くだらねえ質問はここに書きこめ！ Part41

red　hat　8.0を使ってます。LINUX暦一ヶ月のド素人です。よろしくお願いします。
こちらの文字コードがＥＣＵだったり改行がＬＦだったりというＷＩＮＤＯＷＳとの違いを
得に気にしなくても一般的なレンタルサーバのようにシフトＪＩＳ、ＣＲＬＦのままで使えるよう
にしたいです。
windows上で作ったhtmlやperl等のファイルをＬＩＮＵＸにSAMBAで運んで実行してみた所。
文字化けしたのでＡｐａｃｈｅのhttpd.confのデフォルト漢字コード設定をシフトＪＩＳにしたら
ＨＴＭＬのページは正しく表示されましたがＣＧＩの吐き出すＨＴＭＬ文やデータはＥＣＵでないと
ただしく動作しません。サイト作成はＷＩＮでやりたいのでシフトＪＩＳ、改行コードはのみで使えるようにしたいのですが
どこをどう設定すればよいでしょうか？