生物学での統計学スレ

>>524
その直後に
--引用開始--
一度「ポピュレーション・ジェネティックス・デッド」、つまり集団遺伝学は死んだと言われるぐらいに不人気になりました。しかし、その後いよいよSNPなどのこういうデータが出て、集団遺伝学の需要が戻って来たという状況です。
--引用終わり--
と書いてあるわけだが…

ここは、「生物学での統計学スレ」なので、集団遺伝学にこだわる意味は良くわからん。

ま、生き物は個体差が有るから、統計学的に結果の確からしさがどうなのかってのを評価する必要が有るのはいつの時代も変わらんよね。

>>512->>519
いやあ、別に釣りネタのつもりはないんだが、「みたいな人」って書いてるじゃん。結構年くってる人だし、今の院生なんかとは時代が違う。
論文というのは、自分で課題の設定をして、方法も選択して一人で書き上げるのが基本だと思ってたから驚いた、と言ってるんだけど。
そういう人もいるから>>513が言うような「ピペド」がいても不思議じゃないというんだが。
その人はきっと>>519の言うような人なんだと思うよ。「日本で限られた人材」と言うほどじゃないんだろうけど。

>>527
学部生乙

>>528
分野も違うというとるがな。
しつこいやつが多いな。

>>529

分野も違って事情もわからないなら冷やかしで口出すんじゃねえ。

つか知ったかは死ねよ。

統計屋から見ればバイオの論文数の多さはネタミ火病噴出のまとなんだよ
しかしバイオに寄生しないと生きていけない
それで上から目線でよけないことを言いたがる
許してやれ

>>530
最初から分野が違うというとるがな。
知ったかなんかしてないし。「知らなかった」というとるがな。

>>531
統計屋でもない。
論文数の多さはねたみの対象かと言われると、それはないとは言えないな。
上から目線に見えたか。そりゃ悪かった。

連投までしてしつこい奴だな
お前顔真っ赤だぞ？

それにしても、生物学屋ってそろいもそろって暇人揃いだな。
これも上から目線か？
僻み根性の固まりだな。

あほう。同一人物かどうかくらいわからんのか？

>>535
日本語が変ですね、わかります。

>>536
はいはい、よかったでちゅね〜

このスレを読み返してみたが、500くらいまで読むと笑えるな。

暇だな

ううう

>>540
先日のJMPer's Meetingには、JMP開発責任者John Sall氏が来日参加されたそうですね。
何か有益な話はあったのかな？
　JMPer's Meeting SPECIAL
　■日　時：2009年10月30日(金) 14:00-17:30（受付 13:30-）懇親会 17：45-19：45（予定）
　■会　場：SAS Institute Japan株式会社 プレゼンテーションルーム　　　　　　　　　　　　　　　　
　■懇親会：六本木ヒルズ ヒルサイドB2F「毛利サルヴァトーレクオモ」
　■参加費：無料（JMPer's Meeting、懇親会とも）
　■定　員：JMPer's Meeting100名／懇親会50名（事前登録制、先着順）
　http://sems.sas.com/bess5/get?id=34424.1:-g122yv7n:[email protected]&nccvq=17157

>>522
■2009年第2回計量生物学講演会　特別セッション・チュートリアルセミナーのお知らせ
１．第2回計量生物学講演会
日時： 2009年11月27日（金） 16:20-17:50
会場： キャンパスプラザ京都4F　第4講義室
参加費：無料
講　師：Nicholas P. Jewell 教授（the University of California）
演　題： Causal Inference for Randomized Clinical Trials: Accommodating (i)
Secondary Interventions and (ii) Treatment-Related Side Effects

２．特別セッション・チュートリアルセミナー
主　催：日本計量生物学会，後援： 応用統計学会、計算機統計学会
日　時：2009年11月28日（土） 13:00-18:30
会　場：京都大学医学部G棟（総合研究棟）２F　セミナー室A
参加費：正会員，後援学会員3,000円（事前登録2,500円），非会員6,000円（事前
登録5,500円），学生（会員，非会員とも）1,000円

特別セッション　(13:00-15:30)
『臨床試験におけるサロゲートエンドポイントの評価： 臨床的視点と統計的視点』
オーガナイザー：手良向聡（京都大学），松井茂之（統計数理研究所）
座長：手良向聡（京都大学）

チュートリアルセミナー　(16:00-18:30)
『ゲノムデータ・オミックスデータを解析するための新しい統計方法と機械学習の方法』
オーガナイザー，座長：　和泉志津恵(大分大学)　講師：　江口真透（統計数理研究所）
http://wwwsoc.nii.ac.jp/jbs/session_tutorial_20091005.pdf

色々な流れぶった切って申し訳ない
その上長文になります

真面目な質問なんですが
T字迷路のTの縦棒の部分にマウスを置いたとして、何らかの方法で分かれ道のところまで
行かせ、右か左か進ませる（その場に留まるは無しとする）。
このとき左と右は自由に行き来できるが、それぞれの方向に留まった時間を測定する。
これで個体数を増やしたとき、取れてくるデータが
　　　　　左　　　　　右
　A　　　10秒　　　　5秒
　B　　 　9秒 　　　 6秒
　C　　　10秒　　　　5秒
　D　　 13秒 　　　 2秒

みたいになってきたとき、左と右のどちらかに有意性はあるかどうかを調べる検定って
どうやればいいんですか？

スレ違いだったらスマソ

>544

(1)対応のあるt検定をする
(2)混合モデル分散分析をする

のいずれかでは。

さらに個体をいくつかの処理にわけているのであれば、
(2)、もしくは分割実験モデルでの分析になる。

3群以上の場合は分散分析と聞いたんですが、
ラット4匹を使い正解か不正解かの選択をさせたときの個体間の正解率の差などを出すときも分散分析でいいのでしょうか？

>>546
それはつまり、ラット4匹（A〜D）にそれぞれ20問出題して
ラットA：4問正解、16問不正解
ラットB：15問正解、5問不正解
ラットC：1問正解、19問不正解
ラットD：9問正解、11問不正解
みたいなデータを想定してるのか。

一番簡単なのは4×2分割表と見立ててFisherの正確確率検定で、
上の例なら有意差が出るから、次いでラット間で対比較すればいい。

どうしても分散分析でやりたいなら、正解率を0以上1以下の連続値と
見なして従属変数にぶち込む方法があるにはあるが、その場合反復は
4つしかない事になるから実質的に何も言えない

>>522
国立保健医療科学院の丹後部長の定年記念講演が、この3月にあるようですね。
「生物統計分野」講演会〜「生物統計学」の発展にむけて〜
「生物統計学の将来展望（仮題）」　農業環境技術研究所　三輪哲久
「生物統計学への想い、未来に向けた取り組み」　国立保健医療科学院　丹後俊郎
日程：平成２２年３月２６日（金）　15:30−17:30（開場 15:00）
会場：ホテルメトロポリタンエドモント　3F春琴の間
参加費：無料
http://www.niph.go.jp/

>>548
もう定年ですか?!

そんな大物でもないでしょ

N=7とかの結果が論文になってたりするのを見ると，
生体・医療って，結構偽科学のグレーゾーン
（もちろん，水伝レベルのヤバいのはないけれど）
があるんじゃないかという気がしちゃうんだよね．

>>551
逆に考えるんだ
N=7でも有意差が出るってことは
非常に強い傾向があるって意味だお

>>552
>>551の言ってるのはNが小さいから分布の両端をとってることもあるかもしれないってことじゃないか？

マルチというか投稿してからこっちに気づいた。

【状況】
30程度の植物を一つのチューブに入れ、
遺伝子の発現量を標的遺伝子（A）について三回、
内部標準遺伝子（X）について三回ずつ測りました。（Technical triplicate）
これを三回独立に実験を繰り返しました。（Biological triplicate）

【質問】
A/Xは１〜３回目A/Xの平均で良いと思いますが、
Q１　ここでは標準偏差を用いるべきか、標準誤差を用いるべきかがわかりません。
Q２　標準偏差を使わねばならない時
Technical triplicateでの３回分の標準偏差を誤差の伝播を考慮にいれてBiological triplicateの標準偏差を計算するべきでしょうか
それとも、実験誤差は無視して実験間の標準偏差だけを考慮すればよいのでしょうか。
Q３　標準誤差を使わねばならない時
この場合はどうしたらよいのでしょう。

わかりにくくてすみませんが、切実です。よろしくお願いします。

有意差とかにこだわっているようでは、、、、
データ数が少ないときは少ないなりの扱いがあると思うけど
そういうのをちゃんと考えている人、少ないよね

>有意差とかにこだわっているようでは、、、、

どういう意味？

研究方法の重要度として
標本の取り方＞＞＞＞＞＞＞＞＞＞＞解析手法あれこれ

解析手法ってのはどれも結局のところ、
数学モデルを使ったデータの単純化に過ぎないので、
それで「有意」云々と一喜一憂するのはあほらしいということじゃね？

そんなのもわからねぇから、
痰つぼでどうでもいい話題で勉強した気になれて、
ペーパー書くときには「残念ながら有意にいたらなかった」とか
あほ丸出しのコメントと妄想いっぱい夢一杯の考察で
疑似科学堪能できるってことだろ？

ここにいるやつって、ほとんど論文とか無批判に読んでね？

手法について質問するやつは
今手元にあるデータをとるために使った
実験計画概要と逸脱事項記録を提示しろ。
話はそれからだ。

あ、でも
もっといいのは
標本を集め始める前に質問すること。
マジお勧め。

もっといいのは
データを集め始める前に質問しろ。
統計家の仕事は７割がその段階でオワットル。
これマジお勧め。

でも、ベストなのは
データを集め始める前にまともな統計家に相談すること。
標本を採り終わった後は、まともな統計家のできることはかなり限られている。
これマジお勧め。

>>557
こんな過疎スレッドで誰と戦ってるんだ？ｗ

熱いやつが来たなｗ

まあ言ってることは正しいんだが、
野外研究や臨床医学では実験計画法どころか
何となく集まったデータに後から意味を付ける事が
ままあるからねwww

それでいいって考えちゃってるやつが多いのが個人的には腹立たしい

おれ治験の計画立案とかしてるけど、
実行するやつらは基本ピペドで、
あほみたいな運営しやがる　偏りとかそういう概念がどうしても理解できないらしい

しかも、そういうのが社会的倫理問題を含んでいることの自覚がまったくない。
施設の倫理委員会通れば万事オッケイと思っていやがる。

俺の周りのピペドの教育方法にアイデアあったらくれ。。

ちなみに、臨床医学と医学研究は決定的に視野が違うので、
医学研究ってのに限定ね

>>561
まともな統計家に出遭える研究集会が、めじろ押しですね。
統計数理研究所　共同研究集会
物理乱数・擬似乱数の発生法・検定法とその周辺
日程 2010年3月12日　10時から17時
場所 統計数理研究所　セミナー室2（D304）
http://mid.ism.ac.jp/stats/msg01051.html

研究集会「第１2回ノンパラメトリック統計解析とベイズ統計」
日程 2010年3月29日（月）−30日（火）
場所 慶応大学(三田キャンパス南館地下4階2B42教室）
http://mid.ism.ac.jp/stats/msg01072.html

>>566　まともな統計家 　
統計家って、みんなまともじゃないの？

>>566
医学統計シンポが、今日あるようです。
医学統計学および疫学の方法と実際に関するシンポジウム
　日　時　 ： 2010年7月2日(金)：9:00〜17:40
　場　所　 ： 山梨大学 工学部 A2-21号館　
　主　催 ： 山梨大学グローバルCOEプログラム「アジア域での流域総合水管理研究教育の展開」
　後　援 ： 特定非営利活動法人 医学統計研究会
　参 加 費 ： 無料
　プログラム： http://www.js.yamanashi.ac.jp/~simokawa/summer/

>>565

おいおい、ピペドに要求されてるのは、普遍性じゃなくって、新奇性だぜ？
新奇性がないとネイチャー、セル、サイエンスには論文とおらない。
そうすると職がないのデフレスパイラル。

統計から外れたデータが出るような偏った集団は、ピペドに取って宝の山。
そこを狂ったように叩き続けて論文を作るように訓練されたのがピペドなんだよw

公平さとか、一般性よりも、論文になる特異なデータを求める、それがピペド。
統計？　それって偏ったデータを証明するための後付けでしょ？　って感じw

皆様のご助言を頂けないかと思います。

ある３グループ（Ａ、Ｂ、Ｃ）間の有意差検定をしています。
（ちなみに各集団のＮ数は1000以上です。）
対象となる値は"割合"で、%表記です。つまり最小値0%、最大値100%です。
平均値はＡ＞Ｂ＞Ｃであり、ＡからＣにかけて有意に減少していることを示したいのですが、
どのような検定がよろしいでしょうか？

どのグループもかなりバラツキはあり、最小値0%、最大値100%です。
最初はＡとＢの比較だけだったのでＵ検定で済ませられましたが、
3組以上の比較をしたことがないもので、
どうかご意見を頂けないかと思います。

>>566
7/29に京都で計量生物学講演会が、あるようです。
日　時：2010年7月29日（木）13：00〜14：35
会　場：キャンパスプラザ京都　第１講義室（５階）
参加費：無料
―プログラム―
13：00〜13：05　挨拶　佐藤俊哉（日本計量生物学会会長、京都大学医療統計学教授）
13：05〜14：35　Bayesian approach to planning and analysis of clinical　trials
　　　　　　　　　　Professor Andrew P. Grieve（King’s College, UK）
http://mid.ism.ac.jp/stats/msg01138.html

>>548
国立保健医療科学院って、無料の生物統計学の遠隔教育？通信教育？を
企画しておるようですね。
国立保健医療科学院「インターネットによる遠隔教育受講生（遠隔選科生）」募集
”このコースは3ヶ月程度の遠隔教育(e-Learning)で、受講生は自分の
好きな時間に科目のホームページにアクセスして受講・・・受講料は無料・・・
生物統計学の申し込み締め切りは ８月９日・・・”
http://www.niph.go.jp/soshiki/gijutsu/sei/

>> 570
Kruskal Wallis検定。
クラスカルウォリスでググってみて。
統計解析パッケージなら、どれでもすぐ実行できます。

でも、Nが十分大きいから、ノンパラメトリックな検定でなくてもイインジャマイカ?
なぜ、マンフォイットニーのU検定使ったんですか。
データの正規性があやしいのかな。

傾向性を見る検定なら、マンテル-ヘンゼル検定をやって下さい。

こんなセミナーをハケーン。

第2回(2010年度)計算機統計セミナー
日時: 2010年9月4日（土）
会場: 文京シビックセンター 区民会議室 会議室C（５階）
―プログラム―
10:00-10:50 「Adaptiveデザインと関連ガイダンス」（仮題）, 小山 暢之
10:50-11:40 "Statistical Issues of Oncology Clinical Trial" , 棚瀬 貴紀
13:00-16:00 "Adaptive Designs: Introduction and Software Implementations" , Dr. Frank Bretz
16:00-16:40 総合討論（聴講者とのdiscussionを含む）
http://www.jscs.or.jp/seminar/seminar02.html

>>570,572
遅レスですまん
「割合データ」の3群間比較というのは、つまり3×2の分割表
のことだからFisher's exact testが妥当だ

1000個の標本を恣意的に幾つかのサブ集団に分けて反復にし、各サブ集団
あたりのパーセントなり割合なりの値を使って検定するのは邪道