時をかける天空の城コマンドー

米軍内で天空の城ラピュタを探す極秘プロジェクトが動きだし特別チームが結成された。
ついにチームはラピュタを発見し探索を開始するも護衛に付いていた特殊部隊員達の裏切りにあい、チームは全滅。
特殊部隊を指揮していたのはなんと偶然拾ったクルミで過去からタイムリープしてきたベネットだった。
ベネットは世界支配を企みその第一歩としてラピュタでアメリカを強襲。
米軍がこれを迎え撃つも圧倒的科学力の前に次々と敗れていき、各都市は次々と焦土と化していった。
予備役兵として招集されたカービー元将軍は最後の望みを託して南国の島へと降り立った。
家族と平和に暮らすメイトリクス一家の元に一通の召集令状を持って・・・