>>48 そういうもんです
ユーザ定義リストは標準リストをユーザが好きなようにアレンジしたものですから、
アップデートで板のURLが更新されていたら反映されますが、新設板は追加されません。
常に 標準リスト = ユーザ定義リスト にしたいなら、
標準リストをユーザ定義リストのシンボリックリンクにしておくことで実現できます。
cd ~/Library/Application Support/CocoMonar/Documents
ln -s board.plist board_default.plist
ただしその場合は、板を並べ替えたりが実質できなくなります。