Ｘ線とＮＭＲはどっちが凄いの？

Ｘ線とＮＭＲはどっちが凄いの？

凄いの定義は？
まさか、脱いだら凄いということ？

何をもって観察しているか、物理化学の教科書でも見てみような。

例題：シリカゲルのＸ線回折パターンはどのようになるだろうか？

もちろん、NMRです。
僕のNMRパーク＠鶴見に来て下さい。

spring-8に費やされたカネの総額と
鶴見NMRパークに費やされたカネの総額と
どちらが多い？

いずれ､どちらも役立たずになると思われ｡

ＭＭＲが凄い。

僕が一番スゴイ!

タンパクの立体構造解析の話か？
モノの条件によって違うだろうが。

spring-8 1200億円
NMR　初期12億円　＋　装置一台1-3億円

勢いに乗ってNMRパーク＠鶴見つくっちゃったけど、使う人（使える人？か）いなくて閑古鳥。
困っちゃうなあ。僕のチームで結果がでてるのはＸ線結晶構造解析のグループ。
嗚呼、どうしよう、どうしよう。

スプリング8のコームラ博士、元気かなぁ？

>>11

てめーの大風呂敷のせいで、いったいどれほどの血税が
あのバカNMR parkにつぎ込まれたと思ってるんだ！？
責任取って自殺しろ！

はい､氏にます!

なにひがんでんの?

お金がないビンボー人は心まで貧しい｡研究費をとれないヤツらも同様!?

Ｘ線とＮＭＲって言い方が既に凄いと思うけど，(医療現場ではＮ＝nuclear[核]という単語の印象がすこぶる悪いので)
ＣＴとＭＲＩと読み替える事にして，例えば東大工学部の土肥研では，ＭＲＩをベースにＣＴを組み合わせて使っている．
総合的にはＭＲＩの方が画像がはっきり見える様だ．
但し，３も言うようにモノによってＣＴの方が使える局面もあるので(例えば前立腺癌の放射能注入治療)
現在は組み合わせが主流(もちろんちゃんと手間ヒマカネをかけた場合に限るが)．

>>17は全くスレを読み違えていると思われるが、こういうの日常的にあ
るよな。

>>18
まあ、そうなんですけど。
世間一般にはNMRというとMRIのことを指すようで。
そんでもって、もっと言うとNMRで蛋白質の構造（広い意味で）
をやっている人もこれまた少数派ですから。

>>17
他の人のレス読まれましたか？

>>17はネタかな？
なんでＭＲＩの方がはっきりするのか、そのリクツを押さえといた方がいいでしょうな。どうして高分子になるとNMRがその威力を発揮できないのか？　それを知るのは単に測定手段にしか過ぎないという考え方でも大切でしょう。

（´Д｀）ｴｸｰｽ、ﾊｧﾊｧ

だが建設にかかった総額費用を考えたらspring8は
いまの３０倍くらい成果があってもいいと思われ。
結局税金ばら撒き土建やを潤すただのクソ公共事業だった
だけつうことだ。
そのspring8で既知の酵素にSS導入しただけの変異体
はかるなよばか。

>>22
とりあえず、結果が出るならクソにでも当てろ状態です。
あと、僕の上司に今試んでもらっては困ります。>>11

>>16金とって結果出ないのはもっと悲しい。打つ氏。

>>22
Spring-8は生体高分子の構造解析だけに使用されているわけではありません。

>>22
カレーにヒ素入れてみな。

>>22
なんか、すごく勘違いしてない？
Spring-8の場合はそれを使用しないと出来ない実験も多くあるわけで、
例えば蛋白質の構造解析で言えば、これぐらい強い放射光でないと解析できない結晶とかもあるわけよ。
あと25,26のレスにもあるように、他にも色々使われているんだけど、しらねえの？
そんでもって、NMRの場合、800MHzとか900MHzの装置は他にも結構あるわけよ。
これはもう決定的な違いで、NMRパークの場合は数を集めた以外に
価値はないんじゃない。
これが1GHzといかいうのならまた話は別だがな。
もっとも1GHzと900MHzの違いを明確に出すならでかい蛋白質で
TROSYとか使用しなきゃ意味がねえけどな。

使えるﾋﾄがいないマシンは無駄

問題は、その構造を決めて何がわかるかであって、
その構造を決められるかどうかじゃないことなんだよ。

>>29
言っていることは正しいと思うが、どれに対するレスなの？

>>30
>>27です。

>>31
それは論理的につながらんだろう。
>>27 で言いたかったことはSpring-8は他の物理・化学実験においても必要であり、
費用は膨大であるが代替えのきかない（実際にはあるが世界に少数しかない）
施設であると言うことだから。
もう一度 http://www.spring8.or.jp/JAPANESE/
に行ってどんな研究に使われているか見てみたら。

なお繰り返しておくが、29で言われていることはそれ自体を
取り出すとよく分かるが、
27のレスとしては不適切である。

そうか、すまん。

話がずれるが29に激しく同意。
新規構造を出すのがえらい大変なのは知ってるが、
博物学やってるわけじゃないからねぇ

そうはいっても個々の蛋白の立体構造が出ないと次のステップに
いけないわけよ。
いまはとにかくバカバカ立体構造を出さないと。
もちろん、できる人は次の構想を考えてね。

博士持ちのテクニシャンのしごとだな。つまらん。

＞　２７＝３０＝３２
代替が利かないということが、
建設費用に見合っただけの成果が出ているか
という批判に対する免罪符になっているとも
思えない。
Spring8の大いなる税金の無駄遣いに比べれば
NMRパークは目的もはっきりしているし、頭数
さえ集めれば技術的に到達可能な具体的目標も
あるし、成果からの産業への還元も期待される。
つまりリターンに見合った投資である、といい
たいわけ。
他の産業に貢献しているのはわかったけど、投
資額に見合った成果ではない、という批判に答
えてくれませんか、どなたかSpring8擁護派の
人。

めいわく

>そうはいっても個々の蛋白の立体構造が出ないと次のステップに
>いけないわけよ。

本当にそうなのかなあ。頭使えばもっと少ない数でも効率よく
やれるってことないのかなあ。

そういえば、世界に冠たるSpring8を擁しているというのに、
世界的に有名な仕事って少なくないかX線業界？
月原・森川・ハコシマ・宮野・・・関西ばっかじゃん

>>37
他の業界の人を呼んでこないと説明できないのでは？
半導体とかどれくらい貢献できるか分からんからなあ
地球科学とかもあるし・・・

ところで、投資額に見合った成果ではないという批判をするのであれば、
逆にどう見合っていないのか具体的な数値で示していただきたい。
先に批判したものの当然の義務であろう。

コスト意識。
spring-8 1200億円
NMRパークはその1/10以下。
それで3000個構造をきめるといっているんだから
すくなくともその程度に見合う成果というと30000個、
といっているわけです。浅墓な計算ですけどわかりや
すいでしょう。
数ではなくて研究・論文の質で十分経済効果が上がっ
ている、という反論もありうるけど、ためしにやって
みてください。期待しています。
実際のところ、Spring8が現在のように構造生物学用
ビームラインを増設して、民間企業にもビームラインを
割り当てた背景には、経済団体からSpring8が税金の無
駄遣いという批判が相当あって、その批判を和らげるために
理研と兵庫県が動いた、という実情があったことをお忘れなく。
つまり、「他の業界」は実は経済的期待、という意味では
医療関連蛋白質の立体構造解析（薬に関連しない構造は
実は経済的意味はない）と、もとから思っていたし、いまでも
思っている。（ここが重要です）。
だからSpring8のHPにはいろいろ「ほかにもこんな使い方が
ありますよ〜」的な総花的美辞麗句が並んでいるけど、まじめに
学問的に放射光を使う意義があるものってほとんどない。
医療診断用のX線トモロジー？健常組織にまで検査のために放射光
X線をあてるわけ（＠＠　びっくりっ）とか、すぐサンプルが
加熱して好熱菌由来蛋白しか測れない溶液散乱実験とか。
シリコンなどの素材産業への貢献も2000万円くらいの電子顕微鏡で
十分という現場の意見があります。
地球科学はよかったですね。あれは100億円くらいの価値がある
かもしれません。

Spring8設立当時からの批判に対する唯一の反論が
医療関連蛋白質の立体構造解析だった、という話の続きです。

NMRパーク設立のときに使われた構造ゲノム学のロジックは、もう
ちょっとましでした。「医療に直接結びつかない蛋白質の構造決
定でも、天然に存在しうる構造のとりうる組合せ空間はどうやら
無限ではない、という予測の元に網羅的に決定すれば、医療に
結びつく蛋白質のホモロジーモデリングなどに利用可能だから
貢献できる」というロジックをつかったわけです。
だから現に倉光プロジェクトなどは播磨で構造ゲノムをやって
います。
でもそれなら一般課題の公募枠のバランスを変更して
構造ゲノムと医療系蛋白（製薬会社のサンプルの一般ライン
への乗り入れ解禁含む）すべきなんじゃないか、と思います。

どうでもいいけど今度はサイクロトロンだそうです。

http://www.riken.go.jp/r-world/riken/project/index.html

でかい建造物立てると役人の手柄になるから菜。

つづき
要するに私の言いたいのは、NMRパークはSpring8に較べれば
微々たる予算にもかかわらず、批判的な意見もHPに公開する
（和田先生の意見とか）し、外部の評価委員会も辛口なもの
も含めてきちんと運営している。しかも特許取得なども含めて
医薬関連企業との連携も窓口を作って、今までの日本の特殊法人の
組織としては例を無いくらいオープンにやっている。
それに引き換え、Spring8の課題選択基準や、Spring8を利用して
得られた成果に対する評価というのも、同じくらいオープンに
すべきなのではないか、個人的には思うわけです。
少なくともSpring8の関係者が、NMRパークを批判するというのは
どうも筋違いというか、あれだけ「身内に甘々」にクローズで
運営していて、そりゃねーんじゃねーの？って思いました。

そんなに批判的なの？

ぼくのしごとのほうがグレートだ

理研内部でバイオ系とそれ以外で乖離が進んでいると思われ

>>42,43,46
解説どうも（藁
それでは、近い将来（５年後？）NMRパークから3000個の構造が出ることを期待しましょう。
間違っても、>>11のような泣き言は言わないで下さいね（藁

>>42
ずいぶんと乱暴な近似だな。
大体、3000個出すと言ってもY先生自体が半分はX線だと言っている。
それどころか実はほとんどX線になるんじゃないかと「多くのNMR屋が」危惧しているのを
知らんのか？

>>47
眼中にない

42>>51
知ってます。俺もどう考えても無理だと思う。
だがY先生が3000個出すといってるんだから
しょうがないでしょう。1200億もかけたんだから
そのうち1500くらい貢献してくれてもいいじゃないか、
って思ってます。っていうか、30台のNMRということで
GSCは騒がれていますが、コストからもマシンのキャパ
からもSpring8には比べるべくもないほど貧弱という
わけです。Spring8に匹敵するNMR装置の全国共同利用機器
センターということであれば、少なくとも100台は必要だ
と思います。500と600で水増しして30台ですから。
全部800MHz/900MHzだったら話は違いますが。

日本全国でこれから新規の構造がとけそうな結晶を持っ
ているラボに優先的にSbpring8のビームタイムを
割り振って、構造ゲノムに関係ないテーマは、そのあまった
ところを割り振る、っていうふうにテーマ採択を変えればいい
だけです。

それと、あまり役に立ちそうになかったり、開店休業の
他分野のビームも構造用に召しあげるのがいいかもしれません。

42>>50
そうですね、なきごといわないように頑張ります.
でも実際、鶴見に集まって来ている人達は
「たとえ無理かもしれないけれど、やるだけはやるぜ」
という使命感に燃えたわれわれ若手ががんばりますから
大丈夫ですよ。

繰り返し書きますけど、Spring8でX線やってる皆さん
も、現状のぬるま湯状態に甘んじることなく、今後は
厳しい外部評価の波にさらされても大丈夫なよう
切磋琢磨して頑張ってくださいって思います。

うわっ・・・
ぬ、ぬ、ぬ、ぬるま湯
まだほとんど構造出していない人が恐ろしいことを
X線の人達が激怒しなければいいのだが

>と思います。500と600で水増しして30台ですから。
>全部800MHz/900MHzだったら話は違いますが。

根本的に話の筋が違うような・・・

Y山とその配下の連中自体が
ぬるま湯ぢゃ。死ね

>57
おまえ上のログぜんぜん読んでないだろ。
Y山一派がぬるま湯だったら、それ以外の理研は
もっともっとぬるま湯（というか「研究者の楽園」）
だ、と批判されてるというのに。

てめーの大風呂敷のせいで、いったいどれほどの血税が
あのバカNMR parkにつぎ込まれたと思ってるんだ！？
責任取って自殺しろ！

NMRパークって飛行機とか引きつけないのだろうか

>>53,54
自分でも「どう考えても」無理だと思っているのに
泣き言は言わないとは、矛盾していないか？
精一杯頑張れば、結果が駄目でも許されるとでも思っているのか？
どう考えても無理なら、計画を中止するのが筋ってもんだろ
W大先生が言っているように、早くマシンタイムを公開しろ！

　↑
＞W大先生が言っているように、早くマシンタイムを公開しろ！

結局はそれですか。
現在でも「構造ゲノム」の協力するのならばマシンタイムは
ほとんど公開に近いですよ。何勘違いしているんですか？
「俺の興味のある蛋白を、１構造１年くらいかけてやりたいから
マシンタイムを貸せ」ってことでしょう？
ＧＳＣなんかに借りにこなくても、メンテするひとが
いなかったり、運営がまずかったり、ルーチン測定器
になって「遊んでいる」６００ＭＨｚや７５０ＭＨＺが
結構あっちこっちにごろごろしてるんですけど、それ
でもＧＳＣに来たいんですか？それだったらＹ先生も
歓迎してくださいますよ、きっと。

自分のマシンタイムが欲しいから言ってるんじゃねえよ
がら空きの状態にしているマシンを無駄にするなといってるんだ
悔しかったら稼働率をもっと上げて見ろ！

・・・ このコメント、サンプル供給グループのほうに
そのまま[FWD]しますので、しばらくお待ちください・・

ていうか皆解析と構造計算に忙しい時期になっている
のですよ。運営法としては
「モノを採る人」→「ひたすら測定する人」→「帰属しか
しない人」→「精密化しかしない人」に流れ作業をすれば
いいとわかってはいるのですが。あと「装置メンテする人」
と「パルスの最適化だけする人」も分業したいのですが。
ちなみに某Ｗ大先生のラボは完全分業性ですので、日本の
普通のＮＭＲのラボから見たらまったくのファクトリーです。
それに対して（誰かが）批判的なことをいったのが気に障ったの
でしょうか？辛口のコメントを書かれてしまいました。
（でも誰だろう・・・？）

>>65
それは言い訳にならんだろう
絶えず流れるようにしていないと、数を集めた意味がない

>>65
旧に弱気になったな。

それでもしつこく逆襲を試みます。

（この業績を認めてY先生僕を昇格させてください、なんつって
ノルマなんていわずに「GSCも決めた構造の数」とか帰属した
数とかで給料をきめたらいいと思いませんか・・・）

さて、ほんでは批判の矛先をSpring8に向けます。

>>68
Spring-8批判するなら、試しに物理の方でスレッド立てたら？

Spring8の放射光では、まるまる24時間すべてデータが
とれたら一日で大体4〜6個の蛋白質の立体構造を決定
するだけのデータセットが集まります。
一本のビームラインでです。
GSCのNMRが稼動しないと批判されておりますが、では
「稼動してるはず」のSpring8はどうでしょう。メンテ
を除いても実際に年間250日は稼動しているわけですし、
いったら徹夜でデータを取っているグループもすくなく
ないと聞きます。ということは、250日かける4=1000個
分のデータが、ビームライン一本で、現実にとられている
わけです。そのうち実際に新規構造につながっているのは
どれくらいですか？学会や論文発表の数だけで考えて
みると年間100に満たないと思うのですが。

そうすると「フル稼働していないから無駄」という批判は
もっともですが「フルスペックでフル稼働に近いのに
アウトプットが低いのでは？」と以前にも書いた批判に
対してはどうなのでしょうか？　Spring8だって
実際には「せっかくマシンタイムがあるから」を理由に
はかってもしょうがない結晶をかけるつう無駄が多いのが
実情です。NMRの見た目の稼働率を上げればいいのだったら、
かたっぱしからリゾチームかユビキチンの3次元4次元の
測定をかけて回ればいいのです。
６３さんもＮＭＲ関係者なのでしたら、同業者をくさして
いないで、もっと壮大な税金の無駄を批判するのを手伝って
ください。
しかも彼ら（Spring8利用X線屋）のほとんどは、建設予算をとるために
苦労したこともなければ、建設の予算が高すぎるということで他所から
批判されるわけでもないという現状なわけです。

そろそろ結論が見えてきましたね。
つまりGSCのNMRの数の集積効果をあげるために、絶えず流れる
ようにすべきだということですね。で、そのためには広く門戸を
開放する、というのはよいと思います。
Spring8方式の導入ですね。
ですが、実際Spring8ではマシンの稼働率は上がっても実際の
アウトプットはフルスペックから想像される期待値よりかなり
したまわっています。それはなぜか？それは、結局「ひろく
うすくばらまいてしまったため無駄な運用が多い」からです。
私はそれは結局のところ課題選択の報告と評価に問題があるから
だと思います。
だからGSCはプロジェクトの目的にかなった「新規のフォールデ
ィングを迅速に決定する」というテーマに限って、迅速に決定できる
ノウハウを持っていると思われているグループに限り、マシンタ
イムを開放するのがよいのではないでしょうか？

>>71,72,73

SPring-8でのX線のメジャーグループの一つが
Yグループだと知らないの（複数のYグループが
播磨にもあるよ）？　理研播磨のウェブサイト
見たら。

知ってます。
ただし構造ゲノムという点では阪大倉光研のほうが
メインです。
もう一度かきますとSpring8の課題公募の基準も
「構造ゲノム」関連テーマへのビームライン重点配分を
したらいいのでは、という提案を上のほうでしました。
ただし一般ラインと理研専用ラインとあるので理研専用
ラインがどういう比率で運営されているのか私は詳細は
しらないので。

>>74

SPring-8では夜間実験されていないとのことですが、
GSCグループで夜間使用させてもらえば良いのでは？
あなたの計算でいくと、２(個/日)＊250日位の数は
解析出来ると思います。さらにビームラインが複数
あるのなら、数倍解析解析できることになります。

>>70
実験に失敗はつきものですが、そういう発想はないのでしょうか。
あまりにも単純な計算ばかりしているように思われます。
大体、あなたは今まで何個の立体構造を決めてきたんですか？
全く新しいものを決めたことがありますか？

>>76

あなたはどうなの？

>>71
NMR屋だからこそ、お前みたいのがうざいんだよ！
大体、NMRの特性を生かすのなら、立体構造決定以外の方がいいだろ

NMRの批判をするヤツは、この僕が許さないぞ！

＞大体、NMRの特性を生かすのなら、立体構造決定以外の方がいいだろ
使い古された言い回しだと思いますが。
具体的に何かアイデアがあってそういっているんですか?
たとえば、どんな?
立体構造決定以外のNMRに特化したラボで成功しているところ
ってありますか?

>>80
例えば、最近だとA坂先生の仕事は秀逸だと思いますけど

>81
あれでＮＭＲの応用が確かに広がるかもね。

>>80
藁藁
それをNMR討論会で言ってみろよ、特にA田先生やK荘先生の前でな

そもそもY先生は日本のNMR屋の中では溶液構造の決定に着手したのは
そんなに早いほうじゃないぜ
むしろK先生やI先生の方が先鞭をつけていて、その頃M澤先生は
あんたと反対の意見だったと思うがな
勿論その弟子のY先生も同じ意見だったはずだ

そして、いまでもA田先生の前でY先生があんたみたいな意見を言うとは
絶対に思えないな

テクニシャン博士くんたちが内輪もめしてるぜ

>27

900と1Ghzの決定的な違いって何ですか？
初期＆維持費用、とか言うのは無しで。

500と600の違い以上に何があるの？

>>83
それはゲノム配列が決定される以前の話です。
人ゲノムの全配列決定を境にして、生物学における
価値観やプロジェクトの戦略的意味が大きく変わった
ということです。機を見るに敏というのは一流の条件
です。
それにA田先生も今では宗旨がえをして、GSCの顧問を
なさっているばかりかJ of Structural Genomicsの
雑誌の編集までなさっておいでです。
K荘先生もGSCの共同研究先として、一応
プロジェクトにはいっているのですが、あれは謎です（藁）。
皆さんGSCのカネの無駄使いを批判したがって
おられるようですが、K荘先生の肩を持つんだったらそれは
いいっこなし、にしませんか？（藁藁・・・スペシフィック
ラベル入りのアミノ酸の合成ってほんとにお金かかります
ね）

まあ、どのみちGSCは21世紀、ポストゲノム時代に
構造生物学やNMRがどうやって生き残っていくかを
模索した末の、一つのY先生的模範解答ですから。
20世紀の回顧も結構ですが、ここは未来指向で行った
方がいいと思います。

やめようよ、テクニシャン博士くんたち、うちわもめは！

>>85
ちゃんと理由は書いてあるんだけど・・・・
感度とか分解能ではそれほど決定的な差はないが、
TROSYを使って大きな蛋白質を解析する場合には差が出るかもしれんと
でもそれも実際にどれくらい差が出るかはわからんな

つまり、やはり差としては初期＆維持費用の方が決定的に違うので
さすがに1GHzともなると世界にそんなに多くは設置できないだろうというわけ

>>85
A先生は宗旨変えをするような人じゃないと思うがね。
NMR業界で、このことに異を唱える人はまずいないだろう。
大体、GSCの顧問をしていたり、J of Structural Genomicsの 雑誌の編集をしているから
宗旨変えをしたと判断することはできんだろう。
まあ、本人に聞いてみるのがいいんじゃないの（藁

↑
おっと間違い、
>>86に対するレスだ

>>89
確かに、直球で聞いて欲しいものです

>>86
やっと本題に戻ってきましたね。
でも、立体構造決定と言うことになると分解能・解析スピードという点において
NMRはX線にかなり劣ると思います。
また、分子量の限界が2万くらいまでというのは更に決定的な差ではないでしょうか。
原理的には重水素化でもう少し上がりますが、そのための労力は非常に多大なものになります。
TROSYを使えば解析可能な分子量は飛躍的に上がりますが、大きなもの(分子量5万以上)に関しては
現状では主鎖の帰属をするのが精一杯と思われます。
皆さんはどうお考えでしょうか。

腕時計付けたまま作業出来る→Ｘ線の勝ち！
ってことじゃダメ？？

>>93
放射光の施設に入るには色々面倒じゃん。

>>89さん
A先生やK先生にあまり過度の期待をしないほうがいいですよ。
A先生は裏表や腹芸をする先生ではありませんので、R研の
顧問になった以上、高速立体構造解析を全面的に支援してくださ
います。ね、A先生！

>>92
本題の議論を歓迎いたします。
分子量の壁についてはおっしゃるとおりです。
だから3万を超えたらNMRでやる必要はないと
思います。5万なんて帰属する気もおきません。生産
性の点ではとくに。でも、帰属すらついて
いない2Dや3Dをいくらながめて議論しても、仮説
の域をでません。

まず分解能と精度の点については分子配向の技術で
かなり改善しております。で、それ以上の分解能
については、材料工学ではなくて生物学で議論するのであ
れば、いくら決めてもあまり意味はないと考えております。
上のほうで誰かも書いていたけれども、液体窒素温度で
観測された水素結合が、常温水溶液中で生物学的にも意味を
なす可能性は、そんなに高くありません。

高圧NMRを評価している書き込みが多く、個人的には
うれしく思いますが、現実には世界的には残念ながらあまり
評価されていないみたいですね。
赤S先生は理研播磨にあるYグループNMR部門顧問になられま
した。高速立体構造決定には厳しい意見をお持ちの先生です
が、現在のお立場とどのように折り合いをつけられるの
でしょうか？

>>97
どうやら内部事情に詳しそうな方みたいですが、そうなんですか。
論文は結構いいところにそれなりの数が出ているし、
確か賞をもらわれたんですよね。
世界的にあまり評価されていないと言うのは信じられないのですが。

>97
折り合いも何も、
「ＮＭＲで見えているのは本当の蛋白の姿ではない！
あれで蛋白の機能なんて分からないんだ」
と息巻いて言ってるんだから。
Yグループでも播磨と鶴見とはベクトルの向きが全然違う。

>>96
分子配向の技術ってRDCのことですか。
RDCが分解能を上げることが出来るのは、マルチドメイン構造の蛋白質などの場合に限られると思います。
一般的には、RDCを用いてもそれほど大きくは分解能は上がらないと思います。
構造決定の初期の段階には役立つこともあると思いますが。

水素結合の話、上の方には見つかりませんでした。これってクライオを使用した測定が問題があると言うことですか。
もしそうだったら、常温測定でもX線の方が分解能的には優れている場合が多いと思います。

>>95
別に全然期待なんかしてねえよ、そんな問題じゃないだろ
とにかく、こんなところじゃなくて、NMR討論会とかで宗旨変えをしたのか
お前が直接聞いてみろって言ってんだよ

>>100
実際には構造計算過程での見かけの収束があがる、という程度の
意味で用いておりますけど。ご存知のようにX線とNMRでは原理が
異なるので「分解能」は比較できませんよね。常温なら
2.4Aくらいの分解能で、そのうえに当然温度因子が乗ってきますから
側鎖heavy atomで rmsd1.2A　収束くらいの構造とほぼ同等と
考えていいと思います。
溶液中の蛋白質の構造としてどれくらいリアリスティックで、かつ
生物学的機能を議論するに足るか、ということだと思うのです。
あと最近のX線の分解能の議論も、もともとの分解能の定義（よう
するにその距離以内の2点は判別できない）ではなくて、
○Aまでの反射をrefinementに使ったか、で分解能としていますので
確かに分解能はいいかもしれませんがqualityが悪い構造も
結構あります。特に大きな蛋白質の、活性部位には関係のない部分の
側鎖の向きとか・・・refineしてる人が手作業でよく見ないですから。

あと、それでも確かに赤S先生の最近の仕事は秀逸だという
ことは認めます。でも、これからの若い人が赤S先生のような
研究スタイルを理想として踏襲する、というのは、私の個人的
にはちょっと違うと思います。
これからはやっぱり「いかにたくさん構造を解いたか？」と
「いかに速くかつ正確に構造を解けるか」と「いかにそれを
重要な生物学に結びつけることができるか？」で評価が決まる
と思うのです。現実問題、構造を決めないと論文に出ない、と
いう実情があります。

>103
それか既に構造の決まったタンパクをやるか、だね　（藁
ＮＭＲで、構造決定なんてやめて、素直にＸ線をやれよ　（藁

結晶が出ないまま修士修了〜〜〜♪　いま某所で派遣でテクニシャンやってます。
同期で修士で就職した人は研究やめちゃったひともいま〜す〜♪
結晶解析のラボに大学院に進もうと思ってる人は、入る前に「結晶あるの？」って
ききましょう。精製できたらすぐ測定をかけられるNMRがすごくうらやましかったﾅ〜

高圧は化ける可能性大かも。
R.R.Ernstも狙ってたね。

>>102
「見かけの収束があがる」とはどういうことでしょうか。

勿論、X線で言うところの分解能とNMRのrmsdは定義が違うので単純に比較することは出来ません。
それで、X線の分解能2.4AがどうしてNMRのrmsdで1.2Aに相当するのか教えて頂けませんか。
もし、そういう解析をしている論文とかがあるのであれば紹介してもらえるとありがたいです。

Procheck-NMRを使用した限りではall heavyのrmsdで1Aを切るとX線で2.5-3.0Aくらいになるような印象を持っています。
X線の人の話では3Aでは主鎖レベルで物を言うことはできるが、側鎖については怪しいようです。
これが、2.5Aを切ると側鎖についても確からしいことが言えるようです。
NMRで言うとこれはall heavyのrmsdで0.5-1.0Aのレベルになると思います。
つまり現在得られる NMR構造で高分解能だと言われているレベルが、X線の中くらいのレベルだと認識しています。
室温でもX線では2.0Aを切るデータはいくらでもありますから、やはり分解能的にはX線の方がだいぶ優っていると言わざるを得ません。
いかがでしょうか。

>>102の後半部分は、文章が壊れていて理解できませんでした。

>>103
溶液構造決定の仕事じゃなきゃ、生き残っていけないなんて思っているのはお前だけだよ。
Y先生だってそういう言い方はしないと思うな。
大体基本フォールドが決まったら、なおさら詳細な解析をしないと論文にならんぞ。
お前の理屈だと5年後にはいわゆる溶液構造屋は全員失業だ。

両方使えば良いじゃん！！

終了。

>>108
世間は厳しいので、5年たったら全員失業だ、くらいの厳しい現状認識
はしております。でも溶液構造決定のしごとじゃなければ生き残れない
というのはかなり切実に感じております。正確には「溶液構造の仕事で
すら」生き残っていけない、です。でも高圧とかfoldingとかのNMRが
それよりマシともあまり思えません。
ここでは「生き残る」＝公募でどこかに職を得る、あるいは製薬
会社などでNMRの仕事を続ける、という意味に限定しています。

ひょっとしたら構造生物学をある意味で非常に侮辱していることに
なるのかもしれませんが「構造決定」以外のNMRを使った仕事では
なかなかIFの高いjournalに論文がでないのです (T_T)
方法論の仕事では、NSBに出るのはまれで、JBNMR (IF99=3.213)
かJMR (IF99=2.106)なんてことになってしまいます。特に
後者はある意味ショックでした。だしてもみんなに馬鹿にされる
J.Biochem-Tokyo(2.191)を下回ってしまいました。
まだ日本ではY先生のいう1structure / 1.5 monthに達している
人はいませんが、新規構造をそのペースで解いたら、構造のうち10個に
ひとつくらいはよいジャーナルに通るトピックスのある分子にあたる確率が
高いと思うのです。遺伝病とかSNPsの話なんかからんでくれたら
万々歳です。
私の考え方は、非常に浅墓で極論だと自分でも思っておりますし、
それが構造生物学を侮辱していることにつながるかも知れません。
でも現実主義に徹するとなると、手っ取り早く構造をたくさん決めるほうが
よいように思われます。Y先生はこういういい方はしないでしょう。Y先生
よりも屈折しているのです、私は。有名ラボ出身でもない私が、この先
公募を繰り返して生き残っていくためには単期間にIFを稼ぐくらいしか
思い付きません。
108さんが現在どういうお立場か存じませんが、そこまでおっしゃるので
したら5年間構造を一切決定せずに頑張ってください(そういう道を貫く
のでしたら、志は違えども応援いたします。) ですが、そうじて方法論
やfoldingでは割にあわないと感じている実情について、なにか
コメントをいただきたいです。
ただ繰り返し書きますと、新規構造を決めないで生き残っていける
溶液NMRとしてはA坂先生とA津先生が最後の砦だと思われます。
独立行政法人化後の日本のアカデミックが、IF至上主義や論文数至上主義
に陥らずに公正な人事システムを導入して機能させることを心から希望して
やみません。でも私は、それがすんなりできると信じていられる程楽天的でも
おめでたくもないみたいですので。


でもそれとGSCのマシンタイムを公開することとは、全然違う別の次元の
問題なのであしからず。構造解析に意義を感じていない人に、理研の
装置や予算をつかってもらったらそれこそまた叩かれますので、ご容赦く
ださい :-p)。

ということで私もこのスレは終了します。いろいろ貴重なご意見
ありがとうございました。

IF市場主義四ね

>>110
あなたは世界中のNMR屋を侮辱しています。
JMRはIFの値に左右されることなく、非常に重要な雑誌です。

お前ら昼間っからそんな事語ってないで実験しろ。

やっぱりテクニシャン博士の集まりだな。

5年後にはいわゆる溶液構造屋は全員失業だ(w

>112
Acta Crystallography DもIFの値に左右されない重要な雑誌なんでしょうか？
わたしが学位をとるためにはActaが最後の砦です。（あ、あとProtein Exp and Purification）
というのももう一つの最後の砦なんですけど。

本題からズレてるような・・・
要するにどちらも一長一短。両方使えなきゃダメ！！

NMRと量子コンピューターの関係は？

とりあえずあげとく。

Solid-state NMR determination of the secondary structure of Samia cynthia ricini silk

J. D. van Beek, L. Beaulieu, H. Schafer, M. Demura, T. Asakura, B. H. Meier
Silks are fibrous proteins that form heterogeneous, semi-crystalline solids. Silk proteins have a variety of physical properties reflecting their range of functions. Spider dragline silk, for examp...
Nature 405, 1077 - 1079 (29 June 2000)

SPring8でちんちんの内部構造を調べたいのですが、どうしましょうか？

死ぬ程熱いぞ。やめとけ

ぼくが許さないぞ。

正しい比較方法

SPring-8のリング建設費×構造生物学用ビームラインの数
+構造生物学用ビームライン建設費

と

鶴見の総建設費

すくなくともSPring-8は構造生物学を目玉にしているものの、
構造生物学のためだけにつくられたわけではない

知らない人ばかりで言っててもしょうがないんじゃないの?
SPRing-8はビームラインが50本弱ありますが、構造解析（たんぱくの）に利用される
ビームラインは一桁台ですよ。しかも、深夜もやればいいという話も出てましたが
基本的にはビームラインは15時から次の日の15時まで。当たり前ですが、深夜も徹夜で
やってます。それに、そんなに結晶がないわけでもないでしょう？GSCって。

鶴見はNMRを目玉にしているものの、ほかにもマウスゲノム、ヒトゲノム
植物、脳などあるので、その分でけいさんしたらよいのでは? ＞124

それにしても何かお役人的な言い訳だよね。↑俺の書いた文章もそうだけど
この下のやつもね。税金を使ったという観点からの納税者への説明義務と
しては弱すぎ

＞すくなくともSPring-8は構造生物学を目玉にしているものの、
＞構造生物学のためだけにつくられたわけではない

でも構造以外のビームラインの実態を知っている人たちはこんな板に
は絶対来ないよ、叩かれるッテ知ってるからさぁ

＞でも構造以外のビームラインの実態を知っている人たちはこんな板に
は絶対来ないよ、叩かれるッテ知ってるからさぁ

同意。でもそれをいっちゃだめだよ。

>>126
だから、物理とか化学の方でスレッド立てたらどうですか。
部外者だけで論じても意味ないでしょう。

Spring-8でデータ取ったことのある人ならみんな
うすうすは感づいていることですよ。口に出さな
いだけ。むりしてかばわなくてもええやんか？＞128

物理人は生物人を疎んでます。

＞税金を使ったという観点からの納税者への説明義務としては弱すぎ

だからといってたくさん使ったほうが悪いというのは短絡的すぎるんじゃないか？

>>129
それは事実からもしれないし、事実ではないかもしれない。
しかしながら、いずれにしても憶測だけでものを言うことが科学者として問題がある。

(ﾟдﾟ)ﾊｧ?
糞が使えばどっちも糞。

age

納税者としてはどうよ？

ウン千万の税金使って、Sync. Rad. 1報のみとかは止めて欲しい。

warata

それってIFいくつ?

>>137 笑い事じゃないと思われ。

>>136
それは事実からもしれないし、事実ではないかもしれない。
しかしながら、いずれにしても憶測だけでものを言うことが科学者として問題がある。

じゃあ、納税者としてはどれだけの成果を出せば満足なんだ？

やだなぁIF=1あたりいくらかかったって計算をここでもするのか？
まあ他の板でもその値が低いと叩かれるし、そもそもこのスレの
上のほうでも、同じ理屈でGSCが叩かれているからしょうがないか
もしれないが。
納税者の皆さん、とりあえずIF=1あたり1000万円でどうよ？

この話をするとみんなだまるんで、おもしろいからage

1000万円/1IFだとしたら、３億円くらいはもらわないと割に合わないな・・・

業界用語で1000万円を「イッポン」と呼ぶそうだ。
2ch用語では1IFと予防。

3億円＝800MHz NMR一台　いちおう、この程度なら2~3年で
ノルマ達成できそう。Cell一報でお釣りが来る。
EMBOで2個、NSBなら3個、それ以下(StructureかJBC）で4個
1IF＝500万円となるとかなりきついな。

私の生産性は100万円/1IFくらいです。

もちろん遠心機とか高額の共同利用装置の値段は入れないで、ですよね。
それをいったらSpring-8のアカデミックの利用料もただですから
議論になりませんよ？
ちなみに給料は別にしときませんかややこしいので

でもさあ
みんなせっかくものすごい金かけた装置を使わせてもらってるのに
それを使っていい研究してCNS狙おうとか思わないのですか？

CNSは狙うものじゃなくて使うものです。

>145　warata

>3億円＝800MHz NMR一台

800MHzPentiumIIIのPCなら10万円位なのになあ。

こんだけ金かけているのに、
たいした結果出なかったら、
横山茂之は自殺しろ、死ね。

その程度のこと気に病んでて研究者がつとまるとは思えない。

153の書き込みは前後の流れを全然読んでないよね。
すくなくとも俺にはこのスレのなかではY先生の
使っている金は微々たるものにおもえるのだが?

っていうか、X線とNMRってどっちがすごい？って比べるくらい、両者が別の手法なのに
Ｙ先生はいろいろたたかれながらも、実はどっちの手法も使って構造解析してる
というのは、ま、かたよってなくていいんじゃないのかと思ったりもする。
X線はN木さんが一人で成果だしてると言う感じもするけど。
Y先生を褒めるわけでは決してないけどね。

>>155
どこが微々たる金なの？

>>157 弁護する気はないが構造決定には金がかかるのだよ。

>>156
つーか、NMRではX線のN木さんに匹敵するような
すばらしい仕事が出ているのかってこと

これからじっくり出すのでしょ。やっと高性能NMRがはいったんだろうから。

>>160
高性能NMRって800MHzのことか？　800MHzと600MHzの違いって何よ？
分光器的にはここ数年大きな進歩はないし、クライオプローブはまだユーザの手元にはほとんど入ってないし。
今まで他のラボが持っている環境と違うのは「数」だけじゃないのか？

あれ？1.2GHzじゃないの？

1.5GHz Pentium4は入ってないの？

だから分母はSping-8が建設会社のみなさんにばら撒いた税金と、
ユーザーのひとを無償でばんばか使わせてばら撒いたカネの
ことだよ　　＞＞　157
それにくらべれば理研GSCのNMR部門なんて、プレハブの掘っ立
て小屋にしかすぎないわけ。
あと、テーマ採択にあたったら基本的にはマシンタイムや
装置は「タダ」と思っている全国1万人のSpring-8ユーザーの
みなさんも、結局のところばら撒かれて恩恵を被っている
んだからさ、もっとまじめに考えてよ、研究のコストパフォ
ーマンスちゅうのを。

164は糞

age

ところで、Ｗ先生の怒りはおさまったの？

age

なんか、age荒らしがいるな。
AM2:23

age

age

SPring-8の建設費用は約１０００億円。
２０年持つと考えると原価償却分は年間５０億。
年間予算は１００億円以上。合計１５０億。

一年間に受理されるのは、だいだい５００課題。
１回の申請ですべてのデータが取れる訳ではないので、年間に生産される論文数は１５０報程度。

１５０億円の予算で１５０報だと、１報あたり１億円。
論文は、国内誌・JJAP・PR・JSR・JBCなどが多く、NS級は2〜3報。

IF=1あたり数千万は、税金がつぎ込まれている。

研究の価値は論文の数やIFでははかれないのです。
Spring-8でしかできない世界でもわれらだけの
originalityの高い研究をしているのだから、も
っと長い目で見て欲しいです。
鶴見なんかと一緒の基準で比較しないで欲しい
ものです。

独創的すぎるから、Zoological Scienceなのでしょうか？（藁

それでも独創性の皆無のなんちゃら構造決定よりはましでしょう（藁

構造決定オタクは、Ｘ線の方がお好き。

X線は完全にそれだけで構造決定できるが、NMRは何らかの形でエネルギー計算を取り込まなければ構造決定できない。

水素原子の位置は、Ｘ線でどうやって決めるのでしょうか。

>>178
決まりません。

中性子を使えばいいのです。

直接法でタンパクってどれくらい決まるの？
あと分解能２A、Rfactor20%程度で、本当にエネルギー項など
なしで構造決定できるのかな
＞１７７

>>180
そりゃまあそうですが、質問は一応「Ｘ線で」となっていたので、決まらないと答えました。
>>181
何か、勘違いしているような・・・
直接法は位相を決定する時に使用するものなんだけど。蛋白質では今のところ、無理でしょう。
R=Σ||Fc|-|Fo||/Σ|Fo|が指標になるのだから、完璧にエネルギー項なしです。
精密化の段階でCNSを用いるのはより広い空間を効率的に探索するためであり、
本当に一番最後の段階はPROLSQとか使う人も結構いるようです。
力場の方がおかしいという人もいますから。

>>179,182

X線でも高分解能なら水素の位置も決まります。

NMRもそういう意味ではエネルギー項使わなくても構造決まるんですけど。
まあ知らなくても当然ですが。energy項や力場をつかっているのは
CNS/XPLOR系だけですね、確かにメジャーではあります。

>>184
決まりません。自由度に対して、制約条件が少なすぎます。
ちゃんと勉強して下さい。

酸素の原子座標はNMRの情報だけから決められるのですか？

化学構造はenergy項や力場ではないです。誤解なさらないように。
化学構造すら使ってはいけないのだったら直接法を用いない限りX線でも蛋白の立体構
造は決まらないんですよ。一度やってみてくださいませ。

＞自由度に対して、制約条件が少なすぎます。
そんなことはないです。residual dipolar couplingで主鎖のtraceは
ほとんど完璧に行えますので、あとはNOEでお化粧すれば終わりです。この辺のテクニックは一年
であっという間に進歩します・・・そのあたりがNMRをやっていて楽しいところでもあり、
勉強することが多すぎて辛いところでもあります
X線は方法論が確立していて、一度勉強してしまえば何年も長持ちするのでいいですね
うらやましいです（＠＠；

>>156
つーか、NMRではX線のN木さんに匹敵するような
すばらしい仕事が出ているのかってこと

>>187
だから、直接法は位相決定の話だって言ってるだろう。
言葉の使い方は正しく！
ちゃんと勉強しろ！

用語を知らないので便宜上「直接法」という言葉を使わせてもらいました。
上の流れの続きから「化学構造式に記されているような情報」を全く用いず、
(すなわちペプチドボンドに沿ったチェイントレースなども行わない
ということ。。。なぜならそれらの情報は結局のところsingle bond
長やbond angleなどのenergy項や力場を間接的に含んでいると
考えられるから)に蛋白質の立体構造を解析する手法に名前がついていない
(というかそんな方法はあるのでしょうか?)というか私が知らなかったか
らです。

直接法は、定義としては重原子を用いないで位相を決定する方法ですが
低分子とか天然物の構造解析では、そのまま電子密度から原子の種類と位置を
決定し化学構造まで決定できますよね?

イメージとしてはそういう手法の延長で蛋白質の解析はできないのですか?
という質問です。分子量一万くらいまでだったらいけませんか?最近の
放射光でならできそうな気も?

あまり本筋と関係ないので下げ

190は187ですか?
多少、日本語が壊れているせいか、結論がどちらなのか分からなくて混乱しています。
すみませんが、もう一度見解を明確に述べていただけませんか。

ちなみに、NMRの場合はbond長やangleなどを入れなければ、当然自由度に対して制約条件が足りませんので、
RDCを用いても主鎖のトレースは出来ません。
従って、NMRから得られる情報だけで構造決定は出来ません。

NMRは確かにbond長やangleをいれます。
ではこのbond長やangleがNMRから得られた情報ではないのか?
これはもしbond長やangleに異常があった場合、それは
化学シフトの異常として観測できますので、そうでない以上は
ある程度の誤差範囲以内で標準的な値を用いてよい、はずで
「自由度に対して制約条件が足りない」という問題とは
別です。
二面角空間内で構造を解析するのであれば、前述の方法で十分
量の情報があつまります。
こんなところでいかがでしょうか?

>>192
文と文のつながりが・・・
ロジカルに書いて欲しい。

だれか１９０の質問に答えてください。

NMRもX線も、どっちにしろアミノ酸配列が既知でないと構造なんてわからんでしょ。
万能な測定方法なんてないの。

X線って炭素と酸素の区別ってどうやってつけてるの?

age

理解不能な文は日本語とは言わない。

age

蛋白と核酸の複合体の構造をきめるにはどちらがいい？
結晶ができないとX-線でははなしにならないでしょ。NMRだったら簡単ですか？ちっと初心者おしえて。（核酸は構造決定がむずかしいときいたのですが、、、）。

>>200
NMRでやることは可能だが、難易度は非常に高い。結晶が出来ないかもしれないからNMRという発想は危険。

バイオ系求人欄を見ると、タンパク結晶化の仕事をちらほら見かける。
資格は、大卒・専門学校でも場合によっては可。
いくら一流大のポスドクになろうとも、専門卒テクニシャンに負けたらダメだね。
あ、でもテクニシャンの仕事がポスドクの業績になるのか。

202は結晶化と結晶解析の区別がついていないのでは?

とりあえず１９５は阿呆

age

>>204
何故？

>>206
めずらしく、ゴシップネタではなく一応まともに議論しているのだから、
こういうまとめ方はないでしょう。
これじゃ、今までの議論が全部意味なくなっちゃうよ。

>>207
ごめんなさい。

age

Ｐはスピンを持つけどＮＭＲでリン酸化は見えるの？
リン酸化で構造が変化するといわれている蛋白は多いけど、そんなのも
ＮＭＲでわからないのかなあ？

それにしても某所がポスドクをかっぱいでいるおかげで
NMR関係のポスドクが非常に人材不足！
我々にとってはいい時代じゃ〜〜〜♪
とくにY人脈でないところは戦国時代じゃ〜♪
ｲﾐﾌﾒｲｽﾏｿ

>210
ごく一部でそういう研究がされているのみ。
リン酸化で構造が変化するのをNMRでしらべるのはなかなか大変。
でも不可能ではない。
ネックは均一にリン酸化された蛋白質試料の大量調整です。

>172

　ここに示された数字はおおむね正しいと思います。
　が、ここで話題になっている蛋白質X線結晶構造解析
に用いられるビームライン(BL40B2、BL41XU)に限れば
2000年度の採択数はわずかに85課題(全体で500課題)に
すぎず、さらに、小角散乱の課題も含まれていることか
ら多く見積もっても80課題程度と思われます。
　もちろん、SPring-8全体で論文が150報程度しか出て
おらず、「金の無駄遣いじゃ」という意見は必ずしも的
外れではないと思いますが、GSCとの比較で物を語るの
に172であげられた数字は誇張された印象を受けます。
　さて、500課題に中の80課題がタンパク結晶だという
ことは、既報論文150報に対して25報程度しか論文が出
ていなければ、上記172の意見は正しいということにな
ります。
　そこで、数えてみました(2000年度分)。結果は(小角
含む)22報!!少な!!結晶だけだと13報以下!!なんてこと
でしょう。172の意見は正しい!!

　ただ、よく見てみると、N木氏の論文は一報もないし、
ロドプシンの論文もない(カルシウムポンプの論文はあっ
た)ので実際はもっとたくさん出ているのでしょう。

>195
　分解能2Aだとちょっと厳しいかもしれんが、
1.5Aをきれば別にアミノ酸配列なんてわから
なくても側鎖の同定は可能だ。自信を持って
シーケンスの同定ミスを指摘できる。
　2Aでも疎水コアなら問題ないがループが厳
しいだろう。きっと。
　しかし、それだけで構造が決定できたとは
普通、言わんと思うが。。。。精密化しない
とな。精密化では普通、束縛条件いれるよな。
束縛条件は「化学構造」だな。
　だいたい、アミノ酸の種類がほぼ20種に限ら
れるから側鎖の同定ができるのであって、この
ときに既に「化学構造」を使ってしまっている。

　よって、化学構造をまったく知らないで2Aぐ
らいの分解能のデータから構造を「決定する」
ことは出来ないと思うぞ。

　余談だが、1.0A切れば直接法は可能だ。10K Da
以下でないと難しいけどな。普通に位相解いたっ
てrestrainかけずに収束するから普通やらん。この
分解能ならSADで十分。

　ところで、NMRでは化学構造を使わなくても構造が
決定できるというのはどういう意味なのかね?>>190

　192は意味不明。X線だって
「ある程度の誤差範囲以内で標準的な値を(束縛条件として)用いて」
精密化しているのだがな。
　これは化学構造を使っているとは言わんのか?

いまX線のPDとNMRのPDとどっちが就職有利なのかな？
本題に関係ないみたいなんでsage

>>214　念のために確認させて下さい。
分解能2.0A程度のデータで精密化が十分進んだ後で、化学構造を束縛条件からはずして計算するととんでもない構造になるのですか。
また、これは1.5, 1.0A程度ではそれぞれどうなるのでしょうか。

おもしろい、あげ

age

>>216
　「とんでもない構造」が何を意味しているのかわからんが、ループや末
端、分子表面は厳しいでしょう。これは分解能が上がっても同じことです。
ただ、分解能が上がればそのような部分は減って全体として決まりやすく
はなる。
　分解能が悪くても疎水コアは束縛はずしてもそれほどのことにはならん
が。結局はどの程度の精度が欲しいかです。
　最近では束縛条件が疑われていたりもするのですがね。

　要求精度にもよるが、見えるところは決まるけど見えないところは決ま
らない。
　NMRだって同じだと思うが。

>>219
「とんでもない」というのは、例えばbond長で1.0A以上とか、
angleで30度以上とかの文字通り「とんでもない」レベルです。
NMRの場合、化学構造全く無しだとやったことないから分からないけど、
恐らくbond長が10A以上ずれている原子もいっぱい出ると思いますよ。
例えばCNXだと、実験から得られた拘束条件がかかっている原子だけ中心に集まって、
他の原子はランダムに散らばっているとか、なると思います。

あんまり意味がない想像なのでsage

>>220
・・・でもNMRだったら、それ以前に化学シフトが大幅に違ったところに
出てくるので、例えばひずみのかかっている分子シクロプロパンと
普通のプロパンでは13C化学シフトが思いっきり違うので、
「NMRでアミノ酸の側鎖の帰属が矛盾なくついた」ということは
すでに化学構造として「とんでもない領域にはいない」ということを
データとして観測していることになると思います。いかがでしょう？

それを、正しく統計処理して立体構造計算に盛り込むための方法論
が発達する前に、CNSなどの力場を使っても上手くいく、という
方法論の効率がよいということを、NIH/Yale一派が示したので、
皆がそれに従っている、ということなのではないでしょうか？

データがすべて反射という形で得られる結晶学とNMR分光学の
方法論の特徴の違いが出ていて、なかなか面白い議論になりま
したね。ここ。

>>221
化学構造として「とんでもない領域にない」ということは示せても、構造計算のために用いるbond長、angleはNMR以外から持ってきたデータのはず。
化学シフトからはこれらのパラメータはいまのところ算出できなくて、言えるのは定性的なことだけ。

それじゃだめなの？
何をそんなにこだわってるの？
既知なら使ってけいさんすりゃいいじゃん？
＞２２２

蛋白質拡散酵素の別冊「新しいタンパク質科学」にN木さんが書いていた！age

>>223
方法論そのものは否定していないし、それによって今までに非常に多くの成果をあげてきたことも認める。
しかし、X線の場合、束縛条件を疑うことがあるのに対して、NMRの場合、それがないと構造決定できないと言う「事実」は
認識しておく必要がある。
本題の「どっちがすごい」と言う問題に立ち返るのであれば、すごいすごくないといった問題ではなく、
こういった一つ一つの事実（特徴）をふまえて、使い分けることが重要である。

>>216
219ではないです。
原子１コに対して変数は６つ(位置のxyzと温度因子のxyz)ある。
X線の場合、2.7A程度ではこれらすべてを独立に決めるのに必要な
データ（反射数）に足らない。
そこで、温度因子を等方性(x=y=z)にし、化学構造による束縛条件を
与えて、（つまり変数が完全に独立ではないようになる）構造を決める
事が出来る。

多分0.8Aぐらいで90%以上の完全性のデータなら束縛を外しても可能では？
ただ、精密化が終わった段階でね。
非対称単位中の分子量にもよるけど。

幸いにしてほとんどの場合アミノ酸配列は既知だし、アミノ酸の化学
構造も精度良く求められているから、2.7Aでもそれを使って構造が得られる。

ちょっと争点から外れてｽﾏｿ

>>226

>原子１コに対して変数は６つ(位置のxyzと温度因子のxyz)ある。

異方性温度因子の場合、変数は９つ(座標３つと温度因子６つ)。
等方性温度因子の場合、変数は４つ(座標３つと温度因子１つ)。

>幸いにしてほとんどの場合アミノ酸配列は既知だし、アミノ酸の化学
>構造も精度良く求められているから、2.7Aでもそれを使って構造が得られる。

3.0Å分解能以下のデータでも、解析例は幾つもありますよ。

実際に求まる求まらないは別にして、等方性温度因子の場合に変数の数を反射の数が上回るのは分解能が幾つくらいからですか？

>>227
>異方性温度因子の場合、変数は９つ(座標３つと温度因子６つ)。

そうだった。うろ覚えで書いてしまった。逝ってきます。
恥ずかしいのでサゲ。

>>228
　適当に格子長を仮定して自分で計算するように。

　アゲ

>>230
　分子量(原子数)とか空間群とか非対称単位中の分子数とかも考える必要は？

age

age

age

age

核酸はは構造決定難しい・・・これは本当らしい。
ていうか、本当。
あ、NMRのはなしです。結晶でるならX線がいいのでは？
複合体も同様。

ともかく、NMRは分子量に限りがありますから・・・
選択的な安定同位体標識とかばんばん使えたってねぇ…
誰がそんな高そうな作るのが大変そうなサンプル用意してくれんの？？？？

それにしても。
・・・皆さん結構白熱してますね。。。
見てて結構楽しい。

>>200
でした！今の発言。

age

age

X線って簡単でいいよね。原理知らなくても構造出るし。でも、あまりに簡単になりすぎちゃっていままで
専業でやってた人、やることなくなってきちゃったんじゃないの？

>>240
NMRだって、原理知らなくても構造は決められますよ。
勿論、この場合の「知る」にはかなり色々なレベルがありますが。。。

最近びっくりしたのはX線の場合「ほんとうにほとんど全くなんにも
知らない」状態でも決められるという例を間近で見たからです。
しかもインパクトのある分子だったんで、そこの指導教官や
ポスドク差しおいて一躍「時の人」
NMRって難しいと言う印象があるんですけど、簡単なんですか?

要はソフトウェアの使い方を覚えればいいだけ。
NMRの帰属なんて、高校生でも出来るよ。

>>240
一昔前は、構造解析屋さんは物理出身の輩ばかりで、「構造解いてやるから蛋白質もってこい」と生化学屋さんにエラソーに言ってました。
「お前らには難しくてどうせわかんないだろうから、俺たちが解いてやるんだよ」とエバってましたとさ。で、構造解いたら解いたっきりで、
その後は無関心。だって、生化学のことは”難しくて”わかんないから。
そして今は、実はそんなに結晶構造解析って難しいわけじゃないことが
バレて、生化学屋さんが構造を解く時代になりました。構造と機能と結びつけた議論が、生化学屋さんのおかげで出来るようになりましたとさ。
めでたし　めでたし

その画像ならココ
http://members.tripod.co.jp/bingo852/

合掌>イチロー

243はさすがにニセNMR屋のあおりだろ。X線もNMRも、さすがに高校生には無理だよ。
高専卒だったら余裕でできるかもしれないけど。いまの高校生、アミノ酸20種類かけるのか？
立体化学わかってるのか？って不安になる。

で、さて、正直言ってX線とNMR、どっちが簡単だろ？俺はどっちも自分ではやったことがないけど、やって
る人間はどっちも知ってるんで、その見たかんじからX線に一票　☆

俺はNMR屋だよ。PDBにも決定した構造が登録されているぜ。
ところで、全ての高校生が出来るとは一言も言っていない。
確かに今時の高校生の平均レベルは低いかもしれないが、
ある程度以上の学生のレベルはそれほど捨てたものでもないだろう。
アミノ酸の構造を知らなければ、教えればいいじゃないか。
大した苦労じゃないだろう。
実はこの話は、大体今から１０年くらい前にあるラボでの実際にしていたことだ。
その時ある人は小学生がお菓子食べながらでも出来るとまで言っていたんだよ。
そこまでは行かなくても、帰属なんてちょっと高等なパズルだろ。
1H-15N HSQCがきれいに分離していて、HNCACBとCBCA(CO)NHが
きれいに取れれば、主鎖の帰属なんてあっと言う間に出来るよ。

どっちもやったことがない奴にコメントされたくないね。

わるかった。あやまるよ。
だがそんなにカンタンになってしまったら、いままで専業で
構造生物学やっていた人は、これからどんどん不要になって
いくんではないか、という議論に関しても、コメントをくれ。
テクニシャンになるしかないってことか？
244も同じ問題点を指摘しているよな。

要は高校生にソフトの使い方を教える人間さえいれば、NMR屋
はもう不要であとはものとりのテクニシャンさえいればいいっ
てことだな？　X線も結晶化ロボットを動かして、タンパクさえ
ふんだんに使えれば、専門家はいらないっていうことだな？

俺は個人的にはX線は自動化・テクニシャン化がすすむがNMRはもう少しは
生き残ると思っていた。溶液中の構造だし、運動性とかもわかるらしいし
いろいろ構造決定以外の使い道もあるし、低分子の構造決定といった
産業的需要にも対応しているからな。
だが確かにテクニシャンを集めて、装置をたくさん入れて、分業すれば
たくさんカンタンに決められる、ということで動いている組織が実際にある
からな。

昔は制限酵素で切ったりとか、クローニングしたりとか、
塩基配列決めたりとか出来れば、それだけで手に職がある時代がありました。
でも、今は遺伝子操作はほとんどキットで出来る時代で、それこそ
そこらへんの手先の普通程度に器用なオバサン（失礼）を連れてきて
ちょこっとトレーニングすれば簡単に出来るようになります。

技術というものは、洗練されていけば同じような道をたどるものです。
NMRによる構造決定も、全てではないけれども、きれいなスペクトルを
与える条件さえ見いだせれば、後は構造を出すところまではかなりの程度
テクニシャン仕事になっているということです。この傾向はこれからも
どんどん進んで行くでしょう。人間ではなく、ソフトウェアが代用する
可能性も結構あります（完全な自動化はまだまだですが）。

但し、上述したきれいなスペクトルが得られないような場合は、経験が
ものを言います。ですが、この場合の経験とはNMRの難しい原理の話
ではなく、微妙な線幅の違いを見ながら重なっている複数のピークを
見分けたりすることが出来る経験です。こういう人達がどれだけ生き残って
いけるかというと、５年くらいかなあ・・・よく分かりません。

勿論、緩和解析やその他の特殊な解析をする場合には、かなり専門的な
知識が必要です。こういった解析（結果の解釈を含む）はまだしばらくの
間は専門家が自ら行う仕事でしょう。

おれにはどっちもむずかしすぎるずら。

簡単簡単といいながら実際にはやっぱり難しすぎるよ。こーこーせいどころか学部生のレベルではやっぱむり。
どっちも。

ところで、最近音沙汰がないのですが、
横浜のプロジェクトはどうなっているんですかね。
当初の予定からすれば、もう１００個くらいの
構造を決めていてもおかしくないはずですが。
その割には何にも話を聞かないので、
知っている人がいたら教えて下さい。

特許戦略上の秘密です。

なんか50個くらいは決まったらしいよ。

>>256
じゃあ、NMR討論会が楽しみですね

５０個ってがせねたじゃないの？　なんかもっと少ない数字を最近耳にしたぞ？

50は信じられん

spring8はどうなった

NMRって生物の中身覗いてた方がいいんとちゃうか？
結局X線に勝るのは破壊力の低さぐらいしかない。
生きた肝臓の蛋白の動きとかトレースできるようになったら凄まじいね。

50より少なかったら、年間300個はとても無理では？

元から無理。
予算確保のために大きく出たんでしょう。

横山グループって名目150人以上もいるのに・・・みんななにやってるんだろう。
high throuputなんかしなくても、普通の方法で一人、年間２つ解いていたら
十分ノルマ達成できるじゃないか。
基本フォールドを決めるのが目的で側鎖の厳密なリファインメントはてきとう
なところでやめておけば、年間二つ、半年一個は（彼らのもらってる給料に
較べれば）少なすぎるくらい普通の数字なのだが。

流れと離れてて申し訳ないんですが，
専門家の方々，X線でもNMRでもない技術，
走査型プローブ顕微鏡ってどう思います？

本当にそんなに少ないの？
本当はもう100個のオーダーで決まっているのでは？

>265
たとえば分子間力顕微鏡、みたいな使い方は非常に面白いと思います。
いわゆる古典的なSTNなどのばあいには、プレートに強力に試料を
貼り付けるなどの、sampling（試料調製時）の影響が大きすぎ、かつ
それを評価する方法がないことが多いと思います。そうした問題点に
引っかからない試料なら、いいのではないでしょうか？

>>264
膜タンはどうなった！
これ禁句…？

どうして別スレ立てないの？

＞顕微鏡テクニシャン

>>267
丁寧なレス、ありがとうございます。
｢非常に面白い｣と思って頂ける分野なんですね。
励みになります。

>>269
　俺はテクニシャンじゃありませんよ。
俺は他分野から走査型プローブ顕微鏡を使って蛋白質を研究する院に進むので、
X線やNMRの人は俺の進む分野をどう見てるのかな〜と疑問に思ったんです。
まだ蛋白質研究の中での位置付けが、あまり見えてない訳ですね。
　顕微鏡、というとテクニシャンと思われるんですか？
まあ、このスレを読むとそれは構造生物学全体にとって深刻な問題のようですが……

すいません、スレ違いなんでsageるべきでしたね。

267です。
X線でもNMRでも(特にX線で顕著なんですが)蛋白質の相互作用が
その機能に重要だ、という例はいくらもありますが、複合体の
構造中でみつかった分子間のコンタクトが強いか弱いか、生物学的
意味があるのかないのか、はなかなか断定できないのです。なので
大抵は、論文を通すためにAla置換なんかをします。（でも、立体
構造をとく手間暇考えたら、構造なんかしないで、いきなりAla-scan
したほうが、よっぽど多くの情報量が早く得られる、という
意見も根強いです。）
なので、原子レベルで相互作用が強い弱いを知る手段として、分子
間力顕微鏡が使えたら面白いなと、思います。

緩和時間ではダメ？

>>267さん
なるほど、原子レベルの相互作用ですか。
原子間力顕微鏡で試料表面に働く力を測定する研究は、
確かに盛んになりつつあるようですね。
そのような、他分野を補える実験をしていけたらと思っています。
面白いアイディア、ありがとうございました。
メモ帳にコピペして、保存しておきます。

で、緩和時間ではダメなの？

ＩＲマンセー

だいたい測定者がサンプル作るのに必死になるのがおかしい。
解析に集中すべき！
てなわけで、お金くれれば、サンプル何でも作りますよん。

ちゃんとコンフォメーション揃えてね

>>277
測定者もある程度の知識と技術がないと安心して頼めません。

低温じゃないと安定しないサンプルの測定を依頼して、
ちゃんとそのこと話しておいたのに、
いきなり２０℃のプローブに突っ込みやがった。
一応目上の人なんで控えめに文句言ったら
室温からじゃないとプローブが安定しない？
と言われた。
ﾎﾝﾄか？

結局いい結果でなくて退却。

プローブが安定しないと言うのはおかしな話ですが、
シグナルはブロードになる可能性が高いし、シムは合わせにくいしで
低温での測定はあまり好まれません。私も昔ペプチドで5℃で測って
えらく苦労したことを思い出します。
２０℃以上というのはひとつの目安でしょう。

固体測定。

それは、きちんと装置の温度管理のスペックをチェックしてからでしょう。
プラマイ0.01度での制御のかかる領域は室温周辺で、低温でそこまでの
厳密制御が出来る装置は、デフォルトではついてこないんじゃなかったかな。
自分のところの装置のスペックを考えずに実験計画をたてて、サンプルを
つくってから破綻に気付いて、それを他人のせいにするというのは、そもそも
アタマわるくないか？
なぜ他の連中が目の色変えて高度好熱菌や古細菌をやってるか、ちゃんと
かんがえようね（＾＾）

>283
ちょっときつく言い過ぎでは。

別に低温付近の温度の制御の精密さを求めてるわけではないでしょう。
単に室温まで試料の温度が上がるのを避けたいだけでしょ。

先に行っておいたのなら対処は出来るはず。

・・・にしても室温程度で不安定な試料はきついね。

>室温からじゃないとプローブが安定しない
これは意味不明ですな。

>なぜ他の連中が目の色変えて高度好熱菌や古細菌をやってるか、ちゃんと
かんがえようね（＾＾）

安易で取っつきやすいからなのでは？
それをなぜ「目の色変えて」なの？

>>283
そりゃB社の刷毛を使えば、スペック上はプラマイ0.01度で制御可能ですが、
実質的にはプラマイ0.1℃で十分でしょう。V社のマシンでも水消えは十分です。J社はちょっと・・・
マシンのスペックと言うより、蛋白質のNMRスペクトルを定常的に取っている
マシンかどうかを調べるべきでしょう。
勿論、測定している人が蛋白質のNMRを測定した経験があるかも重要です。
サンプル調製の前に、その人とよく話すべきです。

>>284
>単に室温まで試料の温度が上がるのを避けたいだけでしょ。
上に書いたように、それでもプラマイ0.1℃程度では制御する必要があるので、
低温から室温まであがることは流石に無いですよ。
それともおっしゃりたいことを私が勘違いしているのでしょうか。
よく分からないので、説明お願いします。

>安易で取っつきやすいからなのでは？
>それをなぜ「目の色変えて」なの？

好熱菌などの蛋白質は非常に安定だから長時間のNMR測定に向いているのです。
NMR的にも線幅が細くなるなどメリットは結構あります。
その気になれば70〜80℃でも平気な蛋白質も結構あると思いますが、
最近のPFGプローブの場合は、ここまであげると若干の問題もあるようなので、
40〜50℃で測定することが多いように思います。

>285
意味不明にしても、目上の人の発言中の「室温「から」じゃないと」ということは
測定者は室温からはじめて、次に低温に下げると言うことですよね。
そうじゃなくて依頼者は低温を保ったまま、つまり低温にしたプローブに
すぐつっこんで欲しかったんでは？ということです。
当然ejectのairでプローブは少し暖まりますけどそのくらいは容赦できるとして。

>好熱菌
事情はよおっく分かっている上で、あえて「目の色を変えて」の意味を
聞いています。
「目の色を変えて」というのは大きな利益が存在するのを前にして
我先に必死に、と言う意味に使うと思うんですが、安定タンパク質の
流行はどう考えても消極的な理由ですよね。てか煽り口調に対する文句っぽく
言っただけなんですが。
PFGは60度で自動にストッパーがかかります。Ｊ社のは。
あとB社の温度制御は、精密ではあっても決して正確ではありません。J社の方が
よっぽどましです。熱伝対と試料管の位置を考えれば当然ですが。

たくさんのレスありがとうございます。
先日は少し書きすぎたかなと思ってます。
気分を害した方がいましたら申し訳ありません。

サンプルは室温では不安定なので５℃前後でお願いしていました。
以前に同様の測定を行ったことがある、
と先輩から聞いていたのでですが、
確かに事前の装置、測定を依頼する方に関する調査が不十分だったと感じています。

結局、再度前に書きました先輩と相談のうえ他の方に測定を依頼しました結果満足の行く結果が得られました。
こちらでレスをいただき、自分の知識の少なさを再認識いたしました。
どうもありがとうございました。

>PFGは60度で自動にストッパーがかかります。Ｊ社のは。
>あとB社の温度制御は、精密ではあっても決して正確ではありません。J社の方が
>よっぽどましです。熱伝対と試料管の位置を考えれば当然ですが。

でも、今時J社のマシンで蛋白質の構造解析をしている人は非常に少ないと思います。
それはご存じですよね。

＞284
煽り口調だったことは謝ります。
「目の色変えて」の深意は、NMRの立体構造解析の能率が、サンプルの溶解度
安定性などの性質に非常に依存するために、性質のわるいサンプルの構造を
2ー3年かけてマッタリと決定しても、その古細菌ホモログをライバルに
数ヵ月で自動決定でもされた日には、目もあてられないからです。
というかまる2年無駄、ということになります。
これは、NMRに限ったことではなく、X線でもそうでしょう。
古細菌由来の安定タンパクの構造から、ぐだぐだとディスカッションに
生物学的意義を書き並べてでも、「一番のり」であればよい雑誌に論文が
のるという、現状が続く限りは、「目の色かえてでも」好熱菌遺伝子を
ゲットすることになると思います。もちろん薬とか疾病関連などのよう
に種固有のタンパク質の構造決定に独自の意義がある場合は違いますけ
れど。でもその場合は、学問としての普遍性をスポイルしているわけです
から、応用研究としての価値が十分無ければ、riskだけ大きな研究に
なってしまわないでしょうか?

うむ、そういう意見なら同意。
「測れる奴から測る」が正論かな。
濃度的に問題で後回しにされたタンパクもcryoプローブの出現で可能性が出てくるし。
皆さんに効きたいのですが、
cryoの導入により今後どのような可能性が考えられますか？
タンパクに限らなくてもいいです。

>288
知っております。
しかもＢ社でも実測値と表示値の差をあらかじめ
調べておけばそれで補正が効くのでＪ社の優位はなくなります（涙）

培地が高価なため現実的でなかった培養細胞での標識サンプル
それを利用した希薄溶液での立体構造解析、なんてどうでしょう。

Nat.Struct.Biol.9月号。プリオンのX線構造が出ていたが、
NMR構造と違っています。
皆さんはどう解釈されますか？

age

http://nara.cool.ne.jp/mituto
｢酸｣と関係ないのになぜ｢酸素｣？

http://www2u.biglobe.ne.jp/%7Ehole/

age

Prion。やっぱりいろいろなコンフォメーションがあるのかな？
NMRが間違えたとはちょっと考えられないので、X線が間違えた
ことを切に希望するが・・

>297
当方、X線は経験あり（初心者）ますがNMRはありません。
NMRの間違いが考えられないのはどうしてですか？
NMRにはかなり分子量大きいですが。
あとX線は間違えるとしたらどんな可能性があるでしょうか？
位相決定はNMR構造による分子置換では解けなくて多重同形置換法
で解いてますね（王道！）。
影響の出る空間群間違いなら解けないと思います。
NSB掲載のX線構造では二分子が交叉してダイマーつくって
disulfide架かっていますね。（これはこれでおもしろい）
結晶学的対称と非結晶学的対称を間違えた場合、影響は？
分解能2Å、電子密度図汚くないし交叉部でトレースのミスはしないような気も。
・・・
NMR構造もX線構造もサンプルが実は大腸菌発現蛋白ですね。
どちらかがArtifactを解いたとか。
X線の方はN末削除が多いのも気になる・・・。
どちらも正しいのか？？

両方とも、この条件ではこの構造を取っていると言うことでしょう。

XAFSサイキョー！！

いや，EXAFSがいいぞ．

俺はXANESの方が凄いと思うな．

PRPSCの論文はよく読んでみたところ
（１）NMRはモノマー構造だから天然でもおそらくこの形で存在する可能性が高い
（２）プリオンは病原性のものは不溶性ポリマーであると信じられている
がモノマーがポリマーになる過程で、「絶対にダイマーを経由しない」とは
いいきれない。というかダイマーを経由する可能性は高い。X線はこの
ポリメライズ中間体ダイマーの構造なのではないか？そうだとするとこれもまた
非常に生物学的意義は大きい。

ってことで「どっちも正しい」

それで、幾つ構造決まったの？

age

生物の人がXAFS測定するのって，意味あんの？

へむへむ。

age

さあ！いよいよNMR討論会だ！みんな、京都に集合〜〜。

結局、幾つ決まったのか分からなかったよ。

いろいろ内情が聞けました。
でも言えません。ゴメンナサイ。

発表者のレベルのバラつきに問題があったかな。
３日目は特に。

lipari神話がまかり通っているなぁ。
来年はlewis Kayかな。

いや、それは言わない約束。
生意気な若手ががんがん育つのが日本のNMR societyの
よい点だから。少なくとも年寄りの話をありがたがって聞く
ようなスタンスには陥るべきではないと思うのね。
そうしないとX線と同じ轍を踏んでしまう・・・（和良

痛いところを突かれたZE!　（若手X線野郎）

Lipari神話って何？
そこから、どうしてLEKにつながるの？

>315

アサインして、S2出して研究した気になって終わり。といった発表が多い。

もうすぐ、Lipariに加えて近年のLKの解析方、両方やった論文が
続々出ることでしょう。

なんにせよ、他人のふんどしで相撲とってる。

ツレがメールよこしてきて、青森(むつの方?)の放射光施設計画を
学会かなにかで聞いたらしいんだけど、

・ビームライン３本(!) (タンパク、材料物性、医療用各１本)
・波長について言及無し (よく見ると指示棒はそれとなく
軟Ｘ線の辺りを回っていたそうな)
・スタッフ二十数名 (事務方含む)

これってどうよ？

>>316
ていうか、緩和解析って他にやること無いからやっているって感じ（もう5,6
年前からかな）
Lipari-SzaboとかLEKとか、そんなレベルの問題ではなし

でもやったらなんか勉強したって気がするからみんなするよね。
来年の若手NMR研究会も緩和のお勉強会だし。
確かにX線では出ない情報だから、NMRやさんてきプライドから
やろうっていう気もわかるけどさ。それにしても。
他にやることは一杯あるだろうに。

学生は楽だね。「勉強」ですむんだから。
でも、いくら国内の学会とはいえ、「勉強」を発表するか。
研究室の輪読じゃあるまいし。

緩和測定の意義ってなんなの？

ときどき緩和の論文がNatureとかScienceに通るからなぁ。
意義わからん。説明きぼ〜ん。

Ｘ線でも緩和に相当する現象があるんじゃないの？

>>323
位相問題か？

>>324
???
運動性の評価なら温度因子を用いることになるが、相当するかと言えば違うような気がするな。
いずれにしても、位相問題じゃあないよ。

古いネタで悪いんだけど、京都でY山先生が発表の最後に諸先生達へ謝辞を述べていたら、
後の方で妙に受けている先生方がいらっしゃいました。
どういう関係になっているんでしょうか。

>320

その発表者を剪定したのは堀I先生ではないでしょうか。

というかそんなレベルの発表しか無いと言うことなのでしょうか。

アホＸ線信者が、なにやら煽ってるな。

X線って，試料に影響与える場合が多いんじゃない？

>328
これを煽りと見るのか・・・悲しいな。いちＮＭＲ研究者として。
>328
これを煽りと見るのか・・・悲しいな。いちＮＭＲ研究者として。

>>330
どうみても，タダの煽り。

>331
ていうことは、今の現状でいいと？
あなた、テクニシャンであって、研究者にはなれませんね。

煽りでなくて、憂いですよ。

というか、堀井先生は生物学プロパーって感じじゃないから、
レベルが低いと思うのでは？

いや、ＮＭＲの現状は固体液体問わず充分ご承知でしょう。

>334

XAFSならどんな状態でも測定可能だぞ．

ヴァカの一つ覚えか？（ﾜﾗ

そんなに簡単じゃないよ。

>336

どういうこと？

煽りではなく憂い、に一票 from 横浜住人

単結晶の構造解析で良いのか？本当に良いのか？と小一時間とはいわないまでも問い詰めたくはなる．

緩和はBPPの時代で既にできあがってる。

勉強会ではそんなことより（lipari&szaboやLKをフォローするより）

若手らしく、活発に今後のＮＭＲに何が必要か、
どうしていけば良いのかを、論じあって欲しい。破天荒な発言でも、
突拍子のないことでも結構。そんな議論が出来るところってないじゃない？

他人の作ったモデルで緩和やって、研究したつもりになっちゃいかんよ。
それじゃ辞意江洲恣意に毛が生えたようなもんだ。

緩和測定をどういう系に適用するかが問題なんでしょ。

>>339
何が言いたいのか分からないけれども、結晶構造と溶液構造とかいうことを
言いたいのであれば、未だにそんなことにこだわるNMR屋はいない。
A先生のように、マイナーでも重要な構造にこだわるのであれば
話はまた別だが。

＞未だにそんなことにこだわるNMR屋はいない。

ネタ臭いな・・・

>>273,>>275の突っ込みは無視された。
このスレには，緩和測定に詳しいのは居ないのか。
批判ばかりかましてるみたいだけど。

その質問の仕方じゃ無視されても仕方ないよ。

何に対する質問なの、ところで？

>>343
考えすぎ。
もっと普通に受け止めて、真摯に科学しよう。

もうちょっと，ハッキリと質問しないと逝けませんでしたね。

>>272
＞複合体の構造中でみつかった分子間のコンタクトが強いか弱いか、生物学的
＞意味があるのかないのか、はなかなか断定できないのです。

ならば、緩和時間の温度依存性の測定では逝けないのでしょうか？
あまり高温まで取るわけには逝けませんが。
私は原子間力顕微鏡が使える環境には居ないもので。。

緩和はそんな簡単に解釈できないので無理。
温度が変わればスピン拡散の効率、分子の回転相関時間、
internalモーションの変化、結合定数、オンオフレート全て変わってくる。
その中でどうやってコンタクトの強弱を判断するのに使えるというのか・・・

すいません、化学にはシロウトなもので
意味があまりよく解りません。。

＞スピン拡散
固体測定の話でしょうか？
これ自体も、核間距離に依存するパラメータですよね。

＞分子の回転相関時間，internalモーション
分子運動が激しくなるということは、近接する核との結合も切れやすくなりますよね。

＞結合定数
通常の温度範囲で，それほど大きく変わるとは思えないのですが。

＞オンオフレート
すいません、何のオンオフレートか解りません。

私は原子間相互作用が何kJ/molか，という値まで求めるつもりはなくて、
相互作用の強さが分子の部位によって異なることを，定性的に示したいだけなので。。
固体試料なら、XPSでも良いかもしれませんね。。

話が噛み合っていない。
緩和時間ってなんの？そこから書かないと。

>349
もう少し勉強してから質問しようよ。

ところでみんなNMR学会って入る？A会長なんてのさばらしておいて
いいの？

同じＡ先生だったら大阪のＡ先生に会長になってもらいたいdeath

>>350
1H-NMRにおける、1Hの緩和時間T1,T2のことですよ。
それは、>>348さんのレスを見る限り理解されているようですが。。

いや、348=350なんだけど（汗）
余りに349の返答がとんちんかんなので自分の方が勘違いしているのかと。
分子間力顕微鏡とかの話が出てたから、そういうものでも何らかの
パラメータの緩和時間が測定できるものなのかな、と。

結局349のscholor不足なわけですな。

おーい、349の座布団全部とっちゃって。山田君。

>>354
おまえ、素人だな。そんな複雑なもん、やりたくないよ。
最近、緩和と言えば普通15Nとか13C使うぞ。
（もっと言えば主鎖の15Nしかやっていない奴ばっかだ
側鎖の方が本当は面白いのだが、色々と大変だからな）

と、逃げを打ちましたか（ﾜﾗ

>356

>>354
>おまえ、素人だな。

ぷぷっ。

2chだなあ

それでもNMR屋どうしの煽り合いは、知識対経験のぶつかりあいみたいで
ほほえましくっていいじゃないですか。

X線なんて、こういう方法論とか測定ストラテジーに関しての熱い議論
なんてついぞお目にかかっていない。それだけ方法論が確立してしまった
といえばそれまでだけど、なんかつまんないよね、それって。しかも
ほとんどすべての方法論は海外で確立してしまっているから国内でやっ
ていることはサンプルを除いてはすべて後追い。サンプルまで後追いし
ている人たちも多いし　(泣

緩和の測定をめぐって1Hだ15Nだ側鎖だダイポールだ、いやそもそも意味
がないんだ・・・とかってわあわあ言い合える余地が残されているってのは
学問として「若い」証拠だから、まだまだ面白いことがどんどんでてくる
って期待するのは楽観的過ぎるんでしょうか＾＾＾

>>360
そりゃ、そうなんだけど357, 358はいかにも2chです。
蛋白質の緩和解析で1H-NMRを使ったものは、最近全然見ません。

XAFSの勝ち．

H-XAFSか（ﾌﾟ

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(援助交際クラブ)

女にやる金なんてないよ。
ヴァカみたい。

>363

水素もそのうち測定可能になるぞ．

366 名前：名無しゲノムのクローンさん 投稿日：01/12/04 00:27
>363

水素もそのうち測定可能になるぞ．

366 名前：名無しゲノムのクローンさん 投稿日：01/12/04 00:27
>363

水素もそのうち測定可能になるぞ．

12月15日に「NMR2001」というミーティングが都立大でありますが
これってどうよ？？

XAFS討論会もよろしく！

どうよって、何が知りたいの？
まさか、周りに行ったことある人がいないの？

違うよ。いく価値があるかどうか、さぼってもいいかどうか
が知りたい。まさか、最後までいてＡ先生の昔話をあり
がたがってきくつもりじゃないだろ（そんなんは若手でこりご
りだ）温故知新だってさ。プログラム見る限りでは新しい話は
２題だけだが・・・

先月NMR討論会があったばかりだから、そこで新しいネタは十分仕入れているはず。
おいらなんか発表聞くより、直接何人かの先生と話したよ。

XAFS討論会ってどうよ？？

XAFS応援スレッド！！
http://mentai.2ch.net/test/read.cgi/bake/1003769297/

372>373
禿げ同・・・でもってこないだのN討では発表されなかった
「新しい話」は2題だけだと思うので、そういう質問をした
のでありまーす。どんな話なのか行く価値ある話なのか知って
たら教えてケロ〜。

XAFSをなんで使わないの？

XAFSで何がわかるのか、知らない人が多すぎるからじゃない？

水和した蛋白質の水素の動きが知りたいです。
ＸＡＦＳは使えますか？

>379

H種をX線で見るのはおそらく出来ないでしょう．
Hの挙動が見れるのは，NMRぐらいじゃないでしょうか？
しかし，NMRでは，胡散臭いのは確か．

H種の構造を追える測定機器が開発できれば，ノーベル賞でしょう．

おとなしく、SANSでも使って炉。

>381

SANSって何？
XAFSより凄い？

すごいけどカネかかるよ

>383

分光器？

NMRは大型・クラスタ計算機に多大な悪影響を及ぼすので駄目です。

　 　 　 　 　 |　　　　　|／（-＿-）＼|
　 　 　 　 　 |　　　　　|　　∩ ∩ 　 |　／￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣＼
　 　 　 　 　 |　　　　　￣￣￣￣￣ 　|　　俺様を呼んだかｺﾞﾙｧ？　　 |
　 　 　 　 (-＿-)　ﾖﾝﾃﾞﾅｲ..ｶｴｯﾃ｡. 　＼　.＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿_／
　 　 　 　 (∩∩)─────────|/───────
　 　 　 ／　　　　　　　 　 　 　 　 　 ∧⊂ヽｷﾞｺｷﾞｺ〜♪
　 　 ／　　　　　　　　　　 　 　 　 　 (ﾟДﾟ)ﾉ
　 ／ 　 　 　 　 　 　 　＿＿＿＿／ |⊃ |＼＿＿＿＿
　 　 　 　 　 　 　 　 　 ＼ 叩　／￣ | 　 |￣＼ 氏　／
　　　　　　　　　　　　　　 ＼／　　　⊂ ノ〜　 ＼／
　　　　　　　　　　　　　　 ／＼　（(⊂∪⊃)）　／＼
　　　　　　　　　　　　　／ 逝　＼＿＿＿＿／　煽 ＼
　　　　　　　　　　　 　 ￣￣￣￣＼. 騙 .／￣￣￣￣
　　　　　　　　　　　 　 　 　 　 　 　 ＼／

>372
若手で、そんなんあったね。結構死ぬかと思った。あのときパネラーで前に座ってたんだけど、一言も喋らんかった。

XAFSは構造，配位状態，電子状態がすべて分かるよ．

>>388
確かに。
構造生物学の問題は、XAFSさえあれば全部解決するね。

そうだね。じゃあ今度はXAFSビーム30本プロジェクトを
やればいいね。

＞389
よー知らんけど、XAFSってタイムスケールの違う運動もわかるの？
そんな気ぜんぜんしないけど。。。

そうそう、このスレッドにK荘研の人いない？
ワインパーティーっていつよ？

>391

タイムスケールが違う運動ってどういうこと？

ps,ns,us,msの運動が全部和の形で出てくるのでは？と言うこと。
NMRだったら、T1、T2、T1ろうとかで、運動のタイムスケールに対する
緩和の挙動が違うじゃない。最近、Griesingerとかがやっている、いかがわしい方法なら、us-msの話もできそうだし。

>394

Ref.教えてくれ．

>394
グリージンガーの方法ってL.Kayのとは違うの？コメント頼みます。

L.Kayのって、ペプチドプレーンの角度の違うペアのS2でドメインムーブメントを見てた奴？PNASのやつ？
だったら、違うけど。。。

近年のL.K.の論文でさ、S2からコンフォメーショナルエントロピーを出しているじゃない。で複合体形成によるエントロピーの変化をみてて、エントロピーは結合部で、まーヘルだろなと思うけど、確かに減っている。だけど、他の部分は、むしろ増えているところがある。
それで、エントロピーの減少を他の部分の増大で補っている。
ようなことが書いてあるんだけど。それって、ほんと？
私には、ごさちゃうのんとか思っちゃうんだけど。
そりゃ、そっちのほうが複合体安定だよ、だけどその起動力ってなによ？
答えを持っている人がいるのならおしえてほしいなー。

なんだかレヴェルが高そうに見えるスレッドだな。

LEKよりRI

またこんなの作っちゃうらしい。すでに公共事業化しているな｡

農水省、
蛋白の立体構造解析を進めるセンター整備に着手、ポストゲノム研究を強化

　農林水産省は、2001年度第２次補正予算で、イネの蛋白の立体構造解析を
進める「ゲノム解析センター」の整備に着手する。予算額は、24億8000万円だ。

まさかRIってR Ishima???
だとしたらファンなので激しく同意・・・

>>402
当たり！　彼女、最近いい仕事しているよね。

>403

Ref.は？

>>404
PubMed引けば一発で分かるよ

X線とNMRどっちが凄いか、というのはきっとX線の勝ちだと思う。
だがX線とNMR、どっちが楽しいか？といわれたら、俺は迷わずNMRを選ぶぜ！

SPring-8なみの予算をNMR開発に当てれば、もっと面白くなるのに。

そういえば鳥栖のシンクロトロンってどうよ?

佐賀県あげ
ttp://www.infosaga.or.jp/synchrotron/index.htm

ＭＭＲ叩き厨房が一匹いるな。
成果を出していないという証拠を挙げて見ろ

Y先生の構造が決まったと言って見せるOHP.....

>>411
あれさ、本当に問題ないの？
いや、Y先生が構造決めてないとは言わないけれども、
あのOHPはGSCの成果で出た構造じゃないような気がするんだけど。

>408

鳥栖にシンクロトロンなんてあんの？

横山

afe

408です
409のリンクみてちょ。

生体高分子のNMRの教科書のお勧めは何ですか？

横浜って、最近本当に忙しくなったみたいね。
いいことだよ。まあ、これが当然だけど。

鳥栖は「福岡県鳥栖市」と呼ばれております。

日本でのＮＭＲ関係有名人が知りたい
えらい方､最近成果のすばらしい方、などなど。
進学の参考にしたいのでお願いします

つい最近大阪大学蛋白研で日本のNMRの2001年の仕事の
総決算にちかいようなセミナーがありまして、これに
発表していなかったところで主だったところは
東大横山研/阪大小林研/富山医科薬科大/千葉工大くらい、というかんじ
でした(まあかなり勉強になりました)
プログラムは下にあります。ご参考までに。
http://prc.protein.osaka-u.ac.jp/prc/prc2001/2001-61.html

NMRってラベルに金かかるよね。
安定同位体はどこが安いの？

XAFSで構造決定すればいいよ．

つーかさ、終わってから書くな。>421

東工大の高分子とかどうよ？
＞NMR

421 > 424
わるかったよ。つうかさ、帰ってきたら420の書き込みがあったんだよ。

421 > 425
NMRがあることは知っているけど、蛋白の構造の決め方を知っている人が
いるかどうかは知らない。っていうか学会とかで発表しているのを
聞いたことがないだけのはなしだけど。

age

とりあえずどうしようもないOHPを見せるのは止めていただきたいものです
時間の無駄

>428
なんのはなし?

Max Perutz氏がお亡くなりになられたようです。黙祷。

>>429
横浜市大のへんなの

タンパクのX線結晶構造解析で精密化中なんだけど
水とNaイオンはどう区別したもんかね…
温度因子見ていくしかないのか

>432さん
電子密度の大きさ、周辺原子とのコンタクトの違いで、
イオンの種類はある程度区別することができます。
適当なイオンを置いて電子密度を計算し、fo-fc、b-factorでチェックするといいと思います。
その手のプログラムがあったかもしれませんが。

>>433
アドバイスありがとうございます。
H2Oが電子数10、Na+も10で、見分けられるわけないと思考停止してたみたい。
fo-fc見たら1個だけ消えてない電子密度がありましたよ。これそうなのかな。
酸素原子1個しか配位してないけど…

別のとこに配位数6のCa2++があるんだけどそいつをH2OにしてみるとB factor激減。
これまた予想してたのとは逆の結果でした。

＞適当なイオンを置いて電子密度を計算し、fo-fc、b-factorでチェックする
それで本当に見分けられるのですか？

>435
ある程度。

>>436
御意。

エネルギー計算で吹っ飛ぶ水分子をリストアップするスクリプト書いたよ。
CCP4に収録してもらうかな（笑）

＞436、437
他の人が精密かしたデータとかマップとかをみて、水や側鎖の
置き間違いを発見したことってありますか?

>429
って誰?

分解能低ければ、水や側鎖はよくあるのでは。
tetramer内の２分子の位置（分子置換の解）
を間違えたまま精密化していたポスドクや、空間群間違えたまま、積分、分子置換、精密化まで進めていた学生がいた。
しかもnativeデータだけでanomalouspeakを計算していた、、、。

回折データのRsymとか完全性とか、分子置換解/MIR後の電子密度から見て、
どー考えても解けてるんだけど、R値が下がらない経験ないですか？CNSとか
のFAQ見ると、(1)メロヘド双晶うたがえ、(2)モデルが常温で、データが
クライオだと、水をある程度まで拾わないとさがらん、または、オーバーオー
ルBの精密化が必要...みたいなこと書いてある。
Ｘ戦屋さんなら一度は経験あるのでは？上記以外の理由でＲ値が下がらなかっ
たけど、リカバーできたという体験談あれば聞かせて下さい。

体験談は無いのだけど、
実は対称低くてアシメに偽シンメな分子があったとかどうかな

>>443
442ですが。実際いまR値さがらなくて困っているデータがあるので、他の人
の体験談聞いてみたくてageたのですが...
ご指摘のことはごもっともで、実際P1でマージして、ユニットセル全モデルで
精密化しても、R値さがりませんでした。ちなみにもとの空間群はP2(1)2(1)2(1)。

ttp://www.natureasia.com/japan/webspecial/laser/index.php

completeness高そうに見えて実はoverlapも高かったとか、
高角のRsymが極端に悪かったとか…

R値の計算で∞から10Åくらいまでの低角の反射使わなくしたら
Rは下がるけどこれは関係ないですよねえ…

もう何セットかデータ取ってみるのが早かったりして

>>442さん
25%<R<30%程度だと、データ処理、精密化のプロセスでトラぶっていることが多い。
モザイシティーが高かったり、高角でR-mergeの高い反射を使っている場合、
電子密度ではっきり見えていても、R値が30%前後になることがある。
R>30%のケースでは、空間群もしくは解を間違えている場合があった。
tetragonal／hexagonal、アシメに複数分子が入っているときの分子置換で、
トラぶっているのをよく見かけた。

>>443, 446, 447
ﾊたくさんのレスありがとう。現在の症状はfreeR値50%前後から下がらないという
笑えないものです。幾つかの結晶でデータをとって、結晶間のRマージは10%以下。
個々の結晶のパラメータ(bin-Rmerge, mosaicity, etc..)には致命的な欠陥は見あ
たらない。分子置換でCCがそれなりで、衝突なしの解(ちなみにアシメには１分子)
を得たが、精密化頓挫(一応側鎖の密度は見える)。高分解能側or低分解能がわのデー
タを捨ててもだめ。｜Fo-Fc｜の大きいモノ10%を捨てるというインチキをしても
ダメ。思いあまってMIRに移行。トレース可能なマップを得るも、結論は「分子置
換解はあっているらしい」....
正しき結晶屋さんとしては、こいつは忘れて別の結晶さがすべきでしょうが...
何となく悔しいんだよね。

MIRでそれなりのピークを確認しマップがかけたのであれば、
空間群等のパラメータは間違いではないのでしょう。
分子置換可能であれば、別のプログラムを用いてみては。
たとえば、CNS,amore,Molrep,brute......など。
もしくは、がんばってMIR mapでトレースするか...

50%ってすごいですね。FreeRだけ悪いんですか？

最近はめったにないことだけど・・・・
その結晶、一次構造あってますか？
コンタミした別のタンパクの結晶とかってことありませんか？

>>450
working-Rも40%程度。wRがさがるとfRが必ず上がる。
>>451
結晶前サンプルはSDSでシングルバンド、結晶を洗って溶かしても同じ
バンドがでる。もちろん精製段階で間違っていたらどうにもならない
けど、MRのサーチ分子は一応目的のもののホモログだし、isoformと
間違っているとしても、ぽりAlaモデルである程度精密化できるはず、
と思います。
>>449
確かにMIRマップのトレースとサーチ分子はちょっとずれてるけど、直感
的にはSAで落とせないほどずれてなさそうな気がする。実際サーチ分子
をざっといじってマップに合わせてもR値が下がらなかったので、トレー
スの時間をかけてもダメかな？とブルーになってしまいました。

部屋の人の意見では「モデルが悪いんじゃないの？」とのことでした。

>>453
モデル？

ﾊ>>453
やはりそーいう意見ですよね。モデルとは精密化途中の分子模型のこと(>>454)、Ｘ戦決勝解析/NMRは基本的に実測データに合うように分子模型をいじってく手法。
Ｒ値が下がらなくてお蔵入りになっているネタなんて、どのラボにもひとつ
やふたつあるかなと思ったけど...。それと、いくらがんばっても結晶ができ
なかった蛋白なんてのも、論文にでてこないだけに実態は不明ですよね。
Acta DもCryst. note 雑誌に成り下がる気があるなら、いっそのこと"Give
up note"も受付れはいいのに。試した条件何百も列記して(HPリンクでも可)、
これだけやったんだ！でもダメだった！！で１本。どう？Acta Dならありの
ような気もする。

X-ray crystalのGive-up noteがあったらそれは
NMR屋さんにとってはとても嬉しい情報です。
結晶がでる蛋白ではまともに競走しても勝負にならないから、
結晶の出ないしかるべき理由があるサンプルで共存共栄を
はかりたいものです(＾＾；；

>>456
きれいなHSQCスペクトルが取れるサンプルは、結晶が出る確立もかなり高いと思われ。
結晶が出ないサンプルは、きたないHSQCスペクトルしか取れないことが多いようにも思われ。
全てが全てそうではないが、結構相関あると思われ。

>>456
NMR屋さんにしては謙虚な方ですね。
モノは何を扱っていますか？

>>455
その人が言うにはMRの初期モデルが悪いんじゃないのってことらしい。
理解してないのに適当言って悪いけど
CNSのMLHLターゲットでrefineってのはどうかな。

456 >>457 >>458
X線、NMRがきちんとタッグをくんでなるべく無駄を
少なくして、小人数でいぱ〜い成果を出そう!という
ことをまじめに実践するのが最近のトレンドだと思います
I垣先生もI倉先生もX線に転んだし
私は一介のだめだめ NMR屋ですから、みなさまのおこぼれを
頂戴して(w)生きて行こうと思っています。でもボスの
意向もあるので、やってるものは転写修復因子(ばればれ)

NMRなら構造だけでなく、物性論も議論できる。
構造決定の土俵だけで見てると、NMRの魅力は半減するよ。

私は、一般的に言って結晶が出ないという理由でNMRによる立体構造解析をやるというのは、
必ずしも得策ではないということを言いたいだけ。
結晶構造があろうとなかろうと、NMRによる解析は必ずNMRならではの情報をもたらしてくれるはず。
やりたかったら、やればいいのよ（笑

>>462
”やりたかったら、やればいいのよ”、ですか。
…名セリフですね。
自分はまだ学生ですが胆に命じておくです。

”世の中には、やって良いことと悪いことがある”

ex.
×結晶性の悪い試料のＸ線結晶解析。
○結晶性の悪い試料のスピン拡散測定。

>>464
もしかして実体験ですか？

結晶性の悪いタンパクをＸ線結晶解析できたらヒーローになれるよ

>>464
あなたはX線屋？それともNMR屋？

今までで経験した最高の空間群は？

>>468
対称性が高いってこと？R32

>461
>NMRなら構造だけでなく、物性論も議論できる。
>構造決定の土俵だけで見てると、NMRの魅力は半減するよ。

確かにその通りだけど、物性論なんてまじめにはじめると
時間ばっかりかかる割に予算がつかないよ(泣
まったく「タンパク3000」プロジェクトちゅうのは
NMRの一番おもしろいところをスポイルするためにあるような
プロジェクトだなあとしみじみ実感

...で、いつになったらシャペロンの詳細な機能と蛋白折りたたみ機構が分かるんだろ？
これ言っちまったら終わりだろうけど。

初心者から質問
よく構造解析の論文がねいちゃーとかにでていますが、JBCやNature struc biologyにもでている。Natureに掲載される論文はなにがすごいんですか。

>>472
話題性が凄い

やっぱり早く発表するために分解能切ったり精密化
そこそこですませたりするんでしょうか？

>471
GroEL/ESの構造と、ribosomeの構造からもう十分分かってると
思うけど。
構造のpaperをちゃんとよめばシャペロンがあればなんでもうまく
折り畳むというのは研究者の妄想だったということがよくわかる。
ATPを分解しながら基質蛋白質にくっついたりはなれたりしている
うちに、基質蛋白質の側が自発的にうまくまきもどる「こともある
」というだけで、これは生体内(細胞内)で観察されていることと
なんら矛盾しない。もちろんLevinthalパラドクスとも矛盾しない
し、Anfinsen's dogmaとも矛盾しない。

いつの頃からかシャペロンさえあればmis-foldingした分子
「すべてが完璧に」折り畳む、という信仰が生まれて、それに
影響されている人が増えて来ている。俺は単なる信仰だと思う。

P43212（No.96, Z=8）だなあ

>>476
そういうＸ屋さん多いよ。テトラのリゾッチがそうだもの。

田

之倉

>>475
言いたいのは分かったよ。
オレが言いたかったのは、「いつになったら物理化学的にコンホメーションを決定することができるか」っていうことなんだけどね。
シャペロンの細かいところはさて置き。

今日、６時間NMRやってたけど、1個しか成功しなかった・・・。
いまだに、操作方法に慣れない、、、、てか、俺、下手すぎる。。。。

６時間でいったい何が判ると言うのだ。。

90度パルスが決まる

>>482
クライオプローブを使えば、HNCOは測定できます。

ふぉふぉふぉ。P23。
では諦めた（つまり最悪の）空間群・格子定数・Z(molecule/A.U.)は？

>>485
Zは(molecule/A.U.)というよりは(A.U./U.C.)だと思いまーす

そうでした。回線切って（以下略）。

構造解析用の蛋白標品を精製する際に、核酸のコンタミについての議論がないことが多いような気がします。なぜですか？
私は生化学のアッセイに用いるものしか精製したことはないのですが、
系に対して重大な影響を与えることが考えられるので、核酸のコンタミを防御できる条件で精製し、
使用にあたってはコンタミの量が基準以下であることを確認しています。
不均一なモノからなる結晶からは、あんまりいいデータが取れないような気がするんですが、どうなんでしょうか

>488
よい指摘ですね!
知っている人は知っているし(たとえばDNA結合蛋白などをやっているひと)
知らない人はいままで知らなくてすんだということで、途中の精製課程で
無事核酸が除かれていたので、議論に上がらなかっただけとおもいますけど。
ただ、なんとなくですが、高度好熱菌由来の蛋白質は、おなじものでも多種
由来のものより核酸のコンタミが多いような気がします。
ちなみに私はNMRなので、核酸がコンタミしていたらちゃんとわかります。

>>489
確かにほとんど気にしてないな。NMRを使わないとすると一番良い(簡単迅速)
コン民検出法は、吸光度測定なんですかね？

アガロースで電気泳動して、EtBrで染色して確認しています。
数十bp程度の核酸がコンタミしていることが多いような気がします。
OD26, 280も併用しています。ピークと、バンドの挙動の相関を議論していますが、
信用するのは、　EtBr染色です。
理由は、アミノ酸残基によっては核酸と同じ様なところに吸光のピークを持つものがあるので、
蛋白量とOD値が定量面でも相関があるか、というとそうも言い切れないところがあるからです。
ただ、EtBr染色は感度が低いのが問題だとは思います。
最も気になるのは、核酸をどうやって除くことができるか、という点だとは思いますが、
これが一番いいという方法はわかりません。
常に気にしておく、というのが一番良いのかもしれないです。
しかし、構造の場合は基準がわからないので、なんとも言えません。
構造をやっておられるみなさんも、
目的物のmajorityについて議論できれば良いという立場なのでしょうか。

>>491
レスありがとうございます。
491氏の経験では、ある程度サイズのそろった核酸がコンタミしてるもので
すか？(=バンドになって見える)。直感的にはサイズはバラバラ、ただしカラ
ムなどの精製をかいくぐってきているので、何百bpなんてサイズのものはさ
すがにない...と思うのですが。

>>491
そもそも構造の場合数ー数十mgで酵素を精製して、結晶化に用いるので
1-5%程度の核酸のコンタミでは、たいして大勢に影響を与えないのでは
ないでしょうか? 1：1のコンプレックスなどになっている場合は、さすがに
ODだけで十分判別できるとおもいます。

Zはformula unit(事実上molecule)/unit cell >>485,486
Asymmetric Unit/U.C.は空間群によって一義的に決まる数です。
最近はソフトの進歩で気にしなくていいのかもしれんが、こういう基本用語は正確に理解しようね。
Publishされた論文でもこういう間違いを見かけることがありますな。定義自体は昔から変わってないはずですが。
で、私は 3 molecules/A.U.。軟弱者なので他の結晶型探しました。

>491
>構造をやっておられるみなさんも、
>目的物のmajorityについて議論できれば良いという立場なのでしょうか。
結晶化によってmajor componentが精製されるので気にしません。
結晶がでない場合、コン民の影響以外に理由がないときは考えるかもしれませんが、UV吸収のある核酸よりも臨死質なんかを気にします。

formula unitってなんですか

発現させてからNMRのためのタンパク精製とX線のためのタンパク精製（結晶作製）はそれぞれ
どれくらいかかりまいした？

age

sage

そんなの訊いてどうする?

５００！　　獲ったー！！！

やっぱりZはAU/UCだと思うんだけどなー

今年は富山でＮＭＲ若手会だＹＯ！

いいねー

高圧NMRは面白い技術だと思うよ。赤坂研の人には頑張って欲しい。

その時期の富山でのおいしい食い物情報きぼーぬ
関東からって遠いよね
ところでX線は若手の勉強かいみたいのってないの?

タンパク３０００は減額されるけれども予算が付くことが決定したそうですね
皆さん、お金どっさり入ってほくほくですか？

今だと NMR ってどれくらいの機械があるの？

5 年くらい前だと 600 MHz ですげぇと思ってたんだが。

>>505
今の季節は、富山GALがおいしいでし

>>507
確かPentium 4 2400MHzが最速だと思いますが。

>>509　P4はいま2.53GHzだよん。

タンパク３０００さあ。その３０００の根拠(何をどう数えたら３０００なのか）
だれか満足に説明しる！

>>511
Y先生による国際公約＝約３０００が根拠でわ。
若手はぷろてん３Ｋには反旗を翻すべきだと思う。

このスレって横山茂之先生が叩かれまくってますが、彼は悪い人なのですか＞関係者。

横山先生と鈴木むねおはどっちが悪者ですか？？

横山先生叩きは私怨だよ。
あそこはポス毒は技術員みたいに扱われるからね。

淡白参禅の手足になってます。
Y研ではないけど。
若手はとりあえず現状に甘んじて良いのでは？

>>512
反旗を翻すだけのアイデアや技術がある若手ならね〜。
アイデアがないから「とりあえず緩和」なんていってるDQNばっかりなんじゃないか？
そんなこと逝ってるようじゃ絶対にだめだめ。

512だけど。
僕はY先生を責めてはいないつもり。でも、蛋白３Kの経緯（理研プロジェクトの
アウトソーシング）と内容（今やってるやつを集めてとりあえず数をそろえなさ
い）を聞いて、何じゃこのプロジェクト？と思わなかった？むしろ、いまから
このプロジェクトに集まってくる大学人を小一時間...

>>518
「蛋白3K」は差別用語です。使用を自粛しましょう。

>>519
3K って　”きもい”　”きんたま”　”きりたんぽ”のこと？？

もうあきた。

1.7GHzでたらしいYO!
漏れも欲しいな・・・
http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20020516-00000047-zdn-sci

>>521
なににあきたの？この話題？構造解析？
だってこれから3000やるんでしょ？話半分でも1500はやってね。

X線とNMRの研究室でそれぞれ国内TOP5を上げるとしたら、どこの研究室なのでしょうか？
院から構造生物学をやろうと思って研究室を探してます。そろそろ出願締め切りなので、よろしくお願いします。

NMR TOP5ってむずかしいな。阿久津研 嶋田研 稲垣研 横山研 小林研 順不同でどうよ?

巨瀬研がナンバー１

>>525
>>526
うーーん、うちのラボ名前が出てこねぇなーーー(苦笑)

ところで、小林研・巨瀬研ってどこの大学ですか？

巨瀬研は筑波大。

朝倉研，早水研はランキング外かな。

>>525
その研究室って，NMRなんですか？

小林先生 阪大の薬学部 蛋白や生体系の学会にはほとんど
来られないけど、日本で一番最初に蛋白の溶液中で立体構造
解析を実現したその実力と歴史あなどりがたし。

うちのラボの名前も出てこないけど、別にいいんだ、それはそれで♪

上杉研とかすごいNMRがあってうらやましい。

>531
上杉研ってどこの大学ですか？？

横浜国大。

>>525
都立大をはずすのか？あと、横市とかもあるぞ。
トップ５はどこかとかそう言うことは全くもって下らない。
どうしてもやりたいなら学歴板にでも行ってやってくれ。

それとなあ、溶液構造を決定することにとらわれ過ぎているんだよ。
別に決めちゃいけないとは言わないけれども、もっとNMRならではの
使い方をしてくれ。

安藤研

都立大、はずしていいんじゃないか（ｗ
横市も、はずしていいんじゃないか（ｗｗ
といってもTOP10には入るだろうけど。
それから溶液構造決定は楽しいぞ！
未知の蛋白質の立体構造を、誰よりも先に決めることを考えると
わくわくする！未知の蛋白質の緩和時間を、誰よりも先に測って
もあまりわくわくしない。まあひとそれぞれだろうけど（ｗｗ

>>534
では、X線やNMRの研究室で、独創的な研究を行っているところ、あるいは将来性のある研究室などを挙げていただけませんか？

>>536
そう言う人はX線をやって下さい。その方が効率的です。
ちなみに、525であがった研究室のうち、稲垣研、横山研、小林研ではX線もやっています。

>>534
「NMRならではの使いかた」なんてのにこだわりすぎるのはよくない。
よいNMRがあるからそれを上手に使う、というのとNMRを使うために
研究ネタを考えるというのは似て非なるもの。
いまや立体構造はルーチンに決められるんだし、理研ではそろそろ一年間に
5つくらい決める人も出てきたらしい。たくさん決める人だけが偉いとは
いわないけれども、1つも決めないで物理化学的パラメータだけで研究を
まとめるというスタイルも、そろそろ時代遅れなんじゃないか？

>>539
俺は別に「NMRならではの使い方」にこだわり「過ぎて」はいない。
俺もはっきりと「溶液構造を決めてはいけないと言わない」と言っているのだから。
両方出来れば、それに越したことはない。

それと、「よいNMRがあるからそれを上手に使う」って何だ？
よいNMR? 900MHzのことか？
実は言いたいことは分からないでもないし、同じ意見なのかも知れないが、
お前の言い方では納得のいくような説明になっていないよ。

溶液構造を1つも決めないで物理化学的パラメータだけで研究をまとめる
というスタイルが時代遅れかどうかは、意見の分かれるところだ。
だが、時代遅れだという意見を聞いたらカチンと来る先生は多いだろうな。

カチンカチンになったYO！　俺のちんこ。

構造なんて全然決められないようなバカでかいタンパクなら、
物理化学的パラメータを求める意義は大きい。

10年前ならね　>542
NMRで構造を決められないくらい馬鹿でかいタンパクこそX線でやるべきだし、
血のにじむような努力と工夫の果てにそういう馬鹿でかいタンパクが
決まる時代になった。X線は偉い。X線最強。

539
＞だが、時代遅れだという意見を聞いたらカチンと来る先生は多いだろうな。
うん。わかるよ。わざとそう煽るように書いているんです。
でも、最近の一流紙・専門誌に出ている論文を見ている限りは
「構造は決められて当たり前」というのがスタンダードになっている
ような気がする。

＞両方出来れば、それに越したことはない。
１００％同意。その上で「もし片方しかできないんだったら、構造を
決めるほうが世間的にウケがいいし、やってても楽しいよ」といいた
いのさ。

>>544
>うん。わかるよ。わざとそう煽るように書いているんです。
こんなところで、言うなよ。それじゃマスターベーションみたいなもので全然意味ないぜ。
言うなら、NMR討論会とかで口頭発表してそこで言ってみろよ。

あと、お前の発言は全然論理的じゃないな。
構造を決めることがルーチンになったのは俺も認めるが、
であれば・・・、であればこそ、構造を決めるだけじゃ仕事にならないから
むしろプラスαの仕事をして発表するべきだという展開になるだろ。
ルーチンになったのだから、必ずそれを行うべきだという結論にはならないと思われ。
もしお前の妙な理屈で行くと、例えば全員がクローニングして配列決めないといけないことになるな。

誰にでも出来るルーチン仕事を受けがいいからやるなんて、厨房丸出しもいいところだ。
いつまでもソルジャーやってろ。

生体から抽出しないで，タンパクって測れないのかな？
生体内での実際のコンフォーメーション決定とか。

Ｘ線あてると細胞も死んじゃうでしょ。
ＮＭＲだと、将来的に何かできそう。

>こんなところで、言うなよ。それじゃマスターベーションみたいなもので全然意味ないぜ。
>言うなら、NMR討論会とかで口頭発表してそこで言ってみろよ。
そうでもないだろ。そういう緩和・理論系のラボで２ｃｈ見ている大学院生に、
短い大学院時代を無駄にしないためには何が得かよく考えてみなよ、といってる。
構造決めるだけの奴は厨房とかソルジャーとか言われても、全然応えない。
ソルジャー脱出のために、コネじゃなくて公募で勝ち残ろうと思ったときに
CNSとかEMBOとかあったらいいな、と思っただけ。ソルジャー脱出のために
一度はソルジャーに徹するつもり。

>>546みたいなことを、実際にやってる人っていないの？
同位体ラベリングとＮＭＲを組み合わせてもダメか。。

In vivo NMRのことか？　だったら、大勢やってるよ。
たしかに、In vivo x-rayてのは、あんまり聞かないな。

>>546
549は勘違いしているような気がする。

目的の蛋白質を大腸菌から抽出しないで培養液をそのままサンプルチューブに入れて
1H-15N HSQCスペクトルを測定した論文が出ています。
こんな実験はそんなに大勢はやっていません。

それでまともなスペクトルがとれるのかな・・・

X線のトップ５は？
単純にパブリで判断すると、森川研、横山研、月原研、（新）難波研、
若槻（研？）、番外、田中研（北）、箱島研...ってとこでOKすか？

若槻さんは筑波に帰ってきて研究室を立ち上げているので、
「若槻研」で良いと思うよ。

横浜市大のテイム先生と朴先生のラボ。二人分のパブリあわせると552のほとんどのラボより多いと思います。
でもパブリの数だけだったら京大化研とかもある。impact考えると横山/森川
かな。

>>蛋白３Ｋ

自動結晶化観察ロボットシステム「TERA」の開発
http://www.spring8.or.jp/JAPANESE/press/020509/tera.html

>>551
ほれ
http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=11456903&dopt=Abstract

>>556
どうもありがとう。

基質とかが入った結晶構造の精密化。
CNSのトポロジーファイルやパラメーターファイルの作成に
未だに慣れない。。。
みなさんはどうしてますか？

>>558
いまだに x-plor 使ってる

>>558,559
確かにCNSのスクリプトは臨界点を超えてしまった感あるわな。

X-PLORよりもCNSの方が優れている点教えてください。

ただ。

暗い尾ぷろーぶはどうよ？

固体NMRで蛋白の立体構造はどのくらいわかるのですか？

ごく一部だけがものすごく精密に分かる。

>565
ごく一部っていうのは、
13Cや15Nでラベルした特定のアミノ酸残基のみってことでしょうか？

たとえばそういうことでしょう 2Hラベルもあります。

ところで逆に質問なのですが。
数百aaの蛋白質に複数ある残基(たとえばAla)のどれか１つだけを選択的に
同位体標識するためにはどの方法が最近のトレンドなのでしょうか?
無細胞系+特殊tRNAの組み合わせで、固体NMRが計れるだけの試料量確保は
可能ですか?

で結局固体NMRで蛋白の何がわかるの？

>568
あまり固体NMRやってる人って少ないんじゃない？
それにしてもネタないね・・・

京大、東工大、農工大、京都工芸繊維大、姫路工業大・・・

研究者はたくさんいるけど、膜や繊維関係ばかりだからマイナーに見えるのでは？

もともと材料関係のためのテクニックとして発達してきたからです。

しろうとの質問ですが…
固体NMRで膜蛋白の構造はどこまでわかるのでしょうか？
へリックスの脂質二重膜に対する角度がわかると聞きましたが…
それ以上のことは？？？

今日のタンパク質科学会のパネルディスカッションはなんですか？
あんなひどいパネルディスカッションはじめてだよ…。
できの悪い漫才見ているようだった。
業者の数も去年の倍以上来てるし、みんなタンパク3000に躍らされてるの？

とか言うと予算当たらなくてひがんでいる先生と思われそうで鬱だ…。

俺はあのパネルは司会のG先生爆発までのねたふりと見なしていた。
が、俺の期待をよそに先生は発動しなかった...　なぜだろう？

ようやく帰ってきました蛋白質科学会。
確かに初日のパネルディスカッション確かにひどかった。
最後にHさんが密かに怒り狂っていたのが印象に残った。
二日目は迷わずサボってホテルでワールドカップみてました。
G先生は１年前までは3000に批判的だったのに、最近
日和っているというのは有名な話。でも分け前がなかったので
ひがんでるんでしょう。というわけでX線の人もNMRの人も蛋白
質科学会は【一斉に】脱退しませんか？時間と金の無駄だよ。

そういえば、１ｍの球のなかにある１ミクロンの粒子が、ターゲットを
きちんと認識できるのは、ものすごく遠距離に働く力が働いているに
違いない、とマジに質問してたオヤジがいたけど、誰よあれ？
飲み会の時に隣の桟敷の院生が「電波オヤジ」と命名してたんで、ワラタ

>>575
G先生は一応今年の３月あたりまでは、３Kにちょっとしたカウンターを
当てようとしていた形跡がある....まあもうできてしまったことだし、
一線は引退したという意識なのかもね。まったくわけまえがない訳では
ないし。

たんぱく学会なんか評判悪いね。そもそもアメリカの蛋白学会から日本にカ
ウンターパートを作れとの要望が背景にあるらしいし、２年後の環太平洋ま
で何とか持たせないとね。学会自体が空中分解なんてことはないだろうけど、
あまり活気が失せるとマズイんじゃない。

いちど空中分解寸前までおいこんで、G夫妻やO老人やM老人や
その取り巻き一連に反省を促すべきだと思う。
1)とりあえず、今年度/来年度、会費の不払い運動を続ける。
2)先生が後輩に入会するようほのめかしたら、無駄だからやめろ
生物物理か分子生物か生化学会にしておけ、と勧める。

生物物理は割と好きな学会。分子生物はでかくなりすぎでうんざり。
生化はよくしらｎ。
うーん、蛋白扱ってる人には、蛋白科学会の創設は悲願だったのでは？
X線のひとは結晶学会が寂れてきた分、蛋白科学会牛耳ったるくらいの
気持ちでせめてみればー？

> X線のひとは結晶学会が寂れてきた分
いや、結晶学会はすでにタンパク構造解析屋にのっとられています。
近年の学会賞や発表数を見ても明らか。

っーかタンパク構造解析屋がのっとったから廃れたのか？

>>580
蛋白質やるのに、なんで生化学会に参加せずに分生に参加するの？

そもそも昔は生化学会の直後に蛋白構造討論会があって、
そう言う意味でも生化学とは切っても切れない関係だった。
（もっとも同じような発表を二度している先生もいたけど）
それが蛋白工学会が出来て、合同年会とかやるようになって
変わってきたんだよね。
別に悲願でも何でもなくて、大きくなってきたから学会化して
まとめた方がいいんじゃないのと言う感じです。

みそかつ、えびふりゃー、きしめん、てんむす。

ういろう、手羽先、しゃちほこ、１００ｍ道路。

分子生物学会で蛋白を扱っていない演題のほうが珍しいよ。遺伝子の配列だけ
ではなかなか難しくなってきました。そういう意味で生化学会と分子生物学会
の境目はかなりあいまいじゃないかなあ。とすると蛋白質科学会の存在意義が
わからない。タンパク３０００を批判する会としての意義だろうか？

>>586
たんぱく3000の批判など公式にはまったくしてないとおもわれ

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539に基本的に賛成。
貝の章先生も約10年前の生物物理で缶ジュース飲みながら、
「カサブタ見たいなの見たくない、そんなの見てる間にX線で決めちゃった方がいい。」
「必要な部分があったらそこだけNMRに待ってけばいい。」
なんて言ってたYO!!

>>586
確かに公式にはしていない、のかな?
非公式にしてたような気がするけど、漏れの気のせい、かな?
それともしていなかったの、かな? とてもそうは見えなかったけど。

>>589
良識に長けた方々が「公式に」批判するはずない。「非公式」には...
あたかも大学を理研の下請けにするかのようなこのプロジェクトに首ひ
ねってる人は当事者を含めて大勢いる、と信じたい。でも、喜々として
発現系リスト下請けてきて学生に配ってる教授を見ると泣きたくなる。

どっちもすごい

カサブタって何？

あさってからNMR若手会です！！
誰かかわいい子来ます？？

>>592
ほれ。

http://kajihara.sci.yokohama-cu.ac.jp/page24.html

若手の会どうでした？

そろそろ、このスレdat落ちしてくれ。。。

RRRってなにやるんですか？

age

NMR討論会の見どころをおしえてくらさい

見どころといえば、今年はポスター賞が導入されたことだろうな。
固体、有機、無機、生物系、方法論、イメージングなどが乱立する
NMR学会で、しかも、自分の分野の仕事が一番偉いと思っている
頭の固い老人たちのしきっているあの学会で、公正かつ若手をエン
カレッジするような評価ができるだろうか？

例えばY研関係者は、それがどんなによい仕事であっても、「Y研だ
から当たり前」みたいなやっかみから、正当に評価されることは
ないだろう。
俺の予想。自分のところの評価が低いとうるさく騒ぐタイプのボ
スのいるラボの誰かがとるだろう。これ確実。

トロントどうでしたか？　何か見所や新テクニックありましたか？

参加した人がここには来るとは思えないね。

最近すたれてるなあ

9.11 ＰＤＢメーリングリストの脱退依頼メールが飛び交ってるんだけど
なんで？事情知ってるひといる？２−３日前このＭＬ経由でウイルスきた
けどそれと関係あんのかな？

トロントもいいがトントロもいいぞ。

保全sage

今年のN討なんで糞大でやんの？
あそこのボスアホだぞ・・・。

東大が主催じゃねえノ?

駒場エミナースだってよ。

いつものことじゃないか。

まったくだ。駒場すきだね

>トロントどうでしたか？　何か見所や新テクニックありましたか？

ナイアガラのチケットが一日目で完売で見所がなかった。

>588
貝の章先生
10年前っていったら、2次元とってる暇あったら1次元をとれって学生に言ってるころ？
ちなみに私はもうちょこっと後のひと。
トロントに奥さんつれて遊びに来てたよ。

10年前と言えば既に三重共鳴が確立した頃（ある意味でこの頃が一番華々しかった）。
2次元とか1次元とかの時代じゃないでしょう。
ちなみに、結局ナイアガラのチケットは少しあったらしいという噂を聞いたけど・・・

X線の最近のトレンドってなに？

3000だよ

じゃあNMRの最近のトレンドってなに？

３０００にきまってるだろ！

>>612
ごめーん。内部のことまで知んないよ。ジュース飲んで、だべってるとこに居合わせただけ。
正確には1993じゃないかと思う。名古屋でやった奴。
ついでにNMRの経験も無いので知らないけど、きっと２次元のチャートに定規当ててた頃だと思うよ。
（そんな時代は漏れの脳内にしか無いか？）

しかし会の省、くれすと取ってるよね。そんなに実績あるのか？

>>588
そのころ修士だったかな。一応３次元でやってたかな。
回の章先生の趣味で、かーるすてんーひっぷらーというぽすどくが
２次元で構造だそうとしていたYO!!

ビュートリッヒノーベル賞受賞上げ

>>619
実績というよりもアイデアと執念が評価された。
NMRに限らず分光学系・物理色の強い分野においては、長い時間フレームでもって
息長く地味な方法論をこつこつ仕上げていく、という学問スタイルがあってもいい、と
思う。

>>621
ノーベル賞おめでとうございます。

Ｘ線研究は，もう過去の遺物なのか？

私は、X線で、でっかいたんぱくの構造決めたいです。
だって、ヘリックス3本とか4本でストランドが1対とか単純でつまらないです。

僕は複合体の立体構造を決めて、生命現象を語りたいです。例え構造自体が
単体で既にｹﾃｰｲされていたとしても。生物屋ですから・・・。

ビュートリッヒって発音悪いなあ
ビュスリッヒの方が本来の音に近い

>>625
いいなー。そういう興味があって。。。

生命現象にとっていみのある複合体の構造をきめてください。
結晶はしばしば嘘をつきます。

漏れはもらえないのかなあ

>>626
それってスイス訛り？だとしたら正確だ。
大学で習うドイツ語の読み方を無理やりカタカナにすると
ヴゥェート(ゥ)リッヒ…無理がある
日本人に英語読みでビュートリックといわれると気持ち悪い。

>>629
もうむりです。あきらめてください。

>>629
もらえるといいな、と心から思う

禿同

漏れもほすぃ

>>628
相対的には生理的に意味のある構造である場合の方が多いと思われます。
おっしゃるとおり”嘘”というケースもたしかにあります。

溶液構造と違ってたら要注意

溶液構造つまりNMRでｹﾃｰｲした構造こそﾄﾞﾗｽﾃｨｯｸに間違えることがあります。
構造決定に研究者の能力依存する度合いが高い。と思う。

ここにカキコしてるヤシらはケテーイしたことあるのか？

CP/MASでもBloch decayでもお好きなように。
あ、変性するまで何日もブン回さないようにねｗ

タンパク屋

>>638
そりゃあんだろ。あってるかどうかじゃ別にして、procheckで許される構造は。

>溶液構造つまりNMRでｹﾃｰｲした構造こそﾄﾞﾗｽﾃｨｯｸに間違えることがあります。
で、X線が出た後構造を直します。。。。。。??!?
X線が出るまで待とうNMR

それもいいけどね。で生物学的においしいディスカッションだけ
さらってしまう、と。

水分？％のときの構造とか、限定して議論すれば良いのに。

>>641
そりゃあんだろ。生物学的に面白いかどうかは別にして、PDBに登録された構造は。

生物学的に面白いと危険です。さらし率が多くなるから。

生物学的に意味がないと、データベース屋がNMRの構造は抜いてディスカッションするから、資源の無駄だよなー。

とある研究所の部門長の○川さんは、3000は公害だとゆーてました。

吸わずに生きていけないからだそうです。

肺がんになるまで、たっぷりと吸い込む事にします。

そーいやY氏、新規foldでなくてもいいんだといったそうですね。

あらにんスキャンでもいいのかなー。

同じ蛋白質でも生物種さえ違えばいいんだそうだ。

プリオンも3000にカウントされてるの？

>>644
結晶化に用いるタンパク溶液の典型的な濃度は１％位。これが結晶になると５０％位の水分含量になります。
ただし、溶液の状態で蛋白質の構造がほぼ均一にそろってないと（エントロピー的に不利なので）結晶化しないといわれています。この均一にそろった溶液中の構造は結晶構造と（概ね）一致していると考えるのが自然です。
さらに、５０％という一見高いかにみえる濃度の結晶中でも個々の分子は良く水和しており、蛋白質同士の相互作用はマイナーである場合が多いです。つまり固体の結晶中でも蛋白質の置かれている環境は溶液状態とさほど変わらないのです。

>>649
俺の認識では、利権の2500は（予測）新規フォールドで、大學
500はなんでもよいんだが...開き直るにはまだ早いんでは？？
>>648
おれも聞いたよ。公言してんだね。ただしくは、「タンパク
３０００は公害みたいなもの。空気が汚れてんだが、汚れた
空気でも吸わなきゃ死んじゃうだろ？」

蛋白３０００のプロジェクト予算として処理された金は表にでている金
だけじゃないのさ。いまやSpring8「全体」の（ビームラインのじゃない
よ）運転資金の30%くらいは、蛋白３０００予算として計上された分から
まわされてるのさ（だって年間の１／３を止めるわけにはいかんだろ）。
汚れた空気を吸いながら、空気を浄化するために何をあらためるべきなの
か？
結局のところ、蛋白の結晶解析と和歌山カレー事件の捜査くらいにしか役に
立たないシンクロトロンを国策といって作って動かし始めた、生物学以外の
分野の御用学者ども（金属材料とか医療工学とか含む）が、割り当てられた
ビームタイムと面積に応分の、一般受けする成果を出していれば、こんなこ
とにはならなかった。いまやタンパク3000とNMRは全然関係の無いものに
なってしまったよ。
そういう金の流れと官僚や財界のロジックが明確になってきたおかげで、W
さんとかがSprin8のプロジェクトの優遇措置とかはじめたらしい。
500のほうに割り振られているのは、それらを天引きされた分なんだろ。
にもかかわらず、ノルマばかりきつくて、正直やってらんねえって感じだ。
本当に空気を汚したのは誰か？それを止めないで放置してきたのは誰か？

>>653
うん、確かにそんな感じだった。

開き直るには、早すぎるけど。。。。。
ノルマって増えていくでしょ、最後には一人あたり２ヶ月に一構造だとか。。。
変異体じゃなきゃ無理でしょ。

spring8はエライよ。うちは無機化合物の構造解析に使っていたけど、
普通じゃ反射が出ないような結晶でもちゃんと構造が出る。

NMRとX線じゃ、溶液と固体との差があるから、一概に比較できないよね。
（マジックアングルは別ね）
個人的には、生体内に存在する蛋白質に近いのは溶液になった蛋白質だろうから、
NMRで得られた構造の方が求める本質に近い気がする。

香村よ、元気か？

>>652
ひょっとして、酵素屋さんですか？
膜タンパクとか複合タンパクだと、その説明は通用しません。

>溶液になった蛋白質だろうから、
>NMRで得られた構造の方が求める本質に近い気がする。

十年位前にこの思想に洗脳されて今に至ります。

>>650
来年から、少数精鋭の｢ユビキチン・ハンター部隊｣が投入されるらしい。
彼らはあらゆる生物からユビキチンを拾い構造を決めていく。
利権の救世主となるだろう。

細胞の中の蛋白質って一つ一つを取ると凄く薄くて
溶液中にポツンと浮いて漂っているような感じもしますが、
他の全ての蛋白質も含めると結構混雑していて
極めて頻繁に相互作用しているように思えます。

自分で計算したことはないが、”結晶中”のタンパク濃度
と細胞中の濃度は１桁変らんらしいからな。

>>658
そうですね。４次構造や界面活性剤で可溶化された膜タンパク質に関しては慎重にならなければなりません。
私が言いたかったのは、結晶構造でも生体内の構造と全く似ても似つかないようなものになってる訳ではないですよ、ということです。（そういうことを言う人が未だに結構いるので...）

>>662
50%と5%ってえらい違う気がするけど。

ヘモグロビン濃度が１オーダー変わったら死ぬよｗ

タンパク−タンパクの複合体を結晶で解いた場合、結晶学的な接触を含めて
数通りの接触面が見られる。どれが正しいかは結局良く分からない。
複合体で極端な結晶化条件（ｐＨ４とか）の場合はアーティファクトの可能性大。

↑ダミアン

>>665
生理的な濃度の１０倍位発現させてデータをとることは、結晶屋にかぎらずみんなやっとるけどなw

>>664, 665
結晶化用の溶液の濃度（数％）はw/v、結晶中の溶媒含有率50%
というのは体積比だね。
　結晶中でのタンパク質濃度は（もちろん結晶によるが）モル
濃度で数百mM ぐらいになるとおも(w/vだと100%近いか、それ
を超える)。で、漏れが言った意味は、結晶中でのタンパク濃
度は、雑多な分子が混ざっている点を無視すると、細胞中での
タンパク質環境とさほど変らんらしいということ。確かに１０
倍はマイナーな違いではないが、多分そこまで差がないんだっ
たと思う。
　細胞中でのタンパク濃度の数字は今見つからんので、だれか
知ってたら教えてちょんまげ。

構造が静的に同じに見えても、動的な性質がちがう。
活性中心のまわりの「堅さ」が、酵素の活性に影響を与えるという研究は
ずいぶん昔からされてると思うけど。

なお、後続部隊としてlysozymeハンター部隊と、
理研植物ゲノムと協力したRuBiSCOハンター部隊も創設された！

>>668

そしてとくにシグナル伝達分子系で、過剰発現したフェノタイプの解析から
シグナル伝達をミスリーディングした例も、あとをたたないよね。
生体内での濃度を無視した「Aのシグナル系とBのシグナル系のクロストーク」
とかさ。もういいかげんその程度の低レベルなミスリーディングから卒業し
ろよ、ってかんじ。　

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=11685237&dopt=Abstract

こういうテーマにはNMRの醍醐味を感じる。

複合体の構造、大きいものなら電子顕微鏡というのも選択肢に入るのでは。
解像度が出ないけど、どうせ、ここの分子はX線で解けているので、
生物学的には解釈できることが多いよ。化学的にはちょっときついが...
たんぱくの濃度はずいぶんと薄くても大丈夫だし。

>>673
こういうのやろうと思ったんだけど、DNAにくっつけたらシグナル見えなくなったんですー。

>>675
マジックアングル？

いやあ電顕はまじすごいっす。M川グループは流石だ。

それをいうならF先生だろ?

「X線のどこが問題ある、NMRのどこが問題ある・・・」
こういう話を（ケチを付ける目的で）するのは、観測とは
何なのか考えない奴。特に生物系に多いのかなw
構造屋は自分で決めるから構造の「確からしさ」について
普通に考えるだろうけど。
観測するということは何らかの働きかけをするということ。
働きかけを受けた観測対象はすでに観測前の状態と同じではない。
そんなことはサイエンスに携わる者なら一兵卒であっても当然の
前提として頭の中においておくべき。

ケチをつけないと方法は改善されないよ。
確からしさなんて考えてるヒマがあったら、ブレークスルーを考えたら？

>>679
「当然の前提」で話を終わらせるな。そこから先が必要だろ。
構造屋がみんなそんな奴だと思われたら迷惑だ。

いいじゃないか、いろんなレベルの構造屋がいても。
それこそ◯川先生の口ぐせじゃないが
「最近のX線の若い連中は・・・（以下自らの反省もこめて自粛)」
２chなんかしてないで、勉強しよっと。

>>679
分光屋さん？

>>683
なかなかいい線。ちょっと違うが。
主旨を理解していただけたのか？
>>680
観測の問題は宿命的なものでブレークスルーはないの。
そういう次元の話をしているのではないの。
究極的には（究極的には、だぞ）量子力学的な話をしてるわけ。

現実的には複数の実験・観測方法を組み合わせて結論を出すことになるかな。
構造だけから何か言う人っていないでしょう？（いたりして・・・）
分光とかもいいねw

それぞれの方法をよく理解して、あくまでもひとつの観測手段だと
割り切って使おうよ、ということがどうして理解されないんだろう。

今のJ Biomol NMRの表紙ってこと？

>>684
量子力学至上主義者は、素粒子実験のブレークスルーであぼーんだ。

結晶屋さんは解いた構造を'モデル'と呼ぶけど、なんでNMR屋さんって
モデルとは呼ばす'溶液構造'って言うの？
NMRで決めた構造って、実際に見た構造ではなくて、NMR情報に矛盾しない、
あくまでシミュレーションモデルでしょ？
それからNOE情報が不足して決められない部分の構造を例えば30通りとか
モデルを書いてあたかもその部分がこのように動いた構造をしてますよ
的に示すけど、本来なら分からないのだからその部分はモデルから除くべき
でしょ。結晶構造の場合、電子密度が見えないあるいは弱い部分はモデルは
組まないよ。NMRの真似をして、その部分に数十個のモデルをいれたら
かっこいいかもw

水でお化粧するのが当たり前の世界だから、「モデル」なんでしょう。

>>688
X線やったことある？水でお化粧は事実なんだけど、水でごまかせる
部分(R値とか)って意外と限られている。自分でやる前は、水を好き
においてＢ値をいじっていいならＲ値なんていくらでも下げれるじゃ
んと思ってたけど。

＞それからNOE情報が不足して決められない部分の構造を例えば30通りとか
＞モデルを書いてあたかもその部分がこのように動いた構造をしてますよ
＞的に示すけど、本来なら分からないのだからその部分はモデルから除くべき

情報を翻訳ミスしていないだろうか。
NOEは分子運動の情報も含んでるよ。

>それからNOE情報が不足して決められない部分の構造を例えば30通りとか
>モデルを書いてあたかもその部分がこのように動いた構造をしてますよ
>的に示すけど
でもそういう風には言わないでしょ。そういうのでは緩和解析してると思うけど。
それって、モデルフリーの拡張とかしてる研究の類かい？

無意味だけど、ただの重ねあわせの構造を運動として捉えると、中途半端にNOEが入っていて、ローカル運動の異方性が誇張されているのではないかと思う。
無意味でｽﾏｿ

>688
別に深い意味はなくて、単に一種の「方言」なんじゃないの？
コンフォメーションだね。よくつかうのは。

>688じゃなく>687でした。スマソ

コンフォーメーションとドメインストラクチャーの関係を教えて下さい。

NMR討論会で忙しいんだ。。。誰もいないや。

今週末は生物物理だわな。学会研究会ばっかじゃ。どこいっても
聞いたようなはなしばっかじゃ。御大のネタは古典落語と化しと
るんじゃ...

それを逝ったら，物理は末期的。。

生物物理、なんかおもろい話しあった？

ERATOオンパレードで。

生物物理ってカスしか発表しない。

カスage

すまんかったね。
オンパレードで。
しかもカスで。

そーでもなかったぞ。

cifフォーマットを読むことの出来るwindows用のおすすめソフトをおしえてくだしゃい。

>cifフォーマット
rasmolで堪能しました（泣）

>cif
SV for winで検索
京大か東工大にあるはず

でさ、結局どっちが世の中の役にたってるの？
Ｘ線で構造決定されたタンパクの方が圧倒的に多い気がするんだけどさ〜
タンパクのNMRなんて意味あんの？

ねむい。

NMRじゃドメインしか分からない故

んなわけない。

>>710
ｱﾌｫか？

巨大分子のdomain研究もできるってことだろ。

結論としてＸ線サイキョーでよろしいか？？？

いや、赤外線が最強！！
透けまくりだもんな。

ttp://www.tgpfriendly.com/users/xmag/scg100/100s23.jpg

うちのラボ（ＮＭＲ）も今年から結晶化に着手するらしい。

（＾＾）

わてもX線で構造出してみたい。でどっちがよいか自分なりの答えを出したいな。
どうにも、NMRの構造が信じられん。

核磁気共鳴＋X線結晶構造解析＋中性子回折＋分子軌道法＋分子動力学法＋ＱＳＡＲ

ここまでやらないと、いまは論文が通らない。

>719
NCS狙い？

（＾＾）

　　

http://news2.2ch.net/test/read.cgi/newsplus/1045470377/

1 名前： ◆MUMUMUkopk ＠むむむφ ★ 投稿日：03/02/17 17:26 ID:???
　特許庁は医薬品開発に役立つたんぱく質について、立体構造が判明しただけでは
特許として認めない方針を決めた。たんぱく質を純粋な結晶として取り出すことを
特許成立の条件とする。米欧の特許当局も同様の審査基準を採用する見通し。
米バイオ企業などに立体構造データでたんぱく質特許を押さえようという動きが
出ているが、成立条件が厳しくなることで日本企業に巻き返しの機会が増えそうだ。

　たんぱく質は人間の体を作る基本的な物質。ひもを折り畳んだような複雑な立体
構造をしている。

　特許庁はたんぱく質の立体構造の解明は自然の観察で得た情報を示したに
すぎず、発明にはあたらないと判断した。立体構造を示した文書や、フロッピー
ディスクなどの媒体に記録したデータの出願があっても、特許として認めない。

　生物からたんぱく質を取り出して精製して結晶にした場合に限り、物質特許として
認める。
(以上、2003年2月17日のNIKKEI NETより一部引用―全文は引用元を参照)

引用元: http://www.nikkei.co.jp/news/main/20030217AT2G1401817022003.html
特許庁の発表: http://www.jpo.go.jp/iken/protein_solid_pc.htm

>>723
つまりNMRじゃ駄目、X線ならOKってことか・・・。

今分析しているブツ、結晶はできないらしいけど。
NMMRで分析しても無駄っていうこと？
そもそも結晶化しない蛋白質のほうが多いんじゃないの。

>>723
企業は結晶に走るだろうから、
大学はまたーりとＮＭＲやれば？

>>725
結晶化できないということを証明できない限り
泣き言にしかならないわな

＞結晶化できないということを証明できない限り

こんなこと証明できる訳ないだろ？
自然科学を根本から誤解しているようだ。

そうだ！気合入れて結晶化しろ！

ついに来ましたね．
僕が就職できるかどうかのチャンスが．

いや、議論の方向性が全く逆のような気もするんですけど。

NMRを用いた化合物のHTSは、いまや大手（日本の中小除く)
製薬では当たり前だし、それなしでは自動合成機械がつくり出し
てくるコンビナトリアル化合物の山（ゴミの山ともいうw)を
正当にかつ短時間に評価できないのも、業界の常識です。

特許にならないっちゅうことは、適当なライセンス料金の価格を
つけて、公には取り引きできないということだから、
逆にドラッグデザインに有用な、結合部位周辺の化学シフト情報
なんかは、いちど企業が握っちゃったら表にはでてこなくなるし、
売買できなければベンチャーも算入しにくいってことです。

とすると、この決定は超大型製薬企業が多い、欧米に有利で、日
本の製薬企業にとっては、「座して死を待て」ということかも。

>730
特許にならない＝取り引きできないなの？

なかなか面白いスレだな

とりあえず、タンパク質の立体構造情報は、特許審査基準では「単なる情報」
としか見ないということ。
ＮＭＲの場合も全く取れないというわけではない。ＮＭＲはドメインに切り出して
解析することが多いから、切り出したドメインがタンパク質の特定の機能だけを
もっているとか、全体ではかるより活性が高いということが示せれば、もとの
タンパクよりも有用な物質ということで特許が認められる。

ところで特許をとったタンパク質なりドメインって
具体的に何があるの？

そういえば、京極先生が亡くなりましたね・・・

合掌。
京極先生はキリスト教みたいだけど一応。

ままままじっすか！
合掌。

>>737

うむ。肺炎だそうだ。今晩（金曜）が通夜だったと思う。

http://www.asahi.com/obituaries/update/0227/003.html
ご冥福をお祈り申し上げます

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>>739
ご冥福をお祈り申し上げます

ＮＭＲとＭＭＲって何が違うんですか？

>>742
面接官「特技はミステリー・ルポルタージュとありますが？」
学生　「はい。ミステリー・ルポルタージュです。」
面接官「ミステリー・ルポルタージュとは何のことですか？」
学生　「MMRです。」
面接官「え、MMR？　NMRではなく？」
学生　「はい。MMRです。ノストラダムスの詞を解読します。」
面接官「・・・で、そのミステリー・ルポルタージュは当研究室において働くうえで何のメリットがあるとお考えですか？」
学生　「はい。人類滅亡の危機が襲って来ても守れます。」
面接官「いや、人類には襲ってくるような危機はいません。それに人にノストラダムスの詞はトンデモですよね。」
学生　「でも、警察でも勝てませんよ。」
面接官「いや、勝つとかそういう問題じゃなくてですね・・・」
学生　「俺たちに残された時間は後わずかなんですよ。」
面接官「ふざけないでください。それに残された時間って何ですか。だいたい・・・」
学生　「レジデント・オブ・サンです。太陽の住民とも書きます。レジデント・オブ・サンからの手紙の内容は・・・」
面接官「聞いてません。帰って下さい。」
学生　「あれあれ？怒らせていいんですか？解読しますよ。諸世紀 10章72番。」
面接官「いいですよ。解読して下さい。諸世紀とやらを。それで満足したら帰って下さい。」
学生　「・・・まさか！！俺たちはとんでもない思い違いをしていたようだ。」
面接官「な、なんだってー。」

>>743
長文乙

>>738
どうして働ける人からお亡くなりになるんだろう…
合掌

>>738
後釜を狙ってる人たちの生臭いハナシをきくと憂鬱になる・・・

>746
その生臭い話きぼーん
ぜひ！！！

最近ＮＭＲで構造解析したＣＮＳ論文みないなー

Ｘ線もみないね。構造生物学はもう終了かな。

バイオロジーのツールの一つになったわけやね

アッセイなり他の手法と組み合わせなければ上は狙えない

所詮は分析法だから。

（＾＾）

専門紙もあるし

>>749
Ｘ線、まだまだ行けるじゃん。
先週のＮに北大のが載ったし、IWATA氏もＳに載ってたし。

ただ、「構造＋生化学データ」でないと載らなくなったのは確か。
今や構造オンリーだとJMB、Biochemistryがいいところ。

結晶学会誌の対談は読んでおけ
Ｔがいいこと言ってる

Biochemistry最近みないな

（＾＾）

　　 ∧＿∧
　　（　　＾＾ ）＜ ぬるぽ（＾＾）

ぶるーかーのえぬえむあーるだめだめだぁ

このスレッドまだ、あったのか。

http://www8.plala.or.jp/yamashita/

>735~739
京極さんの主な業績をきかせてくださいな。

水溶液中でワトソンクリック塩基対の存在をはじめて確認した。

手法は？

溶液中でのNMRだったとおもう。

━―━―━―━―━―━―━―━―━[JR山崎駅（＾＾）]━―━―━―━―━―━―━―━―━―

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ﾋﾟｭ.ｰ　(　　＾＾ ） ＜これからも僕を応援して下さいね（＾＾）。
　　＝〔~∪￣￣〕
　　＝ ◎――◎ 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　山崎渉

京極先生にはもっともっと日本の科学のためにご活躍いただきたかったのに。

高分子の水素結合がメインの研究だったと思われ。

http://ha6.seikyou.ne.jp/home/ooyabu/kateinai.htm

　台所やお部屋は、NO２で汚染されています。

◎ ガスコンロなどから大量のＮＯ２が出ています。
台所のガスコンロ・瞬間湯沸かし器、お部屋の石油ファンヒーター・
ガスファンヒーターなどからは、ＮＯ２環境基準（０．０４〜０．０６ｐｐｍ）の
１０００倍以上の濃度のＮＯｘが発生しています。
燃焼器具からは、通常ＮＯｘ（ＮＯとＮＯ２を含む）が、少ないもので
５０〜１００ｐｐｍ、多いもので、２００ｐｐｍ以上も出ています。
もちろん、換気扇や部屋の換気を行うことで悪影響が減ります。

しかし、台所で煙がこもったり、部屋の換気をしないと、部屋の中の
ＮＯ2濃度は、簡単に環境基準をはるかに超えることになります。

大阪府 健康と住まいの情報 空気の話
http://www.pref.osaka.jp/kankyoeisei/sumai/kuuki-1/NO2.html

二酸化窒素

窒素酸化物の主なものは、一酸化窒素と二酸化窒素です。
ものが燃えるときに発生するので工場の煙突や、
自動車の排気ガスに多く含まれ大気汚染の原因となっていますが、
石油ストーブや各種ガス器具など室内でも多く発生し問題となっています。

　二酸化窒素は吸入すると、呼吸器を害します。
二酸化窒素は水に溶けにくいため肺の奥まで侵入します。
そのため肺に炎症を起こし肺水腫になることもあります。

慢性の暴露でも気管支炎、肺水腫を起こし、
肺ガンの原因もあり得るといわれています。
また低濃度でも、気管支の気流抵抗を高め、
気管支炎、喘息などの患者への影響が強い。

あげとこ

�B
無修正画像用の板　ロリもあって、管理人は神（ネ申）

http://www.hl-homes.com/

若手NMR研究会って来年はどこよ？

　　石黒ファン ◆IshIguakKY

　__∧＿∧_
　|（　　＾＾ ）|　＜寝るぽ（＾＾）
　|＼⌒⌒⌒＼
　＼ |⌒⌒⌒~|　　　　　　　　　山崎渉
　　 ~￣￣￣￣

ハッキリ言ってアメリカなどの多民族国家では黒人の方がアジア人よりもずっと立場は上だよ。
貧弱で弱弱しく、アグレッシブさに欠け、醜いアジア人は黒人のストレス解消のいい的。
黒人は有名スポーツ選手、ミュージシャンを多数輩出してるし、アジア人はかなり彼らに見下されている。
(黒人は白人には頭があがらないため日系料理天などの日本人店員相手に威張り散らしてストレス解消する。
また、日本女はすぐヤラせてくれる肉便器としてとおっている。
「○ドルでどうだ？(俺を買え）」と逆売春を持ちかける黒人男性も多い。）
彼らの見ていないところでこそこそ陰口しか叩けない日本人は滑稽。

スレ保持

http://www.riken.go.jp/r-world/info/release/press/2003/030718/

これってどうなの？

マグネットは悪くない。超伝導に用いられる神戸製鋼製の線材は世界最高峰のレベル。

本当にこれで膜タンパクの構造がバンバン決まるようならY山先生に一生ついていきます。
そのうち1GHZoverのもつくるんでしょ？

ペンティアム４は既に3.06GHz

もしそうなら俺もY山先生に雇ってもらう。

膜タンパクの問題は安定同位体標識だ。
バキュロ系でリッターあたり20mgの活性型GPCRがとれるように
ならなければ、無理。だがそこまで出せるようになれば、おそらく3次元結晶もばんばか
でるようになるだろうから、はたしてNMRやる意味があるか？

>784
膜タンパク＝バキュロっていう固定観念にとらわれている時点でDQN決定（ぷ

>>782
そのうちね。
作るのは横浜じゃないし。

>>781
線材がいいのは認めるが、維持に問題があるから
タンパク測定用としてはダメ。

相当単純な質問になりますが、
膜タンパクの構造決定はどれくらいの大きさのものまで出来るものですか？
500残基くらいのものはPDBそこそこ見るのですが、実際相当難しいのでしょうか？
X線もNMRも名前くらいしか知らない生化学者の疑問なんで・・・

膜蛋白質は通常の蛋白質よりも結晶化の成功率が低いので、
10-100倍、精製された蛋白質の量が必要です。
通常、可溶性蛋白質は10-100mgが、結晶化条件決定から
最終構造解析にいたるまでに消費されることが通常です。そこで

【膜タンパクの場合には精製純品が1gいる】と覚えておいてください。

ところで生化学は素人なんですが、膜タンパクを活性型で精製して
1g得るのって、どれくらい難しいですか？

いままで膜蛋白質で構造解析されたものは、天然または大腸菌から
グラム単位で精製可能な試料ばかりです。ウシとかつぶしてとるん
だよね。

イオンチャネル構造決定で脳部留賞。

CATかNMRか・・・
時節柄だな
どっちもノーベルちゃん獲ってるからなあ
X線・・・発見、C(A)Tなど
NMR・・・今回のMRI

>>789
ものすごーく厳しいよ
植物で、しかも、非常に多い、しかも可溶化タンパクでも
選定した材料１ｋｇから３０ｍｇくらい

X線って装置にどのくらい金がかかるのでしょうか。
結晶化、データ取得、データ解析等々で、なんとなくNMR以上の
金がかかりそうなイメージがあるのですが。

Spring8やつくばPFの運転資金が国もちなので、X線のほうが安上がり。
実験室系のX-rayは発生源、ゴニオメータ、IPかCCD
全部あわせて 5000万円くらいでできると思う。

NMRは中古の 500MHz（クライオつき）でちょうど5000万くらい？

チャンネルがノーベル化学賞
おなじチャンネルでも２ちゃんねるでは
ノーベル賞は遠すぎ　＾＾；

>>795
ただしビームタイムを配分してもらうには、よくわからない政治力が必要とも。
予算で落ちない分だけ、高くつく。

Ｘ線やＮＭＲじゃなくて電顕はどう？

spect/MRIみたいな情報統合についての
最近の研究を紹介してるサイト誰か知りませんか？

石版へ直行。

>>798
しんどいです

>>801
時間がかかるってこと？

大学についての質問なんすけど、
NMRってﾄﾞｺの大学にでも置いてるもんですか？

経済大学には置いてません。

N討直前あげ

あぼーん

age

教えてください。
発現細胞内で規則的な構造をとる（電顕で確認）蛋白質は、
結晶化しやすいのでしょうか？

>>808
その可能性は高いと思うが、もう少し詳しく書いてくれんと、なんとも・・・。

＞775
若手NMRいくんか？やめとけ。
講義はまだしも、あの無駄な討論なんとかしてほしい。
結局、時間と金の無駄

>>809
一過性に発現させると、細胞質内にいくつもの
焼き肉の網を重ねたような結晶構造が見えました。
こんな説明しかできない日本語力のなさ・・・すんません

>>810
不評だったんで、二年つづいた「無駄な討論」も
今年はなくなったよ！最終日までみっちりレクチ
ャーだよ

結晶がいくら簡単にでても、difractionしないタンパクだったら
まったく解析不可能だよ〜。
なまじ自己会合形成能が高いと、結晶化条件を実験的に振る
ことができなかったりして、高分解能の結晶にならないばかり
かハマルことがおおいよ〜。

Do you mean 'diffraction'?

あの、ド素人なんですが、NMRとX線って分けないで両方のいいところを
補完しあうことってできないのですか？
X線だと水素が写らないけど、NMRのデータと組み合わせて水素の位置情報
を加えることってできますかね??

>>815
できます。
その方法を実用化しようとして模索しているグループがいくつもあります。
実用化するかしないかはべつにして、日本国内の大抵のNMRのラボは一部でX線も必ずやってますよ。

溶液構造。

>>816 質問は以下のような方法の有無を尋ねてるんじゃないの？
Shaanan B, Gronenborn AM, Cohen GH, Gilliland GL, Veerapandian B, Davies DR, Clore GM.
Combining experimental information from crystal and solution studies: joint X-ray and NMR refinement.
Science. 1992 Aug 14;257(5072):961-4.
ついでに言うと、生体高分子のＸ線でも非常に高分解能だと水素が見える。

中性子回折。

学会でＸ線や中性子の人が水素が見える見えないとかよく議論してるけど、
二面角が決まればほとんどの水素の位置は十分決まるわけで、結晶構造で
何が不満なのか、いまいちわからん。
カルボキサミドやヒスチジン側鎖がどっち向いてるかとかなら、ＮＭＲでも
わかるわけだし。pKaの特殊なカルボキシル基やアミノ基を見つけたいの？

816 >>818
最近業界内では"simultaneous refinement"というプロトコルの
うわさがでまわってます。
低分解能(3A)くらいの結晶回折データに、NOE情報を乗っけて
CNSで両方のデータ同時にrefinementしてしまうというテク
らしいです。でもBrungerのところからはまだ、script公開され
ませんね・・・
がせねたの可能性もあるので、sage進行プリーズ・・・

ん？　ここは蛋白屋しか居ないのか。

核酸ならなおさら水素少ないじゃん。