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Feral Interactiveに問い合わせたら返答がありました。
Bluetooth関連のアップデートがAppleからあれば直るそうです。
とりあえずの方法も教えてもらい、
MacのBluetoothをONにして、PS3コントローラを認識させない(接続解除)状態で、
Borderlandsを起動して、ゲームを開始して一度自販機をEキーで使ったあとに、
コントローラのPSボタンで接続を行うとそのあとは使えるようになりました!
ただ、SELECTキーは使えないのでTABキーで代用します。