今は subject.txt や index.html の更新時にロックしてないらしいので,
競合した時に意図せぬ動作につながっている,とかも考えられなくもないですね.
subject.txt のレス数について,単純にインクリメントするだけだとずれてくので
dat 中のレス数を毎回数え直さないといけないってのも,ロックしてない故の
競合によって起きてるような気もします.
で,対策ですが,まず考えられるのはきちんとロックするということですね.
それ以外の方法としては,message queue を利用して,bbs.cgi からは
subject.txt 等の更新要求を mq に放り込んで,別途走らせておく
更新用デーモンが mq から要求を取り出して処理する,って感じでしょうか.
mq を利用する方法なら,ロックしなくても処理がシリアライズされますし,
その更新用デーモンを C で書いて subject の並べ替えを例えば mmap() して
memmove() するような処理にすれば,今の Perl の処理よりも軽くできると思います.