構造生物学どうよ part3

構造生物学に関してマターリ語り合いましょう。

過去スレ
構造生物学どうよ part2 http://science6.2ch.net/test/read.cgi/life/1160496782/
構造生物学どうよ http://science4.2ch.net/test/read.cgi/life/1065960303/

２ゲット

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忙しかったせいで前スレの最後を見落とした！
誰か解説まとめプリーズ

前スレでの結論は・バブルが終わって構造土方は未来がないという結論だったＹＯ

>>4

膜蛋白みたいな難しいのやりたいけど、金がなくてできない。
それ以前に、膜蛋白やらないと金が取れない。
結局、ほとんどのラボは金が取れない。
既に業績上げてきた金持ち研究室がますます一人勝ちの体制に入る。
やっぱり、構造土方には未来はないのか。

>>6
もともと、構造「土方」に未来はなかったと思うがｗ

しかし、他の分野に比べても、特定の人に業績が
集中しがちだね。お金の配分とかビームタイムの
配分とかの関係で。

業績出る出ないって何の差なの？
ほんとにお金とビームタイムの差なの？

教えて、業績すごく出してきた、偉い先生！

だめな奴はなにをやってもうまくいかないようにできてるんだお

ビームタイムなんざどーにでもなるぞ
ちょっとだけ知恵がいるがな

金がすべて
金があれば膜タンパクにも手を出してやらんことはない
なぁに超遠心してフレンチプレスしてヒスタグ精製するだけだろ？簡単だ

逆だろ
金のために膜をやるんだ
数年後ひどい目に遭うかも試練がな

>>11
フレンチプレスして超遠心して・・、の間違いだろ。w

昔、I田研の人のプレゼン見て思ったんだけど、膜タンパクっていっても、やってることは水溶性のタンパクとあまりかわらんのだな。
金さえあれば、以外とやってみたらできるものなのかもしれない。w

>>11 >>13
超遠心はたいていどこか近くに落ちてるし、
フレンチプレスはそれが必要なホスト（酵母)で作って
膜タンパク質が解かれた例はないような気がするし、
あまり可溶性タンパク質と費用が変わらないような気もする。

結晶化自身は今のところ確率の問題だけで、
お金があれば画期的な方法があるわけでもないし。

界面活性剤が高いんじゃね？

>>13
水溶性蛋白とあまり変わらんことしてたから、GPCRは海外のグループに先越されたんだろ。
GPCRのpaperは凄かったな、前スレでも話題になったが。
ああいうめんどくさいことすると、こまごまと金かかりそうだな。

漫然とキットでスクリーニングやってても膜タンパクのいい結晶を得るのは難しいよ。

>>15
どんな膜タンパク質にも使えそうな基礎的な技術の開発と、
普通に酵母で発現させて解こうとする方向に分かれちゃって、
間のやり方のチームに解かれちゃったね。

でもうまくいけば一気にGPCRの構造がいくつか解けるかも？

>>16
膜タンパク質のいい結晶の作り方を教えて下さい。

>>17
世界の豊死魔に教えてもらえ

>>17
膜タンパクの声を聞くのですｗ

・・・I先生のところは一般化された誰にでもできる方法論をまとめているかもしれないですけどね。

>>17
死ぬほど働けばいい
それで結晶化しなくて無職になっても、どうせ死ぬんだから問題はない

>>17
GPCRに関しては、永年の知識の蓄積を的確に利用したグループが解いたんだよ。
GPCRに興味があってよく知ってる人間が、合理的な事をちゃんとやったから解けた。
今後も、同じグループが幾つも解くんじゃないの？　
I先生もGPCRの専門家を使えばよかったのにね。

やっぱり難しいタンパクは、それをよく理解した人間しか解けない。

>>18
気をつけないと、逮捕されるよ。ww

これからはポンプの時代だ

やべ〜、ポンプとトランスポータの違いがわからん。w

リボソームみたいな巨大超分子メカみたいなのの方が面白くない？
もう残ってないのかな？？？

>>21
どの辺に「GPCRの専門家」の「長年の知識の蓄積」が必要だったの？
教えて下さい。

GPCRの素人には手当たり次第にリゾチームを放り込んだようにしか
見えないのです。

リゾチームのかわりに好熱菌のタンパクをぶちこんでもいいんじゃね？

膜タンパクに手出せてない研究室って総じて貧乏だよな
やっぱ膜はやらなきゃ損ｗ
膜と有名疾患書けば、審査甘くなる不思議？！

>>25 ぷっw。

>>28
お、GPCRの専門家が降臨！
解説よろしく。

Raymond = 神
>>26 = 猿

この差にワロタwwww

NMRでも覚えて研究者としての幅を出そうかなと思うんだが、どう？

十年前ならいざ知らず・・・

>>25

東島博士、ギルマン、テキサス大医学部、酉本イクヲ、GAPドメイン

この辺、勉強し直してこい！

>>33
何か古くない？その辺の知識が結晶化に役立ったの？

>>33
いかにも万年ポス毒やってますって古い知識だな

膜蛋白とかリゾチームとかの難しいテーマやると、ポスドクや学生の死体をたくさん生み出す事になるみたいだけど、偉い先生たちはどういう心もちでいて、どう対処してるんだろ。？
結果が出なくても、うちのラボに来た君たちの責任だ！　と言う楽観主義でいつもいるの？

↑
リゾチームじゃなくて、リボソームの間違いだったお！

学生の自主性で成り立ってます
少なくともうちのラボは
討ち死に覚悟でも、難しいテーマやってたほうが自分のためになるって発想らしい

920 ：名刺は切らしておりまして：2009/07/02(木) 22:09:07 ID:PTy/eHeF
>>914
自己愛ってモテてると勘違いしてる割には本当にモテてる人間を嫉妬して認めたがらないよね

俺の知り合いの自己愛はいい大人なのに女性から話しかけられただけで「俺に気があるんじゃないか」とか
嬉しそうに自慢してくる。お前中学生かよ・・・どんなに女性経験ないんだよ・・・

その割りに格好よくて性格もいいやつに「あんなやつたいしたことない」やらなんやら嫉妬丸出しの陰口を叩いてるし・・・
お前はどうあがいてもしつとはそいつとは天と地の差だよ

http://anchorage.2ch.net/test/read.cgi/utu/1240450685/
920 ：名刺は切らしておりまして：2009/07/02(木) 22:09:07 ID:PTy/eHeF
>>914
自己愛ってモテてると勘違いしてる割には本当にモテてる人間を嫉妬して認めたがらないよね

俺の知り合いの自己愛はいい大人なのに女性から話しかけられただけで「俺に気があるんじゃないか」とか
嬉しそうに自慢してくる。お前中学生かよ・・・どんなに女性経験ないんだよ・・・

その割りに格好よくて性格もいいやつに「あんなやつたいしたことない」やらなんやら嫉妬丸出しの陰口を叩いてるし・・・
お前はどうあがいてもしつとはそいつとは天と地の差だよ

921 ：名刺は切らしておりまして：2009/07/02(木) 22:18:26 ID:PTy/eHeF
俺のところの自己愛は恥ずかしげもなく自分は天然とか
言ってるけど他に同じ様な自己愛知ってる人いる？


http://anchorage.2ch.net/test/read.cgi/utu/1240373138/
783 ：名刺は切らしておりまして：2009/07/02(木) 22:15:00 ID:PTy/eHeF
>>781
自己愛は外面がいいからね^^;本性を知ってる人間からしたら気持ち悪い以外の何物でもない
>>782
俺のとこの自己愛もそう。「戦争は弱い物を傷つけるからいけない。」「自分は天然だ。」
とか。は？って思うね

>>38
んで、いつまでたっても培養、精製、結晶化スクリーニングまでしか経験できないわけですね。わかります。

自己愛性人格障害って。wwwww

>>38
マスターの学生ならそうかもしれないけど、ドクターの学生だと
そういうことばかりも言っていられなくない？

もっとも教授次第だな。

本当に実績があって膜タンパク質をやってて、ラボの論文に
ポスドクや学生の名前を入れる配慮のある先生もいれば、
実績もないのにハッタリで膜タンパク質で金を取って学生を
平気で討ち死にさせる人も。

>>43
>実績もないのにハッタリで膜タンパク質で金を取って学生を
>平気で討ち死にさせる人も。

kwsk

言えるかよｗ

>本当に実績があって膜タンパク質をやってて、ラボの論文に
>ポスドクや学生の名前を入れる配慮のある先生

こっちをkwsk

そんなにいい先生がいるのか。

岩○さんとか豊○さんだろ

マジですか？

>>48

てきとうなことゆーなよ　w

>>46
>>48が当たり。前者のこと。

>>51 本人乙

本人だったらかなりびっくり
イメージ狂いすぎ

このスレには有名な先生も居るよ〜。

俺のことですね！！！１！！！１１１！！！

>>52
本人なわけないだろ。

でもうちのボスはにちゃんねらーｗ

>>43

ポスドクや学生の名前を入れるのは当然の事だよな、そもそも。
貢献度を正しく評価してんのかが大事だな。www

当然だけど、やらない人多し。
助手に対してもやるボスだと、
後々たたるｗ

逆に、こいつなにしたよ？ってやつまで名前入れて訳判らなくするやつもたまにいる

バクテリアの膜タンパク質って「立ち位置」が微妙だよね

・・・まあ膜たんぱく質いくつも解いたら言える台詞かな

微妙でもなんでもいいから俺も解いてみたいよ。。。

バクテリア解いても意味無いからマンマルに手出そうぜ

バクテリアの膜タンパクやってるラボが日本にどれだけあんのよ

ターゲットタンパクにもあったような・・・

膜蛋白やってるラボってどこ？
くわしいヒト、ぜんぶ晒してちょんまげ。

つ www.google.co.jp

うちは膜タンパク質をやっているらしいけど，極秘プロジェクトになっているので
その真相は研究室内でも伏せられている。

>>68
自分のラボでやっているプロジェクトについてラボの構成員が「〜らしいけど、」
ってどんなラボだよ。そんなやり方じゃその構造は他のラボに先に解かれて
おしまいだろうな。

ﾊﾞｸﾃﾘｱの膜なんざどこでもやってるだろ
むしろﾏﾝﾏﾙの膜に手を出してるﾗﾎﾞが日本にどれだけあるんだ？

>>68-69
どうせ解けないから知られたくないだけじゃない？ｗ

冗談はともかくラボの研究なんて全部は知らんから、
「〜らしいけど、」でも変じゃないと思う。

本当にボスが極秘とか言ってるんだとしたら、大した
研究者じゃないのかも、偉そぶってるだけで。
I田先生なんてヒヤヒヤするくらい全部しゃべっちゃう。

>>70
いくらでもあるんじゃない。解けないから表に出ない
だけで。うちでもやってる。

>>21
I田さん、ちゃんとGPCRの生化学の専門家抱えてるよ。

>>66
ちょっと思いついただけでも１２個のラボでやってるぞ。

膜蛋白じゃない蛋白質にも注目してくれ…

可溶性は優先順位低い

そんな了見の狭いこと言わないでさー

低レベルな話だな

それもこれもXFELが出来るまでの話やな

kwsk

○迫達の言ってるとおりになったら、結晶屋はお払い箱やね

XFELは上手く行けば、ノーベル賞級の仕事ができる分野だね。
結晶ではかなり難しい。

kwsk

今計画中のXFELって波長はなんぼよ？

一発で分子がバラバラにはじけ散ることはないのか？

一発でバラバラになる。
その一瞬前に出てくる散乱データをとるらしい。

で、波長は？

Ｘ線結晶構造解析に匹敵する分解能が出る波長なのかな？

ggrks

最短波長0.06nmとか出てるぞ

>>78,81



　　　　　　　　,．-─ ─-､─-､
　　　　　　, イ)ィ　-─ ──- ､ﾐヽ
　　　 　 ノ ／,．-‐'"´ ｀ヾj ii /　 Λ
　　　 ,ｲ／／ ^ヽj(二ﾌ'"´￣｀ヾ､ﾉｲ{
　　 ノ/,／ミ三ﾆｦ´　　　　　　　 ﾞ､ﾉi!
　　{V /ミ三二,ｲ　, -─　 　 　 　 Yｿ
　　ﾚ'/三二彡ｲ　 .:ィこﾗ 　 ;:こﾗ 　j{
　　V;;;::. ;ｦヾ!V　　　 ｰ '′　i ｰ '　ｿ
　　 Vﾆﾐ( 入　､　　 　 　r　　j　　,′
　　　ヾﾐ､｀ゝ　　｀ ｰ--‐'ゞﾆ<‐-イ
　　　　　ヽ　ヽ　　　　 -''ﾆﾆ‐　 /
　 　 　 　 |　　｀､　　　　 ⌒　 ,/
　　　 　 　|　　　 ＞ ---- r‐'´
　　　　　　ヽ＿ 　 　 　 　 |
　　　　　　　　　ヽ ＿ ＿ 」

　　　　　ググレカス [ gugurecus ]
　　　（西暦一世紀前半〜没年不明）





http://www.riken.jp/XFEL/jpn/

0.6オングストロームか。今までのＸ線とほぼ同じだね。

ところで1分子でも測れるとよく言うけど、逆にどうやって
一分子にするの？

つhttp://www.riken.jp/XFEL/jpn/workshop/20091127/index.html

結晶だと膨大な数の分子からの反射を回折点として高精度測定できるけど、
単分子の解析ではコヒーレントなＸ線であっても結晶解析用のＸ線ビームより
数ケタ強い程度では足りないんじゃないかな。




関係ないけど弾道ミサイル防衛用の自由電子レーザーも開発してほしいな。

XFELは上手く行けば、ノーベル賞級の仕事ができる分野

つまり普通のひとが何人束になってもうまくいかない分野

ものすごくエネルギーを絞って、長時間かけてデータを蓄積して統計処理すれば
なんとかなるんじゃないかな

うちのラボの人はノーベル賞なんて夢のまた夢だろうなｗ
万年ポスドクが溢るるビッグラボｗ

↑お前は大丈夫なのか？構造土方の一人じゃないのか？

ポスト決まった

構造土方とピペット土方とマウスケージ土方、どれがましか？

ところで「一将功成って万骨枯る」ってどういう意味かだれかおしえてけろ。

>>94

　　　　　　　　,．-─ ─-､─-､
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　　 Vﾆﾐ( 入　､　　 　 　r　　j　　,′
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　　　　　ググレカス [ gugurecus ]
　　　（西暦一世紀前半〜没年不明）

だそうです。

意味は分かってて、どれもボスが得するだけで
ダメじゃんと言ってるんだと思うが。

具体的なセンセイの名前、挙げて欲しいんだろ。wwww
だれか、イニシャル晒したれよ。ww

枕営業しないといけないピペット慰安婦よりまし。

↑

現代語でおk

構造生物学が死語になりつつある感を否めない。

構造解いたから何ってかんじだよな
花形だった時代はとっくに終わったな

ピペド工作員乙

>>101
クローニングしたから何？発現系作ったから何？構造解いたから何？
と時代が進んで行ってるだけでは。

でも構造生物学って「花形だった時代」ってあったっけ？妙にお金が
集中したから「花形」のボスは何人か生まれた気はするがｗ

汎用化されていっていいことだと思うよ。
文句ばっかり言って自分で構造解析できない分子生物学屋は無能、という時代になったのさ。

そういうことか？

みんなレベル低い話しかしないのな
どうせCNSもさっぱりなんだろうな

膜はハマるよ〜。

膜にハメたことない。。

野心のある研究者/学生はやはり単分子構造解析に挑戦すればいいかな。一番乗りすればノーベル賞取れるよな。
しかし実現可能性はどんなもんなんだろ。とにかく日本の科学にはこんなテーマに悠長に取り組める懐の深さがほしいね。

単分子解析は生物板の人じゃ野心ではどうにもならないような気が。

このスレの人的にはあのレーザーを極小結晶に使いたいところだが
いつもながらの独りよがりな研究が進むんだろうな。

SPring-8は普通のビームラインの使い勝手の悪さも何とかして欲しい。
スタッフは「悠長」に利用者のためにならない改造をして遊んでるだけに
しか見えないんだが。たまに飛ばされる人もいるから任期はあるのか？

>>110
Any suggestion?

>>110
　自分のほうがうまくやれると思ってるなら自分でやったら？
　ときどき公募出てるよ

　すくなくとも、スタッフに文句のひとつも言ったんだよな？
　「こうしたら良くなるよ」なんて具体的な提案までしてやったらきっと喜んでくれると思うよ

　もしかしたら、ポジション譲ってくれるかもよ？

ないないｗ

>>112
自分の方がうまく出来るなんて思ってないんじゃない？

構造生物学者崩れじゃ無理だよ。
工学部系のきちんとした技術のある人にやって欲しい。

構造生物学者崩れがやるなら、
実際に（構造生物学者としての）自分が使いたかったようなものを作るとか、
ユーザーにきちんと助言するとか
斜に構えた態度ばかり取らず頑張ってほしい。

自分がユーザーとして使いたいような、あるいは、自分が現在のビームラインで問題だと思うところを改良してはいるんじゃないか？
>>110はその問題意識が一般ユーザーの感覚とずれてるということが言いたいのでは？
そういう意味では、きちんとスタッフに進言するのはお互いに良いのでは？
俺は言いまくってるぜ。時々意見が反映されててうれしい

使いやすいと思うけど？バカでもMAD測れるし
で、何も考えずに1回転分のデータ取ってSnBに流して決まらないと
あのビームラインは使えない、と騒ぐ

>>115
最近は減ったけどユーザーの意見なんて聞かない人多かったよ。

>>116
そんなにＳｎＢって使われてるの？

>SPring-8は普通のビームラインの使い勝手の悪さも何とかして欲しい

で、その使い勝手の悪かったビームラインてのは何番のビームラインなんだ？

ていうか、今あそこ全部で何本の蛋白質構造解析用ビームラインあるんだｗ？


ＳＰｒｉｎｇ−８しか使ったことないんだけど、ＰＦて使い勝手イイの？

ちょー気持ちいいYO

二本と言うか六本というか・・・
もっとあるとも言えるかな
「使い勝手」はどこも一緒だと思うがな
ジャジャ馬がいたりもするけど

>>118
PFも悪くないけど、ESRFとか世界標準と比べろよｗ

PFより悪ければ比べるまでもないんでねーのｗ

世界標準どうこう言うならアメリカ様を１番にあげるべきだろ

アメリカは色々ありすぎてどれが標準か分からん。

せっかく久しぶりに盛り上がってたのに国外施設の名前が出たとたにスレ止まったなｗ

で、恥ずかしながら俺は国外施設は使ったことないけど、そんなにいいのか？
スプリングエイトやＰＦと比べてどんなとこが良かった？

>>125

ビームラインで飲食できるところが良いです。

>>126
それ、どこだよ？

そんなことより使いやすさの問題じゃない？

ディテクターの選定や、サンプルのオートチェンジャー、光学系の設計などが
SPring-8は独りよがりな感じがする。

昔のPFはディテクターに関してはもっとすごかったけど。S先生ってどうしてる？

ドラム式銀河はまだあるの？

どうなんだろ。ビームラインは他の用途に取られたみたいだけど。

この業界は意外に狭いからピンポイントだと話をしにくくて、時々
話が止まっちゃうねｗ

強くて細いビームで、でかくて速いディテクター用意して、安定で速くて簡単なサンプルチェンジャーを装備すればいいんだろ。
それだけの話じゃねーか。なんでできないの？

>>130
SPring-8はそれができてないから、ここで文句を言ってる人がいるんだろｗ

>>130
播磨だから。
いくのをめんどくさがって、大阪から遠隔操作で、とか言い出すから、めんどくさいことになる
わけよ。相生にのぞみがとまるようになれば無問題？

SPring-8の遠隔操作ってもう一応実現はしてるの？
SPring-8はあの両側ネジになっているピンじゃないとだめなのかな？

ESRFで一度リモートコントロールやったことあるけど、日本はどんなん感じなんだろう。
ESRFは遠いからこれができると楽だけど、たまにサンプルチェンジャーの中で結晶を紛失する（詰まる）ので、できれば現地にいたい感じだった。
結局まだみんな現地に出向いて実験してるみたい。

>>132
大阪からなら車で一時間ちょっとじゃん。

あのわけ分からないサンプルブロックに
結晶を入れる時間があったら行くよｗ

>>133
ESRFのチェンジャーは確かに詰まるがｗ、Hamptonの
CrystalCap HTが使えるから便利。あれならどこでも
手動でも測定できるし取り合えずあれに詰めとけばいい。

しかし飛行機がうるさくなったからサンプルを持っていくのが
大変だな。電車を乗り継いでイギリスからでも一日がかりだ。

ところで日本からESRFってどうやってサンプルを持っていくの？
飛行機会社の許可を取る？

>>126
ESRFだろ。連中は計測中にワインだって飲んでるって話だ。飲食はともかく化粧禁止ってなんなんだろうね。

>>128
あはは。あったな銀河。ディテクター界の戦艦大和だ。

>>136
ESRFのビームラインは飲食可だっけ？
食堂はワインやビールもあるし、ESRFのお金で行ってれば無料だけどｗ

銀河は見たことあるが使ったことない。あまり使いたいとも思わないけど。
私はS先生にR-axisの使い方を習った罰当たりな人間じゃｗ

そういえば蛋白研のビームラインにはディテクター界の千手観音が鎮座
してるな。使いにくいし処理しにくいよ。IPならR-axisでいいじゃん。

>>132

ぶっちゃけ、遠隔操作なんて無意味じゃね？
バカげだ投資だと思う。
お金を取るために偉い人は馬鹿なことを提案したりするものの一例じゃね？

まあ、本当に上手く行って安定稼働した頃には使わせてもらうけどな。w
あんまり、開発途上には巻き込まれたくない。

>>137

ESRFは飲食可だぜ。

SLSやアメリアの施設はどうなの？

蛋白研はあんなビームラインであれだけ結果出してるのは凄いよな。w
学生さんたちの血と汗と涙の結晶だね。w

ところで、佐用の洪水ひどかったけど、播磨関係者はだいじょうぶだったかな。

>>137
DIP6040ですな。
あれは、最大カウント数とIPの面積が売り。

同じ最大分解能を与える結晶なら、CCDよりもディテクタを近づけられるので、
結晶 - ディテクタ間の空気の吸収が減らせて、でっかい分子のよわ〜い回折もバッチリ!!
というもの。あれじゃないとあの結果は難しいんじゃね?

操作はBSSで出来るようになったし、HKL2000もMosflmも対応してるじゃん。

書いてること無茶苦茶じゃないですか?

>>139
DIPは40cm系の円、R-AxisVは40cm角だから特に面積が広くないのでは。

真ん中の段落は書いてることが全く反対だ。同じ分解能でもディテクターを
遠くに離して、大きい格子の結晶のスポットを分離するためのものだろ？
（正直、ビームを細くしてピクセルの小さいCCDを入れたほうがいいと思うが）

今はどうか知らないけれど、一枚ずつのフレームの位置が少しずれるので
Mosflmでは処理が難しかったと思う。

円形はイケてない。

距離をとるとバックグラウンド下げる効果もあるよな。

日本の放射光施設がホール内飲食禁止なのは、そういう法律なんだからしょうがない
『放射線障害防止法・放射線障害予防規定』に書かれてるから、守らざるをえない

ま、化粧禁止はぶっちゃけやりすぎだと思うがなw



>>139
>一枚ずつのフレームの位置が少しずれるので

通は１つしか使わんなｗ（たしかT先生がそうやってたと聞いた希ガス）

>>143
>距離をとるとバックグラウンド下げる効果もあるよな。

意味わからん？？？
距離取ると、検出器真ん中と外縁部で通る空気パス長が近くなるから
見た目バックが減ってるように見えるだけなんじゃねぇの

>>137
>そういえば蛋白研のビームラインにはディテクター界の千手観音が鎮座
>してるな。使いにくいし処理しにくいよ。IPならR-axisでいいじゃん。

蛋白研ＢＬにR-AXISというかリガク製品を置くことはありえんなｗ
あのＢＬよく見てみるといいよ、ﾏｼﾞでリガク製品置いてないから

昔聞いた話だと、月○先生が金無かった頃に、リガクに装置貸してもらおう
として断られたかなんかして以来、リガク嫌いになったそうな

リガク嫌いと言えば、元ＰＦのＳ先生もリガク嫌いだったな
こっちは確か、リガクに作らせた装置（80ｘ40cmのIPリーダー）が
故障ばっかりして、それで喧嘩になったとか何とか…

>>144
結晶からの非干渉性X線によるバックグラウンドが減少し精度が上がると教科書にあるが。

ESRFでは実験ハッチは管理区域ですらない。バッジは付けない。
でも食事するなというステッカーははってあるけど、これは食堂のものをここまで持ってくるなという意味なのかな？？
実際パソコンの前でも飲食はしてる。

SLSではバッジはつける。
実験ハッチ内やコントロールルームのコンピューター周辺は飲食禁止。
飲み物こぼしてPCに被害が出るといけないからかも。
SLSは食事は高いよ。
さらに週末はレストラン、カフェテリアは閉まってて、自販機の貧相な食事のみ。

>>146
>結晶からの非干渉性X線によるバックグラウンドが減少し精度が上がると教科書にあるが。

その教科書ｋｗｓｋ


つうかバックグラウンドに一番効くのはコリメータ・ビームストップ間距離じゃねぇの？
バックグラウンドと、ディテクター距離伸びて弱い回折が空気に吸収されてしまうことがｺﾞｯﾁｬになってる気がする

今週のネイチャーすごいな

139です。

ディテクタを離したらSもNも減るから、見かけのS/Nは上がったように見えるが、それは、SもNも空気に吸収されるが、Sは充分に大きいのでディテクタに到達できる、というだけのことです。
200カウントを与えるノイズと200000カウントを与えるシグナルがあって、空気により20%に減衰する場合、Nは40カウント, Sは40000となるから、遠くても検出できます。

BL44XUを必要とする結晶の場合、そもそもSが高くないから、ディテクタを離すと何も検出できなくなります。

DIP6040に限らずIPデータを6.2.2以前のMosflmで処理するときは、input scriptに "postref usebeam" と書いておけばいいんじゃなかったっけ?

>>149
LHCがクリスマスには衝突実験できるだろうってニュースのことですね、わかります。

わからねーよｗ

結晶が出ますた！！

HKL2000ってモザイク性高く見積もりませんか？
そんなに反射見えないし、オーバーラップもみえないけど、プレディクションがまっ赤っかに出るんだけど。。。

>>154
で、Mosaic Spreadが何度なの？

2度ｗ

>>156
格子や結晶の向きが正確に決められてないとか、
そういうレベルなんじゃない？

センターがずれてるとかそもそも結晶が割れてるとか。

目で見た感じでモザイシティの値を固定したら
どうなるか試してみてもいいかも。

やっぱ変すぎですよね。やってみます。

Site Configuretion の問題でした。お騒がせしました。。

>>145

リガクって相当羽振り良いみたいだなw
超優良企業。
もっと安くしてくれ。

revi

ISMAR2010　？　
国際NMR学会　？
来年イタリアってホント？

悪い結晶でとった重原子のデータ、HKL2000で処理できなくってXDS使ってみたら処理できたんだけど、
結局位相はつけられなかった。

やっぱHKL2000で処理できないようなデータでは位相をつけるのはもともと無理なんかな。

リボソームの構造で化学賞

ノーベル賞、出ちゃったね。
リボソームはこれで終了。

何解いたら面白いか、教えてエロい人。

「リボソーム　構造解いたら　ノーベル賞」
やっときたか，といったところだね。

ワトソン、クリックに近い時代に解いて遺伝コードの仕組みの解明に
役立ったのならともかく、つい最近（10年前くらいだっけ）に解いて
そんなに価値があるものなのか？？？

>>166
すまん。リボソームを解くことの面白さすら分からんｗ
自分が面白いと思うものをやったらいいんじゃない？ギャンブラーじゃ
なくてサイエンティストなんだし。

審査員の中に、自分でリボソームのPDBを自力でちゃんとダウンロードして
自分でリボン図をかかせたことのある香具師が何人いるか・・・
あれくらい複雑になると、サブユニットごとに色をつけてリボン図書く
だけで、超メンドクサいの。

化学賞だから巨大分子のX線構造解析と言うところが評価されたのかな？
新しいテクニックが使われたんだっけ？

わからん奴はわかろうとしなくても良くね？ｗ

生化学も化学。
DNAからタンパク質合成までのセントラルドグマの最後、タンパク質合成のメカニズムの解明に寄与した。
ポンチ絵は100年たってもポンチ絵だが、実際の分子構造を実験的に決定したことにより得られる情報量との差は計り知れない。

そうかもなあ
ディテールはわかるんだが全体像は何度みてもわからん
あれがわかってる人はすごい

まあ結局は、情報が多すぎるから、手っ取り早く理解するためにデフォルメしてポンチ絵なりアニメーションなりにしてしまうんだけどなｗ

リボソームはノーベル賞候補者が４人（今回の３人＋Harry F. Noller）
いるから３人に絞るのは難しいんじゃないかと言われていたと思うんだが、
どういう基準で３人を選びNollerをはずしたんだろう？

リボン図のつくりかたが上手、とか。
ラマクリシュナンさんのアニメーションのセミナーみたことある。
すげー美しかった。

話をぶった切って悪いが、結晶のパッキングを（模式的に）簡単に
表示できるソフトってありますか？

>>175

『初めて』ってのがキーワードになったのかねぇ

『初めて30S解いた』Ramakrishnan、『初めて50S解いた』Steiz、
後は『初めて70S解いた（と言えるのか？）』Nollerと、『初めて結晶化した』Yonath

確かにここから３人に絞るのは悩ましいとは思う

もし70Sの高分解能構造解析を（X線・電顕問わず）にNollerが解いてりゃ、
間違いなくNollerだっただろうね
でも70Sの詳細構造はRamakrishnanが解いちゃったんで、
これでNoller外れたんじゃねえかな？

リボソームのX線構造解析に関する、
当時の熱い（生臭いｗ）雰囲気を伝える文献として、

http://lifesciencedb.jp/dbsearch/Literature/get_pne_cgpdf.php?year=2000&number=4507&file=2OZpERH4R97a7mrdR2ZvwA==

を挙げとく　面白いので読んでみ

当時の雰囲気としては、
「きたないなSteitzさすがきたないｗ」とか
「最終的に解けばよかろうなのだァ〜〜！ｗ」
みたいなのが確かにあった

構造生物学もつまんねーな。
若い奴はこんな分野に来るな。

じゃあどこがいいかなｗ
どこ行ったってたいしてかわりゃーしない。
論破してやるよｗｗｗ

>>181
逆に「論破」したつもりで、そのまま返されるんじゃない？

どこもつまんないっしょ。

>>180は構造生物学「も」と言っているので、むしろフェアな発言なのでは
バイオ系はどこも同じだもんなｗ

有機化学だって同じだ

化学はまだ就職口があるんじゃないの
バイオは桁が違うよｗ

>>185
有機化学はドクター出た後も企業に就職があるじゃん。

おいおい、就職の話しじゃないだろ。
勝手にそらすな。
分野として「つまらない」かどうかだ。

つまらないも何も、就職がなくてできなくなっちゃどうしようもないだろ。。。

構造生物学でも職があって自分の興味のあるものに集中できれば
おもしろいとか言っていられるだろうけど、今みたいに特定のものに
集中してそれが解ければ偉いみたいな状態はつまらない。

おもしろい・つまらないは主観的な問題だから、議論したってしょうがない
結局最後は主観的な好き嫌いの話になる

おもしろいことに注力できるかどうかは、結局将来の就職口のありなしに
左右されるわけだし、むしろ主観的な言い争いよりよっぽど本質的なのではｗ

じゃあ素直に
「「つまらない」については認めます、建設的（だと自分が勝手に思っている）な就職についてに話題に変えましょう」って言えばいｗ

言えばいｗ

なんでそんなに興奮してるのｗ
よほど有機化学に私怨でもあるのかｗ

唐突にスレ違い（というより板違い）の話題を出した奴が「話をそらすな」とか言ってるのかｗ
妙に高飛車な「『話題を変えましょう』って言えばいｗ」がユニークすぎる
そもそもお前がスレを間違えてるんだよｗ

タンパク3000は承知の通りだが、iPSはプロジェクト沈静化後のポストはあるのかね
何となくあの分野もえらいことになりそうな気がするんだが

つまり>>180が戦犯でFA

>178

結晶化はもちろん重要なステップだけど構造を解かない限り
得られる情報はゼロな訳でその点で今回Yonathが入ってNollerが
はずれているのは不思議な気がする。

仮にNollerが70Sの高分解能構造も解いてNollerが入ってたと
すると誰がはずれてたんだろう。Yonathだろうか。

Yonathをはずす訳が無い。読めてないな。

178だが、、、

>>197>>198
Nollerが入ったとしたら、落ちるのは、、、YonathかVenkiかなぁ
個人的にはYonath入っててうれしいんだけどね
その４人の中で本人見たことあるのYonathだけだしｗ

Yonathは、でもなんつうか、ホントの意味でエラい人ではない、とは思う
結晶化とか解析に苦労してて、色々な手法を取り込んだ人ではあるんだが、
そのどれも「一番最初に開発した」人ではない、という印象がある

液体窒素温度でのクライオ測定も初期に取り入れたけど、一番最初の開発者ではない
（常温で使われてたキャピラリではなく、専用のマウント器具を使うって発想は最初だった気もする）

回折データ収集がX線フィルムや４軸が普通に使われてた頃、
PFでIP使って高精度の回折データを取れるカメラがあるってんで、
わざわざYonathが使いに来たことがあったらしく、そのときに
○部センセイとYonathで軽トラの荷台にIPリーダー積んでPF構内を運んだ
って話を聞いたことあるｗ

breakthroughはYonathだろ。

http://twitter.com/popeetheclown/status/4687089084
> リボソームは，これまで原子分解能で立体構造が決定された生体高分子（複合体）の中で，最も大きい．

ウイルスの方がずっと大きいんだけどな。

http://twilog.org/popeetheclown/hashtags-nobel09
> 全体は50S+30S=70S．足し算が合わないのは七不思議の1つ．

こんなこと書いてる奴に文句言うだけ無駄だったかｗ

>>201
vaultも忘れんたらあかん！

ボルトってなに？
家電タンパク？

荷電のまちがいだった。orz
あんまりかわらないかっ。(\^o^)

>>204
つttp://b.hatena.ne.jp/entry/www.asahi.com/science/update/0115/OSK200901150083.html

重原子サーチでNCS使えますか？
Self-rotationでNCSが見つかったんですが、重原子の入りが甘いみたいで。。。

2009/11/10付の神戸新聞で、行政刷新会議の事業仕分け対象案が出てたんだが、

参考：
□事業仕分け、スプリング８など対象　行政刷新会議　[09/11/10]
http://www.kobe-np.co.jp/news/shakai/0002505686.shtml

SPring-8と一緒にターゲットタンパクも対象に入ってるのな

参考：http://www.cao.go.jp/sasshin/kaigi/honkaigi/d2/pdf/s2.pdf
の9ページ目（第3ワーキンググループ）

んで、この第3WGの民間からの評価者に、あの「中村桂子」が入ってるわけよｗ
参考：http://www.cao.go.jp/sasshin/kaigi/honkaigi/d2/pdf/s1-3.pdf

…さて、P3Kをあんだけボロクソにけなしてた桂子ﾀｿが
ターゲットにどんな評価を下すのか楽しみだなｗｗｗ

・・・・・SPring-8潰しちゃうん？

防衛省に組み込んでMD用の特別予算を作ってでもしてなんとか維持をあｑｑｗせｄｒｆｇｔｙふじこｌｐ；

>>208は物事知らん奴だなw

SPring-8は、来年度予算要求 (約85億円) の削減を突きつけられたようですな。

>>211
1/3縮減だってな…合掌

オワタ！

金持ちは益々裕福になり、貧乏人はとことん貧しくなる。

ミンスはサイエンスに厳しいですなw

>>209
構造生物学の軍事利用を考えようぜ

マイクロマシン兵器なんかどうだろう。
人体の既存のタンパク質と糖鎖、核酸で構成されていて免疫機構に異物と認識されにくいウイルス型ロボット。

ちなみに大気中ではX線レーザーは減衰がひどいので使えない。
やるなら大気や水蒸気を透過する波長の赤外線あたり？
レーガンのSDI計画でもあったね。
地上から発射された大出力FELをミラー衛星で反射して弾道弾を迎撃するという構想だった。

おまいらペーペーの俺が将来これで研究費とるから真似するなよ

>>213
ネトウヨ乙

まあ、民主党がカスなのには同意するがな

>>217もタコだなあ　w

>>217

貧富の差を是正しようとするのは共産主義、社会主義でしょ？

新自由主義以前の自民は世界一上手くいった社会主義のようなものだったと言うじゃないか。

科学者は冬の時代を迎えますなw

SPring8の予算減らされると、まずは、食堂がマズくなりそうだなあw

まずは、人減らし
つづいて、新規開発の停止
で、保守費の削減

ついには誰も使わないガラクタの山が山奥に残るのみ

いや先ずは運転時間の削減からでしょ

今ある夏・冬の長期シャットダウンに加えて
春・秋にも長期シャットダウンするんじゃねｗ？

ん〜、今だいたい１年のうち７ヶ月くらい稼動してるから、、、

４月〜５月中旬まで休み
５月中旬〜７月中旬の２ヶ月運転
７月中旬から９月中旬まで休み
９月中旬から１１月中旬の２ヶ月運転
１１月中旬から次年１月中旬まで休み
１月中旬から２月中旬まで１ヶ月運転

の計５ヶ月運転てな感じ？

民間の利用料が大幅に高くなる。
アカデミックの利用料も多少上がるかも。
金を稼がなくてはやっていけないとなると、稼働率は上がる
かもしれないぞｗ
無理して壊れるかもな。

SPring8の軍事利用なら、生体に必須な酵素の揮発性の阻害剤の開発というのはどうだろう。
創薬よりも簡単だと思うぞ。

構造生物学はそれでもちゃんとパブリケーションかせいできてたんだから、
あるいみ優等生だろ。
構造以外の利用業界にこのさい責任をとってもらいましょうよ

>>226
構造生物学は一部のターゲットを除けば結果の出易い研究分野なんだから、生意気なことを言わない方が良い。

>>226は構造以外の利用業界との比較の話のようだが、>>227は何か誤解してないか？

もっとも非生物系と生物系でパブリケーションを比較する>>226もどうかと思うがな

>>227と>>228は同じことを言っているような気がするが

ニコ動に上がってたSPring-8の仕分け音声を聞いた

…泣けてきた、色々と

文科省側の説明の下手さ・空気読めてなさにも泣けるが、
仕分け側の無知・無理解・印象操作の酷さに呆れてものも言えない…

お前らも見ろ、もう酷いぞアレ

>>229
そうも思ったが、生物系の他分野の奴が言ってるとも受け取れたから確認の意味で質問の形で書いた

生物系の他分野との比較として言うならパブリケーションは多くないし
結果＝構造は出てもpublishされないものがタンパク3000で多々あったことを>>227が認識しているか疑問視した

>>230

文科省側から出てた人は、毛利さんを除いて、羊のように臆病で根性無しのろくでなしでした。
仕分け人は一部を除いて無知でした。

文科省の無能と怠慢と堕落ぶりが暴かれていたのは良かったです。
理事なんて要りません。

茶番な面も多々あり。

あちこちで散々言われてるけど、役人はほぼすべて文系だからね
2chにありがちな文系無能論には賛成できないけど、少なくともSpring8の問題に
要領よく対処するのは無理だと思う

昨夜のテレビで、科学未来館の毛利館長のように迫力負けせずにきちんと説明できなきゃダメみたいなことを言ってたから、野良理事長が逃げたのが敗因ということかね？
そんなことで決められても困るが

>>234
>毛利館長のように迫力負けせずにきちんと説明できなきゃダメ

毛利館長のように迫力負けせずにきちんと説明できても、結局削減なんだぜ

それでも一年から半年前ぐらいにはおとりつぶしという議論があったことを思えばたいした進歩だと思うがな
半年前にSPRING8が存亡の危機に立たされるとは思いもしなかったよ

SPring8は外部利用者からもっと金を取れば別に何ともないだろ

野依理事長は本当に逃げたんだね。ひでーな。
無責任。

レンホーの言い方だと100パーセント利用者から取れということのようなので一時間当りだいたい４〜５万ぐらい取ることになるわけだが
蛋白なんかはいいけど他は大変だ
だいたい科研費として国庫から出たものを再度集めて利用料としてあてることになるのは無駄と言う気もするがな

SPring-8ってのは、その成り立ちが法律で規定されてるのな（http://law.e-gov.go.jp/htmldata/H06/H06HO078.html）
「特定先端大型研究施設の共用の促進に関する法律（文科省平成六年六月二十九日法律第七十八号）」
これに規定されてる『特定放射光施設』てのがSPring-8

んで、こん中の条文に「研究者等の共用に供される部分を利用した研究等行う者に対する支援、
そのほか諸々の共用を促進するために必要な措置を講ずるよう努めなければならない。
（第3条より抜粋）」てのが　政　府　の　責　務　として書いてある

よーするに「使いたがってる研究者が使えるようにしないといけない」のな

だから、SPring-8を潰そうと思ったら、国会でこの法律を廃止しないといけない

文科省の役人は、それを知ってて「どうせ廃止には出来ないし、大幅削減しても大臣命令で反故にできる」とふんで
小一時間我慢してりゃいいやｗ　とか思ってたんじゃないかと下衆に勘ぐってみる

これから結晶構造解析を学ぼうと思っていたのに，私は悲しい。

悲しむ必要はない。
学ぶことにほこりをもって学ぶべし。
ついでに小角散乱も学ぶべし。

モデルが合ってるかどうかしかわからん小角散乱なんざ今回真っ先に締め出されるぞ

>>239
それは民間利用が１００社以上あっても利用料収入はたった３億って
いう批判に対して答えになってないと思うんだが・・・。
反論して国民に訴えたいなら、勉強してからにするべきだと思うぜ。

>>240
ネトウヨが喜んで書き込みそうな中身だが、どこから見つけてきたコピペだ？ｗ
誰も廃止するなんて言ってねーだろｗ

ただいまターゲットタンパク仕分け中
今日はダダ漏れがないので議論がつかみ難い

どうもP3Kの成果評価の話になってて、Ｎ村Ｋ子無双になってるっぽ

Twitterより転載

ターゲットタンパク：廃止1，計上見送り2，縮減6（半額3，1-2割減2，1/3-1/2減1）

http://www.mext.go.jp/a_menu/kaikei/sassin/1286925.htm
意見募集中だって。
番号10がSPring-8関連です。

使用された資料 (07の8ページから08の1ページ)
http://www.cao.go.jp/sasshin/oshirase/pdf/nov13-am-shiryo/07.pdf
http://www.cao.go.jp/sasshin/oshirase/pdf/nov13-am-shiryo/08.pdf

番号12から14も要チェック。

「役人の説明がひどすぎ」とか書けばいいのか?
http://www.cp.cmc.osaka-u.ac.jp/~kikuchi/weblog/index.php?UID=1249777100#CID1258102215
73以下スパコンとSP8の話題。

http://www.cao.go.jp/sasshin/oshirase/pdf/nov17-pm-shiryo/3-38.pdf
ターゲットタンパクの説明にオールジャパンなんて２回も書いてあるが全然そうは思わんな

無能は戦力外なんだろう

たとえ仕分け人が無能でも、オールジャパンなんて詭弁なのはバレるだろ
科研費だって特定の人だけが利益を受ける状態になってる、ってバレてたのにｗ
説明の切り口がおかしいんだよ

ターゲットタンパク＝「競争的資金(ライフサイエンス分野)」
http://www.cao.go.jp/sasshin/oshirase/h-kekka/3kekka.html#1117
まだ個別の評価コメントのPDF出てないな

おい、書類を良く読め。
オールジャパンってのは、優秀な研究者による日本代表って意味だよ。

253
現状がそうなってないだろw

タンパク3000がいわばオールジャパンで、その反省でターゲットタンパクは
参加者を絞った経緯があるのに、それがまるで反映されてない。

>>253
読めってどこをだよｗ　お前の脳内をかｗ

ああ、１ページ目の薄汚いスキャンのところか
せめてグレースケールでスキャンできなかったのかこれｗ

>>255

おまえもつまらんやつだなw

ターゲットタンパクの仕分けの録音を聴いてるが、答えてる奴アホだなー
間接経費の割合を訊かれて拠点間の配分答えとる

タンパク３０００　５年580億中　200億がＮＭＲ・SPring-8　57億がその他の設備　101億が人件費　か・・・

廃止 １名
来年度予算計上は見送り ２名
半額 ３名
１／３縮減　１名
２割縮減 ２名

を集計した結論が　２割〜半額の縮減　？？？


なんだこれ、廃止と見送りの３名分は無視してんじゃん

パフォーマンスだから。

廃止して子供手当の足しにしても将来その子たちの働き先が海外での出稼ぎ、売春くらいしかないんじゃさすがにまずいっしょ。
他に他の省庁のもので廃止すべきものはいくらでもある。

事業仕分けＷＧ３の「ターゲットタンパク」審議部分のテキスト起こし

http://mercury.dbcls.jp/w/index.php?%A5%E9%A5%A4%A5%D5%A5%B5%A5%A4%A5%A8%A5%F3%A5%B9%CA%AC%CC%EE%A5%C6%A5%AD%A5%B9%A5%C8

ターゲットタンパク、２割縮減されてもどうってことないんじゃね？
大型備品は購入済みだろうし、消耗品の買い方を節約するだけで対応できる。
半額縮減だと痛いがw

パブコメ出せ、って趣旨のメール、ほとんどチェーンメール状態ですね。
学会からもくるし、個人からもくるし、MLにも流れてるし。

>>264
あれって結局「今後も俺が甘い汁を吸えるように、お前らが努力しろ」ってことだよなｗ

まぁ「俺が甘い汁吸えるんならお前も吸えるかもしれないけど、
全員吸えないんならお前も吸えない」わけだからな、、、

というわけでSP8のほうはパブ米送った、ターゲットは、、、どうしよｗ？

>>265
官僚以外に誰が甘い汁吸ってんだ？　

>>263
ターゲットタンパクやSPring-8は、スパコンやその他の廃止判決を受けたとこに比べたらメシウマだぜ。
みんな文句言うから実際それほど削られねーだろ。
廃止判決下ったとこは半額とかに削減されるじゃねーの？　

>>266

ラボを推測できそうなことは書かない方が・・w

>ラボを推測できそうなことは書かない方が・・w

お前の予想は多分外れてるｗ

SP8は止められると実験できないから困るが、
ターゲットは俺直接には参加してないんだよね…

ていうかSP8のパブ米で力尽きたｗ　堅苦しい文章書くのは疲れるな

汚い言葉、罵詈雑言で埋め尽くしてみるとか

>>263
そういう問題ではないのでは・・・。

正直あれに入ってるラボは消耗品や多少の備品を買うくらいの金は
他からもらってるだろうし（それも仕分人には気に入らないんだろうが）、
困るのはこれで雇われてる人じゃないの？

>>271
そうではなくて、２割くらいの縮減なら人を切らなくても消耗品の節約だけで済むという意味だよw
５割縮減だと人を切ったりしなくてはいけない。

>>272
あの文章からそこまで読み取れとｗ

まあ、ターゲットタンパクはお金持ってるところにさらにお金が行ってるだけだし
SPring-8は無駄遣いがひどいから、どっちも一度減らしちゃった方がいいかも。

でも、SPring-8の使用料は競争的研究費から取るべきとか言いながらどちらも
減らしちゃおうという支離滅裂な民主党ｗ

総額だけじゃなくて減額の内訳を議論してくださいってみんな書こうぜ
若い人の人件費は減らさず他を減らしてくれって

>>274
特別研究員の予算も減らそうとしてるのに無駄じゃない？
雇用対策だとか無茶を言われて。

バプコメには一人何度でも投稿して、今回の仕分けに抗議した方がいいぞ。
黙ってるとヤラレ放題だぞ。
あきらめは何の美徳でもないぞ。

ココ見てる偉い人たちもちゃんと動こうな。
蟻の一穴と言って、明日は我が身にならんとは限らんぞ。

これでまた理科離れが進むなあ

理系の優秀な子供はみんな開業医を目指して、
大学での先端医療研究は荒廃して、
新薬はみな輸入品で（これはいままでもわりとそうだが）
のこりはインド中国産後発薬で、
多くのメーカーは韓国や中国に新素材や新製品でも追い抜かれて、

それでも理系は海外での出稼ぎがあるからいいが
文系男子は海外旅行客ねらいの軽犯罪者　
文系女子は海外旅行客相手の売春婦

そんな日本になるんだろうな、きっと。

構造生物学にすぐに結果を求めるなんて酷だよね。
そんなすぐに病気が治ったり組織が再生したりする訳ないじゃん。

どんな構造でもいいし、どこの雑誌でもいいから成果を片っ端からマスコミが取り上げまくってくれたら、世論を動かせるんだろうけどなあ。
あれもこれもSPring8でデータとりましたと。

>>273
SP8利用に144万円/日なんて払ってたら、若手Bが満額取れても3日使ったらほぼおしまい。

事業番号3-21で「取りまとめて賛同者リストを送る」とか言ってる人がいる。
各自が直接パブコメ寄せられるようになっているのに、なんで、その人経由で意見を言わねばならんのだ?
文科省や政治家は、取りまとめられた組織票より当事者の直接的意見を求めているということが分からんのだろうか。

世界初・タンパク質の微小結晶を照らす夢の光が誕生
−タンパク質結晶構造解析専用ビームラインで世界初の1マイクロメートルのビームを実現−
ttp://www.riken.jp/r-world/info/release/press/2009/091127/

>>282
ターゲットタンパクの追い風になるかな？

なんで

>>282
出力が大きいんだから最初からこういうの目指せばよかったのにね。
今までのSPring-8のビームラインって、PFとかESRFとかもっと小さい
シンクロトロンよりひどいものが多かった。そりゃ無駄使いと言われる。

>>285

そうそう。今１μm幅のビーム作ってるけど、遅いよな。
ビームライン関係者は>>282の先生にコンタクトとって、ビームライン改良のための智慧を仰ぐべきだ。
高難度タンパクをサクサク解くには極細ビームは不可欠だぜ。

スプリングエイトの結晶ビームラインは基本的にすべてこの先生の作品のはずだが
４１は違ったかな？

>>287
>スプリングエイトの結晶ビームラインは基本的にすべてこの先生の作品のはずだが

ビームラインを「作品」というのはかなり抵抗があるが、、、ともかく違うな。
ビームラインは光学装置部分と実験装置部分に分かれてて、それぞれ設計者が違うのが普通。
んで光学装置部分も、各々の光学機器の設計と、それらをどうアレンジするか（光学設計）も、違う人がやることが多い。
実験装置部分も、検出器やゴニオメータのほとんどはメーカー製で、どこのを選んで、どんなステージに載せて、って考えるのは、また違う人ってのが普通。

>>286とか>>287の、この先生、てのが理研の部長さんを指してるんだとすれば、
この先生の作品つうか、作ったビームラインは26・45と、この32だな
それと、26とか38で使われてるステージもこの先生の作品
ちなみにR-AXIS5もこの先生の作品、これ豆な

ああ、勘違いしてた、ゴメン。

>>282の引用をこれと誤解してたよ↓
http://www.asahi.com/science/update/1124/OSK200911240023.html

おれが言いたかった「この先生」は理研の山本さんじゃなくて、阪大の山内先生な。
７ナノメートル幅のX線使ったらどうなんだろ？

まあ、ともかく、３２番１μおめ！

本当に極細ビームって意味あるの？結局結晶性の問題だろ。
一回小さいのでたらシーディングだって出来るわけだし。
後細いビームだと結晶の割れがやたらが目立つんだよね。
こんなことやってるから仕分...いやなんでもないです。

>>290

>>282をよく読むとわかるけど、282のミラーも阪大の山内先生のところのだよ

>>292
そっか。おれはずいぶん失礼な事を言ってた訳だな、申し訳ない。

>>291
結晶性の改良が困難な蛋白が沢山あってそれを解くために細いビームが必要なんだよ。
反射のでない結晶には長時間露光しなくてはいけなくて、そうすると結晶が痛む。
そこで、結晶に照射する位置を少しずつずらしてデータセットを取る。
そのためには、細いビームが必要。
他にも小さい結晶や、格子のでかい結晶にも役立つ。

>>293
結晶痛んだらかえりゃいいのさ。てか昔はみんなそうやって後でスケール・マージしてたんだよ。
そのためには細いビームより、結晶を一杯凍らせてといて自動でマウントするシステムの方が汎用性もあって有用だろ。
小さい結晶しか出ないようなものはそもそも結晶性が悪くてどんなに露光しても回折出ない場合が多い。
まあ格子のでかい結晶というのはその通りかもしれないが、細いビームは結晶の割れなどアラが見えやすいという欠点もあるぞ。
そもそも実感として細いビームがそんなに有用だとは思えない。有用なケースもたまにあるという程度だろう。
要は装置屋として作ってみたかっただけちゃうんかという。
作っちゃったんだから仕方ないけどね。せいぜいみんなが喜ぶような上手い利用方法を考えてくれよな。

>>294
自動マウントも変に予算があるから独自のシステムにこだわって失敗気味ｗ
ESRFみたいに普通にハンプトンのループを自動でマウントしてくれよ。

>>294
なんかもうどこから突っ込んだらいいか、、、

>細いビームは結晶の割れなどアラが見えやすいという欠点もあるぞ。

そもそもそれは欠点なのか？
結晶が割れてるってのは、方位がちょっとだけ違う２つの結晶が入ってる、てのと同じだよな
なのでちょっとだけズレた位置に回折点が写るわけだ
ビームが太いと、回折点も大きくなるから重なって１つの点に見えるから割れてても分からない、ってだけだろ
でもそういったやつは、高角（高分解能）の回折になると、ちょっとしたズレが拡大されるようになって
回折点がストリークひいたように見えるようになって、そういう回折点はプロファイル汚くて使えないんだよな
結局、割れてる結晶を太いビームで測定しても、あんまりいいデータにはならないってこった

細いビームだと、大きく割れてる結晶なら、その片一方だけ狙って当てることが可能だから
上記のような問題は起こらない可能性がある、、、まぁ割れてる段階で結晶性に疑問があるんだがねｗ

>そもそも実感として細いビームがそんなに有用だとは思えない。

個人的には、「そんなに有用だと思えない」のは、細いビーム・小さな集光より、強すぎるビームのほうだな

>>294の言いたいことはわかる。

だけど、結晶いちいち換えてたらMAD/SADでハイスループットに構造解けないぞ。
それ以前に結晶を交換する時点でデータはかなり悪くなる。

それと、変に大きくなる結晶は意外と分解能がでないってのは結構みんな知ってるぞ。
そういうのはパッキングが少しずれても結晶成長できる許容範囲が広いタンパクなんだろうな。
逆に、非常に小さい結晶でも分解能が出る（あるいはポテンシャル高い）結晶がある。そういう結晶にはμフォーカスは有用だな。

結局>>294の意見は（わかってて言ってるんだろうけど）、傍論というか、枝葉というか、屁理屈というか。w
太い結晶が有用なのは、最初のスクリーニングで出た微結晶がタンパクの結晶かどうか判定するときくらいじゃね？
神経使ってセンタリングする必要ないからなw

↑
最後のとこ、太い結晶じゃなくて、太いビームの間違いな。

>>294
>結晶痛んだらかえりゃいいのさ。てか昔はみんなそうやって後でスケール・マージしてたんだよ。

>>294がどのくらい昔からやってるのか知らんが、昔は確かにそう言ってた。
でも、実際に違う結晶からのデータをマージしようとすると、上手く繋がらないことが結構あった。
同じ精製ロット・同じドロップから同じくらいの大きさの結晶を拾っても、なぜか格子定数がちょっと違ってたりしてな。
本当に違う結晶からのデータをマージしたことある奴は、軽々しく「結晶換えたらいい」とは言わんよ。
１つの結晶からフルデータ取れたほうが後々いろいろと楽だもんｗ

でも１つの結晶の複数個所からデータ取ってマージするのも安心できないんだよなｗ
端っこはＣ２だったのに真ん中はＰ２１だったりとか、真ん中はＴｗｉｎだったりすることあるからなぁ。
そういう場合にビーム太いと全く解析できないデータしか取れないから、
ビームは太いより細いほうが何かとお得なことが多いのは確かだと思うよ。

あとビーム細くするのは世界的な風潮だからね、「うちのビームが世界一細い」って競う面があるのは仕方ないよ。
それこそ「世界一細くないとダメなんですか？２番目じゃいけないんですか？」ってとこあるけどなｗ

ビームは細くないと話にならん。

>>295
ESRFの奴はしばしば詰まってハマることがあるが、コンセプトはベストだと思う。
SPring-8のは出来た当初は好感が持てる部分もあったが、今となっては使いづらすぎだな。
センタリングした結晶の位置を再現するのは良いが、あのループの台がすぐにダメになるのはウザイ。
それに遅い。

PFのは速い。だが、あの長でかいホルダーを結晶を詰める間ずっと液体窒素に浸しておくのは厄介だぞw

>>300
確かにESRFのは詰まるがｗ、やっぱり汎用のループが使えない
SPring-8のものは使う気にもならない。予算が有り余って減らせと
言われてるようなところはいいかもしれんがｗ、再使用不可は困る。

ビームは0.1mm程度なら充分だけど、それ以上に太すぎる所が多い。
CCDも遅いものが多いし時間かかる。そんなにビームが太くて遅いなら
もうR-Axisでいいデータ取るよと思ってたらなくなってたり意味不明ｗ

ぼくは単純に，小さい結晶を大きくする手間＜＜小さいまま構造を決める手間
だと思うんだけどね。

>>302
それはビームラインの人から見たらそうかもしれんが
ユーザーの側から見たら全く逆だｗ

>>302がそうか知らんがSPring-8のビームラインの人は
独りよがりな人が多すぎ。いつの間にか飛ばされてたり
内部でも分かってるんだろうけど最初から採るなよ。

あ，不等号の向き間違えたｗｗｗｗ

>>303
>いつの間にか飛ばされてたり

誰のことだよｗｗｗ

>>305
このスレ、たまに「SPring-8のビームラインの人はひとりよがり」って書き込む人いるけど、
必ずそのカキコには「中の人が飛ばされた」がいっしょに書いてあるんだよね
>>110とか>>303とかさ

で、おまえはビームラインの人にどんなイヤなこと言われたんだ？>>303

>>306

別に>>303に限らず、多くのユーザーが嫌な思いをしたと思うんだがwwwww
ビームライン担当者は「いいひと」でないと困るwww
今さらな話だけどなwww

>>306
よく覚えてるねｗ　中の人？ｗ

>>307が言うようにすごく不愉快な人がいる（いた）んだよね。
別にみんながHさんみたいにｗ見た目からして「いいひと」
じゃなくてもいいが技術的にも性格にも問題がある人は困るｗ

ぶっちゃけ構造生物学者くずれ、ピペドくずれを担当者に
するのはやめてくれ。工学的な技術が中途半端でいわゆる
いちびりなので余計な改造をするｗ

>>308だけど最近SPring-8に行ってない。他の人に測定は任せっぱなし。
そういうわけで最近の人は良く知らない。今いる人に不愉快な書き込みで
あったらスマン。

よっぽど不愉快だったんろうね
何されたか知らんが心中お察しするよ

でも未だに根に持っててキモい

根に持ってるというより、予算縮減の話の流れだから
あのレベルの担当者に払う予算なんか減って当然ということじゃない？ｗ

Ｈさんって誰やねん
供用にはいなかったような
俺の知ってるのは専用ビームラインに二人だけだぞ

JPXTALに「事業仕分けでPFの運転もヤバい」みたいなメールｷﾀ

1micron beamってどうですか？

今日の学会で何かしゃべっていたような

>>199
鳥研究系・認知科学系が軒並みabonだろ(ﾜﾗ
当然だがな

誤爆？？？

『蛋白質 核酸 酵素』休刊かよorz

http://www.kyoritsu-pub.co.jp/pne/pne_kyukan.html

　◇主な事業の事業仕分けの評価と総合科学技術会議◇
事業名
事業仕分け→総合科学技術会議

スプリング８
１／３〜半額減→着実

三段階の二番目かぁ
これって結局予算縮減の流れは変わらないってこと？

民主党政権倒せばいい。

国債５３兆だぜ。
「予算を増やしてくれ」って言っても無理だろｗ

減らす必要はない。
国債を日銀が買い取って償却するなり、政府が政府紙幣を刷るなりすればいい。
なーに、ハイパーインフレーションなんてならんよ。
デフレ克服と、円安誘導にちょうどいいくらいだ。

ターゲットタンパク，評価が良かったらしいよ。
ttp://www.tanpaku.org/pdf/evaluation_yuusendo_bassui.pdf

電子線はどうなのさ？

サイエンスゼロを見てたら理研で結晶を作ってる映像が出てたんだけど
全部自動化されてて色々な濃度とかの中から最適な条件を探してくれるってあったんだけど
あんな装置が今ではどのラボにもあるんですか？
あれじゃ結晶屋がいらなくなるんじゃないですか？

>>325
どこにでもあるわけじゃないし、あれ自身はそれほど役に立たないのでは。
お金があるからやってるんだろうけど、そんなことばかりしてたら仕分けの
対象になるわけでｗ

実際はモスキートくらいの結晶化ロボットを持ってるところがあるくらいで
その程度で充分では。もっとも手動で8連ピペットを使ってやってるところが
ほとんどだろうけど。

あ、もともと結晶屋なんていらんよ。その辺の根気のあるおばちゃんや
おねえちゃんにやらせた方が効率的だ。（もちろん新しいテクニックを
開発するなら別だろうけど）

結晶化ロボットを見くびりすぎ

しかし、産業用ロボットと同じでほぼフル稼働させられるだけのサンプルがなければ、保守の手間がかかりすぎて無駄。
したがって、普通の研究室には不要かと
大量の基質結合体結晶を必要とする製薬関係では結構重宝しますよ

結晶屋（結晶化屋）が不要であるという点は同意するが、いまどきピペド以外でそんなやつはいねぇだろ
っていうか、ロボットが出来る仕事しかできないやつをピペドというのか

近所のおばちゃんのほうがマシというのには同意だが
それはどの分野でもいえることだ。
それはピペドとか結晶とかそういうことじゃなくて、
ゆとり世代か、それ以前の世代か、ということなんだと思う。
現在、３０代後半から４０代のパート系おばちゃんは、
別に学歴とか関係なく、
みなほとんどが（いまの４回生、大学修士にくらべれば）
確実に有能だよ。

そもそも彼女らは、ちょっとくらい厳しかったり忙しくても
鬱病にならないんだ。すごいだろ！

休学中のバカが、別ラボに進路変更すると宣言した。やれやれ！これで一人片付いた。
だが鬱病と予備軍があと３人もいる。なんとかしてくれ。

ロボットで粗く決勝条件をスクリーニングして，職人芸の域に達した人が
丁寧にリファインメントを行うのが理想らしいね。うちはそうしている。

結晶とはまるで関係ないけど、単純労働なら七十代以上のお婆ちゃん達の方が二十代〜四十代なんぞよりはるかに使える
物覚えもいいし根気強い

>>328
なんでも「ゆとり」のせいにする君らが一番「ゆとり」っぽい。
大学院生でも上手に結晶化が出来る人も多いよ。

主婦の安定性なんて旦那のお陰やん。
高齢毒女なんかにパートでスクリーニング延々とさせたらもう大変なことに・・・。

ほんとはロボットはモスキートみたいなちっこいのがあれば十分だね。
観察装置と連結した大型のロボットは勢いある自分のラボの宣伝をするための広告に過ぎないよ。
金のある事を自慢するためのもの。実用とは関係ないよね。w
器用な（できれば可愛い）パートさんを雇えば十分という意見が一番まともかもね。
（でも、おばあちゃんは、遠視でドロップみえないよ〜。）

激しく同意
パートの方が人件費安くて優秀だから教員いらんわ

誰か、優秀なパートさんの見つけ方を教えて下さい。
どこに広告出せば良いでしょうか？
できればかわいい子の方が良いですが、優秀であることを優先します。

>>336
「ぱど」でしょ、やっぱ。

スプ８、一割削減で決着
運転の効率化で削減可能らしいがどうやるんだろう？
『効率化』だから時間が減るわけじゃないよね？

それはグッドニュースだ

>>338
予算のそんな細かい所ってどこで情報手に入るの？

ターゲットタンパクは最大３０％削減あたりで決着らしいね
えろいひと詳細おしえて

>>340

次世代スパコンとスプリング８　仕分け結果見直され予算復活
http://sankei.jp.msn.com/economy/business/091226/biz0912260158001-n1.htm

最新の放射光施設はみんな小型化されて、世界で最後の大型放射光施設になったね。。

>>343
大型で有利ならいいけど、構造生物学のビームラインには「全く」生かされてないのが残念。
他の分野はよく知らんけど、同じような状況だから予算やる必要あるのかよ、という話になったんだろうな。

>>344

BL32XUで1μmのビームラインが出来たのは素晴らしい成果で、大型放射光のアドバンテージを活かしていると思います。
ですが、ターゲットタンパク以外の一般ユーザーが使えないとなると、ターゲットに属さないラボに恨まれます。
もうひとつ同様のビームラインを建設して多くのユーザーが使えるようにするべきでしょう。
BL41XUをBL32XUのように改良できないでしょうか？

エロい先生たちに予算をなんとかして欲しいものです。

戦艦大和も世界で最大だったな。。

>>345
マイクロフォーカスなんて、SPring-8より小さいESRFでとっくに活躍してるのに
SPring-8の主要なビームラインは激太のビームだったよな。
今さら、俺はでかいから偉いんだよみたいにマイクロフォーカスなんて言われても（大爆笑）。

昔から構造生物学の律速はサンプル調製にあったように思うが，
最近簡単に調製できるものが激減して，ますますサンプル調製
が律速になってきた気がしてきた。

放射光学会アゲ

栗栖源嗣とか濡木理も使っているんか？＞播磨の放射光ライン

>>350
論文検索すれば？
使ってるけど、なぜ使ってないと思うのかが不思議

結果出してる人が使ってないなら「仕分け」ようと思ったんじゃないのｗ

>>352
後者はともかく、前者は????

んー、まあそう言われれば確かにそうか。

>>349
で、なんか面白いネタあった？ > 放射光学会

>>355
ＳＰ８ロボットがマグネットピンに対応したとか、ＰＦもＳＰ８もリモートがんばってますとか？

>>356
ようやく、ハンプトンの汎用のピンを使えるサンプルチェンジャーを入れたの？

複合体構造の構造生物学なんて、一発ネタなんだからやめたらいいのに。変異体作成する気がないんだったら、やっても意味ない。

一発ネタでいいじゃん。変異体作ってチマチマ同じようなことばかりやってるほうが
本人以外から見たら意味ないかも。

それって学問として底が浅くない？やっててむなしくならない？テーマを決めて
ずっと知識を積み上げるほうが、高度な学問にならない？

>>357
とりあえず、普通にケーンに詰めて持っていけば使えるらしい

>>361
ありがとう。

しかし、最初からそうしとけばいいのに変に金があるから無駄なものを開発してたな。

>>360
自分では高度なつもりで重箱の隅をつつくだけのものになってるかもよ。

>>360
構造でそういうやり方をすると、２、３報目以降はだんだんマニアックな
ジャーナルにしか載らなくなっていくｗ
ジャーナルはおいとくとしても、「何番目のリジンがうんたらかんたら」みたい
な他人から見るとどーでもいい話になってく。
本人はそれで良いのかもしらんが・・・。

>>363
「構造生物学」って手段・手法の名前だろ？途中からは別の生物学（細胞生物学とか発生生物学とか）に切替えて、本質的な科学を
めざしたらいいじゃんか？どうして手法にのみこだわって、上っ面だけ追いながらテーマかえるわけ？

それだから「構造土方」って呼ばれるんだよ。公共事業がある土地をユンボかかえて渡り歩くんですか〜？そんなんだったら、不景気の時には
切り捨てられてもしかたない・・・・やれやれw

業績をもとめられなくてポジションがしっかりしてればそういうやり方もあるとは思うが、
今みたいにポジションが不安定で業績、業績といわれるとなかなかそうもいかない。

それはボスが生き残るのには有効な戦略だけど若手がジョブハントするのに役には立たないと思うよ

目の前のご飯の心配がいらないボスには腰を据えてじっくりと仕事をしてほしい
一つ一つは重箱の隅突きでもかまわないけど、さまざまな技術や知識を駆使して総体としての一貫性や広がりのある研究をすすめるべき
現実的にＩＦがどうとか言われてやるのが難しくても気概だけは持ってほしい・・・
若手は色々なところを点々として視野を広げるべき
その過程で流行りものに手を出すのは有りだと思う

ダーウィンの自然選択論は人為選択や社会選択まですべて包含して構造選択論と言い換えたほうがいい。

構造生物学はそろそろ博物学から脱却しないと
学問として生き残れないと思う。

ドーキンスの言葉によると「ランダムな遺伝子の変異による非ランダムな選択」だとされる。
ただしこの「ランダムな」ってところに疑問を抱く分子生物学者もなかにはいるようで、
しかしこの疑問を創造主へと結びつける創造論者は強引に飛躍しすぎて極論だとしても、
「ランダムな」については、変異の法則がもっとはっきりしてくれば言い換えられるかもしれない。
変異の法則性についてはダーウィン自身が『種の起源』ですでに論じていることであって、
ドーキンスも比喩としてランダムなと表現しているに過ぎないんだろう。
構造生物学的には、すなわちシステム論的には、システム外部の、環境の、という意味以上ではない。
つまり、自然選択論においては、自然環境そのものがシステムの内部で、遺伝子のほうがシステムの外部となる。
システムの外部がどういう法則によって成り立っていようと、システムの内部は直接関与せず、
すなわち「知ったことか！」なのだ。

蛋白の構造解いたら薬もデザインできて社会貢献できるお、というのは詐欺でしょ。
構造解析して得られる物はつまるところ自己満足だけ。

自民が復活して、また３０００みたいなぬるいプロジェクトで遊ばせてくれねえかなww

>>371
詐欺ではない。「すぐに」薬がデザインができるとは誰も言っていない。
膨大な時間と金がかかるが，いつかはできる。

5年で2500億円ぐらいは要るな。

>>371
構造というのを狭くとらえすぎ。蛋白質の構造は単なる要素。要素還元主義ではだめってのが構造の考え方。

>>372
その前に、かりに1.5Aで構造といたとしても永遠に薬（医薬品）には
結びつかないタンパク質の構造解析に躍起になっているバカどもについ
てはどーするよ？
druggableって言葉の意味を理解していない利権のTさんとかさ。

>>375
創薬ターゲットでもないのに「いつか薬が作れます」と標榜するのは詐欺ですね。
しかし，世の中どの立体構造が何の役に立つかはわからないものです。
基礎研究をないがしろにしてはいけないと思います。

創薬厨ばっかりじゃ、世の中つまらないじゃないか。

基礎研究でデカいのあてようぜ！って無理か・・・

理論通りに構造を作れないのに
構造解析の知識だけ蓄えても、なあ。

「絶対儲かります、信じてください！」
詐欺師はいつでも自信満々だよな。
そもそも自分がそう信じていなければ、他人は騙せない。

リードディスカバリーとリードオプティマイゼーションが創薬の花形だった時代なんか
とっくに終わってるのに、いまだに「インシリコ」っすか。ばかな奴ら

うちいませっせとインシリトやってるよ。時代遅れだったのか。
がーん。

話ぶった切るが、K栖さんところで公募してるけど誰か決まってるの？

>>381
イン尻子なんて占いと同じ。気の利いたことを言えるのがいい易者。

インシリコ
当たったものが
売ってない

>>380
へえ、今は何が花形なの？

後輩が「○○の３者複合体の構造が出たからCellに出すんだ」と言っていた。
ちょっとうらやましい。

それでも先輩か？
出せないように邪魔するんだ

>>386
邪魔する→教授怒る→（・A・）ｲｸﾅｲ!!
データ取り上げる→自分の名前で論文出す→（・∀・）ｲｲ!!

若者なら早めに見切りつけようぜ、こんな業界。
年寄りの転職は死ぬほど大変だよ。

職無さすぎ。
382の件もそうだろうけど、アカデミックや中途採用は
そこそこの給料を払うことになるから、雇う側も慎重になるし、
なんだかんだでコネ採用が無難ってことになるんだろうな・・・

すんません、構造生物とは違う分野のものなんですが・・・
なんであんなにたくさんCNSが出るんですかね・・・構造は

うちらの世界ではIF=5くらいの論文が出ればエリートなのに・・・

>>391
誤解があるかもしれませんが，今や構造が出ただけではCNSには載りません。
生物学的大発見が立体構造で裏付けられた時だけ大当たりします。

構造解析がありきたりになって、CNSに限らずどこでも見かける・・それだけのこと

例えば結晶化だと以前はしこしこピペットで混ぜてたのに今はロボットに
やらせてどんどん自動化が進んで敷居が低くなったからなあ。ありきたり
にもなるわな。

>>394
それは違うと思うｗ
普通のラボにはロボットないよ

ディスポの奴隷はいるだろ
メンテナンスフリーでロボットよりCPがいい

ロボットや素人が結晶化できるようなサンプルで論文を書くのも
難しい世の中になりましたよ。
うちは難しいサンプルをポスドク数人がかりでやってますよ。

>>397
そりゃそうしたいけど、ポスドク数人が全員討ち死にか
ファーストオーサーの一人だけおいしい状態になるじゃん。

>>398
そのやり方で構造が出るなら、ひとつということはないはず。
複数解いて持ち回りで全員に1stを取らせることもできる。
もっとも、リーダーの求心力がよほど高くないと成功しないだろうな。

「リーダーの求心力」というよりも、すでに異常なカリスマと、
ある種新興宗教じみたラボの結束力、という気がしますよ。
いわゆる「いい先生」じゃ、そういうラボは作れないんじゃないでしょうか。

たとえば、ポスドク＋博士課程院生の数人がかりで結晶化と構造解きにかか
って、いい雑誌のリバイスにひっかかったら全ラボあげて
（他のプロジェクト全部とめて）それを通しにかかって、CNSを毎年通す、
とは。

きっと教育効果とか、あまり考えてないんだろうなと、ちょっと
思いますけど、俺がこんなこといっても、やっかみにしか聞こえない
だろうなあ。

そういう体制になっていたのか。論文見ると同じ研究室の人間が３、４人並んでることがあるから不思議に思っていたが。

まあ、研究室単位で考えるなら、正しい方向性だとは思う。

ーん

とりあえず構造とって変異体やって・・・ばかりじゃだめだと思う。
構造とって、それから○○やりました。ってのが重要じゃないの？

形式で決まると思ってるうちはまだ科学じゃないな

>399,400
まあいまでは2nd, 3rdが1stとのequal contributionという表記もありだからねえ。
ただ1stじゃなければやはりだめだろうから、1stは持ち回りということだろうか。

ぼくは1st取れなくてもCNSに載る論文のauthorに入れてもらえれば十分満足だよ。

>>406
そんなものか・・。
俺が以前CNSに出したとき、周囲のみんなが全力で俺を助けてくれた。俺が発見した現象だから、俺が1stって決まっているのにも関わらず。
結構労力がある実験をやってくれた人もいたなあ・・あなたのように考えて協力してくれたんだろうか。

質問です。
サイエンスの世界ではもちろん再現性が重要ですよね。
結晶構造解析においては決定される構造の再現性はどのように
担保もしくは評価されるのでしょうか？

例えば結晶の再現性が非常に悪く、データ解析に使える良質な結晶は
１つしか得られないなんてことはよくありますよね。
で、この１つの結晶から決定された構造には再現性があると言えるんでしょうか？

>>408
たぶんその質問に答られる人はいないでしょう。
結晶化は一期一会。同じ方法でやっても二度と結晶化しないケースはあり得ると思います。
唯一，X線反射の生データが立体構造決定過程以降の正当性を保証してくれると思います。

もしかしたらいまの結晶化法はまだ科学の域に達していないのかもしれませんね。

超新星爆発とか
脊椎動物の進化とか
再現困難な現象はわりとよくある

再現性のない結晶化はUFOや雪男の目撃証言に似ている。
似非科学と切り捨てる立場もあれば，本気で科学のメスを入れる立場もあるだろう。

生データ（反射画像）が何十枚もあって、ビームラインにも測定した記録が残っていて、それでもその結晶はなかったとは言わないだろ

>>408
結晶の中では同じコンフォメーションの分子が10^8くらいはある
はずだから、再現性はある、といっていいと思うよ。
それをいうなら一分子計測のほうが、もっとやばい。

結晶そのものの存在は否定しないが，結晶化条件の記録が人為的ミス等で間違っていた
可能性があって，後世の人間がいくら追試しても再現できない可能性がある。
構造生物学ではあまり問題に差れないのかもしれないが，某RNA学会ではいくらやっても
追試できないことが問題になって東大を追われた人物がいることは皆様も御存知だろう。

http://journals.iucr.org/e/issues/2010/01/00/me0406/

この事件のことか？

中国か
http://news.searchina.ne.jp/disp.cgi?y=2010&d=0104&f=national_0104_003.shtml

それ以外にもなかったっけ？補体？

補体の件、みつけた。

http://www.nature.com/nature/journal/v448/n7154/full/nature06102.html

昨年に決着がついたんだっけ？

連続投稿スマソ　この記事に見覚えがある

http://www.nature.com/news/2009/091222/full/462970a.html

結論

仮に、一回しか得られなかった結晶で、辛うじてデータがとれたとしても
実データから得られた構造であれば、それはなにがしかの科学的事実にもと
づいた発見を含んでいるから、それは公表する価値があると思われる。

コンペティターに先に立体構造を出されたけど，向こうのチェイントレースが間違っていたんで
結局こっちが競争に勝ったことがあったなあ。低分解能の結晶構造には要注意だ。

すごいねえ　おめでとう

あのYが灯台を辞めると聞いたが・・
なに？不祥事？

灯台のYがあの人のことだとしたら、もうとっくに辞めたよ。もちろん不祥事さ。

Y先生の後任の教授選にY先生御自身が再出馬だそうで。。。

だれかわからんが必死だな〜

まあ業績の割に好かれてはいない

age

なんかおもしろい話題ないか？

N木先生が東大に引っ越すらしい。師匠の下克上ということになるのだろうか？

今までも東大にいたんだがｗ

そうだね。医科研から理学系研究科に移ったというのが正しいね。

>>431
それ、何かメリットあるの？？？

医科研のポストが１個空いて，だれか近しい人が入れるということなのではないでしょうか？

研究室自体はKaziro, Mikoshibaと伝統あるところだけど、
良い学生がなかなか来ないので理学部にうつるんだろう。

Yを追い出したい香具師がいて、Nを引き抜いたんじゃね？
なんにせよ香ばしい人事だな

>>424
構造で元灯台でＹ先生といえば一人しかいないのでは？あれ不祥事が
原因で追い出されたの？俺は今までＹ先生の業績と思われていたものが
実質Ｎ木先生の業績だったから干されたと思ってた。

Ｎが離れて７年になるのに？　それが理由なんてあり得んｗ

一方で不祥事も聞いていないがなｗ

燦然失敗の責任を取らされたんだろ　JK

燃料投下ｷﾎﾞﾝﾇ

理研が東大に「構造生物学」社会連携講座を設置、特任准教授などを公募

　理化学研究所が2010年4月、東京大学に初めて社会連携講座を設置した。
理研が今回設置した2講座のうちの1つは「構造生物学」。
設置期間は2010年4月から2013年3月までで、経費総額は 9000万円だ。
特任准教授などを現在公募・選定中という

特任准教授？どこで公募しているんだって？

就職活動してる俺が聞いたことないくらいだから、
こっそりやってる（やってた？）に違いないｗ

どうせ出来レースだろ
旧M研やY研の出身者に決定するだろうさ

今年度は異動が多いね。
PD・助教にとっては１０年に一度位のパーマ取るチャンスだぞ。

現在の空きポスト
東大農　准教授　（Ｘ線）
東大薬　准教授　（Ｘ線）
横市大超分子　准教授　（Ｘ線）
阪大蛋白研　准教授　（Ｘ線）
九大生医研　准教授　（Ｘ線orNMR）
奈良先端大　准教授　（NMR）
横市大超分子　教授　（NMR）

また、どこも定員減らしで2,3年は求人ないよ。

ぶっちゃけ、X線の仕事なんて頭はいらないから、
文句の多い准教授クラスなんて要らなくて、
学生やポスドクが多けりゃ間に合うよなｗ

教授クラスと、助教ポスドククラスで厚い壁がある感じｗ

>>446
s/X線の/446の/

>>447
20代のころは自分だけは違うと思うんだけどねｗ

>>448
いや、海外に出れば>>446が日本に特徴的な事情だってわかるぞｗ

>>449
海外って言ってもアメリカだけだろ？
ヨーロッパは案外日本と変わらん。

アメリカでもパーマネントとポスドクの間に厚い壁があるのが現実だろうし。

age

>>450
ＥＵでも大抵の連中は日本と違って頭動かしてるぞ
外国からのポスドクは別な

"頭動かしてるぞ"

それ言うなよ。日本の研究者が頭動かしてない見たいじゃんw
で、>>446に戻るｗ

>>449に戻る だろ

まあな。結晶しこめば後はルーチン。
頭はいらねえ。
共同研究で受託みたいにすれば、他人の研究テーマでも、論文に名前は載せてもらえからラッキー。

結晶出す奴は出すんだよな〜
出るというより、出すって感じの奴が稀にいる

>>455みたいな院生には学位出さないようにすれば少しは欧米並になるかな

>>455
そういう受託で結晶化から先をやって業績を稼ぐようなのは
出世する人、出世した人が持って行っちゃう感じ。
ポスドクや助教なんかにそういう仕事は回ってこないよ。

実際は発現系の構築して、精製して、ちょっと性質を調べて、結晶化する、ばかりやっててろくに業績が出ず、
一応構造解析の計算も出来るなんて人が数千人余ってるんじゃない？蛋白3000とかのせいでｗ

栗栖せんせとかどうなのよ？

>>459
そういう一発大きいことで当たって出世する人もいるね。

でもそういう仕事をしてるラボでは討ち死にしていくたくさんの他のポスドクがいるのが現実だろ？
一度当てて出世しちゃえば人を使ってさらに業績が出るけど、
そうじゃなければ業績は出ないし出世できないデフレスパイラルｗ

そうだね、構造生物学だけの話ではない
運か要領の良い、当たったプロジェクトで1stをかっさらった人は理研TLとか農水主任研究員に就いて
数人のポス毒を抱えて、雪だるま式にトップジャーナルのコレスポ業績がますます増えていく

学位取得後2-3年で目立った業績が出ない人は、その他大勢の歯車ポス毒として生産性の
低いピペド仕事に追いまくられて1stが出ないままトップジャーナル誌に出た論文の
2nd,3rdか真ん中がときどきに出るだけで、消えていくわけなんだよね

>>461
もちろん、構造生物学だけの話ではないけど、
構造生物学の場合は、肝心の部分が結晶化というギャンブル性の高いところがあるからなあ。
運にも左右されやすい。

しかも構造生物学で出世できなかった、ポスドク、助教なんて他に使い道ない。

構造決めると取りあえすネイチャーなの？

>>463
ネイチャーを狙って難しいものを対象にして、
ごく一部の人は成功して出世しますが、
その影にたくさんのポスドクが討ち死にしますｗ

ギャンブラーじゃない人はJMBレベルでいいので
こつこつやりましょうｗ

難しいからNatureってケースもあるけど
頭使ったからNatureってのも多々あるんだが

日本の構造関係のポスドクの大半はそこがわかってないから
構造の仕事はボスの下で頭使わずに働くもんだと思っちゃうんだよ

>頭使ったからNatureってのも多々あるんだが

実例を。

>構造の仕事はボスの下で頭使わずに働くもんだと思っちゃうんだよ

そうは言うけどね。ボスうんぬんじゃなくて、部下を使えずに一人でやってても同じ状況になるよ。
実際に自分で全部実験するとなると、なかなか頭を使ってる暇もないし、
アイディアは合っても実験が追いつかない。
最後に、構造解析の仕事は頭ではどうにもならない結晶化があるし。

>>466
面倒くさいからPubMedで
Nature [TA] crystallography
で検索して上から見てくんない？

> 実際に自分で全部実験するとなると、なかなか頭を使ってる暇もないし、
競争前提でモノを考えてるからだよ。

> 最後に、構造解析の仕事は頭ではどうにもならない結晶化があるし。
結晶化段階が競争になってる対象を選ぶから、ことごとく難易度が高くなるんだよ。
他人の手がついてない対象を頭を使って選べば、結晶化が難しいものも難しくないものも普通に混じってくる。
たいていは安いロボットでもそれなりに結晶はできるし、改善手段は最近いろいろあるし。

岩田想先生がまたひとつ当てましたな。

>競争前提でモノを考えてるからだよ。
そりゃそうでしょ、この御時勢、競争に勝てなきゃ職に就けない。

しかしロボットがあるような裕福なラボにいて高みの見物ですか、うらやましいｗ

>>468
あれだけお金と人があれば当てる人もいるだろうね。肝心のGPCRは。。。
でも意外なほど去年から今年にかけて何人か就職決めて出て行けたみたいだね。
ERATOは今年で終わりだっけ？その後はどうなってるか知ってる？

最近はタンパク質結晶化ロボットがあるみたいだけど、ロボットを使った結晶化は、成果はでてるの？

>>469
競争って俺が言ったのは、同じ対象に群がることだよ。
職に就くための競争はもっと広い意味での競争だろう。
それなら頭使って違う対象やればいいんだよ。

安いロボットならその辺にあるだろ。今時その程度で裕福と言われるとはねｗ

>>472
確かに人が群がってる対象を研究したって、
そのうち誰かがやるわけだろうから世の中のためになるのかどうか分からんが、
できれば注目はされるでしょ。

競争を避けてあまり人がやらないことをやって、自己満足にはなるかもしれないけど、
ふと気付いたら誰も注目してくれてなくて、就職もうまく行かないとかそのうち現実が見える。

ロボットなんてその辺にねえよｗ
その辺にある時点で充分裕福だよｗ

>>473
どうも話が噛み合わないなｗ
自己満足になるのは、競争を避ける際に頭を使わないからだろ
誰にでも予見できるレベルの重要度しか判別できないからそうなるんだよ

安いロボットってのはサンプル量減らしたり再現性上げたり程度のご利益しかないから
あればできないことができるようになるってわけじゃないし、議論には大して関係ない
>>467では職人芸がなくても結晶ができるって文脈で言っただけだ

普段から頭使ってないから自分の前提から抜け出ないままレスを繰り返すのか？

>>474
どこの教授？あるいはどこの准教授？

確かにかみ合ってないな
既に注目されてる対象にわざわざ遅れて飛び込んで行って負ける、ってのは
構造に限らず日本のバイオの得意技ではあるがｗ

>既に注目されてる対象にわざわざ遅れて飛び込んで行って負ける、ってのは
そうは言うけど、それでお金を取ってたりして負けではないのかもよ。
岩田先生のとこもGPCRはとけてないけど、あれでかなりのお金とっていくつか（他の）業績は出てるし。

自分では競争していないつもりでも、ある日突然同じ分子がPDBに登録されてたりするのが
構造の怖いところ。

それでも頭を使ってやってきていれば、自分らが解けたときに別の議論ができて別の論文が書ける
同じ対象なら同じ議論同じ論文になると誤解してるのが日本の構造屋だよ

>>479
そんなのどこに投稿するんだよ

で、頭使えと上から目線のやつ
結局、どこの教授？あるいはどこの独立准教授？

頭を使うって、GPCRのループにリゾチウムを挿入したとか、PCNAを分断してUbiとつなげてみたとかでは？

タイムラグにも拠るけど先に出た構造を無視して書いても論文は通らないだろう。
比較して同じなら新規性は無しと言われるし、違えばどっちの構造が正しいとかの話になってしまうわな。
そもそも最初に出た論文がいくら甘くても、後からのは２段くらい下にしか通らないのが現状だからのんびりやる余裕なんか無い。
ABCトランスポータの裏返った構造みたいな大ポカでも無い限り一番手が評価される。

>>482
GPCRのリゾチームを挿入したのって、
いかにも頭使って簡単に出来たように見えるけど、
実際はいろんなところに入れたり試行錯誤してると思うぞ。

こういうことやっても現実にはお金のある大きなラボには適わないと思う。

リゾチ「ウ」ムってｗ
ポケモンやってる暇があったら少しは英語の文献を読めよｗｗｗ

英語だったらライソザイムになってしまってむしろややこしいｗ

リゾチームはありだがリゾチウムは英語もドイツ語もわかってないやつしかあり得ん

黒田玲子のとこのＰＤが３merＧタンパク質に２個ＧＦＰ付けてＦＲＥＴしてなかったか

電顕の藤吉先生がこんなことも
http://jp.ibtimes.com/article/biznews/100420/54123.html

頭を使わない構造屋との差は開く一方だな

頭を使えばどうにでもなる、みたいな意見にカチンと来るのはわかるが、
「頭使っても金のあるラボには勝てない」を理由に頭を使わない奴は
ちょっとどうかと思う

１、ＮＭＲやＭＤ（もしかしたらラウエ）で”動き”を研究する
２、Ｘ線と電顕を組み合わせるなどして、非常に巨大な生物マシナリーの全体像を明らかにしていく
３、極めて重要だが難しくて解けてないたんぱく質の構造をなんとか解いてＣＮＳ
４、単粒子Ｘ線解析
５、単なる生化学の”ツール”としての方向性。（最近では構造がFigの一つに過ぎないことも往々にしてある。）

>>489

万年ポジションあっても科研費と当たらなきゃやることないべ。

必至でやってるポスドクさんとかには悪いけどさ。

結局、ポジションと金をセットで出せば一番はっきりするのにな。
あと、科研費の選考課程とか評価とかを事細かにオープンにしろよ、
税金でやってるくせに不透明すぎる。

分かる分かる。
「頭使っても金のあるラボには勝てない」を理由に頭を使わない、のではなくて
頭使っても思ったように仕事が出来なくてストレスが溜まってるだけでしょ。

ボスの研究室の運営能力が低くて学生が来ないとかポスドクが雇えないとかだったり、
どういうわけか助教に学生をつけてくれなかったりしたら頭使ったって自分ひとりで実験することに
なるわけで思ったようには仕事が出来ないよ。

（そういうわけ分からないことしないで出て行って欲しい助教には逆に業績を
出させて就職活動がまともにできるようにしたらいいのに）


人はいても研究費がなくて実験できない場合も頭使ってもどうしようもない。
そういう場合は、研究費取れない→業績でない→研究費取れないの
デフレスパイラルになって脱出できないｗ

播磨のXFELが動き出したら構造屋もまたやることが増えるだろうよ。

だめだこいつらｗ

>>492
だからそういうのをいちいち理由にするな、って話なのでは

>>495
うるせーな。
こんなとこで言わずに上でつっかえてる助教に直接言えよ。
ポスドクどもめ。

ま、本当に頭を使うべきところはどこで仕事をするべきかということだな。
理想的なところなら本当に研究に頭を使えるが。

>>497
つまり他人の頭に頼るということですねｗ

タンパク３０００でこんな奴らばっかになったなｗ

結局、大きいプロジェクトでは、こういう結果になるということだ。
特に日本じゃ、ポスドクも学生も器具洗いからしなくちゃいけないわけだから
頭使ってる暇なんてねーよ。

ポスドク全体の質が落ちてると思う。別に構造分野に限らない。がん特定が終わってそこからあふれてきた連中だって、似たり寄ったり。

「頭を使え」と言われて激怒するような奴がなんで研究者なんかやってるの？

じゃあ、人手も予算も与えられずに、ボスに「頭を使え」と言われた状況を想像してみろｗ

ドクター取ってんのに「予算も与えらえずに」なんて言い訳してるあたりが甘えてるｗ

じゃ、予算とって見ろよ。自力で。

>>504とか>>481とか笑っちゃうなあｗ
俺だけじゃなく普通に教授・准教授見てるぞ、ココｗ

♪うぇ〜のぉうぇ〜のぉウッ！バカフミぃッ♪
♪うぇ〜のぉうぇ〜のぉウッ！バカフミぃッ♪
♪うぇ〜のぉうぇ〜のぉウッ！バカフミぃッ♪

♪ふぇらフェラふぇらフェラっ！フェリチン？♪
ふぇらフェラふぇらフェラ！フェラちん！♪

♪バカフミちんちんドクドクどっくん、白濁タンパク結晶化。

バカフミの愛の結晶、馬鹿娘！！

あっふっ〜ん！

>>504
いや、普通自力だろ
誰がタダで金くれるんだ

人手や予算が必要だと思ったら、そのために頭を使おうよｗ
話がかみ合わないにもほどがあるｗ

構造生物学に限ったことじゃないけど，結局は人脈だよ。
お金持ちの研究室と仲良く共同研究してサンプルやビームタイムを分けてもらうんだ。

そんなことだからバカにされるんだよ〜んｗｗｗ

お金持ちに取り入ることができるのなら十分賢いだろ

>>505
で、どこの教授？あるいはどこの独立准教授？

多分>>510はなぜ自分のところのボスがあちこち出張しているのか
知らないのだろう。もしかしたら先日Ada Yonath先生が来日して
あちこちでセミナーしていたことも知らないのかもしれない。
もちろん慈善事業ではない。

よ〜く知ってますが何か？

月曜日からＰＦとＳＰ８のマイクロビームビームラインの課題募集が始まるわけだが、おまえらどうする？
っていうか、実際マイクロビームって使い物になってるの？

っていうか、既設のクソ太いビームをなんとかしろよ>SP8

一ヶ月以上スレが止まってたのか
専ブラだから落ちてるのかとおもってたよ

教授が独立准教授きどりの、ポスドクだか助教だかが
こないと盛り上がらんなｗ

既存のビームラインで１０マイクロは十分小さいと思うがなぁ

PFは20だし、欧米のマイクロビームだって5とかだろ

スプリング８の場合は、
これまでは太くて弱いとこと、細くて強いとこで両極端だったから
使いにくい面があったよ

PFは去年までは細くて弱いのと、太くて弱いのだったからなぁ

>>517
てにをはも怪しい学生さんが何を言うｗ

学生さんはポスドクを痛い目で見てるよ、残念ながら

そういえば惨総研のハゲは最近パッとしないな。いつもイライラしてるし。

>>524
顔色も悪いしな。例の件で粛清中だろ。

IF 2009 Acta Crystallogr A = 49.926

Acta A >>> Nature > Cell > Science

３層のハゲはねつ造中。

新着PDBで直撃事件発生の予感

AthlonII X2 235e+785GでCootを使い始めたんですけど、遅くて困ってます。
グラフィックカードを買ったほうがいいのか、CPU変えた方がいいのか迷ってます。
誰か助言をください。

とりあえず問題の少ないNVIDIAのグラフィックボードを買っとけ。
コンピュータのことに時間を取られるのは無駄だ。

惨総のハゲは最近２３２３だよ。ｗハゲに増やし方レクチャーしてもらったらしい。

>>530
ありがとうございます。

>>531
謎がとけました。
ありがとうございます。