マイクロアレイは難しすぎる

大きな可能性を秘めていながら、
まだまだ発展途上のマイクロアレイについて語りましょう。

２

>>1
大きな可能性が秘めてるわけでもない、というのに人々が気付いたというのが現状では？

再現性がなさすぎ。

数千個の遺伝子発現を同時に見れるのは魅力的ではあるな

一回３０万として、コントロール一個入れれば６０万。
５回繰り返して統計とるとすると３００万。
加えてタイムコースとったりするとすぐ１０００万突破だわな。

ﾉｰｻﾞﾝﾌﾞﾛｯﾃｨﾝｸﾞやｻｻﾞﾝﾌﾞﾛｯﾃｨﾝｸﾞを数千回繰り返すのと
どっちがコストが安いの？

再現性がないのに金かけるなんてばからしい。
一次スクリーニングとしても不十分だ。

>>6
まあ人件費も絡んでくるがな。
学生がﾉｰｻﾞﾝｻｻﾞﾝやっても出ていく金は知れてるが、
給料取りのポスドクにやらせるとなると話は別だ。

>>7
どれだけ金をぶっ込めるかにかかってくると思う。
３回くらいしか出来ない予算ならやらないほうがいいし、
１０回出来る予算があるならやってもいい。

日本でマイクロアレイやってる研究所や大学って少ない？

学生実験でマイクロアレイやった。
一回２０万だといわれてみんなびびってた。

フォトショで加工してもバレないよ

n=5のマイクロアレイやっている香具師なんて稀。
経費も30万って外注かな？　
市販品（7-8万）なら消耗品加えても10万程度。
スキャナーなんかの初期投資に金かかるが、外注実験よりもお得かも。
オレは n=2程度でタイムコースなんかで
合計20-30枚スケールの実験が多い（300-400万円）。
ちなみに最小は4枚、最大は150枚スケール/実験。

マイクロアレイの失敗談とかあったらおしえて。
こうすればバックグラウンドが低くなるとかのコツも。

成功例をきく方がいい。成果に結びつく方が少ないだろ？

>>成果に結びつく方が少ないだろ？
そうなのか？それって実験操作に問題があるのか、
解析方法に問題があるのかどっちなんだ？

マイクロアレイを作り出す過程が問題。

>>13
n=2はヤバくないか？
フォルスポジティブをつかんで数年の時間（場合によっては研究者人生）と数百万の費用を失うこともあるよ。
素人にはお薦めできない。

偽陽性と言え

>>14
バックグラウンドの一番の原因は洗浄最後の水きりかな。
あと蛍光標識後の精製、特にハイブリ前に長めの遠心でゴミを除くのは有効。

成功例？　綺麗な画像を取るmethodの確立は当然重要。
RNA精製法も改善してきたし、マメに幾つかQCも入れて。
でも、むしろ難しいのは実験目的上での成功かな。
マイクロアレイが成功するように実験系をセットアップすることが大事だろね。

>>18
最近メーカーは 1.2倍でも再現性あり！　って言ってたりするけど
その程度の差は生物学的誤差（サンプル調整とか）考えると無意味。
それなりの発現変動値（2.5倍ぐらい？）で発現強度も十分なスポットで
発現変動の概要をつかむ程度でOKな実験もあるのでN=2 (Dye swap)でも十分かな。
少しぐらいのゴミはあっても、TaqManで確認すれば良いし。

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何でもアレイ

大学や企業でﾏｲｸﾛｱﾚｲを用いた研究やってる人いたら手を挙げてください

affometrix使ってますよ

2回増幅するときはおとなしく2回増幅用のキットを買うべきですか？
ランダムプライマーというのが必要そうなんですが？

マイクロアレイは単なる道具にすぎない。
何のデータが欲しいのか教授に問い詰めたらスレ違いな妄想を語りだしやがった。このラボ終焉

>>25
ランダムプライマーとオリゴdTを両方使用するのをオススメします。

マイクロアレイを用いた自然言語処理による文献検索なんてどうよ？

解像度がボトルネックになるのに誰もそのことに気づいていませんね

5-10μmで十分では？

>>27
TAKARAのkitではcRNAをもう一度逆転写するようですが、
オリゴdTで逆転者できる？
変なこといってるかな？

>>28
具体的にプリーズ！

マイクロアレイを自分のラボで買うのは馬鹿。

>>変なこといってるかな？
うん。

Complementaryなんだから、dTは使用不可。
彼が言いたかったのは両方使用して増幅効率上げろ
ってこと。
ちなみに TA○ARAは良くないから Amb○on推奨。

>>35
thank you

マイクロアレイの試薬を販売している某会社の説明書が雑すぎ。
あんなんじゃバックグラウンド出て当然だよ。

アマ？　お宝？　苦労ッテック？　淫靡とろ？

>>38
あましゃむ

高すぎるな。

>>39
ああ、やっぱり
オレもそう思って最初に名前出した。
説明書が雑だけではなく、試薬もロット差ありすぎ。

>>41
だよね。ハイブリ溶液はいっぱい入ってるのに、逆転写酵素は雀の涙ほどしかない。

cy3,5で標識した溶液はどれくらいもつの？半年くらいは平気なのかな？
あとハイブリ操作の時に遮光してる？めんどくさいからしてないんだが・・・

半年は大丈夫だろ、標識サンプルも未使用も減衰は同程度。
10分程度の操作なら仕方ないし、影響も少ないだろうけど
最長時間のハイブリ時ぐらいは遮光したら。

最低どれぐらいの total RNA があれば大丈夫ですか？
論文にみてる感じではプロトコールに書いてあるほどの感度はなさそうですが。

>>45
逆転写酵素の特性にもよるだろうから、キットの説明書に従って操作するのがいいんじゃない？

今cDNAアレイの測定をしているんですが、ものすごい数の遺伝子が特異的に
発現しているという結果になりそうです・・・。
この中から本当に目的の働きをしている遺伝子を探すにはどうすればいいんでしょうか？

「ものすごい数」と「特異的」は両立すんのか？

全部RNAiしろ

cDNAアレイってとこがダサい。

>>47
それらの遺伝子のメチル化とかクロマチンリモデリングは
どうよ？

>>49
発狂しちゃうよ
>>50
大学の研究室だからGenechipなんて高級品は使えないのよ。
マイクロアレイを導入したのでさえ、清水の舞台から飛び降りたようなモノらしい。
>>51
よく分からないけど、非現実的なヨカン。

やはりクラスタリングとBlastで目星をつけるしかないかな？

cy3で標識したサンプルＡと、cy5で標識したサンプルBをハイブリしようと思ったんだが、
cy3、cy5で標識したサンプルA同士をハイブリさせてしまった可能性がある。
スキャン時の画像で操作ミスがあったかどうかを見分けられるかな？

マイクロアレイは高すぎる。

高価なマイクロアレイを使いながら、新しい分析方法も生み出せずに
既存の方法で辛うじて結果をだしている零細バイオインフォグループ

>>既存の方法で辛うじて結果をだしている零細バイオインフォグループ
結果を出せてるんなら別にいいんじゃね？

>>56
今だけはね。

マイクロアレー解析って外注っしょ。
買ったってすぐ新しいのがでるよ。

>>53
同じサンプルの色違いならScatter Plot見ればわかるよ。

>>45
一般的に下記で十分測定可能
　増幅しない場合＝ 5-20ug
　増幅する場合　＝ 50-1,000ng

>>52
質問が曖昧？ 目的の働きをしている遺伝子を見つけるの？
　細胞A → 刺激B → 遺伝子発現N(1,2,3-n) → 複数の表現形Xa,,b,c
で、表現形Xbを誘導する遺伝子を見つけたい、てことかな。

バイオインフォなどの解析法は重要だけど、一番大事なのは実験前に
マイクロアレイで何を見れば目的結果になるのか青写真を描くことだと思うけど。
マイクロアレイって別に特殊・万能な実験ではなくて、PCRやELISAと同じ系統の実験だし。

>>53
59指摘の通りだが、A,Bサンプルで本来
　（正）一枚目 Cy3-A vs Cy5-B　二枚目 Cy3-B vs Cy5-A
とすべきを間違って下記でハイブリしたんなら、
　（誤）一枚目 Cy3-A vs Cy5-A　二枚目 Cy3-B vs Cy5-B
例えば、一枚目Cy3と二枚目Cy5の蛍光強度をScatter Plotする。
（正）なら一枚目Cy3(A)/二枚目Cy5(A)は一枚目Cy3(A)/一枚目Cy5(B)よりも変動は小さく、
（誤）なら一枚目Cy3(A)/二枚目Cy5(B)は一枚目Cy3(A)/一枚目Cy5(A)よりも変動は大きい。
ただし、2枚の実験している、ABに十分な変動がある、技術的に安定していることは必須条件。

>>59
>>62
なるほどthanks。昨日思いついたんだけど、Aサンプル同士でハイブリするという事は、
そのハイブリ溶液中で双補的なcDNA同士がハイブリして、スポットとハイブリできる
cDNAが少なくなり、蛍光強度が著しく低下するのではないかと思ったんだけどどうだろう？

>>63
良く考えた方がヨクネ？

>>62
そんな難しい事やらなくても良くない？
もしサンプルＡ同士をハイブリさせていたとすると、蛍光強度比が1:1に
なるからScatter Plotの真ん中のライン上にスポットが集中するんじゃないか？
あと63の言うようにチップ上の蛍光強度が低下するから、Scatter Plotでは
原点近くに集中してくると思う。

>>65
理論的にはそうだけど、実験誤差もある。
例えば1.3倍程度の発現変動が10遺伝子あった場合、
A-A間の実験誤差かA-B間での相違なのか判断できないと思う。

ちなみにチップ上の蛍光強度が低下することは無い。
むしろマイクロアレイ実験系評価のためself-selfハイブリは常套手段。

>>ちなみにチップ上の蛍光強度が低下することは無い。
なぜ？

>>67
プローブは１本鎖じゃね？

サンプル中 遺伝子X
　mRNA配列 5'----AGCUCAUGUCA---- 3'

例えば増幅法でないcDNA標識の場合、
下記が作製される（mRNAはcDNA合成後RNase分解）。
　Cy3 5'----TGACATGACT---- 3'（青）
　Cy5 5'----TGACATGACT---- 3'（赤）
両者がハイブリするわけない。
両者が強く発現していた場合には、
青・赤ともにアレイにハイブリして
擬似カラーとして強い黄色となる。

私は良く両者のハイブリで scatter plotが右上がりの
細い一直線になるかを検討する。
実験失敗だと太いscatter plotになる。

RNAから逆転写すると、2本鎖のDNAができる。（逆転写酵素って2本鎖を作るんだよね？）
んでそれを加熱して1本鎖にしてハイブリするわけだから、cDNAでself-selfハイブリを行うと、
ハイブリ溶液中でハイブリしちゃうんじゃないの？
ググッて見たけど、self-selfハイブリはRNAでしか引っかからなかった。
ttp://www.google.co.jp/search?num=20&hl=ja&inlang=ja&q=self-self+%E8%9B%8D%E5%85%89&lr=lang_ja
cDNAマイクロアレイでは使えないんじゃないの？

>70
チョイ待ち！
逆転写酵素は相補的な1本鎖を作る。
増幅法の時は更に反応させて2本鎖を作るけど、
それと混雑している？

済まん、self-selfハイブリって私の造語なので（正式名称は無いと思う）。
メーカーなんかの市販品調べると、グラフが良く載ってるが知らない？
例えば　
　ttp://www.chem.agilent.com/Scripts/PDSLocal.asp?lPage=13064&LL=Y&countryCode=JP

cDNAアレイでもself-selfハイブリやってるみたい。でもアレイ上の
蛍光強度が下がるかどうかまでは書かれてないな。

>>71
逆転写酵素って１本鎖を作るんだっけ？じゃ２本鎖にするのは
普通のDNAポリメラーゼがやってるの？
うちは逆転写後に増幅してるから増幅法だと思うけど、
蛍光標識が取り込まれるのってその相補的な1本鎖を作るときだけ？
2本鎖が合成されるときには取り込まれないの？

悪い！　上のURLでは self-selfでは無かった。

しかし、70の原理でいくと何故、異なるサンプルで
赤・青の相違がでると思う？
サンプルが違っても各遺伝子の配列は同じなんだから。

悪い！　上のURLでは self-selfでは無かった。

しかし、70の原理でいくと何故、異なるサンプルで
赤・青の相違がでると思う？
サンプルが違っても各遺伝子の配列は同じなんだから。

>>73
方法が2種類ある。
増幅法ではcRNAで蛍光取り込み。
非増幅法では1本鎖cDNAで蛍光取り込み。

・・・チョッと時間が無くなったので、また後で。

>>しかし、70の原理でいくと何故、異なるサンプルで
>>赤・青の相違がでると思う？
相違って蛍光強度比の事？異なるサンプルだと、サンプルによるmRNAの発現量が異なるために逆転写される
cDNAの量に差ができ、それによって蛍光強度に差ができるんじゃなかったっけ？

酵素が何本鎖を作るかはとりあえず置いておいて、DNA合成溶液中に
cy-dye標識ヌクレオチドが存在すれば結局、2本鎖は両方とも標識されるハズのような気がする。

>>私は良く両者のハイブリで scatter plotが右上がりの
>>細い一直線になるかを検討する。
>>実験失敗だと太いscatter plotになる。
self-selfの時のスポットの蛍光強度は普通の実験の時と同じなの？
スキャン時の画面を見た感じはどう？

Aサンプル mRNA
Bサンプル mRNA

蛍光法は2種類。
まずは、非増幅法
　A mRNA → 逆転写+Cy3　→ Cy3-cDNAa（1本鎖-A）
　B mRNA → 逆転写+Cy5　→ Cy5-cDNAb（1本鎖-B）
Cy3-cDNAaとCy5-cDNAbを混ぜて、競合ハイブリ

増幅法 （by Everwine）
　A or B mRNA → T7プロモータ+逆転写 → T7プロモータ+cDNAa,b（1本鎖-A,B）
→ DNAポリメラーゼ → T7プロモータ+dsDNAa,b（2本鎖-A,B）
続いて、
dsDNAa（2本鎖-A）→ T7プロモータIVT +Cy3 → Cy3-cRNAa（1本鎖-A）
dsDNAb（2本鎖-B）→ T7プロモータIVT +Cy5 → Cy5-cRNAa（1本鎖-B）

Cy3-cRNAaとCy5-cRNAbを混ぜて、競合ハイブリ

素人の質問なので訳のわからないことを言っているとは思いますがご教授ください。

ストレスを与えたり薬剤を投与したときの細胞あるいは癌細胞で
特異的に発現が誘導される遺伝子をアレイで拾ってきたとします。
up-regulateもあればdown-regulateもあるし、その程度にも差がある。
植物ならばunkownも腐るほど出てくる。
結局はストーリーに合致するように、また財布や労力と相談しながら決定するのでしょうが、
どの遺伝子について機能解析するかは恣意的に決定されていると考えていいのでしょうか。
（A遺伝子は関係なさそうだ、B遺伝子はそれっぽいからRNAiしてみるか・・・とか）

それから、アレイを用いることで、医学ならば癌診断や創薬に役立つと、
植物学ならば有用な組替え体創出に役立つと言われているみたいですが、
実際にアレイデータを使用して現実に有用なものができた例があれば教えてください。
アレイ解析によってある現象には複数の遺伝子がそれぞれ決定的な役割を果たしていることが
わかったとしたら、目標はそれらを一斉にactive or inactiveにすることなんでしょうか。
そういうのは可能？

>>どの遺伝子について機能解析するかは恣意的に決定されていると考えていいのでしょうか。
>>（A遺伝子は関係なさそうだ、B遺伝子はそれっぽいからRNAiしてみるか・・・とか）
クラスタリングを行って目的の遺伝子や、おもしろそうな遺伝子を絞り込む事が多いと思う。
たとえばp53遺伝子と同じグループに分類されたら、その遺伝子はp53と同じような
性質を持っていると推測できる。それでRNAiをつかって機能を調べるという手順じゃないかな？

マイクロアレイ作ってるとこってどこ？

マイクロアレイばかり作っていて、解析、分析レベルに
なるとトーンダウンするところはあるけどね。

チップばかり作っているところはどこ？

Affymetrix

>80
ケースバイケースだが・・・
一例としてはストーリーに合致するように解析するのではなく、
合致するストーリーが描ければOKな場合もある。
例えば、想定さえていなかった新しい経路発見など。
ただし、マイクロアレイ以外での確認実験は必須。

どの遺伝子について機能解析か？　恣意的な場合もある。
要はマイクロアレイが下手で疑陽性が多くても、100個に一個がRNAiなんかで
結果が得られるのならば上流のマイクロアレイ実験の是非はどうでも良いかもしれない。

医学に役立つ例として単純なのは診断への応用。
癌の予後や治療薬感受性予測なんかは一番有名。
その場合では個々の遺伝子は単なる診断マーカーであり、
機能解析の重要性は低い場合もある。
（fingerprintみたいなもんだ）

どなたかご教授下さい。
サンプルAとBがあって、A-Cy3,B-Cy5とA-Cy5,B-Cy3というように色素を入れ替えて
標識し、測定を行います。外部コントロールで色素間のバイアスを補正した後に、
横軸にA-Cy3,B-Cy5の(Cy3の蛍光強度/Cy5の蛍光強度)、
縦軸にA-Cy5,B-Cy3の(Cy3の蛍光強度/Cy5の蛍光強度)の
それぞれの遺伝子のプロットを作成すると、y=xの直線上に点が集中するはずですよね？
つまり、実験が理想的に行われていれば、色素を入れ替えても遺伝子Ｃの蛍光強度は
同じになるということです。しかし、なぜか右下がりの分布になってしまいます。
これは実験操作に重大なミスがあるという事でしょうか？

y=-xの直線上に点が集中する。
よって右下がりで正解。
例えば、
Aで10倍Upの遺伝子x（Ax-Cy3 / Bx-Cy5 = 10）では
色素を逆にすると理論的には 0.1倍となる
（Bx-Cy3 / Ax-Cy5 = 0.1）。

>>87の書き間違い（縦軸か横軸のどっちかは(Cy5/Cy3)では？）だと思っていたのだが、
ひょっとしてマジで>>87なんだろうか。
だとすれば、まずもちつけ。

書き方悪かったな。
つまり、縦軸も横軸もA/Bで統一してるのか？ということだ。
（>>87の書き方だと横はA/B、縦はB/Aになっている。漏れは
これを書き間違いだと思ったのだ）
書き間違いじゃないとすれば、右下がりになって当たり前。
（>>87の書き方だと対数をとっていないので、y=-xには乗らない）

>>87が書き間違いでなかった場合 = Log(A/B) vs Log(B/A)
　⇒　右下がり y=-x で正解。

>>87が書き間違いの場合 = Log(A/B) vs Log(A/B)
　⇒　右下がりは dye-biasの可能性。
A,B間発現変動の数・程度が小さく、
かつRNA品質が悪かったりするとdye-biasが顕著になる。
つまり、真の変動とは別にdye-biasになった遺伝子が
Cy3だけでCy5より低い値になったりする。

>>87が書き間違いでなかった場合 = Log(A/B) vs Log(B/A)
　⇒　右下がり y=-x で正解。

>>87が書き間違いの場合 = Log(A/B) vs Log(A/B)
　⇒　右下がりは dye-biasの可能性。
A,B間発現変動の数・程度が小さく、
かつRNA品質が悪かったりするとdye-biasが顕著になる。
つまり、真の変動とは別にdye-biasになった遺伝子が
Cy3だけでCy5より低い値になったりする。

皆さんありがとうございます。dye-biasの可能性極めて大という事になりました。
右下がりになるのは、Cy5の方がcDNAに取り込まれにくいとか、劣化が速いという事に
由来しているんですよね？

２色法ってどっちかのdyeが空気中の何かで劣化するって聞いたけど。
大気汚染のひどい地域は顕著だって。

>94
　空気中のオゾンでCy5がより強いダメージ
　ただし、dye-biasの原因はこれ以外にもある。
　最も典型的な原因は Cy5は Cy3より大きい分子であるため
　Cy5-NTPは酵素伸長反応で取り込まれにくいこと。

　Anal Chem. 2003 Sep 1;75(17):4672-5. Effects of atmospheric ozone on microarray data quality.
　ttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=pubmed&dopt=Abstract&list_uids=14632079

貴重なDNAチップを1枚消費して、self-selfハイブリをやってみたんだがorzな
scatter plotになった。机上の空論なのかな？

single color と dual colorどっち使うべき？
commercial品に限ればもう値段に大差はなさそうだが。

色んな観点あるが、一つの判断基準として
　データ統計処理に自信あればsingle color
　データ統計処理に自信無ければdual color

前者は normalizationとかにknow-how必要
後者は比なので馬鹿でも最低限のデータ出せる
（ちなみに俺はは後者だよ）

てかgeneSpringどうよ？おれはｄCHIP派。

クラスタ解析ソフトの良いの教えて。

出来ればふりーで

>>92
>>A,B間発現変動の数・程度が小さく、
>>かつRNA品質が悪かったりするとdye-biasが顕著になる。
>>つまり、真の変動とは別にdye-biasになった遺伝子が
>>Cy3だけでCy5より低い値になったりする。
それは右下がりになる理由にはならなくない？
あなたの行ってる事が正しいとすれば、メチャクチャなプロットになると思うんだが・・・。
論文か何かに記載されていたの？

>>102
説明難しいかな（オレの書き方も良くないけど）。
論文ではなく実体験。

A,Bの2種類のRNAを2枚のマイクロアレイ実験
　#1 Cy3-A1 vs Cy5-B1
　#2 Cy3-B2 vs Cy5-A2
Log(Cy3-A1/Cy5-B1) vs Log(Cy5-A2/Cy3-B2) は理想的には右上がり。
だけど、もし発現変動がなく、A≒Bの場合（もしくは selfハイブリ）では
どうなるか？
答え　＝　原点中心に丸く固まる（実験誤差、< 1.2倍変動ぐらい？）。
つまり、LogRatio同士のプロットは発現変動差の大きな場合でないと
実際的な意味は少ない。

で、dye-biasが実際に存在するのは知ってるよね（文献あり）。
例えば Cy5はCy3より大きく取り込まれにくい、光・オゾンに弱い。
（wash段階で水分乾燥すると緑バックが高なるとかも）
RNA品質・純度が悪いとdye-biasが大きいってのも
文献は知らないけど、一般的に言われている。

よって、103の原点中心からdye-bias分、極一部のスポットだけだけど
見た目上、右下がりに見えたりする。
RNA品質・純度が悪くてdye-biasがあっても
発現変動が大きいサンプル間だと、相対的に影響が見えなくて
見た目上は誤魔化せることがある。

>>100
オレもあまり詳しくないけど　↓　で探さば。
　ttp://www-btls.jst.go.jp/Links/Link_ExpressionProfile.html

愛染博士のフリーソフトは有名だよね。

>>104
ということは、原点付近だけが右下がりになって、原点から離れたところでは
バラバラのプロットになるということ？俺の場合は美しい長い右下がりの直線に
なってるんだが、これはどういうことかね？このプロットはCy3とCy5の蛍光を補正して
いない状態で作るんだよね？

Log(Cy3-A1/Cy5-B1) vs Log(Cy5-A2/Cy3-B2)
は普通、アレイ毎にCy3-Cy5蛍光補正
してからプロットすると思う。

蛍光強度同士の相関ならともかく
Ratioは補正しないと意味が無い。

実験結果の評価方法について詳しく書いてある
参考文献とか論文とか知らない？データが良いのか悪いのか判断したい。

マイクロ荒井
(∵)

このスレで実際にマイクロアレイ使ってる人はいるの？

みんな使ってるけど、結果が・・・だから記憶から存在を抹消していると思われ。

すごくうまくいってるけど
何が問題？
ちなみにAffyです。

>>112
Affyの社員だな。

AfyとAgilentの二大勢力のシステムがある。この2つのクオリティは確かに良い感じ。Codeも使ったけど…論外だった。
SNPとかだったらAfy、発現解析ならばAgiかな？とは感じる。

オレもそう思う。
　1色＝Affy
　2色＝Agi
で市場は飽和。第三勢力は他のファクターが無いと厳しい。

Affyのゲノムタイリングに対して，Agiがどう対応していくか？
それも興味ある。

>>107
遅レスすまん。
サンプルAとBがあって、横軸にlog2(ACy3/BCy5)、Dye-swapして縦軸に
log2(ACy5/BCy3)をとる。この場合、dye-biasを補正していない状態だと右下がりになりやすいの？
劣化しやすいCy5の蛍光強度をα倍して補正したとすると、logの積は和に直せるから
横軸の場合：log2(ACy3/BCy5*α)=log2(ACy3/BCy5)+log2(1/BCy5*α)
縦軸の場合：log2(ACy5*α/BCy3)=log2(ACy5/BCy3)+log2(ACy5*α)
となって、右方向と上の方向にプロットが平行移動するだけじゃないの？
つまり補正してもグラフ全体が移動するだけで右下がりとかy=xとは関係無くない？
HELPｷﾎﾞﾝﾃｨｰﾇ。

Agiが1色と2色の両方を扱うらしいと聞いた。
発現解析だけならAgiの方がデータ出そう。自分の中では、AgiがリアルタイムPCRとの相関が一番高いし…そこそこ発現量が低い領域でもAgiで取得したデータはAfyよりも良好な気がする。
Agiの方が良いデータ出るのだが、Afyの方がNetAfyのようなアノテーションが良い。Afyはその点捨て難い。
結局、技術のAgi、情報のAfyになるんだろうね。
でも、AgiはGeneSpringの会社を買収したらしいから、情報の部門を強化するとの話もあるが…
Agiは、Afyと比べられない位の相当デカイ会社だから、そのうちAfyも買収するんじゃないか？と予想もしてみる。

116
2色法はDyeNormalizationをする時、LOWESSを使うケースがほとんどだから、Linearな係数だけを使うわけではないのでは？
結局、LOWESSとLinearを組み合わせた色素補正が一番良いらしいが…
色素補正がキッチリできなければ、Ratio同士を比較しても意味が殆どないんじゃないの？

つまりαは定数ではなくて変数であるということ？

外部コントロールでCy3とCy5の蛍光強度を
補正するならαは定数じゃないのか？

LOWESSのことをきちんと調べてごらん。
単純に言えば、それぞれのスポットごとで独自の補正係数を持つことです。
一色でも二色でも、ノーマライズの過程、統計的な検定（T-test、ANOVA、Correllationなど）を考えると、アレイは、数字に弱い生物家にとって、相当難しい解析法かもしれないですね。

というか生物家はそんな統計学っぽいこと勉強しないからな。
知識の分野が違いすぎるのが、マイクロアレイの使いにくさの理由だろう。

>>121
そこでGeneSpringなのでしょう。
Agiの単色は秋頃投入らしい。

microarrayはもう旬が過ぎた実験法だろｗ
mRNAの発現量を網羅的に調べるなんて底の浅い実験だな

分子生物学でもうやることあんまり無いんだよ

底が浅くても良いんじゃない？データベースを蓄積する目的もあるんだからさ。
土台、既に今、アレイだけで研究内容がまとまる時代ではないでしょう？
データベースをいかに使って、新たな発見のきっかけを掴むか？と考えていないと時代に取り残されるよ。

spotted array hybridizationはあくまでも１次スクリーニング
その後、興味のある発現量のmRNAを追跡して行く
でもそのmRNAが細胞内で本当に発現しているかは分らんのだよ
あとＤＤＢＪのデーターはたまに間違ってるからな

沢山発現が変わってたらいくらでもストーリーつくれるよね。
いつかデータでなくて困ったら使わせてもらうよ。てか、みんなそうか。

今は、スポットアレイはどうなの？AfyとAgiのin situ合成の精度がズバ抜けている訳じゃないですか。
データベースの使い方も、AfyAgiの精度の高いアレイの生データをGEOなんかからダウンロードしてきて、自分で再解析できる技術がないと、アレイデータベースを使いこなしているとはいえない。

マイクロアレイ・・・ただの宗教。
信者はどんどんやめていき、すぐに廃れる。

うちの研究室はもう１年半くらい前にmacroarrayやるの辞めた
理由はｍｉｃｒｏａｒｒａｙだけでは論文にならないから
今は２〜３個のmRNAの機能について調べてるみょ
ＲＮＡiもいつまで最先端なのか分んないよな

アレイだけで論文にならないのは当たり前。
最初のスクリーニングステップと考えれば、良いツールじゃないか？数個の面白い候補遺伝子を選抜できれば、目的は達成じゃないの？

金かかりすぎるけどね。

HiCEPすれば

アレイで見つかった遺伝子を片っ端からRNAiやらoverexpressionやらしたり
knockout mutantを作って形質を評価するのが王道？
function unknownがたくさん出てきていたらどうするの？

>>133
自分でcDNAアレイ作ればそれほどでもないぞ。

>>135
ウイルスベクター、アグロ（植物のみ）、形質転換、ノックアウトマウス

>>137
面白い転写因子が見つかったらツーハイブリッドとかもかな？
アレイのデータから学術論文を書くようなストラタジーは、
無難（王道？）の謗りはあるだろうけど、そのような手法を使って
金と労力をつぎ込んでセコセコやれればたちそうなんだよね。
産業としての企業研究にどんな風にアレイを使えるだろう？

アレイを何度かやって唯一解った事はアレイが使えないって事だ。

>>138
植物なら矮化を起こす病原体を利用しようとしているよ（もしかしたら特許に関連かも）
ある病原体に罹病したら樹木が矮化するけど果実の品質低下があるとすると
どの遺伝子が果実の品質低下に関与しているのか調べたりしてるっぽい
将来は矮性台木を使わずに矮化栽培しようと考えてるんじゃないかな
動物でも同じだと思う

>>139
アレイはあくまでも遺伝子のスクリーニングだぜ
アレイのみで論文書けたのは2001年くらいまでだろ

>>140
同意。
アレイやりました、でメジャーなジャーナルでアクセプトされたのは2000年前後まで。
今だったらまともなところにはなかなか。
アレイ→遺伝子のセレクション→RNAi、VIGS、形質転換→形質評価で一報かな？
大変だね〜。
>>138に対するレスの例は、あまり一般的な例ではなさそうだけど、
ある樹木に感染する病原体のゲノムのうち果実の品質低下を引き起こす遺伝子（群）を
アレイで特定してその部分をデリーションした病原体を作ろうってこと？
いずれにせよ遺伝子組み替え体ってことになるんだよね。
動物だと疾患遺伝子を特定してsiRNAドラッグ作成とか？

×組み替え体
○組換え体

>>142
ごめん・・・

>>135
そんな感じのストーリーで、論文にしたんですけど、マイクロアレイの再現性自体を突っ込まれ、膨大な生データをひたらすら整理しなおしてほとんど書きなおしました。
アレイにいくら金をかけれるかで決まるかもです。

たしかarrayは7,8回同じ実験しないと確実なデーターではないって聞いたよ

>>144
その話、興味深いです。
アレイの再現性について突っ込まれたという話ですが、
レビューアーはデータのどの辺りを見て再現性に疑問を呈したのか、
またその質問はあなたが全く想定していなかったものなのか。

それからその論文に費やしたアレイ費用は総計どのくらいになりますか？
差し支えなくば教えて頂けませんか。

みんなは解析ソフト何使ってる？
できればメリット、デメリットなども教えて欲しい。

全然再現性とれない。１年無駄にした。

それはあなたのハイブリテクニックが未熟なせいです。

arraygage,DNASISARRAYなんかがいいんじゃね

HiCEP

そんな予算ねーよ。ぼけ。

解析ソフトを自作してる人っている？

昔、Linuxを立ちあげて、色々なフリーソフトをダウンロードしたり、色々なスクリプトをパクって、自分なりにカスタマイズしてました。
ただ、色々と時間がかかったり、操作性が悪かったりしてね…
結局、アレイ解析ソフトウェアで一番の多機能、安い、シェアが広くて汎用性が高い、論文に書きやすいなどを考慮して、GeneSpringを買って、解析をするようになりました。
結論として、半年から1年位かけた操作が、1週間位で終わり、悲しくなりましたが、購入ソフトウェアの偉大性も感じたのが実感でした。
確かに情報系のことは学べたけど、費やした時間を考えると、慣れないことはやらない方がいいかもなと感じましたね。

情報系の論文書けば良いじゃん。

普通の操作、簡単なプログラムを学んだだけで、論文になるわけないでしょう。

>>GeneSpringを買って、解析をするようになりました。
いくらだったの？

１５７
年間ライセンスで、６０万位だったかな？
（大学なので、もちろんアカデミック）
業者に聞けば、正確な値段を教えてくれると思うよ。

もしかしてAffymetrix社のアレイを使ったの？

2色は、Agiと自作。
1色は、CodeLink。
Agiの1色が出たら、乗り換える可能性が大。
Affyは、ランニングコストが高くて、却下された。

高すぎ！！
　　 。　。
　 / ／ ﾎﾟｰﾝ！
( Д )

lowess回帰のソースコードが載ってる文献とか論文ってない？

HiCEPはシーケンサーさえあればできるらしいよ
予算がなくてもできる？
漏れはやる気ないけど

工作員乙

本当にシーケンサーだけでできるの？

アレイ解析のソフトウェアで、一番安いのがGeneSpringだと知って、愕然とした。
結局、お金持ちしか、アレイなんかを含めた何とかオーム解析たぐいは出来ないんだね。
アレイやる位、金がある研究室ならば、60万位安いもんだろうということか…
考えてもみたら、解析が一番大事なんだよね。実験、実験と言っているのは、昔世代の考え方かも。
といいながら、ボスは昔世代の考え方だから、ソフトウェアに金かけると言ったら、色々と言うんだろうな〜

貧乏研究室はお手製のmembraneでマクロアレイでもしとけ
んで解析は割れ物のphotoshopでな

GSは余裕でクラックできるよ

freeのソフトウェアはどうなの？やっぱり糞の役にも立たないのかな？

アレイにかける細胞の調整から既に難しいのに。

168
それは犯罪のような。
GSの会社は、hpが分社したデカイ会社に買収されたわけだから、将来的に厳しく取り締まりをされそうな気がする。
気をつけろ…ていうか、研究者として失格のような気がする。もしかして、データ捏造とかをやっていないか？犯罪者君。

アレイって、金かかるよね。
ついでに頭つかわないとデータが出ないよね。

まともなデータはね。
ハンパなデータなら垂れ流しだがな。

チップばかり作って、あたかもバイオやっているふりをしている大学ってあるの？

174
最近は、自作アレイが減ってしまって、殆どが市販アレイや受託アレイじゃないのかな？

>>174
チップを無駄遣いしてバイオやってるふりをしてる研究室はいくつもあります。

要するに、アレイの使い方の問題なんだろうね。
技術としては良いモノになったけど、使える人が少ないだけの話。
使い方を考えるのが、研究者の仕事じゃないのかな？と感じるようになり、統計やデータベースの勉強も始めた。
結果、PCに張り付くことが多くなり、実験台至上主義のボスに目を付けられてしまった。おかげで、ボスが帰ってから、コソコソ勉強です。

>>176
たとえば何処？

>>178
旧邸にもあります。このくらいで勘弁してね。

マイクロアレイの結果を確かめるためにRT-PCRをやってみたんだが・・・




orz

アレイでは、ばらつきが大きいと言われている低発現遺伝子（シグナルが弱い領域）で、RT-PCRの相関を見ても無駄。
あとRT-PCRで使うプライマー設計の仕方やRNAサンプル中に含まれるゲノムのコンタミ具合でも、データが変わってくるから、なかなか難しいもんだよね。

アレイの結果みて　アレ･･･?

統計的に考えれば、アレイは、全体の7割位が正しいと判定できるツール。
数万遺伝子の「7割も正しく判定できる」と判断するか、「3割も間違えがある」と判断するか、研究者の捉らえ方によって違う。
どのみち言えることは、頭の良い研究者は、間違えがあることをわかって使う（ツールの特性を理解している）。逆に、良くわかっていない奴は、間違えがないことを前提に使うから、間違えに気付かないだけ。
ツールの特性を理解しないくせに、ツールが悪いと当たり散らす。愚の骨頂。

まあ、Z８０以下の完成度だな。
３割も計算間違えるチップなんて、市場に出したらインテルでもつぶれる。

コスト･時間とのトレードオフの問題だから。

そのうちペンティアムなみの集積度でアレイができるようになるよ。
気にするな。

ごもっとも。確かにインテルでも潰れるね。
でも、まあ仕方がないかと思えてしまう。今、生き残っている市販アレイは、もっと精度が良いのだろう。
自作アレイは、7割だなと実感するが…
自分の印象では、自作が7割、CodeLinkが8割、Agilentが9割の精度という感じ。
Affy使用の人がいたら、どんなもんか、教えてくれない？Affyが却下されたので、どないなもんかを知りたい。

アフィとアジは似たようなものらしい

>166
Ome審理共とは一線をかす人生もいいではないか

188
さんきゅう。一遍、AffyとAgiを比べた結果をみてみたいね（何となく）。
でも、in situ合成オリゴだと精度が高いという結論で良さそうだね。
Agiの1色アレイが出たら、CodeLinkを買わなくてもすむな。1割増しだから、約5000遺伝子がきちんと測定できるようになる感覚？（個人的な感触だけど）

>>アレイでは、ばらつきが大きいと言われている低発現遺伝子
>>（シグナルが弱い領域）で、RT-PCRの相関を見ても無駄。
いや、発現が4倍以上のものを選んでやったんだけどね・・

発現変動が大きい（4倍以上）という意味では無いだろ。
発現強度の方だと思うよ。

マーケット的にはAffy優勢？Agiで結果だした文献あんまりみないな。

シグナル強度が高い領域では、1.5倍でも差があると判断できるが、低い領域では、20倍であってもの差があるとは判断できないということだよ。
エラーモデルというキーワードから理解してごらん。アレイが統計的な話と絡む典型的な内容だと思うよ。統計（最近ではアレイ統計とも言われるらしいが）を理解すると世界が広がるはず。
確かに統計は、アレイ解析するための一つの側面でしかないけどね。

マーケット的にはAffyが優勢なのは明らかだね。Agiよりも4-5年早く始めた先発メーカーだしね。
Agiは、2-3年位前から始めた会社ではなかった？ようやく論文が出始めたところのような気がする。
世界的なマーケットではAffyが独走を続けて、Agiがそれに続く。それ意外は、イルミナあたりが残って、他は撤退のような気がする。
将来のマーケット予測：Affy(50%)、Agi(35%)、イルミナ(10%)、その他（5%)
良い線いっているような気がするけど、いかがなもの？

>>166
＞アレイ解析のソフトウェアで、一番安いのがGeneSpringだと知って、愕然とした
うそじゃないが正しくもない。
あれ、1年ごとに60万払わにゃならんのよ。
更新期限切れるとその瞬間からまったく使えなくなる。

つまり、こ れ ま で 解 析 し た デ ー タ も 一 切 見 れ な く な る 。
ありえねー。

論文書くこと考えたら3年くらいは使わなきゃいけないこと考えたら
絶対安くない。止めとけ。

>>193
発売時期の違いじゃね?
既出のように以前の「アレイ解析やりました」で論文になってたころとは違って
アレイの論文は長い時間かかるようになってきてる。
んで、アジレントのオリゴがはやり始めたのが2-3年前って考えると・・・。

これから出ると思うよ。
少なくとも俺が１報、俺の共同研究者が2報出す予定w

196
それでもGeneSpringが一番安い。他のソフトウェアのことを聞くと、年間保守契約とかをちらせかせる。
Updateとかを考えると…保守を結ばないと1年後のUpdateができないとか。
そんなことを考えると、結局、世界標準ということもあり（アレイ解析ソフトウェアの70-80%のシェアなんだね。）、GeneSpringを購入することになった。

>>198
updateしなきゃいいんじゃね?
とりあえずそのとき動いてる状態が維持できるなら問題ないでしょ。
GSは金払わなきゃアップデートはおろか完全に使えなくなる。
解析が出来なくなるってんならともかく、結果の閲覧さえ出来なくなるってのはどうよ?
1年目にアレイ解析して、2年目からRT-PCRとかで検証した後、3年目に論文に
するために前のデータを見たいと想定したとき、その研究者はほとんど使わない
2･3年目に対して120万払わなきゃいけないとかありえないっしょ？

GeneSpringの5-6年分で他のソフトウェアが買える。
3-4年の期間ならば、GeneSpringを買う。
理想は、情報系の方々と共同研究という名目があれば…ということなんだけど。

dye-biasが発生する条件ってCy3よりCy5のほうが分子構造が大きいとか、
劣化が早い以外にある？
配列に特定の塩基が多いとかっていうのは影響しないのかな？
誰か教えてくれ。

HiCEPすろ

>>200
おいおい、うそつくな。
アカデミック価格ならavadis84万、Molmine100万だぞ。
GS2年分で楽勝でオツリ来て、しかも永続使用できるじゃねえか。

GSなんて学科に１ライセンスとかでいいだろ。

知らなかったよ。
そんな解析ソフトウェアがあったんだ。
どうしてもメジャーなところばかりに目がいってしまって…
貴重な情報をありがとう。

ついでに聞いてしまうが、どこの会社のソフトウェアで、機能はどんな感じなの？
2-way解析やシス配列予測、多種アレイとの比較なんかが機能的にありますか？（今、良く使う機能なんで…）

暇なんでGeneSpringみたいだけど２ｃｈネラー向きのアレイデータ解析ソフトつーのを作ってみるわ。もちろんWindowsネイティブな。少しまちなー

>>207
楽しみにしてます。２ｃｈネラー向きのっていうのが引っかかるけど。

207
とてもありがたいです。
楽しみにしてます。

>>207
どこかで聞いたようなセリフだな・・・・・

名前は「Xjooz」にｹﾃｰｲですね。

一瞬ｽﾚﾀｲがアムロレイに見えた

PCR結果と一致しないんですけど・・・誰か助けて。

それが普通。

マイクロアレイの困った点は、ratioで1.5倍とか2倍の発現でpositiveとみなすってとこだよな。
ホントに変化が2倍量だとしたら、RTは相当慎重にやらないときれいな結果出ないよな。
ノザンも微妙な発現の遺伝子捕まえるの大変だし。
いくら再現性あっても他の実験系で証明できないと評価されにくいよね。ヤッパリ。

そうなの？ratioで2倍ならバンドの濃さが2倍に
なりそうな気がするんだけど。

間スキャナーの説明書が雑すぎてむかつく。
PMTって何？GAINをいくらに設定すればいいのか知ってる人いませんか？
使用している蛍光色素はcy3とcy5です。

経験的にマイクロアレイで2倍が真実な場合、実際にはより強く発現変動してることが多いように思う（3-5倍程度）。
オリゴであってもアレイは多少のクロスハイブリがあって下駄を履いている分、
発現変動は小さめにでる傾向があるかな。
ある程度の質のマイクロアレイと技術・サンプルが揃えば、疑陽性は最小限にできるが、
疑陰性は対応も難しいし、結構あるかも。

ただ、目的にもよるのだが私の持論では2倍程度の遺伝子を個々には相手にしないことが多い。
その程度の発現変動を相手にするのは発現変動の全体的な動きの傾向をみる時や
finger printのような profilling目的で十分。

興味ある発現変動遺伝子を個々に相手するときには最低でも3倍、出来れば５倍程度にしてる。
マイクロアレイが如何に上手くなっても、その技術以上に生物学的なバラつきの方が
大きいことが多いと思うので（動物の個体差、細胞ロット・培養条件の差、RNA調製など）。

プロテオミクスを専門にしている者です。
現在二次元電気泳動を使ったタンパク質発現変動解析のペーパーを読んでるのですが、
それがAffyの計算で倍数変化を出してるのです。
簡単に表すとBGはバックグランドで　
　　 　　　　　{max[サンプルのシグナル,BG]−max[対照のシグナル,BG]}
倍数変化＝ ----------------------------------------------------　＋Ψ
　　　　　　 max[BG,min(サンプルシグナル,対照シグナル)]
となっております。
この式の意味がわからないのですが、、、
分子は単純なシグナルの差なのでわかるのですが、
分母がわかりません。

どなたか詳しい方教えていただけないでしょうか？
宜しくお願いします。

ξ＼（ ・_・）うんち投げ！ （ ・_・）_ …-=≡ξ;゜ｏ゜）ベチャ
ξξ＼（ ・_・）うんち2個投げ！　（　・_・）_　…-=≡ξξ；ﾟoﾟ）ﾍﾞﾁｬ×2

そして5年後・・・
>>207は著作権法違反ほう助容疑で京都府警にタイ〜ホされたのであった・・・
自宅からはアレイの結果をうぷしないで他人の結果を
ダウソし放題の作者専用版が・・・

小学校の頃、焼き肉屋さんでメンバー全員見かけた。
スタッフらしき人もたくさんいて、多分打ち上げって奴なんだろうけど
チェッカーズの大ファンだった私は、チラチラ横目で見てた。
みなさんが帰る時に、側に言って、妹の色鉛筆と割り箸の包み紙を持ってサインを頼みに行った。
もちろん目当てはフミヤ。真っ先に駆け寄ったが一瞥をくれただけでソソクサと歩いて行ってしまった。
他のメンバーも足早に店を後にして寂しい気持ちで呆然としていた所、頭を撫でてくれた人がいた。
見上げると、そこにニッコリ微笑むクロベーさんの姿があった。「俺のでいい？」私は嬉しくてうなずくと
ササっと割り箸の包み紙にサインをしてくれた。
サインはすぐ捨てた

>>219
Affyの場合、PM(Perfect Match), MM(Miss Match)個々の
プローブレベルのデータ（11-15 pair、CELデータ）から、種々の
アルゴリズムを使ってシグナル値を計算するので、その文献で
使っているアルゴリズムが判らないと、なんとも言えん。

式だけ見ると、負の値にならないような工夫を
しているので、一昔前のアルゴリズム（MAS4.0: ave diff)で
計算したシグナル値と思われ。

BGをどう導いているのか不明だが、いずれにせよその式で求めた
Fold change valueに生物学的な意味はつけ難い（と思う）。

ふと思ったんだけど、DNAチップ上のあるスポットに、
たくさんのDNAがクロスハイブリダイゼーションしまくって、
偽陽性が生じるということはないのかな？

工エエェェ(´д｀)ェェエエ工

>>224
・・・・・・・・釣りだよな？

釣りだといってくれ。頼む。

でもありうる話じゃないの？完全に相補的でなくてもある程度の
配列に相補性があればハイブリするだろうし。
とくに特定の細胞から抽出したmRNAでなくて、生物をまるごとホモジェナイズして
totalRNAを使用している場合は。

>>227
マイクロアレイの原理勉強しろ


話はそれからだ

>>226

外部コントロールのみでハイブリさせたら
クロスハイブリダイゼーションしまくりだよ。

アホがもう一人増えたか

クロスハイブリがあっても問題ねえだろ
ディファレンシャルに結果出してんだからよ

この意味がわかんねえならホントに帰れ

>>ディファレンシャルに結果出してんだからよ
この意味は本当に分からん。

>>232
んじゃやめといたら？＞アレイ実験



まあ結果だけ見れればいい人ならいいんだろうけど。
>>231の言うように問題はないはずだよ。
ノンスペの影響がゼロとは断言できないけど、ディファレンシャルな解析への影響はないか、ごく小さいはず。

発現比が大きいものなら問題は無い、といえよ白痴野郎。

クロスハイブリは非常に重要な問題だよ。バックグラウンドに埋もれない程度の
蛍光強度があるならば、大きな誤差を生じ得る。特にdye-swapを行っていない場合は
反復回数を増やしても対処できない。

231は市販のアレイを購入してマニュアル通りに実験して付属の
解析ソフトに取り込ませてるだけだろ。
馬鹿でも金さえあれば形になるのがマイクロアレイの良いところ。

>>234
見たいgeneにあわせてプローブ量調整してねえのか低能。
あと発現量の小さい物はそもそも信用してねえよカス野郎。

>>235
じゃあdye-swapやれば？
解析法で比較的どうにかできることを知らないんなら手間かけるしかないだろ。

>>236
あたりまえだ。
1遺伝子1.5円でアレイが売ってる昨今、自作アレイの意義は大きく薄れてる。
今は自作アレイの方が金がかかる時代なんだよ。
100遺伝子くらいならあとの手間考えたらRTとか使った方が早いだろ。

あ、解析は確かにソフト使ってるわ。excelだけど。
馬鹿だから3万-5万種類の遺伝子の発現は計算出来ねえよ俺。

頭がよくて金のないおまえは手計算でやってるのか?
それともソロバン?
大変だな。

以前オレが言った疑陰性の一番の原因はクロスハイブリだと思ってる。
クロスハイブリは上手くすれば多くの場合に疑陽性避けることできると思うけど、
　均一なクロスハイブリ　⇒絶対強度に下駄　⇒発現比が小さ目に出る

なのでオレもクロスハイブリは問題無いわけではないと思う。

そう言えば昔、♀マウスの臓器でも X染色体遺伝子発現が Pコールだった。
もちろん強度は♂より弱かったが、クロスハイブリを怖いと思った。

っん？　日本語が変か？　スマソ

要は、クロスハイブリは疑陽性でなく
疑陰性の原因の一つでは　？

ってことだが、どうよ？

何度もゴメン！
　X染色体　×
　Y染色体　○

寝る前にビール飲みながら書いたので寝ぼけてた（言い訳）。
他の香具師に突っ込まれる前で助かったよ
2chでは何言われるかわかんないからｗ

>>239
偽陰性っつーか、ようするにバックがあがる原因じゃないかってカンジ?
S/Nが下がることによる相対的なシグナル減弱の原因つーか。
なら同意。

ただ最近のアレイはオリゴアレイになってからクロスハイブリはかなり減ってること、
ガラスの質の向上のおかげでバックそのものが低くなってることなどから>>233と書いた。


あと
＞、♀マウスの臓器でも X染色体遺伝子発現が Pコールだった
これは偽”陽”性の例だとおもいまつがｗ

>>241
Miss Match プローブのシグナルでクロスハイブリを
補正できる点がAffyの良いところだよ。

MMが内部Referenceになるから、Referenceサンプルが
要らないし、異なる施設間のデータの互換性もある。

ちょっとコスト高なのが　(´･ω･`) 　だけど。

HG-U133Plus2.0 target chip (54K transcripts) 一枚で
20万円程度。

たたた高けえeeeee！味連との倍かよ！しかも単色だし！　>affy

しかもアフィは試薬とかまで高い罠

スキャナも汎用性ない上に高いしなあ。

>>1遺伝子1.5円でアレイが売ってる昨今、自作アレイの意義は大きく薄れてる。
>>今は自作アレイの方が金がかかる時代なんだよ。

これだけで池沼さんということがわかるな。たぶん何かの本でマイクロアレイの
生半可な知識をつけて知ったかぶりしてるんだろ。
おそらくマイクロアレイの実験すらやったことが無いと思われ。

1遺伝子1.5円でアレイが売ってるってなんなんだよ・・・
そんな製品があったら教えてくれよ。速攻で購入するわ。

＞これは偽”陽”性の例だとおもいまつがｗ
説明不足だったが、確かにシングルカラーだと偽”陽”性かな。

でも、2色ハイブリだと偽”陰”性の可能性もあると思わん。
　例えば A=10、B=5だと A/B=2　だけど
均一なクロスハイブリが +2があったとすると（チョッと大きい値だけど）
　A/B=12/7=1.7
で 2倍以上のクライテリアを満たさなくなる。

絶対蛍光強度が小さい場合は、ノイズの影響を受けやすいからね。

>>245,246
アレイのコストを1遺伝子あたりで換算するのはフツーのことだと思うが。
こないだのBIOEXPOではそうやって安価を強調してる業者が複数いた。

ちなみに
味れんとのWhole何とかアレイ＝1枚約11万
いまお試しキャンペーンで4割引=1枚7万
Wholeアレイに載ってる遺伝子=50000遺伝子
7万÷5万＝約1.4円

そんなに間違いじゃないな。
定価でも約2円じゃん。

>>245、6
うはｗｗｗｗ揚げ足取ったつもりで無知さらしてるｗｗｗｗｗ
学部生ｗｗｗ哀れｗｗｗｗｗｗｗ
ﾜﾛｽｗｗｗｗｗｗｗ

アフィって、ランニングコストが高い。
アフィとアジの両方システムがあるから、アジの一色が出たら、発現解析は全てアジになる予定。
SNPだけはアフィ使うしかないけどね。
正直、アフィだろうがアジだろうがランニングコスト自体は高い。計算するとアジはアフィの1/2位だったけどな。
精度はどちらも似たようなもんだしな。

HiCEPSだっけ？使ったら？？

業者か？　しつこい香具師
オレが断言！
以前、HiCEPの業者と会った。
　結論
　★ あんな低レベルな会社のシステムなんぞ屑ゴミに等しい。
　★ cost/perfomanceを考えると利用者は間抜けな素人に等しい。
　★ 2年後にはこの分野から自然消滅するだろう。

まだAffyのgenome tillingの方がマシ。
通常解析は Affyより Agiの方が好みだけど。

>>249
その価格の載ってるHP教えてくれよ。

というか販売されているアレイに自分の研究したい生物種のものがなかったら、
自作するしかないんじゃないの？自作アレイの意義が薄れているとは思えんが。

249では無いんだが、
まぁ概算は合ってるよ。
　ttp://www.chem.agilent.com/Scripts/Generic.asp?lPage=14984&LL=&CountryCode=&indcol=N&prodcol=N

定価は載ってなかったけど
　確かウチでの購入価格は
　キャンペーンなその他割り引きで 8-9万円ぐらいかな？
　（まとめ買いするので個々の正確な価格は忘れた）
なので 8-9万円/44K（ヒト）＝2円ぐらい

>>254
去年アジレントからきたメールニュースだが

>>
11．キャンペーンのご案内

5月1日から8月(キャンペーンにより最終日が異なります）まで，遺伝子発現関連製品の
キャンペーンを実施します。最大40%引きでご購入いただけるキャンペーンもあります。
詳細は，ホームーページをご覧下さい。
http://www.chem.agilent.com/Scripts/Generic.asp?lPage=14984&LL=&CountryCode=&ind
col=N&prodcol=N
>>

「初めて購入するラボでアレイ2セット買ったら4割引」セールは終わっちゃってたか。
それでもアカデミック2割引は続いてるようで。
定価はオフィシャルのホームページにもないけど、業者かアジにtelすりゃ5枚で
50-60万だってすぐわかるだろ。


>>246
というわけだから。

速攻で買えよ　(ﾌﾟ

HiCEP使えと言っている奴は痛いね。どうせ、業者だろ。あるいは、医科研のN研究室の人間だろう。
残念だけれども、結局はAfyとAgiしか残らないよ。
早いとこ、転職しな。悪いこと言わんからさ。

>>それでもアカデミック2割引は続いてるようで。
アカデミックじゃないんで買えません。
しかも「初めて購入するラボでアレイ2セット買ったら4割引」セールって何？
必死にググッたが1遺伝子1.5円の商品が見つからず、苦し紛れに
アカデミック版とか限定キャンペーンなんて得意げに持ち出してくんなよwww
必死すぎ。

>>249
あのーーマイクロアレイは再現性が低いので、何回も測定しなきゃならないんですよ。
2セットだけ安く買っても意味無いんですけど。マイクロアレイのこと理解できてますか？

>>259
必死なのはどう見てもお前なんだが。

てか、お前社会人かよ。
いい年こいて煽ってその程度か。
ほんとに必死だな。

>>261
うはｗｗｗｗ揚げ足取ったつもりで無知さらしてるｗｗｗｗｗ
学部生ｗｗｗ哀れｗｗｗｗｗｗｗ
ﾜﾛｽｗｗｗｗｗｗｗ

外注してみれば

大学院生だったのか？じゃあマイクロアレイのことを
良く分からんでも仕方ないな。いじめて悪かった。これからも精進しなさい。

しゃらぽあ

>>259
4月に4割引で買ったからまだやってるモンだと思ってたよ。
間違いを認めて謝罪する。いやすまん。


ところで>>256氏が定価でも2円くらいって教えてくれてるね。
1遺伝子2円でも、この話の眼目である「自作より安くあがる」という点については全く揺るがないように思えるんだがその点についての意見を聞かせてもらえる？
ついでに聞くけど、1．5円では速攻買えても2円では買えないの？


それとアカデミックが使えないってことは企業の人？
知 り 合 い の ア カ の 人 に 代 わ り に 買 っ て も ら う こ と も で き な い 程 度 の 人 脈 し か な い 企業の人ってことね？

2chなんかに書き込んでないで、がんばって仕事した方がいいよ。
人脈は君のビンボ臭い会社がつぶれたとしてもなくならない。
会社名を背景にした薄っぺらい関係でなければね。


>>260
あのーー1セット5枚で計10枚のマイクロアレイが入ってるんですが。
再現性が低いので、何回測定してもマイクロアレイ単独の結果では論文かけないから
そのあとでRT-PCRとかで確認しなきゃならないんですよ。
なんで最近は高価なマイクロアレイ実験はDye-Swap程度ですませるようなやり方で
実験デザインする人が増えてきてるんですけどマイクロアレイのこと理解できてますか？

>>266
×定価でも→○通常購入価でも　
だね　ｽﾏｿ

>>それとアカデミックが使えないってことは企業の人？
>>知 り 合 い の ア カ の 人 に 代 わ り に 買 っ て も ら う こ と も で き な い 程 度 の 人 脈 し か な い 企業の人ってことね？
これはありえなくね？企業が知り合いの大学関係者を通じて不正に購入するなんて
ありえないと思うんだが。万が一発覚して論文が発表できなくなったらどうするんだよ。
あんたは解析ソフトをクラックして大学で使ってるのか？

この話の眼目はクロスハイブリで偽陽性が生じるか否か、だと思うんだが。
218の言ってることをスルーしているから、わけわからんままマニュアルどおりに
実験してるというのは図星だろ？まぁいいや。
マイクロアレイを自作するより購入したほうが安く上がる、なんてのは妄想。
自作の場合トータルRNA抽出、mRNAの精製、cDNAライブラリーの作成、プラスミドに
インサートされたcDNAをRT-PCRで確認、増幅してDNAチップの作成、測定みたいな流れだろ。
手間と時間、ミスは増えるが安く済むのは確実。もしライブラリーを自作するのが不安なら、
そこだけ業者に頼めばいい。そうすれば測定結果を確認するときに役立つし、
他の研究にもライブラリーを流用できる。市販のアレイを購入したら測定してそれでオシマイだろ。
そのデータ以外に何も残らない。
上の方で話題になってたけど、市販アレイは付属のソフトを購入したり、年間ライセンスを
取得しなきゃならないことが多い。しかもチップやソフトに特許事項が多いから、
何がどうなってるのかわからん。
DNAチップの1遺伝子あたりの値段で計算してるのがそもそも馬鹿まるだし。
自作ならbioconducterのRでも使えばいいし、共同研究で統計に詳しい人に頼んでもいい。
うちは実際そうしてる。
今扱ってるサンプルのDNAチップが1遺伝子1.5円なら速攻で買うかな。
でもそれに付随して余計な出費がかさむなら買わない。
ところで218がクロスハイブリによる偽陽性や偽陰性について述べてるんだが、
それについての意見を聞かせてもらえる？あ、ついでに255についてもお願いね。
できないんなら2chに糞レス書き込んでないで、研究室のボスに媚売るか雑用でもしてろ。

>>268
不正にならない方法も知らなきゃそういう協力者もいないってことだろ？
世間知らず乙

>>269
＞この話の眼目はクロスハイブリで偽陽性が生じるか否か、だと思うんだが。
ん？お前俺を誰かと勘違いしてない？
ここでは>>249が初カキコなんだが。
一人相撲乙。

でもまあとりあえず。
俺は>>218については否定してないが。「変動幅の大きい物以外は信用しない」という点についても全く同意。
>>247について言ってるなら「そうかもね」ってところかな。
（チョッと大きい値だけど）の部分は「それはちょっとじゃねえだろｗ」と思うけど。

＞自作の場合トータルRNA抽出、mRNAの精製、cDNAライブラリーの作成、プラスミドに
＞インサートされたcDNAをRT-PCRで確認、増幅してDNAチップの作成、測定
人件費って知ってる？各種実験に使う試薬・消耗品にもお金がかかるってわかってる？ライブラリの値段知ってる？
買ったライブラリ使い尽くすほどのアレイを使うというならはなしは別だが、そんなに枚数があるなら逆にアジとかでオリゴアレイカスタム注文した方が安く上がりますよ？

俺も昔自作してたが、ライブラリの管理の困難さ（数千遺伝子のコンタミを確認する術が事実上無い・リストを作るのが大変など）と上記経費の膨大さから「買った方が安い」という結論に達した。

ついでにｃDNAアレイだと>>247の言う偽陰性が多くなることに気づいてる？
オリゴだと50-100塩基ぐらいだから、その確率はすごく低いのは自明だよな。そんなに偽陰性偽陰性言うならオリゴにしたら？
ああ、それともオリゴ1本ずつ設計して注文してるのか？1本4000円として5万遺伝子で２おくえんですか。
何枚作ったら市販アレイと同じ値段になるのかなあ。たいへんですね。

>>255については「当たり前だ阿呆」以上の回答が必要なのか？
製品として売ってない物は作るしかないなんて当たり前だろ。詭弁のガイドラインでも読んでこい。

あ、そうそう
>市販アレイは付属のソフトを購入したり、年間ライセンスを
>取得しなきゃならないことが多い。
多いってどれくらいの割合のことをさしてんの？
最近取得「しなきゃならない」アレイなんてほとんど無いと思うが。
そんなにたくさんあるっつーならソースｷﾎﾞﾝ

＞しかもチップやソフトに特許事項が多いから、何がどうなってるのかわからん。
これも意味不明。何の話してんの？
解析ソフトのことなら50-100万で売り切り型のやつがあるって既出だよな？
塩基配列情報について言ってるなら、たとえば配列情報有料にしてたAceGeneとかは無料になった。申し込み制だけど別に困らん。


てか、お前5年くらい前で情報止まってないか？
アジレントの40%OffキャンペーンとかだってNatureのサイト広告とかでめちゃくちゃ
NatureJapanの記事の広告で宣伝してたぞ？


＞手間と時間、ミスは増えるが安く済むのは確実。
お前ホントに馬鹿だろ。
偽陰性は許せないけどミスはしょうがないってか？
顔真っ赤にして涙目でキーボード叩いてるからこんな支離滅裂なこと書いちゃうんだよ。
もうちょっと落ち着け阿呆。

あっと、またミスった。ｽﾏｿ

アジレントの40%OffキャンペーンとかだってNatureのサイト広告とかでめちゃくちゃ
NatureJapanの記事の広告で宣伝してたぞ？
　↓
アジレントの40%OffキャンペーンとかだってNatureのサイト広告とかNatureJapanの
記事の広告でめちゃくちゃ宣伝してたぞ？

>>不正にならない方法も知らなきゃそういう協力者もいないってことだろ？
>>世間知らず乙
世間知らずはお前だろ。
大学の研究室はこういう研究をしてこういう製品を購入したいのでお金をください、と
大学や国からお金をもらうわけだろ。企業の人間に横流しするためにアレイを
購入して、金をくれた人に対してどう説明するんだよ。
チップ全部割っちゃいました〜〜とでも言うのか？意味不明だな。
というかお前大学関係者でもないだろ。脳内大学院生か？

企業が大学から横流ししてもらうなんて聞いたこと無いよ

>>270 （チョッと大きい値だけど）の部分は「それはちょっとじゃねえだろｗ」と思うけど。
勿論、全てのプローブに高いクロスがあるとは思ってないが、
遺伝子が多くなればなるほど低い割合でも絶対数的には増える（当たり前だけど）。
5万遺伝子だと0.1％でも 50の”ウソ”。
アレイの遺伝子が10倍になっても人の頭と手で使える遺伝子数はあんまり変わらんからね。

実はオレも企業で某大学と共同研究もしてる。
大学関連で安く購入するのなんて確かに簡単。
アジの営業さんも普段の付き合いあるから黙認してくれる可能性大。
だけど、それは絶対やらない。
出来る出来ないではなく、企業モラル（最近は煩いし）。
アレイは区別しやすいけど、共同作業の場合に試薬（Cyとかバッファー）は同じものを使ってるので
むしろ消耗品類はコッチが多い目に買って、一部を大学側に使ってもらってるぐらい。

議論してるとこ悪いけど、全員がちょっとずつおかしなことを言っているのでくらくらしてきた。

>ん？お前俺を誰かと勘違いしてない？
>ここでは>>249が初カキコなんだが。
>一人相撲乙。
荒れてきたのはクロスハイブリの話からだろ。

>人件費って知ってる？各種実験に使う試薬・消耗品にもお金がかかるってわかってる？
>ライブラリの値段知ってる？
>買ったライブラリ使い尽くすほどのアレイを使うというならはなしは別だが、
お前は大学関係者なんだから別に人件費は関係ないだろ。
試薬や消耗品なら市販のアレイについても同じ。ライブラリーを注文すれば他の研究にも
使えるからいいんじゃないの？特定の生物種について長期的に研究するんなら
ライブラリーはあったほうがいいし。

>オリゴアレイカスタム注文した方が安く上がりますよ？
ソース希望

>オリゴだと50-100塩基ぐらいだから、その確率はすごく低いのは自明だよな。
>そんなに偽陰性偽陰性言うならオリゴにしたら？
俺はオリゴアレイや自作アレイの偽陰性については論じてないぞ。よく過去レスを読んでみろ。
妄想オツ。

>>255については「当たり前だ阿呆」以上の回答が必要なのか？
>製品として売ってない物は作るしかないなんて当たり前だろ。詭弁のガイドラインでも読んでこい。
だったら自作アレイの意義は薄れてきてるなんてほざくな阿呆。

>最近取得「しなきゃならない」アレイなんてほとんど無いと思うが。
Affyのプローブや測定方法には特許事項が多いから、フリーの解析ソフトを使うのは危険だろ。
結局はメーカー推奨の解析ソフトを導入することになる。
そもそもbioconducterにあるようなフリーウェアを使いこなせるとは思えんしな。
Acegeneについては良く知らないが、Affyやアジと比べると見劣りするな。
マウスとヒトしか扱ってないし。

>アジレントの40%OffキャンペーンとかだってNatureのサイト広告とかでめちゃくちゃ
>NatureJapanの記事の広告で宣伝してたぞ？
それって例の「初めて購入するラボでアレイ2セット買ったら4割引」セールのことか？
10枚だけチップを買ってどうすんだよ。何度も言うけど、1遺伝子あたりの値段なんかどうだっていんだよ。

>お前ホントに馬鹿だろ。
>偽陰性は許せないけどミスはしょうがないってか？
だから偽陰性なんていってねーだろ。涙でディスプレイが見えないのか？
ママに涙を拭いてもらってから書き込め。
実験は金と時間とミスの兼ね合いだろ。安くて短時間でできてミスが無い方法があったら教えてくれよ。

ところで疑問に思うんだが、
>俺も昔自作してたが、ライブラリの管理の困難さ
>（数千遺伝子のコンタミを確認する術が事実上無い・リストを作るのが
>大変など）と上記経費の膨大さから「買った方が安い」という結論に達した。
お前が自作した理由は、「アレイを注文するより自作したほうが安い」からじゃないのか？
コンタミの可能性があるとか、リストを作るのが大変なんてのはやる前から自明なんだから、
お前のその行動自体が「自作チップのほうが手間と時間はかかるが安い」ということを証明しているように思うんだが？
しかもお前はコンタミ、つまりミスが生じるのを覚悟でその作業を行ってたんだよな？
だったら
>偽陰性は許せないけどミスはしょうがないってか？
お前こそミスはしょうがないと思ってたんじゃないのか？
話の筋が通っていないように思うんだが。

今も高いが昔のAfyはもっと高かった。
てなことで、スタンフォード方式の自作アレイを作って解析していた。
時が経ち、オリゴスポットタイプのアレイが登場した。さらにAgiがin situ合成オリゴのアレイを販売し始めた。
データの精度は、自作のもの（市販でもスポットタイプのものはそうかももしれんが…）とAgiのin situでは違い過ぎる。
色々と考えた結果、結局、市販アレイ（うちはAgi）に切り換えた。
少なくとも、俺には時代の流れ、技術向上が自作から市販に切り換わった理由だと感じるのだが…（コストも概算すると若干、市販の方が高い位。高い分、データ精度が格段に良くなったイメージがある。）

HiCEP

HiCEP、うざい。
どうせ潰れる。

affyのU133チップの価格を書いたので、議論が変な方向になって
しまったのかな。　ちょっと荒れているようなので、お邪魔します。

スタンフォード型アレイのクロスハイブリの話題があったので、
AffyならMMプローブで補正しているからとアドバンテージが
あると言いたかった。

1遺伝子のコストが幾らというのは、あまり重要ぢゃないよね。
アレイはスクリーニングの手段に過ぎないのだから、最終的に
得られた成果が実験コストに見合うのかどうかが重要。
低コストでいいかげんなデータがでても全く無駄でしょう。

>251
アジの単色アレイというのは、ちょっと興味ありますね。

以前、同一サンプルでアジのロングオリゴ2色とAffyで測定し、
Real-Time PCRで検証したことがあったが、
そのときはAffyの方の相関が高かった。

海外のグループで同じような結果を報告をしていたところもあった。

検証用に選択した遺伝子群にも大きく影響されるところで、
一概にはいえないとは思うが。

ある程度、プローブ、シグナルの条件などで相互に比較する
遺伝子群を絞り込んでしまえば、affyとアジの間の相関も
そんなに悪くは無い。

>>上記経費の膨大さから「買った方が安い」という結論に達した。
経費って試薬のこと？たいした額ではないと思うが・・いくらつかったの？

高カバー率遺伝子発現解析法（High Coverage Expression Profiling法：HiCEP法）を独自に開発しました。
これは、現在一般に利用されているDNAチップ法（マイクロアレイ法とも呼ばれる）とは異なる原理を利用した
ものです。既知の配列情報を必要としないため、遺伝子情報が蓄積していない広範な生物種も対象とすることが
できる点に特徴があります。またHiCEP法の高い解析精度（1.2倍）は、従来法が有していた遺伝子発現プロフィ
ール解析における諸問題を克服できます。

制限酵素できったところで解らないものばかりｗｗｗｗ

むしろ、逃す。

HiCEPは使えない。
アホくさい。

福沢諭吉　「脱亜論」 (明治18年)

日本の不幸は中国と朝鮮だ。
この二国の人々も日本人と同じく漢字文化圏に属し、同じ古典を共有しているが、
もともと人種的に異なるのか、教育に差があるのか、 日本との精神的隔たりはあまりにも大きい。
情報がこれほど早く行き来する時代にあって、近代文明や国際法について知りながら、
過去に拘り続ける中国・朝鮮の精神は千年前と違わない。
国際的な紛争の場面でも「悪いのはお前の方だ」と開き直って恥じることもない。
もはや、この二国が国際的な常識を身につけることを期待してはならない。

「東アジア共同体」の一員として その繁栄に与ってくれるなどという幻想は捨てるべきである。
日本は、大陸や半島との関係を絶ち、 欧米と共に進まなければならない。
ただ隣国だからという理由だけで特別な感情を持って接してはならない。
この二国に対しても、国際的な常識に従い、国際法に則って接すればよい。
悪友の悪事を見逃す者は、共に悪名を逃れ得ない。
私は気持ちにおいては「東アジア」の悪友と絶交するものである。

いいこと言った

みなさん、どぶさらい、御苦労様です。
３年後にFEBSあたりに出せるといいですね。

ずばり、マイクロアレイの未来をどう思います？

どぶさらい、さらって出てきたのは、錆びた自転車と
犬の骨。

はい、おつかれさん。

スライドグラスに指紋つけるです

どぶさらいと書いてる人は、余程、マイクロアレイの使い方を知らないということを示した書き込み。
自分の能力のなさをツールのせいにする典型的な例だね。
いいかい、マイクロアレイはツールの1つ。馬鹿と何とかは使いようという言葉を知っているかい？

>>294
同感だね。研究上の目的もなく、マイクロアレイが目的になっている連中にある典型的なパターンだね。そもそも物探しの為だけにマイクロアレイがある訳ではなかろうに。

マイクロアレイ使った研究では博士取れませんでした。。
今は地元で塾の講師をやっていますorz

だれか慰めて・・・

>>294 >>295
オレも同意。
質的にはアレイなんて
PCRやELISAと何ら変わらんツール（単に対象が多いだけ）
ウチでも言ってんだけど、理解できん香具師が多い。

PCRやELISAを不要なツールと思う香具師はいないように、
アレイで結果を出せん香具師が無能なだけ。

小手先に凝る香具師は大体、つまらん仕事しかせん。

HiCEP!

HiCEPは使えない。
さようなら、さようなら。

PCRやELISAのようなツールと同じに考えるには
あまりに費用が高すぎる。
どぶさらいと言う表現は、当たってなくはない。

トランジスター１個とペンティアム１個のコストが違うのは当たり前。

だから質的にはってことで、
費用のことはは言ってないよ。

ただ、実験によってはPCRやELISAよりも
約10万円のアレイの方が安くできるケースもあるかもな。

例えば、発現みたい30種類（＋α）のぐらいの液性因子がある。
目的細胞ではどれが発現しているか分からず、
手元にあるELISA、TaqManも2-3しかない。
あらかじめ有名だったり、都合よい遺伝子の10個に絞って、
スクリーニングするためELISA、TaqMan購入する。
・・・ならば、最初にアレイで絞った方が効率よい。
特に、スクリーニング人件費も考えると。

馬鹿みたいに分かりやすい例にしただけなので、
それには突っ込みは無しで。
ただ、同様のケースはウチのlabでも実際に幾らでもあって、
アレイできるオレには出来ん他の香具師の実験を
無駄に思うこともある。

今の市販アレイは、数万遺伝子のプローブが載っている訳だから、違う遺伝子ごとのノザンを数万回行っているんだよ。
数万遺伝子のノザンをやるのに幾らのコストがかかるのかを計算した人がいるのかな？と思う。
実はアレイのコストの方が、数万回ノザンを行いコストよりも安くなると思うのは俺だけかな？
コストと時間を考えるとアレイを使った方がいいんじゃないか？もちろん、アレイを使う以上、アレイというツールの特性を理解していることが大前提なわけだけれどもね。

>>303
そのとおり。アレイの特性を理解していない輩が多すぎる。
ちゃんと使えば凄く便利だぞ。

DD法はどうかね？けっこう安く済みそうだが。

DDよりはHiCEP（ホントかよ？）。
HiCEPより、マイクロアレー？

HiCEPはどうせ消えるツールだから、話題に出すのをやめようや。

DDもおなじだろ

その通りだ。HiCEPやDDを議論したければ、新スレを立てれば良かろう。
ここはマイクロアレイのスレだもんな。
てなことで、HiCEP工作員は、自分でスレを立てるようにしてくれ。きっと、そっちの方が宣伝になるはずだ。

2chでコマーシャルしないと
どこでも相手にされないのでつ。

直接話して、あんまり難しい話も
付いていけないのでつ。

こんな技術に大きな金かけるなよ。
今時ゲノムの配列決めたり、完全長cDNAエンサイクロペディアなんて、
systemが確立しているから、断然そっちやった方がいい。
それが出来ないマイナーな生物なんかやるなよボケ。
金かけすぎだっつーの。

age

生物だけでなく、技術もマイナー
王道＝アフィメトを歩め！

逆転写するときやハイブリさせるときは、やっぱりmRNAに
精製していたほうがいいのかな？

完全長とかいってほんとに完全長のcDNAなんてあるのかよｗ
ましてや、PCRで増幅したらエラー入りまくりｗｗ

315 お前知らなさ過ぎる。そんな議論は７，８年前に終わってる。
ゲノムもっと勉強した方が良いよ。折角のリソースなんだなら。

微妙なリソースだけどね・・・

HiCEPよりはいいんじゃない？

>316

お前も知らなさ過ぎるｗｗｗｗｗｗｗ

真性馬鹿

HiCEPも微妙？

>321
いや、微妙では無く、100％糞システム

HiCEP工作員、自らが暴露してみた（w

HiCEP粘着自演は個人的な恨みだろ。

マイクロアレイとノザンを比べるアホウがいて、
それに賛同するアホウもいるな。

低量性とデータの信頼性が月とスッポン
マイクロアレイはあくまで一次スクリーニングだろ。
金のかかる１次スクリーニングだが、
他のスクリーニングより救いなのは、
図が一つ増える事だな。

>323 HiCEP粘着自演は個人的な恨み

別に恨みは無いって。

321みたいなマジ工作員が
ウザイから遊んだだけなｗ

クソでも何でもアフィメトにはライセンス料を払いたくない
って会社もあるだろ？

やっぱアフィメトしかないよね。
味連と聞かなくなった。

そうか？
発現解析はAgi、SNPはAfyを使う人（金持ちラボ）を良く聞くけどな。
それよりもアレイそのものが落ち着いてきただけなんじゃないか？

HiCEP DD

誰かイルミナ使ってますか？アフィと比べてどうですか？

イルミナたいそう世下げ。

マイクロアレイの結果、遺伝子の発現が最も大きかった遺伝子を
cDNAライブラリー中のプラスミドからをRT-PCRで増幅されるかどうか確認しようとしてるんですが、
増幅できません。プラスミドにインサートされているcDNAなので、ユニバーサルプライマー、
もしくは私の設計したプライマーとユニバーサルプライマーの入れ子で増幅できるんですけど、
私の設計したプライマーのフォワードとリバースで反応させても増えないんです。
こういう経験ある人いますか？

>>331
cDNAライブラリー中のプラスミドからRT-PCRかぁ...。
多分プラスミドDNAからの逆転写がうまくいってないのでしょう。
ぷっ。

DQN

間違えました。
ゲノムDNAでRT-PCRやったけど増幅されなかったので、プライマーが生きていることを確認するために
プラスミドでPCRやってるんだけど増幅できないんです。

ゲノムDNAでRT-PCRやったけど
・・・って釣りか
ｗ

おそらく原因はプロトコル通りに
サンプル（ゲノム/cDNA）を
DNase前処理してるからに違いない

面白い。

>>288
さすがに福沢先生はわかってらっしゃる。

クラスタリングしかやっていないグループってどうですか？

純粋なバイオロジーをやっているグループで、クラスタリングしかやっていないようなグループがあるのかが疑問。生物屋で、そんなグループはないでしょう。
もちろん、バイオロジーに適用するためのクラスタリングアルゴリズムそのものを研究しているインフォマティクス系ラボもあるようだけれども、それは情報屋、統計屋、数学屋なわけでしょ。

ポスドク程度でも統計、数学の研究者を雇って研究しているところは
見込みがあるが、その辺の研究者をバイト程度で使って結果を出して
いるところは、怪しく思った方がいいかも。
ある研究グループが「我々のグループには、情報、数学研究者と・・」
云々と宣伝していたのだが、実際はそんな人物がいなかった例もある。

基本的にバイオインフォマテックス分野で研究者を雇えないような所は駄目ってことだね。

GeneSpringに代表されるソフトウェアを使うだけで、操作は十分だと思う。
要するに、「ソフトウェアを使っていても、どのようなアルゴリズムを使って、クラスタリングをするか？」という選択肢があるわけだから、アルゴリズムの意味を理解して、使うのが大事。
生物屋が数式を理解しても、あまり意味がないような気がするし、わからない人が多いわけだ。でも、数式はわからなくても、アルゴリズムの意味を理解できる人は多いはず。

アルゴリズムが理解できていても、対象のデータに対して誤った方法
を適用しているのにそれを指摘することもできず
『よく分類できているから良い』
程度の議論しかできないようではレベルが問われる。
ほとんどが『応用なんだからこれでいい』で済ましているわけだが。

>>341
せこいグループだなｗ

>>334

>331といい、なかなか良い味だしてるね。

マイクロアレイをやる前に、もう少し基本を押さえた方が
良いと思う。

いや、ただ書き間違えてただけなんですけど別にもういいです。
ここで質問しても意味なさそうだというのが分かりました。

HiCEPやれ

HiCEPを宣伝してる業者はどこ？

メッセンジャースケープ、日清紡、エスペック、メイズ

こいつらのどれかだな。

宣伝になってるか？

このスレでは HiCEP業者 & 研究者は糞決定！

間違ってる？　>348

あってると思うよ。
HiCEPは使えないシステム。
でも売らないと、生活できなくなるだけさ。
やはり、転職か？
アレイ板でHiCEPの話を書いてきたが、おとなしく消えます。HiCEPの板を立てます。
それでは、さようなら。
ご迷惑をおかけしました。

そんな風に書かれると立場ないじゃん

ttp://133.63.22.11/about/index.html

paperもでてるみたいだし、これからの技術じゃないなの？

paperもでてない技術で商売できると思うか？

消えていった他の多くの技術もpaperはあり、
汎用性や技術的安定性、cost vs benifit
なんかで消えテくわけね

>>353
使えねーって言われてる割に結構な研究費がつぎ込まれていそう。

マイクロアレイですごいデータが出た。
年末頃には投稿できると思うのでこう御期待！

HiCEP難しいの？

349を見てみな
あんなバイオでは5流業者が扱ってる技術
信用できるか？

何人かとも会ったが分かっっちゃいない
アホばっかだったな（もしかして358では無いよなｗ）

俺も確かにそう思う。
2割程度の変化を検出できる圧倒的な解像度と再現性→2割程度の変化って意味あるのか？
すべての生物を解析できる→マイナーな生物ならRNAiとか形質転換できないわけだし
働いている遺伝子をすべて検出できる→検出してもcDNAとかいちいちとるのか？検出だけじゃー意味ないじゃん。
ＤＯ−ＹＯ？

一部特殊な目的を除いて、今時、
発現差異で遺伝子取ろうとしている時点で
負け組みってこと分かってるかな　> HICEP工作員

国研もあほな技術に金つぎ込むなよ　激怒

＞2割程度の変化って意味あるのか？
あるのもあるだろｗ

＞マイナーな生物ならRNAiとか形質転換できないわけだし
一概にいえないね

＞検出してもcDNAとかいちいちとるのか
そもそもきちんとしたcDNAが取れるかどうか問題だ

ほんとにアホな技術なのか？
マイクロアレイもたいがいなもんだから、
切り口を変えた使える場面もあるんじゃねーの？

工作員もﾋｯｼ

2割程度の変化の遺伝子を同定する
意味を簡潔かつ具体的に述べよ。

マイクロアレイは良くも悪くも莫大な実施例がある。
切り口を変えた使える場面？
そう思うならその場面を簡潔かつ具体的に述べよ。

俺なりの回答も無いわけではないが、
このスレで糞技術に頭使ってやる気もないし
工作員を馬鹿にしてるほうが2chらしいしな

網羅的にやりたいから　でもね、変動している遺伝子なんて沢山あるし
発現量1.2倍程度では重要な意味があるとは俺には思えない　サンプルの誤差範囲だよ
別に切り口変えなくてもいいじゃん　それより、アッセイ系の方が重要
遺伝子発現というかmRNAの量をいくら調べても意味ないしね
技術は技術で良いけど　偉そうに宣伝したり、大きなお金かけて国がやるべきことではないように俺は思う

マイクロアレイと鉄アレイって違うの？

重さが違う

インビトロジェンが米国イルミナ社のオリゴをベース２０円で新発売！
激安！＞４８本一括発注条件。まとまれば、さらに値引き！

HiCEP　笑える技術

あれ〜？

プロテインチップって？どこ？

差異富士円はダメダメ

財布十円？

HiCEP　笑える技術？

SIGMAのアレイ、隣のボスが余っているからって酔った勢いでくれた。
結構使えた。
ビンボー人は　これで十分。

あふぃって見たことも無い---情けない

あー再現性が・・・・・

日清紡らすい　笑える　HiCE○

特許持ってるらしいよ

プロテインチップを使っての論文とかあるの？

欠損値をどう扱うか？が難しい・・

農学におけるマイクロアレイにおいて
単純に結果から、直接育種、品種改良に繋げる事は可能なのでしょうか？
やはり再現性から不可能なんでしょうかね？

東大農学部アベ
先生が可能にしています。

最近アレーのベンチャー多いよね
しかも安いし
HiCEPますます無意味

そうそう、あんなもん外注が一番ですよ。大した金額でもないし。
院生が出したアレイデータなんて使いたくねーよ。

PerkinElmer and Eppendorf Announce Co-Marketing Agreement for Microarray Solutions
http://phx.corporate-ir.net/phoenix.zhtml?c=89380&p=irol-pressRelease&t=Regular&id=756145&

acegene安くてよいchip
takara,agi,いろいろ使ったけど、3万遺伝子5万円はやすいよ(高いけど)
いかにむらのないハイブリダイゼーションをするかもポイントです

株価大変なことになってますね。

Acegene、TAKARA、Agilentの3社のアレイを使った。
どうやっても、Agilentが一番良かったのだが.......
387は、おかしなことを言っているなあと思ってね。
半年位前に、Nature系の論文で、
研究室間でのマイクロアレイの再現性、会社間の再現性の論文があったけれども、
データを見ると、スポットタイプのアレイの再現性を語るのは論外のレベルで、
AffyとAgiのin situ合成タイプのアレイしか使えないというデータに読めたんですけどね。
結局、現在では、AffyとAgi以外のアレイしか使えないのかあと感じているんだけど、皆さん、どう思います。

すまん。下文訂正。
「結局、現在では、AffyとAgi以外のアレイしか使えないのかあと」
アレイしか→アレイは

そこでHiCEPですよ！

HiCEPに関しては、無視でお願いします。
まさに、論外なものなんでね。

実際、市販のスポットタイプアレイ、CodeLinkは、生き残ると思いますか？
アレイ自体が、生き残るとしたら、
AfyとAgi以外、ありえないと思うのですが。
もちろん、自作のスポットタイプは、
研究内容的な意義があると思うので（配列情報が乏しい生物種など）、残ると思いますけど。

Affyはちょっと微妙。
ttp://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/33/3/e31

389さんへ
387です。軽率な書き方をしました
例えば10枚のアレイを購入するとして（human, 3万gene前後）
Ace　50-60万
agi 90万
この違いは大きいです。結果、サポート共に変わりません
ちなみに中堅大学基礎で、アレイ歴7,8年
しかしこれから設備投資等する人はagiが楽かも。プロトコールがうるさすぎますが
要は、信頼できるメーカーのアレイを用いればまだまだ世界的に通用すると思う。
私はaceでコスト結果共に大体満足しています。ただハイブリに注意が必要です。
agi vs affiは注目しています

追加です
389さんへ
半年位前のNature系の論文覚えていましたら教えてください

てか、まだアレイ使っているのがﾜﾛｽ
金の無駄

確立された技術とは言いがたい。

金の無駄、...確立され..言い難い
真の研究者であってくださいよ

１塩基ミスマッチぐらいだとハイブリダイズするでしょ？この問題を
解消するためにＰＮＡとかＬＮＡアレイも検討されてるみたいだけど
どうなんでしょう？１００スポット以下のラボ・メードのニッチな
チップってどうでしょう？ご意見、求む！

だからHiCEPですよ！！

＞４０１
説明してよ！商品名を連呼してるだけだと、会社の信用なくなるよ！
他メーカーがいやがらせしてるんかな？

HiCEP　ネーミングはいいね

ﾋｾｯﾍﾟってなに？

＞４０１
放医研のホームページ、見たけどよく分かりません。マイクロアレイは
ＤＮＡプローブ法の高密度集積したバージョンでしょ？ＨｉＣＥＰは
技術系統が違うみたいだけど、何故マイクロアレイの板に書き込んでる
のかな？

そい言ってやんな。文献検索してみな HiCEPって2003年NARの後
同グループが2005年に出した2報のみ。
学会でも相手にしてもらえんようだから
2チャンぐらいしか宣伝場所も無いだろう。

如何に使えん糞システムか数字的に証明されたわけだｗ

Nature Methodの論文です。2005 Mayだったかな？

>>406
分生で幾つか発表するらしいよ。名前あったから、５、６個。

自分でとってきた遺伝子からマイクロアレイを作製したいのですが、
カスタムアレイの受託は高すぎます。
どうしたらいいんでしょうか。
スポットするにしても数が多すぎます。
安いところあるいは、
どこか共通機器としてスポッターを使わせてもらえる機関はありますか？

みんなの話聞いてるとマイクロアレイってよくないのって思ってしまうよ。
シンプルなマクロアレイはどうっすか？

膜使ったマクロアレイ=単なるドットブロット

まぁHiCEP使うぐらいならドットブロットの方がまし。

オレ的には
Northern・TaqMan > > マイクロアレイ > RT-PCR > マクロアレイ・ドットブロット > SAGE > >>> >>> 圏外>>> HiCEP

マクロアレイはラージスケールだからマイクロアレイより感度が高いと思うが。

>>409
遺伝子数は？

＞413
9000でつ。

>>409
マルチ死ね。

＞４０９・４１４
九大の田代先生のところで他の大学のスポッティングをやられてると聞いて
るけど、共同研究してるからかも。スタンフォードのパット・ブラウン・
ラボのアレイヤーを輸入販売してたマイサイエンス（０３−３８１８−
４８６６）の毎川社長（名大・院卒）でも安価でやってくれると思うよ。

カスタムの受託は何でもアレイいちばんやすいやん

＞４１７
意味不明、説明してね。「何でもアレイ」てな会社あるの？

＞４１８
４１７はジーンフロンティアの宣伝だよ！

＞４１９
ウエブで確認しました。ありがとう。

HiCEP使ってみてー、すげー無駄って感じがするが、いかに？

　なにも目星つけない状態からアレイでスクリーニングして、あるストレス応答に
関与する遺伝子を見つけたっていう論文存在する？

そんなの論文にならんやろ。

イルミナ社のチップって知ってる？レプリケート30で尚且つ100ngでハイブリできるみたいだね。従来のマイクロアレイとは全く異なる画期的なアレイだよ。

ハイブリしている時点でｒｙ

だけどこれからは１色法のオリゴプローブが主流になりそうだね。
タカラのインテリはそこそこ評判が良いみたいだけとCDNAを用いてるのは
どうかと思うね。　１色法でもアフィは感度があまりよく無いし再現性もいまいち。

afiの感度についてははじめて聞いた
ただ、感度と一言でマイクとアレイ論じるのはいかがか
私は2色しかつかっていませんが。
たとえかんど悪くてもスキャナの力や標識を工夫すれば今の市販あれいはよいシグナルをだす
感度
宝はCDNAですが厳密に言うとPCRみたいなことをしたfeatureだと思う

＞４２４＋４２６
業者の宣伝みたいだけど。アフィもイルミナもアレイの担体上でオリゴを
合成するんでしょ？塩基のカップリング効率９８〜９９％の範囲で変動し
てるのに反応が途中で止まった短いオリゴが担体上に立ってると感度落ちる
んじゃないの？コメント求む！長さによるけどＰＡＧＥ精製オリゴを貼り
つけた方が遥かに感度が高いと思うんだけどね。アフィ信者がたくさんいる
けど科学的かな？

>塩基のカップリング効率９８〜９９％の範囲で変動
あふぃもあじもそんなに効率夜ぬないれす。
せいぜい65-97％でせう。
いるみなの情報は知りません。
いまどきあの値段はないでしょ？
なんでもN研には貸し出しちゃっているようですが
我々平民にはとてもとても。

感度の良し悪しは、合成効率ではなくて、longオリゴ（50-60merくらい）かshortオリゴ（25mer位）か、要するに、
オリゴ長の違いじゃないの？
2001-2年位のNature Biotechの論文で出ているじゃん。
発現解析とかゲノムコピー数なんかを調べるには、感度が稼げたほうが良いから、Longオリゴが適している。
ミスマッチを絶対に防ぎたいSNP解析なんかは、shortオリゴが良い。ていうか、shortオリゴしかできないか。
結局、感度って何なんだよと思う。
だって、アレイはノザンやサザンと原理的には一緒だから、感度を上げようと思えば特異性は下がるわけでしょ。
確かに、longオリゴとshortオリゴを比べたら、longオリゴの方が感度は上がると思うけど、特異性はどうなるんだ？？
まあ、遺伝子の配列次第な部分もあるんだけどさ。

あ、428に回答を。
PAGE精製オリゴを貼り付けるよりも、in situタイプの基盤の方が、バックグラウンドノイズが低くなるので、いわゆるS/N比が高くなる。
結果的に、有効な検出が可能遺伝子が多い方は、in situタイプのものだと言われている。
スポットタイプの弱点は、未だに低バックグラウンド（ノイズ）の基盤（スライドガラスなど）の選択性があまりないところとも言われている。

iAFLPすりゃ全て解決

＞４３０
ｓｈｏｒｔオリゴ（＜２５ｍｅｒ）でも１塩基ミスマッチだとハイブリ
すると思うんですが？ＳＮＰｓ部位にＬＮＡ（ロックト核酸）をスパイク
したりする研究が最近増えてるように思うんですが。

シグナルの解析ソフトは何を使っていますか（2色の場合）
Gene Pix, ScanArray, Quantarray, agilentのもの..
Scanはどれもそれなりにできるようです。
しかし、スポットのfinding, 定量、flagの決め方に差があるような気がしてなりません
SAは動作が遅い、dataの修正に難、QAはflagが主観的、販売中止
GPやAgiはいかがでしょか？

hybridization mediated techniqueってやっぱ問題ありすぎ
SAGEのほうが信頼できる。ChIPonchipなんかでもそうだよなぁ。

ところでAlternativeOrganizationってどういう意味か教えてください。アフィメトはそれが他と比べて上手くできるみたいだよ。

遺伝子間の制御ネットワーク解析のフリーウェアでオススメありますか？
というかネットワーク解析やったことのある人いますか？

トミーに聞け

HiCEP

＞遺伝子間の制御ネットワーク解析

こんな研究まったく役に立たないとだけ言っとく

＞HiCEP

こんな研究まったく役に立たないとだけ言っとく

カケンジェネックスってどうなの？

禿同
やってること自体馬鹿だよ

>>441
カケンジェネックスはなかなかよかーたよ。
先輩がカスタムアレイ作成で発注してたけど、
いろいろわがままも聞いてもらってたみたいだし。

自演乙

ＬＮＡ（ロックト核酸）のアレイやったことある人いますか？
いたら注意する点を教えて！

Codelink使ってます。
cDNAを濃縮する時SpeedVacでサンプルを干上がらせてしまった漏れはDQN？

446
大丈夫です
ちゃんとシグナルは出ますよ
がんばれ
干上がって、1時間も乾燥させていたら知りませんが
5分は大丈夫でした（ヒーターは入っていました

＞４４７
ありがとうございます。
もしかしたら使えるかもと思い、干上がらせたチューブに9.5μLのnuclease free waterを入れて簡単に溶かしたあと-80℃で保存してました。
今度このサンプルでIVTをやってみます。
おおもとのtotal RNAがまだたくさんあるので最初からやり直しているところでした。
今度はcRNAが8μg程度しか合成できず、悩んでいます。

JAISTの学生の方はいらっしゃいまふか？？

マイクロアレイ実験で修士論文書いてますがスクリーニングには使えないですね。
それが結論

いや、つかえるよ！

汚いRNAしか取れない奴のデータは使えない。

今度は何回やってもstarting RNA1μgからcRNAが5〜10μg程度しかとれない。
これではハイブリ前に問題が山積みだ。。。

453さん
どちらのキットお使いですか
アンビオン、シグマ、アジレント
考えられることは
１．IVTの時間
２.　精製過程特にaRANのときのEtOHがらみ
startには問題なければ、プロトコールをよく読んでやれば、簡単

ところで、マイクロアレイの受託会社っていかがなもんでしょうか？

そもそもマイクロアレイ自体（笑）

受託に投げてもｗ

>sap
ありがとうございます。
キットはCodelinkです。
とりあえず20〜30μgぐらいとれたのでSpeedVacで濃縮してみました。
うちの指導教官には「cDNAのamplificationを阻害するもののキャリーオーバーをしている可能性があるからstarting RNAを少なくしてみるって手もあるよ」と言われました。
いろいろ試してみます。

もしamimoalylやCyDye等で標識すると産物量落ちます（常識）
20〜30μgぐらいとれたのでだったら4-5回ハイブリダイゼーションできるのでＯＫでは
品質がよければですが
starting RNAを多くしても少なくしても産物は大差ないと思います
産物を増やすために元の材料をわざと減らすことない。

tRNAがOD等で（260/80）きれいであればわざわざ少なくするのはばかげている。
推奨した量で５００ｎｇ−１−２ｕｇ。
tRNAの質に問題なければ、君の手技のどこかに不備がある
でも、20ugのあればよいのでは。
Codlinkから

Q. 1反応でどれくらいの量のcRNAが得られますか？


A. Total RNA 2 μgを反応に用いた場合、
通常50〜100 μg程度のcRNA（スライド1枚にcRNA 10 μg使用）が得られます。
ただし、細胞や組織によってcRNA の収率は異なりますので、
最初は1 μg〜2 μgのTotal RNAから反応させることをおすすめします。
ターゲット調製を成功させるポイントはTotal RNA の純度です。
そのため実験を行う前に必ず、
分光光度計や電気泳動でTotal RNAの純度を確認してください。

Ｈ崎先生のＣＡＧ○ってあれ意味あるの？
税金の無駄だと思う

>>459
今出てる実験医学立ち読みしてこい。

余りの効率の悪さにびっくり出巣

アフィのアレイをやったあとのチェックでプライマーを設計したいんですが、
何か簡単な方法があったら教えてくれませんか？100個とかをちまちま設計する
気がしないんですが。。。

462
チマチマ20個設計しろ
Appliedで出費しろ

あのーーMIAMEに結果を登録したいんですが。。。。
なんというか　あんまよくわかんないっす。。。

結局どうすりゃいいの？って感じなんですが，誰か
助けてください。。。。

affyつかってました。。はい。。

462
たしかタカラにAffy用の犀婆リアルタイムプライマー売ってた。

アレイ作れるくらいゲノム情報蓄積してんなら、2Dでいいんじゃねーの？
培養条件とかうんたらかんたら悩んでても、
いつまで経っても形にならねーし
統計処理ややこしすぎるし、
その上、
mRNAの発現プロフィールがどうとかいっても、

「結局、タ　ン　パ　ク　は　どーなの？」ってヲチになるし（ｹﾞﾗｹﾞﾗ

マイクロアレイが難しいのではなく、マイクロアレイ自体が糞なのである

米国オペロンがＤＮＡチップから撤退したね。ドイツＭＷＧもＤＮＡチップ
が命取りになって撤退。ＤＮＡチップ研（日立）も年商３億前後で低迷。
サイメデイア、津元理化も廃業。

夢の道具のように教科書には今も書かれてるよなｗｗ

Affy”公認”のソフトメーカーや受託があることをしりました
GeneSpringは以前はaffy寄りだった
しかしagilentへ移ったのでaffyとは今後仲良く行かなくなるのでしょうか？

うちのとこのマイクロアレイ屋（牛耳ってる）は、
いっつも机に座ってるけど、
５年1stナシ。

いかに使えない技術かがわかる。

マイクロアレイとバイオインフォは論文書かなくてもご飯が食える魔法の職種

書いてるけどアクセプとされて無いだけだったりｗ

Affyの技術系の人が、AffyがGeneSpringを推奨ソフトから外したことに、「内心は、凄く困っているんですよ。」と言ってたよ。
「今、推奨しているソフトは、全然使えるようなソフトじゃない」とも言っていた。
その割に、Affyの営業の人は、「GeneSpringよりも使えるソフトです」と言っているらしいので、
技術系の人とは、かなりの温度差があるなあと感じたよ。

うちは、Affyを使って、GeneSpringで解析を行っているので、仲良くしてもらいたいものだ。

CodeLinkをGeneSpringで解析するのが王道

>>474 Affy とAgilenの合併により話はうまくいく

初心者ですいませんが、Gene ontologyの円グラフみたいなやつを作りたいのですが、
どこにいけばいいのですか？

大学にいって勉強してください

質問がなってねえｗｗｗ

まだマイクロアレイってやってるの？
一次スクリーニングとしても効率悪く無い？

477さん
用途に合うか分かりませんが、
以下で円グラフみたいなボタン押すとそれらしいもの出ますよ。
ttp://www.godatabase.org/cgi-bin/amigo/go.cgi?search_constraint=terms&action=replace_tree

heatmapがかけないDQNです

だれかいないのー？

>>400
一塩基ミスマッチがダメなら、二塩基ミスマッチでバックグランドをとるのはどう？
17merぐらい離して二塩基ミスマッチを作るとか。
少なくともメタゲノム屋は、一塩基ミスマッチで発現量のバックグラウンドを
とったとかいう話は全く信用できない。

>>422
生体や環境中の微生物の（一斉）応答解析でもマイクロアレイは使われるよ。
オリゴもユニバーサルな設計をする人が多くて、オンプレート合成はできない。
でもユニバーサルで大雑把にやるだけだから、プローブ数は格段に少ない。
この分野はマクロアレイとかで論文が出はじめたところ。

Codelinkはミスマッチ、ないよね。
大丈夫かな？

あげ

もちろんアンチセンス側の発現もチェックしてるよな

あとH-invにプローブのユニーク率があるみたい

コンブマトリックスは誰か知らない？再利用できるみたいだけど

Code Linkが販売終了っていう連絡がきた。
一方的な通告をされてもこまるんだが、もうすでに製造終了だから、諦めろだと。
ふざけるな。

GE−アマシャム−ファルマシア　伝統的対応だね。

伝統的なのか。
あと少しで、実験の切り替えができるので、まだ救われているといえば救われているから、ラッキーと思っておこう。

代替案を考えているんだが、アジレントの1枚のスライドで4サンプル解析できるアレイに変えようと思案中。
始めから、アジレントかアフィを採用しなかったのが敗因だった。CodeLinkとアジレントで迷っただけに悔やまれる。

アジレントが続けてくれることをお祈りします。

CodeLinkは再現性とかかなりいいんだけど実験以前に設備投資が高い投資
になるからね。300rpmが出せるシェーカーとか、専用のアレイハイブリキットとか、
プレート回せる遠心機とか。ソニー的販売戦略で失敗したって感じ？

でもアフィメトリクスを使う気にはなれん。再現性があんまり無い製品の印象が強くて
拒絶反応がでてしまう。

確かに、それは言えてますね。

GEにしろアジレントにしろ大きな企業は、アレイを扱っている部門なんて、切り捨てれば良いだけだもんね。
アレイ技術はアレイの使い勝手が理解している人間が使えば、使えるツールなわけだから、せめてアジレントとアフィだけは残って欲しいね。

今日、海外のヘッドハンターから「マイクロアレイ関係のテクニカルサポートマネジャー
を探してる。あなたを推薦した人がいるんだけど、興味は無いですか？」という電話が
ありました。マイクロアレイ関係の仕事をしたいとは思わないので即刻お断りしました。
希望する人いるんですかねぇ。知り合いを紹介すればよかったのに・・と周りの人には
言われたけど、どうなんだろ。

断ったのが正解でしょ。世界で１社か２社ぐらいしか残らないから。
リストラされてポイされる可能性が大！

そうだね。
残るのはAffyとAgiだけだろうと言われていたからね。
今、まさに現実になろうとしている段階なんだろうね。

AffyかAgiにヘッドハントされかけたのかな？

　　ってことは、現担当者辞めるの？

課長島耕作に載ってたけど、首切りするために偽のヘッドハンターを
使う企業もあるから気をつけましょうね。

なるほどね。覚えておきます。

affiは４割プローブが古く間違ってる。Agiは重要なプローブが全滅する等質が悪い。codelinkは問題外ディスコン当然。
カタログではだめなんですね。

本当のこと言うなよ。マイクロアレイなんて夢のものなんだから。日本で診断用チップ申請しているところないだろ

＞５０１
確か日立（ＤＮＡチップ研）のウエブに掲載されてたね？

＞５０２
東芝が出したんじゃなかった？

オムロン・島津が東芝のマネをやっているね

＞５０５
東芝は世界特許持ってるでしょ？オムロンや島津へライセンスだしたの？

DNAチップ研（日立）がAgiと組んだようだね。

Agiと組んだことが新聞で発表された後、チップ研の株が上がっていたらしいよ。

＞５０７
ＤＮＡチップ研の自主独立路線が行き詰ったということでしょ？
株屋は背景が分かってないから本来は悪い材料を囃してるんでしょ。

>>507
プレスリリース見た限りではAgiチップで受託解析を始めただけ。
組んだと言うより軍門に下ったという感じだな。

　　 ∧＿∧
　（　´∀｀）＜ ぬるぽ

>司熊は一度失敗して懲りてるはずだけど
先日某市場調査会社がきて上司と雑談（調査？）していたのですが
その人が言うには、よりいっそう一人勝ちが進んでいるみたいですよ。
価格競争が激しい市場で、ダンピングして競合はこれに追従。
一方で司熊はがっちり固定客囲い込み　プラス　pro利後買収で原価もダウン。
売り上げ微増、利益はなんと50％アップ。
しかも試薬連動で　試薬売り上げも十数％アップしたようです。
華橋戦略にマンマとはまってしまったのが我々という感じを受けています。

ここはオリゴ業界のスレではないよ！

＞５１１
司熊の１人勝ちで売上微増とはこれいかに？矛盾してるよ、張さん！

オリゴアレイでオリゴDNA繋がりで、しぐまさんが頑張ってるのかな？

ところで、しぐまって、アレイそのものを売ってるの？関連試薬は売ってそうだけどね。
正直、GEが撤退した今、AffyとAgiしか思い浮かばない。まあ、あったとしても、しぐまのは買わないけどね。

GEが撤退。てなことで、あげ。

すいません、ちょっとお聞きしたいことがあるのですが。

Cy3とCy5でラベルしたターゲットを競合ハイブリさせて、スキャンしたところ、Cy5だけが真っ黒になってしまいました。
スポットが白抜きになっているとこともあります。ちなみに、Cy3はとてもきれいに光っています。
どういった原因が考えられるでしょうか？ターゲットの濃度は計算上は両方同じにしています。

どなたか、分かればお力をおかしください。

それは困りましたね・・・

お力を貸したいのですが、私は主に解析をやってる者で、あまり実験には詳しくありません。
誰かバリバリ実験されてる方が助けて下さるといいのですが。

計算じゃなくてOD260 OD280の吸光度で実験的に定量
ラベル化の方法を再検討
ハイブリ段階を見直す
蛍光スキャンを繰り返さない

始発材料がRNAかDNAかも明記

>>510
ｶﾞｯ

スキャナが壊れているか、読み方のミス、あるいは、Cy5が退色しているんじゃない？

Cy5退色しやすいよ。確か、オゾンが原因だっけ？

>計算じゃなくてOD260 OD280の吸光度で実験的に定量

すみませんが、これは具体的にどうやってやるのでしょうか？
濃度条件 (UVで測定）をふってみて、最適な条件を見つけるということですか？

>ラベル化の方法を再検討
ハイブリ段階を見直す
蛍光スキャンを繰り返さない
始発材料がRNAかDNAかも明記

始発材料はtotal RNA です。書き損じていてすみません。
逆転写反応により、アミノアリルdUTPを取り込み、インダイレクトで標識しています。

ちなみに、現在私が使っているのは自作したオリゴアレイです。オリゴプローブの5'末端を
アミノ基修飾しており、ガラスもそれ専用のガラス (松浪）を使っています。ブロッキング・ハイブリ・
ウォッシュまで専用のプロトコールがあり、それに従ってやっています。ただ、このプロトコールは、
cDNAをターゲットとする実験に最適化してあるわけではないらしいので、検討する必要があるかもしれませんね。

またラベル化についてですが、この方法でcDNAアレイでは上手くいってるので問題ないかと思っています。
絶対にとは言い切れませんが。

また、蛍光スキャンは一度しかやっていません。

>スキャナが壊れているか、読み方のミス、あるいは、Cy5が退色しているんじゃない？

Cy3 とCy5で同じ設定でスキャンしており、Cy3はきれいにスキャンできているので、読み方のミスではないと
思いますが、もう一度確かめてみます。
　また、退色することによってシグナルが弱くなることは考えられますが、
真っ黒になるということはあるのでしょうか？春先のオゾン濃度の高い頃は、よく退色していましたが、
同じラボでアレイやってる人の結果を見ても、最近は殆ど退色が見られません。

もしかすると、ガラスにコーティングしているものがCy5とインタラクションしているのでしょうか？
何がコーティングされているのかは公開されていないので、わからないのですが。
しかし、Cy5のようなメジャーな色素とインタラクションするようなガラスを松浪が作ることはないですよね？
しかし、もしこのガラス (松浪のアミノ修飾オリゴDNA固定コートタイプ1 ) について何か情報を持っている方
もしくは使われている方がおられたら、アドバイスをお願いします。

長文になってしまい、申し訳ございません。
また、みなさんいろいろなアドバイスをありがとうございました。

>>522
画像を見ないとなんとも言えないが、バックグラウンドも真っ黒ならアレイかスキャナ、
シグナルが見えないだけならターゲットが怪しい。
Cy3とは反応せずにCy5と反応するコーティングは聞いたことないな。

＞５２２
松浪は硝子スライドのメーカー、表面処理の技術はないでしょ。硝子
製品の品質はすばらしいけど。

オリゴ業界のスレでビーズ法アレイが話題になってますが、詳しい方の
コメントをお願いします！よろしく。

ビーズアレイって、イルミナのこと？
最近の評価では、SNPやるなら一番良いらしいよ。
色々な情報を聞くと、最近の傾向は、
SNP：イルミナ＞アフィ
遺伝子発現：アジレント＞アフィ＞イルミナ
らしいよね。アフィがタイリングとエキソンアレイに逃げるしかなくなっているのが現実らしいよ。

MACQのペーパー読んでの発言とは思えんなｗ

MAQCデータのAffyは、数値化アルゴリズムが、捏造アルゴリズムと言われているPLIERを用いているので、再現性が良く見えるだけらしいね。
MASを使えば、再現性が悪くなる。
アルゴリズムを知らない人間が見ると、騙されるだけだと思うけどね。
結局は、市販のアレイならば、どこでも、そこそこのデータが出るんでしょ。
ただ、最近はAffyよりもAgiが良いのは実感させて貰っているよ。うちも、今のプロジェクトはAffyで始めたから、区切りがつくまでAffyで進むけど、次のプロジェクトはAgiで進める意見で確定した。

AgiがSTRATAGENEを買収したんだね。
前もGeneSpringの会社を買収した過去があるらしいね。
アレイといえばAffyっていうイメージがあるが、会社自体はAgiの方が大きいのかな？

>>528
あれ？リアルタイムで確認してもＡｆｆｙが抜群じゃなかったっけ？

いや、リアルタイムPCRとの結果は、Agiが一番良かった。
リアルタイムPCRとのアレイ結果の比較は、Slope(傾き)を評価しないといけないからね。

結局は、AffyとAgiの2つしか残らないだろうな。
パイオニアのAffyと大企業のAgiの覇権争いがあるんだろうな。
買収を良くしているAgiがAffyを買収するとか、そのうちありそうだよな。

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　 　 　,'!::::!　　ヽ:::::::/ 　 　 　 ,.ィ':::::::::::ﾞ,｀`'i､;;;;ノﾉハ;__::::`‐...,,_', ＼::::::::::/　　
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　　　 l l::::::::ヽ　　　 `''‐-r'′ 　　l:::::::::::::|　l7 　 　/　　 ￣　　　　　/rへ,i　
　 　　.i '､:::::::::＼　　　　 |　　　　 |:::::::::::::|　!　 ＿,.｀　　　　 　　　　/f i } ||.　
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　　　　 ヽ　＼:::::::::::::::::::/ 　 　　/:::::::::::// ﾉ/ﾆﾆ二ヽ　　　　　　/､_,.r'"　　
　　　　　 ＼　 `ヽ:､:::／　　　／:::::::::::／ ／_｀` 　 'ゝヽ　　　　/ 　 　 　 　
　　　　　　　`　､,..／　 　 ,／::::::::;:∠-‐'′　｀`'ｰ-‐'ﾞ｀　　 ,. /
　 　 　　　　　 　 ` ‐-;-'--‐ ＜.　 ヽ、　　　　　　　,.. - '" /　　　　
＿＿ ,,..　-─一¬ヾ´ヽ、;;;;;;;;;;;｀`;;;.､ `''ｰ---‐ ''"´　　　/ヽ、 　
　　 このレスを見た人間は十三日以内に死にます。
　　　　　※あなたに訪れる死を回避する方法が一つだけあります。
　　　　　それはこのコピペを一時間以内に７つ、別のスレに貼り付ける事です
　　　　　ごめんなさい。死にたくないんです。

解析受託サービスはざっと調べたところ、ファルマフロンティアというところの
1サンプル19万が一安そうなんですが、もっと安いところありますか？

今ビッグニュースになってますけど、イルミナのパテントの何がアフィのと触れたのでしょうか？誰かご存じないでしょうか

大学4年のものです。今ＣＧＥＰのアレイを使ってトマトのマイクロアレイをやっています。
１回目はTOM1（ｃＤＮＡ）でやってみて、再現性とる為にもう一度TOM2(オリゴ）でやってグラフ化してみたところ、散布図の分布からは再現性がとれているような感じだったのですがそもそもＴＯＭ１と２じゃ遺伝子Ｎｏが全く違い困ってます。
こういう場合はどうしたらいいのか分かる方いますか？

そもそもトマトなんかやめろ
ダサいよ
humanかmouseこれ完璧

Scatter Plotってあんまりあてにならんきがするが。

19万って格安だな．
でも外注っていまいち信用できないんだよな．．．
今までの経験即上．
みんなどうよ？
肝心な何かが抜けててデータが出ない場合がある

>>535
何が？

Nimblegenってどうですか？

AffymetrixのNimbleExpressアレイと、Nimblegen純正では何が違いますか？

>>526
まったくだ。affyのgenechipはもはや放っておいたほうがいい。
発現解析でも、agi > illu > affyみたいな感じになりつつある。
少し古いが、Mol.Bio.Evolのレターでexon array vs GeneChip(GNF),
human vs mouseの比較やってて、GeneChipがどれだけ当てにならないか
良くわかった。

BMB2007で3D-Geneのランチョンセミナーがすごかったと聞いたけど、
実際はどうですか？

セミナーでガラス製のチップでは、ノイズが大きくて検出できない
受容体遺伝子等の低発現遺伝子の検出データの発表がありましたか?

鉄アレイの需要が期待大だね

鉄アレイって余ったプローブをきれいに洗浄できるの？

つか、アレイのデータってほんとに使えるの？
ブレが大き過ぎると思うんだが。

それってn=2ぐらいでやろうとしてないか？
5ぐらいこなせばそれなりに安定してくると思うぞ。

n=5って？アンタ！チップの値段が、、、

>>548
Agiの発現解析用なら15万弱でしょ。

ゼブラフィッシュで外注のマイクロアレイやるけど、4検体で80万。これでも格安。

RNAの純度が悪いと、3回ほど返された。

結果は1万行×1万列のエクセルで返ってくるそうな。

それでも、結局ＳＳＨと同じで結果は出っ放し。

調べたい遺伝子をいくつか絞って実験を組んで、ＲＴ−ＰＣＲとかしないと、論文にはならない感じ。

1万列はないと思うぞ。

生データだと、4万5千×100だった。

やはり日本の教育が間違えてんだな。バイオ系のやつらは、
まともな医学部の人以外、統計、数学を勉強していない上、
ろくに化学も分からんからな。
AHOにはつかえんツールだっちゅーことだ。

で南が儲かると…

で南が儲かると…

>>553 工学部系のバイオだと数学や統計バリバリやってるよ

アレイのデータ処理がうさんくさすぎなんだよ
そもそも有意なデータがでないかもしれないのに
統計でなんとかしようったって結局捏造にしかならない

つか、アレイなんて一次スクリーニングにもならないのに、
良く高い金出してやってるね、みんな。

一杯遺伝子釣ってきて、続報が出ない事多々あるような。。。

もう今では当たり前のツールとして認識されてると思うがな。
CNSの3本に1本はアレイのデータ出てこないか？（分野によると思うが）

>良く高い金出してやってるね、みんな。
残念だが、安いと感じるラボがやるもんだよｗ

http://img.2chan.net/moejp/src/1216476008068.jpg?

すっごいアレイ初心者の質問です。なんでアレイの結果って
log2で対数変換するのですか？自分が知っているのはAffyの
MAS5を対数変換した結果ですが、2倍、4倍、8倍・・・って
感じで直感的になるからでしょうか？

そもそも、MAS5で出てきた数値って、molとかで表せる物理化学
的な単位を持っているのでしょうか？どなたか解説お願いしますｍ（＿＿）ｍ

>>562
対数にしとくと2倍と0.5倍を同じように扱えて便利なのです。

アジレントのマイクロアレイを他社のスキャナーで読み取りたいと考えています。
アジレントのアレイはスポットが蜂の巣状になっていますが、
今持ってるソフトは格子状のスポットに対応したテンプレートしか作成できません。

フリーソフトなりで、アジレントのアレイのスポットを認識できるソフトを
ご存知の方おられましたら
えて頂きたいのですが。。。

恐らくフリーソフトでは存在しないのではないでしょうか？
アジレントは、消耗品からスキャナまでを
全て自社製品で囲い込んで売ってますから。。。

アレイだったらn=3として考えたら逆にアジレントになるよな？
NAS54Bで出てた発表を読んだらそれで単純にいけると思った。
それよりも問題は斜めYSのスポットじゃない？
むしろそれでお前らがどう思うか聞きたい。

>>566
日本語でオｋ

そもそもアレイで食っていこうとするのが間違い。
５年以上かけて１報？それなに？

CodeLinkが復活

GEのサイトにはなかったが・・・
別の会社が売ってるということ？

名古屋のFilgenという会社で売ってる。

age

＞569
なかなかリーズナブルだった。解析ソフトウェアもただでくれてペコリ。

アレイをやってる人少なすぎ

doors.txt;10;15

As for the actress, I have no problem with her. ,

age

マイクロアレイ、メチル化アレイなどは外注したいんだけど、
どこがおすすめ？

ハードちゅう意味ならagilent？Nimblegenもだしでるけど、まあ。
外注先はどこっていうよかキャンペーンに引っ掛ければ結構安い。
とはいえあんまりやってる会社ないなあ。
agilentなら手法結構簡単だから自分でやっても大丈夫だと思うけど。
（自分でやりました）

マイクロアレイは再現率が低いからな。
とりあえず出たデータで、つじつま合わせのストーリーは創れるけどな。

マイクロアレイは無限にサンプル数を増やせるのもメリットだけどね。
サンプリング時の問題ならリアルタイムＰＣＲでも同じこと。

無限に増やせる！？
テンプレート一枚10万円以上だぞ。
解析も面倒だし。
ヤタラメッタラできんわ。

スポット数を１０連にしたり、スキャン回数を１０回にしたりして平均化・正規化の精度を上げられるでしょう。
ハイブリは一発勝負に近いけど、それはＰＣＲと同じで条件最適化が前提になっている。
むしろＰＣＲの方が最適化すべきパラメータが多い。

スポット10連？？?自作？
一応アジさんは８検体１スライド（１０万円実費）でmRNA（１万実費）でできる。
組織とかはやばいけど、細胞で刺激与えた方（笑える事にコントロールにする無刺激とか培養だけってめためた）
は結構再現するけど。何倍ってゆうのは全然駄目だけどupdownの方向性は全然OK

細胞をコチョグッたら、細胞がうひゃひゃひゃひゃって笑いこけて、お笑い遺伝子発現したよ。

ロシュだと２１０万スポットだから、
３万遺伝子を対象としても、１遺伝子につき６プローブ作成して、スポット１０連とかできるよ。

genespringいつになったら元に戻るの？
もうどうしようもないなら丸っと切り変えるつもりなんだけど

>>587
戻るってどういうこと？　今回のバージョンアップで何か改悪でもあったの？
普通に使えてると思うけど

結局、全部シークエンサーで読むのとどっちが良いのよ　＞　アレイ

genespring、、、たぶん７からの変更のじゃない？
9.10.11って少し改善されたけどそれでも無くなった機能とかあるからなあ

全部読むはシークエンサーは解析能力のある
（アセンブルとか自分のデータ用にアルゴリズムカスタムできる）人がいればいいけど、
そうでなければ苦しむ。、、、というか今苦しいです。