【計算科学/生命科学】理研、環境分子が生体分子に与える影響を解析する新たな計算手法を開発　「京」での創薬などに期待

理化学研究所(理研)は、たんぱく質などの生体分子が持つ状態(構造)と、それぞれの状態形成に重要な役割を果たす
水などの環境分子との分子間相互作用を、相互作用の種類や原子間の距離情報を含めて体系的に明らかにする
計算手法「DIPA(Distance-dependent intermolecular perturbation analysis:ディーパ)」を開発した。

同成果は、理研生命システム研究センター 合成生物学研究グループの小山洋平特別研究員、上田泰己グループ
ディレクターと東京大学 生産技術研究所の小林徹也講師との共同研究によるもので、
米国の科学雑誌「Physical Review E」のオンライン版に掲載された。

たんぱく質やDNAなどの生体分子は、同じ分子であっても、状態(構造)によって異なる働きを示して複雑な機能を
発揮するため、生体分子の機能を理解するには、生体分子の状態を明らかにし、その状態を変化させる
制御機構を理解することが重要となる。

生体分子の状態変化は、生体分子内の相互作用(共有結合、ファンデルワールス相互作用、静電相互作用)だけでなく、
水やイオン、化合物など周りの環境分子との相互作用(ファンデルワールス相互作用、静電相互作用)からも大きな
影響を受けるが、生体分子と環境分子との相互作用は複雑であり、これまでの生体分子の状態の解析では、
生体分子内の原子の位置など、その分子内部の情報だけを利用してきたため、環境分子の寄与まで含めた
詳細かつ体系的な解析ができていなかった。

（引用ここまで　全文は引用元をご覧ください）

▽図 シニョリンの水中でのシミュレーション:DIPAによる解析。
http://j.mycom.jp/news/2011/08/08/078/images/012l.jpg

▽記事引用元　マイコミジャーナル（2011/08/08）
http://journal.mycom.co.jp/news/2011/08/08/078/index.html

▽理化学研究所プレスリリース
http://www.riken.go.jp/r-world/info/release/press/2011/110805/detail.html

▽Physical Review E
「Perturbation analyses of intermolecular interactions」
http://pre.aps.org/abstract/PRE/v84/i2/e026704

いつか
分子の完全なプログラム化出来たらすごいな

それで、バイオロボ作って

自分にセクシャルメイドロボを提供してくれ

＜｀八´＞

>>2
そのためにはもっと計算能力の高いスパコンが必要なんですよ。
それに、もっとスパコンをたくさん作らなきゃ。

PREはそれ程レベルの高いジャーナルではないけどな。

これでデータベース作り始めたら、ヤバイ食い合わせとかもわかるんだろうね。

これでプリオンの研究が加速するのかな？

ツバメに同じ金額を掛けた方が京より安くて何倍も速い

これなんか新しいのか？
めちゃくちゃ計算量かかるからあまりやってなかっただけで

どれくらいの精度なんだろう

量子力学って確率から成り立ってるんだよね
確率統計なんて計算工学や化学、生物学でもまずやらなからね
やっても、高校生レベルの事ばっかり
物理学でも専門領域にならないと　本当の確率統計を知ることなんて無理だと思う
原子力工学科の教授とかが言ってる確率統計とかチャラチャラで馬鹿にしか見えない

あんまり創薬創薬いわないほうがいいんじゃないかと思えてきたぞ

一時期それでバジェット取れたこともあったかもしれないが、
東京駅から静岡に向かう前、大手町駅行きの地下鉄を待っている時点で
「いま富士山九合目です」と言ってるようなもんだからな

Ren4みたいな単純おバカもいるんだから、
そういう人の頭の程度および力を持った場合のリスクも考える。

正直、生体分子の解析に対して「京」にはあまり期待していません。
競合機と思われるAntonのスペックが同等以上に高いのです。

計算手法はいいからさ、
パッケージソフト作って世界の標準になったとか、
その手法ですごい研究成果が出たとかさ、
それから宣伝してくれよ。

２０年以上前からわかってることなのに、
世界中の誰も答えを見つけられない
そんな問題ですｗ