生体分子の分子動力学シミュレーション

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1 ：名無しゲノムのクローンさん：
語ろう。
2 ：名無しゲノムのクローンさん：04/12/27 02:22:11
2get & goodby
3 ：名無しゲノムのクローンさん：04/12/27 18:14:46
シム板と重複そしてバイオインフォスレともかぶり気味。
ただし1の頑張り次第では伸びるかも。
4 ：1：04/12/27 20:39:12
シミュ板に生物系の人は来るのかな？あまり来ないと思うけど。
あと、生物の実験系の人にいろいろ意見が聞けたらいいなと思ってる。
5 ：名無しゲノムのクローンさん：04/12/27 22:20:20
>>4
いるよ。シム板自体が過疎だけどね。
こういうスレは1自体が話題を提供しないと。
6 ：TIP9P：04/12/27 23:42:06
タンパク質の分子動力学やってて体積計算をしたいんだけど、
計算方法が分かりません。
何か良い計算手法とかソフトウェアとかないかな？
7 ：名無しゲノムのクローンさん：04/12/27 23:46:55
↑何よ、そのコテハン。ふざけてるの？
8 ：BPTI：04/12/28 09:57:15
僕の計算してよぉー
9 ：名無しゲノムのクローンさん：04/12/28 17:51:45
bovine pancreatic trypsin inhibitor のこと？
10 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/17 00:30:51
NAMDとGROMACSだったらどっちが好き？
どっちもタダだけど。
11 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/17 10:22:00
400ドルからはじめるAmber
12 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/17 11:03:51
AMBERという意見は出ると思ってた。
アカデミックだったらいいけど、企業じゃ数百万だからなあ。
13 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/20 23:31:16
Particle Mesh Ewaldが実装されているという点でNAMDかな？
それ以外ではGROMACSのほうが好みだ．(GNU/GPLだし)

PeachもPPPC＋PD（SDだっけ？）で高速化が期待できるし
ABINITI-MPとくっつけてFMO-MD計算もできるので
個人的に今注目している（がまだ使ったことがない)
日本語ドキュメンテーションがあるのもうれしい．
あれは初学者のための教科書としてもお勧めしたい．
14 ：1：05/01/21 01:43:27
AMBERのSanderでPME法は使えますよ。
初学者のための教科書＜Peachの説明書のことですか？
15 ：1：05/01/21 01:44:20
>>2
頑張ってなくてすんまそん。
16 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/21 08:05:20
PEACHは意外に地道にヴァージョンアップしてるよね。
そのうちPMEも入れてくれないだろうか、と思ってるけど（本人はめんどくさがってるようだけど）。
17 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/22 22:38:23
>>14
>AMBER　
それは知らなかった・・・
でも私にはAMBERは高嶺の花です(笑
>PEACH
そうそう、説明書のことです．
18 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/24 22:04:36
自分でポテンシャル関数を考えて、ab initioHFなりDFTなりMP2なりで
パラメータ決定してMDのプログラミングしている人は居ないの？
19 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/25 00:07:21
北浦、三上、古明地という面子をそろえる産総研て強いかも
20 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/25 00:25:06
>>18
パラメータくらいは決めてるだろうけど、ポテンシャル関数の関数形から決めてる人は少ないね。
いないわけじゃないけど。

MDのプログラミング自体はそれなりにやってる人がいる。でも生体分子のMDなら、自分で一から作る必要は
ないんじゃないかと。「車輪を再発明するな」ってやつで。
21 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/25 09:40:34
>>18
いるよ。サブルーチン一つ書き加える程度だから難しいことではないよ。
デバッグは面倒だけど。
22 ：佐藤光祥＠九州男児：05/02/12 03:34:11




ＤＱ〜Ｎ




23 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/13 23:48:48
基準振動解析ですむことをいちいち動力学するのもどうかと。
ま、時代は二面角でしょ。
24 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/14 00:00:14
規則構造（一次構造）がすぐわかる分子なんて面白くも何ともない。
25 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/14 00:31:44
面白いのは水だよ水
26 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/15 13:47:58
基準振動解析は動きがハーモニックじゃないとうまくいかないしー。
木寺さんが最近やっている構造転移が追える基準振動解析に詳しい人いる？
27 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/17 00:19:57
線形応答理論って英語でなんていうの？
28 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/17 01:07:46
良スレ期待age
29 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/17 01:14:13
>>25
水は名古屋の大峰センセのところがTIP4Pのexplicitな水を
凍らせてNatureに出していたね。
30 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/17 02:02:26
>>23
二面角つかえねー。タンパク質の場合はつかえねー。
たとえば、ヘアピンシートがあるじゃん。反平行の。で、そいつが、
一体となって、ぐにゃーっと曲がってっていうシミュレーションを
するのに、二面角系ってどうやるのよ？一カ所の二面角変えるんじゃ、
ヘアピンが壊れるじゃん。どうする？
31 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/18 02:43:25
>>30
反平行のヘアピンを保っている水素結合をきらないように、
ほかの二面角をハーモニックに動かすにきまってるじゃん。
30ってマジつかえねえ・・・
32 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/18 19:59:55
explicitに水を入れて基準振動解析したいんだけど？
33 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/18 22:55:20
explicitにおっぱいの基準振動解析したいんだけど？
34 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/19 16:14:58
水入れて基準振動解析ってできるんですか？
溶媒効果が出せないのが常識だが…。
35 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/19 19:48:21
>>31
その二面角ハーモニックに動くようにする探索も結構面倒じゃないか？
36 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/20 03:31:43
>>33
ここで言うexplicitの意味はわからないけれど、おぱーいの基準振動解析は
基準振動解析の応用として正しい使い方だと思う。日本全国のアイドルの
プロフに「最低周波数モードは」と載せるような時代はもうすぐ・・・こないわなぁ。
でも「俺の今の彼女の胸は小さくてさー」というのを「周波数のモードが・・・」と
いうよう方がサイエンスを指向する人間には定量的で正しい会話だと思わない？
37 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/21 01:49:13
>>36
harmonicなぷるるんとnon-harmonicなぷるぷるぷるんと
どっちが萌えると思ってるのか、結論を言うように。
38 ：まずはこれから..：05/02/21 11:05:15
ttp://www.hirax.net/dekirukana5/bust7/index.html
ttp://www.hirax.net/misc/bust.pdf
39 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/25 00:08:45
研究目的は？
40 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/27 12:54:52
何のためにMD計算してるの？
41 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/28 00:17:46
動かしてみないといろいろわからないからだろ
42 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/01 02:09:23
さわってみないとわからない感触もある。だから、ノーマルモードだけじゃ
だめんなんだー。とりあえずさわってから考えよう。
43 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/02 02:07:44
【月詠】ノーマルモードに飽きた先生方がネコ耳モードに走り始めたら恐いぞ！！【萌え】
44 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/02 22:51:22
いきなり生身だと何かとむずかしいので、とりあえずコンニャク
のMDを試みようと思います。主成分であるグルコマンナン
(グルコースとマンノースが重合した多糖類)を詰め込んで、
間に水を入れて、周期境界条件で計算をするのがとりあえず
最初の試行としては妥当でしょうか。でも、マクロなプルプルする
振動はこれでは再現できない気がします。どうしたらよいでしょう。
45 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/02 23:45:37
>>44
マクロなぶるぶるは、弾性係数とかの実験値で、連続体のシミュレーション
するのが筋だと多うが。
46 ：44：05/03/03 00:04:00
マクロなプルプルの周期はミリ秒以上なので、原子レベルの
計算ではむりですね。でも何か方法は無いでしょうか。考えましょう。

たとえば、ゴム弾性を扱うような連続体のシミュレーションの
結果を、相対論で使うテンソルを使って空間のゆがみとして
原子レベルのシミュレーションに反映させることはできない
でしょうか。それと、逆に原子レベルの計算の結果から弾性係数
のようなマクロなパラメータを求める方法があれば、マクロと
ミクロの計算を整合性を保って同時に行うことができます。

材料工学で有限要素法とかやってる人にはこういうの重要
なのでは、とおもうのですが、どうやっているの?
47 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/03 01:32:36
なにも意味ないことをされてるだけみたいですね。
もっとまともな研究テーマと方法を使う事にしました。
わけわからないので、MDやめときます。
48 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/03 01:41:15
>>47
その程度ならやらない方がいいと思う。
というか、自分で論文を引いて見もしないで2chで聞いてテーマや方法の
参考にしようとするなんて人間は、研究はしない方がいいよ。
49 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/03 02:21:43
>>48

そういうのをきめつけといいます。
あなたのいうレベルならとっくにしてます。
もっとハイレベルの次元なら、もっといいテーマがあるので、MDを使わないことに
決めたのです。それに、外国留学するのでね。MDをしてない研究室へ。

最近、賞を２つもらったしね。
なぜ、世界の傑出した科学者2000人のなかに選ばれたのか？
そのほうがわけわからない。
50 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/03 08:12:30
そもそもMDは単なる手法であって、研究テーマや意味とは関係ないので、
研究テーマを決める前にMDを使う・使わないを決めるのは意味がない。

というか、>>49からは非常にデムパ臭がプンプンしているわけだが。
こんなマイナースレになぜ。
51 ：49：05/03/03 21:43:35
そうですかね？
まともな事しか書いてませんよ。
今の状況では、こんな不健全なものでもないよりましなので、
なにか得るものないかと見てみましたが。

４２−４６に関する感想を聞きたいな。
52 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/03 22:45:55
>>42から>>46は明らかにこの分野が分かっている人間がその分野の
人間なりの"比喩"で遊んでいるだけでしょ。自分から具体的な
話をしない人間の戯言よりはこういう冗談の方が見ていてやすらぐなぁ。
53 ：49：05/03/03 23:27:24
>>52からは非常にデムパ臭がプンプンしているわけだが。

それをDQNとかいうのとちゃうか？

54 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/03 23:32:17
もっとまともな学問的話をしたいな。

MDは計算結果の信頼性に敏感でないとだめなんでしょう?
たとえば、ポテンシャル関数のパラメータが異なると結果が異なる。
同じ系を新しいパラメータ関数で再計算して、JCPに出版してないか？
55 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/04 00:13:08
>>54
「でしょう？」って当たり前（Ｗつまらないこと聞くな。
ポテンシャルに関しての議論なら、最近のBIRDの講演会にでも
出ていれば良かったのだ。NAMDを手元で動かせばその程度のことは
数日で分かること。
56 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/04 01:01:16
>>55
ん〜。そこでNAMDが出てくるか。
ところで、パソのLinuxにVMDがうまくインストールできない
鬱だ
57 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/04 01:36:45
なんかレベル低い感じしまーす。
感じも悪いし。
あんたら、学部生か修士のかた？

永遠に残る研究をすべきですからね。
ポテンシャル関数で結果がころころ変わるのでは、ちょっとテーマとしてどうかと。
58 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/04 02:09:16
>>56
別にちょいとお金を払ってAMBERでも良いけど？
無料のpeachというのもある。こちらはFMOとも連携できる。
59 ：悪ふざけ　I：05/03/04 02:23:16
>>58

レベル極低い。
日本の産業も総合的にだめですね。
もち、研究所も。
いずれ研究所もFMOになるかもね。
いえいえ、30年後に日本がFMOになるかもよ。
60 ：悪ふざけ　II：05/03/04 02:32:52
FMOを使って、化学反応を計算したら何が出るでしょうｗ
61 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/04 03:41:17
無料の公開プログラムなんか、昔からあります。
しかも体系的に。
たしか、CCP5だったと思う。
片岡の本読めば、書いてあります。

ちょっと個人的感想：

日本のMD屋は、ちょっと変人が多い。いい人に出会ったことないです。
というか、我々の分野とは異質な人間です。
言葉ではうまく表現できませんが。
だけど、プログラムは無料公開する人が多いです。

世界のMDとMC屋は暖かい。メールの文章読んで温かみを感じます。
CCP5のように体系的に無料プログラム公開してるのも、善意を感じます。
62 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/04 08:26:05
ほら、やっぱりデムパだったろ。
放置しろよ。よく知らない奴が知ったかぶりしてるだけだろ。
「体系的に無料プログラム公開」に善意を感じる程度の素人なんだし。
63 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/04 16:42:18
うんこプログラム（FMOとか）で、金とろよりましだろ。
まるで悪徳弁護士のだましみたいだぜ！
64 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/04 18:35:40
とうとう一度も連絡せずにプロジェクトを進めたようだ。
65 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/04 20:40:49
プロジェクト Xに残るような研究誰もしてないよ？
いや、実際は今の日本の体制でそのような事できません。
そんなことしようものなら、周囲がつぶしにかかります。
規制だらけの今の日本でできることは、むなしい研究もどきだけ。


66 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/04 23:57:22
>>62

化学板で相手をしたら罰ゲーム対象の御仁なので、
スルーをおすすめする。
67 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/05 00:48:43
留守です...
68 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/05 01:34:57
でも、ＭＤ屋に変な人多いのは事実かも、とひそかに思ったりする。
69 ：名無しゲノムのクローンさん：05/03/05 04:03:15
O大のTはどう？
最近は論文見ないけど？
70 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/04/08(金) 23:56:54
いろいろ調べた結果、

amber って遷移金属蛋白質の計算できないんですね・・・・。

分子力学法で金属蛋白質扱うのにいい方法ありますか？
71 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/06/17(土) 11:29:59
いまどきMDなど時代遅れ
72 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/08/04(金) 07:48:25
FMOってうんこぷろぐらむなんでつか?
73 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/02/18(日) 09:42:58
初心者です。
MDはおろか理論も全然勉強したことないのですが、とりあえずMDやりたいです。
・・・何から始めるべき？
いちおうGROMACSはDLしましたが、FFTWがないからインストールできませんと。
あ”〜めんどくさい・・
74 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/02/23(金) 23:23:37
まずＭＤの理論から勉強して下さい。
勉強しないでソフトの使い方だけ覚えても、捏造の道具にしかなりませんよ。
75 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/11/02(金) 00:58:27
理論とMDでそれぞれお薦めの本とかありますかね？
76 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/01/07(月) 00:53:59
どっぴゅんセレナーデとか
77 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/12/02(火) 19:17:03
デンプンの二重らせんのモデリングが出来ない…orz
モデリングとかはうまくいってる？
78 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/07/11(土) 13:02:01
2007年に別の板に書き込まれた例のモデル、剽窃などおこなってないわな？
匿名掲示板への書き込みにも著作権を主張できる
あとで調べてみたら、社会学的社会心理学の某モデルとどこか似ているが
79 ：名無しゲノムのクローンさん：2010/05/25(火) 03:00:11
ここの人たちは最終的に何を目的に解析してるの？いまいちMDで解析してなにができるのかがわからないんだけど。
80 ：名無しゲノムのクローンさん：2010/05/25(火) 07:09:25
ピペドって何してるの？
トリビアルな遺伝子タンパクの配列や多量体の構造を調べて自己満足？

結局、人体のスケールでどう機能してるのか再現できないよね。
81 ：名無しゲノムのクローンさん：2010/05/25(火) 07:38:11
「遺伝子タンパク」ｗ　なんのこっちゃｗ
82 ：名無しゲノムのクローンさん：2010/05/25(火) 09:03:01
ピペドって何してるの？
トリビアルな遺伝子・タンパクの配列や多量体の構造を調べて自己満足？

結局、人体のスケールでどう機能してるのか再現できないよね。
83 ：名無しゲノムのクローンさん：2010/05/25(火) 09:50:44
projects 04 jpg
http://www-souhatsu.sanken.osaka-u.ac.jp/img/projects_04.jpg
image005 jpg
http://t-kimura03.cc.yamaguchi-u.ac.jp/classic/kaizen01/h13-5c/5c01c.files/image005.jpg
image012 jpg
http://www19.atpages.jp/imagelinkget/get.php?t=v&u=t-kimura03.cc.yamaguchi-u.ac.jp/classic/kaizen01/h13-5c/5c01c.files/image012.jpg
pamphlet08 j png
http://pr-eng.admt.ibaraki.ac.jp/contact/images/pamphlet08-j.png
84 ：名無しゲノムのクローンさん：2010/05/26(水) 00:44:08
>>82
で、シミュレーションならできるってか？アホｗ
85 ：名無しゲノムのクローンさん：2010/05/26(水) 01:29:56
>>82
ピペドだが遺伝病の原因因子を特定するなどしてCNSに出したりして世の中に貢献してるぞ。
シミュレーションも重要かも知れんが、まだまだ俺たちも必要だぜ
86 ：名無しゲノムのクローンさん：2010/05/26(水) 02:00:01
>>84
実時間・実物スケールのシミュレーションもやらないで
「原因を特定した」と抜かすアホなんだろ。
87 ：名無しゲノムのクローンさん：2010/05/26(水) 03:05:01
>>86
煽りじゃなくて、具体的に実時間・実物スケールでシミュレーションをして
今までに何がわかったのか知りたいです。
実時間・実物スケールだと、かなり荒いシミュレーションになってしまうと
思うんだけど、それでシミュレーションをして何が言えるのかな。
実験より得られた事実を更に補強するという意味合いはあるだろうけど、
88 ：名無しゲノムのクローンさん：
荒いシミュレーションしかできないとしたら、その程度の信頼性しかないということだね。