【スパコン/医学】東大先端研、がん治療薬の開発に専用機を導入

　東京大学先端科学技術研究センターと富士通は8月5日、
共同で記者会見を開催し、がんの治療薬開発に利用する
スーパーコンピュータを構築したと発表した。
世界で初めて、複雑なタンパク質同士の相互作用を
分子動力学でシミュレートし、人工抗体を設計する。
実現すれば、効果的で副作用も少ない、
画期的ながん治療が可能になると見られている。

　国の最先端研究開発支援プログラム
「がんの再発・転移を治療する多機能な分子設計抗体の実用化」
のために導入したもの。
ブレードサーバ「PRIMERGY BX922 S2」（Xeon X5650×2CPU）を
300ノード使用したPCクラスタシステムになっており、
ピーク性能は38.3テラフロップス。
約4億円をかけて富士通が開発し、8月1日に稼働を開始した。
　この研究で狙っているのは、
再発や転移を伴う進行がんの治療に使える抗体医薬品の設計。
人工抗体を作り、がん細胞のみを狙い撃ちしようというもので、
従来の抗がん剤による治療に比べると、副作用が小さいというメリットがある。
　抗体医薬品自体は従来もあったが、この研究では新しい手法として、
分子動力学によるシミュレーションを取り入れた。
分子1つ1つの動きを計算する分子動力学を使えば、
抗体と抗原（がん細胞）の相互作用を正確に知ることができ、
より効果的な抗体の設計が可能となる。
しかしタンパク質同士の相互作用は複雑で、
周囲の水分子まで模擬する必要があることから、
計算量が膨大になって従来は難しかった。
　そのため、この研究のための専用機として、スパコンの導入を決めた。
最近はペタクラスの計算機も出てきており、
それに比べると性能は2桁ほど落ちるが、
それでも地球シミュレータとは同等の能力。
これを占有できれば、計算リソースとしては決して小さくない。
納入した富士通TCソリューション事業本部の山田昌彦本部長も
「このくらい大きなシステムを研究室レベルで単独利用するのは
初めてのケースでは」と驚く。
　この研究では、肝臓がん、大腸がん、肺がんといった
3種類のがんをターゲットとして、新しい抗体医薬品を開発する。
　中心研究者である東京大学先端科学技術研究センターの児玉龍彦教授は、
「薬の開発には特許があるので、2番手になると実用化できない。
1番になるしかない。全力で取り組んで、2年半で人工抗体の設計を終えたい。
3月からの5カ月で、世界トップレベルの計算機をフルに使えるように仕上げられた。
このスピードを持って、いまの患者さんが生きているうちに
薬を実用化したい」と意気込む。

　ただし、まだ計算能力は足りないという。
児玉教授は「このシステムでは、1つの計算に10日くらいかかるが、
これだと10種類も計算すると100日になってしまう」と指摘。
時間がかかりすぎるとした上で、今後については、「計算能力が2桁は足りない。
1〜2年の間にペタクラスにバージョンアップして、
こういった計算を1日でやれるようにしたい」と期待する。
　臨床試験もあるため、薬の実用化は「早くても6年後」（児玉教授）。
将来的には、次世代スーパーコンピュータ「京」も活用して、
抗体医薬品の開発をさらに発展させていく意向だ。

cnet Japan
http://japan.cnet.com/news/business/story/0,3800104746,20418039,00.htm
抗原(オレンジ)と抗体(水色)のシミュレーション
http://www.rcast.u-tokyo.ac.jp/ja/news/2010/0805/img/photo1.jpg
東京大学　先端科学技術研究センター
http://www.rcast.u-tokyo.ac.jp/ja/news/2010/0805/

すごい分子が見つかったとしても、実際に合成するのが大変そう

>>2 ものには段階ってものがあるよ。
まず必要なモノが見つかって、量が必要だとなってから、
どうやって量産するかなんだから。
ガンに関しては、機序の解明だって途中だし、
そんな中で特効薬を手当たり次第に探しているような段階なんだよ。

みんな冗談だと思ってるんだろうけどマジだ。
９１１は偶然じゃない。
地球・太陽・月の位置関係も偶然じゃない。
しかし論理的には考えられない。
だから科学では偶然として片付けられてしまう。

四川大地震とか阪神大震災も９１１も人が大勢死んでるんだから
冗談として片付けられては困る。

しかしロックフェラーやロスチャイルドは実在する。
常識で考えてる人間が「こいつらエロい名前だから陰謀論作ろう」と
思って勝手に利用したのではなく、本当に陰謀と思える偶然が重なったので
こいつらが陰謀を企てていると思えるわけだ。
創価学会の池田がフリーメーソンで世界を支配しようとしてるとかってのも同様なんだ。
だが真実は神レベルの連中がやってることなんだ。
ブッシュが引退する間際のこうするしかなかったんだ的な発言は
俺の目には嘘をついているようにはどうしても思えなかった。
米国の大統領ともなればこの事実を知ったはずだし、
小泉だってあれだけみんなに反対されても靖国に参拝したのは
この事実を知ったからに他ならない！
森首相が神の国発言をしたのもおそらくはこの事実を知ったからであり、
それによって異常なほど叩かれたのは、真実を悟られたくない連中が
人間を操作して攻撃させたのだ。
命に代えてもこれは真実である。
この事実をすべての人間に知らせられるなら俺のクソったれな命なんかどうでもいい。
俺はこの意見が正しいことをそれだけ体を張って主張する。

太陽の位置がおかしく見えるってのは西洋医学的には集団妄想に当てはまるが、
それは妄想なんかじゃない。いやこの世界を認知する人間の意識自体が共有の妄想なんだ。
だが確実に９１１は存在したし、地震も存在する。

恐ろしいのは科学文明とつじつまが合うように作られているということだ。
というか科学文明が世界の真実と部分的につじつまが合うように作ったと
言ったほうがいいだろう。

何度も言うがアインシュタインやゲーデルやナッシュや小泉や森などは
この事実を知ったに違いないし、企業の社長などは神を信じてる奴らも多い。
そもそも世界中には神のような超越した存在がいることを信じてる人間のほうが多い。
日本人くらいだ。信仰心が薄い人間ばかりの国は。
もっとも俺も異常な体験をするまではそんなオカルトあり得ないと思っていた。

とにかく９１１で人が大勢死んでるし、ありゃま記念もＪＲＡの陰謀じゃないし、
四川大地震で人が大勢死んでる。
オウムもエロとの戦いもあるし、新型インフルも口蹄疫もある。

冗談のような本当の話で人が大勢死んでる。
チームマイナス６％の６はセックスを意味する。
神レベルの連中が人口を抑制しようとしている。
お前がセックスできないのはそのためだ。
単純にもてないとかブサイクだからじゃない。
成功と性交の韻が同じなのも意味がある。
以前の俺のように西洋かぶれじゃ何もわからんのだよ。

とにかく人が大勢死んでるのは事実だ。
お前が神になったつもりでアリの観察を考えてみろ。
特定のアリが善良かどうかなんて少しくらいしか関係がないはずだ。

冗談レベルで人が大勢死んでるのは事実だ。

つーわけで、思考は現実化するってのも事実だし、何を信じるかで運命が変わる。
自分は健康だと思って慎ましく生きていれば病気にもなりにくくなるのは確実だ。
西洋文明や科学を信じて無理な暮らしをしていると罰が当たるようにできている。
もっとも罰ってのは的を射ている言葉かどうか知らんがな。

現在は科学文明のインフレ、科学バブルが起きている。
いずれこのバブルは崩壊する時が来る。
その時に人類（科学の信奉者）は知るだろう。
今まで阿呆だと見下してた非論理的な考えの連中が実は正しかったのだと。
俺だってビビったぜ。科学は記述されている部分は正しいと思っていたのだからな。

いい加減アインシュタインの成功方程式の「沈黙」の正体を知りなよ。
俺は科学者でもないし守るものがないから沈黙するつもりは毛頭ない。

真面目なやつがモテなくていい加減で適当な奴が子孫繁栄するって事実をさ。
アインシュタインが論争で神を持ち出すわけだ。
彼は宮沢賢治のような世界を確実に知ったはずだ。
茶目っ気のある舌を出した写真が印象的だ。
俺はアインシュタインは素晴らしい天才であると思い直した。

>>1
で、それいくら掛かるの？　１０個計算していくらかかるの？

レンホウがアップ始めました

地球シミュレータクラスを研究室レベルで占有できる時代か。すごいね。

癌の治療法は色々盛んに開発されるね
アレルギーは無理なの？

計算化学屋の言う事は今も昔もかわらんなぁ。

>>4-5
3行でよろしく

使えなさそう

俺のパソコンにも手伝わせろ

昔からさんざん出てくる議論は
タンパク-低分子にしろタンパク-タンパクにせよ
安ピペドを大量に雇ってスクリーニングさせるのとどちらが早いか、ということなんだよなあ。

どっちも大金がかかるけどな。

>>14
今はそうかもしれないけれど、
すぐコンピューターが引き離して
人間はゴミくず以下の扱いに・・・

抗体は、動物に抗原を打って免疫細胞に作らせるんだと思っていたが、
設計通りに作れることに驚いた。

>>14
たとえばリアルで１０日、コンピュータで１日かかる実験として、
１０通りの実験を同時に始めれば１０日で得られる結果は
コンピュータと変わらないけど、あ！とひらめいた組み合わせを
試すとき、コンピュータなら１日で終わるけど、リアルなら１０日待たなければ
ならないわけじゃないの。この差は大きいね

計算と人力のどっちが優れているのかはおいらにはわからないよ。

ピペドは人間だから、士気の維持が大変だの
女性が多いから大奥みたいな争いだの、男同士でも足の引っ張り合いがあるだの。

逆に計算は想定外のファクターが出てくれば、理論上の見込みなんて吹っ飛ぶからなあ。
10日対1日が実際にそういう比なのかという問題がある。

最適なのは両方並行して比べてみることなんだろうが、このご時世難しいのもわかる。

>>7
ネトウヨボットつまんねえよ

>>14
結局現在に至るまで新薬なんてスクリーニングでしか見つかってない
分子の形を計算して新薬開発とかほざいていろいろ投資させてるけど
詐欺みたいなもの。何一つものになってない。
だから日本は新薬開発で負けてる。
日本から物理学者を追い出さないと科学後進国に転落するな。マジで。

がんの新薬は気絶しそうなほど高いのもあるが
研究開発にはこういう設備を入れなきゃならんのなら
それも止むなしか・・・

一番金がかかるのは臨床実験のところ

この手の計算にTeslaとか使えないのかな？

分子動力学だからgrapeでいいんじゃない

マッキーノがアップを始めました

>>18
生物・化学系は定型with人格障害が多いからな。

>>17
プログラム組んだことある？
走らせるだけなら１日かもしれないが　そこにたどり着くのには
１０日じゃ無理だよ

>>16
現在の分子動力学じゃ　そもそも何を計算しているのか教授でさえわかってないでしょ。
説明できる科学者はノ〜ベル賞学者でもいない。
現在理論で説明出来ていることと　薬物開発に必要なこととの間のギャップが　まるで埋まっていないのが現実。

仮にそれを説明できるなら　そいつは　それなりの賞をとれるであろう。

>>27
スパコンの全否定乙
愚かな人ですね

>>29
いや俺は計算科学の専門家だが>>27は真実だよ
でも>>27が見落としてるのはプログラムってのは一回作れば
あとは何度でも走らすことができるってことだな

だなw
分子挙動とかもう定番のプログラムがあると思うが、業界事情はよく分からん

>>29
いや俺は２ちゃんねる幼稚園の園児だが>>30は真実だよ
でも>>30が見落としているのは
なんども同じプログラムを走らせるってことは
もう研究は完成したと宣言するようなものだってことだよ。
これが意味することが何か　わかるよね？

>>32
MCMC法って知ってる？

>>32
それってマイクロソフトオフィスのこと？

リボゾームがたんぱく質をRNAから合成するステップは数分で計算できるのだろうか？

人工抗体もいいけど、安価な抗体作成技術の開発のほうも頑張ってよー。
抗体医薬品高過ぎるよ。
製薬企業はぼろ儲けだろうけど、現状のままだと仮に抗体医薬品のシェアが伸びた時
間違いなく保険制度崩壊するぞー

頑張って欲しい。

こんな感じの科学ニュースを見るたびに思うけどさ。
例えば更正省シャホ庁の人間のくず役人ども（個々の役人は普通の人間なんだろうけど）。
分かってるだけでも数千億、実際はおそらく兆単位の国民の金を無駄使いしてきたことを思うと、
やりきれなくなるよな。その金があれば病気で苦しんでいる国民を何千何万救えたか・・・
まあ言ってもショウガないけど。

ガンの治療って、暴走している自分の細胞を正常に戻すしか
無いだろ。薬じゃ暴走停止位しか望めないよね。該当部位の
遺伝子の書き換えが自由に行えないと治療にならないよね。

>>39
アポトーシスに持ち込むとか
がん細胞のみ発現している抗体を標的にするとか
他にもやり方はある

４億円で薬になる抗体がデザインできるとしたらとても
コストパフォーマンスが良い。ではなぜみなそのように
しないか？多分詐欺だからである。

まあガンに限っていえば早期発見して重粒子線治療がベストじゃないかね

＜開発に専用機を導入

患者の検体を運ぶ専用の飛行機を導入したのかと思ったゼ

>>33
MCMCは金融工学でも使ってるぜ。銀行ではベクタ〜型計算機を民間から調達しているところがあるね。もちろん、海外からね。やすいんだろうね。そこの例だと数日〜１０日日が１日未満になったらしいね。

>>42
治療じゃなくて延命ね。

>>33
MCMC使うのが東大先端研の研究内容とかだったら　マジで反対するぞ。
東大もゆとり化してるのか？ｗ
まぁ　近年の計数博士のレベルを知ってしまったからもはやなんとも言えんがｗ

>>43
俺は、スタッフの出張用専用機かと・・・

研究者が不遇な日本こそこういうやり方で行くべきだと思うなあ
ってかこういうやり方しか残ってないっつーか

人海戦術じゃ海外に勝てる気がしない

もう何十年も膨大な金を使って　ろくな治療法を開発できない糞医者どもって　頭あほちゃうか

>>１
この前のバイオエキスポで児玉教授が講演中、事業仕分けのことを怒りに震えながら語っていたが、
蓮舫・枝豆・千石の３馬鹿トリオはこの件、どうコメントするかな