転写活性化について騙ったりして、、
1 ：１：
転写活性化に関して解らないことがあるので、
伺いたいです。
転写活性化といえば、ヒストンアセチル化酵素が関与しており、アセチル化により、クロマチン構造がほぐれると考えられているようですが、以前、Sp1や他の転写因子がTBP associate proteins(TAFs) に結合し転写活性化するという流れもあったように思います。
ところで、この二つイベントの関係はしらべられているんでしょうか？やはりクロマチン構造が壊れないと、転写制御因子はTAFに結合できないんでしょうか？
転写に詳しい人教えてちょ
伺いたいです。
転写活性化といえば、ヒストンアセチル化酵素が関与しており、アセチル化により、クロマチン構造がほぐれると考えられているようですが、以前、Sp1や他の転写因子がTBP associate proteins(TAFs) に結合し転写活性化するという流れもあったように思います。
ところで、この二つイベントの関係はしらべられているんでしょうか？やはりクロマチン構造が壊れないと、転写制御因子はTAFに結合できないんでしょうか？
転写に詳しい人教えてちょ
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2 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/07/15(日) 01:29
堀越正美に聞け
3 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/07/15(日) 02:47
そして思う存分罵倒されてこい
4 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/07/15(日) 13:46
堀越君はまだ助教授なんかぃ？＞分生研の人
5 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/07/15(日) 14:21
いまは便所掃除ですよ。
6 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/07/15(日) 15:49
私になんかようか？
7 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/07/28(土) 03:07
あげ
8 ：黒まちん：01/08/29 19:22 ID:rnTeOGqU
大雑把に説明すると次のモデルが一般的かと、
1. DNAに転写因子が結合。
2. その転写因子がヒストンアセチル化酵素をrecruit。
3. クロマチン構造がほぐれる。
4. さらに転写因子、ヒストンアセチル化酵素がGTF、polII等をrecruit。
5. 転写活性化。
1と2が同時に起こるというモデルもあるし、クロマチン構造がほぐれなくてもTBPとpolIIがDNAに結合するという話（Cell, 105, 403等）もある。
専門家の人よかったらさらに詳しい解説を。
1. DNAに転写因子が結合。
2. その転写因子がヒストンアセチル化酵素をrecruit。
3. クロマチン構造がほぐれる。
4. さらに転写因子、ヒストンアセチル化酵素がGTF、polII等をrecruit。
5. 転写活性化。
1と2が同時に起こるというモデルもあるし、クロマチン構造がほぐれなくてもTBPとpolIIがDNAに結合するという話（Cell, 105, 403等）もある。
専門家の人よかったらさらに詳しい解説を。
9 ：名無しゲノムのクローンさん：01/08/29 20:09 ID:rpOycX/Y
4番 クロマチン
10 ：黒まちん：01/08/30 17:41 ID:B36KkHS2
おっけぇ〜い、ナイスバッティング！
ところで、誰も転写活性化について騙らないなら、俺が騙る。
次回、記念すべき第1回目はRNAポリメラーゼの発見だ。質問、助言、罵声どんどん受付中。
っていうようなのを計画してみましたが、皆様、如何思われますか？
ところで、誰も転写活性化について騙らないなら、俺が騙る。
次回、記念すべき第1回目はRNAポリメラーゼの発見だ。質問、助言、罵声どんどん受付中。
っていうようなのを計画してみましたが、皆様、如何思われますか？
>>8
1. DNAに転写因子が結合。
アセチル化されていない、つまりまだ十分にほぐれていないクロマチン上で転写因子はどうやってDNAに結合するのですか？また、このような転写因子にはどのような種類のものがしられているのですか？
1. DNAに転写因子が結合。
アセチル化されていない、つまりまだ十分にほぐれていないクロマチン上で転写因子はどうやってDNAに結合するのですか？また、このような転写因子にはどのような種類のものがしられているのですか？
12 ：名無しゲノムのクローンさん：01/08/30 21:07 ID:4oYsoqlY
>11
マチャミの本でも読むこと。
マチャミの本でも読むこと。
13 ：へたれ黒まちん：01/08/30 21:11 ID:B36KkHS2
申し訳ございません。私には騙る資格も実力もなかった様です。そこで、今後は実験生活の憂さ晴らしに、皆で、へたれ黒マチンをしごくという方向でいっていただければと考えております。
さて質問の答えですが、アセチル化されていないクロマチン上で転写因子がDNAに結合するメカニズムとしては
1. S期の間に忍び込む（HSF; MCB, 20, 6435等）。
がまずあげられます。しかしながらCREBがin vitroでクロマチンテンプレートを活性化できることから考えてそれ以外の機構が存在すると思われます。例えば、
2. S期の間に忍び込んだ奴の力を借りる。
3. 結合部位がクロマチン上に露出している。
4. リモデリングファクターの力を借りる。 等です。
ただし2-4をサポートする論文の有無は分かりません。
2つめの質問に関しては(a)CREBがOKなので例えばjun-fosなんかも大丈夫かな。(b)1,2年前にGAL4-VP16の論文を読んだような。という程度です。
さて質問の答えですが、アセチル化されていないクロマチン上で転写因子がDNAに結合するメカニズムとしては
1. S期の間に忍び込む（HSF; MCB, 20, 6435等）。
がまずあげられます。しかしながらCREBがin vitroでクロマチンテンプレートを活性化できることから考えてそれ以外の機構が存在すると思われます。例えば、
2. S期の間に忍び込んだ奴の力を借りる。
3. 結合部位がクロマチン上に露出している。
4. リモデリングファクターの力を借りる。 等です。
ただし2-4をサポートする論文の有無は分かりません。
2つめの質問に関しては(a)CREBがOKなので例えばjun-fosなんかも大丈夫かな。(b)1,2年前にGAL4-VP16の論文を読んだような。という程度です。
14 ：へたれ黒まちん：01/08/30 21:31 ID:B36KkHS2
1.の それ以外の、後に、（細胞周期非依存性の）
を追加して下さい。
後、まちゃみの書いたものは
1. 表（Table）
2. 日本のscienceに対する不満
が秀逸です。
を追加して下さい。
後、まちゃみの書いたものは
1. 表（Table）
2. 日本のscienceに対する不満
が秀逸です。
15 ：教えて君：01/08/30 22:05 ID:vPKnAFns
御親切な回答ありがとうございます。
CREBがin vitroでクロマチンテンプレートを活性化できるという論文も教えていただければ幸いです。
ところでまちゃみの本の２万円ぐらいする転写の本は買ったほうがいいでしょうか？
CREBがin vitroでクロマチンテンプレートを活性化できるという論文も教えていただければ幸いです。
ところでまちゃみの本の２万円ぐらいする転写の本は買ったほうがいいでしょうか？
16 ：名無しゲノムのクローンさん：01/08/30 22:21 ID:xRCQBR7Y
まちゃみの本は図書館から借りるので十分。２万はぼったくり。
17 ：モナー：01/08/31 07:28 ID:09K5dVkQ
SAGAの存在も忘れないで〜。
18 ：モナー：01/08/31 07:41 ID:09K5dVkQ
swi/snfも忘れないで〜。
19 ：へたれ黒まちん：01/08/31 12:33 ID:oPBk6RHg
>>15
GD, 11, 887
ぐらいしか分からない。読まれて訂正等あれば報告していただけると幸いです。
>>16,17
もちろんです。釈迦に説法なのは100も承知で追々騙って行きたいと思っております。
GD, 11, 887
ぐらいしか分からない。読まれて訂正等あれば報告していただけると幸いです。
>>16,17
もちろんです。釈迦に説法なのは100も承知で追々騙って行きたいと思っております。
20 ：へたれ黒まちん：01/08/31 18:44 ID:oPBk6RHg
取りあえず今までのところをまとめてみた。
1. 便所掃除をしているという噂もあるが、やはり転写のことはまちゃみ助教授に聞け。あくまで自分の責任において。
2. 最近の巨人はどうよ？
3. 転写活性化の機構はDNAに転写因子ががんばって（>>13）結合。その転写因子がHATをrecruit。クロマチン構造がほぐれさらにGTF、polII等をrecruit。その結果、転写活性化。（>>8）
4. SAGAおよびswi/snfを忘れるな。
今後の方針として、1.2は終了かな。
3.は俺の力ではこれ以上無理。しばらく待つか、誰かレスを。
4.に関して少し話そうか。実は酵母にも男と女がいるんだ。
（つづく）
1. 便所掃除をしているという噂もあるが、やはり転写のことはまちゃみ助教授に聞け。あくまで自分の責任において。
2. 最近の巨人はどうよ？
3. 転写活性化の機構はDNAに転写因子ががんばって（>>13）結合。その転写因子がHATをrecruit。クロマチン構造がほぐれさらにGTF、polII等をrecruit。その結果、転写活性化。（>>8）
4. SAGAおよびswi/snfを忘れるな。
今後の方針として、1.2は終了かな。
3.は俺の力ではこれ以上無理。しばらく待つか、誰かレスを。
4.に関して少し話そうか。実は酵母にも男と女がいるんだ。
（つづく）
21 ：名無しゲノムのクローンさん：01/08/31 19:50 ID:UmcnSJ0M
あまり関係ないが分生ワークショップ、和製クロマチン関連因子群ってあるね
誰がこんなタイトルを付けたかと思ったらまちゃみだった
わたし詳しくないのでついでにお聞きしたいのですが、日本でそんなにたくさん
クロマチン関連因子って単離されているんでしょうか？
誰がこんなタイトルを付けたかと思ったらまちゃみだった
わたし詳しくないのでついでにお聞きしたいのですが、日本でそんなにたくさん
クロマチン関連因子って単離されているんでしょうか？
22 ：名無しゲノムのクローンさん：01/08/31 22:50 ID:YFWijaAo
だてにtwo-hybridの鬼とは呼ばれていません。単離しただけだけどね。
23 ：名無しゲノムのクローンさん：01/09/01 07:08 ID:6XZpt9hA
そんなものの鬼と呼ばれたところでアンタ・・・ﾜﾗﾀ
類義語：
ミニプレップの達人。
ホモロジーサーチの覇者。
（キットを使わない）ライゲーションの神。
世界で三本指に入るフラスコ洗い。
銀河系一のミューピッドの使い手。
・・・なんかこのネタだけでスレ建てたくなってきたぞ。ねぇ建てていい？
類義語：
ミニプレップの達人。
ホモロジーサーチの覇者。
（キットを使わない）ライゲーションの神。
世界で三本指に入るフラスコ洗い。
銀河系一のミューピッドの使い手。
・・・なんかこのネタだけでスレ建てたくなってきたぞ。ねぇ建てていい？
24 ：へたれ黒まちん：01/09/01 11:25 ID:qCTyLIuQ
まちゃみスレ化してきたな。しかしながら、まちゃみスレには私のような痛い熱さを持ったものも不可欠だと思う今日この頃です。
>>21,22
2000年6月のPNEでは『すでに数年前に100種以上』と書いてあった。もっとでかい数字を何処かで見たような気がする。
>>23
影ながら応援してます。
新規HATの1次構造決定をアミノ酸シーケンスのみを用いて行う、という他に類を見ない独創的なアプローチ。
>>21,22
2000年6月のPNEでは『すでに数年前に100種以上』と書いてあった。もっとでかい数字を何処かで見たような気がする。
>>23
影ながら応援してます。
新規HATの1次構造決定をアミノ酸シーケンスのみを用いて行う、という他に類を見ない独創的なアプローチ。
25 ：sage：01/09/01 11:45 ID:Qos8jQiI
痛い熱さってなんすか？
もしかしてOB?
もしかしてOB?
26 ：名無しゲノムのクローンさん：01/09/01 13:07 ID:iOXLxrO.
two-hybridの1stスクリーニングでHis(-)プレートに出現してきたコロニー600個を、
LacZの検定前に「全てのクローンをしーけんすせよ！」とかH越せんせいに命令された院生が
速攻で出ていったとか。
LacZの検定前に「全てのクローンをしーけんすせよ！」とかH越せんせいに命令された院生が
速攻で出ていったとか。
27 ：名無しゲノムのクローンさん：01/09/01 14:02 ID:nTIFwI3E
H越転写本の各記事の著者のコメントが笑える。悲惨な毎日を送っているのだろう。
28 ：名無しゲノムのクローンさん：01/09/01 19:15 ID:iOXLxrO.
H越研のラボマニュアルとか、実験ベンチの片付け方はなんかは、褒めてもいいんぢゃないか？
29 ：へたれ黒まちん：01/09/02 09:35 ID:TFcnJiS6
>>25,26
まちゃみとは数年前の分生で一度お話したことがありますが、向こうは俺のこと99.9%覚えてないと思います。OBだったらもっといろんな裏話もできたかも知れませんが、役に立たなくて申し訳ない。
しかし、Y2Hでイタイめにあった経験は有。
>>27,28
(a)これが、2万円ぐらいするという本？タイトルを教えてもらえないだろうか。
(b)具体的にはどんな感じなのかな？
まちゃみとは数年前の分生で一度お話したことがありますが、向こうは俺のこと99.9%覚えてないと思います。OBだったらもっといろんな裏話もできたかも知れませんが、役に立たなくて申し訳ない。
しかし、Y2Hでイタイめにあった経験は有。
>>27,28
(a)これが、2万円ぐらいするという本？タイトルを教えてもらえないだろうか。
(b)具体的にはどんな感じなのかな？
30 ：へたれ黒まちん：01/09/02 12:57 ID:TFcnJiS6
一人ぐらいは楽しみにしてるかも知れないので(>>20)の続き、
ふざけた書き方したけど、酵母にも性(Mating Type)がある。出芽酵母ではaとαだ。
1. この性別はMATと呼ばれる遺伝子座にMATaあるいはMATαのどちらが存在するかによって決定される。
2. MATa、MATαはそれぞれHML、HMRという遺伝子座に存在する。
3. ある種の酵母では性別が2世代ごとに変化する(Swiching)。
4. 右手に男の口、左手に女の口がありさらに、顔にどちらかの口がついててその口が性別を決定してるのを想像してくれ。このとき両手が喋らないように手は強く握られてる。ヘテロクロマチンだ。
そして、2世代ごとに顔と別性の口が手から切り取られて入れ代わる。そんな感じだ。切り取るのがHOと呼ばれるエンドヌクレアーゼだ
5. SWIはSwichingできない変異株。SWI1〜5まで単離されてて、HOの転写を調節するってことが分かってる。
って感じ。次回は酵母は何を食うかだ。
専門家からのつっこみ、罵声をお待ちしてます。
ふざけた書き方したけど、酵母にも性(Mating Type)がある。出芽酵母ではaとαだ。
1. この性別はMATと呼ばれる遺伝子座にMATaあるいはMATαのどちらが存在するかによって決定される。
2. MATa、MATαはそれぞれHML、HMRという遺伝子座に存在する。
3. ある種の酵母では性別が2世代ごとに変化する(Swiching)。
4. 右手に男の口、左手に女の口がありさらに、顔にどちらかの口がついててその口が性別を決定してるのを想像してくれ。このとき両手が喋らないように手は強く握られてる。ヘテロクロマチンだ。
そして、2世代ごとに顔と別性の口が手から切り取られて入れ代わる。そんな感じだ。切り取るのがHOと呼ばれるエンドヌクレアーゼだ
5. SWIはSwichingできない変異株。SWI1〜5まで単離されてて、HOの転写を調節するってことが分かってる。
って感じ。次回は酵母は何を食うかだ。
専門家からのつっこみ、罵声をお待ちしてます。
31 ：名無しゲノムのクローンさん：01/09/02 13:06 ID:tPuokRFw
SOS-ベイトとミリスチルプレイcDNAをRas-アデニリルシクレース系ですくりーにんぐする
サイトトラップってどうしてうまく逝かないの？
サイトトラップってどうしてうまく逝かないの？
32 ：名無しゲノムのクローンさん：01/09/03 08:22 ID:oCHrngGs
>専門家からのつっこみ、罵声をお待ちしてます。
そいじゃご期待にお応えして。
ISWIの立場はどうなるんじゃｺﾞﾙｧ
ところでSWIってどう読んでます？ スゥィー？ エスダブリューアイ？ スワイ？
そいじゃご期待にお応えして。
ISWIの立場はどうなるんじゃｺﾞﾙｧ
ところでSWIってどう読んでます？ スゥィー？ エスダブリューアイ？ スワイ？
33 ：へたれ黒まちん：01/09/03 12:26 ID:8BxlqaGU
>>31
すまん。これは俺には無理だ。
詳しい人、答えてあげて。もしくは質問スレへ。
>>32
2週間以内には話すつもりだ。簡単にいうとSWI2ファミリーで保存されたDNA dependent ATPase domainを持つ因子だ。Imitation SWIの略だったと思う。
MCB, 14, 2225等で復習しながら待っててくれ。
でよろしいでしょうか？
転写界を去ってはや数年、そんな俺はスィッチって言ってる。それなりのクロマチン研究者から聞いた話だと外人にスワイは通用しないらしい。転写界の人たちどうですか？
すまん。これは俺には無理だ。
詳しい人、答えてあげて。もしくは質問スレへ。
>>32
2週間以内には話すつもりだ。簡単にいうとSWI2ファミリーで保存されたDNA dependent ATPase domainを持つ因子だ。Imitation SWIの略だったと思う。
MCB, 14, 2225等で復習しながら待っててくれ。
でよろしいでしょうか？
転写界を去ってはや数年、そんな俺はスィッチって言ってる。それなりのクロマチン研究者から聞いた話だと外人にスワイは通用しないらしい。転写界の人たちどうですか？
34 ：名無しゲノムのクローンさん：01/09/03 14:39 ID:oCHrngGs
>33
ご丁寧なお返事どうも。楽しみにしてます。
ちなみに俺のまわりの専門家連中（アメリカ原住民）は、生化学屋は「スゥワイ」、
遺伝学屋は「スゥイッチ」と言っているような傾向があるね。ただ、
アリールナンバーが付く場合は、「スゥワイスィックス」（swi6）とかね。
ISWIは「アイ・スゥワイ」ですね。
ご丁寧なお返事どうも。楽しみにしてます。
ちなみに俺のまわりの専門家連中（アメリカ原住民）は、生化学屋は「スゥワイ」、
遺伝学屋は「スゥイッチ」と言っているような傾向があるね。ただ、
アリールナンバーが付く場合は、「スゥワイスィックス」（swi6）とかね。
ISWIは「アイ・スゥワイ」ですね。
35 ：へたれ黒まちん：01/09/03 20:25 ID:8BxlqaGU
>34
いやこちらこそ。
頑張るので厳しく見守っていただければ幸いです。
では昨日の（>>30）続き
1. 酵母はグルコースが大好き。でも、ガラクトースやシュークロース何かも炭素源として利用できる。
2. そんな中、ガラクトースきらーい、シュークロースきらーい、というような酵母、すなわちそれらを炭素源として利用できない変異株が単離された。
前者がGAL、そして後者がSNF(Sucrose nonfermenting)だ。ちなみに俺はスニフといってる。SUC2インベルターゼの転写制御因子群だ。
じゃあ次回『SWIがSNFでSNFがSWIで』をお楽しみに。
いやこちらこそ。
頑張るので厳しく見守っていただければ幸いです。
では昨日の（>>30）続き
1. 酵母はグルコースが大好き。でも、ガラクトースやシュークロース何かも炭素源として利用できる。
2. そんな中、ガラクトースきらーい、シュークロースきらーい、というような酵母、すなわちそれらを炭素源として利用できない変異株が単離された。
前者がGAL、そして後者がSNF(Sucrose nonfermenting)だ。ちなみに俺はスニフといってる。SUC2インベルターゼの転写制御因子群だ。
じゃあ次回『SWIがSNFでSNFがSWIで』をお楽しみに。
36 ：名無しゲノムのクローンさん：01/09/04 14:54 ID:12Ew2WMk
ブレント研で開発された２ハイブリッドでガラクトース培地にさらにラフィノースを入れる理由を教えて下さい。
ラフィノースって高くない？
ラフィノースって高くない？
38 ：名無しゲノムのクローンさん：01/09/04 21:57 ID:12Ew2WMk
40 ：へたれ黒まちん：01/09/06 10:21 ID:5xsmn9MM
(>>35)の続き。
SWI(>>30)とSNF(>>35)について説明したが、これらの中で少なくともSWI1,3、SNF5,6およびSWI2(=SNF2)の5つは複合体を形成してる。いわゆるSWI/SNF Complexだ。
今日はこのComplexの存在が生化学的に証明されるところまでを簡単に説明したいと思う。
1. 1991年にSWI2とSNF2が同じものであるということが証明される。
2. その前後に、上記5つの遺伝子に関して
(a)各種転写因子による活性化に必要である。
(b)一種つぶした時と数種つぶした時の表現型が似ている。
(c)SWI1,2がSWI3の安定化およびGRとの結合に必要。
等が明らかになる。
3. 1994年、ゲルろ過、および、SWI2-HA-6HIS strainを用いたAffinity purificationによって生化学的にSWI/SNF Complexの存在が証明された。
こんな感じ。次回はこの複合体による転写活性化が、どのような機構で起こるのかについて話したい。
SWI(>>30)とSNF(>>35)について説明したが、これらの中で少なくともSWI1,3、SNF5,6およびSWI2(=SNF2)の5つは複合体を形成してる。いわゆるSWI/SNF Complexだ。
今日はこのComplexの存在が生化学的に証明されるところまでを簡単に説明したいと思う。
1. 1991年にSWI2とSNF2が同じものであるということが証明される。
2. その前後に、上記5つの遺伝子に関して
(a)各種転写因子による活性化に必要である。
(b)一種つぶした時と数種つぶした時の表現型が似ている。
(c)SWI1,2がSWI3の安定化およびGRとの結合に必要。
等が明らかになる。
3. 1994年、ゲルろ過、および、SWI2-HA-6HIS strainを用いたAffinity purificationによって生化学的にSWI/SNF Complexの存在が証明された。
こんな感じ。次回はこの複合体による転写活性化が、どのような機構で起こるのかについて話したい。
41 ：へたれ黒マチン：01/09/07 18:32
>>31, >>36 すでに御存じかとは思うが、この板に「僕のtwo-hybrid日記」っていうスレがありました。くわしそうな人が多かったのでそっちで聞くといいかも。目立ちたく無さそうだったのでリンクはしません。質問するならsageがいいと思われます。
で昨日の続き。(Science, 265, 53)について。この論文では、
(SWI/SNF complex)と(GAL4結合部位を含むnucleosomal DNA)を用いて、
1. SWI/SNF complexがDNA-stimulated ATPase活性を持つ。
2. GAL4 derivativeの、nucleosomal DNAに対する結合がSWI/SNF complexによって増加する。
3. 2. はATPおよびSWI2/SNF2のputative ATP binding部位に依存的である。
等ということを明らかにし、
4. SWI/SNF complex が、ATPをエネルギーに変えてnucleosomal DNAに何らかの変化を起こしGAL4の結合を促進するというモデルを構築した。 （つづく）
で昨日の続き。(Science, 265, 53)について。この論文では、
(SWI/SNF complex)と(GAL4結合部位を含むnucleosomal DNA)を用いて、
1. SWI/SNF complexがDNA-stimulated ATPase活性を持つ。
2. GAL4 derivativeの、nucleosomal DNAに対する結合がSWI/SNF complexによって増加する。
3. 2. はATPおよびSWI2/SNF2のputative ATP binding部位に依存的である。
等ということを明らかにし、
4. SWI/SNF complex が、ATPをエネルギーに変えてnucleosomal DNAに何らかの変化を起こしGAL4の結合を促進するというモデルを構築した。 （つづく）
42 ：へたれ学部生：01/09/14 15:27
つづき、、まだですか？
43 ：へたれ黒マチン：01/09/15 14:29
さぼってて御免。
前回、SWI/SNF complexがGAL4のnucleosomal DNAに対する結合を促進する、という生化学の仕事を説明した。先に進む前に遺伝学的な仕事についても少し話してみたい。
まずはじめにSINとSTPという2つの遺伝子に関して簡単に説明する。
1. SIN（Switch independent）というのはswi mutant の suppressor として単離された遺伝子である。
2. SPT（Suppressor of Ty）は以下のように単離された。
(a) HIS4遺伝子の上流にTyやδが挿入されると正常なHIS4mRNAが発現しなくなる。
(b) 結果としてHis- の表現型。
(c) His+ を指標としたsuppressor の単離。
[以上(TIG, 8, 387)より] （つづく）
前回、SWI/SNF complexがGAL4のnucleosomal DNAに対する結合を促進する、という生化学の仕事を説明した。先に進む前に遺伝学的な仕事についても少し話してみたい。
まずはじめにSINとSTPという2つの遺伝子に関して簡単に説明する。
1. SIN（Switch independent）というのはswi mutant の suppressor として単離された遺伝子である。
2. SPT（Suppressor of Ty）は以下のように単離された。
(a) HIS4遺伝子の上流にTyやδが挿入されると正常なHIS4mRNAが発現しなくなる。
(b) 結果としてHis- の表現型。
(c) His+ を指標としたsuppressor の単離。
[以上(TIG, 8, 387)より] （つづく）
44 ：へたれ黒マチン：01/09/16 12:46
SSNについても説明しないといけなかった。
この遺伝子はSuppressor of SNF、すなわちSNF 変異株のSuppressor だ。
役者の紹介が終わったところで本題に入りたいと思う。昨日同様(TIG, 8, 387)より俺自身の復習も兼ねながら。
1. SPT6=SSN20が明らかになる。
2. Tyの転写にSNFが関連してる？という疑問。
3. SNF2, 5, 6がTyの転写に必要であることが明らかになる。
4. 逆にSPT4, 5, 6, 11, 12, 16がSNF2, 5, 6変異株のsuppressor であることが明らかになる。
5. ちなみにSPT11=Histone H2A、SPT12=Histone H2B。
（つづく）
この遺伝子はSuppressor of SNF、すなわちSNF 変異株のSuppressor だ。
役者の紹介が終わったところで本題に入りたいと思う。昨日同様(TIG, 8, 387)より俺自身の復習も兼ねながら。
1. SPT6=SSN20が明らかになる。
2. Tyの転写にSNFが関連してる？という疑問。
3. SNF2, 5, 6がTyの転写に必要であることが明らかになる。
4. 逆にSPT4, 5, 6, 11, 12, 16がSNF2, 5, 6変異株のsuppressor であることが明らかになる。
5. ちなみにSPT11=Histone H2A、SPT12=Histone H2B。
（つづく）
45 ：名無しゲノムのクローンさん：01/09/16 16:18
いいかげんにしやがれ＞へたれ
以上を持ちまして、へたれの講義は終わります。
次回からは正美ちゃんによる、「和製黒間チン関連因子軍」が始まります
ＰＳ，はっとはっと！！
以上を持ちまして、へたれの講義は終わります。
次回からは正美ちゃんによる、「和製黒間チン関連因子軍」が始まります
ＰＳ，はっとはっと！！
46 ：名無しゲノムのクローンさん：01/09/17 06:09
>45
終わらせんなよ勝手に。楽しみにしてる人も多いんだから。
マチャミの講義なんざ聞きたくねぇよ。うぜぇから消えろタコ。
そもそも、はっとはっと言うなら、中谷かシュライバーぐらい呼べやヴォケ。
がんばって続けてね。＞へた黒
終わらせんなよ勝手に。楽しみにしてる人も多いんだから。
マチャミの講義なんざ聞きたくねぇよ。うぜぇから消えろタコ。
そもそも、はっとはっと言うなら、中谷かシュライバーぐらい呼べやヴォケ。
がんばって続けてね。＞へた黒
>45
気に入らないところがあるなら、なるべく改めていくつもりなので、もう少し続けさせて下さい。お願いします、何卒。
>46
ありがとう。明日から頑張る。
気に入らないところがあるなら、なるべく改めていくつもりなので、もう少し続けさせて下さい。お願いします、何卒。
>46
ありがとう。明日から頑張る。
48 ：へたれ黒マチン：01/09/18 18:28
前回の続き。
1. (>43)(>44)で述べたような事実からSWIやSNFが広範囲の転写活性化に関与している？っていう考え方が出てきた。それと前後して
2. 実際にSWI/SNFがADH2、GAL1、INO1の転写に関与していることが明らかになる。
3. GAL4やハエのftz、bicoidによる転写活性化がSWI/SNFに依存していることが明らかになる。
その結果、
4. SWIやSNFが広範囲の転写活性化に関与している。
5. 生化学(>40)
がおおまかな流れだったと思う。 （つづく）
1. (>43)(>44)で述べたような事実からSWIやSNFが広範囲の転写活性化に関与している？っていう考え方が出てきた。それと前後して
2. 実際にSWI/SNFがADH2、GAL1、INO1の転写に関与していることが明らかになる。
3. GAL4やハエのftz、bicoidによる転写活性化がSWI/SNFに依存していることが明らかになる。
その結果、
4. SWIやSNFが広範囲の転写活性化に関与している。
5. 生化学(>40)
がおおまかな流れだったと思う。 （つづく）
49 ：名無しゲノムのクローンさん：01/09/19 00:31
Chd* も！
50 ：名無しゲノムのクローンさん：01/09/19 00:35
へた黒さんたのしみにしてます
51 ：へたれ黒マチン：01/09/19 21:34
>49
Chd*って何だっけ？
>50
明日から頑張ります。
Chd*って何だっけ？
>50
明日から頑張ります。
52 ：へたれ黒マチン：01/09/21 15:17
(>48)の続き
そんなんyeastだけでの話しちゃうん？と思われる方もいるかも知れないが、
ハエ、ヒト、マウスでもSWI2/SNF2のhomologが単離され、複合体を形成しているということが明らかになってきた。1992 - 5年ぐらいの話。 （つづく）
そんなんyeastだけでの話しちゃうん？と思われる方もいるかも知れないが、
ハエ、ヒト、マウスでもSWI2/SNF2のhomologが単離され、複合体を形成しているということが明らかになってきた。1992 - 5年ぐらいの話。 （つづく）
HMG1/2タンパクに類似している構造を持つSIN1,2の存在も
見逃せない。
コイツらはSWIに依存しない転写を引き起こすことから、
ヌクレオソーム構造と直接に相互作用する可能性が考えられた。
つまりSINの変異によりヒストンDNA相互作用が弱くなると、
ヒストン８量体の動くスペースが増し、
ヒストンの置換なしに転写活性装置に接近が容易になるんだ。
転写活性化といっても直接的ではなく間接的というか、
構造的促進なんだけどね。
見逃せない。
コイツらはSWIに依存しない転写を引き起こすことから、
ヌクレオソーム構造と直接に相互作用する可能性が考えられた。
つまりSINの変異によりヒストンDNA相互作用が弱くなると、
ヒストン８量体の動くスペースが増し、
ヒストンの置換なしに転写活性装置に接近が容易になるんだ。
転写活性化といっても直接的ではなく間接的というか、
構造的促進なんだけどね。
54 ：へたれ黒マチン：01/09/22 12:57
>53
何度も辞めようと思ったが辞めなくて良かった。
この辺弱いんでよかったらちょっと教えて欲しい。何処が強いかは聞くな。
1. HMGさんの書かれたように、SINの変異によりDNAへの接近が容易になる。すなわち通常SINは転写抑制に働いている。
ちなみに、SIN1=SPT2=HMG1-like
SIN2=Histone H3
2. 一部のHMGは転写を活性化する。
3. Histone様のTAFが存在する。
っていうのが現在の俺の理解、で質問は
(a)Histone様のタンパク質は転写抑制、活性化に働く2種に分けられる。ということでいいのか？
(b)Histone様タンパク質は、ある条件下で修飾を受けたり、量が増減したりするのか？
自分でも調べていくが良かったら教えて。
何度も辞めようと思ったが辞めなくて良かった。
この辺弱いんでよかったらちょっと教えて欲しい。何処が強いかは聞くな。
1. HMGさんの書かれたように、SINの変異によりDNAへの接近が容易になる。すなわち通常SINは転写抑制に働いている。
ちなみに、SIN1=SPT2=HMG1-like
SIN2=Histone H3
2. 一部のHMGは転写を活性化する。
3. Histone様のTAFが存在する。
っていうのが現在の俺の理解、で質問は
(a)Histone様のタンパク質は転写抑制、活性化に働く2種に分けられる。ということでいいのか？
(b)Histone様タンパク質は、ある条件下で修飾を受けたり、量が増減したりするのか？
自分でも調べていくが良かったら教えて。
55 ：へたれ黒マチン：01/09/23 13:45
今までのところをまとめてみます。前回のまとめは(>20)。
1. いくつかのまちゃみゴシップ。
2. (a) SWI、SNF、SIN、SPT、SSN等が、一遺伝子の転写に関与する遺伝子として酵母遺伝学を用いて単離される。
(b)これらの遺伝子がgrobalな転写調製に関与していることが徐々に明らかになる。
(c)SWI1,3、SNF5,6およびSWI2(=SNF2)が複合体を形成していることが明らかになる。
(d)このcomplex が、nucleosomal DNAに対するGAL4の結合をATP依存的に促進するというモデルの提唱。
(e)ヒト、マウス、ハエにも同様な複合体が存在。
解決されてない主な質問として
1. Y2Hに関する2つの質問(>31)(>36)。
2. Histone様のタンパク質は転写抑制、活性化に働く2種に分けられるのか？
3. Histone様タンパク質は、ある条件下で修飾を受けたり、量が増減したりするのか？
1. いくつかのまちゃみゴシップ。
2. (a) SWI、SNF、SIN、SPT、SSN等が、一遺伝子の転写に関与する遺伝子として酵母遺伝学を用いて単離される。
(b)これらの遺伝子がgrobalな転写調製に関与していることが徐々に明らかになる。
(c)SWI1,3、SNF5,6およびSWI2(=SNF2)が複合体を形成していることが明らかになる。
(d)このcomplex が、nucleosomal DNAに対するGAL4の結合をATP依存的に促進するというモデルの提唱。
(e)ヒト、マウス、ハエにも同様な複合体が存在。
解決されてない主な質問として
1. Y2Hに関する2つの質問(>31)(>36)。
2. Histone様のタンパク質は転写抑制、活性化に働く2種に分けられるのか？
3. Histone様タンパク質は、ある条件下で修飾を受けたり、量が増減したりするのか？
56 ：へたれ黒マチン：01/09/24 14:02
先に進む前にRNA polymerase(以下RNAP)に関して少し話したい。
言うまでもなくRNAPは転写を行う酵素で真核生物では3種のRNAPが知られており各々役割が決まっている。すなわち、おおまかにいうと
RNAP I は rRNA
RNAP II は mRNA
RNAP III は tRNAとrRNAの一部を転写する。
各々のRNAPは10数種のサブユニットより構成されている。(つづく)
言うまでもなくRNAPは転写を行う酵素で真核生物では3種のRNAPが知られており各々役割が決まっている。すなわち、おおまかにいうと
RNAP I は rRNA
RNAP II は mRNA
RNAP III は tRNAとrRNAの一部を転写する。
各々のRNAPは10数種のサブユニットより構成されている。(つづく)
57 ：へたれ黒マチン：01/09/27 14:53
RNAP IIに焦点を当てよう。
俺の覚えてる限り（酵母、ヒト）では真核生物RNAP IIは12個のサブユニットで構成されてる。すなわちRPB1〜RPB12。
おおまかに言うとRPB1、2、3、11がコアの部分を形成してる。大腸菌のβ'、β、αに相当するやつだ。
RPB5、6、8、10、12はRNAPIおよびIIIと共通のサブユニットだ。
また、RPB1のC末端にはCTDと呼ばれる
Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser
の繰り返し配列が存在する。 （つづく）
俺の覚えてる限り（酵母、ヒト）では真核生物RNAP IIは12個のサブユニットで構成されてる。すなわちRPB1〜RPB12。
おおまかに言うとRPB1、2、3、11がコアの部分を形成してる。大腸菌のβ'、β、αに相当するやつだ。
RPB5、6、8、10、12はRNAPIおよびIIIと共通のサブユニットだ。
また、RPB1のC末端にはCTDと呼ばれる
Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser
の繰り返し配列が存在する。 （つづく）
58 ：へたれ黒マチン：01/09/30 12:08
代表的な生物のCTDの数は、マウス=52、ハエ=42-44、出芽酵母=26-27、ヒト=ちょっと今すぐ分からん、という感じだ。
出芽酵母においてCTDをC端からちょっとづつ欠損させた変異株の解析が行われた。その結果CTDの数が
14〜27 野生株と同じ表現型
10〜13 高温低温感受性、INO-
〜10 致死
ということが明らかになった。
CTD=10〜13の変異株のサプレッサーとして単離されたのが
SRB (Supressor of RNA polymerase B)だ。 （つづく）
出芽酵母においてCTDをC端からちょっとづつ欠損させた変異株の解析が行われた。その結果CTDの数が
14〜27 野生株と同じ表現型
10〜13 高温低温感受性、INO-
〜10 致死
ということが明らかになった。
CTD=10〜13の変異株のサプレッサーとして単離されたのが
SRB (Supressor of RNA polymerase B)だ。 （つづく）
59 ：へたれ黒マチン：01/10/02 13:57
Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Serという配列からも分かる様にCTDはリン酸化を受ける。CTDリン酸化による転写制御に関しては別の機会に話したいと思う。
糖鎖がつくという話もあったが、これがその後どうなったのか知ってるヒトがいたら教えて欲しい。
話をRNAP II に戻す。
RNAP II や基本転写因子がプロモーター上に集合し、転写を開始する機構の代表的な例として、TATA-box に
1. (TFIID, B, A)
2. RNAP II
3. (TFIIE, F, H)
の順番に集合し、転写というモデルがあった。
しかしながら、、、、 （つづく）
糖鎖がつくという話もあったが、これがその後どうなったのか知ってるヒトがいたら教えて欲しい。
話をRNAP II に戻す。
RNAP II や基本転写因子がプロモーター上に集合し、転写を開始する機構の代表的な例として、TATA-box に
1. (TFIID, B, A)
2. RNAP II
3. (TFIIE, F, H)
の順番に集合し、転写というモデルがあった。
しかしながら、、、、 （つづく）
60 ：へたれ黒マチン：01/10/04 15:11
ごめん。話の進め方がおかしかった。取りあえず56〜59で言いたかったことは、
1. 12種のサブユニットより構成されるpol II の、一番大きいサブユニットのC末には、CTDと呼ばれるTyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Serの繰り返しが存在する。
2. CTDをけずった変異株のsupressorとしてSRBが単離される。
3. in vitroにおけるプロモーター特異的な転写は、精製したpol IIだけでは起こらない。
4. 他の因子として、GTFが必要であり、(>59)で述べたような機構で転写開始が起こると考えられていた。
しかしながら（ここから今日の話）、1994年にYoungらのグループが酵母のWhole cell extract から5 stepの精製でpol IIを含むcomplex (=holoenzyme)を精製した(Nature, 368, 466)。このholoenzymeは
(a)in vitroにおいてTBPとTFIIEのみでプロモーター特異的な転写を行うことができる。
(b)GAL4による転写活性化も上記2因子のみで行うことができる。
(c)TFIIH, IIBのサブユニットおよびSRB2, 4-6を含む。
ということが明らかになった。
で次回からは再びSWI/SNFの話に戻りたい。 （つづく）
1. 12種のサブユニットより構成されるpol II の、一番大きいサブユニットのC末には、CTDと呼ばれるTyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Serの繰り返しが存在する。
2. CTDをけずった変異株のsupressorとしてSRBが単離される。
3. in vitroにおけるプロモーター特異的な転写は、精製したpol IIだけでは起こらない。
4. 他の因子として、GTFが必要であり、(>59)で述べたような機構で転写開始が起こると考えられていた。
しかしながら（ここから今日の話）、1994年にYoungらのグループが酵母のWhole cell extract から5 stepの精製でpol IIを含むcomplex (=holoenzyme)を精製した(Nature, 368, 466)。このholoenzymeは
(a)in vitroにおいてTBPとTFIIEのみでプロモーター特異的な転写を行うことができる。
(b)GAL4による転写活性化も上記2因子のみで行うことができる。
(c)TFIIH, IIBのサブユニットおよびSRB2, 4-6を含む。
ということが明らかになった。
で次回からは再びSWI/SNFの話に戻りたい。 （つづく）
61 ：へたれ黒マチン：01/10/07 14:38
一つだけ付け足し。
holoenzymeの中でもSRB2, 4-6はGAL11他の蛋白とともにmediatorと呼ばれる複合体を形成している。
次にもうちょっと詳しく話す。 （つづく）
holoenzymeの中でもSRB2, 4-6はGAL11他の蛋白とともにmediatorと呼ばれる複合体を形成している。
次にもうちょっと詳しく話す。 （つづく）
62 ：HMG：01/10/07 19:03
このスレ、好きですよ。
PNAPについてふれられていたので、クロマチン関連で少し。
RNAPがヌクレオソームDNAを通過していく時に、
クロマチン構造の折り畳みはどうだろう？
転写にとって邪魔なものであるかもしれないと容易に推測されるよね。
事実、RNAPIIは複数のヌクレオソームでは前進できない。
RNAPIIIの進行はヒストンH2A,H2Bをヌクレオソームから除くと促進される。
RNAPがヌクレオソームを進む時に実際に何が起こるのだろう？
ヌクレオソーム構造が一時的に壊されるのは間違いない。
どうやらコアヒストンオクタマーがごっそりジャンプして、
別のDNA領域に移動するという説(Studitsky 1994 Cell)と、
コアヒストンがジッパーのようにパラパラと接触を外すという説
(Thoma 1991 Trends Genet)の２つが有力なようだ。
PNAPについてふれられていたので、クロマチン関連で少し。
RNAPがヌクレオソームDNAを通過していく時に、
クロマチン構造の折り畳みはどうだろう？
転写にとって邪魔なものであるかもしれないと容易に推測されるよね。
事実、RNAPIIは複数のヌクレオソームでは前進できない。
RNAPIIIの進行はヒストンH2A,H2Bをヌクレオソームから除くと促進される。
RNAPがヌクレオソームを進む時に実際に何が起こるのだろう？
ヌクレオソーム構造が一時的に壊されるのは間違いない。
どうやらコアヒストンオクタマーがごっそりジャンプして、
別のDNA領域に移動するという説(Studitsky 1994 Cell)と、
コアヒストンがジッパーのようにパラパラと接触を外すという説
(Thoma 1991 Trends Genet)の２つが有力なようだ。
63 ：HMG：01/10/07 19:29
>>54 の質問の意味を取り違えてたらスマソ。
＞ヒストン様タンパク質は転写抑制、活性化の２種に分けられるか？
転写複合体の安定化はどうでしょうねえ。
自分は２種に厳密に分けるのは難しいと思います。
＞ヒストン様タンパク質の修飾
主な修飾はアセチル化とリン酸化です。
これをそれぞれ細胞周期ごとに説明すると長くなるので省略と言うか
そのうちに。
＞ヒストン様タンパク質は転写抑制、活性化の２種に分けられるか？
転写複合体の安定化はどうでしょうねえ。
自分は２種に厳密に分けるのは難しいと思います。
＞ヒストン様タンパク質の修飾
主な修飾はアセチル化とリン酸化です。
これをそれぞれ細胞周期ごとに説明すると長くなるので省略と言うか
そのうちに。
64 ：友黒マチン：01/10/07 20:21
DNA合成時のヌクレオソーム構造の除去と再合成はどのようにされるの？
Stillman達が、最近発見したCAF-1(chromatin assembly factor)って何 なのでしょうか？
CAF-1は、DNA合成の際、一旦、解かれたヌクレオソーム構造がre-assemblyするときに、ア
セチル化されたH3, H4をヌクレオソーム構造にリクルートするファクターとされているが、
新生DNAがどうしてアセチル化されたヒストンのヌクレオソーム構造を取らなければならな
いのだろうか？
転写可能な状態にするために、アセチル化されているわけでも無いような気がするのだが、M
期は転写オフされる時期で、次のG1までに再び、脱アセチル化され、転写される領域とされ
ない領域が区分されるのだろうか？
ちょっと話の文脈から飛んでいるがお許しあれ。
Stillman達が、最近発見したCAF-1(chromatin assembly factor)って何 なのでしょうか？
CAF-1は、DNA合成の際、一旦、解かれたヌクレオソーム構造がre-assemblyするときに、ア
セチル化されたH3, H4をヌクレオソーム構造にリクルートするファクターとされているが、
新生DNAがどうしてアセチル化されたヒストンのヌクレオソーム構造を取らなければならな
いのだろうか？
転写可能な状態にするために、アセチル化されているわけでも無いような気がするのだが、M
期は転写オフされる時期で、次のG1までに再び、脱アセチル化され、転写される領域とされ
ない領域が区分されるのだろうか？
ちょっと話の文脈から飛んでいるがお許しあれ。
65 ：名無しゲノムのクローンさん：01/10/07 21:13
ポリメラーゼはヌクレオソーム構造を気にすることなくDNA上を進めるんじゃなかったっけ？
しかも、ヌクレオソームはDNAからはずれることなく。
しかも、ヌクレオソームはDNAからはずれることなく。
66 ：友黒マチン：01/10/07 21:35
＞ポリメラーゼはヌクレオソーム構造を気にすることなくDNA上を進めるんじゃなかったっけ？
Newly synthesized histones have been proposed to require cellular factor for their
regulated deposition. One of the best candidates for facilitating histone deposition
during DNA synthesis is chromatin assembly factor 1. This protein ceomplex contains
three polypeptides, p150, p60, and p48 and is associated with newly synthesized and
acetylated histones, H3 and H4, in nuclear estracts.
とあるから、娘鎖が、アセチル化されたヒストンでヌクレオソーム構造をとり、
マーキングされるんではないの？ そのdepositionのための因子がCAF-1だけれども
どうして、娘鎖だけがマーキング化されるのかは不明。
ここで、親鎖と娘鎖では、転写の制御が異なってくることなのか？
次のG1では転写状態に差があるのか？
なかなか考えれば考えるほど深淵ですな。
Newly synthesized histones have been proposed to require cellular factor for their
regulated deposition. One of the best candidates for facilitating histone deposition
during DNA synthesis is chromatin assembly factor 1. This protein ceomplex contains
three polypeptides, p150, p60, and p48 and is associated with newly synthesized and
acetylated histones, H3 and H4, in nuclear estracts.
とあるから、娘鎖が、アセチル化されたヒストンでヌクレオソーム構造をとり、
マーキングされるんではないの？ そのdepositionのための因子がCAF-1だけれども
どうして、娘鎖だけがマーキング化されるのかは不明。
ここで、親鎖と娘鎖では、転写の制御が異なってくることなのか？
次のG1では転写状態に差があるのか？
なかなか考えれば考えるほど深淵ですな。
67 ：HMG：01/10/08 17:13
>>66
確かにCAFは面白い。
＞複製中のアセチル化と脱アセチル化
これは娘DNA鎖に結合するために「新しく合成されたヒストン」と、
クロマチンにある「古いヒストン」とを区別するための一過性の修飾だよ。
ジアセチル化されたH４はクロマチン分子集合時の相互作用が起こった１時間後に、
脱アセチル化する。H３のアセチル化から脱アセチル化まではなんと数分。
アセチル化によるアドバンテージは何だろう？
現在のところ、H３、H４の結合を容易にする事だろうと考えられてる。
続いて起こるDNA複製でのクロマチンの分子集合の過程は以下の通り。
H３、H４が脱アセチル化した後にはH２A/H2Bが結合し、その後にH１が結合。
そしてクロマチンの成熟化（パッキングの度合いが進むに従って）
H１のリン酸化の度合いが進む。
確かにCAFは面白い。
＞複製中のアセチル化と脱アセチル化
これは娘DNA鎖に結合するために「新しく合成されたヒストン」と、
クロマチンにある「古いヒストン」とを区別するための一過性の修飾だよ。
ジアセチル化されたH４はクロマチン分子集合時の相互作用が起こった１時間後に、
脱アセチル化する。H３のアセチル化から脱アセチル化まではなんと数分。
アセチル化によるアドバンテージは何だろう？
現在のところ、H３、H４の結合を容易にする事だろうと考えられてる。
続いて起こるDNA複製でのクロマチンの分子集合の過程は以下の通り。
H３、H４が脱アセチル化した後にはH２A/H2Bが結合し、その後にH１が結合。
そしてクロマチンの成熟化（パッキングの度合いが進むに従って）
H１のリン酸化の度合いが進む。
68 ：友黒マチン：01/10/08 17:37
>アセチル化によるアドバンテージは何だろう？
現在のところ、H３、H４の結合を容易にする事だろうと考えられてる。
本当にそうなのだろうか？in vitroのクロマチン分子集合の実験では
アセチル化していないH3やH4を加えても問題なく、反応は進むように
記憶していたが。
CAF-1は何か別の目的で娘鎖をマーキングしているのではないのかな。
DNA合成後、CAFはHP-1とクロマチン上に共局在するが、M期に入ると
一気にクロマチンから解離してしまう。なにかこの動きと関係している
ような気がする。
現在のところ、H３、H４の結合を容易にする事だろうと考えられてる。
本当にそうなのだろうか？in vitroのクロマチン分子集合の実験では
アセチル化していないH3やH4を加えても問題なく、反応は進むように
記憶していたが。
CAF-1は何か別の目的で娘鎖をマーキングしているのではないのかな。
DNA合成後、CAFはHP-1とクロマチン上に共局在するが、M期に入ると
一気にクロマチンから解離してしまう。なにかこの動きと関係している
ような気がする。
69 ：へたれ黒マチン：01/10/09 19:52
へたれなりに思い付くままにちょっとコメント。っていうかほとんど質問。
1. HMGさん、どーもありがとう。
2. CAFに関しては「こんなふうに見つかった」ぐらいしか知らないのですが、
(>67)H３、H４が脱アセチル化した後にはH２A/H2Bが結合し......
見つけられないので文献を教えていただけないでしょうか？私的にはアセチル化はH２A/H2Bが結合してmatureになるのに必要なものとずっと思っていたので。
(>68)上の67がホントならマーキングはG2でなくなってるのかな？
1. HMGさん、どーもありがとう。
2. CAFに関しては「こんなふうに見つかった」ぐらいしか知らないのですが、
(>67)H３、H４が脱アセチル化した後にはH２A/H2Bが結合し......
見つけられないので文献を教えていただけないでしょうか？私的にはアセチル化はH２A/H2Bが結合してmatureになるのに必要なものとずっと思っていたので。
(>68)上の67がホントならマーキングはG2でなくなってるのかな？
70 ：友黒マチン ：01/10/09 22:31
>上の67がホントならマーキングはG2でなくなってるのかな？
これはアセチル化のマーキングそのものがG2-Mで消失しているという意味ではなくて、
CAFとHP1がヘテロクロマチン領域から消失するという意味。
ただ、局所的にはchromosome上での脱アセチル化反応がこの時期に進行している。
例えば、centromere領域のヒストンは、染色体分配時には、脱アセチル化されていなければ
正常な分配が何故か起きない。脱アセチル化酵素の阻害剤であるトリコスタチンで処理すれば
分配が抑制される。
M期では、CAFを含む因子のdramaticなchromosome上での変動が起きている筈で、
これが一体何なのか､良く分かっていないと思う。
多分、転写制御以外に重要な反応に関与しているのだろう。
これはアセチル化のマーキングそのものがG2-Mで消失しているという意味ではなくて、
CAFとHP1がヘテロクロマチン領域から消失するという意味。
ただ、局所的にはchromosome上での脱アセチル化反応がこの時期に進行している。
例えば、centromere領域のヒストンは、染色体分配時には、脱アセチル化されていなければ
正常な分配が何故か起きない。脱アセチル化酵素の阻害剤であるトリコスタチンで処理すれば
分配が抑制される。
M期では、CAFを含む因子のdramaticなchromosome上での変動が起きている筈で、
これが一体何なのか､良く分かっていないと思う。
多分、転写制御以外に重要な反応に関与しているのだろう。
71 ：名無しゲノムのクローンさん：01/10/10 18:09
＞70
横からすみません。
＞例えば、centromere領域のヒストンは、染色体分配時には、脱アセチル化さ＞れていなければ正常な分配が何故か起きない。
これの出所を教えてください。初めて聞いた話なので。
横からすみません。
＞例えば、centromere領域のヒストンは、染色体分配時には、脱アセチル化さ＞れていなければ正常な分配が何故か起きない。
これの出所を教えてください。初めて聞いた話なので。
72 ：友黒マチン：01/10/10 19:43
これです。他にもあるけど。
Ekwall K, Olsson T, Turner BM, Cranston G, Allshire RC. Related Articles
Transient inhibition of histone deacetylation alters the structural and functional imprint at fission yeast centromeres.
Cell. 1997 Dec 26;91(7):1021-32.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=9428524&dopt=Abstract
Ekwall K, Olsson T, Turner BM, Cranston G, Allshire RC. Related Articles
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Cell. 1997 Dec 26;91(7):1021-32.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=9428524&dopt=Abstract
73 ：へたれ黒マチン：01/10/12 14:33
(>70) 質問の仕方が悪かった。
Sで結合したCAFとHP1がG2-Mでヘテロクロマチン領域から消失するということはS〜G2-Mの間は両者が結合しているっていうことだよね。っていうことは
1. CAFとHP1
2. クロマチン
3. 両者
のいずれかがそのようにマーキングされてるということになると思うのだが、(>67)がホントなら少なくともそのマーキングはヒストンアセチル化ではないね？ というようなことを聞きたかった。
質問ばっかでも悪いので(>61)のつづき
holoenzymeをCTD抗体で処理したり、extrctをCTDカラムで精製するとmediatorが得られる(Cell, 77. 599)、で今日の話しは(Cell, 84. 235)。
この論文では
1. holoenzyme、mediator中にSWI2/SNF2、SWI3、SNF5が存在する。
2. holoenzyme、mediatorがnucleosome構造をATP依存的に壊す。
3. holoenzymeがnucleosomeに対するTBPの結合を促進する。
ということを明らかにしている。 （つづく）
Sで結合したCAFとHP1がG2-Mでヘテロクロマチン領域から消失するということはS〜G2-Mの間は両者が結合しているっていうことだよね。っていうことは
1. CAFとHP1
2. クロマチン
3. 両者
のいずれかがそのようにマーキングされてるということになると思うのだが、(>67)がホントなら少なくともそのマーキングはヒストンアセチル化ではないね？ というようなことを聞きたかった。
質問ばっかでも悪いので(>61)のつづき
holoenzymeをCTD抗体で処理したり、extrctをCTDカラムで精製するとmediatorが得られる(Cell, 77. 599)、で今日の話しは(Cell, 84. 235)。
この論文では
1. holoenzyme、mediator中にSWI2/SNF2、SWI3、SNF5が存在する。
2. holoenzyme、mediatorがnucleosome構造をATP依存的に壊す。
3. holoenzymeがnucleosomeに対するTBPの結合を促進する。
ということを明らかにしている。 （つづく）
74 ：名無しゲノムのクローンさん：01/10/13 13:44
へたれ黒マチン さん
クロマチン・リモデリング因子と
脱アセチル化酵素(or アセチル化酵素)
との関係はどうなっているのでしょう？
クロマチン・リモデリング因子と
脱アセチル化酵素(or アセチル化酵素)
との関係はどうなっているのでしょう？
75 ：へたれ黒マチン：01/10/13 15:49
>74
去年ぐらいからだいぶ分かってきてるような気がするんだけど、俺も詳しくはフォローしてない。簡単にいうと
1. クロマチン・リモデリング因子によるリモデリングで転写因子の結合が促進され、HATがrecruitされる。
2. HATによるヒストンアセチル化によってリモデリング因子のクロマチンへの影響が促進される。
という2つの機構が協調的に働いているらしい。
取りあえず、生協か図書館に行って実験医学最新号の2165ページでも読んでみて。
新たなこと分かったらまた報告します。
去年ぐらいからだいぶ分かってきてるような気がするんだけど、俺も詳しくはフォローしてない。簡単にいうと
1. クロマチン・リモデリング因子によるリモデリングで転写因子の結合が促進され、HATがrecruitされる。
2. HATによるヒストンアセチル化によってリモデリング因子のクロマチンへの影響が促進される。
という2つの機構が協調的に働いているらしい。
取りあえず、生協か図書館に行って実験医学最新号の2165ページでも読んでみて。
新たなこと分かったらまた報告します。
76 ：名無しゲノムのクローンさん：01/10/13 17:26
去年だか今年だかのCellにHAT活性を抑えるcomplexの中にリモデリング因子
がいるというのを見たような気がする。うろ覚えだけど
この辺詳しくないのでsage
がいるというのを見たような気がする。うろ覚えだけど
この辺詳しくないのでsage
77 ：名無しゲノムのクローンさん：01/10/14 00:58
age
78 ：名無しゲノムのクローンさん：01/10/15 02:17
久しぶりに見たので遅＆横レススマソ。
CAFがアセチル化されたヒストンと（特異的に）結合するのはアヤシイって噂聞いたゾ。
Cellの論文はあの時期にIPしてるからアセチル化されたヒストンとの結合が出るのではなくて？
CAFがアセチル化されたヒストンと（特異的に）結合するのはアヤシイって噂聞いたゾ。
Cellの論文はあの時期にIPしてるからアセチル化されたヒストンとの結合が出るのではなくて？
79 ：名無しゲノムのクローンさん ：01/10/15 02:55
＞CAFがアセチル化されたヒストンと（特異的に）結合するのはアヤシイって噂聞いたゾ。
Cellの論文はあの時期にIPしてるからアセチル化されたヒストンとの結合が出るのではなくて？
そうなんですか？
それではassemblyの働きはCAFはもっているが、本当にアセチル化したヒストンだけをリクルート
しているかはちょっと?でいいのですか？
まあ、確かにin vitroの実験では別にアセチル化されていないヒストンを
加えても問題ないので、変だなあと思っていたのですが、まあ、アセチル化部位を認識できる
抗体が一杯できてきたので、これでDNA合成の後の娘鎖のヒストンだけがアセチル化しているのか
みれば決着は付くはずですね。
Cellの論文はあの時期にIPしてるからアセチル化されたヒストンとの結合が出るのではなくて？
そうなんですか？
それではassemblyの働きはCAFはもっているが、本当にアセチル化したヒストンだけをリクルート
しているかはちょっと?でいいのですか？
まあ、確かにin vitroの実験では別にアセチル化されていないヒストンを
加えても問題ないので、変だなあと思っていたのですが、まあ、アセチル化部位を認識できる
抗体が一杯できてきたので、これでDNA合成の後の娘鎖のヒストンだけがアセチル化しているのか
みれば決着は付くはずですね。
80 ：名無しゲノムのクローンさん：01/10/15 13:58
CAF以外にchromatin assenbly 因子っていっぱい見つかってきましたよね。
NAPとか、どのような役割分担をしているのでしょうか？
機能的な違いは？
NAPとか、どのような役割分担をしているのでしょうか？
機能的な違いは？
81 ：名無しゲノムのクローンさん：01/10/17 00:38
>78ですがすいません。よく知りません。
誰か良く知ってるヒトキボンニュ。
誰か良く知ってるヒトキボンニュ。
82 ：へたれ黒マチン：01/10/18 16:38
CAF関係は取りあえず他の人に任せます。
で(>73)のつづき。
SWI/SNF complexに含まれる他の因子に関してはTAF30、SWPと呼ばれる因子等が含まれている。
（第一部 終了）
で(>73)のつづき。
SWI/SNF complexに含まれる他の因子に関してはTAF30、SWPと呼ばれる因子等が含まれている。
（第一部 終了）
83 ：へたれ黒マチン：01/10/20 16:16
最近CAF、HP1関連の話題が多いので、本日より暫くSWI6について話したいと思います。へたれなりに。
まずはじめにHO遺伝子の転写調節について再度説明します。
この遺伝子は(>30)でも少し説明しましたがSwichingの際に働くエンドヌクレアーゼをコードしていて、その転写は
1. haploid cell
2. mother cell
3. late G1
でのみ起こります。 （つづく）
まずはじめにHO遺伝子の転写調節について再度説明します。
この遺伝子は(>30)でも少し説明しましたがSwichingの際に働くエンドヌクレアーゼをコードしていて、その転写は
1. haploid cell
2. mother cell
3. late G1
でのみ起こります。 （つづく）
84 ：へたれ黒マチン：01/10/21 12:33
HO遺伝子の上流
-1200にはUAS
-90にはTATA が存在し、この2つの間に2種の繰り返し配列があることが知られています（1987年当時）。
1つはcell-type specificな転写に関与するもので
もう一つ(PuNNPyCACGA4)はcell cycle に依存した転写に関与されるということが分かっておりました。
(Cell, 48, 389)では（CACGA4）*3にlacZの発現を指標にHOの発現が減少している変異株の単離、解析を行いました。
その結果、
1. 知られていた、swi2,4,5に加えswi6-10が単離された。
2. その中でSWI4およびSWI6が（CACGA4）に依存した転写に必要である。
ということが明らかになりました。 （つづく）
-1200にはUAS
-90にはTATA が存在し、この2つの間に2種の繰り返し配列があることが知られています（1987年当時）。
1つはcell-type specificな転写に関与するもので
もう一つ(PuNNPyCACGA4)はcell cycle に依存した転写に関与されるということが分かっておりました。
(Cell, 48, 389)では（CACGA4）*3にlacZの発現を指標にHOの発現が減少している変異株の単離、解析を行いました。
その結果、
1. 知られていた、swi2,4,5に加えswi6-10が単離された。
2. その中でSWI4およびSWI6が（CACGA4）に依存した転写に必要である。
ということが明らかになりました。 （つづく）
85 ：へたれ黒マチン：01/10/21 12:36
ごめん。
7行目（CACGA4）*3にlacZ------------->（CACGA4）*3-lacZ
7行目（CACGA4）*3にlacZ------------->（CACGA4）*3-lacZ
86 ：へたれ黒マチン：01/11/02 15:21
学会でちょっとさぼってた。
今日は(Cell, 57, 21)の話。
この論文では
1. (PuNNPyCACGA4)の繰り返し配列（以下CCB, Cell Cycle Box）を認識し結合するfactor（以下CCBF）が存在する。
2. CCB とCCBFの結合にはSWI4, 6が必要である。
ということをgel retardationを用いて証明しています。 （つづく）
今日は(Cell, 57, 21)の話。
この論文では
1. (PuNNPyCACGA4)の繰り返し配列（以下CCB, Cell Cycle Box）を認識し結合するfactor（以下CCBF）が存在する。
2. CCB とCCBFの結合にはSWI4, 6が必要である。
ということをgel retardationを用いて証明しています。 （つづく）
87 ：名無しゲノムのクローンさん：01/11/02 15:41
Suv39H1のKOの論文。とうとうでたね。
fibloblastは以前から登場してタケど、結構なデーター量で。
Rb-Sub39H1の相互作用は、E2Fがらみじゃなくて、M phaseがらみっぽくなってきそうだね。
じょっとすれからずれるから撤退。
fibloblastは以前から登場してタケど、結構なデーター量で。
Rb-Sub39H1の相互作用は、E2Fがらみじゃなくて、M phaseがらみっぽくなってきそうだね。
じょっとすれからずれるから撤退。
88 ：へたれ黒マチン：01/11/07 16:49
(>87) 気の効いたコメントできるだけの力もなく........
取りあえずCell, 107, 323のことです。
86の続き、その後
1. SWI4の発現がcell cycle に依存的であること（GD, 5, 1183）。
2. G1 specific cyclinであるCLN1,2の発現にSWI4, 6が必要であること（Cell, 66, 995）。
3. CCBFには電気泳動上区別できる2種のformが存在する。（LとU）
4. Lは全てのステージで存在するのに対し、UはSTART期の細胞にしか見られない。
5. SWI6はG1期には核内に局在するが、SやG2期には細胞質に存在する（3〜5; GD, 5, 2000）。
というようなことが明らかになってきました。 （つづく）
取りあえずCell, 107, 323のことです。
86の続き、その後
1. SWI4の発現がcell cycle に依存的であること（GD, 5, 1183）。
2. G1 specific cyclinであるCLN1,2の発現にSWI4, 6が必要であること（Cell, 66, 995）。
3. CCBFには電気泳動上区別できる2種のformが存在する。（LとU）
4. Lは全てのステージで存在するのに対し、UはSTART期の細胞にしか見られない。
5. SWI6はG1期には核内に局在するが、SやG2期には細胞質に存在する（3〜5; GD, 5, 2000）。
というようなことが明らかになってきました。 （つづく）
89 ：へたれ黒マチン：01/11/10 16:17
今日は(Nature, 357, 505-8, 508-13)。この論文では、
late G1特異的な発現に関与している配列として、(PuNNPyCACGA4)の繰り返し配列以外に
ACGCGTNA (MluI cell-cycle box; MCB)
が知られている。
1. この配列を持つ遺伝子の転写にもSWI6が必要であるということ。
2. (>86) でCCB とCCBFの結合にSWI4, 6が関与していることを述べたが、MCB上での複合体形成にはSWI6と120kDaの蛋白が関与している。
ということを明らかにした。 （つづく）
late G1特異的な発現に関与している配列として、(PuNNPyCACGA4)の繰り返し配列以外に
ACGCGTNA (MluI cell-cycle box; MCB)
が知られている。
1. この配列を持つ遺伝子の転写にもSWI6が必要であるということ。
2. (>86) でCCB とCCBFの結合にSWI4, 6が関与していることを述べたが、MCB上での複合体形成にはSWI6と120kDaの蛋白が関与している。
ということを明らかにした。 （つづく）
90 ：へたれ黒マチン：01/11/12 18:38
今日は（Nature, 358, 593）、この論文では
SWI4の
C-terminal-----SWI6の結合部位
N-terminal-----DNA-binding domain
ということを明らかにしています。 （つづく）
SWI4の
C-terminal-----SWI6の結合部位
N-terminal-----DNA-binding domain
ということを明らかにしています。 （つづく）
91 ：へたれ黒マチン：01/11/14 09:54
今日は（Science, 261, 1551）、この論文では
(>89)で述べた120kDaの蛋白をコードする遺伝子のクローニングを行っている。
名付けてMbp1。 （つづく）
(>89)で述べた120kDaの蛋白をコードする遺伝子のクローニングを行っている。
名付けてMbp1。 （つづく）
92 ：名無しゲノムのクローンさん：01/11/20 14:17
＞へたれ黒マチン
毎回、楽しみにしているんだから休まず続けておくれよ
毎回、楽しみにしているんだから休まず続けておくれよ
93 ：名無しゲノムのクローンさん：01/11/20 14:34
＞最近CAF、HP1関連の話題が多いので、本日より暫くSWI6について話したいと思います。
分裂酵母のSWI6=HP1のことじゃないのか？
出芽酵母のほうかい？
何か混同してない？
分裂酵母のSWI6=HP1のことじゃないのか？
出芽酵母のほうかい？
何か混同してない？
94 ：へたれ黒マチン：01/11/21 12:43
>92 最近、かなりへたれぎみなのでのんびり待ってて下さい。
>93 正直(>83) の時点では混同してた。今は分かってる。
今、話をしてるのは出芽酵母のSWI6（分裂酵母のcdc10）について。
どうやって話の方向を変えようか迷ってた。すまん。
>93 正直(>83) の時点では混同してた。今は分かってる。
今、話をしてるのは出芽酵母のSWI6（分裂酵母のcdc10）について。
どうやって話の方向を変えようか迷ってた。すまん。
95 ：名無しゲノムのクローンさん：01/11/24 17:41
国際シンポジウム
NEW ERA OF TRANSCRIPTION FACTOR RESEARCH IN PLANTS
「植物の転写因子研究の新しい時代」
日時：2001年11月29日(木)〜11月30日(金)
場所：つくば国際会議場 (EPOCHAL TSUKUBA)
http://www.epocal.or.jp
Date: Nov. 29-30, 2001
Place: EPOCHAL TSUKUBA Tsukuba, Japan
Sponsor:
農業生物資源研究所/COEプログラム
National Institute of Agrobiological Resources (NIAR)/COE Program
Co-sponsor:
生物系特定産業技術研究推進機構
Bio-oriented Technology Research Advancement Institution (BRAIN)
Organizers:
高辻 博志(農業生物資源研究所) 青山 卓史(京都大学化学研究所)
Hiroshi TakatSuji (NIAS) Takashi Aoyama (Kyoto Univ.)
ご挨拶
形態形成、ストレス応答、ホルモン応答をはじめ、様々な過程の制御に様々な転写因子が重要な役割を果た
していることが明らかになってきており、それらの機能は遺伝子組換えによる植物改変のためのツールとして利用で
きることが期待されます。ゲノム研究の進展やマイクロアレイを含む実験技術の進歩は転写因子研究のアプ
ローチの仕方に新たな選択肢を付け加えました。一方、染色体の高次構造の変化やDNAの修飾をともなう転写制御、
転写因子のタンパク質安定性が基礎となる制御様式などが近年明らかになり、遺伝子の発現制御機構を解明
する際には、より広範囲の制御様式を考慮に入れることが必要になってきています。このような状況から、転写因子
を切り口とする研究も新たな局面を迎えていると考え、当分野の最先端の研究者を国内外から迎えて、植物
の転写因子研究をテーマとしたものとしては3回目のNIAS/COE国際シンポジウムを企画しました。
NEW ERA OF TRANSCRIPTION FACTOR RESEARCH IN PLANTS
「植物の転写因子研究の新しい時代」
日時：2001年11月29日(木)〜11月30日(金)
場所：つくば国際会議場 (EPOCHAL TSUKUBA)
http://www.epocal.or.jp
Date: Nov. 29-30, 2001
Place: EPOCHAL TSUKUBA Tsukuba, Japan
Sponsor:
農業生物資源研究所/COEプログラム
National Institute of Agrobiological Resources (NIAR)/COE Program
Co-sponsor:
生物系特定産業技術研究推進機構
Bio-oriented Technology Research Advancement Institution (BRAIN)
Organizers:
高辻 博志(農業生物資源研究所) 青山 卓史(京都大学化学研究所)
Hiroshi TakatSuji (NIAS) Takashi Aoyama (Kyoto Univ.)
ご挨拶
形態形成、ストレス応答、ホルモン応答をはじめ、様々な過程の制御に様々な転写因子が重要な役割を果た
していることが明らかになってきており、それらの機能は遺伝子組換えによる植物改変のためのツールとして利用で
きることが期待されます。ゲノム研究の進展やマイクロアレイを含む実験技術の進歩は転写因子研究のアプ
ローチの仕方に新たな選択肢を付け加えました。一方、染色体の高次構造の変化やDNAの修飾をともなう転写制御、
転写因子のタンパク質安定性が基礎となる制御様式などが近年明らかになり、遺伝子の発現制御機構を解明
する際には、より広範囲の制御様式を考慮に入れることが必要になってきています。このような状況から、転写因子
を切り口とする研究も新たな局面を迎えていると考え、当分野の最先端の研究者を国内外から迎えて、植物
の転写因子研究をテーマとしたものとしては3回目のNIAS/COE国際シンポジウムを企画しました。
96 ：93=友黒まちん：01/11/24 19:11
とりあえず、
１）Suv39によってメチル化されたヒストンにHP1が結合すると
何故、ヘテロクロマチン化されるのか
２）後期複製以降、どのように(何故）ヘテロクロマチンのダイナ
ミックな構造変化が起きるのか？
こういう問題がこれから焦点になると思われ。
１）Suv39によってメチル化されたヒストンにHP1が結合すると
何故、ヘテロクロマチン化されるのか
２）後期複製以降、どのように(何故）ヘテロクロマチンのダイナ
ミックな構造変化が起きるのか？
こういう問題がこれから焦点になると思われ。
97 ：縞栗鼠（シマリス）の親方：01/11/24 19:12
吉祥寺にある大検・大学受験予備校の中央高等学院
ここは、完全に狂ってる。
授業料は一年分一括前払いなので、
金が入れば、生徒は要らない
金を振り込んだら、何とかその生徒を辞めさせようと
講師どもが、あの手、この手でイヤガラセをしてきますね。
セクハラはもちろん、脈絡の無い罵倒は日常茶飯だね。
酒臭い講師もいるし・・・ 人生の最果て中央高等学院
http://www.chuo-school.ac/
学歴詐称 経歴詐称 デタラメ授業
http://chs-f.com/index.html 福岡校
ここは、完全に狂ってる。
授業料は一年分一括前払いなので、
金が入れば、生徒は要らない
金を振り込んだら、何とかその生徒を辞めさせようと
講師どもが、あの手、この手でイヤガラセをしてきますね。
セクハラはもちろん、脈絡の無い罵倒は日常茶飯だね。
酒臭い講師もいるし・・・ 人生の最果て中央高等学院
http://www.chuo-school.ac/
学歴詐称 経歴詐称 デタラメ授業
http://chs-f.com/index.html 福岡校
98 ：名無しゲノムのクローンさん：01/11/28 20:24
へたれ黒マチン 先生
そろそとおきてください
そろそとおきてください
99 ：名無しゲノムのクローンさん：01/11/28 22:55
クロマチンとはかんけいないんだけど
RNA polymeraseってrecombinantでつくれるの？
RNA polymeraseってrecombinantでつくれるの？
100 ：へたれ黒マチン：01/12/02 12:48
>95 いった人いたら話し聞かせて下さい。
>97 取りあえず頑張れ。
>99 大腸菌に関してはOK。精製したサブユニットを混ぜることによって再構成できる。
酵母を用いてYoungや石浜のグループが同様の試みを企んだが多分まだ成功していないと思 う。ヒトのサブユニットをバキュロ内で同時に発現させて再構成するという試みをどっかの学会で見たような気がするが誰か知ってる人いる？
>96,98 もうちょっと待っててね。
>97 取りあえず頑張れ。
>99 大腸菌に関してはOK。精製したサブユニットを混ぜることによって再構成できる。
酵母を用いてYoungや石浜のグループが同様の試みを企んだが多分まだ成功していないと思 う。ヒトのサブユニットをバキュロ内で同時に発現させて再構成するという試みをどっかの学会で見たような気がするが誰か知ってる人いる？
>96,98 もうちょっと待っててね。
101 ：へたれ黒マチン：01/12/08 12:55
>96 SWI/SNFのようなremodeling factorがどのように関与しているのか？
ということも俺的には気になります。
で、そろそろ復活します（3日以内）。
ということも俺的には気になります。
で、そろそろ復活します（3日以内）。
102 ：白黒マチン：01/12/10 04:52
SWI/SNFのようなremodeling factorが特定の遺伝子の転写以外に、
セントロメアのような大きな領域のクロマチン構造に影響があることに
どのようなデータがあるのですか？
Swi6はセントロメリックサイレンシングに関与（うるおぼえ）
してたと思うのですが。
セントロメアのような大きな領域のクロマチン構造に影響があることに
どのようなデータがあるのですか？
Swi6はセントロメリックサイレンシングに関与（うるおぼえ）
してたと思うのですが。
103 ：名無しゲノムのクローンさん：01/12/11 21:48
パリンドロームやダイレクトリピートなどの特徴的な配列パターンを
持たないシスエレメントってどんなのがありますか？
持たないシスエレメントってどんなのがありますか？
104 ：名無しゲノムのクローンさん：01/12/11 23:20
ジーンセレクタプロジェクト?
105 ：へたれ黒マチン：01/12/12 09:05
>102 (EMBO, 15, 3394)他。次回詳しく話す。
>103 分からん。
>104 分生のまちゃみの報告、誰かしてくれない？
>103 分からん。
>104 分生のまちゃみの報告、誰かしてくれない？
106 ：白黒マチン：01/12/12 18:57
ヒストンのメチレーションとSWI6によるヘテロクロマチン化
もさることながら、複製とSWI6もからめて、インプリントの維持に
迫っていくものと思われ。
もさることながら、複製とSWI6もからめて、インプリントの維持に
迫っていくものと思われ。
107 ：名無しゲノムのクローンさん：01/12/17 02:54
先生まってますよ。
へたれは現在就職活動中でノイローゼ気味。
もはやここまでかもsage
もはやここまでかもsage
109 ：白黒マチン：01/12/21 01:53
こっちもヘタレです。
就職活動中で笑うしかない状態。
なんとかするぜ、age
就職活動中で笑うしかない状態。
なんとかするぜ、age
110 ：名無しゲノムのクローンさん：02/01/02 18:10
堀越って人柄はどう？
教えて下さい。
教えて下さい。
111 ：名無しゲノムのクローンさん：02/01/02 20:31
マチャミがものすごい勢いで分注してる動画
http://cheese.2ch.net/test/read.cgi/life/999441337/
http://cheese.2ch.net/test/read.cgi/life/999441337/
112 ：へたれ黒マチン：02/01/14 14:05
>109 俺がいうべきことではないが、頑張れ！
>110 知ってる人いるかな？
忘れた人も多いと思うが、今日は出芽酵母のswi6についてまとめる。
1. G1 specificな発現に関与する繰り返し配列として
PuNNPyCACGA4 (Cell Cycle Box; CCB)
ACGCGTNA (MluI cell-cycle box; MCB) が知られている。
2. SWi4, 6は上記の配列を持つ遺伝子の転写に関与している。
3. その機構は、
a) MCB上ではSWI6とMBP1の複合体が形成。
b) CCB上ではSWI6とSWI4の複合体が形成。
に因るものと考えられる。
>110 知ってる人いるかな？
忘れた人も多いと思うが、今日は出芽酵母のswi6についてまとめる。
1. G1 specificな発現に関与する繰り返し配列として
PuNNPyCACGA4 (Cell Cycle Box; CCB)
ACGCGTNA (MluI cell-cycle box; MCB) が知られている。
2. SWi4, 6は上記の配列を持つ遺伝子の転写に関与している。
3. その機構は、
a) MCB上ではSWI6とMBP1の複合体が形成。
b) CCB上ではSWI6とSWI4の複合体が形成。
に因るものと考えられる。
113 ：名無しゲノムのクローンさん：02/01/20 23:05
まちゃの話が長過ぎて自分のポスターに遅刻してしまった。
114 ：へたれ黒マチン：02/01/24 17:06
>113 まちゃみの話や書いてるものは結構長いのが多いね。俺は、嗚呼、この人は喋りたいことがいっぱい有って、辛抱たまらん人なんや。と思ってる。と同時に、そういうところは結構好きだったりもする。
で今日からHP1(分裂酵母のSWI6)についてちょっと話したい。
HP1の発見(MCB, 6, 3862)の話。この論文では、
1. Nuclear proteinの1〜2M potassium thiocyanate画分に対するmAbを作製。
2. そのmAbがheterochromatin領域に存在するタンパク質を認識することを証明。
3. そのmAbを用いて発現ライブラリーから遺伝子を単離（----> HP1）。
というようなことを行っている。
（つづく）
で今日からHP1(分裂酵母のSWI6)についてちょっと話したい。
HP1の発見(MCB, 6, 3862)の話。この論文では、
1. Nuclear proteinの1〜2M potassium thiocyanate画分に対するmAbを作製。
2. そのmAbがheterochromatin領域に存在するタンパク質を認識することを証明。
3. そのmAbを用いて発現ライブラリーから遺伝子を単離（----> HP1）。
というようなことを行っている。
（つづく）
115 ：へたれ黒マチン：02/01/31 16:30
その後から1992年ぐらい迄に
1. PolycombがHP1にhomologous なドメインを持っているということ。
2. 他の生物種におけるhomologの発見。
などが報告された。 （つづく）
1. PolycombがHP1にhomologous なドメインを持っているということ。
2. 他の生物種におけるhomologの発見。
などが報告された。 （つづく）
116 ：名無しゲノムのクローンさん：02/02/19 10:15
age
117 ：友黒マチン：02/02/19 10:57
>1. PolycombがHP1にhomologous なドメインを持っているということ
CADのことかい？
CADのことかい？
TSAでHPの局在変化！
119 ：名無しゲノムのクローンさん：02/03/01 22:43
一日しか立ってないけどage
120 ：trxG：02/03/11 00:55
発現維持
121 ：へたれ黒マチン：02/03/21 10:22
引っ越しage
122 ：最初の方にでてるけど、：02/03/24 00:45
マチャミの２万円もする本ってタイトルなんだっけ？
123 ：名無しゲノムのクローンさん：02/03/24 01:14
「物凄い勢いで分注〜」とかいうような題名だったような>>122
124 ：>123：02/03/24 02:26
ほんまかいな。
125 ：名無しゲノムのクローンさん：02/03/26 18:35
Cell の review についてでも騙るか。。
みんな読んだ？
みんな読んだ？
126 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/30 03:11
どうした黒チン！
127 ：名無しゲノムのクローンさん：02/07/31 00:14
わたしはチ○黒だがなにか？
128 ：へたれ黒マチン：02/09/01 21:53
やっとつながるようになった。
で、何から話す？
で、何から話す？
129 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/01 22:18
大腸菌のRNAポリメラーゼは４つのサブユニットで構成されていますが
真核生物のポリメラーゼはいずれも十数個のサブユニットで出来てます。
転写するだけだったら４つで事足りてるのに十数個もあると言うのは
真核生物に特異的な転写機構、例えばクロマチンテンプレートでの転写に
必要と言う事なのでしょうか？
真核生物のポリメラーゼはいずれも十数個のサブユニットで出来てます。
転写するだけだったら４つで事足りてるのに十数個もあると言うのは
真核生物に特異的な転写機構、例えばクロマチンテンプレートでの転写に
必要と言う事なのでしょうか？
130 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/01 23:58
いや、先進国家には高層ビルが多い、っていう程度のもんだよ。
131 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/02 21:52
>128
待ってました。基本的すぎますが素人なので
ヒストンアセチル化について教えて下さい。
complexがいくつかありますが (SAGAとか）、使い分けとかどうなってますか。
待ってました。基本的すぎますが素人なので
ヒストンアセチル化について教えて下さい。
complexがいくつかありますが (SAGAとか）、使い分けとかどうなってますか。
132 ：へたれ黒マチン：02/09/06 20:06
>129-130
まあそんな感じかな。
で、実際調べるためには
1)ビルの写真とってくらべる。
2)ビルぶっ壊して先進国家がどう変化するか調べる。
3)ミニチュアのビルつくっていろんな組み合わせでミニチュア先進国家つくってみる。
等が挙げられる。
1)はX線をはじめとする構造解析だがこの分野は良く知らない。 （つづく）
まあそんな感じかな。
で、実際調べるためには
1)ビルの写真とってくらべる。
2)ビルぶっ壊して先進国家がどう変化するか調べる。
3)ミニチュアのビルつくっていろんな組み合わせでミニチュア先進国家つくってみる。
等が挙げられる。
1)はX線をはじめとする構造解析だがこの分野は良く知らない。 （つづく）
133 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/17 11:56
age
134 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/18 23:25
まちゃみプロジェクトの皆さんはプロジェクト終了後どうなさるのでしょうか？
135 ：PNAS１報で博士号盗れますか？：02/09/18 23:42
K原助手、なんとか栄転してください。
下が詰まってます、、、、。
下が詰まってます、、、、。
136 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/18 23:45
PNASに1stがあれば薬学なら楽勝でしょう。
137 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/21 23:56
138 ：へたれ黒マチン：02/09/24 17:11
>132
取りあえず、2)をとばして3)を説明。
a) サブユニットからのpol IIの再構成は僕の知る限り未だ成功していない。
b) 精製pol IIと変性剤を用いた仕事(JBC, 272, 25851)からRpb1及びRpb2-Rpb3-Rpb11複合体の両方に，弱いDNA結合活性があるということが明らかにされている。 （つづく）
>134-137
やっぱ、締め付け過ぎはダメなのかな？
取りあえず、2)をとばして3)を説明。
a) サブユニットからのpol IIの再構成は僕の知る限り未だ成功していない。
b) 精製pol IIと変性剤を用いた仕事(JBC, 272, 25851)からRpb1及びRpb2-Rpb3-Rpb11複合体の両方に，弱いDNA結合活性があるということが明らかにされている。 （つづく）
>134-137
やっぱ、締め付け過ぎはダメなのかな？
139 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/24 22:39
あの環境であれだけのloyalityを持ちつづけられる人材ということで引く手あまたなのではないでしょうか？
140 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/24 22:42
ここを糞スレ同盟に認定し、勝手にリンクを貼らせてもらおうと思う。
自由に行き来してくれてかまわないと思っている。
http://music.2ch.net/test/read.cgi/musice/1032442001/l50
自由に行き来してくれてかまわないと思っている。
http://music.2ch.net/test/read.cgi/musice/1032442001/l50
141 ：へたれ黒マチン：02/09/28 12:03
>139 良い意味でのごますりも身につけてそうだしね。
>132 2)が残ってるわけだがこれは、各サブユニット変異株の解析などから莫大な知見が得られているのは皆様も御存じかと思われます。
そこで、各サブユニットに関する情報を、皆様よりいただけるのをお待ちしております。
で、待ってる間に(>131)の質問に答えていきたいと思う。 （つづく）
>132 2)が残ってるわけだがこれは、各サブユニット変異株の解析などから莫大な知見が得られているのは皆様も御存じかと思われます。
そこで、各サブユニットに関する情報を、皆様よりいただけるのをお待ちしております。
で、待ってる間に(>131)の質問に答えていきたいと思う。 （つづく）
142 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 13:57
ぽゃ〜、としていて何を話しているのか、こちらの言うことを理解してるのか
はっきりしない人なんだが、、、、＞139
はっきりしない人なんだが、、、、＞139
143 ：へたれ黒マチン：02/09/29 11:42
>139、>142って誰のこと？ まちゃみ？ 部下？
俺は部下のつもりだったんだが。
俺は部下のつもりだったんだが。
144 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/29 13:55
苦図腹さん、早う栄転しましょう。＞139,142
145 ：マサミ：02/09/29 19:53
彼の業績では無理です。
留学への片道切符なら出します。
留学への片道切符なら出します。
146 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/30 21:03
RNA pol.のサブユニットは
I 14コ, II 12コ, III 17コ見つかってるそうです。
そんだけ。
I 14コ, II 12コ, III 17コ見つかってるそうです。
そんだけ。
147 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/08 20:31
苦図腹センセ、生化学会に参加しますか？
148 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/09 00:56
Chromatin Immunoprecipitation Assay (ChIP)を
はじめたいのですが、初心者でも簡単にいくでしょうか？
はじめたいのですが、初心者でも簡単にいくでしょうか？
149 ：へたれ黒マチン：02/10/14 11:57
頼まれてた総説をやっと書き上げましたので(>131)関連の話をしていきたいと思います。
1. HATは構造上の類似性からGNAT、MYST、p300/CBP、SRC、TAFII250の5つのファミリーに分類されます。
2. ヒトで少なくとも13種のHATが存在することが明らかになっています。
3. ヒストンには少なくとも15箇所のアセチル化されうるLysが存在するらしい。
4. GCN5欠損株において2倍以上に転写が増減するのは268/4912（約5％）である。(Cell,95,717)
（つづく）
>148 これは俺も教えてほしい。詳しい方いませんか？
1. HATは構造上の類似性からGNAT、MYST、p300/CBP、SRC、TAFII250の5つのファミリーに分類されます。
2. ヒトで少なくとも13種のHATが存在することが明らかになっています。
3. ヒストンには少なくとも15箇所のアセチル化されうるLysが存在するらしい。
4. GCN5欠損株において2倍以上に転写が増減するのは268/4912（約5％）である。(Cell,95,717)
（つづく）
>148 これは俺も教えてほしい。詳しい方いませんか？
150 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/19 12:52
簡単だよ
151 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/19 13:09
免疫沈降がきちんとできる人であれば、きれいにできるんじゃない？
うちのM1は苦労しているが・・・。
もちろん、みたいタンパクとDNAとのインタラクションの強さにも
よるんだろうね。
ストレスとかで一瞬しか結合しないとかだと難しいかも。
一番良いのは、うまくできているところでその人に指導を受けること、
そうすれば、うちのラボの人間でもできてたよ。
何もノウハウの無い状態でやるとそれなりに苦労する。
使っているソニックの機械だってみんなまちまちだしね。
うちのM1は苦労しているが・・・。
もちろん、みたいタンパクとDNAとのインタラクションの強さにも
よるんだろうね。
ストレスとかで一瞬しか結合しないとかだと難しいかも。
一番良いのは、うまくできているところでその人に指導を受けること、
そうすれば、うちのラボの人間でもできてたよ。
何もノウハウの無い状態でやるとそれなりに苦労する。
使っているソニックの機械だってみんなまちまちだしね。
152 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/01 16:20
AGE
153 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/02 00:27
転写やってる研究者ってやたらキット使うのを嫌わない？
手間ひまかけて夜遅くまでかかって実験してるだけで満足してる香具師が多い気がする。
で、結局論文にするほどのネタにはならない。
転写つうのは生命現象の基本で世界中でみんな興味を持ってやってるから競争が大変。
日本で並の研究室では研究費でもマンパワーでもアメリカにはかなわないので世界の競争について行くのは無理なんじゃないかな。
かといって大金を投じても世界の競争には勝てない事は既に示されているし。。。
やっぱ分野変えようかな。
手間ひまかけて夜遅くまでかかって実験してるだけで満足してる香具師が多い気がする。
で、結局論文にするほどのネタにはならない。
転写つうのは生命現象の基本で世界中でみんな興味を持ってやってるから競争が大変。
日本で並の研究室では研究費でもマンパワーでもアメリカにはかなわないので世界の競争について行くのは無理なんじゃないかな。
かといって大金を投じても世界の競争には勝てない事は既に示されているし。。。
やっぱ分野変えようかな。
154 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/02 01:02
教科書的にはプロモーターは配列の方向、位置が厳密なもので
エンハンサーは向きを変えようが位置を少々ずらそうが転写活性化能に
さほど変化が無いものと書かれてます。
が、これはSV40の初期遺伝子のことなので、哺乳類を初めとする
動物のこのあたりのことがまとめられたレビューがあったら
教えてください。
なんか厨な教えて君レスですみませんがお願いします。
エンハンサーは向きを変えようが位置を少々ずらそうが転写活性化能に
さほど変化が無いものと書かれてます。
が、これはSV40の初期遺伝子のことなので、哺乳類を初めとする
動物のこのあたりのことがまとめられたレビューがあったら
教えてください。
なんか厨な教えて君レスですみませんがお願いします。
155 ：＞154：02/12/02 01:07
Latchman, D.S. "Eukaryotic Transcription Factors" 2nd edition Academic Press
156 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/04 02:24
アセチル化、脱メチル化、リン酸化、ユビキチン化、などなどあってとても大変。
157 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/04 02:30
★----------------------【【裏・情報・取引】】--------------------------★
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◆裏情報取引サイト→http://www.kawachi.zaq.ne.jp/dpdan803/◆
◆国際免許取得→→→http://www.kawachi.zaq.ne.jp/dpdan803/◆
◆悪徳業者情報→→→http://www.kawachi.zaq.ne.jp/dpdan803/◆
◆あらゆる調査→→→http://www.kawachi.zaq.ne.jp/dpdan803/◆
◆委託販売募集→→→http://www.kawachi.zaq.ne.jp/dpdan803/◆
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（＾＾）
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160 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/22 19:38
age
161 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/22 23:31
誰も転写しないのか？
162 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/22 23:31
163 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/21 03:16
活性化してみる
164 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/21 12:43
>154
実際にはプロモーターは転写開始点を厳密には決定しないよ。
もちろんTATAなんかだとかなり厳密なんだけど、
CpG islandがプロモーターとして機能する遺伝子では
その領域内に複数の転写開始点があるしね。
そういう遺伝子がどのくらいあるかははっきりとはわからんけど、
網羅的に予測プロモーター調べたデータでは
全体の半分くらいだったような。
実際にはプロモーターは転写開始点を厳密には決定しないよ。
もちろんTATAなんかだとかなり厳密なんだけど、
CpG islandがプロモーターとして機能する遺伝子では
その領域内に複数の転写開始点があるしね。
そういう遺伝子がどのくらいあるかははっきりとはわからんけど、
網羅的に予測プロモーター調べたデータでは
全体の半分くらいだったような。
（＾＾）
（＾＾）
167 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/17 00:48
あげる
（＾＾）
169 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/18 18:35
AGE
∧＿∧
（ ＾＾ ）＜ ぬるぽ（＾＾）
（ ＾＾ ）＜ ぬるぽ（＾＾）
━―━―━―━―━―━―━―━―━[JR山崎駅（＾＾）]━―━―━―━―━―━―━―━―━―
∧＿∧
ﾋﾟｭ.ｰ ( ＾＾ ） ＜これからも僕を応援して下さいね（＾＾）。
＝〔~∪￣￣〕
＝ ◎――◎ 山崎渉
ﾋﾟｭ.ｰ ( ＾＾ ） ＜これからも僕を応援して下さいね（＾＾）。
＝〔~∪￣￣〕
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__∧＿∧_
|（ ＾＾ ）| ＜寝るぽ（＾＾）
|＼⌒⌒⌒＼
＼ |⌒⌒⌒~| 山崎渉
~￣￣￣￣
174 ：なまえをいれてください：03/07/24 16:43
ハッキリ言ってアメリカなどの多民族国家では黒人の方がアジア人よりもずっと立場は上だよ。
貧弱で弱弱しく、アグレッシブさに欠け、醜いアジア人は黒人のストレス解消のいい的。
黒人は有名スポーツ選手、ミュージシャンを多数輩出してるし、アジア人はかなり彼らに見下されている。
(黒人は白人には頭があがらないため日系料理天などの日本人店員相手に威張り散らしてストレス解消する。
また、日本女はすぐヤラせてくれる肉便器としてとおっている。
「○ドルでどうだ？(俺を買え）」と逆売春を持ちかける黒人男性も多い。）
彼らの見ていないところでこそこそ陰口しか叩けない日本人は滑稽。
貧弱で弱弱しく、アグレッシブさに欠け、醜いアジア人は黒人のストレス解消のいい的。
黒人は有名スポーツ選手、ミュージシャンを多数輩出してるし、アジア人はかなり彼らに見下されている。
(黒人は白人には頭があがらないため日系料理天などの日本人店員相手に威張り散らしてストレス解消する。
また、日本女はすぐヤラせてくれる肉便器としてとおっている。
「○ドルでどうだ？(俺を買え）」と逆売春を持ちかける黒人男性も多い。）
彼らの見ていないところでこそこそ陰口しか叩けない日本人は滑稽。
175 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/29 22:05
上げ
176 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/29 22:10
177 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/29 22:25
http://www.i-breeze.com/ayachi/noroi/satu/kill_02.jpg
http://www.i-breeze.com/ayachi/noroi/satu/kill_01.jpg
http://www.i-breeze.com/ayachi/noroi/satu/kill_03.jpg
http://www.i-breeze.com/ayachi/noroi/satu/kill_06.jpg
http://www.i-breeze.com/ayachi/noroi/satu/kill_07.jpg
http://www.i-breeze.com/ayachi/noroi/satu/kill_04.jpg
http://www.i-breeze.com/ayachi/noroi/satu/kill_05.jpg
http://www.i-breeze.com/ayachi/noroi/satu/kill_08.jpg
http://www.i-breeze.com/ayachi/noroi/satu/kill_09.jpg
http://www.i-breeze.com/ayachi/noroi/satu/kill_01.jpg
http://www.i-breeze.com/ayachi/noroi/satu/kill_03.jpg
http://www.i-breeze.com/ayachi/noroi/satu/kill_06.jpg
http://www.i-breeze.com/ayachi/noroi/satu/kill_07.jpg
http://www.i-breeze.com/ayachi/noroi/satu/kill_04.jpg
http://www.i-breeze.com/ayachi/noroi/satu/kill_05.jpg
http://www.i-breeze.com/ayachi/noroi/satu/kill_08.jpg
http://www.i-breeze.com/ayachi/noroi/satu/kill_09.jpg
178 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/29 22:26
179 ：直リン：03/07/29 22:28
180 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/30 11:29
同じ遺伝子でも転写開始点がばらついてるのはわかったけど、
全然違うときって何がどうなってるのだろう？？？
転写開始点が、数キロ以上はなれてる時あるよね？
それって、プロモーターの場所も全然違う事にならない？
それでもタンパクの配列が変わらないときは、
二種類のプロモーターによる二種類の転写産物ができるわけで。。。
それって生物学的な意味があるのかなあ？
全然違うときって何がどうなってるのだろう？？？
転写開始点が、数キロ以上はなれてる時あるよね？
それって、プロモーターの場所も全然違う事にならない？
それでもタンパクの配列が変わらないときは、
二種類のプロモーターによる二種類の転写産物ができるわけで。。。
それって生物学的な意味があるのかなあ？
181 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/30 17:44
こんなに見えちゃってヤバクない？？？
抜いても抜いても また勃起しまくり・・・
↓ ↓ ↓
☆★☆★ 海外サイトだから安心無修正 ★☆★☆
http://upbbs.s2.x-beat.com/linkvp/linkvp.html
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☆★☆★ 本気汁丸出しのお○○こが！ ★☆★☆
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182 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/30 19:52
>180
ってことは、一つのタンパクが異なる二つのプロモーターで制御されてるってこと？？？
ってことは、一つのタンパクが異なる二つのプロモーターで制御されてるってこと？？？
184 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/31 02:11
>>180 >>182
環境応答性なら意味があるといえるんじゃない？
通常はちょっととしかいらないからP1プロモーターで
制御されているけど環境が変わっていっぱい欲しくなったら
環境応答性の転写因子に制御されるP2プロモーターが
アクティブになるとかさ。
環境応答性なら意味があるといえるんじゃない？
通常はちょっととしかいらないからP1プロモーターで
制御されているけど環境が変わっていっぱい欲しくなったら
環境応答性の転写因子に制御されるP2プロモーターが
アクティブになるとかさ。
185 ：ぼるじょあ ◆yBEncckFOU ：03/08/02 02:58
∧＿∧ ∧＿∧
ﾋﾟｭ.ｰ （ ・３・） ( ＾＾ ） ＜これからも僕たちを応援して下さいね（＾＾）。
＝〔~∪￣￣￣∪￣￣〕
＝ ◎――――――◎ 山崎渉&ぼるじょあ
ﾋﾟｭ.ｰ （ ・３・） ( ＾＾ ） ＜これからも僕たちを応援して下さいね（＾＾）。
＝〔~∪￣￣￣∪￣￣〕
＝ ◎――――――◎ 山崎渉&ぼるじょあ
186 ：180：03/08/02 13:38
>184
それならわかりやすいんですけどね。
でも、ESTクローンのdensityとかからするに、
そういう感じではなさそうなんだよね。。。
それならわかりやすいんですけどね。
でも、ESTクローンのdensityとかからするに、
そういう感じではなさそうなんだよね。。。
(⌒V⌒)
│ ＾ ＾ │＜これからも僕を応援して下さいね（＾＾）。
⊂| |つ
（＿）（＿） 山崎パン
│ ＾ ＾ │＜これからも僕を応援して下さいね（＾＾）。
⊂| |つ
（＿）（＿） 山崎パン
188 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/16 14:24
へー
189 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/16 20:18
190 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/19 03:17
ほう
191 ：名無しゲノムのクローンさん：03/09/29 01:10
奉祝！ボブレーダー教授、ラスカー賞受賞！
あぼーん
193 ：へたれ黒マチン：04/05/02 19:52
うーー
久しぶり。
久しぶり。
194 ：名無しゲノムのクローンさん：04/05/05 13:41
195 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/28 06:35:09
レーダーはノーベル賞ってとれそうなん？
基本転写因子？
基本転写因子？
196 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/28 06:35:41
あげしっぱい
197 ：名無しゲノムのクローンさん ：
さげ