生体分子の分子動力学シミュレーション
39 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/25 00:08:45
研究目的は？
40 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/27 12:54:52
何のためにMD計算してるの？
41 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/28 00:17:46
動かしてみないといろいろわからないからだろ
42 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/01 02:09:23
さわってみないとわからない感触もある。だから、ノーマルモードだけじゃ
だめんなんだー。とりあえずさわってから考えよう。
だめんなんだー。とりあえずさわってから考えよう。
43 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/02 02:07:44
【月詠】ノーマルモードに飽きた先生方がネコ耳モードに走り始めたら恐いぞ！！【萌え】
44 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/02 22:51:22
いきなり生身だと何かとむずかしいので、とりあえずコンニャク
のMDを試みようと思います。主成分であるグルコマンナン
(グルコースとマンノースが重合した多糖類)を詰め込んで、
間に水を入れて、周期境界条件で計算をするのがとりあえず
最初の試行としては妥当でしょうか。でも、マクロなプルプルする
振動はこれでは再現できない気がします。どうしたらよいでしょう。
のMDを試みようと思います。主成分であるグルコマンナン
(グルコースとマンノースが重合した多糖類)を詰め込んで、
間に水を入れて、周期境界条件で計算をするのがとりあえず
最初の試行としては妥当でしょうか。でも、マクロなプルプルする
振動はこれでは再現できない気がします。どうしたらよいでしょう。
45 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/02 23:45:37
46 ：44：05/03/03 00:04:00
マクロなプルプルの周期はミリ秒以上なので、原子レベルの
計算ではむりですね。でも何か方法は無いでしょうか。考えましょう。
たとえば、ゴム弾性を扱うような連続体のシミュレーションの
結果を、相対論で使うテンソルを使って空間のゆがみとして
原子レベルのシミュレーションに反映させることはできない
でしょうか。それと、逆に原子レベルの計算の結果から弾性係数
のようなマクロなパラメータを求める方法があれば、マクロと
ミクロの計算を整合性を保って同時に行うことができます。
材料工学で有限要素法とかやってる人にはこういうの重要
なのでは、とおもうのですが、どうやっているの?
計算ではむりですね。でも何か方法は無いでしょうか。考えましょう。
たとえば、ゴム弾性を扱うような連続体のシミュレーションの
結果を、相対論で使うテンソルを使って空間のゆがみとして
原子レベルのシミュレーションに反映させることはできない
でしょうか。それと、逆に原子レベルの計算の結果から弾性係数
のようなマクロなパラメータを求める方法があれば、マクロと
ミクロの計算を整合性を保って同時に行うことができます。
材料工学で有限要素法とかやってる人にはこういうの重要
なのでは、とおもうのですが、どうやっているの?
47 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/03 01:32:36
なにも意味ないことをされてるだけみたいですね。
もっとまともな研究テーマと方法を使う事にしました。
わけわからないので、MDやめときます。
もっとまともな研究テーマと方法を使う事にしました。
わけわからないので、MDやめときます。
48 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/03 01:41:15
49 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/03 02:21:43
>>48
そういうのをきめつけといいます。
あなたのいうレベルならとっくにしてます。
もっとハイレベルの次元なら、もっといいテーマがあるので、MDを使わないことに
決めたのです。それに、外国留学するのでね。MDをしてない研究室へ。
最近、賞を２つもらったしね。
なぜ、世界の傑出した科学者2000人のなかに選ばれたのか？
そのほうがわけわからない。
そういうのをきめつけといいます。
あなたのいうレベルならとっくにしてます。
もっとハイレベルの次元なら、もっといいテーマがあるので、MDを使わないことに
決めたのです。それに、外国留学するのでね。MDをしてない研究室へ。
最近、賞を２つもらったしね。
なぜ、世界の傑出した科学者2000人のなかに選ばれたのか？
そのほうがわけわからない。
50 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/03 08:12:30
そもそもMDは単なる手法であって、研究テーマや意味とは関係ないので、
研究テーマを決める前にMDを使う・使わないを決めるのは意味がない。
というか、>>49からは非常にデムパ臭がプンプンしているわけだが。
こんなマイナースレになぜ。
研究テーマを決める前にMDを使う・使わないを決めるのは意味がない。
というか、>>49からは非常にデムパ臭がプンプンしているわけだが。
こんなマイナースレになぜ。
51 ：49：05/03/03 21:43:35
そうですかね？
まともな事しか書いてませんよ。
今の状況では、こんな不健全なものでもないよりましなので、
なにか得るものないかと見てみましたが。
４２−４６に関する感想を聞きたいな。
まともな事しか書いてませんよ。
今の状況では、こんな不健全なものでもないよりましなので、
なにか得るものないかと見てみましたが。
４２−４６に関する感想を聞きたいな。
52 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/03 22:45:55
53 ：49：05/03/03 23:27:24
54 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/03 23:32:17
もっとまともな学問的話をしたいな。
MDは計算結果の信頼性に敏感でないとだめなんでしょう?
たとえば、ポテンシャル関数のパラメータが異なると結果が異なる。
同じ系を新しいパラメータ関数で再計算して、JCPに出版してないか？
MDは計算結果の信頼性に敏感でないとだめなんでしょう?
たとえば、ポテンシャル関数のパラメータが異なると結果が異なる。
同じ系を新しいパラメータ関数で再計算して、JCPに出版してないか？
55 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/04 00:13:08
>>54
「でしょう？」って当たり前（Ｗつまらないこと聞くな。
ポテンシャルに関しての議論なら、最近のBIRDの講演会にでも
出ていれば良かったのだ。NAMDを手元で動かせばその程度のことは
数日で分かること。
「でしょう？」って当たり前（Ｗつまらないこと聞くな。
ポテンシャルに関しての議論なら、最近のBIRDの講演会にでも
出ていれば良かったのだ。NAMDを手元で動かせばその程度のことは
数日で分かること。
56 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/04 01:01:16
57 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/04 01:36:45
なんかレベル低い感じしまーす。
感じも悪いし。
あんたら、学部生か修士のかた？
永遠に残る研究をすべきですからね。
ポテンシャル関数で結果がころころ変わるのでは、ちょっとテーマとしてどうかと。
感じも悪いし。
あんたら、学部生か修士のかた？
永遠に残る研究をすべきですからね。
ポテンシャル関数で結果がころころ変わるのでは、ちょっとテーマとしてどうかと。
58 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/04 02:09:16
59 ：悪ふざけ I：05/03/04 02:23:16
60 ：悪ふざけ II：05/03/04 02:32:52
FMOを使って、化学反応を計算したら何が出るでしょうｗ
61 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/04 03:41:17
無料の公開プログラムなんか、昔からあります。
しかも体系的に。
たしか、CCP5だったと思う。
片岡の本読めば、書いてあります。
ちょっと個人的感想：
日本のMD屋は、ちょっと変人が多い。いい人に出会ったことないです。
というか、我々の分野とは異質な人間です。
言葉ではうまく表現できませんが。
だけど、プログラムは無料公開する人が多いです。
世界のMDとMC屋は暖かい。メールの文章読んで温かみを感じます。
CCP5のように体系的に無料プログラム公開してるのも、善意を感じます。
しかも体系的に。
たしか、CCP5だったと思う。
片岡の本読めば、書いてあります。
ちょっと個人的感想：
日本のMD屋は、ちょっと変人が多い。いい人に出会ったことないです。
というか、我々の分野とは異質な人間です。
言葉ではうまく表現できませんが。
だけど、プログラムは無料公開する人が多いです。
世界のMDとMC屋は暖かい。メールの文章読んで温かみを感じます。
CCP5のように体系的に無料プログラム公開してるのも、善意を感じます。
62 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/04 08:26:05
ほら、やっぱりデムパだったろ。
放置しろよ。よく知らない奴が知ったかぶりしてるだけだろ。
「体系的に無料プログラム公開」に善意を感じる程度の素人なんだし。
放置しろよ。よく知らない奴が知ったかぶりしてるだけだろ。
「体系的に無料プログラム公開」に善意を感じる程度の素人なんだし。
63 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/04 16:42:18
うんこプログラム（FMOとか）で、金とろよりましだろ。
まるで悪徳弁護士のだましみたいだぜ！
まるで悪徳弁護士のだましみたいだぜ！
64 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/04 18:35:40
とうとう一度も連絡せずにプロジェクトを進めたようだ。
65 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/04 20:40:49
プロジェクト Xに残るような研究誰もしてないよ？
いや、実際は今の日本の体制でそのような事できません。
そんなことしようものなら、周囲がつぶしにかかります。
規制だらけの今の日本でできることは、むなしい研究もどきだけ。
いや、実際は今の日本の体制でそのような事できません。
そんなことしようものなら、周囲がつぶしにかかります。
規制だらけの今の日本でできることは、むなしい研究もどきだけ。
66 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/04 23:57:22
67 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/05 00:48:43
留守です...
68 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/05 01:34:57
でも、ＭＤ屋に変な人多いのは事実かも、とひそかに思ったりする。
69 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/05 04:03:15
O大のTはどう？
最近は論文見ないけど？
最近は論文見ないけど？
70 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/04/08(金) 23:56:54
いろいろ調べた結果、
amber って遷移金属蛋白質の計算できないんですね・・・・。
分子力学法で金属蛋白質扱うのにいい方法ありますか？
amber って遷移金属蛋白質の計算できないんですね・・・・。
分子力学法で金属蛋白質扱うのにいい方法ありますか？
71 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/06/17(土) 11:29:59
いまどきMDなど時代遅れ
72 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/08/04(金) 07:48:25
FMOってうんこぷろぐらむなんでつか?
73 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/02/18(日) 09:42:58
初心者です。
MDはおろか理論も全然勉強したことないのですが、とりあえずMDやりたいです。
・・・何から始めるべき？
いちおうGROMACSはDLしましたが、FFTWがないからインストールできませんと。
あ”〜めんどくさい・・
MDはおろか理論も全然勉強したことないのですが、とりあえずMDやりたいです。
・・・何から始めるべき？
いちおうGROMACSはDLしましたが、FFTWがないからインストールできませんと。
あ”〜めんどくさい・・
74 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/02/23(金) 23:23:37
まずＭＤの理論から勉強して下さい。
勉強しないでソフトの使い方だけ覚えても、捏造の道具にしかなりませんよ。
勉強しないでソフトの使い方だけ覚えても、捏造の道具にしかなりませんよ。
75 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/11/02(金) 00:58:27
理論とMDでそれぞれお薦めの本とかありますかね？
76 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/01/07(月) 00:53:59
どっぴゅんセレナーデとか
77 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/12/02(火) 19:17:03
デンプンの二重らせんのモデリングが出来ない…orz
モデリングとかはうまくいってる？
モデリングとかはうまくいってる？
78 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/07/11(土) 13:02:01
2007年に別の板に書き込まれた例のモデル、剽窃などおこなってないわな？
匿名掲示板への書き込みにも著作権を主張できる
あとで調べてみたら、社会学的社会心理学の某モデルとどこか似ているが
匿名掲示板への書き込みにも著作権を主張できる
あとで調べてみたら、社会学的社会心理学の某モデルとどこか似ているが
79 ：名無しゲノムのクローンさん：2010/05/25(火) 03:00:11
ここの人たちは最終的に何を目的に解析してるの？いまいちMDで解析してなにができるのかがわからないんだけど。
80 ：名無しゲノムのクローンさん：2010/05/25(火) 07:09:25
ピペドって何してるの？
トリビアルな遺伝子タンパクの配列や多量体の構造を調べて自己満足？
結局、人体のスケールでどう機能してるのか再現できないよね。
トリビアルな遺伝子タンパクの配列や多量体の構造を調べて自己満足？
結局、人体のスケールでどう機能してるのか再現できないよね。
81 ：名無しゲノムのクローンさん：2010/05/25(火) 07:38:11
「遺伝子タンパク」ｗ なんのこっちゃｗ
82 ：名無しゲノムのクローンさん：2010/05/25(火) 09:03:01
ピペドって何してるの？
トリビアルな遺伝子・タンパクの配列や多量体の構造を調べて自己満足？
結局、人体のスケールでどう機能してるのか再現できないよね。
トリビアルな遺伝子・タンパクの配列や多量体の構造を調べて自己満足？
結局、人体のスケールでどう機能してるのか再現できないよね。
83 ：名無しゲノムのクローンさん：2010/05/25(火) 09:50:44
projects 04 jpg
http://www-souhatsu.sanken.osaka-u.ac.jp/img/projects_04.jpg
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http://t-kimura03.cc.yamaguchi-u.ac.jp/classic/kaizen01/h13-5c/5c01c.files/image005.jpg
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http://www19.atpages.jp/imagelinkget/get.php?t=v&u=t-kimura03.cc.yamaguchi-u.ac.jp/classic/kaizen01/h13-5c/5c01c.files/image012.jpg
pamphlet08 j png
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84 ：名無しゲノムのクローンさん：2010/05/26(水) 00:44:08
>>82
で、シミュレーションならできるってか？アホｗ
で、シミュレーションならできるってか？アホｗ
85 ：名無しゲノムのクローンさん：2010/05/26(水) 01:29:56
86 ：名無しゲノムのクローンさん：2010/05/26(水) 02:00:01
87 ：名無しゲノムのクローンさん：2010/05/26(水) 03:05:01
>>86
煽りじゃなくて、具体的に実時間・実物スケールでシミュレーションをして
今までに何がわかったのか知りたいです。
実時間・実物スケールだと、かなり荒いシミュレーションになってしまうと
思うんだけど、それでシミュレーションをして何が言えるのかな。
実験より得られた事実を更に補強するという意味合いはあるだろうけど、
煽りじゃなくて、具体的に実時間・実物スケールでシミュレーションをして
今までに何がわかったのか知りたいです。
実時間・実物スケールだと、かなり荒いシミュレーションになってしまうと
思うんだけど、それでシミュレーションをして何が言えるのかな。
実験より得られた事実を更に補強するという意味合いはあるだろうけど、
荒いシミュレーションしかできないとしたら、その程度の信頼性しかないということだね。