gcc-4.5.0のvar-trackingが遅い問題ですが、gcc-4.5.1で解決したようです。
make -j2 CXX="/usr/bin/g++" CXXFLAGS="-g -O2 -pipe -fno-var-tracking" 408.48s user 32.36s system 134% cpu 5:27.20 total
make -j2 CXX="/usr/bin/g++" CXXFLAGS="-g -O2 -pipe -fvar-tracking" 500.05s user 34.99s system 131% cpu 6:46.24 total
少し遅いですが、2倍3倍遅いということもないのでまあこんなものなんでしょう。
影響を受けてたと思われる?Archのユーザーの方はもう-fno-var-trackingしなくても良さそうです。
JDと直接関係のない話題ですが、報告まで。