【スパコン】理研ら、1PFLOPSの分子動力学専用コンピュータ「MDGRAPE-3」を開発

　独立行政法人理化学研究所(理研)は19日、インテル株式会社および日本SGI株式会社と協力し、
理論ピーク性能1PFLOPS(Peta FLOPS)を実現する分子動力学シミュレーション専用システム
「MDGRAPE-3」を構築したと発表した。

　MDGRAPE-3は、理研が開発した同名の分子動力学シミュレーション専用LSIを4,808個搭載した
システムに、デュアルコアXeonを256個搭載したサーバーを64台、Xeon 3.2GHzを74個搭載した
サーバーを37台接続したもの。

　同システムでは、スーパーコンピュータ性能ランキング「TOP500」で用いられるベンチマーク
Linpackを実行できないため直接比較できないが、理論ピーク性能は1PFLOPSに達し、TOP500で
現在1位のIBM BlueGene/L(360TFLOPS)の約3倍に相当する性能だとしている。

　MDGRAPE-3は、タンパク質の働きをシミュレーションし、病気を引き起こす仕組みの解明などに
利用される。

　なお、同システムは、6月24日に開催される理研横浜研究所の一般公開で披露される。

ソース：PC Watch
http://pc.watch.impress.co.jp/docs/2006/0619/riken.htm

プレスリリース（理研）：
http://www.riken.jp/r-world/info/release/press/2006/060619/index.html

関連スレ：
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なんだか強そうだな

いつまでノイマン型やってんだか

意味不明な事いってんじゃねーーよ

ギガ、テラまでは凄みがあったが
ペタになったら急に可愛くなったな。

GRAPE懐かしいな。
まだやってたんだ。

>>4
GRAPEは非ノイマン型だぞ。
つーか、Linpack実行できないノイマン型コンピュータて何よｗ

解同は民主党の関係団体
以下は、民主党のホームページに掲載されている「関係団体」の一覧です。

市民がつくる政策調査会
日本労働組合総連合会（連合）
部落解放同盟中央本部

http://news18.2ch.net/test/read.cgi/mnewsplus/1150714125/

ペタ一番乗りはこいつか。

ペタろうと名付けよう。

Rape

>>6
なんかゲームで言えば
ラスボス付近のの雑魚キャラの中に
忍者とかいるようなもんだな

忍者とかはじめのほうに出てきてもも弱そうなのに。
なぜかラストでくそ強い。

リケンのつるペタわかめ酒

ペタ萌え〜のオレが来ましたよ〜

>>9
ペタジーニだろがい

ﾍﾟﾀﾜﾛｽ

なんかマッタリしてるな

理研の研究者みたいに理系頭になりたいよ。

むしろﾍﾟｯﾀﾘしたい

ちょっと貸してくれ。
俺の糞遅いプログラムを走らせる。

これは凄いな。
いくらで出来たのか知りたいところだ。

マキーノ？

GRAPE = ギガレイプ

理研と聞くとあの流出画像しか頭に浮かばない

意外とのびませんね？
　　千年後の”こんぴゅーた”　とか興味無いのですかね？

値段は？

MD専用機だからなあ…

さすがは理研

俺のVAIOの方が高性能！

ハードでロジックを組んでいるだけだろ？センスのかけらもないやり方だね。

タンパク質立体構造を計算する大会に出たら
何位くらいだろう

理研はマボちゃんでも作ってろ

自我発生ﾏﾀﾞｰ?(・∀・ )っ/凵⌒☆ﾁﾝﾁﾝ　　

計算速度だけでみると米ＩＢＭが開発した汎用機「ブルージーン」の約3倍に相当し、世界最速という。

理研って増えるワカメ売ってたろ

>>29
そのレベルで否定するのなら他にどんな方法があるんだ?

こういう専用計算機って、作ってるの日本だけなの？

GRAPEって、東大じゃなかったか？

ファンの数がすげーｗ
これ熱逃がしてもすぐ近くにＰＣあったら意味なくね？ｗ
クーラーガンガンにきかしてるのかな

理研のプレスリリースの文面から察するに、Intelからかなりの資金提供を受けてそうだな。
この用途なら普通はAMDを選択するだろ。

NetBurstがお役御免でCPU余りまくってるから超ディスカウント…
というのは邪推が過ぎるでしょうか（；^ω^）

数億元の連立方程式解けるハードウェア作れりゃ
いろいろ使い回せるのにね。

>>39
AMDのOpteron使う予定だったのが、Intelの横槍で変更。

http://www.nikkei.co.jp/news/sangyo/20060619AT1D1907B19062006.html
なんだ、もうぺタ実現したんじゃないか。
それなら京速はキャンセルだな。

これは汎用計算機じゃないし。

>>37
理研のプレスリリースの注２にのってるよ。

つかさ　　原始的じゃね　　これ

>>46
今の技術水準じゃこれぐらいプリミティブなアプローチでないと解析対象に対して計算力が絶望的に足らないのよ。

むかしComputer Todayに開発記が載ってたな
星団の衝突をシミュレーションする専用計算機

太田摩耶

ペドスレと聞いたのですが、ココですか？

>>36
専用計算機といえるかどうかわからんけど、例えば医療用のCTなんかの画像再構成処理は専用の回路をワイヤードロジックで組んで
データが流れてくると同時に画像処理をしているけどな。そうじゃないとリアルタイムで再構成画像が見れない。
CPUも乗っているけど、割り込み処理とか専用DSPへのコマンド投げぐらいしかやっていない。こんなのは２０年前からやっているけどね。
PETなんかも、γ線が入ってきた時、一発ずつのイベントに対していろんな補正を掛けるんだけど、回路を流れていく段階でリアルタイムで処理が
行われるように出来ている。
昔、ブルーバックスでGRAPEの解説本がでた時読んでみたけど、その時思ったのはこういった医療機器と同じことしてるんだなということ。

それとこの手の専用計算機の面倒なのはデバッグだな。
割り込み処理なんかがおかしいと、ハードの結線が間違っているのかファームの記述が間違っているのかよくわからない。
そこでお互いに罪を擦り付けあうってことになる。デバッガーの使い方も難しいしね。

1チップで1PFLOPSの処理能力を持ち記憶容量は6億PByteのCPUが出来たら人間の頭脳の代用品になるかな？

>>52
ファームの書き方次第だなｗ

今週の土曜に一般公開やるんだね。
見に行ってこようかな。

またグレープか

http://vista.x0.to/img/vi5053239580.jpg

つるぺた☆ふろっぷす

とか書くとエロゲっぽくね？

グレープかわいいよグレープ

>>52の訂正

×　記憶容量は6億PByte
○　記憶容量は6万PByte

ピコワロス

>>52
人間の頭脳は200TFLOPSだっけ？
でもアルゴリズムが厳しそう

今回はこのLSIを4,808個利用したシステムを構築し、1ペタフロップスの理論ピーク性能を得ました。
LSIの製造は(株)日立製作所、専用計算機部分の基板等の製造は(株)東京エレクトロンデバイスが行なっています。
このような高い性能にもかかわらず、システムの消費電力は最大200キロワットと低く、
大きさも22ラック分となり非常にコンパクトに作れるのが専用計算機の利点です。
また、今回のシステムのうち、専用計算機部分の開発にかかった費用は人件費・開発費等を含めて約10億円であり、
低コストであることも特徴です。本システムの構築では、インテル(株)の協力のもと、
日本SGI(株)より専用計算機を接続するホスト計算機の提供、システムの構築支援を受けています。
インテル社の最新プラットフォームの利用により、システムの電力効率を向上させることが可能になり、
また今後の実効性能向上も期待されます。


http://www.riken.jp/r-world/info/release/press/2006/060619/index.html


たった10億円だとよ。
消費電力は最大200キロワットだって。
まじですごいじゃねえか。

開発費が１０億円だから、量産したら１００億円で５０ペタワロスぐらい逝くね。
今度の新幹線Ｎ７００系が１編成５０億円で、305kWのモーター５６個使い。

全く意味のない比較だが、MDGRAPE-3で比較できちゃうレベルなのがスゴス。

数字の細かいところはどうでもいい。
私は計算機の中でタンパク質が正しく折り畳まれていく過程が見たいのだ。

また、随意契約か

さだまさし？

1秒間に1000兆回…
メルセンヌ素数もさらに発見できそうだなぁｗ

わかめスープのわかめの増え方を予めスーパーコンピューターで計算していたとは驚きだ。

この伸びの悪さからすると、みんな専用計算機はまともに相手にしないおりこうさんになってしまったようだな。

汎用のスパコンと比べてもしょうがないんでしょ

PhysXみたいに一般人が買えて利用しやすいのがいいな。

それとは別に、粒子モデルでガンガン力まかせに行くのは一つの道でもあるけど、先が暗いと思う。

caspに出ろ
http://predictioncenter.org/

つるぺタコンピュータ

ＭＤ専用にして設備投資を惜まない業界を狙いにしたのはうまい選択。
ニーズがなければ単に作りましたで終わる。
オーバークロッカーの自己満足みたいに。

>>74
いまどきそんなんに予算でないよ。

ニッチすぎて売れないだろ。しかも、創薬分野での実用性はまだ未知数だし。

数年後、汎用機のグリッドで簡単にパフォ出せたりしてね。

ベンチおたくのプロ版にすぎない
意味のある結果を出してからこい

スゲェな

>>1
>同システムでは、スーパーコンピュータ性能ランキング「TOP500」で用いられるベンチマーク
>Linpackを実行できないため直接比較できないが、
アホが。
Linpackごとき、1CPUでも実行できる。
単に直接比較したら結果がぼろぼろだからやらなかっただけのことじゃないか。

>理論ピーク性能は1PFLOPSに達し、TOP500で
>現在1位のIBM BlueGene/L(360TFLOPS)の約3倍に相当する性能だとしている。
ここで言う理論ピーク性能は単純に台数比例だから、インターネットで何百万台もPCつなげば
「理論ピーク性能」でよければ、もっとでる。

>MDGRAPE-3は、タンパク質の働きをシミュレーションし、病気を引き起こす仕組みの解明などに
>利用される。
パソコンただ並べただけのほうが何十倍も安く同じことできるわけだがな。

以下、>>80が税金の無駄だと力説いたします。

どう見ても釣りです

要はビデオカードみたいなもん？

東大の宇宙地図作ってる奴ワンフロアで70テラ超すけどあまり話題にならないね。

>>80
これはひどい。

1pFLOPSじゃないのか･･･

で、うちの1000メガヘルツサンダーバードアスロンは何FLOPSなの？

中国人民全員にそろばんを持たせ、
合図と同時に２つの数字の足し算を行い、
「ピーク性能は、１３億回/秒の演算能力」
みたいなもの？

基礎研究分野の数値解析屋はカスばっかり

>>87
0.00000001ぺた

>>80
夏休みにはまだ早いと思っていたが

>>80
レイテンシって、知ってる？
つかﾈﾀﾆﾏｼﾞﾚｽｶｺﾜﾙｲ

>>87
2GFLOPS

compound libraryで負け気味な日本製薬業界の切り札になる…のか？
MDじゃなくてDFTやab initio専用プロセッサも開発きぼんぬ。

なったらいいね

もう一つの問題を計算するたびに専用計算機を作成汁！人口動態解析計算機とかね。これさえあれば少子化問題はすべて解決します。猪口アホだから信用するぞ。

ｐｓ３のcpuｘ４０９６個のほうが早いんじゃない

オセロ専用プロセッサとか大学院生の博士論文の研究あたりで作らないかな。
8×8で白、黒、石なしの3状態を保持する8x8が1本のレジスタ。
60本のレジスタをスタック状に使用。
石を指定の場所に置いて隣接する石を反転する所まで1命令/1クロックで行う。
なんかオセロ(8×8)は完全解明されそうなのにまだ解かれていなくて気持ち悪い。

>>75
この業界は負け組みばかり？

まぁ、この開発費ならノウハウ代金としても破格だから、
売れなくても痛くないしね。

世界初とか世界最高ってのは営業がバカだとなかなか売れないものだ。

これ使ってトリップ解析やったら・・・とか考えてしまう

トリップ解析専用CPUか。
暗号解読のコンテストで、ドイツのチームだかが専用ハード使って解析して1位とってたな。

そろそろ2ちゃんのトリップも、桁を増やさないと危ないんじゃね？

>>96
FPGA使って問題ごとにロジックを動的に書き換えられるGRAPEも
理研で作ってるけどね

ミサイルを打ち落とすためのミサイルを制御するためには、小型のトラックに
搭載できて、小型の発電機の電力で動くような計算機でなければ困る。

>>103
一号機だけじゃないかな

デュアルコアXeonを256個搭載したサーバーを64台、Xeon 3.2GHzを74個搭載した
サーバーを37台接続したもの。

なんかヨドバシで作れそうじゃね？
COREDUO２でやろうぜ。

足跡ペタ

いくら計算能力を与えても
ダメなヤツは何をやってもダメ

分子動力学の計算は距離を求め、電荷を距離の二乗で割って合算する
という話なのかな、銀河のシュミレーションと較べると桁違いに数が
少なくて直ぐ終わりそうだが？
周りの水の分子も影響するとなると大変だが。

>>109
当然水分子も計算する。
あと、分子間力も必要。

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intelなんか使わないで日本製CPUを使おうよ

>>112 今純粋に国産で売れているというとSH系ぐらいか、
あとはＮＥＣのスパコンぐらいしかないのでは。
ＮＥＣのスパコンはアメリカが保護してくれたので生き残っている。

efficeonって国産になる？
あきる野の富士通で製造されてるらしいけど

>>113
保護？圧力の間違いでは？

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おおお！！
MDがスレになるのか！
いちMD屋として、すこしびくり。

>>117
すんません、ﾏｷｰﾉたん萌えの自作板住人
かつSETI@home参加者だったもんで（ｗ

CPUが百万個の単位で使われる超並列計算機でなら、独自CPUを設計しても
元が取れる可能性があるのにな。どうせ普通の商用バイナリ−が必要な
わけじゃないしさ。

この箱は、一般人にすれば足し算、割り算と言う様な単純な計算をしている事だろ?
この専用箱の場合物理計算専用で、距離と分子間力という通常の石っころだと、
あまり使わないから別の計算式を多用して計算させたのを、
専用計算回路を作って特化させて速度を出したと言う事か。

しかしな、、様はニッチな世界のパーツの集合体だから、今はビジネス的に人気無いけど
最近PS3やPCに搭載して物理演算をさせるチップが売られるようになってきたな。
米やイスラエルの天才が更に高能率の物理演算チップを開発して安価に出回らせたら
直ぐに外国製で占められそうだな。

たとえるなら専用大型機を使って可能だったリアルタイム3D画像が雨後の竹の子のように
色々なメーカーから3Dグラフィック専用チップが売り出されてPCでも手軽に3Dと。

同じ開発するなら、将来物理演算チップメーカーにライセンスを売れるように
アルゴリズムや基礎研究の方を充実させた方が良さそうだな、このままじゃ負けるのは確実だから。

誤　最近PS3やPCに搭載して物理演算をさせるチップが売られるようになってきたな。
正　最近PS3やPCに搭載して物理演算をさせるチップが売られる様になってきたから