか。薬の開発もすごい発展しそう。

完成したとて保険適用まで何十年かかることやら

>>8
実際、有機化学関連は10年前に比べるとずいぶん効率的になってる

＞低迷する日本の新薬開発だが、 「京」の活用で活性化し、海外勢に対して優位に立つことができる。

もうね、この時点でこんなステマしい記事は読む気にもならんわ
２年経てば「あのコンピューターは今」に出れるよ、京さん。

>>7
製薬のスパコン利用は、日本から海外大手製薬の研究所が撤退したころから
当たり前になってるんだよ

いまさら、こんなの酷いプロパガンダだよ　スパコンは東工大のtsubameを利用していくほうが安くていい

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大日本住友製薬といえば、ヒロポン！

まあ、近いうちにやりつくして、
新薬候補がなくなって困るんだろうなあ。

>>11
実用性能は相変わらず世界一のはずだが。
後2年は先端で使えるよ。
地球シミュレーターだってまだ使われてるだろ。

>>12 といい日本のスパコン技術がシャクに障ってしょうがない連中の様だ。

ここってヒロポン開発した会社だっけ？

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　　　　　　ミ／　ミ　彡　川　川　 彡 ヽ
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　　壬 ミ 二 ＝ 三 二　ミ　川　川　彡　二　彡
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＼ミ 彡 ﾐ ミ;;;::: : : : 　 　 ゜　　　　　　　　　　　lミ彡ミ
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分散処理より楽だもんな

で　近い将来
コンピュータ利用で最適解が一秒ほどででるようになって、
そうなると必要なのは人間に良く似た人間ではない生体、
ということにならんかね？

その実験用・治験用の素体開発こそ
進めた方がいいのでは

そんなもん次は細胞のシミュレーションがしたい・臓器のシミュレーションと
要求はどんどん増えてく。

低分子化合物はもう終わり、今は抗体や核酸に移行している。
日本の製薬会社はもう時代遅れ。

前臨床はほとんどin silicoで済みそうだけど臨床の方もシュミで最適化して単時間でとかできるのかな
まぁ利権が絡むから技術屋だけじゃ難しいのだろうけど。

京でも半年とか
どんだけの情報量なんだよ！

>>10
有機化学なんて進歩ないじゃん
>>23
核酸なんて失敗ばっかじゃん

>>21
iPS細胞から器官(までいかなくても、細胞の集まりレベルでもOK)を作ると、
そういう実験が倫理的に問題なく出来るのがいい点の一つだそうだ

>>11
今使ってる便利なものたちは　先人たちの血の滲むような今から思えば無駄とも思える努力の数々の結晶なわけだが

>>22
電卓なんて便利なものが出来たとき　これより先に発展することは無いだろうとほざいた連中がいたが
そいつらは、今のインターネットやスマホの社会など想像も出来ず

>>29
おぢさん、いくつ？
もしかして、おぢいさん？

>>29
じじいはすっこんでろ。

スパコンに反対してる奴はそんなにいないと思うが
この板ので文句を言ってるのは
京が方向性を間違えたと考えてる奴だと思う

作った以上はちゃんと使ってほしいが
期待できるほどの成果は上がらないと思う

まあスパコン以前に観測データを集めなきゃ
まともなシュミレーションにならない
気候みたいな分野よりは新薬開発や、分子生物学の方が
ましな使い道だと思う

京って作った意味あったのかな
2000億どぶに捨てたようなもんだろ

もっと安く作ったスパコンをたくさんばら撒いたほうが
研究開発には有用という意見には理研はどう反論したのかな

京も廉価版作ってるじゃん

仕分けの対象になったせいで必要以上にメディアに取り上げられたのも面倒

スペースＸ社みたいに　政府系の援助の入った民間会社を作ってそこでスパコン開発やったほうがいいんじゃね

>>36
理研と富士通の共同開発ってのは、それとどう違うんだ？

>12
tsubameも富士通？

>>38
日電他
だからこういうところで推してる怪しいレスが必ず付く。

富士通の45nmなんて使わずにHD7970を5万個くらい使ったほうがいい気がするんだが

TSUBAMEはCPUGPU混載なのと、GPUの癖が強くて、
プログラミングが面倒で、性能が出ないので有名なマシンだからなあ。

>>24
創薬にシミュレーションなんてほとんど役に立ってないんだが。あと十年経ったら、少しは使えるかもしれないが、アメリカがその数年先を行ってるだろう。
「京」の応用として創薬が語られるという事は、ほとんど役に立ってないと同義。

グラボ集めてスパコン作るのは、途上国とか地方の大学がやるようなことだしなw
市販品集めて出来るのなら、需要があれば民間企業が作るだろう。

TSUBAMEはcudaを使ってたのか

>>40
OpenCLは大変だよ

スパコンはそういう仕事をするのか。
未知の化合物の構造式とかを考えるのか？
物理的に存在しうる物質かどうか計算する、とか

>>46
そろばん使ってる江戸時代の技術者に　インターネットの説明するような話だからなあ

一般公募に選ばれた研究の期間って来年末なんだね
外れた160団体、今後使いたい人も後1年半待たないと京を使えないのか

スパコンなんて作らずに２０００億円を社会保障費に回せとか言ってる奴が
案外少なくてほっとした

すげーシミュレーションでできちゃうのかよ

中国にハッキングしされて無断使用されないか心配

>>49
京じゃなくて、もっと安くて汎用型のスパコンを多く供給した方が産業的には効果的だろう。
京は、ただのハコモノ事業で天下りの為の施設で有る事には変わりない。無駄金だと思ってる。

近未来神戸
http://www.youtube.com/watch?v=2l1RO4eQ0s8
http://www.youtube.com/watch?v=oUo3HYCFy1M
http://www.youtube.com/watch?v=2dfDaj1XW8s
美しい神戸
http://www.youtube.com/watch?v=pozXjhE5YgQ
http://www.youtube.com/watch?v=BmDwglBRiVY
http://www.youtube.com/watch?v=4H3_Ol7nYCU

国の税金で作ったスパコンを民間企業に安く使わせるのは、おかしいだろ。
そのような企業が利益は上げた場合は、重税を果たすなどの措置をとるべき

>>54
企業を楽にするために国民の税金で作ったんじゃないんですか？

>>54
国鉄とか国道って知ってるか？

新党「国民のスパコンが世界一位」

>>55
　特定の企業が楽になったとして、残りの国民が苦しくなっては元も子もない

>>56
　馬鹿ですか？

インフラってものを知ってるか？　って話をしてるんだが
難しすぎてわからなｋった？　じゃあごめん

>>59
>>じゃあごめん

じゃあ、許してやる　ｗ

a

弱小バイオベンチャー
まさかの新薬できますた♪
http://stocks.finance.yahoo.co.jp/stocks/detail/?code=4565.T

レンホウは尖閣をどうやって中国へ領土として捧げるのか考えるのに
忙しいんじゃないの。
レンホウが京を使えば、売国のシュミレーションをするかも。

レンホーは　ちきゅうを中国に売却すれば（毎年の維持管理費が無くなって）いい
とぬかした真性売国奴

>>8
アマチュア天文家みたいに、
普段、自動車整備工場で働く田中さん、
休日の楽しみは新薬の候補さがし。
「このノートパソコンで数兆パターンから膵臓癌に効く新薬の絞り込みをするんですよ」
みたいな話題のコーナーをテレビで観ながら晩飯食うんか。

>>65
２ちゃんねらーのみんなで白血病を救えみたいななの無かったっけ

こんなの８０億のIBMの安くてもっと高速なスパコン買ってやればいいだけの話。

わざわざ１０００億もかけて京を作る価値はない。所詮、天下り用のハコモノ事業だ。

現実には80億じゃ、しょぼいのしか買えないよ。
あれはかなり政治的な値段。

そもそも、セコイアタイプはまだ売ってないしな。
性能1/10規模をイタリアに導入していたから、交渉次第だろうけど。

>>66
分散コンピューティングの
boincのことかな。
余ったCPUのパワーをタンパク質やガンの解析に使おうというボランティア。
目的と手段が逆になっているヒトもいるけど。

>>67
IBMのじゃノード間通信しょぼくてこんなに実効性能でないでしょ

IBMのBlueGene Qと京を同列に扱っているのが多々あるけど
京はよりSingleThread重視で、FlopsあたりのMemoryバンドや
Node間バンドも大きい。電力などで大きく後れをとっているのは
このあたりが影響している。単なるlinpack値での優劣だけで
物事を判断しない方がいいと思う。自分の無知をさらすだけ。
(技術的にはIBMが優れているのは確かだけどそこまで大きな差はない。）

そもそもIBMがBlueGene系列とは別に電力やlinpack性能で不利なのを
わかっていながら当初Power7ベースのBlueWatersを開発していたのが
BlueGeneだけで、すべての大規模計算を賄えると思っていなかった証左
ではなかろうか。linpackでみればBlueWatersは京よりも単位消費電力
あたりの演算能力は低い。わかりやすいとはいえ単なる一指標で一喜一憂
するのは自分の知識の無さをさらすものでしかない。

あといまだにx86(xeon,opteron)をベースにってのもよくでるけど、京や
BlueGeneがあれほどのスカラーcpuを大量に使用できるのは、そのcpu単体の
信頼性がx86系のものとは比べられないほど優れているから。
数千cpuのころとちがってxeon/opteronを数だけ揃えるやりかたはうまくいかない。
オークリッジのジャガーあたりが限界と思う。
現在のHPCの流れを把握したうえで、批判した方が良い。素人がごちゃごちゃ
いっても何の論理的な説得力もない。

スパコンスレは外国の工作員すげえなあ・・・、金かけてるなｗ

工作員の費用はノートＰＣ一台分くらいの負担で済むからね
安いもんだｗ

あ、もちろん人数もそれなりにいるからそれなりの経費にはなるだろうけど
スパコンやるのと比べればｗ

cuda用の線形代数ライブラリがあるらしい

【民主党】枝野蓮舫“仕分けコンビ”、復興予算流用問題で開き直り連発　自公に責任転嫁★２
http://uni.2ch.net/test/read.cgi/newsplus/1350694862/l50

　【小宮山亮磨】スーパーコンピューターの計算速度を競う世界ランキングの最新版が１２日発表され、前回６月に２位だった理化学研究所の「京（けい）」は３位に順位を落とした。首位は、米オークリッジ国立研究所の。(朝日新聞デジタル)

テレビで本来500億かかるところを、150億？に縮められるって言ってた・・・。本当なら計算機科学ってすげえよなあ。

こういう事こそ安上がりの並列処理のスパコンでいいと思うんだが
こんな事に京使わなきゃいけないほど使い道ないのか？

>>81
先端科学に伝統という言葉を使うのは奇異な感じに思うだろうが、
国産スパコンの伝統からすれば京こそが並列処理の低バンド幅スパコンなわけで。

レンホーの歯ぎしりが聞こえる

>>82
日本って昔から　１００発１中の大砲１００門より　１００発１００中の大砲１門が大好きな国だよね
メンテナンスや敵の攻撃の被弾とか考えたら　戦いは数だよ兄貴　が正論なんだけどね
ランチェスターの法則とかあるし

>>84
100門の砲なら相手の弾により砲が損耗していくため100門有ったほうが有利。
しかし演算器が損耗せず、演算器が処理を行う機会が無為に失われていくのは
単なる時間の無駄でしかない。

高バンド幅がもうちょっと安ければ、米国勢も高バンド幅にしているだろう。
まあ逆も言えるので、考え方の違いだが。