★ホウエン図鑑準拠 ルビー・サファイアどちらかでしか手に入らないポケモン
ルビー:タネボー→コノハナ→ダーテング、クチート、ザングース、ソルロック、ラティオス、グラードン
サファイア:ハスボー→ハスブレロ→ルンパッパ、ヤミラミ、ハブネーク、ルナトーン、ラティアス、カイオーガ
★カントー図鑑+ナナシマ準拠 ファイアレッド・リーフグリーンどちらかでしか手に入らないポケモン
ファイアレッド:アーボ→アーボック、ナゾノクサ→クサイハナ→ラフレシア/キレイハナ、コダック→ゴルダック、
ガーディ→ウインディ、シェルダー→パルシェン、ストライク→ハッサム、エレキッド→エレブー
ウパー→ヌオー、デリバード、ハリーセン、ヤミカラス、エアームド
リーフグリーン:サンド→サンドパン、マダツボミ→ウツドン→ウツボット、ヤドン→ヤドラン/ヤドキング
ロコン→キュウコン、ヒトデマン→スターミー、カイロス、ブビィ→ブーバー
ルリリ→マリル→マリルリ、ニューラ、テッポウオ→オクタン、ムウマ、マンタイン
★ぜんこく図鑑準拠 エメラルドでのみ手に入るポケモン
チコリータ→ベイリーフ→メガニウム、ヒノアラシ→マグマラシ→バクフーン、ワニノコ→アリゲイツ→オーダイル、
※ホウエン図鑑完成後、一匹を選択
ホーホー→ヨルノズク、メリープ→モココ→デンリュウ、ウソッキー、エイパム、ヒマナッツ→キマワリ、
クヌギダマ→フォレトス、グライガー、ブルー→グランブル、ツボツボ、ヒメグマ→リングマ、デルビル→ヘルガー、
オドシシ、ドーブル、ミルタンク
☆ホウエン図鑑準拠 エメラルドでは手に入らないポケモン
アメタマ→アメモース、アサナン→チャーレム、ロゼリア、ザングース、ルナトーン
※すべてXDで手に入る
☆コロシアムとXDがある場合、「ファイアレッドでのみ手に入るポケモン」はいなくなる
※リーフグリーンのヤドン→ヤドラン/ヤドキングだけがバージョン限定になる