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>>16

ESC ! cmd /c start wget -r http://hehehe/

でOKだよ。ちょっとめんどくさいけど。
(ESC ! は M-x shell-command と同じ意味)

wgetのせいじゃなくて、shell-command自体が
処理完了を待つような仕様みたいね。
それを強制的にバックグラウンド実行させるだけ。