バイオインフォマティクスを教えて下さい 10

いつのまにか消えていたので立ててみました。
1 名前：みなしごEST 投稿日：2001/05/05(土) 10:47
色々と教えてください。
669 名前：名無しゲノムのクローンさん ﾒｪﾙ：sage 投稿日：03/06/23 22:38
（前略）
それなりに異質な分野なせいなのか、断続的に新しい読者が来て、そのたびに
「今まで誰も語っていないようだが（と本人は思っている）、バイオインフォ
とやらに物申す！」みたいになるのは理系専門板的には正直つらいっす。
過去スレ、テンプレートは下記
http://tokyufubai.exblog.jp/9003941/
http://chirop.seesaa.net/article/128672730.html

森下先生ですか？

3

4様

五右衛門

六星占術
h ttp://members.at.infoseek.co.jp/yuhtaaaa/

七人の侍

八ッ場ダム

九州大学

なるほど

森下先生

http://image.blog.livedoor.jp/naomix00gold/imgs/7/5/75695539.jpg

959 名前：名無しゲノムのクローンさん []： 2009/09/27(日) 21:42:21
情報専攻から院でバイオインフォ専攻に進学したけど
生物の知識が全く身につかず、結局データベース処理系の論文書いて修了した
ぶっちゃけ情報の知識はほどほどで良くて、生物、化学、物理の知識が重視されるなら
情報出身歓迎と書かないで欲しい
実験方法なんて紙上でしか見た事ないから具体的なやり方なんぞ知らんし
ある程度、生物学者が扱える計算機のツールが揃ったならば情報出身はいらないだろうし
こういう処理をするツールが欲しいと言うリクエストには答えるけど
生物学者並の知識を求められるのはきつい

けど今ではもう分野が人気なくて研究者達は焦っていると聞いたけど
ヒトゲノム解析時がピークだったのかな…


960 名前：名無しゲノムのクローンさん [sage]： 2009/09/27(日) 21:55:01
>>959
リクエストに応えるだけなら研究者である必要はないですな。

961 名前：名無しゲノムのクローンさん [sage]： 2009/09/27(日) 22:02:50
情報系出身の知人が新領域の情報生命に進学したら、
Dの人の雑用でその人が使うツールをひたすら作らされ、
生物学の知識皆無な状態なのに生物学の専門用語を連発されて、
ブチ切れて半年で学校辞めて、結局自大の研究室に戻ってた。
自分の研究をしようと思っても、生物学、バイオインフォの知識は皆無で
研究テーマが見つからず、とりあえずお勉強って事で教授の研究のお手伝いという事になってくると
何をしに大学院に行ったのか分からなくなると思うけど、こいつが現状な気がする。
結局、バイオインフォの研究って何やってんだろ。


962 名前：名無しゲノムのクローンさん [sage]： 2009/09/27(日) 22:13:33
主な研究

配列アラインメント
遺伝子発見
ゲノムアセンブリ
タンパク質構造アラインメント
タンパク質構造予測
遺伝子発現とタンパク質間相互作用の予測
進化のモデリング

ターゲットが決まったら、データベースを使用してちょいちょいとプログラム書いて
結果を出して、論文にまとめて提出という流れ。

964 名前：名無しゲノムのクローンさん [sage]： 2009/09/27(日) 22:34:29
出た後どうするんだ、という問題は残るな
一時期群がって来た人たちが去って、真剣な研究者だけが残るのを待ったほうがいいかも
って学生さんに言っても仕方がないかｗ

968 名前：名無しゲノムのクローンさん []： 2009/09/28(月) 00:55:45
>>961
バイオインフォの研究室は多くが放任主義で研究テーマも自分で決めるのが普通。
生物の勉強だってセルなどで自習するもんだろ。
せっかくの放任主義なのに「研究テーマが決められない→誰かの研究の手伝いをさせるしかない」というのは当然の流れ。

969 名前：名無しゲノムのクローンさん [sage]： 2009/09/28(月) 01:11:39
放任主義って、全くの畑違いからすると
実は自立的にやっていく機会を失う可能性が大きいんだけどな。
しかも、放任と言っても完全に自由なわけじゃなくて、適度に口だしするわけでしょ？
それは、研究のプロセスを一度も積んで来なかった入門者には辛い。

最初は、誰かにくっつけて研究のプロセスを学んでから
自分の研究をやるべきだよ。

970 名前：名無しゲノムのクローンさん []： 2009/09/28(月) 01:26:00
>>969
言っていることは分かるが、全くの畑違いからわざわざ行こうとするくらいなんだから
事前に生物もバイオインフォマティクスもある程度は勉強して
その研究室の人の論文も読んでいるはずだろ？？
教えられるのを待っているのはそもそも研究者としての素質が問われるよ。
それに教える側（先輩）としても負担が大きい。
そんな奴が入ってこなければ放任主義の中自分の好きなテーマを追求してられるわけだったんだから。


971 名前：名無しゲノムのクローンさん [sage]： 2009/09/28(月) 02:11:21
>>961の書き方を見ると修士みたいなので、「放任だから」では通らないかと
そもそも「放任」という言葉自体、都合のいい言い訳として使われることのほうが
はるかに多いわけだし（>>968がそうだと言っているわけではない）


972 名前：名無しゲノムのクローンさん [sage]： 2009/09/28(月) 06:36:49
自分でガンガン情報を仕入れていけない人はダメってことですな

996 名前：名無しゲノムのクローンさん []： 2009/10/01(木) 01:33:41
>>971
同意。
どの大学出身でも、修士で入ってきた人間、それも他専攻から移ってきた人間に、
「うちは放任主義だから、自分でテーマ見つけて勝手にやってね」と言うのは酷だ。
俺の周りの人間みても、放任でやっていける修士の学生なんて皆無だぞ。
>>969が言うように、最初は誰かくっつけて生物学を学ませつつ仕事させるのが良いと思う。
>>970はもし大学の教員だとしたら教育者には向いてないと思われ。
研究所の研究員として、一人でやってるならいいけど。
たぶん学生さんなんだろうが。

998 名前：名無しゲノムのクローンさん [sage]： 2009/10/01(木) 07:05:47
研究と教育の問題があるんだね。
学ぶ側は最低限何をしっていればいいですか？
そして最低限何を学ぶべきですか？

前回までのあらすじ

放任主義者は教育者には向いていない。

おわり

なるほど

放任主義者は任期付きの職の人でしょうか？
結果とか論文とか出さないと次がないから、
学生の教育なんて自分のためにならないことをやっている暇はないということでしょうか？
だったらある程度理解できる。

パーマネントな職でありながら、
学費を収めている学生を放置プレイする教授がいたら、
問題あるとおもうけど。

１．自分の思索にふけったり自分でプログラム書くのに忙しい
２．どうせ修士学生なんて就職活動したら研究なんか進むわけないから
好きにやってもらう
３．本当は懇切丁寧に指導したいが、人付き合いがニガテなので
世代のことなる他人とのコミュニケーションに自信がない
４．自分が大学院生時代に過干渉されてウザかったので、そういう
教員にはならない、と決めた
５．自分も放任主義でここまで出世したので、放任こそが最大の
研究者育成、と思っている

さあどれでしょう

うちは２だな
就活やります→あっそで放置開始

>>21
就活したがってラボに来たくない学生に、あれこれ
指導して、赤原とかパワハラとか言い出されると
めんどくさいからな

>>19
大学院は自らが自立的に学問を修め極める機会を
与えつつ学生の自主性を最大限に尊重するところ
専門学校でも就職予備校でもありません

おお、久々に見に来たら自分の書き込みに関連した話題が伸びてるとは！

「修士にテーマを与えないのは教育放棄」のように反論がなされているが、
では東大・京大のバイオインフォの研究室で放任主義でない研究室なんてあるのか？
俺の経験してきた研究室はすべて修士も研究テーマを自分で決めるものであった。
確かにきついとは思うが、その苦悩の中で這いあがってくることこそ研究者の素質をつけるいい方法だと思う。
また自分が経験してきた研究室がよかったのは、修士の学生であっても教授らスタッフと対等の関係で議論できたことだ。
もし与えられたテーマをこなすだけの研究室なら「先生は無条件に偉い」とされ、学生は下に見られてしまうだろう。
対等の関係でディスカッションできるからこそ研究の面白味がわかってくる。
放任主義であるからこそ、研究は自己責任であり、そのおかげで一人の研究者としてみなしてもらえる。
それを忘れてはいないか？

研究者養成と教育は違う、という反論が常にある・・・
うちの大学院では、大学院生がそう言い出さないように
学生募集要項公開直前に、大慌てでアドミッションポリシーを
改正する、という一幕があった。

アドミッションポリシーにちゃんと明文化しておけば、
それを読まずに入った香具師がアホ、ということになる。

それにしても烏賊権の大学院教育ポリシー、ひどい文章だな。

「教育機関としての特徴は、研究者を目指す大学院学生が中心であり、
教員は学部学生に対する講義や実習の義務が少なく、研究室での指導
に専念できることにある。また、学生も教員も、多様な学問的背景と
興味をもつ人々が、研究室の垣根を越えて盛んに交流していることも、
大きな特色であろう。これらの人的条件と、優れた研究環境とを活か
して、以下に述べるような特色ある教育制度も機能している。」

九州大　システム生命科学府のアドミッションポリシー

「本学府では，多様な専門分野の学部卒業生や，社会人，
留学生を対象にして，時代の変遷を一層促すような総合
的分野を開拓しようとする意欲あふれる人を受け入れ，
社会の要求に堪えうる独創性と柔軟性に富む研究者，
高度な技術を持つ専門職業人としての人材を育成します。」

こういう教育の目的がしっかりしている文章がよいアドミッ
ションポリシーと思います。

そういえば大石と高田も死亡

>>23
「放任主義」にもいろいろある、というだけのことでは
「放任」を謳いつつ都合のいいところで「先生は無条件に偉い」としている研究室もある
個人的には「専門学校でも就職予備校でもありません」と極論に走る>>22などは正直危ない気がする

そうですね

>>22
うちは陰湿でほぼ無視状態になってるけどね。
こっちも騒ぎはしないので、邪魔はしないでくれって思ってるし
放置でいいです。まあ指導と言っても、指導という名の研究雑用
と成果吸い上げだし、放置の方が精神的に良いなあ。

放置されていてまともな論文書ければいいけど、
修了不可みたいにならないの？

矢野健太郎先生はガチですごいyo

数学者？漫画家？

>>30
そんなやつは自分からやめていくからいいんじゃないの

>>33
きびしいね。
かなり高い実力がないと一人ではやっていけないと思う。
放置プレイの研究室だらけならバイオインフォは専攻しない方がいいかもね。
修士中退だと就職できないし。

院に進学する前に自分の適性や能力をもう少し冷静に分析判断してほしいもんだ。

それは教員のほうにも…

無能な教員に無能な院生･････････ｵﾜﾀ

もし>>27や>>29のように放任主義がうたわれていて
結局最後の最後で学生の業績を横取りするような研究室があればそれはひどい。
しかし、自分が体験してきた東大・京大の研究室ではそういうのはなかったので安心してよい。

>>30　>>34
2年もあるのだから放置の中もがきながらそれなりの結果を出して修士を修了する学生が大部分。
ただし苦悩の中大半は１〜３か月研究室の全く来なくなるのもよくある光景だ。
（実際にバイオインフォの研究室の人に聞いてみればいい。）

あくまで「それなり」であるので>>12の全スレ959のように大した進展もない研究になる者も多い。
だが、バイオインフォの研究は自己責任のものであるので修士の成果として
“自分がどれくらい勉強したか”を示せればそれで十分。
これによって得られる論理的思考力や知識は半端ではない。

この辺りが研究室から与えられた研究をこなしている場合との違いよ。
つまり与えられた研究とは研究室の研究であって、自分の研究ではない。
与えられた研究にはほとんどの場合前任者から引き継いだテーマをこなし、
続きを後任者に任せるだけのもの。
そんなバケツリレーの中で何を得るというのか。

ちなみにバイオインフォの研究室の大半が放任主義なのは京大出身者が多いためかと俺は思う。

あぼーん

>>38
京大卒の先生の研究室は危ないと言うことですね。
研究室を選ぶときの参考になりました。

>>38さんは教える側かもしれないので質問です。
比較ゲノムに興味があるのですが、
単細胞の緑藻類（例えばクラミドモナス）と系統樹上進化したとおもわれる
多細胞の緑藻類（例えばボルボックス）のゲノムを比較した場合、
細胞の分化とか、単細胞が多細胞になる機構はどの程度明らかにできるものなのでしょうか？
植物の二次代謝物質が特定の細胞でしか作られないと授業で聞いたので、
植物の細胞の分化に興味があります。

またコケ植物と維管束のある植物を比較した場合、
維管束の主成分のセルロースの合成に関係する遺伝子群がわかるものなのでしょうか？

アレイとかのデータと比較するとか、ゲノム情報、cDNAのデータベース等の比較をバイオインフォ的には
どうやるのでしょうか？
気が向いたら教えてください。長文すいません。

自分でテーマを考えて実験している学生にありがちなのは、
他人（メンター・教員・先輩）からの助言を聞かずに
ひとりよがりでつっぱしること。
謙虚さと学ぶ態度がある人は、独立独歩で自分で本質を
考えつつ、いろいろな人から助言をもらって、どんどん伸びる
と思う。

そうでない場合は、結局、自分の楽なこと、楽しいこと、得意
なことばかりを反復するだけで、学問としても薄っぺらいし、
論理構成も穴だらけのしょうもない修士論文と、肥大した自我が
できあがるだけ、の気がする。特に二流以下の大学院の院生や
ロンダの子にその傾向がつおい気がする。

なるほど

人から助言を請うって大事だよなあ
それはよく思う

放任主義のラボのほうがいい、っていう学生の中には、
「他人からの批評や批判や助言を受けたくない」っていう
学生が、これまた相当数まじっている気がするね。
学生同士の会話を聞いていても
「おまえの研究テーマすげーな」
「いや、おまえのテーマのほうこそ面白いよ」
とか誉めあってて、キショいときがある。

まあ、「放任がいいか悪いか」じゃなくて、それを運用する人の問題なんだよな
あんまり放任を正当化するのも、逆に何が何でも放任がダメだというのも、どっちも
ちょっと違うんじゃないかという気がする

精神的なバランスの取れたボスや教員が居ればどっちだって構わないと思うが、
もしもボスが糞だったら、それだけで終わってる。

>>23
KOのインフォ系はかなりキツイ。というか完璧自己責任。自分から
動かなかったら放置もいいとこ。ただし、テーマ決めは自由だし、
論文書き、学会発表は妥当であればいくらでもやらせてもらえるし、
補助もある。自分からガシガシ学べる能力とコミュニケーション能力が
あって生き抜ければ、リターンはそれなりにあるとこだな。
ただし、屍も多い。

>>48
↓屍？
３５過ぎてポスドクや任期付き助教やってるやつ
http://science6.2ch.net/test/read.cgi/life/1251933827/

>>38
俺がこれまでいってきたことが伝わってない・・・。
俺は放任主義派なので京大出身の先生の研究室の方が好きなのだが。
それと君のような”教えてください君”が放任主義の世界に入るとやばいと繰り返し言っているつもりだったのが。

研究室を選ぶ際になんとなく「○○がおもしろそうだ。」と曖昧なことを考え、
「研究室に入ればやり方を教えてもらいながら成果が出せる」と妄想してしまうのは危険なのだ。
君は今のままの姿勢でバイオインフォの研究室に入ってもろくに何もできずに終わることだろう。
先生には何もしていない状況に文句を言われ、「○○の研究をしたい」と言っても
「じゃあ、すれば。何でしないの。」と突き放されることだろう。
最終的には>>12や>>13のようになってしまうと思われる。

どんな研究室の雰囲気を考えているのか知らないが、
実際は一人ひとり仕切られたスペースでパソコンのキーボードをたたく音しかしない研究室ばかりだ。
書き方から察するに植物の実験系の研究室に今いるようだが、
バイオインフォの世界は実験系のように和やかではないぞ。
やり方は教科書や論文を読みあさることで身につけるものだ。
プログラム未経験でも丁寧には教えてもらえない。

と言いつつ、冷たいのも何なのでちょっと自分の考え方を。
＞コケ植物と維管束のある植物を比較した場合、
＞維管束の主成分のセルロースの合成に関係する遺伝子群がわかるものなのでしょうか？
これはなんとかできそうな気がする。（傾向が分かる程度だが）
俺は植物専攻ではないので詳しくは知らないが、普通に比較ゲノム的にできそうと思われる。
過去の論文でどの程度分かっているか調べた方がいい。
もうやられているかもしれないので。

ちなみに俺は純粋な生物研究から文献・画像抽出の分野に移ってしまった。
ネットから大量に入手できる論文の図表から特定のオルガネラを示しているものだけを抽出する技術など。
実験生物出身だったが情報科学寄りの方が自分に合っている気がするので。

>>45
バイオインフォの世界でよくみられる光景だｗ
学会なんてまさに褒めあいの世界。

しかし、もし与えられた研究をこなしていた場合ポスター発表で学生の話を聞いても
台本を棒読みした感じのもので面白くない。
ちょっとその研究の背景や別方面の話を振ってみても「分からない」としか答えが返ってこない。
で、「誰に指導受けているのか」と聞くのと「△△先生」と答えられ、結局その先生を捕まえて聞く始末。
これがバイオインフォの学会だとポスター発表ですら学生は力がこもった説明を楽しそうにしてくれる。

きみは放任を擁護しすぎで気持ち悪い
放任＝悪とはいわないが、きみからはかなり自己弁護臭を感じる

> これがバイオインフォの学会だとポスター発表ですら学生は力がこもった説明を楽しそうにしてくれる。

なんか宗教っぽいなｗ

放任の良し悪しじゃなくて、それが自分の適性と合致するかどうかの話だな。

効いた！

56

57

バイオインフォ初学者ですが、いったい何をやればいいのやら

Understanding Bioinformaticsを読もう
Mountの本は糞

なるほど

Mount本は唯一邦訳ありのバイオインフォ専門書だから日本では高評価だけど、
後発の良書が多数ある米国ではワーストブックにカウントされていることも事実

勉強になりました。

63

マウントの英語意味わからん

>>64
そのまま「据え付ける」だぞ
むかしはHDでも本当にディスクドラムをHD本体（洗濯機そっくり）に据え付けて使ってた
その名残でmountって言うんだよ
正式にはsoftware mountじゃなかったか

そういう意味じゃないのではｗ
Mountの本の英語の質が悪い、という意味だと思ったのだが

なるほど

うっおれもmountの説明をしようとしてしまった。
あぶないあぶない

69

>>64-65
ワロタｗ

マウントの本は10位か

http://www.amazon.com/s/ref=nb_ss?url=search-alias%3Daps&field-keywords=Bioinformatics

>>65
知らんかったわ

私も知りませんでした

74

75

>>40
ここに張り付いている人たちは、

１．論文全体を理解せずに文献抽出で知識が身についたと錯覚している
２．情報系の資格も無い上にまともなコードも書けず、システム設計もできない
３．出来合いのソフトウェアを走らせることはだけはできるが、プログラムをきちん
と理解していないために出力結果を正しく解釈できない
４．学生の指導法を知らない、または指導できるだけのノウハウもないだけなのに放
任主義を自負している
５．周辺分野は何処も相手をしてくれないので、内輪の学会もどきでクネクネ

以上の要件を満たした香ばしいバイオパフォマティシャンだから、ここで碌な回答は
得られないだろう。
君の質問に明快に回答できるようなヒトは、 恐らく掲示板閲覧で時間を浪費するこ
とは許されていない。

そんだけ長文書くんなら答えてやれよｗ

たぶん>>76は>>40本人
自分も答えないくせに答えない住人を批判するのは、たいてい質問者本人

>>40
ほら、このように(苦笑)。
ちなみにバイオパフォマティシャンとは、バイオインフォマティクスから派生した、自己弁護と自己欺瞞、および保身のための他者の誹謗中傷に関する技術に特化した集団であり、京大(と東大)の某教授のグループを中心に発展した。
前述の4点の他の、彼らの際立った特徴としては、学術論文が皆無であることなので、見分けるには難しくないだろう。

だから答えてやれよｗ

そうですね

８２

このスレを見ている人はこんなスレも見ています。(ver 0.20)
【サビ残過労死】ビバホーム7【内部告発】 [家電等量販店]
理研が嫌いな人が集まるスレ [理系全般]

私は高卒のプログラマーです。
バイオインフォマティクスに興味を持ちました。
皆さん、どんな教科書を使ってバイオインフォマティクスの勉強をされていますか？
オススメの本があればご紹介願います。
よろしくお願いします。

>>84
あるけど、専門外の人はちんぷんかんぷんだで。
あと有望じゃないよ、この分野。
まだ若そう？だし、止めた方がいいよ。

そうかも

アドバイスどうもありがとうございます。
バイオインフォマティクスだけでは食っていくのが難しいのでしょうか？
他の分野もやりながら、並行してやってみます。

セルイラストレーターというソフトを知って、ゲームを作るよりも面白そうだと思いました。
ゲームは架空の世界の話でしかないけど、バイオインフォマティクスで作っているシミュレーターは本物の対象を題材にしてるから面白そう。

とりあえず「はじめてのバイオインフォマティクス」という本を買ってきました。

http://weblearningplaza.jst.go.jp/cgi-bin/user/top.pl?next=course_list&type=simple&field_code=34
↑ネットの無料講座も見つけたので、勉強してみます。

>>87
http://d.hatena.ne.jp/Hash/

このブログ、参考になるからも

>>88
この方、バイオインフォではなく、コンサルに就職したんじゃなかったっけ？

40

読んでおこうねシリーズ

1. マウント本
2. The CELL
3. Genome
4. 何でも良いのでプログラミング言語の入門書
5. 何でも良いのでデータ構造とアルゴリズムの本
6. An Introduction to Bioinformatics Algorithms

これくらいの知識がないとやっていけない事に気がついた

もっておこうねスキル

1. JAVA/C++
2. Perl/Python
3. R
4. コミュニケーション

93

いまだにＰｅｒｌか

95

>>94
情報畑の人はRubyの方が楽だって言うけど、どうやって学べばいいか分からん
この手の本（http://www.amazon.co.jp/dp/4627845014）のRuby版って洋書だったらあるのかな

Rubyなんかやるなら普通にJavaやっとけ

Javaでテキスト処理とかできるの？

ブレンド２杯もおかわりして、マックから帰ってきた。

>>98
テキスト処理ができない言語なんておれは知らないな。

>>96
rubyよりjavaの方が参考図書が充実してるから、プログラムの経験が少ないのだったら
javaからでいいと思うよ。
rubyもオブジェクト指向だから、javaでオブジェクト指向の考え方を身につけてから
rubyにトライしたらいい。

そもそも数行の書き捨てのスクリプトにOOなんか必要ない。
その程度の仕事は全部perlでやればよい。
その他はJavaでいい。
Rubyの必要な仕事などであったことが無い。
企業では未だにVBとかが席巻してるし。

ファッションだから

確かにアカデミアのファッション的なこだわりはウザイ
お勉強はいいから納期守ってさっさと実用になるコード書けってことだよ
言語がどうとかＯＯがどうとか言ってる奴ほど使えない

>>99

>>>98
>テキスト処理ができない言語なんておれは知らないな。

つＣ

>>102
おされなマックでおされな言語で難解な概念をうっとり夢想するのがバイオインフォです。
コーディングはＩＴドカタの仕事です。

>>104
釣りだろうけどそんなこと言ってるから就職できないんだよ。

まじで書いてたんだったら何らかのｺﾝﾌﾟを感じるねｗ

>>100,102
まあ、たしかに言語を過剰に意識するレベルを越えて、どの言語でも自分で調べながら
組めるようにならないと仕事にならないが、プログラムの経験が少ない人が
どの言語から始めるのか気にするのもわかるのでアドバイスした。

>>103
Ｃ 使ったことがないのか？
それ言いだすと複数の言語がテキスト処理できないって話になるよ。

テキスト処理に長けている、テキスト処理はできるけど苦手で分類したがいいかもね

その言語でテキスト処理がしたいか、したくないか、で分けるのもいいかもね
おれもＣでテキスト処理はしたくない

>>107
プログラミングビギナーが最初に気にするのは、その言語がどれだけ使えるか、じゃないか？
簡単な問題から難しい問題まで守備範囲が広く、広く普及していて廃れそうになく、しかも習得に時間がかからない。
まずはperl以外ないやろ。
それで仕事進めつつ、JavaとかC++とか問題に応じて手を伸ばしていけばいい。

メーカーならＶＢ最強

企業就職したければVB
アカデミアならperl
ってこと？

>>112
それは無いだろｗ
どっちもいろんな言語を使えたほうがいいことは間違いない。
JAVAは特にいいよ。
しかしRubyはアカデミアの一部と趣味以外では需要ないんじゃない？

Rubyはパフォーマンスに難がありますね

中途半端にオブジェクト指向使うんなら最初からJAVAに取り組んだほうがいいよ

もうバイオインフォマティクス疲れた

>>107
> Ｃ 使ったことがないのか？
> それ言いだすと複数の言語がテキスト処理できないって話になるよ。

Cのファイル処理は初心者にとっては特に面倒だろうよ。
よっぽどスピード重視しない限り、perlでOK.

rubyってオリジナリティー無いよね
まねっこのまねっこ

もともとＣは文字列扱いたくない言語だからなぁ

Ｃで文字列配列あつかうとメモリリークが・・

ほしゅ

>>120
> Ｃで文字列配列あつかうとメモリリークが・・

メモリ管理出来ないなら、C使わない方がよい。
ポインター使いこなせないならPerlにすべき。
Cはよっぽどスピードが欲しい時以外は、ファイル処理に使うべきじゃない。

ファイル処理ってなあに？ｗ

テキスト処理の間違いだろ
Ｃの仕様がテキスト処理に関してはあまりにクソだったのでawk等が作られた
そもそもプログラマにメモリ管理を強いる仕様がクソ

俺はメモリ管理ぐらい出来る、と言い張る奴に限ってメモリリークで死にまくりプログラムばかり作る
死ねといいたい

>>125
なのでJAVAが作られたんだよね？
馬鹿にこそＯＯ言語が必要？

GoogleのGoが成熟すればC/C++から解放されますね＞＜

Cを礼賛する連中はいろんな意味でアセンブリプログラマを見習うべき

もうそろそろお腹いっぱい。

>>128は一番痛いｗ

ﾈﾀにﾏｼﾞﾚｽかっこ悪いｗ

そうだね

基本情報技術者を表計算で受けようと思ったけど、javaにしとくぜ。

ネタが続いて、さっぱりバイオインフォマティクスの勉強になったぜ。

良かった

134

ちんぽっぽ

136

１３７

医師不足

そうですね

Introduction to Bioinformaticsの第三版、翻訳してくれないかしら？

製薬会社勤めです。Wetからバイオインフォマティクスの部署に異動になったので、勉強用に何かよい洋書を教えてください。
日本語ならMountの２版を持ってますが、最新の情報もおさえておきたいので。
IntroductionとかEssentialとか目次をみてみましたが、目新しくはなかったです。

>>141
横から質問だが、バイオインフォの仕事が増えてきたから
異動になったんですか？景気はどうかと。。

バイオインフォに左遷されたとかだったら悲しいよね。
営業とか管理職へのフラグとか。

悲しいですね

141です。
中堅なので今までちゃんとした部署ではなかったのです。
今回部署を新設するにあたって増員予定なので、もともと希望してた私に声がかかりました。
キャリア採用もしてるし、左遷とかでは決してないよ。

あんまり洋書は読んでないんだね。

最新の情報を得るのに本を読む人は（洋書だろうが和書だろうが）あまりいないからなあ
普通は論文を読む

そうですね

>>145
キャリア採用の情報をおしえて。

149

150

バイオインフォマティクスの本を読むんじゃなくて
systems biologyの本とか構造生化学の本とかintrinsic disorderの本とかを
読むのはどうでしょうかね

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　　　:: 　　i へ＿__ ヽゝ=-'"／　　　 _,,>　　　　　　　　 ヽ　　　　　　　　　　←大原 圭子　
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＞大原圭子
daresore

無職の女だろ

これか？

http://www.google.com/search?hl=ja&lr=lang_ja&ie=UTF-8&oe=UTF-8&q=%E5%A4%A7%E5%8E%9F%E5%9C%AD%E5%AD%90&num=50

156

コピペに反応して、
個人名の晒し上げイクナイ

ヒートホーク

>> 141
製薬でそういう部門ができたのなら
バイオインフォの本ではないがModern Applied Statistics with S とかどうですか。
そのうちデータのなんでもやさんになると思う。

そうですね

ＲＮＡにシフトしてんじゃねーぞ？

そうだね

http://2chcopipe.blog122.fc2.com/blog-entry-3177.html

曖昧すぎてよくわからない学問…。

癌患者の何に貢献できるんですか？？
創薬のどこの部分に貢献できるんですか？？

何もできません
諦めてください

残念ですね

そうですね

168

第三セクター「かずさアカデミアパーク」破綻…負債額57億6900万円 - 千葉
http://tsushima.2ch.net/test/read.cgi/newsplus/1264422415/l50

千葉県が３５．９％を出資し、ホテルやスポーツクラブなどを経営する
第三セクター「かずさアカデミアパーク」（木更津市、相原茂雄社長）が２５日、
千葉地裁に民事再生法の適用を申請し、経営破綻（はたん）した。負債額は５７億６９００万円。

県は８０年代前半、バイオ関連企業や研究施設を丘陵地約２７３ヘクタールに誘致する
構想を策定。成田空港周辺の開発、千葉市の幕張新都心開発と並ぶ３大プロジェクトの
一つとして、これまでに基盤整備費など約５００億円を投資した。ところが、
誘致が進まず、立地企業は計画段階も含め現時点で１５社。分譲・賃貸する企業用地
１４９ヘクタールのうち約４４％が手つかずとなっている。

三セクは９１年に設立されたが、立地企業からの協力金が十分集まらず、０５年に
債務超過となり、金融機関から借り入れできなくなった。以後、県は運営資金として
毎年３億〜５億円を貸し付けてきたが、存続は困難として１０年度の貸し付けを
しないことを決めた。貸付残高は１７億３９００万円。

*+*+ 毎日jp 2010/01/25[21:26:54] +*+*
http://mainichi.jp/select/jiken/news/20100126k0000m040073000c.html

>>169
これ、研究所はどうなるのかな。

浮いてえいっ先生涙目

研究学園都市とか産学連携とか云うなら、せめて木更津の市街の空き地に新設バイヲ系私大と合わせて建設すべきだろ
長浜バイヲ大みたいなのとキャンパスを隣接しなきゃ
歩いて呑み喰いにもイケナイ隔離施設なんて誰も逝きたくない。

いまのかずさアカデミアパークぢゃただの荒野の真ん中の基地外収容所だよw

ホテルオオクラにはギリギリ歩いていけたよ。
鉄板焼きとか中華とか

そうですか

かずさ難民大量発生ですか?!
場違いのK久件もポスター出すようだし、
こりゃあ、今年の植生は阿鼻叫喚の図絵に...

かずさDNA研究所には難民大量発生になるほどたくさんの研究者いるの？
民主党の仕分け作業で研究費の規模がどこも縮小しているからですか？？
その植物生理学会とやらののレポートをキボンヌ（古っ）。

どうでしょう

178

179

541 ：革命的名無しさん：2010/02/09(火) 18:58:44
新基地建設が建設されようとしている海は、絶滅が危惧されているジュゴンの生息する海です。
０８年１月２４日、アメリカ連邦地方裁判所において、沖縄ジュゴン米国ＮＨＰＡ（文化財保護法）
訴訟につき勝訴判決が下されました。 判決は、米国防総省が、普天間代替基地の建設にあた
りジュゴンに対する配慮を行っていないこと、従って、現状においては、米国文化財保護法違
反であると、明確に判断したものです。
また、この判決は、被告等に対し、９０日以内に、ジュゴンに対する配慮を行っていく前提として、
所定の情報を書面で裁判所に提出するよう求めており、裁判所は、今後も、国防総省らがジュ
ゴンに対する配慮を適切に行っていくのかどうかを見守ることになります。
裁判を中心的に担ってきた、籠橋弁護士に判決の意義と経緯、これからの動きなどをお話し
ていただきます。

181

182

183

学生 研究 処理 バイオインフォ 言語 ゲノム 放任

放任 論文 言語 処理 クローン 修士 バイオインフォ

外注すればOK!

そうですね

学生 放任 クローン バイオインフォ 研究 ゲノム 修士

189

メチル化アレイをやってますか？

やっていません

ブランズ文京東大前反対は真性ですか？

そうです

仮性だと手術に保険が摘要されないけど、
真性だと保険が使えるらしいよ。

なるほど

仮性包茎は厚生省が健康保険の適用を認める「治療が必要な病気や症状ではない」ということです。
真性包茎で、とくに包皮の出口が非常に狭く排尿に支障をきたす場合は、乳幼児でも手術が必要です

なるほど

198

| 誹謗中傷禁止
| 荒らしはスルーで
|　 さあ語れ〜 　　　 　　　　　　　　 ,
＼　　　　　　　　　　　　 　 　 　 　 　 　 ,／ヽ
　 ￣∨￣￣￣￣￣￣￣ 　 　 　 　 ,／　　　ヽ
　　 ∧＿∧　 　 　 　 　 ∧∧　　,／ 　 　 　 　 ヽ
　　（　´∀｀） 　 　 　 　 (ﾟДﾟ,,),／　　　 　 　 　 　 ヽ
　　（　　　　）　　　　　　(|　　つ@　　 　 　 　 　 　 　 ヽ
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　　（_＿）＿）　|――|. 　∪∪　　　　 　 　 　 　 　 　 　 　 ヽ
　　￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣|　　　　　　　　　　 　 　 　 ヽ
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つれますか？

Macbookproが新しくなったので、購入を検討しています。
Macbookproでバイオインフォマティクスを勉強したいのですが可能でしょうか？
13インチと15インチのどちらがよいでしょうか？
Macで基本的なバイオインフォのやり方を教えてください。
よろしくお願いします。

>>200
君が「釣れる」、と思う理由を、カーネル法でクラスタリングし、その結果をパスウェイにマッピングしたものをデータベースとして公開したことを、(国内で開催されるときの)GIWで報告せよ。

意味不明なんですが、
わかりやすく教えてください。

>>202
パスウェイとは、分野一般には代謝経路図のことだが、和製バイオインフォ業界ではKEGG/PATHWAYのことだ。
その他キーワードはググるべし。
それ以外は仕様書読むべし(そんなものあるかは知らないが)。
そこから得られるもの以上を先輩方に期待してはいけない。彼らの情報源もそこだから。
和製バイオインフォは学生の放任・放置が基本です。

理由をカーネル法でクラスタリングから解説お願いします。
言語の様な理由をクラスタリングするにはどのような方法があるのですか？
論文とかからテキストマイニングするみたいな方法があるのですか？
概念からわかりません。

理由を箇条書きでいくつもあげて、似てるもの同士を仲間にする。
パスウェイにマッピングとありますが、釣れる理由の既知のマップがあるのでしょうか？

>>204
>l 1-4
…そこは君の着想の独自性をアピールするところだろう？君の頭は伊達帽子の台の役割だけか？
まず、個々の理由に関連がある要素を考え、項目ごとに点数化する。これはアンケート調査手法と同様だ。
カーネル法だが、基礎線形代数の初めに、群のKernelとImageって習ったろ？零元の逆射像。それを生成する関数によって、要素の次元を落とすんだ。
これは、多次元データをクラスタリングするときの球面集中現象の軽減のためだが、
それ以上の理論的事項は和製バイオインフォでは必要ないし、助教クラスの指導者も知らないから安心しろ。
プレゼンのときにはこの辺の事情や使ったプログラムのパラメーター・仕様、コンピューターのスペックを、さも知った風に時間一杯長々と話すのがコツだ。
肝腎の結果はちょっとでいい。なぜならみんなそういうプレゼンだから。
パスウェイは前に言ったように生体分子のマップだから、さっきの理由を無理矢理神経関連物質か何かに関連づけてパスウェイマップにマップする。
ここは論理が飛躍していてもよろしい。生物の専門家はいないので、この点でつっこまれることはない。
パスウェイは大もと（マスター）となるデータベースなので、このマップ操作をバイオマスターベーションという。
すると、何か生物的な知見が分かったような気になって気持ちいいから不思議だ。
後はさっき言ったやりかたで発表でお茶を濁せば、君も一人前の和製バイオインフォマティシャンとしてJSBi系の集会でくねくねできる。
BIO-CERTとか取って、利権拡大に寄与してくれるとさらに麗しい。
ただし、間違ってもムラから出て、情報系とか生物・医学系の専門学会で発表しようとするなよ?
死ぬほど恥ずかしいから。

なるほど

PCとか苦手な友達が生命情報（バイオインフォマティクス）行きたいって言ってんだけど、この学問は遺伝子好きなだけでなんとかなるの？
本人は治そうって気がないっぽいんだけど

やってりゃ慣れるけど、すぐ飽きるよ

>>207
生物系はそんなんばっか。
D2あたりでドロップアウトするのがわんさか。
ほっとけばいいよ。

そうだね

キーワード【 放任 学生 クローン 生物 論文 言語 バイオインフォ 】

212

213

214

215

たしかに生物屋が来ても最初だけ真新しさに感動するだけで
すぐに飽きるなぁ。
生物屋は数学が分からないから、実験やってた頃の遺伝子・タンパク質の
データ集めてきて統計学の教科書にある数式にっその数式の意味すら分からずに
値を代入して、何か結果が出たと言っているだけ。
そんなの数カ月で飽きるよ。
数学が越えられない壁として立ちはだかってしまう。

そうですね

KEGG/PATHWAYを使えば、代謝ネットワークがスケールフリーである図を作ることができるんでしょうか？
あのデータベースをみても代謝のマップの絵はだせても、どうしても、
ネットワークのcytoscapeでネットワーク図を書けるようなテキストデータを落とすことができません。。そういうもんなんでしょうか？
分野が結構はなれているものでよくわからなくて。申し訳ないです。

ネットワークのcytoscape→ネットワーク可視化ソフトのcytoscape

>>218
KEGG APIを使ってPerlなんかでデータを取ってくるのです。

KEGG API日本語マニュアル
ttp://www.genome.jp/kegg/soap/doc/keggapi_manual_ja.html

なるほど

　「合格通知が来たけど．．．えっ？不合格？．．．これはまた、ずい
ぶんとレベルの高い試験だったのね。試験問題は、国語と数学に
関してはむしろ、期待していたよりはずっと簡単だと思ったけど．．．」

　執事は薄笑いを浮かべながら答える。
「お嬢様もほんとうに騙されましたな。実はあの講座は、ＭＨＫの俳優
としてこの国に滞在している在日外国人たちの資金稼ぎの場として
利用されておりまして、お嬢様のように俳優をやっていない人は、まず
受け容れてもらえないとあらかじめ相場が決まっていたのですよ。」

　「まあ、そうなの？だけど、この国の税金を投入して行っている
講座なのに、真面目にＳＥやプログラマーになる気もないくせに
「名前だけ」受講するというわけなの？それってほとんど詐欺だわね。
信じられないわ。」

　「まあ、テレビ業界で俳優をやっている連中が、全国的に支援金
詐欺をはたらいている、ということですよ。

　実は、お嬢様とご一緒に受験なさったおかたがたは、共通一次
世代の人々の脳のコピーを移植されてそれなりに神妙に振舞って
はいたものの、実は全員、日本語の読み書きすら満足に出来ない、
戸籍も持たないしがない外国人サイボーグ俳優か、もしくは日本語
の読み書きは出来るものの数学の基礎知識すらない古代日本人
サイボーグで、戸籍を持つ日本人になりすまして、俳優業のための
資金稼ぎをしている、というわけです。

223

224

225

オープンソースで学ぶバイオインフォマティクスのサポートサイト
http://itoshi.tv/d/images/20080325_1.png
campus gif
http://www19.atpages.jp/imagelinkget/get.php?t=v&u=www.kanazawa-u.ac.jp/j/info/access/100YenBus/campus.gif
040117semi jpg
http://hitech-d.iwate-med.ac.jp/hi-tech/log/040117semi.jpg
1080003 jpg
http://www.my-pharm.ac.jp/~satoj/1080003.jpg
bioinfo cover jpg
http://www.yodosha.co.jp/bioventure/bioinfo/bioinfo_cover.jpg

書き込めるのだろうか

>>226
なんで角間キャンパス……つか、これは現在の地図か。

229

230

231

　こうなったら、名前だけの資格が求められる世界より、純粋に出来
るか出来ないかが問題とされる世界に行ったほうがいいわね。プロ
グラミングも、きちんとＯＳ上で問題なく動作するプログラムが作れるか
否かが問題なわけだし、むしろ数学の問題を解くように、理路整然と
した、正しいか間違っているかの二つの選択肢しか存在しない二元論
的な世界だから好きなのよ。

博士必須

そうだね

235

キーワード【 東急不動産 バイオインフォ 生物 言語 修士 放任 ゲノム 】

キーワード【 裁判 東急 閉館 東急不動産 リバブル 欠陥 計画 】

　「そ！つまるところこれがあたしたちの父親のポリシーなの。まあ
そうね、本松イズムとでも呼んで頂戴！

　だからこそあたしたちにとっては、エリザベスみたいな、この考え方を
真っ向から否定する合理主義者たちが邪魔なのよね。だから、あの手
この手で陥れては潰そう潰そうとしてるってわけ！！」


　その様子を見ていた執事は呆れたようにつぶやく。
「やれやれ、あの本松の娘たちですが．．．相変わらず物凄い考え方
ですな．．．理由はどうあれ、社会にとってはいい迷惑以外の何物でも
ありませんが。

　まあしかし、そんな馬鹿馬鹿しい理由で、エリザベスお嬢様をろくに
勉強もしていない怠惰な女どもと取り替えよう、なんて本気で言い出す
人もいるくらいですから、同じ論理をあてはめるならば、こんな恐ろしい
世の中になる日もそう遠くはないかもしれませんな。」

239

言語を学ぶならJavaとperlでおｋ？

　特に高校時代は辛かったわ。一学年２３０人中女子は３０人しか
いないという特殊な環境で、まるで男みたいに勉強していたの。毎日の
ように先生方が、君たちは市内でも選りすぐりの精鋭たちで、有名大学
に進学して国家のために頑張ってくれるものと皆期待している、是非
精進してくれたまえ、みたいな態度をとるの。少しでも気を抜けば成績が
がた落ちするわ。高校なんて、青春を楽しむべき場所だと思っている人
は少なくないようだけど、私にとっては、「楽しむ」どころじゃなかったわね。

　それと引き換え、大学はちょっと変だったけど．．．思えば不可思議な
出来事ばかり起きたし、どう考えても、実験動物にでもされていたと
しか思えないようなところもあったわ。

242

243

まあ分かってると思うが放任はでたらめ。
普通はテーマはもらえる。
そうじゃないとラボの業績が上がらないからな。

>>240
RubyとPHPとSQLもやっておけ。
データベース作る時に役立つ。
作れるような業績が出せればだが。

そうですね

247

http://www.jsbi.org/index.php?cID=352

>>248の採用だと
PerlとPHPとPostgreSQLの経験が必要みたいですね。

そうですね

251

みんなruby使ってる？

使っています

age

この分野の方達は情報処理関係の資格とか持ってますか？
今の分野に未来がないので転向したいんだけど・・
ちなみに僕は基本情報処理とSJC-Pを持ってます。

今の分野ってどこよ？
この分野で資格持ってるなんて聞いたことない。
派遣でサーバーの保守に来るSEくらいだろう。
しかも社内での資格。

そうですね

>>256
構造解析です

なるほど

>>248
PostgreSQLオンリーってのが意味分からん
SQLなら何でもいいと思うし、
わざわざセキュリティ気にするなら普通オラクルじゃないの？
というかPHPの段階でセキュリティも何も無いけど・・

オープンソースでメジャーだからという理由だけだと思うよ
MySQLはオラクルに買収されたから
他に選択肢がないのでは？
firebird使っている人いるの？

近頃NOSQLという単語をよく目にするのだけど、
バイオインフォにも使えそうですか？

どうでしょう

>>248
噂ではツワモノが揃ってるらしい
興味アリ、情報求む

264

| 262「どうでしょう」
＼＿
　　　∨￣￣￣￣￣￣￣￣￣
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　　　!;;::iii|　　 　　　　　　　　　!;;;;::iii|/ﾞ
　　　!::::∧＿∧　　/▼⌒⌒▼、;;;iii|〃／￣￣￣￣￣￣￣
　　　!/　ノハλ）　′ν/ハ)ヽ｜;;ii|＜ 264「しらねーよカス」
　　　!8 ﾉ ・∀・ﾉj　|ﾉ ﾉ ｀∀´ハ;;;;;;;i|　|　
　　　（)O~~∀~）　ﾉ从O~~|:|~)つ;;;;;;i|　＼
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266