進化論は仮説？

頭の固い人だね。

＞差異があっても、フェロモンが一致するまでは意味がないはずだと思って
＞共生の例をあげたのですが。

フェロモンに似た例として、植物が出す特定の昆虫に対する忌避物質がある。
食われないようにするためだな。
こいつは、前駆体になる物質が体内にあって、それのモディファイでできるわけだが、
よく似た化合物を他の植物種が持ってたりする。
でも、それは忌避物質として働かない。その昆虫に食われないからその必要もない。
つまり、その食害される植物にとっては、いろんなアナログ作るうちにたまたま虫に対して
ビンゴなもの作ったやつが優位に立ったと考えられる。
多分こういう忌避物質は、自分たちが言うところの”うんこ”（特別意味を持たない、
副産物としてできてきた化合物）だったんだろう。それが役に立ったわけだ。

＞分子レベルでは、変異のほとんどが中立なのに、最後には淘汰が働いて生存に有利な種が
＞固定されると考えるのは、あまりにご都合主義だと思います

いや、変異のうちlethalでなく、生存に不都合でなく（四肢に不具合が出るなど）、
遺伝的に問題が出ることがない、と言うだけで既に固定のための選択がかかっている。
その上で、生存競争に有利、という選択圧がかかっていると見る方がいいだろう。
どっちでもいいような変異は、差として見えないから、淘汰の対象にもならない。