【生化学】タンパク質の構造変化再現に成功／京大准教授グループ[12/24]

＜タンパク質　構造変化再現 京大准教授グループ成功＞

タンパク質が最初のひも状構造から変化して安定した形に畳み込まれる様子を
コンピューターで再現することに、京都大理学研究科の高田彰二准教授（生物物理学）らの
グループが成功した。

アミノ酸の構成から実際のタンパク質の構造を予測し、創薬などに生かすことができるという。
米国科学アカデミー紀要で２３日に発表した。

細胞内で作られたばかりのタンパク質は、ひも状構造をしている。そのままでは機能を
発揮できないが、自発的にひもが折り畳まれて立体構造を作る。アミノ酸の構成によって
立体構造が変わり、特定の物質とうまく結合できるようになるなどして、さまざまな機能が
生じる。

高田准教授は、アミノ酸が５６個つながった比較的小さなタンパク質を用いて、タンパク質を
作っている分子に働く力などを統計的な分布に従って計算するモデルを作った。主要な力
だけを考えて、不安定なひも状構造から、安定した折り畳み状の構造への変化を再現できた。

従来のエックス線による構造解析は、タンパク質を結晶にする必要があるなど難しいケースも
多かった。高田准教授は「１００個以上のアミノ酸でできているタンパク質でも、構造を予測
できるモデルを作りたい」としている。

記事引用元：京都新聞（http://www.kyoto-np.co.jp/）Kyoto Shimbun 2008年12月24日(水)
http://www.kyoto-np.co.jp/article.php?mid=P2008122400031&genre=G1&area=K00

ひも状のタンパク質（左上）が安定した構造（図の右方向）になるように折り畳まれていく
（図の時計回り）。青枠で囲まれたのが最終形。きちんと折り畳まれず機能が発揮できない
ものも一部できる（反時計回り）＝高田彰二京都大准教授提供
http://www.kyoto-np.co.jp/static/2008/12/24/P2008122400031.jpg

のちのライフゲームである。

卵の白くなった部分が再び透明になるのかとおもた

こういう理論的なのはグループの仕事なのかな
優秀な個人（高田准教授）の単独の仕事なのかな？
それとも指導を受けている学生、助手の仕事なのかな？

詳しいひとおしえて！

通常のタンパク質はもっと大きいのでこれをコンピューターでシミュレーション
するにはまだまだ時間がかかりそうだな。

合成肉の時代が訪れるのか。
海底二万マイルでもそんな描写があったような気がするな。

【医療】子宮頸がんウイルス(HPV)検査「勧めない」　厚生労働省の指針案に異論も
http://anchorage.2ch.net/test/read.cgi/liveplus/1228747345/

ＧＰＶで、ＨＰＶは激減する。

生物物理がこういう普通の人にわかりやすい成果を出すのは
わりと珍しい気がする

凄いわね

ちょ、これニュースじゃないだろ
誰もが普通に取り組んで、それなりの成果を出してるじゃん

高田彰二の新規性はどこ？

コンフォート

構造解析の分野の人間としては計算科学なんぞ無視ですｗ
ちゃんとしたモノになってからお越しください

「ペプチドの構造予測」
って話だわな。

ここから創薬にこじつけるのがハッタリだってのは
全く専門外の人もそろそろ感づいてるだろ。

>>13
そうなの？！身近に一生懸命やってる人いるけど。
漏れはよく知らないから詳しくおせーて！

理論物理学みたいになっていくんだな

こういうのって、わりと小さい分子については
とっくに出来てると思ってたらまだだったのか・・・ずっと前から
シミュレーションの研究あったよね

図に示されているように、２次元的に展開してるのが新しいとかそういう理由じゃね？
計算時間と、効率的な仕事のデザインの労力がかかるから。

ただ、アンフィンゼンだっけ、彼のコンテクストをそのまんまin silicoに移植したようなもんだよなあ。
将来的な展望があるかどうか微妙だ。

>>14への回答になるんだが、
ペプチドの計算だろ？レセプターとか複合体とかに応用するまで何年、十何年かかることか。
そこからケミカル→バイオメディカルな創薬を始めて10年20年。
最近の製薬はM&Aが激しいから待ってられない、１年毎の成果を求める。
（いいこととは思わないよ、しかし上のほうは株価しか気にしないよ。）

財源は税金がほとんどだよねえ。公共事業ですね。

>>17
in vitroで活性が見れて論文にしても、実用化には時間がかかるのか…。
今はアカデミックにいるからやってられるのかな…。

やっぱ関係者かｗｗｗ予想通りでﾜﾛﾀ

あなたねえ、1/10000〜1/20000の確率ですよ。
いざin vivoやってみれば、思わぬ副作用（有害事象がふさわしいか）が出てくるわけなんすよ。

さっさと就職して職歴を積め。教授に騙されるな。

>>19
心配しなくても俺の研究じゃないから…。
実用化うんぬんよりパソコンに向かってばかりの研究には興味ないし

構造解析やってる人は創薬につながると本気で思っているのか・・・

http://blogcity.jp/washoi

この研究室は10年ぐらい遅れてないか？
高分子でやってるところがあるだろ

>>21

とても構造屋が薬理や化合物動態に詳しいとは思えませんねw

生理学やら生化学の知識もないだろし、予算申請のためだけだろw
それすら見破られているわけで。
逆に、連中は素人だから共同研究者は利用しやすいってメリットはあるねw

・構造予測と構造解析は異なる
・理学部なめんなよ。New薬理を暗記してもすぐに忘れちゃ同じだ
・創薬は厳しい。生化・分生・構造、どれも厳しい。ピペドで終わる前に職歴を積め

以上っすｗｗ

たんぱく質の大半は、シャペロンの力を借りてフォールディングするんじゃないの？
自分の力だけで折りたためるたんぱく質ってあんまりないような。

>>25

要するに支離滅裂な分野だってことはわかったw

俺はど素人だが、単純にタンパクがどう折り畳まれていくのか見れるのは面白いと思う。

たんぱく質の構造解析しても人によって形がバラバラなんだよ。
データーベース見ても一つのタンパク質で各研究者が公表してる奴形全然違うじゃん

人工的に分子レベルから細胞、たんぱく質を制御することができれば
食物をなにもない状態から作ることができる

アミノ酸１００個だったら、タンパク質っつーよりペプチドじゃね？

膜貫通タンパクの計算をがんばってくれ


どうでもいいが

実績がないヤツに限ってこういうのに釣られるんだよな。
そんなやつがトップに立つと周りが死ぬ。
お前のデザインをなぜ俺がつくらにゃならんのさ。
そんなもんは作る前から活性０なのわかってるのに。
百歩譲って室温で安定なデザインを提示してくださいｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗ

>>29
それだけタンパク質の構造に自由度があるってことの裏返しかと
基質や阻害剤を挟んでるときはそれに応じて構造変化があるし、
結晶系が違うと見え方が違ってくる

>>21
少なくとも俺は、リボン図萌えのオナヌでやってます
創薬目的なら、膜タンパク解かなきゃ話にならないし

楽しけりゃいいよ

５００−６００残基で９９％の精度で予測できたらノーベル賞もらえるかな？
膜貫通してるのなんか、絶対無理そうだが。
画期的な実験的方法で、がしがし立体構造を出力してくれる機械を
考案した方が早いかな？

商業的に見たいのは複合体の結合部位じゃね？induced-fitもあるし。
基本骨格のフォールディングを予測したところでどうなんかねぇ、という