【Perl 】初心者コーナーPart5

UNIXのおファイルについて質問です。
例えば、一つのディレクトリに10000のおファイルをぶち込むのと、
100のディレクトリに、100のおファイルをぶちこむのでは、
どちらがいいのでしょう。
UNIXのおファイルシステムは、線形検索との事ですが、
やっぱり入れすぎはよくないのでしょうか。