フローサイトメトリーの情報交換をしましょう。
あなたはベックマンユーザー or ベクトンユーザー?
それ以外のメーカー品ってどんな感じ?
解析ソフトでいいのはないですか? などなど
どうせ研究所にあるものを使うしかないのだろうから
何々派だの対立することなくマターリとよろしく
とりあえず最初のネタ振りを
当方ベクトンユーザーなのですが、CELLQuestがとにかく使いにくい。
とにかくグラフひとつひとつを描画するのが面倒(もう少しなんとかならんのか...)。
複数のグラフの書式(ラインの色 塗りつぶしなど)を同時に変換したい。
文字などの書き込みが不自由(使ってるヒトならわかるはず)。
などなどが不満です。
そこで
これらをあくまでCELLQuest上で解決するTipsなど
別の解析ソフトの情報
他社製品も使ったことある方、他社の解析ソフトの使い勝手はどうですか?
などなどを語っていただきたいと思います。
勿論その他のネタ振りも歓迎です
3 :
名無しゲノムのクローンさん:04/06/03 00:54
おおっ めずらしくまともなスレ発見!
CellQuestは確かに使えん
FlowJoいいよ
高いけど
4 :
名無しゲノムのクローンさん:04/06/03 13:07
CellQuestしかしらないけど、自分は好きですよ。
>>2 グラフとかいうなよん。ヒストグラムのこと?
同時に色とか線とか変えるって、ヒストグラムをつくるときに
書式をあらかじめ設定しておくのじゃだめなの?
あとからいろいろいじりたいということなのかな。
あまり仕切ってるようには思われたくないのですが人が多くなるまではちょくちょく書き込みます。
>3様
FlowJo早速チェックしてみます。
とはいえ即座に購入という訳にはいかないんですけどね.....
>4様
確かにグラフというのは素人丸出しでしたね....
>書式をあらかじめ設定しておくのじゃだめなの?
>あとからいろいろいじりたいということなのかな。
たとえば1枚のヒストグラムに1つのデーターしか乗せないという場合であれば、
最初の1枚目のヒストグラムの書式(line, color, shade etc...)を2枚目も引き継ぎますよね。
では1枚のヒストグラムに複数のデーターをオーバーレイする場合はどうでしょう。
例えば
1枚目 1st Data (赤 細線) → 2nd (黒 細線)→ 3rd (茶 細線)
としておいても、2枚目で"単純に"データーをオーバーレイした場合
2枚目 1st Data (赤 細線) → 2nd (緑 太線)→ 3rd (赤 点線)
の様に、デフォルトの変な書式(上記はあくまで例です)になりませんか?
そこで出来るのならば、
オーバーレイする2ndデーター以降の書式をあらかじめ設定
もしくは
デフォルトのままでとりあえずヒストグラムを何枚も書いてしまって後でまとめて書式変更
をしたいのです。
6 :
名無しゲノムのクローンさん:04/06/04 00:04
まとめて書式変更できるよ。
いま手元にソフトないからわからないけど、
がんがん、Overlayしといて、そのご
Format histgramでできるとおもうけど。
001
002
003
というようにでてきて、それぞれの右側にline, colorなどの種類を
選ぶ欄があるような。これだといっぺんに選べるよ。
うろ覚えだが。今度確認してみる。
わりにたくさん機能があるんだよ。
いじってると新しい機能を発見したりしておもしろい。
7 :
名無しゲノムのクローンさん:04/06/04 00:21
自演の匂いが香ばしいスレはここですか?
8 :
名無しゲノムのクローンさん:04/06/04 00:45
Lysis II 知ってます?
CellQuestが出た当初は感動したのだが、
確かに今は(ry
多分PCとかが普及、高性能化して、皆が高レベルになれてしまったんだと。
9 :
名無しゲノムのクローンさん:04/06/04 06:56
BDのアリア使っている人いませんか?
すごい早いって聞きましたけれどもほんとなんですか?
2世代ぐらい前の物を使っているが遅すぎて使えん
>>7 1だけsageで、残り皆ageってのがいかにもって感じだな。
若干スレ違いかもしれないが。。。
マーカーの名前を入れるとその特徴がでてくるシステムが
オンラインであったらいいよなと思う。逆もまた然り。
どの抗体で染めるべきか迷うときとか、
データベースとしてオンラインにあったら便利だと思うのだが。
>9
ウチに最近入った。
ただ私自身はソーティングまでしないので当分触ることはなさそう。
Calibur程度の大きさでVantageSE以上のことが出来るんだってね。
ただ実際はバッファーのタンクやら廃液タンクのスペースが別に必要で意外にスペースとるよ。
それでもVantageの驚異的なバカでかさよりはるかにマシだけど。
メンテも楽になったそうで、Vantageの光軸調整をしてた人が
「光軸調整はある意味特技だったけどそれも売りにできなくなるかなア」とぼやいてた。
自演しないと下がっちゃうんで、、、、すいません。
せっかくスレ立てたのに、誰もカキコしてくれないととても
虚しくてついつい。ごめんなさい。
>>8 lysis II知ってる。
黒い画面と時間差のおそろしいソフト。
たしかHPでは。
15 :
名無しゲノムのクローンさん:04/06/04 22:05
LysisIIとはまたなつかしい名前が...
10年近く前に出たんじゃなかったか?
1年かそこらですぐCellQuestにとってかわられたという記憶
>>9, 12
AriaはそりゃVantageと比較すれば速いけど
最速はCytomationのMoFloでしょ
こっち(米)ではBD製品よりもずっと売れてるんだけど
日本じゃまだ普及してないの?
あ、私、自演じゃありません がんがれ >
良スレなんだから堂々としてればいいんじゃない?
日本ではシェアが大きいほどありがたがる傾向があるよね
新興メーカーは大変かもしれんけど、新規に開発されたものだからこそ
これまでの問題点が改善されて使いやすくなっている、ということもあるよ
うちにはその数少ないMoFloがあるけど、色々改良されてて使いやすいから気に入ってる
なんと言っても、これまで6時間とか平気でかかってたソーティングが1時間で終るのがすごい
>>1
FACSだとネタも多いと思うから
1つぐらいスレがあっても良いと思うよ。
でも、ウチは今でもFACSsortなので、ちょっと悲しい。
FACSsortなんてあったっけ?
FACSterなら知ってるけど
20 :
名無しゲノムのクローンさん:04/06/05 21:52
史上最凶のテクニシャン、pen太お勧めのMoFloこそが最強!
FACSの元祖スタンフォードではFACSIIが未だ健在
カスタマイズしまくって原型とどめてないけどな
要するにちゃんとメンテできて、自力で改良する実力があれば
最新機器なんか必要ないってことなんだなと実感
22 :
名無しゲノムのクローンさん:04/06/06 00:39
今や、FACSsortも知らない世代か。
実は、2年前までFACScanも使ってたことなんて・・・
24 :
名無しゲノムのクローンさん:04/06/06 01:00
VantageのターボソートとMoFloならどっちがHaYaい?
25 :
名無しゲノムのクローンさん:04/06/06 12:08
MoFro萌え〜(´Д`)
嗚呼
MoFro萌え〜(´Д`)
26 :
名無しゲノムのクローンさん:04/06/06 13:06
なんだよMoFroってw
27 :
名無しゲノムのクローンさん:04/06/06 20:39
めっちゃ懐かしいってか2年前くらいに使ってました。
懐かしいので記念カキコ
28 :
名無しゲノムのクローンさん:04/06/07 02:25
29 :
名無しゲノムのクローンさん:04/06/07 07:50
>>18 >>19 機械の名称をよくみれ。
FACSsort ×
FACSort ○
まあ、たしかに漏れも「ふぁっくす そーと」って
発音するが
>>29 そう言えば、そうでした(失礼)。
ところで、FlowJoって使っているヒトいます。
それとも今や常識?
どんな具合なの、使い勝手良いですか?
(良ければ購入申請したいのです)
31 :
名無しゲノムのクローンさん:04/06/07 21:59
32 :
名無しゲノムのクローンさん:04/06/07 23:33
>>30 まずはFlowJoでググってみる
ダウンロード後、物理アドレスを知らせると何日か使えるシリアル番号を送ってくる
お試し期間に使い倒して実感してください
たくさんのデータに、全部同じゲートをかける時なんか、とっても便利
33 :
名無しゲノムのクローンさん:04/06/08 01:55
>>31-32 thanks! 頑張って調べて見ます。
実は、ググっったんだけどね、あまり良く分からんかった。
(もう一度見てみる)
やっぱりデモ使用できるんだよね。
またまた芳しくなってまいりますた…
まあがんがれ応援するぞ
35 :
名無しゲノムのクローンさん:04/06/24 07:48
さあ、あしたからサイトメトリー学会なわけだが。
36 :
名無しゲノムのクローンさん:04/06/24 09:11
最近flow cytometryを使い始めたのですが、設定とか難しいですよね。
CellQuestの使い方が説明されているページとか教えていただけないでしょうか?
>>35 ただでさえおもしろくない学会なんだから、
せめて開催場所くらいはどうにかしてほしい。
国際サイトメトリー学会みたいにリゾート地限定希望
38 :
名無しゲノムのクローンさん:04/06/25 07:26
>>36 メーカーに聞くとよろしい。
機械にはってある所に電話すると
割と親切に教えてくれる。
>37
"どうにかしてほしい開催場所"の住人ですが、参加者の皆様暑いところお疲れ様です。
サイトメトリー学会ってFACSだけって訳じゃないのね。
一般人には"サイコメトリー"学会と間違えられてそうですな。
40 :
名無しゲノムのクローンさん:04/06/27 00:36
サイコ(ト)メトリー学会が終わったが
まあ今年もあれだったな。
今年の発表はどうよ。
久し振りにやると手順忘れて焦るよね。
この前なんて、CellQuestのヒストグラムのテンプレのつもりで
Instrument Settingのファイルを一生懸命開こうとして
"やべ、CellQuestのバージョン上がったのだろうか?"と
思わず先輩に聞いて恥かいた。
42 :
名無しゲノムのクローンさん:04/07/19 21:20
暑さのせいでレーザーが落ちちゃうよぉ
と、ageてみる
43 :
名無しゲノムのクローンさん:04/07/19 21:34
あのね、こないだボスから言われて固定染色したサンプルを持って専門
家の所に解析をお願いしに言ったのね。そしたら話がちゃんと通ってな
かったらしくって、サンプルを実際に機械にかけて解析してくれた人が
何のサンプルなんだか全然知らないみたいだったんです。それでまず
defaultっぽい条件で細胞を流している間の時間に雑談風の雰囲気で、
これが何のサンプルで結果はどうなることが期待されているかって訊い
てきたの。こっちはおながいする立場だから一所懸命説明したら、フン
フン聞いていていた。次に画面の上で変な多角形を描いてゲートをかけ
たと思ったら、オレに「これでどう?」と聞くの。有意差なさそうだっ
たから、わざわざやってもらってるのに申し訳ないと思って、「だめそ
うですねぇ。やっぱり違うのかなぁ」と言ったら、何度かトライしてく
れて、そのうちゲーティングの多角形がどんどん不思議な形になって行
くんです。そのうちにそれらしいデータが取れるようになって、そこで
終わり。そこにはどういう根拠で選ばれたか分からない不思議な多角形
が。これでホントに良いんでしょうか。社会で習った「ゲリマンダー」ってのを思い出しました。
需要ないんだから、無理してあげんな
見てて痛々しい
>43
調べてみた。
>昔から、選挙における腐敗の極端な例として、「ゲリマンダー」なるものがよく言われてきました。
>1812年アメリカのマサチューセッツ州の知事ゲリーが、選挙において自党を有利に導くため、
>選挙区を不自然な形にし、その形がサラマンダーに似ていたためにゲリマンダーという言葉が出来た、
>という話です。
なかなかオモシロイこと知ってるなあ....
私の高校の理系クラスは地理専攻のみだったからこんなこと習わなかったよ。
もう誰もこのスレ見てないと思うけど
そしてほんの少し盛り上がりかけるとすぐ
自作扱いする椰子がしつこく現れてうざいんだけど
ここのところ国産機種が結構出てるんだね
がんばれにっぽん!
(と、このスレ)
FlowJo期待していたのだが、ウチのMac(G4 OS9.2)じゃ重くて使い物にならなかった。
メーカーさんのデモではG4ノート? iBook? (OSX)でサクサク動いていたのだけど...
ということでCellQuestで今後も頑張ります。
せめてCellQuestProにして欲しいデス。
49 :
名無しゲノムのクローンさん:04/12/01 00:08:26
50 :
名無しゲノムのクローンさん:04/12/03 23:38:09
FACSキャリバーってどうなんでしょ? 使いやすいのかな
皆さん標識抗体って何種類くらい持ってますか? うちは4種類しかない 金・・・
51 :
名無しゲノムのクローンさん:04/12/03 23:51:09
ゲーティングでどんな結果でも出せますよ。そこがFACSの良い所でしょ。
52 :
名無しゲノムのクローンさん:04/12/04 04:47:55
幸いウチは消耗品だけは比較的買いやすい(高価機器は渋いけど)。
標識抗体も俺個人保管でも百はあるだろうな。
同じ抗体でも標識の違うとのとか、3重染色で染め分けに便利。
CD3, CD4, CD19, CD45/B200は3色(FITC,PE,PerCp)だし
他の有名ドコロ(CD14,CD25,CD69,CD80/86)も大体2色ある。
かなり内緒の購入品もあるがw
アリアの調子はいかがですか?
使えてますか?
使ってる方へ
54 :
名無しゲノムのクローンさん:04/12/04 21:33:26
うちはオペレーターすら○ールターからタダで派遣だよ。
55 :
名無しゲノムのクローンさん:04/12/05 16:11:25
おまえ、利権じゃないのか。あんまり、たかるなよ。
56 :
名無しゲノムのクローンさん:04/12/08 14:13:27
>>50 4色使う必要がなければFACSortとかの方が単純で使いやすかったなあ。
まあ、あまりかわらないけど。
57 :
名無しゲノムのクローンさん:05/02/22 21:08:25
みなさんCFSEって使ったことありますかー?
58 :
名無しゲノムのクローンさん:05/02/26 12:24:46
漏れきゅらプローブのやつ、いいよ。3色揃えた。
細胞種によって使用量を検討するのがミソ。
全然関係ないけどFACSCaliburをお使いならPE-Cy7が久々のヒット。
FL3で拾う明るい蛍光、しかもFL4に入り込まない。PerCPなんて廃棄ですよ。
最近じゃAPCに代わって「3色目」の座を獲得。
59 :
名無しゲノムのクローンさん:05/03/07 17:13:19
GFPを発現している細胞を解析するとき、
スケールはlinerとlogのどちらでやってますか?
僕は基本的にlogスケールでやっているのですが、
最近読んだ論文ではlinerなんですよね。
試しにlinerでスケールとっても、細胞ごとの蛍光量が違いすぎて
きれいなデータになりませんでした。
linerでスケールをとることって、一般的なんでしょうか?
>>59 logでしょう。
linerってFSCとSSCのみ。
GFPすごい弱いのかな?
わからん。
Moflo使ってました。
CellQuestに比べてソフトが使いやすかったと感じていたんだけど、周りの人は同意してくれなかった。
慣れかな…。
ところで、Mofloのメンテの時に、Ariaは不調が多いと聞いたのですが、いかがでしょうか?
Aria使ってますけど、よく詰まります。
っていうかすぐ詰まんねえ?
そーてぃんぐ後はすぐダウンするので後に使う方から
ブーイング出まくりです。
フローセル(?うろ覚え)が構造上つまりやすいんでしたっけ?
液滴の数を増やすためにかなり細いとかなんとかで…。
ソーティング後すぐにダウンって、washはしっかりやってますよね?
それで詰まりが発生するのなら、Aria自体の問題か後の方のsampleの問題かと思うのですが。
64 :
名無しゲノムのクローンさん:2005/04/10(日) 16:58:59
良スレですね〜☆
自分学生の身分でフローサイト使ってますが、このスキルって
将来的に製薬系進路で強みになるものなんですかねぇ・・
vivoのスキルに比べて弱いような気がします・・・
上記にありますが、細胞がよくつまる(泣)
Fix後のボルテックスが甘いのかな・・・
65 :
名無しゲノムのクローンさん:2005/04/10(日) 21:44:43
まともなラボ/会社に行けば動いていて当たり前なので、強みになるとは思えないけどな。
>64
サンプルをアプライする直前にストレーナーに通してる?
67 :
64:2005/04/11(月) 10:22:13
65>
そうですよね。。値段も高く台数少ないからなかなか勝手に使う機会が
少ないんですよ〜・・・
難しいとこです。
66>
通してません(汗)
大体PFAfix→vortex→解析です。
やっぱまずいかぁ〜。。
ご指摘有難うございます。検討してみます☆
68 :
名無しゲノムのクローンさん:2005/05/31(火) 14:15:06
FLOWJOのver.4.6と6.2はどう違いますか?
69 :
名無しゲノムのクローンさん:2005/06/21(火) 12:54:24
Ariaでソートした細胞の純度が低い時はどこをいじりますか?
70 :
名無しゲノムのクローンさん:2005/06/21(火) 21:56:42
サイトメトラー結構いるんだな。
71 :
名無しゲノムのクローンさん:2005/06/21(火) 22:53:10
サイコメトラー?
フローサイトメーターやセルソーターの台数を考えたら、スレ人工少なく感じます。
皆上手くいってるのかな。
73 :
名無しゲノムのクローンさん:2005/07/23(土) 10:09:16
>72
フローサイト好きは生物系にいる機械オタだから
この板みないんじゃね?
ってアゲてみる。
74 :
名無しゲノムのクローンさん:2005/09/12(月) 06:13:35
MAGE
75 :
名無しゲノムのクローンさん:2005/09/13(火) 03:20:55
オペレーターとの良好な関係の構築法を教えてください
76 :
名無しゲノムのクローンさん:2005/09/13(火) 20:13:59
>>75 一度教わった事を2度聞かない。聞くときはかなり下手に出ること。
解析前の準備段階でのオペレーターの負担はなるべく減らしてあげること。
77 :
名無しゲノムのクローンさん:2005/09/13(火) 22:46:44
J産ってどう?
値段は安いが、使える?
78 :
名無しゲノムのクローンさん:2005/09/14(水) 00:32:05
個人的にはアリアをお勧めする。
別に目的によってはJSANでも良いとは思うが・・・。
79 :
77:2005/09/14(水) 01:24:07
>78
レスthanks
ARIAの高速sortは魅力ありだけど
高いから・・・
80 :
名無しゲノムのクローンさん:2006/02/25(土) 17:17:00
某飛べない短足鳥がBB社に濃厚接待されているからARIAではなくてJSANを薦めている件
81 :
名無しゲノムのクローンさん:2006/02/25(土) 17:42:42
また!ゲイバー接待を羨ましがるペンギンファソか!
82 :
名無しゲノムのクローンさん:2006/03/01(水) 23:33:03
>>59さんのレスにのっかりたいのですが、
超基本的な質問なんですけど、、、
Y軸はlogスケールにすぐできますけど、
X軸をlogスケールにして発現解析するのってどうやるんでしょう?
ちなみに当方、Cell Quest Pro使ってます。
logかlinearか、というのはデータを取り込む時点での設定で決まるから
x軸に持ってきたいパラメーターの設定をまず見直してみたら?
うちのはCell Quest Proじゃないけど、基本的には変わらないと思う
メニューバーのCytometor→Detectors/Ampsを選択
ここでX軸にしたいパラメーターの設定をlogに変更
84 :
名無しゲノムのクローンさん:2006/03/02(木) 23:00:01
>>83 ありがとーございます!
明日、早速いじくってみます!!
log ampのことではないですよね?
当方の施設ではExpo32というソフトを使っているのですが、
スキャンだけでなく解析に使用するだけで、各ラボに時間当たりの費用を請求されます。
こんな状況だとじっくり解析することが出来ません。
WindowsXP上で使えるフリーウェアでよいものはありませんか。
以下に自分で調べた結果を述べます。
WinMDI2.8というのを使ってみたのですがロングファイルネームが使えないため少し不便です。
Flow Explorerというのはサイトが見つかりません。
MFIというのはDOSバージョンのようで、試用していません。
参考サイト:
http://www.cyto.purdue.edu/flowcyt/software.htm
86 :
名無しゲノムのクローンさん:2006/03/28(火) 10:48:30
ageさせていただきます
87 :
名無しゲノムのクローンさん:2006/03/30(木) 11:25:08
88 :
名無しゲノムのクローンさん:2006/05/17(水) 13:35:34
こんな、板があったのか・・・
機械オタです、、Ariaに飽きて、Moflo触ってマス、、
個人的には、Mofloが良い
89 :
名無しゲノムのクローンさん:2006/05/18(木) 18:44:32
partecってどうなの?
最近売込みが激しいけど
「佐藤元総理の言うことは驚くべきことでした。
'私たちの家門は半島から渡って来た'というのです。半島のどの故郷からいつ来たかは詳らかに
分からないが、自分の先祖が朝鮮から渡って来て山口に定着した、という話だったです。」
このように見ると、岸総理と佐藤総理はもちろん安倍長官にも韓国人の血統が混じっている
わけだ。これと共に安倍長官の父親で同時に80年代4期連続日本外相を引き受けた安倍晋
太郎も韓国系が多い山口県出身という事実から、安倍に韓国人の血が濃く流れていることを
傍証する。
91 :
名無しゲノムのクローンさん:2006/05/19(金) 09:55:34
partecの日本代理店、おしえて、
デモしてくれるかな???
92 :
名無しゲノムのクローンさん:2006/05/30(火) 15:24:58
age
俺も代理店知りたい。
あるの?
93 :
名無しゲノムのクローンさん:2006/06/02(金) 22:36:54
91 & 92 へ
池田理香だよ
94 :
92:2006/06/04(日) 01:14:45
こちらのスレを紹介されてきました。
BDのEpics XLというサイトメーターを、Expo32ADCというソフトで動かしています。
Baseline Offsetという機能があって、ヘルプによればログスケールのデータでシグナルが弱いものを
やや高めのシグナル部分に表示させる機能らしいのですが、良く理解できていません。
どういう機能で、どのようなときに使い、またどういう場合に使わないほうがよいのか、
わかる方お教えください。
(過疎気味のようなので上げさせていただきます)
96 :
名無しゲノムのクローンさん:2006/07/16(日) 09:43:08
下がってました
97 :
名無しゲノムのクローンさん:2006/07/16(日) 09:44:08
>>95 すいませんBDでなくBeckmanCoulterでした。
フローサイトメトリーで、細胞表面上の2種類の抗原量を測定することは可能ですか?
99 :
名無しゲノムのクローンさん:2006/08/02(水) 20:07:31
Baseline Offsetは蛍光補正の時に使っちゃダメって聞いたよ。
機能はよく分からないけど、グラフが見やすくなる気がする。
100 :
95:2006/08/03(木) 05:30:55
>>99 そうみたいですね、Beckmanのフロー担当の人に聞いたところ、同じことをおっしゃっていました。
それを知ってから今まで使っていませんでしたが、蛍光補正が済んだ後に一度使ってみます。
101 :
名無しゲノムのクローンさん:2006/08/05(土) 02:38:55
Flow Cytometryでなければできない技術って何があるかな。
高い割りに使用頻度少ないよね。
せっかく使い方覚えたから、その可能性を模索したい。
102 :
名無しゲノムのクローンさん:
過疎ってるからage
最近まで「ベックマンデッキンソン」だと思ってた。