ＤＮＡチップについて教えてください。

1 ：バイオ難解！！！：2001/01/09(火) 21:17

　バイオテクノロジーにおいて様々な展開が新聞記事等を賑わせているのは
ご承知のとおりですが、最近ＤＮＡチップという記事が増えてきました。
　宝酒造とかアフィメトリックス社の名前も必ず出てきます。
　非常に興味があります。

　詳しい方、（詳しくなくても結構です）

　①ＤＮＡチップとは結局何？
　②どこがリードしているの？
　この二点に絞って（？）質問させていただきます。

　なにとぞご教示お願いいたします。

2 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/01/09(火) 21:30

Nature vol. 405 June＠｀ 2000のnature insightがくわしいです。
具体的な技術についてはnature genetics suppl. vol.21 1999がいいと思います。

小さな基板上にPCRで増やしたcDNAをスポットするか、基板上でオリゴDNAを合成し、
このDNAと、例えば2つの異なる条件下の細胞のmRNAからラベルをつけて合成した
cDNAをハイブリさせて網羅的な発現解析を行う、などです。2種類のcDNAをそれぞれ
別な標識でラベルしておけば、一方の条件でだけ発現する遺伝子とか、両方で発現する
ものとかが検出可能です。もちろん応用は発現解析のみにとどまらないです。

3 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/01/09(火) 22:23

しかしねー、問題が多い技術という話も聞くぞ。２倍程度のシグナルの差は
誤差の範囲だそうだ。これで遺伝子の挙動が明らかになったという話も
聞かない。売り文句通りになるにはもう少しかかるのでは。

4 ：2：2001/01/09(火) 22:29

>>3
統計的な処理が必要みたいですね。
「線虫でやってみたぞ」でScienceにのってます。
Hill＠｀ A. A. et al. Science 290＠｀ 809-812 (2000).

5 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/01/09(火) 22:40

うちはマクロアレイだ。

6 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/01/09(火) 23:25

うちのタンパクチップは成功した試しがない。
だいたい蛍光試薬がなんで、あんな高いのだ！！
まあ、蛍光試薬が高いの全部だけど・・・DNA シーケンスもなぁ～。＞うちはBig dye

7 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/01/10(水) 18:18

機械自体はいくらくらいするの？

8 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/01/10(水) 18:32

タンパクチップはまだ発展途上のようですね。
まだ余りいい話を聞きません。

9 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/01/10(水) 20:41

そもそも値段が高いよ

　

10 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/01/11(木) 00:09

>>5
マクロアレイはDNAチップの１種でいいんですよね？

11 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/01/11(木) 05:18

アレイについてはUPLOAD No.62にも載ってます。(TOYOBO HPからPDF版入手可)
このフィルターのアレイでは1500ドット/8cm×12cmですが、DNAチップはスライドグラスに数万ドットというスケールです。

>>6　うちも373がBigDye仕様に変更された...。(前の試薬使い切ってからにしてくれぇ)

12 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/01/14(日) 07:09

>>11
マクロアレイでも数万ドットまでいってると思いますが、DNAチップと呼ぶのは基盤上でオリゴを
合成したものだけなんでしょうか？

13 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/01/16(火) 01:08

DNAチップという言葉の範囲が広すぎる。
マイクロアレイもなにも全部いっしょくたに使っているようだ。

GeneChipはAffymetrix社の商標で、基盤上で２５merオリゴを
合成したものを指す。でも一式５０００万円。チップ１枚（12000遺伝子）
40万円。べらぼうな値段だ。

14 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/01/16(火) 09:50

うちはもうBigDyeからDynamicETに代えたぞー

人ゲノム計画が終わった（？）今、果たしてアレイなんかは盛り上がるのだろうか？
ベンチャー企業もできたりしているようだが。

15 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/01/16(火) 18:07

>>14
まがりなりにも配列が出そろったから使えるようになった技術じゃないの？

16 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/01/16(火) 18:54

>>14
DynamicETって、トラブル多くない？
Big dyeで読めて、DynamicETで読めない配列が結構出てきたんで、途中でやめた。
あと、読みにくい配列についてのノウハウが多いんで、Big dye使ってる。

17 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/01/17(水) 18:54

age

18 ：109番目落ち....：2001/01/20(土) 00:44

DNAアレイ本、羊土社と秀潤社両方から出てますな。(ついでにTaKaRaも)
SAGE(Serial analysis of gene expression)とあるのをsageと読んでしまう...。

19 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/02/03(土) 02:01

20 ：竿師：2001/02/03(土) 06:56

　ＤＮＡチップは、最終的にアフィメトリックスがバイオのマイクロソフト（インテル？)
になるでしょう。〔多分〕

　日本企業はてんでだめ！！！！〔多分・・・〕
　

21 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/02/03(土) 18:14

　ＤＮＡチップは、日本ならではの視点で、頑張っていると書いてあったがナ。

22 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/02/04(日) 08:14

>>20
マイクロソフトじゃ実験にならんと思う。
前回のリリースには問題を起こす可能性のある仕様が含まれていましたので新バージョンを提供します。
代金を添えてお申し込みください、とか言われるの。

23 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/02/12(月) 12:57

荒らし封印age

24 ：山師さん：2001/02/13(火) 01:32

株屋の間では三菱レイヨンのが去年の秋頃ちょっとした話題になったが。
http://www.mrc.co.jp/ir/ir000926.html
http://infowith.com/data/seni/3404.html

25 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/03/15(木) 18:54

>>22
実際アフィメトのマウスアレイ、全面的に差し換え。
そもそもユニジーンのデータがおかしかったと言ってはるが。

26 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/03/17(土) 17:10

あげ

27 ：名無しゲノムのクローンさん：2001/03/20(火) 14:31

ちぷあげ