数理生物学　　　　　　　　　　　　　　　　

って意味あんの？
　俺には妄想にしか感じられませソ。

2get

鼻の下のにおい

ってゆーかバカがやる分野ってきがする。特に数理生態学とか。ニューラルネットとか
細胞内化学反応の理論だったらまだいいと思うが・・・

反論きぼんぬ

数理生物学といっても幅広いけど、生態学っぽいことやってる連中はみん
なDQNでしょう。　あんなの学部レベルの数学だけでいいじゃん。生物の理解も
いらないし。

それに対して代謝系やタンパクの構造の理論の連中は結構切れ者がおおい。

っつーか国内で数理生物やってるとこってどこよ。

バイオインフォはそこそこあるが・・　バイオインフォ以外の数理生物のラボでたら
ろくな就職先もないだろうな（ｗ

>>6
今は知らんが名大生命科学にあった

>>７

今はもうないだろうね・・・　もしそこが数理生態学やってたんなら。

>>4
確率的過程はお嫌いですか？

>>5
生物を理解しないでモデルだけやっているならDQNだと思うが、
生物を理解してモデルをやっているならマトモだと思う。

>>6
京大生物物理とか九大数理生物とか

ケモスタットってなんですか？
噛み砕いて教えてください。
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/0521470277/qid=1079447572/sr=1-3/ref=sr_1_8_3/250-7996969-9649033

> 生物を理解してモデルをやっているなら
それって理解しているといえるのか？
モデルをやって生物の理解につながると思ってる時点ですでに
一部DQN入ってないか？

>>11
数理モデルなしに個体群レベルの現象を理解できると思っているのか？

個体群レベル？　ぷ。

実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想
実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想
実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想
実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想
実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想
実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想
実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想
実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想
実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想
実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想
実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想
実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想
実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想
実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想
実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想
実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想
実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想
実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想
実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想
実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想　実験→真実　理論→妄想
　

実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ
実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ
実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ
実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ
実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ
実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ
実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ
実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ
実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ
実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ
実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ
実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ
実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ
実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ
実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ
実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ
実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ
実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ
実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ
実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ
実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ
実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ
実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ　実験→風俗　理論→オナーニ

応用→ｾｸｰｽ

>>1
妄想が悪だと思っているところがDQNと思われ

>>13
同感。

　　　　　　　　　　　　　　個体群レベル以上

に興味もって研究してるやつはあたま悪すぎ。

>>14
実験結果を真実だと思っているとしたらDQNだな
実験結果なんてのは、一つの事実に過ぎない

青年よ妄想を抱け！

>>11
モデルを否定するのは、生物学が科学ではないと認めるのと同じだが。
現時点での生物学が各論の域を脱していない未開拓の分野だとしても、
自然科学としてモデルを立てる必要性がなくなっているわけではない。

ま、そのことと今の数理生物がやってることに意義があるかどうかとは
話が別だが。

あげとくね

>>21
大して盛り上がってもないスレを話題もなく空あげすんなヴォケ

jugyou ryou ga onazi nano ha nattoku ikane e.

iitoshishite jugyo uketenna bashauma mitaku hatarake soshite shine

>>1-23
要するに、日本の学問の歴史が浅いっちゅうことでしょう。
商業、金に結び付きやすい物が中心。
大学の定員を見れば、自明。

法人化でその傾向は加速する。

週４０時間勉強できない奴は学部卒で就職だ
http://school2.2ch.net/test/read.cgi/student/1079915722/150

数理論理学専攻です。
同じ「数理」とついてますが
数学でも数理論理学は日陰者です。

数理生態がたたかれているな…

以下の点を明確にせんと主張が分からんぞ

・生態学がDQNなのか？
・理論的手法がDQNなのか？
・数理＋生態学がDQNなのか？

数理生物学を批判するやつは、理論物理を「物理じゃない」と批判するか？

科学をやっているなら「仮説検証型研究」の意味は分かるよな？　「検証」
は観測による実証だけではなく、仮説の論理的整合性を検討するという方法
でも可能だ。さらに論理の外挿も様々な予測を与えることで、新たな仮説の
提案に重要な役割を果たしうる。

ちなみにここにいる諸氏がよく知っているであろうバイオインフォの大御所
も、卒論は数理生態だったよ。

↑あ、間違ってさげそこなった。
すまん。

脳の研究でもモデル屋と実験屋とのあいだで
似たような関係があるがここまで酷くないな。
わかってないやつが批判しても何の意味もないな。
多数決じゃないんだから。

妬みの声があるのでしょう

ネタみか…

age

saga

多数決じゃないが、大多数の実験屋から認知してもらえなければ、
いかに真理をついていてもトンデモさんと区別できない。

教養としてやる分には面白いと思うんだけどね、数理生物学。
でも研究としてはちょっと･･･。
オマケ程度じゃなくてガチでやってる研究室ってあるの？
あったら教えてください（どんなモデル作ってるのかちょっと気になる）

http://science3.2ch.net/test/read.cgi/sci/1052586926/

49 名前：ご冗談でしょう？名無しさん 投稿日：03/05/18 01:48 ID:???
>>41
コンピュータが安価になりはじめの頃に流行した非線形物理の残党です

もともと非線形物理のスタンスは「とにかくコンピュータに突っ込んでみよう」と
いうことで、それなりに意外で面白い成果を出していたのですけれど、
それらの挑戦的な研究が全て一段落してしまったあとに

定量的には正当性のないモデル式にこじつけの理屈をくっつけて
それをコンピュータにのせて計算させる
↓
あってるかどうか分からないようなグラフやカラフルなCGが出てくる
↓
「定性的」という言葉でごまかしながら結果を「解釈」して見せる
↓
それを仲間内で誉めあう

こういう流れで勢力を伸ばすメタサイエンスが幅を利かせた時期があるのです
大学ごとにどの分野に寄生するかは違っていたかもしれませんが
特に物性物理理論が被害を被ったようです


ちゃんとした分野の名前を臆面もなく自称しているのでタチがわるいです
物理科の中の「生物物理」というのはそういう類のの一派です

52 名前：ご冗談でしょう？名無しさん 投稿日：03/05/18 01:55 ID:???
追加として、なぜかこの分野の学生、教官には革新系政党に同情的な人が多く
日航ジャンボが墜落した原因は自衛隊のミサイルのせいだったなどというネタを
長く長く語り継いでいました

理由はわかりません

>>39
学問系板でウヨサヨ言ってる奴の発言を引用してどうするのかと小一時間（ｒｙ

>>40
わりと有名な話だよ
身近にいないあなたは幸運だったね

生物物理と数理生物は同じ学問としてみていいの？

まあ近いね
ドキュンがまぎれこんでるとこなんか特に

どこがいっしょなんだ？

計算結果のきれいなグラフを出しても、現実のデータを解析できたり、
予測できたりしていない研究はゴミに近い｡

>>45
そうだね。その通りだよ。
数理をやってる人たちもそこらへんを重視してるよ。

計算といえば四則演算やt検定、χ2検定とかしかやってない漏れ的には、
偏微分方程式とか使って複雑なグラフを描いたりしながら色々考察してるのを見ると結構格好良くは思える。
まぁそんな漏れはB3のときに、そんな計算ばっかりの研究は耐えられそうにないと思って分子遺伝学に進んだんだが。

age

>>1-48
電卓片手にオナニーしてんじゃないよ、ボケェ

　　

割と

この前、数理生物の集中講義受けたけど、世の中の現象を微分方程式で表して
平衡点解析して、アイソクラインだの、リミットサイクルだの言ってて、
この学問の必要性を感じなかった。

実際、机上論でしかすぎないわけだし。オマイら、実験しろ。

過去の数理生物の成果それ自体は有意義だけど，もうやることが無い．
いまだにファージの研究しているようなもの．
ファージから得た成果は有意義．でも，もういいでしょ．

免疫系の数理モデルの論文を読んだが、こんなの現実的じゃないよ。
実際、数理生物の学会でも「ベータ細胞の係数は現実的なんですか？」
ってのが定番らしいね。こんなの生物学に活かせる訳がないよ

数理生物やってる奴には「実験屋に教えてやる」みたいな態度の奴がいるが，とんでもない勘違い．
実験屋だって日々仮説と向き合って実験している．でも，その多くは思い描く通りにはならない．
数理論文のDiscussionで「仮説の提唱」みたいなことしてるけど，まずその通りになんかならんでしょうな．
実験していなければ身に付かない感覚ってやつが連中にはない．連中の言っていることから得るものなんてないよ．

こんな瀕死スレに今さらやってきて日々長文を書き込んでる奴のセンスのほうが怪しい。

数理生物学の考え方
�@変数（個体郡）を決める
�A披食、捕食、ロジスティック増殖などを考慮して係数を決める
�B微分方程式を平衡点解析する
�Bグラフ書く
�C数値シミュレーションする
�D自己満足する
�E係数を変えて、さらに解析する
�F再び自己満足する

それでいんでねえの？

え゛･･･なんでこんな嫌われてるの？
簡単な数式ってそれ、手計算でも可能な計算の話でしょ？
自己満足ってあなた、フィールドで検証を繰り返して初めて立証されるのよ？
そもそも個体群の変数を決めるのはそれ、演習問題とかの話ですよね？

もちろん皆さん生物の生活史や一生を通して変化する死亡率の外部要因とか
研究なさってる方もいますよね？
別に数理生態学だけを研究する必要はありませんが、皆さんにとって
ちっとも必要がないとは･･･ショッキング！

数理生物が発展する方法は唯一つ、ある蛋白質の存在を予言することです。

このシグナル経路には、こういった性質をもつ蛋白質が存在するはずだってね。

そしたら、それが、本当に発見されれば、数理生物の価値もあがるよ。

でも、いまの数理は？って感じだしね。

数理生物の研究者って数学科出身ばかりでしょ？
まぁ生物、化学、農学が専門の人はやりたがらないか。

>>59某地方女子大の方であろうか
あそこの研究はすげえ

行き着く先はCFDみたいになってしまうのだろうか？

まじで、こんなにヘボイ学問があるんやなって感じ。
これって生物学に分類されるの？数学？

情報系のところで扱っている例の方が多いな
>>59＞簡単な数式ってそれ、手計算でも可能な計算の話でしょ？

で、手計算で出来ない奴にも何段階かあって（ｒｙ
手計算で出来ない奴の単純な方は前世紀初頭だが、
ロクに現実のデータと合わない。数値ちょい弄るとすぐ崩壊

それをもう1段階複雑にすると前世紀末レベルの内容になって
今それを応用して現実のデータに合わせている人は結構いる。
結構良い感じで推移してくれる。
しかし恣意的と見なされかねない要素があって、これが最近（3年前？）
ようやく客観的になってきたらしい

そういう知ったかぶりな発言は好きになれない

>>55
数理〜学は予想を立てる学問ではないような気がするな。
現に数理物理学は、既存の物理体系の高等数学による再論考。
実験結果を予測する学問では無いよ。

従って、数理生物学から生まれた仮説に、実現可能性は重要ではないと思う。
むしろ、数学を使って理論的に突き詰めたらこういう結果（仮説）が出ました、
というその事実自体が重要なんじゃないかね？

数理〜を謳う以上、理論が理論を生むことの繰り返しは避けられないっしょ。
現実性に欠けるのは当たり前だと思う。

スマン、1行目の予想は「実験結果の予想」という意味でつ。

数理生化学の幾つかの問題
ttp://www.math.sc.edu/~dix/nsf00p.pdf

進化ゲームってどうなん？なんつうかせこい微分方程式解いて喜んでるだけな気がしたんだが。

数理生物学の延長にシステム細胞学とかバイオインフォマティクスがあるとは思えない。
数学屋が自分の生きる分野を作ったオナニー学問。数理モデルを構築してところで何の解決になるのでしょうか。
免疫系のモデルやらが実際に医学で活用されるのでしょうか。かたわらいたし。

おまえら見とけよ。いつかギャフンと言わせてやるからな。

人口学ってある意味数理生態学か。色々な政治やら経済やら社会的要素が絡んでくるからアレだけどそっち方面との相性がいいのかもね。
生命表だって元は保険屋さんの仕事だし。あれは数理ってほどでもないけど。

あれだ
実験系は理論系を見下しがち
ミクロ系の人はマクロ系を見下しがち
数理生態はそのどっちもだから軽視されるんじゃまいか

再現性の問題で語られると弱いし。生き物相手の一般化・抽象化は茨の道だ('A`)
だがそれでもやってやるさ

>>73
んで、物理屋が見たら鼻で笑っちゃうような微分方程式解いて喜ぶんだろ？
んで、工学からみたら笑えるようなしょぼい数値計算して喜ぶんだろ？

まともなミクロ屋実験屋なら理論もマクロ的視点も大事にしてるよ。
それを持ってないと>>74のような実験ドカタになるから。

ITドカタが自分をPG・SEって思い込むのと一緒。

>>75
ごめんな。痛いところをついてしまって。君の琴線に触れてしまったようだね。
ドカタという言葉に君の鼻くそのほどの価値もないけどフジヤマのように高いプライドを感じたよ。

えｗ俺実験の人

数理生態は未成熟な分野だといわざるを得ない。
今のマクロスケールでのモデル化は気候変動予測並に（それ以上かｗｗ）実現可能性って点では弱い。
>>22,>>66の言う様にモデル化自体は自然科学の自然な欲求だと思うのでそういう学問自体は必要だと思うけど。

植物の成長モデルとかは面白そうだと思った

アミノ酸の配列に全てをかけよう。

>>74は生態学でどんなモデル使ってると想定してるんだろう
1階常微分くらいまでと思っているのかな

http://www.kyoritsu-pub.co.jp/pne/
雑誌に数理生物学について載っていた
「実験系の自分だからこそ、あえて彼らを弁護する」と

しかし、事象へのアプローチが違いすぎて
今のままだと永久にすれ違いのままか？

バイオインフォなんて夢のまた夢。
数理生物屋には不可能。蛋白質の専門家じゃないと無理。

数学屋には蛋白質の構造に入り込む薬とか、受容体とか、薬物の血中濃度とか、訳わからんじゃろ〜〜〜が。

数理生物やっている奴らは数学科の落ちこぼれよ．
代数学とかの数学の"王道"に進めなかった連中がお茶を濁しているだけ．

代数が数学の王道というのは、そちらの人なのかまったく事情を知らない外の人なのか？

生物の実験を理解していない数理生物学者の研究はかなり痛い。
数学専攻で分子生物学系のラボにいるやつも役に立たない。

でも生物学者は数学苦手が多い。

一方でお医者様は数学得意な人も多い。
受験競争の名残とは思うけど。

大学教養で習う程度の数学＋便利な数学（ブール代数とか多変量解析とか）
を道具として扱えるようになっていれば十分過ぎるほどのスキルです。

何

>お医者さまには数学得意な人も多い

嘘

数理生態学の本は見た範囲ではあまり難しい数学はなさそうだけど
数理生理学の方は教養程度じゃとても手に負えなさそうだった。

↑
戯言

>数理生物学やってるやつは数学のおちこぼれ

数理やってるやつは医者のおちこぼれ

数理生物学会での質問は、「その免疫細胞の係数は現実的か？」とかかほとんどらしい。

医学をなめてんのか？

キレる以前に、計数が現実的かどうかは
どうやって検証してるの?
物理学だったらこういうときどうしてる?

分野自体がDQNだと叩いてるのか今の研究や研究者の姿勢がDQNと叩いてるのかどっちなんだろう
生物学に数理的手法は全く必要ないってこと？
確かに実験やフィールドワークを軽視する人らは大嫌いですが＞＜

就職先なさそうなイメージが・・・

分野自体はいいのではないか?
研究者の姿勢に難がある。
特に他人の新規の仕事を正当に評価
できなければコミュニティが成り立たない。

>>93
実験やフィールドにこだわるだけの人
はウザイだけですが、何か?

こだわるだけならだれでもウザイわ。
あほだな、おまいわ。

大半はこだわるだけ。
だからウザイ。

沸いたな、思い込み厨

事実

>>96
数理生物の本を出版した人が巻末に
「この分野は、生物学の研究者から認められてないので辛い」みたいな事を書いてましたが何か？

一昔前みたいな、ガンの大御所が、
ただクラスタリングのデータ出した
だけで、取り巻きが持ち上げるだけの
田舎芝居はやめたほうがいい。

分子動力学ってのもかわいそうな分野だな．
いくらシミュレーション見せられたって，それで納得する人がどれだけいるだろうか？

いや，論文投稿したときにレフェリー最大三人を納得させられたら
それでいいんだって

数理モデル、数値シミュレーション　ぷひゃ〜〜〜〜〜

>>103
数理生物はクソの役にも立たん罠。学会出ればわかる。
友人に誘われて出てみたが、二度と出る事はないだろう

複雑系のモデリングの再現性についてちょっと書いてある
ttp://www001.upp.so-net.ne.jp/suzudo/complex.html

>>107　独学でそれ関係遊びでやってたので、ちょっと面白いページだった
ちょっと数えたら50×50くらいか。
自分は最高でも12×12までしかやってないorz

>医学をなめてんのか？

そんな皆さんでも統計学、つまり確立の学問は利用しているわけです。
たとえば疫病やガンの治療薬の研究のために。

生命現象をモデル化するための数学的なツール自体がまだまだ出揃ってない気がする。

生命系に比べればはるかに単純な機械工学や電気工学の領域ですら、非線形の問題はしんどい。
生命系の場合「システム」の考え方自体も変えなきゃいけないって気がするし。

「数理生物学のためのJavaによる数値シミュレーション入門」

こんな本が出たら、少しは買う奴もいるのかな？

工学ではバカにされ、生物では下層、数学では三流だよ
あそびだね

工学では別にバカにされてはいないと思うが？　おれは工学系だがね。
数学では三流というのもわからん。　例えば非線形での関数解析なんか数学的にも未確立の部分が非常に大きいと思うが。
>>113のソースは？

もっとも成功している分野は生態学や集団遺伝学や適応論などで進
化での理論に関与しているところ。理論生物的側面の数理生物ではね。
免疫系のことはSIRモデルを指しているなら、あれは集団生物学とし
ての免疫系を扱ったものだ。SIRモデルの数式を解析することに興味
ある人は応用数学的側面から見てると思うし、そのダイナミクスを生
物学的に理解して教訓を生かそうとするなら、理論生物的側面から見
ている人だと思うかな。

生命科学への寄与はまだまだ未熟だし、これからの分野だと思うかな。

>>111
その通りだと思うよ。数式で扱っていけるものと、そう出ないものが
あるけど、後者はアルゴリズムで現すしか無いね。複雑系とも深い関
係がある。

>>114
113でもないけど、解析に関して中途半端に思う人もいるということは
聞いたことがある。ただ、113って、単に人の受け売りだしスルーして
も良いものです。

そもそも工学とは関わりがないだろ

>>115
>数理生物学はオナニー
まで読んだ。

>>117

君は数理生物学のすべてを理解した

＞数理生物学はオナニー

系統樹解析とかは役にたってないか？

数理生物も、生命解明の一手法じゃないか？
研究目的のためには、必要があれば実験もするし、フィールドワークもこなすし。
人にもよるんだろうけど・・・。
ゲノムやってても行動学まで手を伸ばしている人もいるし、
いつまでも授業科目で分けて考えるのは、恥ずかしいかと・・・。

　生体細胞の周辺や細胞内では、様々な情報伝達物質や、時には薬剤などが行き来し、
多彩な生理作用を引き起こしています。これらの物質は意志を持って移動しているわけ
ではなく、ブラウン運動でランダムに動く「拡散」という物理現象にもとづいて移動しています。
この物質のランダム運動は、光で捕らえられる数十ナノメートル（nm）以上の大きさの分子
では、実際の動きとして容易に観察できますが、光の波長よりはるかに小さい通常の分子
や原子では観察することができず、拡散係数として測定するしかありません。生体反応の
速度は、この拡散係数に直接比例するため、生命の維持にとって重要な目安になります。
しかし、生体内の拡散係数は定数ではなく、測定スケールの大きさで変化する変数となって
いますので、これまでは正確に測定することができませんでした。研究ユニットでは、この異常
拡散現象を、開発した新しい「蛍光相関分光装置」を使い、化粧品や医薬品でも用いられる
ヒアルロン酸の水溶液を細胞外マトリックスのモデル系として使い、直接観察に成功しました。
　この直接観察は、細胞レベルの情報伝達物質の研究に直接的に役に立つばかりでなく、
医療診断やドラッグデリバリ、発生再生研究、がん細胞やウイルスの研究現場に広く用いら
れる手法になることが期待されます。
　この研究成果は米国物理学会誌『Physical Review E（フィジカル レビュー）』Vol.172, issue 6
（12月号）、Rapid Communication（ラピッド コミュニケーション）として発行されます。

ソース
http://www.riken.go.jp/r-world/research/results/2006/060106/index.html

数理生物学とシステム生物学とどう違うの？

数理生物学は生物をほとんど知らない数学がちょっと得意な人たちの座学。

システム生物学はシステムという言葉の響きに踊らされているホントはシステム
なんて良く分かってない人たちの妄想。

そういやあ東大、慶応、奈良先なんかにあった生物情報系のパイロットプロジェクト
はどうなったのよ。うやむやのまま無かったことにしちゃうつもりか？

でも、名大の近藤さんは、そのどちらのカテゴリーにも入らないと思うけど

近藤さん、システム生物じゃないよ

ん？あれはそうではないのか？？学会とかではシステム生物学のカテゴリーに入れられているんだが・・・

君らは研究というものは本来「仮説−検証」という形式を持つことを判っているか？

遺伝子やタンパクをターゲットにする分野のポスドクや学生は、ともすれば「仮説−検証」
という科学の基本を理解していない場合が少なくない。それは、それらの分野が
まだフロンティアを持ってるため、「発見」的手法が大きな役割を果たすからだ。しかし、
それらの分野は実際にはそんな底の浅い分野でなく、しかも「発見」的手法がだんだん
通用しなくなってきていることは、最前線の研究をしている人たちは認識している。

「仮説−検証」が科学の本来的な方法論だということが判っていれば、
「仮説」を検証するやり方は「実験」や「観察」だけではないことは
すぐに理解できるはずだ。

「仮説」の整合性を論理的に検証することも科学の一つの方法だ。

もちろん、問題となる「仮説」がstraightforwardなものなら、「論理的整合性」
をチェックする必要などないかもしれない。しかし対象が観測困難な事象だったり、
測定手法が整備されていない場合、現象が複雑な場合には、このアプローチは大きな
力になる。

それが「数理生物学」のパワーなのだよ。

ただ、数理生物屋にもグラディエントがあって、数式の数学的な側面に興味を
持つ人から、複雑なダイナミクス興味を持つ人、そして生物現象に正面から
向き合う人など様々なスタイルがあるのは確か。

だから「数理生物学者は…」と一括りに論じるのは適切ではないよ。

「数理生物学者は生物を知らない」なんていっている人は、そんなに生物を
知っているのかな。

例えばこんな問いに答えれるかな？　「なぜほとんどの生物では性はオス・
メスの二つしかないのか？」　これにサクッと答えれたら大したものだ。

こんなジェネラルで本質粋な生物の問題に正面から取り組んでいる研究者の
かなりの割合は数理生物学者だよ。

「理論物理屋は物理を知らない」とは思わないだろ？

ageとくかな…。どっこいせ。

>>91
>数理生物学会での質問は、「その免疫細胞の係数は現実的か？」とかかほとんどらしい。
>医学をなめてんのか？

wwそんな質問ばかりではないと思うし、そんな質問が出たとしても医学をなめてるとは
思わんがな。

パラメータによってモデルの挙動が然違う場合には、やはりパラメータの現実性は大事。
（モデル化の目的にもよるがね）

モデル上で「実際に観察される事象」が「実際の係数」に近い値で生じたならそのモデル化は
正しい可能性がある。そのモデルから現象のメカニズムが理解できるかもしれない。

しかし「実際に観察される事象」が「非現実的な係数」で見られたなら、そのモデル化には
問題あって、現実の理解に示唆を与えられないだろうね。

あ、すいませんが、ここで数理生物とその周辺を批判している
人たちは、数学も生物学も知らないし、数理生物、数理科学などという
言葉すら知らないで批判しえいるだけなので、
これ以上議論する必要はありません。

>>135
それはそうかもね。でもまあそう言いなさんな。主張することは大事だよ。
「確信犯の批判」よりも「知らないでの批判」の方が、潜在的には
理解してもらえる可能性が高いわけだしね（創造論vs進化論と対比すれば
わかるよね）。

ほんとくだらん

一般向けの本ばかり書いて
くそ雑誌論文ばかりしなかい
糞トクニン助手sage

よく分からんけど免疫だと
抗原を何mg 投与したら免疫細胞内でAAA遺伝子の発現量が〜%上昇し
その結果免疫細胞が〜%増殖するとか抗体発現量が〜%増加するなど
シミュレーションしたりするものですか？

全ての動物は利己的に生存しているといわれている。たとえば、ハチは花の蜜を吸う時間
を何秒にするか、１日何回にするか決まっていてそのとおり活動しているというのだ。
別にハチが頭で考えてそう行動しているのではない。たまたま、このように活動したハチが、
多く生存し遺伝子を残したからなのである。
そこで、人間の世界に目を向けてみることにする。
最近の話だが、ある学生が線路に落ちている男性を命の危険があるにもかかわらず助け
ようとしたが、電車にはねられ無残にも命を落としたというニュースがあった。
先にも述べたように全ての動物は利己的に生存しているといわれている。
しかしどうだろう、人間は自らの欲求を犠牲にしても生きたり、人を助けたりするのではない
だろうか。なにも、自分自身のことだけを考えて生きているわけではないだろう。
僕は、そこに人間の生きる意味を感じるのである。

66で結論が出たな。

ノイマンのセルオートマトンの理論もオナニー？

マーカーで検証可能？

薬物動態学なら役に立つと思う
オレも勉強したし

「オレも勉強した」→「薬物動態学なら役に立つと思う」

その心は？

え。そんなに役に立たないのか？やめようかな。

生物学ほど理論と実験が剥離した学問もないですよね

実験で生き物いじくり回すことが生物学なのか。結局、たんぱく質の局在
探して、何になるんだ？骨相学レベルの解釈しかできないくせに。

そもそも数式使ってモデル化するなんてことが容易でもない
生物なんて存在を対象とするんだから、数学的素養のない
人間（つまり、生物の学生ら）が理論で生物やるだなんて無理な話だ。

だから、マシな生物の理論研究は多く物理の人がやってる
（自由エネルギーがどうこうって言って蛋白質の折り畳みの話されても、
“自由エネルギー”の時点で意味が通じないのでは？）。
数理生物なんて狭いよ。っていうか、「生物学」なんていう括りが
そもそもの間違い。
いったん生物学を解体して、古典的な動物学とか植物学とかを人文系の
史学分野に入れて、分子系は医学農学に完全吸収させて、理論生物（数理
生態学とか、筋収縮だの、foldingだの）は、理論物理の非平衡系とかを
やっている人らとか、ちゃんと力学系やれている人のところに入れれば
いいんすよ。で、生物学科は解体！

生物って就職も技術も思考もないんだし、なくなった方が学生のため＆
世のためだと思います。ポスドク問題の巣窟だしね

しかし、>>60とかを見ると、いかに生物学の人が蛋白質ＤＮＡ至上主義
なのかがわかりますよね〜、ホント、狭いって感じがする。結局、生物学
ってスケッチの学問で、記載が学問の目的だと思い込んじゃってんだろうね

ポストゲノム時代で記載主義が続くとは思えない。理論の時代だと思いますよ
だから、今から生物やるなら物理とか情報とかを勉強しながら
学部で生物の実験を勉強する、あるいは、生物に行かずに物理へ行って、
あとで生物に転向するとかが賢いかも。

いや、>>148は国語を勉強した方が良いと思うよ。
>>60が言っているのはそういうことだけではないよ。

>>148 のいうような物理をやってから生物へ
と考えたくなる気持ちは分かる。
でも、いずれにしても、独学はどこかで必要となるわけであり、
自分の経験からは物理のほうが生物よりも独学に適していると思う。
専門用語の使い方、背景の記述が少しおかしいだけでも
その分野に参入できなくなる。生物は細分化されており、
背景や用語に馴染むのがとても大変。

>>150
いや、逆だろ。生物は論文10本も読めばその分野がだいたいどのような感じかわかるだろうが。

たったの１０本？

じゃあ、>>151の１０本ってどんな？

>>150
150は、物理バックグラウンドの医学の人？

自分の経験上、物理は、独学は可能なんだけど、泣きたくなるほどそれは大変なんです！
一年二年で習得するには難しい学問分野だし。
しかしいまの生物学には必要とされる素養になってきている

逆に、学部の生物なんて、はっきり言って暇でしょうがないでしょ？
概念的には学ぶことなんて高校生物以上はほとんどないんだし。
研究室入ったら生物（分子系）ほど時間とられるところもないだろうが、
実験で手動かしてるだけで頭はヒマ。
だから、理想的には、学生が他の学部学科（特に物理・情報）に
乗り込んでいきながら、
学部の生物実験こなすっていうのがこれからの在り方だと思っているんだが

「専門用語の使い方、背景の記述が少しおかしいだけでも
　その分野に参入できなくなる。生物は細分化されており、
　背景や用語に馴染むのがとても大変。」

だから、細分化されて各々の小専門分野同士で共通言語がなくなっているから、
もっと一般性のあるような切り口で生き物語りましょうってのが、理論の話なんだと思いますよ
（科学の目標とは、学者同士の共通言語をつくることとも言える・・・はず。でないならそれは神学とかに近い）
なんでそんな啀みあってるんだ？？

「逆に、学部の生物なんて、はっきり言って暇でしょうがないでしょ？
概念的には学ぶことなんて高校生物以上はほとんどないんだし」

どこのＤＱＮ大学に通っているのかね、君は？？ｗｗｗ

ピペット土方には難しいのかな>分子生物学

ぶっちゃけ、生物なんてcell本読めば事足りるし、
それも高校程度の生物の知識で簡単に読める。

いまざっと調べたが・・・

パターン形成
チューリング・モデル
シュレーディンガー
反応拡散〜〜〜
デルブリュック

いずれもザ・セルという1600ページの百科事典には載っていないらしい。
これを書かずに何がこの分厚いザ・セルに書かれてあるかといえば、
遺伝子の名前と蛋白質の名前、思いつきの直観的な思考モデルの説明ばかりだ
フォールディングの話にしても、わけのわからんマンガで2ページ程度説明（説明？）されているに過ぎない。
このバイブルで、いったい生物の何を説明しようというんだ？

>>155は、それでも高校生物≒学部生物、を否定できんの？

150 自説に拘るわけではないのだが
物理がわかるかどうかは、　授業に出席するかどうかよりも
本人の資質に依存する面が大きいという印象がやはりある。
生物は耳学問は大事と思う。　物理的思索にふけっていると
レパートリーが次第に狭くなるところが難しい。
医学になると授業がないと全然ダメなようだ。
免疫とか疫学あたりでは　それなりの用語の変遷の経緯を
知るのがたいへん
いや自分も全く中途半端でダメダメなのだが。

生物だけっていうのがイヤなんだよね
たとえば計算が必要になったら、生物の人ってコンピュータわからないし、
物理の理論っぽい話が必要になったら、今度は物理わからなくて困ったりするし

そういう、他分野への障壁というのが、生物学だと多く作られてしまっている気がする。
そしてそういう障壁にぶつかる機会というのが、これから多くなってくんじゃないかな〜と

だからこうして数理生物なんてのが出てきたら、この板の上のほうの人らみたいな「小」学生たちが
アレルギー反応起こして、滑稽なこと言い合ったりするわけよ

貴方みたいなののなれの果てが東大には沢山いるんだよね。定職も無しで。

日本語には「虻蜂取らず」という的確な言葉がありますな。

いわゆる数学アレルギーだな．

数学なんて得意な香具師に下請けに出せばいいんだよ
あるいみピペドとおなじくらい人材が余ってるんだから

ピペット土方は数学とコラボしても実験してデータ取るだけか
どっちが下請けなんだか。

なんでいつもどっちが上か下か見たいな話にしかならないんだ。
卑屈な奴らばっかりだな

ウヨサヨ云々と同じ二元論
２ｃｈ脳ですね、わかります

「私、茂木健一郎と大槻義彦で異なるのは江原のような霊能者・超能力者、
および彼らが見せてくれる霊視・口寄せ・降霊術・オーラ占い・霊感商法
などに対する態度・意見である。茂木健一郎と大槻義彦では科学者という
基本的な立場は同じである。」

>>166
「上か下か」という話を、スルーできないおまえも、たぶんどっぷりと卑屈だ。

話断ち切って悪いが、名大のパターン形成の研究ってどうなのよ？
パターン形成も数理モデルなんだよな。

タテジマキンチャクダイとかのやつですか？？

最初、この方、免疫系の方だったんですよね？？
でも、趣味で熱帯魚やってて、魚の模様がチューリングパターンに
疑いもないようなレベルで似てるってこと「趣味で」発見して、
それが生物での実例ってことでインパクトあって、
NATURE（SCIENCE??）表紙飾ったっていう。

俺の感想では、NATURE表紙飾ったのは、４０年無視され続けてきた
チューリングモデルが、実例として、化学系以外でも示されたってことに
インパクトがあったってだけで、その一過的なインパクト以上には、
その道の人（非平衡のダイナミクス）じゃないと難しいんじゃないかな、って気が

だから、反応拡散波を肌・毛につくるマウスとかを作ってたりするよね

生物バックグラウンドなのに数理詰めて議論できるなら、
本当にすごい研究者だと思います

参考：基生研

＞１７１
＞最初、この方、免疫系の方だったんですよね？？
そうらしい

＞でも、趣味で熱帯魚やってて、魚の模様がチューリングパターンに
＞疑いもないようなレベルで似てるってこと「趣味で」発見して、
事実は以下の通りらしい（名大理学部のＨＰから）
最初から、チューリングを証明するためには何をしたら良いかを考えぬいて、たどり着いたのが
キンチャクダイ。全ての人を「チューリングに間違いない」と納得させられるような
模様の動きはどんなものか、という問題を設定し、シミュレーションを繰り返して
たどり着いたのが縞の枝分かれ部分の横移動だった。
もっとも、魚の模様変化は遅いので実際に自分で飼って育ててみないとわからない。
免疫の研究費は使えないからボーナスを全てはたいて、数１０万円の飼育システムを買ったとか。
熱帯魚を飼ったのも生まれて初めてらしい。
チューリングはともかくとしても、成魚の模様が連続的に変化をする、という
概念自体が「魚類学」にもなかったので、そちらの方にもインパクトというおまけつき


＞その道の人（非平衡のダイナミクス）じゃないと難しいんじゃないかな、って気が
しかし、その後、その道の人たちが、なにか画期的なことをできただろうか？

＞生物バックグラウンドなのに数理詰めて議論できるなら、
＞参考：基生研
できるかどうかは、Ｍ月先生に聞くのがよいかと。
学会とかでは、いつも一緒に居るし

>>171-172
サンクス。
いろいろと面白いエピソードがありそうですね。
HP覗いてきますﾉｼ

>170
ttp://www.sci.nagoya-u.ac.jp/kouhou/07/index.html

東大の生物情報化学化に進もうとしてる俺にはガクブルなんですが、

このスレ読むと。

>>175
そっち系に進むpros & cons
P: 分子生物学で一生食っていくのはもうかなり厳しい。
P: 一方、数学と生物の両方が分かる研究者には希少価値がある。
C: だが使い道はない。
P: Scienceがsignalingの理論＋実験に特化した姉妹誌を出したところ。
　これからブームになるかもしれない。
C: といってもシステム生物学のバブルは既に崩壊している悪寒。

魚の模様みたいなデモンストレーション的対象ではなく、
もっと実学的な対象を選んで数理生物学すれば、
細々と生き残れるんじゃないのかな？
他の分野の人はできないわけだし。

>>176

ご親切なレス、感謝します。
バイオ系にこれから行くのにほとんどメリットはなさそうですね。
学科のHPには前途洋々みたいなことが書いてあったんですが。

でも、理２だから工学系も進学はほぼ不可能だし、困ったな・・・

>>178

あと追加で質問です。アメリカとかでもバイオ系はの将来は暗いんですか？
院はアメリカに行こうと思ってるんですが？

>>178
生物情報は就職する積もりならいいかもよ。
ピペット握れますがMatlabも使えます、みたいな。
海外事情は別のスレで聞いた方がいいだろうな。

>学科のHPには前途洋々みたいなことが書いてあったんですが。
あんなものははったりでどうとでも書けるw

幸運を。

九大の巌佐 庸が20年近く前（改装版は10年前）に書いた数理生物学入門って教科書があるんだが
これは数理生物学ではかなり有名な教科書らしい
で、最近その続編の「生命の数理」っていう教科書を出版したみたいだ
ちょっと気になってる

iwasa先生、Journal of Thoretical Biology の編集長ですよね。

最近、シミュレーションで面白い結果が出たんだけど、ここ載りやすい
のかな。

JTBは、(1)理屈がしっかりしていて、(2)丁寧に書いてあり、(3)モデルが生物現象と
きちんと結びつけられていればOK。「インパクトのある発見」とか「新しい概念」
などでなくてもいい。マクロ（遺伝学含む）系ならTheoretical Population Biologyもいいが、
硬派なジャーナルだからシミュレーションだけだとどうか。

生物との対応が弱いなら、生物数学系のMathematical Bioscienceや
Journal of Mathematical Biologyもあるが、これもシミュレーションだけだとちょっと…。
複雑系っぽければ物理関連のJournalもいいかも。

いずれも少し前はIwasaが編集委員に入ってたが、今は知らん。

自信があるなら PLoS Computational Biology
そうでもないなら Biological Cybernetics
どうでもいいなら Biosystems

183−184
どなたか知りませんが、ご丁寧にありがとう。
BiosystemsでもIF＝1.646。
十分です。

JTBは歴史もあるいいジャーナルだよ。
Margulisの細胞共生説も、オリジナルはJTBに掲載されたんだよね。

また教えてください。
サブミッションはすませて今
Action Editor Invited
となっています。
エディターを決めている段階？

エディターの対応待ち、ってことじゃないか？
いずれにしても、ここであんまり投稿後のことを書かない方がいいんじゃないか。
出版されたあかつきに、ここの住人だってバレるよ。

age

テーマがつまらんことが多い。

それはどの分野も同じ。ほんとに面白い研究は多くないものだ。

このたび東京財団仮想制度研究所VCASI（http://www.vcasi.org/）では、東京工業大学大学院社会理工学研究科価値システム専攻、科学技術振興機構
さきがけにご在籍で、数理生物学がご専門の大槻久先生にご協力いただき、以下の要領で第10回VCASIインフォーマル・セミナーを開催することとなりました。

日時：2009年2月20日(金)18時から
場所：日本財団ビル2階第1会議室（http://www.vcasi.org/access.html）
発表者：大槻久先生（東京工業大学大学院社会理工学研究科価値システム専攻、科学技術振興機構さきがけ／数理生物学／http://bio-math10.biology.kyushu-u.ac.jp/~ohtsuki/）
表題：ネットワーク上の協力の進化
概要：
利他行動とは自らがコストを支払い他者に利益を与える行動である。協力者は非協力者よりも協力のコスト分不利なので、協力行動の進化的起源は進化
生態学の大きな問題の一つとされてきた。本研究では集団のネットワーク構造が協力の進化を促進することを紹介する。静的なネットワーク上で協力行動
が進化する条件、および動的なネットワーク上でTFT的な協力者が有利になる条件に関する、近年の私の理論研究を紹介したい。

このセミナーでは、ネットワーク上の協力の進化の条件に関するゲーム理論的分析（「進化グラフ理論」）に関して、Nature、Physical Review Letters、
Journal of Theoretical Biologyなどに掲載された大槻先生ご自身のご研究を中心に、社会科学的含意を含め概説していただく予定です。専門外の皆様のご参加
をお待ちしております。

なお、大槻先生のご研究については、すでに上に挙げたweb site

http://bio-math10.biology.kyushu-u.ac.jp/~ohtsuki/

などをご覧ください。（VCASI仮想研究所（http://workshop.vcasi.org/）のSeminar Roomには関連論文などより詳しい情報を掲載しておりますので、合わせて
ご覧いただければ幸いです。）

お忙しい中恐縮ですが、ご都合のつく方はぜひご参加いただければと思います。ご参加可能の方は

[email protected]

にお知らせ下さい。多くの皆様のご参加をお待ちしております。

バイオインフォマティクスとは別物なの？

http://www.eurosurveillance.org/ViewArticle.aspx?ArticleId=19227

キングカメハメハの超優良な腸内乳酸菌で健康体を作りましょう

>>195
どうすりゃいいの？

少なくともピペドやるよりは頭使う分野だな
ピペドの連中は自分の分野以外の事に対して全く関心を示さんからなあ

数理生物学の創始者のホールデンはオックスフォードの生物学科の出身ですね。
酵素反応速度のミカエリスーメンテン式の完成や現在のインフルエンザウイルスの変異のスピードにも影響を与えている進化速度の研究
でも知られています。

金子邦彦先生の発表を聞いたことがあるが意味がわからなかった。