構造生物学どうよ

構造生物学に関してマターリ語り合いましょう。

2

Ｘ線のタンパク結晶化ってどうよ？
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1030796416/l50

タンパク質のＮＭＲ
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1054459635/l50

Ｘ線とＮＭＲはどっちが凄いの？
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/992530477/l50

ってことで終了

>>3
お前の言う構造生物学ってのは、結晶化とNMRとX線ーNMRの比較だけで成り立つんだな。
単純でいいな。

電顕のスレ、DAT落ちしたし。
あと「お前ら物取りやってて楽しいか」ってスレもあったな。
どうするかね？ここを構造生物学総合スレにするかね？

やるんだったら「構造生物学ｖｓ構造ゲノム学」
「おまえら機械のように構造決めてどこが楽しいんじゃぁ？」という対立軸も楽しいぞ。

国内で構造のラボってどこがお勧めですか？

電顕だったらF吉研　
X線だったら理研播磨か筑波高エネ研
NMRだったらSまだ研かな？

>>4
じゃあお前が語れ

方法論を除いたらみんな向いてる方向てゆか研究対象がバラバラなんだから何を語る？
Y研批判？
ネタ提供元とのfriction？

>>8
まあ、落ち着けや。
「単純でいいな」が気に障ったなら謝るよ。
それにちらほら話題も出てるし。

>>7
理研播磨でERATOが一個始まるらしい・・・。

>>9
ERATO誰がやるの？

あのさ、構造決定できないタンパク（主にランダムコイルからなるタンパク）のほうが、医学・生物学的に面白いと思わん？

>11
構造決定できないやつの方が面白いの多いかも菜。
でも、それってランダムコイルとは違うぞ。

サンクス

「ねいてぃぶりいあんふぉーるでっど」てやつな。
研究すんの難しそうやね。

「面白いものほど構造決定しにくい」というのは一部真実だという
ことを「蛋白質の一生」機関紙にK田先生がかかれていたぞ

生物学的に面白い
　　↓
いろいろな機能をもっていたり、複雑な機能制御を行う
　　↓
いろいろな他の因子(タンパク核酸低分子その他）と相互作用する
　　↓
単品では不安定・または性質が悪い
　　↓
構造決定しにくい

>>15
最後に
　↓
(ﾟдﾟ)ｳﾏｰ
と来るのかと思ったよ。

だったら構造のプロジェクトやめて、
構造決定できないタンパクの機能解析に関する基礎研究に
お金を注ぎ込んだ方が役に立つんじゃないか？

簡単に出来るところはとりあえず抑えないと。

>>18
それは理解できるが、偏りすぎちゃいないか？
そうでもないならよいのだが。

これからはシミュレーションでいこう！

>>16
そりゃ、うまくねえもんよ。

>>17
いや、そんなに難しいテーマに金出しても、それこそ総崩れで
無駄な投資になるんじゃないか？

>>22
同意。総崩れになったらいろいろ叩かれるのは目に見えてるから、官僚は
そういう予算のつけかたはしないよな、実際。」

>>23
タンパク30（ｒｙ

タンパク3000、結局達成できちゃうでし。現場はいまかなり楽観的。

まじかよ。
あと何百ぐらい解けりゃ3000に達するんだ?

>23
それは分かる。
だが、だとすればなおさら結果的に創薬など実学に有益な情報は得られるのか？

>>26
いま予定期限の1/3が終了して、800くらいいけてるようだ。
（大学側＋理研全部あわせて）単純に3倍すると2400だが、
その中には自動化立ち上げとか発現系立ち上げの人もいる
から、後半での追い上げも、そんなに無理ではないらしい。

だが、俺はここであえて本音を書かせてもらう。
もしタンパク3000がノルマ（数値目標）を達成してしまったら
あるいは、数値目標の8割でも達成してしまったら、そのほうが
日本の科学にとっては、やばいだろう。
なぜかというと、いままでは「科学や基礎研究や大学教育には
年限つき成果主義や数値目標はそぐわない」という考えが
根強くあった。だから、いままでの科研費などの申請でも
数値目標を出す必要はなかったし、達成できないときのペナ
ルティーもなかった。

だが、これだけ巨額のプロジェクトの数値目標が達成できて
しまったら？たとえば、タンパク3000が八割達成できたら、
今後はその8割がスタンダードになるだろう。
「構造生物学のような、非常にリスクも大きく基礎的な分野で
すら、数値目標の設定と達成が可能であった」というロジックが
大手をふってまかりとおるようになるにちがいない。

>40
数値だけを判断基準にするかどうか。
構造を解析することが巨額投資の目的ではなく、
あくまで実学に応用できるとの判断からの投資である。
当たり前の話だが。

そういう意味で実学（おそらく創薬がメインだろうが）に役に立つタンパク質の構造は３０００のうちどのくらいあるのだ？が重要だ。

>30
巨額の投資をしたから、実学でフィードバックされすべきだ！
という考え方自体も、結局のところ学問の衰退をまねくような
気がするが。そういうふうにプレッシャーをかけたのは、
会社の経営戦略をあやまったせいで、本当に傾きかけている
日本の一部中堅の製薬会社経営者たち。自分らの経営方針の
実用化したければ企業で研究すればよいのでは？トヨタもソニーも
本田も日立も武田も、全部自社でやってる。いわゆる勝ち組は。

30さんとおなじようなことをK和発光の社長が、こないだお台場で
あった、タンパク３０００公開シンポジウム冒頭でもいっていたが、
K和から有能なX線研究者が数年前に大量にやめてはよそに移ったり
アカデミックに戻ったりしたのは実は業界では有名な話。
聴衆の失笑を買っていたよ＾＾；

>31
私は基礎研究に携わっている立場なので31と本心は同意見なのだ。
問題は我々とは異なる30に述べた考え方の人間の方が圧倒的に多いという現実なのだ。
そのような人々の意識を変える努力も必要だが、
そのような人々にもある程度納得してもらえる結果を出す、
もしくは次の作戦を提案することが現実的に重要なことなのだ。

ということを言いたいのである。
分かっていただけたでしょうか？

てか、彼ら自身「製薬市場の１/３についてなんらかの貢献をしたい」なんて言ってるし。

現状大きな予算取ろうとすれば、産業貢献盛り込まなきゃ通んないんだよね。

>>28 いま予定期限の1/3が終了して、800くらいいけてるようだ。
横浜理研はまだ200超えてないのでは。

>>34
理研の担当分っていくつくらいだっけ？

>>35
2500/3000。

ということは大学側はノルマを既にクリアですか
理研がこのままのペースだとY山先生大丈夫ですかね？

>>37
いやまあ播磨理研とかもあるし。大学側はクリアには遠いはず。
たぶん「いけてる」の意味が、かなりユルイのだと思う。
Y山先生は聴衆を誤解させる天才だそうだし、きっと大丈夫！
M科省は成功と見せかけるためには全面的に協力するだろうし。

構造生物学ってタンパクの構造とかいうことなんですか？
構造主義的視点で分類とか進化・系統をみる話かと思ってたんですが。
そういう本も何冊か出ているし。
しかし、勘違いだったらすみません。

構造主義生物学と構造生物学は何の関係もありません。

構造で面白いラボってどっかある？

こないだのタンパク３０００のシンポジウムで一番おもろかったのは
俺的には北大だったな。ずばり北大薬学。

最近構造生物学はみなさん金回りがよいけれど、だれが一番功労者かといえば
Y山先生であることは異論の余地がないでしょうな。だけどこの繁栄がいつまで
も続くと思うのは危険でしょうな。
まず成果が上がりすぎて3000個構造が解けたとしたら、取り扱いやすくて結晶
化が比較的楽な蛋白質はだいたい構造が解かれてしまうことになるでしょう。そうしたらその後大変なやつばっか残って現在の勢いは明らかに衰えるでしょ
うね。
逆に目標に遠く及ばなかった場合は単純にプロジェクト失敗とみなされて予算
削減、ポスドクたちは即クビなんじゃないか。
だから一番よいシナリオはほどほどに成果が上がって、なんとか次に希望をつ
なぐことなんじゃないでしょうか。まあただ仮にそうだとしても今までのよう
には多額の投資が得られるとは思えないです。実際、今後数年の雲行きはだい
ぶ怪しいらしいし。文科省の方針変更というのはよくあることです。国益につ
ながらないと判断されれてしまえばそれまででしょう。

さて、理研GSCやY山先生への文科省の支援が停滞したらどうなるでしょうか？
結局日本の構造生物学者は有名無名を問わずタンパク3000にかなりの部分ぶら
下がっているのは明白です。つまりY山先生と理研に頑張ってもらわんことには
どうにもならんということです。これは危険な状態なんじゃないでしょうか。
タンパク3000のお先が暗くなったらすべてのラボが経営困難に陥るとは言いま
せんが、財政的にかなり厳しくなってポスドクなどの非常勤職員の多くが職を
失うことにつながるのではないでしょうか。そういったラボは一気に戦力ダウ
ンして回復するのが困難になるでしょう。そうすると結局タンパク3000以外の
予算のつてを確保できているところ、つまり実力、政治力に優れるところしか
ある程度の力を維持できないんじゃないでしょうか。

構造やってる人は今がんばっておかないと、あとがつながらないですよ。きっ
と。特に若い人。今のうちに自分のスキルやら業績やらを稼ぐつもりで切磋琢
磨しないと。とはいえ、そういう努力をしたところで能力がなければそれもム
ダになってしまうかも知れないですが。構造生物学はテクニカルですからね。
かくいう自分も若手ですが、べつに一流のラボにいるわけでもないし、才能あ
ふれる秀才というわけでもないし。あー、先行き暗っ！

マジな話これから生物学のどの分野が伸びるかっていうのは
わからないけれども、「先行き」の明るい分野なんて何一つ
ないと思います。
そうすると、「異分野同士での業績比較」によるポストのとり
あい、というえらく不毛なことになりかねない。日本のだめな
現状では、特に。
とすると結局のところIF勝負ということになってしまうから
金回りがよくって比較的高いIF稼ぎやすい、構造生物学でいま
論文数をかせぐのはお得ですよ。

しかしこれだけ一人の人物に依拠した研究費バブルも珍しいだろな。あの人が突然死したら路頭に迷う奴が大量に…

どうもそうではないらしいよ
Y先生以外に看板背負いたがる人がいな
いからああなってるだけで、だからと
いってY先生が自由にできる人材や金は
実はそんなに多くないらすぃ

これから構造はじめるならX線、NMR、電顕のどれがいいでしょうか。

>>48

バックグラウンドと基礎学力による。
X線が無難。NMRが一番頭がいるかもね。いろいろと。
電顕、クライオ電顕。いいね。

X線をはじめてからクライオ電顕も後からやるってのもいいかも。

電顕だと、やれるラボが一気にしぼれるね。

構造生物で論文数を稼ぐのは難しいぞ。
どんなに優秀なポスドクでも３報／２年。
もちろん結晶化論文は除いた１ｓｔの場合。

７・８月は放射光施設が停止するし、精密化が終わってからようやく論文のストーリーを考えられる。
その上最近の一流紙では構造から推定される残基の変異体実験データを要求される。
高インパクトのタンパクは海外ラボとの競争が激しく、負けた場合はほとんどがお蔵入り。

だとすると電顕の一分子解析がもっとも生産性が高いな。
他の方法で手の出ない超巨大分子でも、データ取り3日、
リファインメント5日程度で、うまくすればNCS連発。
あたりのサンプル見つければ年間３−５報いける。

電顕だけで食っていけるかな。これから競争相手が増えそうですが。

>>53
サンプル作成の条件出しで、数週間から数ヶ月ほどかかります。

水との親和性がよっぽど高い試料じゃないとうまく氷包埋できません。
よっぽど安定で均一な試料じゃないと、２次構造見えるような分解能に達しません。
というわけで、結晶化できないようなものの多くは、
単粒子解析でも都合が悪いものだったりします。

おまけに世間は、中途半端な分解能のデータにとても冷たいです。

数学、化学、計算機勉強してバイオインフォで論文だすほうがいいんじゃない？
大型の機械に依存して生きるのも良いが、small scienceもいいよ。

>>56
そちらのほうが世間が冷たそうですが

つぶしがきくじゃん

>>56


比較的IFが低い雑誌が多い。Protein Sci.みたく。
統計だったり、シミュレーションだったり。

>>52

まあ、結晶化だけで論文だすとあたり障りのない蛋白ならいい
けど、重要な蛋白だと追っかけられて負けるケースもあるね。

あと、構造屋に致命的なのが(自分を含めて)、構造を解くことが最優先で
バイオロジーが追いてこないことが多々あること。
ミュータント、ビアコア、TIC等だけじゃ、テクニカルにSolidな議論が
出来ても、バイオロジーとしては微妙なこと多し。

追っかけられて負け、かぁ　それは一番イヤだ

わお！！

>>55
だがそれでも大型複合体への科学的興味や需要はこれからどんどん
増えるでしょ？がんがるのだ！

つまりこれからは電顕が勝ち組？

>>64

>>55!!!!!!

http://www.asahi.com/science/update/1107/001.html

DEAD_LINE閉鎖・・・
悲しい

>>55
つまり電顕なら膜タンパクも余裕ってのはウソなの？

>>68

だれが、そんなこと？ｗ

膜タンパクは現行のどの手法でも難しいと思われ

>>63
ありがとう。それを信じてがんばるよ。

>>68
90％はウソ。
有利な点がないわけではない。

残り10�lに賭けてます

>>72
それでいいんじゃない？
研究なんてハイリスク→ハイリターン
ノーリスク→ノーリターン→のーたりんさ。
いまどき可溶性の70aaくらいのドメインを
NMRで構造を解いても、誰にもなにも注目
されないし。400aaの高熱菌代謝系酵素の結晶
構造解析なんて、論文にすらならないことも。
まあ最悪Actaがあるけど。

>>73


数字がリアルやね。70 aa. 70-90ってとこか。
好熱菌代謝系、普通のバクテリアにもホモログあったらしたら。。。
こっちに関しては, 210 - 400 aaぐらいのイメージが。。。

いやあ実際にそういうことばかりやってますんで。
でも、それでも、構造を解くのは楽しいから・・・
それが俺的には一番の問題です。

>>73
それでも数は稼げそうですな。上手い人なら年にどれくらい解けるのか具体的な数は知りませんが。

でも論文ならないんじゃ・・・困りもんです

すくなくとも学生の大半はのたれ死ぬかもですね。
構造が出て、論文にならなくて、のたれ死ぬか・・
それともそもそも最後まで結晶が出なくて、結局
のたれ死ぬか・・・・

ま、先の見通しが読める学生さんなら、今後この分野に
わざわざ参入はしないでしょう。

そんなにヤヴァイ分野かなあ…
ボスがしっかりしていれば少なくともしばらくは解けば論文になりそうな気もしますが。

>>79

ボスがしっかりしている
　　　　↓
当然、バイオロジカルにインパクトのある蛋白を狙う
　　　　↓
競争になる
　　　　↓―――――――――――――――――
　　　　↓　　　　　　　　　　↓　　　　　　　　　　　　　↓
急いで勝つ　　　　解いたけど負ける　　圧倒的に負ける
　　　　↓　　　　　　　　　　↓　　　　　　　　　　　　　↓
　　　Ph.D　　　　　　　　雑誌格下げ　　　　　　サンプル変更
　　　　　　　　　　　　　　　 ↓　　　　　　　　　　　　　↓
　　　　　　　　　　　　　　なんとかPh.D　　　　　大抵遺伝子は貰うので
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　そのものにオリジナリティ無し
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　↓
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　over doctor / 満期退学

>>80
その図だと、どのジャンルでも一緒だよな。

急いで勝つ→トップジャーナル
解いたけど負ける→並の雑誌
圧倒的に負ける →それでもPh.D
じゃない？

まあ、肝心なのはPh.Dとったあとですからね。
院生時代の実績も大事ですが、いかに地力をつけるかが大事です。

さて、それはおいておいて、分野的に有利、不利かは別にして、
やはり膜タンパク質あるいは複合体の構造を決めることは重要だと思われます。
危険な賭けに挑戦したどうでしょうか？

膜タンパクならどの手法でもきつそうだけど複合体なら電顕が有利？

>>82


>圧倒的に負ける →それでもPh.D


これはかなり甘い。

>>82

あくまで、トップジャーナルで学位をとることを前提にした図では？

>>86
でもそうじゃないと将来きついだろ

君たちはサイエンスを愛していない。
どんな手柄を得ようと、興味のないものを解析しても意味は無いのだ。
どんな小さな手柄であっても、それが君の興味の的であるならば、
得られた知識は何ごとにも替え難いはずだ。
サイエンスは手柄を競い合い自慢するものでは無いのだよ。
と、私は思うのだが。

>>88

わかった。それが理想だが、それが君が期限切れ
である所以だ。

>>87

そのへんが甘いのでは？

>>90
それでも甘いならどうしろと？

>>88
あなたの言い方だと自分の興味あるものでは手柄を得られないように聞こえる
負け惜しみ？ｗ

>>91
圧倒的にまける→ひとつではPhDにとどかない→
まける可能性があることを念頭に、並行してたくさん仕込む
→ハイスループット→燃え尽きる→廃人

＞急いで勝つ→トップジャーナル
でも駄目って意味かと思ってた

改訂版


ボスがしっかりしている/新進気鋭
　　　　↓
当然、バイオロジカルにインパクトのある蛋白・複合体を狙う
　　　　↓ ―――――――――――――-―――――――――――――
競争になる 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 ↓
　　　　↓――――――――――――――――― 　　　　　　複数のサンプルを同時にチャレンジ　　　　　　　　　
　　　　↓　　　　　　　　　　↓　　　　　　　　　　　　　↓ 　　　　　　　　　　　　　↓　　　　
急いで勝つ　　　　解いたけど負ける　　圧倒的に負ける 　　　　　　　　精製の鬼　　　　　　　　　　　
　　　　↓　　　　　　　　　　↓　　　　　　　　　　　　　↓ 　　　　　　　　　　　　　↓
　　　Ph.D　　　　　　　　雑誌格下げ　　　　　　サンプル変更 　　　　　　燃え尽き症候群→ひきこもり
　　　　　　　　　　　　　　　 ↓　　　　　　　　　　　　　↓ 　　　　　　　　　　　　　
　　　　　　　　　　　　　　なんとかPh.D　　　　　大抵遺伝子は貰うので 　　　　
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　そのものにオリジナリティ無し
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　↓
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　over doctor / 満期退学

横山さんは馬鹿なボスをつぶすことから あのぱわーが産まれたらしい。さあみんなケ゛コクジョウた゛！

圧倒的に負けるというのはそもそも解けなかったということですか？

>>96
　　　　　　　　　　カナ
とても、ボスには敵いません。今のところ、全てにおいて。。。

増補版

ボスがちゃらんぽらん
　　↓
バイオロジカルにインパクトのない試料ばかり
　　↓
競争なし
　　↓
勝ち組
　　↓―――――――――― ↓
　　↓　　　　　　　　　　 ↓
論文になる　　　　　　　論文にならない

>>97

まあ、いろいろ思惑があって、サンプルを選ぶんですが、
まあ、未知の機能ドメインであったり、機能アノテーションはされていない
が配列解析から保存されている領域を解析していて、
「やってるのは、うちだけだろ」と思っていたにも関らず、突然、
他グループが気の利いたジャーナルの表紙を飾っていたケース等。

あとから解けて先に解いたグループ以上の発見がない場合

勝てるかもしれない、と思ってるといつまでたっても休めないし眠れない

まけたらじっくり眠れる。

おもしろ改訂版


ボスがしっかりしている/新進気鋭
　　　　↓
当然、バイオロジカルにインパクトのある蛋白・複合体を狙う
　　　　↓ ―――――――――――――-―――――――――――――
競争になる 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 ↓
　　　　↓――――――――――――――――― 　　　　　　複数のサンプルを同時にチャレンジ　　　　　　　　　
　　　　↓　　　　　　　　　　↓　　　　　　　　　　　　　↓ 　　　　　　　　　　　　　↓　　　　
急いで勝つ　　　　解いたけど負ける　　圧倒的に負ける 　　　　　　　　精製の鬼　　　　　　　　　　　
　　　　↓　　　　　　　　　　↓　　　　　　　　　　　　　↓ 　　　　　　　　　　　　　↓
　　　Ph.D　　　　　　　　雑誌格下げ　　　　　　サンプル変更 　　　　　　燃え尽き症候群→ひきこもり
　　　　　　　　　　　　　　　 ↓　　　　　　　　　　　　　↓ 　　　　　　　　　　　　　
　　　　　　　　　　　　　　なんとかPh.D　　　　　大抵遺伝子は貰うので 　　　　
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　そのものにオリジナリティ無し
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　↓
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　over doctor / 満期退学


ボスがちゃらんぽらん
　　↓
バイオロジカルにインパクトのない試料ばかり
　　↓
競争なし
　　↓
勝ち組
　　↓――――――――――――――――
微妙に側鎖の向きが違った　　　　　　実はSHドメインだった
　　↓　　　　　　　　　　 　　　　　　　　　　　　　↓
かろうじて論文になる　　　　　　　　　　論文にならない

自分はどれに当てはまるのか…

わりとよくある、想定される悲惨なケース

ボスが若手
　　↓
バイオロジカルなセンスは悪くない
　　↓
妥当な競争だが勝てないほどではない
　　↓
どうやら解析は一番乗りで終了できたらしい
　　↓
　　↓←遺伝子の出所の大御所共同研究者から強烈な横槍
　　↓
１ｓｔで論文を出させてもらえない
　　↓
ドクターとれない
　　↓
ひきこもり　or 泣き寝入り

遺伝子くれただけで1st取られたりするかなあ

遺伝子もらう相手選びも重要だね。

向こうから持ちかけてきたから学生にやらせて、やっといい結晶が出て連絡したら、
「あれは○○○先生のとこで解けて、今論文書いてるから」、とか。

>>106
機能のデータとあわせて一報にしたい、といわれて、
機能解析した奴が１ｓｔになる

それは遺伝子くれただけじゃないじゃん

遺伝子だけじゃなくてサンプルもつくって送ってくれる
っていってるところがあるんだけど、組むべきですか？
組まないべきですか？

>>110


後でもめない様に、correspondenceをきっちり確認してから
はじめるのが良いかと。

確認したはずなのに後から変更要求

>>112
それ！！　よくある、よくある。
確認して文書で残しておいても、ダメなもんはダメね。

そのつもりでサンプル渡してます

Ｎ討直前あげ

はぁ〜しにたい

なんで？

yahoo推薦だから安心です
http://click.dtiserv2.com/Click2/10-98-7254

>>115

N討内輪すぎ！！
なんというか、シグナル見えるだけで楽しんでる奴らとか、
アミノ酸知らなそうな奴とかいろいろやなー。

結局のところ、タンパクの立体構造解析はＤＮＡ配列解析と同じ道をたどる。

ほんの１０年前はシーケンスゲルを作るのが上手だったり、ゲルをろ紙に貼るのが
上手だったりする奴は重宝されたし、ペーパー量産してた。
今は自動化されて、そんな技術は無くて済むし、無論それだけでは論文にならない。

今はロボットが結晶化するし、データさえ良ければソフトが勝手に精密化してくれるにまでなった。
これからはバイオロジーのセンスがないと構造屋は論文で１ｓｔ＆コレスポは取れないだろうね。

特にタンパク３０００で大量に生まれるであろう、好熱菌由来機能未知の構造でＤを取る人たちは
よほど頑張らないと生き残れないと思うよ。

そんなんでDrゲットできるんかい？
オリジナリティって求められないのかね？
膜に挑戦する連中の方がよっぽど将来性あるんじゃないか？

膜＝むつかしい→独創性　という考え方も
GPCR→薬に役立つ→独創性　　という考え方も
やっぱり底が浅いと思う。
特にマキノンとかノーベル賞とったあとから、膜に参入と
いうんのでは、ミーハーすぎるんじゃないか？
俺はむしろ繊維のような固体タンパク質に将来性をみるが。

Y山先生がなんとかしてくれます

>>120

>これからはバイオロジーのセンスがないと構造屋は論文で１ｓｔ＆コレスポは取れないだろうね。

既にそうだろう。月並みなネタやってるところはそれなりの評価でしょう。
正直、評論家化している大学院生が研究者として使えないことこの上ない。

>>121

うーん、どうだろう。ランバート・ベールの法則ぐらいしか知らない
実験屋より、よっぽど使えるかも。

>>123

よろしくお願いします。。。

討ち死に覚悟で膜に挑戦するか構造以外にも自分で機能のデータをだせるような技術を身につけるかのどちらかってことですか？

>>126

うーん、分子生物学の延長として構造生物学をとらえれば、
自ずと答が出る気がする。
ミクロな視点、重箱のすみをつつく様な研究から、
生命現象の根幹、基本原理を類推する操作。
難関。。。

必要なのは、「こりゃ駄目そうだ」と思ったら、
さっさとテーマを代えることができるようなドライなセンスだと思う。

何を明らかにするために構造を解くのか、が良く解っていないと。

膜タンパクだって、リガンド無しの構造のみでは実はあまり意味がない。
「膜受容体にリガンドが結合することにより『構造が変化』し、シグナルが細胞内へ伝達される」という大まかな
概念の中で、構造生物学の求められる役割は明白でしょう。

私はメインストリームと別に、自分の個性を築くのが大事と思う。
一生のかなりの時間を、結晶やＮＭＲ計算で費やしたくない。
129で述べられている、メインな流れを促進するための、方法論や理論の開発に興味がある。

だから、並列計算や自由エネルギー計算の詳細に立ち入ることを厭わないでやっている。。

>>126
サンプルさえ選べば別に討ち死に覚悟するほどのこともないよ、膜
タンパク質だって。だからこそ、マキンノンやミケールの大成功があり
得たんだと思う。

何を明らかにするために構造をとくのかが、とく前からわかっているような
系というのはもはや稀なんじゃないだろうか？遺伝子をシーケンスするのと
同じくらい安易な気持ちで、構造をとく、という時代になってきていると
思う。だから、逆にシーケンスしただけじゃ論文にならないのと同じくらい
構造を解いただけじゃやっぱり論文にならないのでわ?

>>131
サンプル選んだら解きたいものより解きやすいものが優先になる気がします

今度のNatureにRNAiに関わるタンパクに関する構造が出ていたね。
しかも、２つともよく似た論文でした。
Ago1, 2のPAZドメインに関して、日本で挑戦していたラボはないんですか？
あるいは事前に情報を得て、競争を避けてたりするんですか？

同分野なら相手ラボが次に何攻めるかわかるもんだが。
あんたほんとに研究者？

起原切れ助手さんてよく書きこんでるけど、今はなにしてんの？
ぷうー？それともポスドク？
興味あり。

いや、分かってて競争する例もそこそこあるよ。
うちは構造屋じゃないんだけど、数年前にそういうことあったし。
かなり進んでから情報が入ることだって実際にはあるよ。

裁判では実験ノートの内容で争う場合もあるんだよ。
そのために、実験ノートの規定（書き方、ボスによるチェックの方式）だってあるしね。
もし知らなかったら覚えていた方がいいよ。

>135
どうも。
まだ起原切れてないから助手してます。
実験の秋時間に時々書いてますよ〜。

＞もし知らなかったら覚えていた方がいいよ。

何か悔しかったのだろうか...。

いいね、助手は。
実験の合間にネット？
学生もＯＫすか？

OKっす。

卒業１年先送りでいいならね。いや、２，３年、もっとかな。

>>141
そんなことしたら試薬代と場所が無駄じゃん。速やかに卒業してもらえば？

Ｎ県のＫ山君へ:

糞コテハンのときは丁寧語で書き、自信のないときや罵詈雑言を並べるときには名無しで書く、
Ｎ県のＫ山君。
きみがこれ以降汚らしい書き込みをするのであれば、きみの上司やきみのところの院生に
きみのこれまでの書き込み集を見てもらわなければならなくなる。

きみが学部生のころから寝る間も惜しんで得た今のポストはきみにとって虎の子かもしれないが
こちらには捨てるものはない。
しかもこちらはきみを特定するに至ったが、きみはこちらがだれであるかわからないだろう？

この分野の未来はどうですか？
余所者の自分からみるとおいしそう・・・

>>144

この分野の未来はどうだろうか？自分の未来はどうだろうか？
そうやって無難な選択をしてきたつもりだろうが、結局あなたは
どうしたいのですか？モラトリアムとして研究するのは意味無いぜ。

関西人「もうかりまっか？」
関東人「人の商売のことより自分はどうなんだ？｣

ボチボチですわ。

Ｋ山君、神戸で会おう。
もっとも、こっちは何食わぬ顔をするし、死んでもとぼけるつもりだが。

ただ、上記は将来も有効なので、忘れないよう忠告しておく。

ネタ提供元に二股かけられそうになったことがあった(前にも書いたっけ？)

こっち(先)はドメイン、どこか知らんが相手(後)はインタクト。ネタ元は
ドメインだけの構造解析でも全く問題ない！と強く主張してました(ようわからん)

あちらさんにしてみれば、どこででも構造が出ればいいという発想なんだろうな
信頼関係の問題とかいろいろあるのになあ。

所詮便利屋です

Y吉先生のラボ、どうですか？

最高です

>>150
マルチドメインタンパク質のばやい、
インタクトではドメイン間のフレキシビリティーの
もんだいがあるので、
（１）構造がとけない
（２）といてもアーチファクトだといわれて論文でない
なんてことがある。
「ドメインだけでやってみたい」といったときに
「それはもうよそにやってもらっている」といわれて
死をみることもある。
まあともあれ信頼関係は大切だｗ

>>152
Ｆ吉先生？俺も興味アリ。詳細きぼう。

就職先ってあるんですか？

ないない

構造駄目ぽ

魅力は感じるが、研究と就職は別と割り切らないと駄目そうだな。

ここでいう就職はアカポス？

Y山先生のラボ、どうですか？

クライオ電顕で構造決めてるでしょ？
あれって、どこまで信用できんの？
ソフトの設定かなんかで、いくらでも捏造できんじゃないの？
論文読んでも、いまいち信用できん。

>>162
＞あれって、どこまで信用できんの？
電顕（Ｘ線もそうだが）の場合は分解能が必ず書いてあるからそれを見ればだいたい構造の信頼性がわかる。
分解能が悪くても膜チャネルなどの大きな構造変化ならば十分議論できる。

＞ソフトの設定かなんかで、いくらでも捏造できんじゃないの？
ＮＭＲはもともと足らない観測数（ＮＯＥ）を補うため、様々な縛りをかけて計算してる。
縛りを強くすると、あたかも綺麗に収束したかのような構造が得られる。

>>163
ありがとうございます。
分解能はどういう計算で決まるんですか？電顕の分解能とは別に、
試料作製の良し悪しも関わってきそうなんですが。
それから分解能が良いと言えるのは、どれくらいからですか？

タンパク質の簡便な結晶化技術が開発された。

University of California, San Diego(UCSD)とNovartis社の研究者等によっ
て、タンパク質の簡便な結晶化技術が開発されました。

だって。詳細キボン。

>>164
電顕の構造解析って、いろいろあるんだが。
2次元結晶でやる奴とか、らせん対称性使う奴とか、single particleとか、
tomographyっぽいやつとか。
どれについて議論したいんだ？

それから、「試料作製の良し悪し」が関わってこない構造解析なんてあるのか？

>>166
single particleは、particle抽出の時に数個でも変なものを選んでしまったら、
結果が変わりそうな気がする。

tomographyは、missing edge(だっけ? カバーできない傾斜角度の部分)があるのに
なぜ構造を決定できるのかわからない。

なぜ試料の善し悪しという曖昧なものが、
なぜ分解能という具体的な数字として表せるのかが理解できない。

理解できないのを威張られても

>>168
すんません。おせーてください。

>>167
single particleは、particle抽出の時に数個でも変なものを選んでしまったら、
結果が変わりそうな気がする。

そのとおり。
だからそういうヘンな奴を抽出しないようなソフトを使うのがまず大事。
それより大事なのがそういうヘンな奴がまじらないような試料作り。
で、あやしいかなとおもったら、サンプリングを変えても同じような結
果が出ることを確認する。まあ一種のFreeRみたいなもんだな。

tomographyのmissing edgeは試料台の傾斜角度の話なので、試料自体が
均等な角度分布ではりついていれば統計的に問題ない。しかも電子顕微鏡
は透過後の電子線密度だから問題なし。

試料のよしあしがそのまま分解能になるわけじゃなくて、良い試料だと
経験的に分解能があがる、というだけ。というか、「分解能が高い試料」
を良い試料といってるだけかも。

>>170
なるほど、なんとなく理解できました。
ありがとうございました。

X線NMRでそれぞれ国内最強ラボはどこですか？

最凶ラボならわかるが
西ならM研とかN研とか
東ならN研とかS研とか
北とか南はマイルドなところがおおいのでは？

この細長い国を東西南北に分けるあなたはとても素敵です。

age

漏れキュラーしかやったことありませんが、
ポスドクから構造生物学を始められますか？

やれるかやれないかをポス毒になるまでわからんのはまずいだろ？
自分で判断汁。

>>176
ものすごく寛大なボスのもと、Protein3KやNEDOとは無関係な
予算のもとだったら、可能かもしれない。
だが、こけたら次はないから最低でも年1で決定してなければ
次の職はないぞ。誰かに教わりながら、なんて甘いことを考え
ないよう・・・。

単粒子解析をやってみたいのですが、よい参考書はありますか？

>>179
んー、ない。
それよか、適当なreview読んだら？

これオススメ、みたいなのを紹介してもらえますか？

ダメだこりゃ。

「単粒子解析といえば、SPIDER」ということで、
SPIDERのページにいってdocumentをあさってみるというのは
いかがでしょうか？リンクも充実しております。

SPIDERのホームページ
http://www.wadsworth.org/spider_doc/spider/docs/master.html
SPIDERのサイトにあった電顕関連リンク集
http://www.wadsworth.org/spider_doc/spider/docs/sites.html

>>181
俺が20件に絞ってやった。
PubMedでこのキーワードを入れてみ。
"single particle" electron microscopy review
single particle を”で囲むところがコツ。

PMID: 11233408 が手に入ったらガンバって読むといいかもな。
ちょっと長いけどな。

あとインターネットサイトでは、EMANの作者のところにいくつかプレゼン資料があって、
それ見ると、勉強になるかもな。
そのほかにもいろいろあったような気がしたが、忘れた。

念のために言っとくが、本当にやりたいんなら、
経験者に直接聞かんと、どうしようもないことばっかりだぞ。

構造生物学全般についての定番教科書ってありますか？

構造生物学っていうのがどうも好きになれない
構造化学でいいではないかと。　教科書としては　タンパク質のﾅﾝﾄｶ・・入門かな
でも物理化学しらないと何もできないのでね。

「タンパク質の構造入門」ですか？
物理化学はどのレベルくらいまでやればいいでしょうか。

>>184
ありがとうございます。
PMID: 11233408が手に入ったので、読んでみます。

この分野には非常に興味がありますが、
ポスドクから飛び込むには勇気がいりますね・・・
とりあえずがんがります

構造生物学と構造化学（構造生化学）は違うと思う
一長一短好き嫌いがわかれてもしょうがないけど。
日本で構造生物学をやっているラボはわずかしかなくて
ほとんどの構造のラボは構造生化学か構造化学だと思うよ。

>189
どのように違うのですか？

nature structural biology が
nature structural & molecular biology に変わったなあ。

あんまり関係ないが・・・。

構造生化学はあくまでタンパク質の構造決定が主要な目的。
それに対して構造生物学はその構造をもとに生命現象を解明していくという違いです。

>192
くだらねー定義だな。
だれが勝手にこじつけたんだね？

構造を元に生命現象を解明ってどうやんの？

>194
うん、それはね、生物屋（物理化学音痴）が、あーでもない、こーでもないって、いろいろ思いを巡らせるんだよ＾＾

意味ないじゃんｗ

構造生物ってまだまだ発展途上だからな。

機能と構造が結びついてはじめて本質が理解できるんだよ。
同じタンパクで機能屋がやった結果と、構造屋がやった結果を合わせて
どうこうて話しじゃん？
構造だけですべて理解しようなんて無理難題。

ま、多くの場合機能が先にわかってるのが構造解析されるんだろうけど。

最近はちがうだろ。
くらみツさんのまるごと一匹とか、３０００とか。
構造がばんばん決まるんだロ？

だからよ、構造だけのデータじゃしょうがねぇだろっつうことだよ。
所詮座標データなんだから。

200ゲト。

ま、生物学が今まで逆に「構造」を甘く見ていた反動じゃねえの。
あまりにも構造構造言ってると反感を覚えるのはわかるが、しかし
「所詮座標データ」ってのもまた極端かと。
物理も化学も生物もそろってこその生物学ってことで、仲良くやれや。

別に反感じゃなくて、意味もわからず結晶とって、構造決めてもしょうがねぇっつう
ことだ。197=199=202=自分だけど、自分構造屋なんで。

構造決めることだけが構造生物じゃないと思う。

ちがうって。
構造を決めることは構造生物学じゃないって。
構造を見て、あーだこーだ言うだけでも構造生物学じゃないって。
構造を決めて、構造を見て、それから生物学をきちんとやって
それではじめて構造生物学になるんだと思うな。
ここでいう生物学が、分類学なのか解剖学なのか、
分子生物学なのか細胞生物学なのかは問わないことにしようよ。
でも、構造といて、その後生化学(in vitro実験だけの仕事)しか
しなかったら、それはやっぱり構造生物学じゃなくて構造生化学
だとおもうよ。だからせめて、変異体つくって細胞にもどすなり、
ワトソンクリックみたいに遺伝暗号解読の基礎をつくって
遺伝学に革命をもたらすなり、すれば、構造生物学になるんだと
思うよ。

構造決定の手法は特にX線はもはや完成したといっていいと思う。
でも、構造生物学はまだ発展途上だと思う。せっかく決めた構造を
どういうふうに使えば生物学的な謎の解明に有効に使えるか、
みんなで頭を絞って考えたらいいんだと思う。その意味で発展途上
という197=199さんに同意なり。

問題はタンパク参戦プロジェクトみたいに、じっくり知恵を出し合う
時間がないくらい追われてしまうプロジェクトに巻き込まれて、
本来進むべき道を見失いがちになってしまうことかもしれないです。

>>203
いや、3000は3000で、ああいうのも必要だと思うよ。
ああいうのばっかりもてはやされるのに違和感があるのは事実だが、
嵐のようなプロジェクトもじっくり取り組むプロジェクトも両方あるのが
一番良いのではないかと。
ということで仲良くやれや。

>>204
構造プロテオミクスそのもの（ようするに片っ端からきめること）
自体は、ゲノムプロジェクトが生物学の地平を広げたのと
おなじように、タンパク質科学の地平を広げるインフラとして
将来にわたって、ものすごく大きなインパクトを持つと思うから、
3000（のY山先生が当初提案していた構造プロテオミクスの)
プロジェクトは、必要だと俺も思うよ。同意なり。
いままでの既存の「じっくり取り組むプロジェクト」が、
「じっくり取り組みすぎていたせいで」しばしば時流を逸していたことが、
そもそもの発端だったんじゃないでしょうか？

だからこそ、日本国内では
> ま、生物学が今まで逆に「構造」を甘く見ていた
なんて現象もおきたんじゃないかなあ・・・・
>>201さんの分析も、ある意味スルドイなあ、と思います。

>ということで仲良くやれや。
は2ch見てる若い人に、ではなくて、上のほうの年寄りどもにこそ
聞かせたいセリフですなあ

もともとの分子生物の起原に遡れば、遺伝学派と構造学派があり、
構造学派の代表がワトソンクリックの模型。
あのシンプルで明解な発見があったからこそ、分子生物が概念的に、
分かりやすいものとなり、発展した。

最近は、分子をちゃんとした模型でなく、イラストのように
考える風習がまん延して、構造に帰する考えが薄れてきていた。
だから、初心に帰るにはよいプロジェクトかもしれない。

しかし、結局、結晶化できたり（Ｘ線）、驚異的に溶解度の高い（NMR）タンパクしか構造が決まらないなら、
量的な進展はあっても、質的なブレイクスルーはないだろうな。
と考えている。

そろそろ構造も潮時かしら？

おまえら問題点が浮き彫りになっただろ？
つまり技術革新が必要なわけだ。MALDI-TOFMSのようにな。
だれかnativeな状態の構造を簡単に決める方法、思いつかんかね。

っていうか、もうそれしかないじゃん。ブレイクスルーには。

いや、そうじゃなくて、やっぱ膜よ。
膜膜。
膜が分かれば結構面白いこといろいろできるんじゃない？
機能やサンも喜ぶだろう。
簡単なのを早く決める手法よりもこっち重要。

膜は院生を大量に屍にすれば１個くらいは決まらないか？

院生だけじゃ心もとないので、ポスドクも導入だな。

膜蛋白だけには手を出すなと、うちの死んだじいちゃんがよく言ってました。

いや、イラクに派遣される自衛隊員を見習って、
膜タンパク始めましょう。

おまえら問題点が浮き彫りになっただろ？
つまり技術革新が必要なわけだ。MALDI-TOFMSのようにな。
だれかnativeな状態の生理活性を簡単に決める方法、思いつかんかね。
っていうか、もうそれしかないじゃん。ブレイクスルーには。

構造の方は、取りあえずはいいんでないかい。
結晶構造も溶液構造もだいたい同じやつが出てくるし。（これは再現性と言うのか？）
解かれた構造が、分子生物屋さんや生化学屋さんの言っていることと合致することも多いし。
むしろ、機能をやっている人同士が違うことを言い合っているのをなんとかしてほしいっす。

>>214 「native」な状態の「生理活性」？珍しい言い回しﾀﾞﾅ…。
>>208,206,205,203もﾌﾞﾚｲｸｽﾙｰだの革命だのｿﾚｼｶﾅｲｼﾞｬﾝだのとやたらｶｺｲｲが、
biologyを知らん利権某ｾﾝﾀｰ長か？と思いﾏｽﾀ。3000は物理化学屋ｻﾝやお役人
ｻﾝや学生ｻﾝにはｳｹがいいのかもﾈ…。毎年度末の数合わせの喧騒は確かに
ｲﾝﾌﾗ整備と呼ぶに相応しいﾖｳﾃﾞ。人柱、立ってﾏｽｶ？

>>215
つまりこの分野はｵｻｷﾏｸｰﾗてことでつか？

>>215
半角の使い方が気色悪い。

それよりも、これからはやっぱ創薬でしょ★
トリインフルエンザやSARS新型肺炎のウイルスの効果的な阻害剤を
構造ベース薬剤デザイン技術でちゃっちゃと作ってくださいよ。

>>215
>3000は物理化学屋ｻﾝやお役人ｻﾝや学生ｻﾝにはｳｹがいいのかもﾈ…

サカキさんやハヤシザキさんが「ゲノムやります」ってもりあがってた
とき（いまから10年位前）によってたかって足をひっぱった
日本の大半の「守旧派」生物屋さんに対する、お役人や企業や学生
さんのウケがサイアクでもしょうがありませんね。因果応報ですね。

>>218
ウイルスやってない某所には無理。タンパク単体のＮＭＲ構造は無駄。
induced fitなしのin silico screeningも無駄。
>>219
で、ようやく５年後、無理と無駄に企業が気づく、と。大した進歩派だ。

生物屋は所詮、理系の落ちこぼれであることを
認識すべきですな。
最近のバイオブームは、物理屋、工学屋、物理化学屋によって、
支えられ発展していることを自覚するように。

はいはいそうだねよかったね（わら
きみがいちばんえらいよね（わら

まあ、生物の勉強なんて社会科のようなもんだしな。
もちろん、研究になれば頭必要だが、
生物屋で研究センスあるやつ、出会ったことねぇ。
俺の周りのできるやつは、皆物理か化学出身だね。

本気で構造生物学に取り組みたいのであれば、
横山茂之先生のところに弟子入りされることを
強く勧めます。

>>223
自分の世界の狭さと頭の悪さを自慢してどうする(w
とにかく世界に出ろ。話はそれからだ。
あと生物板住人はその手の煽りには慣れっこだから、
ﾆﾔﾆﾔされたくなかったらもっと精進するように。ﾆﾔﾆﾔ。

>225
まじめに質問なんだけど、
数学や物理につよくて分子生物とか細胞生物やってる人って
いるんですかね？
もちろん、生物物理にはそんな人大勢いるんだろうけど。
まじレス望む。

>>226
沢山いる（マジ）が、君は何か勘違いしている。
その学問に必要な知識と能力は学問によって違うのだよ。

>>225
煽りに慣れているとはとても思えない鼻息だが。
あからさまな煽りに反応するなって。その手の流れになるといつも、
勢い余って他の分野を貶すようなパターンになるんだから。

>>227
数学や物理は分子生物学には必要な知識・能力だと思うのだが。
そこまでの流れが煽りだらけだったから、勢い余ったのかもしれないが。

普通の分子生物学屋で数学や物理が普通にできる人は普通にいる、
という当たり前の回答をせざるを得ない点については同意。
もちろんできない人もいるが、できない人のほうを見ても仕方がない。

>>219　　別に企業は関係ないでしょ？それに企業といったって、日本の製薬企業なんて
国際競争力あるのはT一社だけで、あとはほとんど
輸入代理店なんだし。
むしろタンパク3000がプロジェクトによってむしろ
盛り上げたいのは、日立ハイテクとか島津とかの
輸出競争力のあるバイオ関連測定機器メーカーなん
じゃないかな。JEOLのNMRだって化学系では相応の
シェアもってるしね。Rigakuはマジすごいね。
自前でX線やNMRの構造決定力のない製薬企業で、
某所のライセンスアウトに期待してるってのは、その
時点ですでに負け組みかもね。
でもって、こうしてみると上記の勝ち組企業に就職
できそうな人材って結局、物理化学系か物理系ばっかり
だから・・・・>>221の主張はある意味ただしーよ。

ﾜｼは数学・物理と生物がまあまあ両方できるほうだと思ってますが
これからは数学ができないと生物の基礎研究でも苦しいと思う。
もうwesternや免疫沈降だけでは評価されません。

>>230
westernや免疫沈降=生物

0点。それは生化学のテクニックの2つです。
もっと生物を勉強してからカキコしてください。

>>230
まあまあ生物が出来るあんたは、何が出来るの？

>>231
だからなんでそんなに鼻息荒いのか…。
ﾏﾀｰﾘやれや。

うーん。煽りなんだろうなぁ。。。こんなとこでマジレスしたってしょうがない
んだろうなぁ。鼻息あらいっていわれるんかなぁ。

でも気を取り直してマジレスすると、生物の一番難しいところは、やはり
体系的な知識と考察の部分だと思いますよ。数学がどうとか物理がどうとか
言うような単純な話ではなく。

全ての実験は不完全ですから、実は暗記するような確立された現象なんてないんですよね。
そうではなく、例えば「○○という現象はこれこれこういう実験で示されたけど、
こういう可能性があり、こういう可能性は残されていて、もしかしたら
違うことを含んでいるかも知れない」と言うようなことを、毎週のように出てくる
論文について考え、自分の頭で体系化し、新しい可能性を考え、それを証明する
スマートな実験を考案し、実際に示してみせる。口で言うのは簡単ですが、
実際は非常に難しい。最後の実験考案の段階で、数理的なセンスが要求される
ことは多々ありますが、それと同じか、それ以上に、広くかつ体系化された
知識と、人にはないアイデアが重要なんです。数学が出来るから賢いというような
単純な物ではない。数学や物理ができればみんな分かるんなら、私も数学勉強しますよ。

煽ってる人に一言言いたいのは、数学（あるいは物理）が出来ないから仕方なく
生物をやってるんだみたいな程度の低い事は考えないでください、ってことですね。
それは目的と手段を逆にした考え方で、科学者の思考法では無いと思いますけど。
生物学者の多くは、生物というものの神秘に魅せられて、その仕組みの一端を
解き明かしたいと思ってやってるわけです。もしそれに数学が必要なら数学を勉強しますし、
物理化学が必要ならそれを勉強します。そうやって先人たちは努力してきました。
その、現在体系化された成果が「分子生物学」であり「細胞生物学」であり、「構造
生物学」であるわけです。それに物理や数学が一部しか含まれていないと言って数学・物理
学者が笑うのは、シェークスピアを読んで、それには法理論が含まれていないと法学者が
笑うのと同じ事ですよ。

>226ですが、煽りじゃ、ないです。
ってか、『煽り』って字が読めず意味分かりません。

僕の考えでは、分子生物や細胞生物学の主役は
あくまで、分子や生体高分子です。
したがって、これらの挙動を理解したり予測することが
重要になると思います。
もちろん、広範な事実を体系付けて理解することも重要だと思います。
しかし、分子レベルでの挙動を理解することなく、
果たして正確な体系付け、あるいはまともなアイディアを
生み出すことが可能かどうかってことです。
分子レベルの挙動について直接理解を助けてくれるのは、
平衡論や速度論など、物理化学だと思います。
この辺の基礎無しに分子生物や細胞生物やっても、
僕はたいした理解は得られないと思います。
せいぜい、natureなどのnew and reviewに掲載されている
漫画のようなfigure程度のイメージしか湧かないのではないでしょうか？
分子の構造はつねにダイナミックに動いているし、
それにともない機能も経時的にいろいろ変化してるかもしれません。
それは漫画では描けません。

234
いや、そういうレスは有意義だと思うし、鼻息が荒いとは思わない。
ただ、やはり数学や物理を誤解してるかな、というフシはある。
きみが生物学の特質として挙げたことは、実は数学にも物理にも化学にもあるよ。どの分野も、決して特別なものではない。
ま、だからこそあおってる奴らのいうようなことはバカげているのだが、同時に生物は生物、数学は数学、という姿勢もどうかと思うよ。
それでは本質的にあおっている奴の主張と同じになってしまう。

234
いや、そういうレスは有意義だと思うし、鼻息が荒いとは思わない。
ただ、やはり数学や物理を誤解してるかな、というフシはある。
きみが生物学の特質として挙げたことは、
実は数学にも物理にも化学にもあるよ。どの分野も、決して特別なものではない。
ま、だからこそあおってる奴らのいうようなことはバカげているのだが、同時に生物は生物、
数学は数学、という姿勢もどうかと思うよ。
それでは本質的にあおっている奴の主張と同じになってしまう。

うわ、連続ｶｷｺｽﾏｿ。

235の書いてるレベルのことはできてるだろう。普通に。

>>235
理想としては正しいかも知れないけど、現実的には無理とお答えして
おきます。やってみれば分かりますが、生き物はものすごく複雑です。
分子の挙動などを考えることは大事ですが、それだけでは歯が立ちません。

例えば、ある細胞の中にある蛋白質が何個あるか、どうやって定量します？
例えば定量的ウエスタンブロットでスタンダードと比較したりはできますが、
数倍の誤差は必ず起こります。しかも生体分子は細胞の中に均一に存在して
いるわけではありません。それこそダイナミックに局在を変え、相互作用し、
分解され、生合成されています。それらを熱力学で語ることは究極の目標の
一つですが、現在は明らかにまだ無理です。知識が足りません。

ではどうやって分子的機能を調べるのか？？？いろんな人が必死に知恵を
しぼった結果が今の形で、それは決して故無きことではありません。たとえば
ある蛋白の機能を知りたい、とすると、その遺伝子を破壊して、細胞がどう
変わるかを調べるっとかいうのは一つの手ですよね。そういった手法は大変
強力なので、今の生物学の重要なツールになっています。例えばgeneticsを
勉強してみてください。速度論とは全く違ったアプローチで、分子の機能が
ある程度明らかに出来ることに驚かれると思いますよ。

人々がモデルとしてまんがを書くのは、そういった背景があるからなんです。
誰一人として、実際がそういうまんがで動いているとは考えていませんよ。
でも定性的な実験から分かることは確かにあるし、それを説明するのに、
ああいう簡単なモデルは役に立つんです。

あとね、分子生物学者や細胞生物学者は物理化学の基礎的な理解がないと
勝手に定義されていますが、それは思いこみという物です。あなたの頭の中に、
勝手にある人物像を描いて批判を展開されても困ります。
実際はみんな熱力学的、速度論的なことを頭に置いて考え、モデリングしてます。
なかなかパラメータは揃わないですけどね。

>>236
どの分野にも固有の方法論があり、どの分野にも共通する科学的思考法がある
と思ってます。決して生物が特別だと言ってるわけではありません。

>235です。
実は僕は今は、すでに分子生物に転向しています。

>240
うーん、なるほどって感じです。
それから、「あなたの頭の中に。。。」ってところ、図星です。
うちのラボの何人かを明確にイメージしてました。
といか、ボス自身がそんな感じですし。
そうでない分子生物屋も沢山いるのですね。
そう言う人が沢山いる環境にステップアップしたいです。

>239
真剣に答えて下さいまして、ありがとうございました。
参考にさせていただきます。

>>241
日本でもいいですが、良い環境に行きたければ海外に出るのが
近道だと思います。世界のトップは当然海外の方が多いですから。
アメリカの東海岸なんかにはすごく良質の研究者コミュニティが
あって、いろんな分野のセミナーを聞くことが出来ますし、学際的な
交流も盛んです。


#日本にももちろんすばらしい研究者は沢山いますが。

一転急に良スレに。構造関係ないが。

>誰一人として、実際がそういうまんがで動いているとは考えていませんよ。

それは声を大にして否定したい。そういう人間が旧帝大の教授にいることを
ここに報告させて頂きます。>>246もそう思うよな？な？

>244
構造生物学はまさに物理学者や物理化学者が開拓した分野だし、
ここでの議論と全く関係なくはない。
分子生物学の夜明け（上、下）あたりを読むと、
分子生物学がどのように発展してきたかが書いてあり、
結構楽しい。
大学生や院生にはお勧めだ。

まあ、生物屋が物理や化学をしっておいて損はないと思うし、
そう思えばどんどん勉強すればよいね。
俺は物理化学からこっちに転向した身なので、
むしろ生物の知識を吸収して体系付けるところで苦労しているよ。

良スレage。

いやー240の言うことは全く正論だと思うわ。
構造と関係づけて言えば、アミノ酸の一次配列を与えて三次構造
決めるってのすら出来ないわけでさ。だから構造屋ががんばって
構造決めてるんで、全部100%の確率でシミュレート出来るように
なったら構造屋は商売あがったりだ罠。熱力学も物理化学も大事だが
現状はそれらを駆使しても、たかだか一生体高分子の構造すら
計算出来ないんだよね。

ageてない・・・w
気を取り直してage。

>>245
日本には暗黒期ってのがあるからなぁ。
戦後の混乱期に大学院を出た人たちにはとんでもないのが混じってるよ。
学園紛争にのめり込んで全然勉強してないやつとかさ(w

>>249
そういうのはそもそも仕事といえるようなことしてないわけで。
むしろクローニングマシーン世代じゃないかな。
マンガそのままで理解とか言われているのは。

サッカーだけやってたクローニングマシンを知っている

>>250
まあ、理解してなくても「理解した」って言われたら反論しにくいわけで・・・ｗ
「それじゃ理解しにくいから、もっと複雑な
描像を」っていったら、「お前の話は
わかりにくい、お前は本当に理解して
るのか？」と突っ込まれるわけで。
いま(現時点で)はマンガでいいということな
んだからマンガでいいんじゃないか？

>252
まあ、そんな話し合いはサイエンスには無意味だと思うよ。
特に生物系の場合では、実験により自分の仮説を証明することが
重要なんだし。
理解が浅ければ研究で当てることできないからね。
研究の成果で、理解の浅いやつらと差をつけてやればよい。

ビシバシ簡単なタンパクの構造決まったら、
そのあとどーなるのよ？
ハリマとか鶴見とかの装置はどうなるのよ？

どうもならない。

じゃあ、ポスドクや研究者はどうなるのよ？

256 自分でｱｲﾃﾞｨｱ出せない人はどうせだめ。
もういいよ。ﾌﾟﾛｼﾞｪｸﾄは。

ま、結局分野がどうこうじゃなくて、その人個人の能力なんだよな。
数十年前に「終わった」と言われた石油化学だって、優秀な人は今でも
ちゃんと研究してる。
「この分野はこの先どうなるんだろう」とか「これをやってて就職はどうなるのか」
とか言ってる人は、そもそもどこの分野に行ってもダメなんじゃないかと。

いいこと言うねあんた>>258

「もうこの分野駄目だろ」って言ってる奴が一番駄目。

構造をあきらめた私は負け組でしょうか？

>>258-259
ホントに心から楽しくてやってるなら良い。
なあなあでやっている奴の言い訳にもなりうる。

優秀な人はひとつの分野をやっているようでもいろいろ考えている。
また、数学や英語に秀でるなど、普遍的な能力が高い。　
これは研究者としての足腰が強いということか。

語学は身をたすく

タンパク３０００のあとは「コンプレックス５００（仮）」を立ち上げます！
５年間でタンパク質の複合体構造を５００個決定します。
やはり単体構造を決めても生命現象は理解できませんから。
ＮＭＲパークで片っ端からケミカルシフトパータベーションで結合するものを探して、
複合体を結晶化してＳＰｒｉｎｇ−８でデータを取ります。
位相はＭＲですぐ求められるので、目標達成は容易です。
もちろん、ＡＴＰ、リン酸、金属イオンなどと結合したタンパク質構造も”複合体”と考えます。

そして、「コンプレックス５００（仮）」の後は「メンブレン１００（仮）」を．．．。

>264
重要なことは構造が分かった後、それをどう解釈し、
どのように発展させるか？ってことだと思うんだが、
構造屋さんは、構造をきめるだけでよいのか？
それとも、次の展開のためのideaを捻出すべきか？

>>265
前の方にも出たけど、結局両方必要では。
怒濤のごとく構造を出していくだけの作業も大切。出て来た構造を
じっくり扱うのも大切。
まあ、一方だけがへんに注目されるところに問題があるのは確かでも、
両方とも必要なことには変わりはない。

>>266
それはまさしくそのとおりだと思う。
ただ一時的に「怒涛のごとく機械的に構造を出す」という
プレゼンが予算獲得に効を奏したというだけ。
「基礎研究の予算や成果にも外部評価を」なんて、理解の
乏しい国民納税者財務省あたりから圧力かけられて、
「数値目標がもともとあるから、中間評価もラクに違い
ない」と文科が腰砕けになったのがいけないのさ〜。

なんかよ、生物屋ってアンチ理論な人多くない？
構造って結構
数学、物理的なフレイヴァーがあるからさ。

漏れ構造屋なんだけどさ、研究室はつらいです。
何がつらいって「ピペットマンも握らないで毎日毎日パソコンやって、
何やってんの」的な目線がつらいです。
構造専門でない研究室の構造屋さん（構造担当とでもいうのか？）、
どうですか？

ぼくも今までずっとそういう研究生活だった。
今では快感でさえあるw
wet scientistはねぇ、４０歳過ぎるとつらいよー。
これからは計算できないとますます大変。

ありがとう。なんだかちょっと勇気付けられました。
構造屋といってもまだ学部生なので、理論を理解して、サンプルデータ
から電子密度→構造出すのがやっとですが。
一応結晶化とかもやるんですが、いかんせんドロップ作ってふたして
おしまいじゃないですか。
他の人がやってる、やれシーケンスだPCRだっていう、いかにも生物っぽい
実験はないので、はたから見ると「実験しないダメゼミ生」っていう
扱いなんですよね。こっちだっていろいろがんばってるんですがねぇ。

>>270
ま、がんがれ。
周囲の目にめげずに、やるべきことをきちっとやってる
構造屋さんのことを、結晶の神様はちゃんと見てる。
ウェット実験の片手間に仕込んで分解能があがるような結晶
なんて、とっくの昔にどこかのポスドクに解かれちまってるぜ。

>>239
あるよね〜そういう目線。
俺は構造屋じゃないけど解析の都合上パソコンで計算が多いから。
IF/予算のコストパフォーマンスならおまいらの１０倍以上いいわい！

そう。生物系のアンチ理論派は、数式とか出たとたんに思考回路が
止まるしくみらしい。数式読めることが賢いことにはならないけど、
頭から毛嫌いするのは止めてほしいな。
そんなこんなで「パソコンばっかで何やってんの??」的な視線を払拭すべく、
超簡単に説明したけどダメでした。もういいんです。院から別の、構造専門の
研究室に行くつもりですから。

http://science2.2ch.net/test/read.cgi/life/1054459635/
http://science2.2ch.net/test/read.cgi/life/992530477/
http://science2.2ch.net/test/read.cgi/life/1057995154/
http://science2.2ch.net/test/read.cgi/life/1030796416/
http://science2.2ch.net/test/read.cgi/life/997812180/

構造に関係してそうなスレ一覧

タンパク質科学会万歳！！

>>273
構造屋はある意味生物系の学生や研究者から見ると異端かも
知れないな。おそらくアンチ理論派の人たちというのは、私たちが
行うデータ処理を見て異端に思うのだろう。

構造屋はこれから食えないでしょ

もとから喰えねぇYO!

喰うような研究じゃないし。逆にいったら喰える研究って何？

食える研究→医学系・薬学系・栄養系だとおもふ

塩味のする構造のタンパク作れ

>>280
それは面白いな。

こっちのほうがすごいよ
http://gride.vis.ne.jp/rank/g_ranking.cgi?mode=cate_rank&cate=6&sort=1

塩味タンパクは三大成人病の一つである高血圧患者の「塩」として
使えるだろ。日本みたいな小金持ち高齢者がおおい社会では大儲け
間違い無しだろうな。
仕組みはＮａ＋チャネルを活性化するのか？

Na+チャネルを活性化したら神経ガタガタになって死にそうだが。

ｶﾞｸｶﾞｸ(((( ；ﾟДﾟ))))ﾌﾞﾙﾌﾞﾙ

構造屋って283みたいに生物わかってない人多いよね

血液脳関門を越えなければ、もしくは消化管で分解されればいいだけの話だろ。
味の素なんか思いっきりＮａ＋チャネル活性化するけど、多量に取らなければ
害が出ないのと同じこと。あとは味覚細胞の選択性の問題。

>>285こそ知ったかで基本的な知識がないために応用が利かず、新発見を見逃す口。
ソルジャーなら仕方ないし、そもそもサイエンスに向かないけど、続けたいなら
勉強して出直しなＷ

>>286
「構造屋って283みたいに生物わかってない人多いよね」

たったこれだけの文章で285のすべてがわかってしまうあなたは
甜菜ですね。

↑
悔しかったのねえＷ

おい、Molscriptってどうやったら手に入んだ？
個人じゃくれないのか？

285の負けだな

>>285
生物を分かってるやつなんかいないだろ？
分からないだらけの学問分野だ。
だから面白いんだろ？
それに構造屋がいわゆる細胞生物や分子生物の
知識が足りないとしても仕方あるまい。
専門が違うのだから。

確かに専門外の知識が足りないのはしょうがないよ。
でも>>285みたいに「何も」分からない香具師にはなりたくないな。

いつまでやってんの。

すごく悔しかったんだろ　そういう屈辱がばねとなって
人を成長させるものだ

>>276
それはちょっと違う。
俺の場合、構造の理論は割と評価してる。
マッキノンの仕事なんて本当に凄いと思う。マジで感動した。
とはいえ、理論で説明したら「この構造をこう変えたらこうなる」
と言う予測を立てて実験して証明しないならただの戯言。

あと、生理学関係の学習とか記憶の理論屋はホント訳判らん。
実験的に証明出来なきゃ意味無いって。

>>295
意味が無いとは言い過ぎだけど、
実験で検証できないとつまらないよね。
きっと、理論屋だって実験で調べてくれっ！
って思ってるだろう。
宇宙物理なんか到底検証無理な理論多いし。

>>296
そのあたりが実験科学ｖｓ理論科学の違いなのだろう
理論科学の人は、手を動かせば結果のでる実験科学なんてつまらん
と思ってるだろうし、実験科学の人は、理論科学と妄想SFの境い目が
わからんと思ってるのだから。
だが実験生物学ではあまりに理論を無視して実験にこだわるあまり、
出芽酵母ではこうだったから、真菌では、とか、そういうあるいみ
本当に大事なのかどうかわかんない研究も。

>>289
http://www.avatar.se/molscript/
へ行け。

もうそこへはいってソースは持ってるんですが。
OpenGLがどうのこうの。なんか３DのアプリケーションをDLしなくてはだめなのです
か？

>>299
molscript + インストール
とかでググってみ。

たしかヘッダーに一箇所間違いがあったように記憶してるけど。

爆笑小ネタ集？

>>297
果たして本当にそうだろうか
理論科学の人だって、理論を検証するためには実験的結果、
比較考察の技術が重要だと思っているに違いないし、生物実験で
出てくる再現性や、チップ使いなどの手さばきなどの技術がおのず
と必要になってくることは理解できるはずだ。このあたりはドライ
に論理的に考えようとする理論科学の人達のわりと均等な考え方で
理解しやすい。
問題はひたすら実験科学をしている人で、とにかく実験せんことには
データも出ないし、考察も何も始まらないから昨日も今日も明日も
実験をして、結果、理論的側面を勉強する機会を逸し、理論が弱く
なってしまったというパターンを見ている。それに、自分がどっちの
経緯を歩むかは初期状態、学部とかで生物に入ったときのスタンスに
よるのかと思うが。物理とか数学苦手でというパターンがどのくらい
いるか。
一番滑稽なのは、数学苦手で実験屋になった人が劣等感で理論化学は
役に立たない、おめえらは実社会に役立っていないと糾弾すること。
実験科学屋が大量の予算、試薬などで屍のように築いた無駄データ、
データにすらならない産物があることも正しい。営業でもの売ってい
る人から見ればその実験科学だってｔ、例えば企業的活動では無駄な
行為なのだ。http://www0119.sex.life-navi.jp/

>果たして本当にそうだろうか
>理論科学の人だって、理論を検証するためには実験的結果、
>比較考察の技術が重要だと思っているに違いないし、
そんな理論科学屋が多ければ、日本の理論生物学界ももう少し
まともになっていたろうけどな。おい、もう少し現実に目をむけ
てくれ。
ひたすら実験科学しかしない、理論考察が乏しい人たちも、もっともっと
そういう人たちがこれからどんどん増えたらよいのだ。日本で一流
とよばれているＣＮＳ常連のラボは、たとえ東大であってもほとんど
がワーカホリックな一日３６時間働いているようなラボばかりだ。
そういう理論が弱いという人たちが、実験量だけを競うような競争を
繰り返しているうちに、一部から理論も実験もすごい、っていう研究者
が出てくる。
だが逆はありえないのでは？実験はしょぼしょぼだが理論はすごいという
人たちがそもそも存在しないし、そういう人たちには競争すらありえない。
理論科学には目で見えるような競争はありえないのだから。
ポスト占拠してのほほんとやってられる時代は、独立法人化と同時に過去と
なった。

自演うぜえよ。死ねよ。
なんか反論できるか？糞>>302=>>303

>>302-303

302のいう実験科学というのはどの分野のことなのかわからないけど、ここは構造生物
板だから生物っつうことに限って言うと、確かに生物学会は少し理論を軽視する傾向
が強いよね。とはいえ生物を物理みたいに数学的モデルでもって説明しようとするのは
並大抵の論理力じゃできないと思う。このあたりで一発生物界のアインシュタイン
みたいなのがでてきてくれるのかと期待したいが、素人ながらあと数十年はムリだろうな。
物理の歴史で言ったらまだニュートン以前なのかもしれないし。

私もかげながら理論科学を応援しています。もちろん構造専攻ですから、
実験もしますが。実験しかせずに、考察にかける時間がないなど甚だ本末
転倒かと。せめて統計処理ができる程度の数学を身に付け考察しないとね。

ここは構造板だから割と物理・数学・情報もわかる生物屋さんが多いのでは？

>>303
いや、理論科学屋はつねに価値がわかりやすい意味を求められ続けら
れている上に、半ば自戒のように認識しているだ。君の見ている現実
とはごく狭い世界にしか思えない。いわゆる一流大学、普通の大学、
企業、海外の大学、企業、国研究所を見ていれば解るはずだ。
だいいち、実験はだめで理路が凄い人などと言っているが、理論科学屋
は実験屋とコラボして仕事するってもんだろう？だれも一人が実験科学
と理論科学をやればよいといっているわけではない。そこら辺の視野の
狭さと柔軟な考えの欠如が一日３６時間も働いちゃう精神につながるの
だろう。おれは例えどんなに多くても一日２４時間までしか働けないし、
別のスマートな方法を模索したい。

自演にネタまで入ってうざいことこの上なし。


















死ね。

>>299
OpenGLは、-gl オプションをつけて起動して、interactive modeで使用する時に必要。
なくてもインストール可能だが、分子を表示する向きなどを決めるのに便利なので
OpenGLを入れてからmolscriptをコンパイルすることをオススメする。

....間違ってたらスマン。

MolScriptよりPyMOLのほうが良いんでない？
Winでもさくさく動くよ！

＞＞307
うるせー




























うんこちゃん、氏ねよ。

パクってまで煽るなんて、、、、、
オリジナリティーのない貧困な脳みそだねＷ
うるせーとか言って自演認めてるし、もう見てらんない。

自演はsage推奨

>>308〜

みんなアドバイスありがとう。いろいろ調べた結果、私のマシンには
Mesaっていう３Dソフトが入ってるみたいです。molscript -glをやっても
インタラクティブモードで立ち上がらないところをみると、molscript
じゃなくてOpenGLのほうが問題みたいですな。

>>Pymolね。試してみるよ。

307=311=312
なに怒ってんの？からかってごめんね。

仕方ない、許してやるか。もう調子に乗るなよＷ

奇形児を見たことはありますか？ これは北海道の網走市であった話です。
古塚美枝さん（当時２３） は、いわゆる売春婦でしたが夫がいました。
しかしその夫は働こうとせず、酒に溺れる毎日、そして酔うと必ず美枝さんに
暴力を振るいました。８３年の夏、美枝さんは体調を崩し病院へ行きました。
原因は妊娠によるつわりなどでした。売春婦であった美枝さんは、
まず誰の子なのか考えましたが夫の子である事を確信し、
早く報告しようと急いで帰りました。しかし夫は自分の子とは信じず、
中絶を命じました。 それから５ケ月。結局美枝さんは中絶を拒み、
生むことを決意しましたが、夫は従わなかった事を不満に思い、
さらに暴力を振っていました。 そしてその日夫は美枝さんの腹部に
膝蹴りをしました。する と、美枝さんの股間からは溢れる様に血が流れてきました。
そして美枝さんは崩れ落ち、声にもならない 様なうめき声で唸りながら
........流産でした。夫は慌てて家を飛び出して行きました。何故？
それは生まれてきた子供が余りにも醜かったからです。目はあべこべに付き、
片方の目は眉毛の上に付いていました。鼻はだらしなく直角に曲がり、
口なんぞは縦向きに、しかも耳のつけねから裂け目の 様に付いていました。
動きもせず、ただこちらを眺めていました。 それからどうなったかは分かりません。
ただ、この話を聞いた人は最低３日間気を付けてください。
うしろで何か気を感じても振り向いて いけません。
それはあの子があなたを眺めているから。 10分以内にこれを
掲示板の5箇所に貼らなければそのままあの子は離れて行きません。
お気を付けて。　

>>313
OpenGLのフリー版（LINUXとか）がMesaです。
あと、Mesa以外にglutのインストールが必要。

ＯとかMolScriptとか、分子表示ソフトは皆Mesaとglutが必要なので
少々苦労するが、頑張って入れてください。
Winでも提供されているソフトだと解凍すればすぐに使えるのでめちゃ楽。

>>315
この低人格、くそったれ死ねや！調子に乗ってんじゃねえ！

と怒ったふりをしてみた。びっくりしちゃったかな？うぷぷ。

誰か>>318に病院を紹介してください。

protein3Kのあと業界どうなるの？

>>318
あーびっくり！お疲れ。

>>313
どうもそうみたいだね。仮にMesaで動いてもオンボードのグラフィックカード
じゃちょっと大きいタンパクだと動かせなかった。ためしにGloELを表示
させてみたけど動かなかっよ。

連休明けにGFORECEでも買うかな。

>>319=321
そんなにおこることじゃないんじゃないか？

>>314=>>318=>>323

ずばり構造生物屋のバックグラウンドって何なの？
構造生物　とかじゃなくて、あえて物理系とか生物系とかってわけられる場合。
数学屋で構造生物学で頑張った人っているよね？

あたしゃ、お医者さん系....

>>326
疾病のメカニズム探してるんすか？

構造生物といってもいろいろあるわけで。

「構造予測」には数学者や物理学者が多いのかも。
「結晶構造」にはいろんな人がいる。構造そのものの研究じゃなくて、
途中経過で構造やりおる人が多いのでは？

バックグラウンドとしては生物、物理、情報だろうな。あと数学。

どれに重きをおくかはその人次第。

ていうか立体構造は出発点です。

数学者や物理学者であえて構造予測を選ぶ人って、なんで
そうしてるんだろうね。
高校で数学に進もうと思った→将来金にならない（と思った）
→バイオで何かやることない？→結晶構造
or ついた先生がたまたまそうだった
数学者であることと別の分野の人が数学が得意でその知識を活用する
のは違うけど。

>>329
君の場合な。

質問なんですけど生体高分子の構造と人工の高分子の構造って基本的にどう違うんですか？

全体としての（大域的）な物性が多彩なのがタンパク。foldingによって
硬い構造も柔らかい構造も自在に作られる。もっともそれは進化のなせる業だが。
人工の高分子では大きなまとまった機能を実現することは難しい。

>>327
うーん、どちらかと言えばお医者さんからの逃避....

この業界MDは少ないよね

>>332
> 人工の高分子では大きなまとまった機能を実現することは難しい。

では高分子蛋白を人工的に合成した場合、その人工の高分子も
大きなまとまった機能を実現することは難しいのですか？

>>331の質問はナンセンスだと私は思う。

>>330
> →バイオで何かやることない？→結晶構造

結晶になったものなんて生物じゃない。

数学屋は確率変分方程式とか整数論、リーマン積分なんかが頭にある人
たちなので生物の構成要素の一つであるタンパク質が結晶化した構造を
解くときに、普通同じくくりで考えるだろ。

>>336
じゃNMRでやれ。
何はともあれ目に見えないタンパクを、ひたすら
機能解析なんて楽しいか？
楽しいかどうか抜きにしても、構造なしで進めた研究は行き詰まる。

>335 学生の言葉足らずの文章をうまく補って読んでやることですな。
335は、ほんとにナンセンスと思うなら、　気が利かないって言うか、致命的だな。

>>338
>何はともあれ目に見えないタンパクを、ひたすら
>機能解析なんて楽しいか？
売り言葉に買い言葉だろうが、ちょっと言い過ぎだろ。
構造が重要なのは当然だが、必ずしも構造を決定しなく
ても研究は進む。構造解析ができない研究者はダメとでも？

進むけど本質的な問題は解けないよね。あと応用するにしたって
構造は必要。すでにそういう時代なんじゃない？

最近はタンパクに関しても専門化が進んできてて、何も自分とこで
構造から機能まで全部やらなくてもいいんじゃない？

まあ人の嗜好は様々ってこった。

構造でといたイメージがあった方が（気持ちいいし）、
機能解析するにしても、知的に楽しいと思う。

>>341
その応用って何ね？

>>341
うーん、逆に構造も手法の一つになっちゃって、ある意味だれでもできるか
ら、機能をやっている研究室でやった方が良いんじゃないか？

誰でもできるというならやってみたら？

>>342
薬学系の研究ならリガンド探しとかじゃない？
あとは複合体の結合部位探したり。
うちはリボソームやってるけど、共同研究先がが複合体の結合部位
を予測してたぞ。もっとも、それをやるには片方が構造わかってないと
ダメだけどな。

構造情報を応用することはいくらでもあるよ。

構造はもう終わりでしょ。

何で？

>>341
>最近はタンパクに関しても専門化が進んできてて、何も自分とこで
>構造から機能まで全部やらなくてもいいんじゃない？
だから、そこが嫌なんだって。俺はもともと構造系の研究室で学位を
とったのだが、対象タンパクは他の研究室の人が見つけたモノだった。
100%ではないけれど、多くの構造解析系の研究室は他の研究室で
機能解析されたタンパクの構造を頼まれてor解析させてと頼んで、
研究してるでしょ。それが嫌で、今は分子生物系の研究室で自分で
対象タンパクを見つけられるよう修行中。将来的には自分で発見した
タンパクを自分で構造解析したい。分業は効率は上がるだろうけれど、
歯車になってしまう気がしない？

>>348
はい、君は頑張っているから、図書券千円分あげる。

>>346
ねえ何で？

>>350
ＭＤは参加しないから。
わかったぼくちゃん？

>>348
嫌だろうと何だろうと、現にそういう方法でしか研究効率上がらないから
仕方のないことだと思うのだが。まさかクローニングから精製、結晶化
、構造解析まで一人でやるわけじゃないだろうし。
みんなで持ちつ持たれつなところが生物系のいいとこじゃないかい。

そのタンパクを発見するのだって、先に誰かが生命現象を発見してて、
それの原因となるタンパクを探してくれって頼まれたのかもしれないし。

歯車というよりは必要とされている仕事をこなしてることに何ら不満
はないのだが？

>>352
構造を解いて、これまでの機能解析の論文にあってるとかあってないなんて言う
自分で実験していない、機能的な解釈は他の論文から拝借した話しを並べる
のがちょっと嫌になったのよ。
最近はNatureなんかでも構造解析 + vivoでの機能解析なんて論文も
増えてきたじゃない？構造だけ解いていればいいという時代は終わりつつ
あると思うんだよね。分業した方が効率もいいし、それぞれの専門の人の方が
実験の精度も高いとは思うけれど、「自分でやりたい」ってのは研究者として
普通の希望じゃない？まあ、俺はまだポスドクだし、今選んだ道は失敗かもしれな
いから、偉そうなことはあまり言えないんだけどね・・・

>>351
ﾊｱ?　何でＭＤが出てくるんだ？
勘に触ったのかな？

いい心がけだ。>>340
結晶化までならインキュベーターと顕微鏡があればどこでも可能。
結晶が出たらコラボ先はいくらでもあるだろうし。

国内の構造専門のラボのほとんどは解けるモノから解くやり方で、
どうしてもこの構造が解きたい、っていうこだわりは無いから。
逆に最近はこだわりを持っているラボからのいい仕事が目立つね。
豊島研、難波研、廣川研、森川研など。


ほんの５年前までは構造だけで一流紙に載ったけど、今はまず無理。
「このAspが活性に重要と思われる」って書いたら必ず査読者から
「Aspを潰した変異体のデータを出せ」ってコメントが来る。
今までの成功体験が染みついているのかも知れないけど、その辺を理解していない
ボスが多いね。

>>355
おほめに預かり、光栄でございます....

>>352

まぁ「自分の研究テーマだから自分で顛末を見たい」というのは普通な願望
だろうね。しかし実際研究で食う身になればどうしても効率が求められる
わけで。学生のうちはそれでもいいかもしれないけど、仕事としてはやっぱり
分業せざるを得ないのが現実じゃないかな？

>>355
活性中心はミュータントのアッセイがあってはじめて成り立つものかと。
それとも最近はコンピューターが発達してきてるから、計算機的手法でも活性中心
を検討できるのかな？
インシリコでの議論はあまり専門でないかわからんが。

自演スレ

>>355
ありがとう。理解してくれる人がいるとうれしいね。
器用貧乏にならないよう気をつけたいと思ってやってます。
>>356
詐称。まあこれも2chの華か。
>>357
100%自分でやるのは不可能なのは事実なので、どこまで
自分のこだわりを持つかだと思うんだよね。今は、俺はもう
少しこだわりたいというワガママでやってるだけですな。
>>358
他人をほめるレスがあると全部自演に見えるあなたは
2chのやりすぎです。

>>358
他人をほめるレスがあると全部自演に見えるあなたは
2chのやりすぎです。

って真人間の人に言われているよ？

生物系だと現実に存在する構造でないと意味がないと皆が思っている。。
ところが、例えば脂質膜のMDｼﾐｭﾚｰｼｮﾝをしている物理屋からみると、
現実の系とは、可変パラメータがある値をとった一つの例に過ぎず、
パラメータを変えていくと膜がこんなに変になった、
などと解析するところが醍醐味だったりする。
そういうように、敷かれたﾚｰﾙの上を走らないで済む分野に人は流れるだろう。

タンパクの結晶構造解析は、もちろん大事だが、研究に必要な「夢」がなさ過ぎる。　少なくとも私には。。

>>361
ふむ。タンパクの結晶構造解析は重要だけれども、ただたくさんの
種類の蛋白についてその構造を解析するというのでは、
蛋白の構造の博物学になってしまう、と私は思うわけです。
それはさまざまな代謝回路を構成する酵素や基質を明らかにする
生化学も同様で、これは代謝回路の博物学になってしまっている
のです。
そうではなく、それらの蛋白の構造や代謝回路に共通する原理、
私などはこれを明らかにしたい。

>>362
タンパク3000にケチをつける気か！

まあ理想はわかったから
２ちゃんなんて見ないで
井の中のカエルにならないように
まじめに実験しましょうね

まだまだ博物学にもならないと思うが。
構造は、まだまだデータの積み上げ段階だと思う。統計的、もしくは
帰納的解釈はこれかさきの話しかと。
構造の理論は理論で大事だけど、一部の理論物理みたいに理論が先行き
過ぎちゃうとよくないのでは？

>>361
でも一部の「原理主義者」は総スカン食ってるからその辺の
バランス感覚を大切にしてみてください。
思うに
「博物学」→「時代遅れ」→「袋小路」
　　　　vs 「原理主義」→「古典的生物学より偉い」
というステロタイプ二元論が鼻持ちならないからなんだから
だと思うよ。
博物学やってる人たちは博物学ですでに何個も論文だしてたり
するわけなので、「原理を見つけるんだ」という意気込みの
人たちも、しっかり見つけてから偉そうにすればいいのに、と
思う。
意気込みだけで熱くカタラれても・・・なぁ。

自演スレ

>>346 構造はもう終わりでしょ。

よく聞く台詞だけど、終わりようが無いと思うのはオレだけだろうか？

ＰＤＢにデポジットされていないタンパク質はたくさんあるよ。
数に関して言えば、
国内の３０００プロジェクトが終わろうが、国際コンソーシウムが終わろうが、
それでもなおターゲットとなるタンパク質は残っているはず。
巨大プロジェクトの完了で、全てのフォールドが出尽くしたことにはならないから、
プロジェクト完了後でも新規フォールドがお目見えするかもしれない。

また、構造を解いても機能が説明できない場合は、
構造生物学者とか分子生物学者とかの区別無しに、そのタンパク質がどのようにその機能を示しているかを探究することも大切でしょ。
フォールドで機能を説明できるわけじゃないから。

>>365
＞構造は、まだまだデータの積み上げ段階だと思う。統計的、もしくは
＞帰納的解釈はこれかさきの話しかと。

いつまで経ってもこんなことばっかり言ってるから博物学から進まないのさ。
実際、生物系はこういう奴が多い。どうせ教授にこき使われることに慣れて
しまって、データを積み上げることが研究だと思い込んでいるんだろ。

＞でも一部の「原理主義者」は総スカン食ってる

これも原理主義者の方が悪いのではなく、そういう態度をとる博物学的
生物学徒の方が問題なのさ。

＞博物学やってる人たちは博物学ですでに何個も論文だしてたり
＞するわけ

そう。こういうデータは数例あればいいこと。

>>368
＞ＰＤＢにデポジットされていないタンパク質はたくさんあるよ。
＞数に関して言えば、
＞国内の３０００プロジェクトが終わろうが、国際コンソーシウムが終わろうが、
＞それでもなおターゲットとなるタンパク質は残っているはず。

こういうのを博物学のすすめというのさ。
そういうことは若いのに任せて、今までに知られているものから共通原理を
導いてみなよ。

３６８です。
>>370
立場が違うから考え方が違うのだと思いますが、
そういう意味ではなくて、
自分のターゲットとしているものがすでにＰＤＢにあって、それで全て説明付けられればいいでしょうが、
現時点で登録されていなくて、３年後でも１０年後でもデポジットされるとは限らない。
その生命現象をひも解きたかったら、構造を解いてみればいい。
ＰＤＢに登録されていても機能の説明ができなければ、もっと深い探求をすればいい。

そもそも、ゲノムの辞書をつくるのと同じような感じでタンパク質立体構造の辞書を作ろうとしている人（博物学の人）は、
個々の機能のことなんて考えていないように思えるのですが。

立体構造辞書に載っていないタンパク質をさがして、それについて立体構造を解けばいい。という主張ではないです。

>>371
この分野の研究者には少なくとも三種類いてね、

1　タンパク質立体構造の辞書を作ろうとしている人（博物学の人）
2　ある特定の蛋白の専門家（井の中の蛙型）
↑あんたはこれ
3　蛋白に共通する原理を導く（物理学的）

私は3でありたいな、ということ。

>>359
がーん、詐称呼ばわりされた。ま、2chじゃ、しゃーないか。
でも、近々また新しい論文が出るのでよろしくー。

>>372
その原理というものは昔からいろいろ議論されてるわけで。
アンフィンセン以降いろいろ議論があるっしょ。

ま、いずれにせよ実験ありきの「原理」なわけであって、実験事実に基づかない
「原理」は机上の空論かと。

その「原理」ってのが構造・機能の関係性のことなのか構造形成のことなのかわからんが
いずれにせよ一朝一夕で解けるものではないのは明らかだ罠。数学的にも物理的にも。

372が構造生物界のアインシュタインになってくれることを祈ります.......。

>>374
> ま、いずれにせよ実験ありきの「原理」なわけであって、実験事実に基づかない
> 「原理」は机上の空論かと。

もちろん、その原理を導くために博物学者や井の中の蛙どもがやった実験から
得られた事実を用いるのだよ。何も自分で実験しなくともよい。

何か腹の中が明らかにわかる暗い議論だね。
俺は今ハーバードにいるのだけど、
一度海外で働いてみると良いと思うよ。ガンガレ。

>>375
まぁあなたごときに解ける代物ではないことも確かですがね。

>>377
この阿呆！

なにやら香ばしくなってきたなｗ

全くだ。お父さん怒っちゃいました。

>>372
俺のお勧めサイト
http://www.princeton.edu/~hecht/research.html

ヘクト来たか。。

>>381
(i) design and construction of novel proteins; and (ii) probing the sequence determinants of amyloid formation.

なるほど。でも、私のしたいことはこういうことじゃない。

側鎖のパッキングをほとんど考慮しないでつくった
αヘリックスバンドルの多くが、ヘム、COと結合するなんて、
俺には衝撃的だったがな。。。

>>384
そういうことじゃなくて、うーん、たとえば生体のもつ色素に
共通する性状は？とかさ。

>>384
その論文はちゃんと読んでいないのだが、αヘリックスバンドルの内側に
疎水性残基がかたまって存在するから、疎水性度の高いヘムはバンドルの
内部に入り込みやすいってことだけじゃないの？COに関しては遊離の
ヘムでも結合可能じゃなかったっけ？

３６８＝３７１です。話を逆戻しして申し訳有りませんが、
>>372　ある特定の蛋白の専門家（井の中の蛙型）

「ある特定の生命現象の研究に関して、その生命現象に関与する数々のタンパク質の構造を解く」も「井の中の蛙」でしょうか？

>>387
そもそも「井の中の蛙」をまに受ける事はない。
１つのタンパクを徹底的に解析して、はじめて分かる事もあると思う。
ATPaseの回転の話なんか面白いじゃないか。
深く追求すれば裾の尾も広がり、多くのタンパクと関連する
事象を見つける事もできるかも知れないよ。

>>387
博物学的井の中の蛙（w）

>>388
井の中の蛙、大海を知らず
されど空の深さを知る

Ａさんは富士山のてっぺんまで登ったとする。
Ｂさんはいろいろな山の梺から中腹辺りまでを登ったとする。
富士山のてっぺんからは、いろいろな山を眺めることができるんだよ。
一方、Ｂさんは茂みのなかに埋没し１つの山の概観も眺める事無く終わって行く。
私が言いたいのは、１つの事を極めると、多くの他の事も見えて来るってことなんですよ。

と言う考え方も成り立つと思いませんか？

熱い議論でなかなか興味深いところ恐縮だが、
急遽、構造系の論文を読まなきゃいけないんだけど
根本的な原理がわからんのよ．
入門レベルで一日2時間くらい勉強して、一週間くらいで
マスターできる教科書で皆さんがおすすめなものがあったら
紹介してくらさい．数学は大好きです．

数学が好きなら、丸善の計算機化学入門byｻｸﾗｲ＆ｲｶｲが良い。
生物系のタンパクの本は、原理を書いていないのでｲﾏｲﾁだしね。
丸善のが終わったら、江口さんのタンパク質工学の物理・化学的基礎
を図書館で借りて読むのが良い。　ただしX線やNMRの方法論までは詳しくカバーされていないので、生命科学のための物理化学　などの本をすすめる

>>392
何で根本的な原理を知らなければならないんだ？
何が分からないのかここに書け。オレが分かる範囲で答えてやる。












分かる範囲でな。

そもそもなんで、chemical reactivityなんてあるのかな・・・

この文章を見た人は、２日以内に死にます。
死にたくなければ、この文章を、コピペでもいいので、
10つのスレに書き込んで下さい。
そのスレは、それぞれ、別のジャンルのスレへ貼って下さい。
これを守らなかった子が、何人も、交通事故で死亡しています。
これは本当の話です。そのリストがありますので、見て下さい。

強姦者犯人↓

孫策　いおりc（１６，７）　　泣き虫　ゆうとｓ（４０）　
峯川　綾佳（１１）　

レイプされた者↓

安谷屋　麻子（１５）　湯川　妃夏（１２）
小日向　柚香（８）　部田　奈々（１０）

強姦は、いずれも重症だった、
本人はショックを受けているという。
また、いずれの７人は、あめぞうによく来ていた

>>396
どうして死ぬのか生物学的に教えなさい

>>393
ありがとう.俺の能力じゃ14時間では無理ですが、
挑戦します.
>>394
何がわからないかわかっているなら質問をそのまま書き込むです.

>>398 =392
困った奴だな。
分子生物学や細胞生物学の人が構造の論文を読まなければならないって、
原理まで理解して読む必要が有るのか？
図にある構造の意味が分からないってんだったら、レジェンドやテキストを読むべきで、
（それは構造の論文に限ったことではないと思うけど）
そこを読んでも理解できないってンだったら、ここで質問すれば親切な人が答えてくれるよ。
論文の中には、構造の人向けに書かなければならないことも有るし生物屋向けにメッセージを発している所も有ると思う。
構造の人向けの部分まで理解する必要があるのか？

いいんだよ。　世の中には、分子細胞生物と量子化学を両方やっている人もいますよ。
深い理解に到達することで方法論や原理を含め広い視野に立てる。

1　タンパク質立体構造の辞書を作ろうとしている人（博物学の人）
　　↑　俺はこれ。
2　ある特定の蛋白の専門家（井の中の蛙型）
3　蛋白に共通する原理を導く（物理学的）

俺は博物学至上主義者だからさ。
ていうか根本的に「３」については信じてないのね。
蛋白質に共通する原理って、もうすでに確立されている
基礎化学（ペプチドとかアミノ酸の化学）以外の原理なん
てあるの？その仕事はもうすでにアンフィンゼンがノーベル賞とった
時点で終わってるんじゃないのか？　って思うんだな。
どんなにがんばってアンフィンゼンドグマの｢例外処理ルーチン」
追加したところで、ノーベル賞級の研究にはいきつかないなんて
ことくらい、うちの学科じゃラボ配属前の3回生でも知ってるぞｗ

きっと生物のバックグラウンドのない物理屋さんが、生物への夢を
熱く語っちゃってるんだね

>>399
おまいの言うとおり！まったくもって否定しないでつ．
でも最近思うわけよ．最終的には構造かなって．
くっついてるくっついてないっていうのをいくらバンドで示したって
たまにフラストレーションたまるでしょ．実際にくっついてるのが
視覚化できたらすっきりするのに．
で、俺の読んでる論文が俺の研究にそこそこクリティカルで、
何番目のアミノ酸のどの原子が亜鉛と共役電子対を形成してとか
書かれてるのを見るとど素人の俺からしたらホントか？
って思っちゃうわけよ．いろんな変数のテーブル見たって
さっぱりわからんし、ココは一発勉強しようかなって思った次第でつ．
>>400に書いたるように両立とかまで考えてないでつ．
勉強していくうちにわからんところがあったら質問させてもらいます．
そんときはよろしくおながいします．

博物学至上主義者

すなわち

ソ　ル　ジ　ャ　ー

>>401
前々から思ってたけど生物学者は頭が悪いから、物理学者にしばらく生物任せたら10年くらいで生物学が完成するはず。

>物理学者にしばらく生物任せたら10年くらいで生物学が完成するはず。
ぷ。脳内で自家中毒おこしてるな。
そういう意味の完成だったら、「生物学はもうとっくに完成されていて
物理学者の出る幕なんかない」が正解だよ
せめてシュレディンガーの「生命・・・」くらい読んでから
かきこしにおいで　ぼくちゃんたち

>404
今は「生物学」なんてひとまとまりにできるほど簡単な区分はできないのよね。
ここにいる人のように、構造専門の人はバックグラウンドに物理や数学もっとる
人もいれば、情報系から構造にきとる人もおるの。
まぁ、おそらく404は物理とってる工房かなんかで、生物クラスの工房が
馬鹿に見えたと解釈するのが妥当かと。

404の期待を裏切るようで申し訳ないが、タンパク構造形成過程を研究してらっしゃる
方たちは、それはそれは優秀な物理学者の皆さんです。
どれもみな10年以上研究されているテーマが多いですがいまだに完成のめどはたって
オリマセン。

ま、大体「物理vs生物」みたいな対決姿勢にこだわること自体が時代遅れ
なのでは。
と化学屋が隅っこでつぶやいてみる。

>>405
でもファインマンは生物屋はバカだと言ってましたが？
お前はノーベル賞学者より偉いのか？

生物屋がバカだ（シュレディンガーより）ということについては
別に否定しないよ。
ていうか、だからこそソルジャーの出番なのだ。
別にシュレディンガーやファインマンより偉くなろうとも思わない。
だから、そういう意味ではおわってるんだってば。何回もいうように。

その上で、ソルジャー以外の404が妄想するところの理論屋が
いまさら生物にやってきてなにかすることがあると思ってるのかって
ききたいわけさ。
残っているのは力仕事と博物学だけだから、博物学をやればよい、
といっているのさ。これ以上(物理屋的に)新しい普遍的な現象の
発見はないだろう。複雑系もカオスもネットワーク生物学も
博物学を記述するための単なる化粧直しにしかならないんだから。
ともかく実験生物学をやる気がないんだったら、404の出る幕なんか
これっぽっちもないよ、残念ながら。

いままで他のスレでもソルジャーvsブレインという対立の構図が
随所にあったけど、ブレイン派が、開き直ったソルジャーに勝てた例しが
ないんだよね。
理由は簡単で、ブレイン派の理想としている理論生物学者（？）藁、
で成功した人ってシュレディンガー以外にはいないからなんだよね。
それっていったい何年前の話だよ(藁)。

だから404が主張するように「生物学が終わって」いても
俺たちソルジャー系（とソルジャー上がりの）実験生物学者は
何にも困らない。部外者が「終わってる」「困った」といってるだけで
そりゃ単なる脳内自家中毒なんじゃないの？といいたい。ま、物理屋には
そういう脳内さんメルヘンさんが生物系よりも多いのかもしれないな。
頭のいい人たちは大変でちゅね〜。ま、シュレディンガーを超えるためにまずはハミルトニアンの
記号の正しい書き順でも練習しろってこった。

＞だから404が主張するように「生物学が終わって」いても

終わったなんて言ってませんが？

>>405
必死だな(w)

>>411
そこ！弾幕薄いよ！何やってるのっ！

そこで意識とか、自由意志の問題が出てくるのだが・・・

生物屋は「自由意志」はあると思う？

生物が機械であるということに関しては、ここの人は異論ないよね。
では、人工の機械と生物は根本的にどこがどう違うんだろう？

どうもうまく言えないな。
生物が化学反応機械という機械の一種であることに関しては、ここの人に
異論はないよね。
だが、材質の違いを考慮してもなお、生物という機械と人工の機械とは
なにか根本的に違うものだと私は感じる。その感じの違いはいったいどこから
来るんだろう？

＞残っているのは力仕事と博物学だけだから

いや、そんなことは全然ないんだけど、本人がそう思い込んで
勝手にやって後から尻馬に乗る分にはいいんじゃん？

>物理vs生物
だってさ。ﾌﾟﾌﾟﾌﾟ。
物理はモノのことわり例えばルールなどを支配する原理を求めて
自然現象を明らかにする学問。すわなち方法論やアプローチ。
生物は対象そのものを規定している。
だから対象としての生物で起きている現象を理解しようとすると、
物理的なアプローチが出てくる場合もある。
生物ｖｓ化学はそもそも同じ土俵で比べるものではない。
中学で物理生物化学と出てきたから（まあ教育にはまっとうな分類だけど）、
そんな対比が出てくるのかも知れないけど、まーだまだ学問を知らないね。

>>417
なるほどね。

>>415
あの...生物の定義って何でしょうか（ヒント：自己複製、自立性）。
俺は機械の定義の方がどうも解りません。
機械工学出たのに。

>>419
＞（ヒント：自己複製、自立性）

これはその辺の教科書にも書いてあることだが、私は別の考え方をもっている。
人工の機械というのはすべて人間が設計した、つまりトップダウン方式で製作されて
いるのに対し、生物は完全にボトムアップ方式でのみ形成されてきた構築物だということ。
どちらも物理学的作用に従っている（物理法則に従っているのではない）という意味で
「機械」だ。

なぜ物理学的作用と物理法則を分けたかというと、今のところ、物理法則は自然に存在する
物理学的作用をすべて記述することに成功しているわけではないだろうから。

>>420に補足すると、
人工の機械というのは既知の物理法則のみに従って製造されているが、
生物は未知の物理学的作用、または人間にはコントロールできないたぐいの
物理学的作用に基づいて構築されている可能性がある。
「人間にはコントロールできないたぐいの物理学的作用」とは、たとえば
溶液中での分子（酵素を含む）の挙動などが含まれる。

なんかね、物質をうまく混合しさえすれば生物は出現してしまうんだよ。
ただ、たとえば酵素と基質は出会わないことには何も進まず、たとえば
酵素は南極で、基質は北極で形成されたら、この二つの物質は相互作用
しようもないだろう。これらの二物質が偶然、ごく近傍で生成されて初めて
相互作用が生じるんだ。生命出現に要した数億年はおそらく、このために
要した時間だろう。

>>422
いきなりタンパク酵素−基質があったわけじゃなく、おそらく、ほんとうにおそらく
RNAが自己触媒してたという説もあり。

それから、混合しさえすれば生命は誕生するというのもだいぶ極論かと。
初期の『地球』という、特異な環境があって初めて誕生するものかと。
それから『進化』という特異な選択があって初めて生命と呼べるものが出来上がる
ものかと、私は思う。
それは、未だに地球外生命が発見されていないという事実から推察されること
でしょう。しかし、宇宙探査が進み、地球外に生命が発見された暁には422の
言うことは事実として受け止められるでしょうな。

>>423
＞特異な環境があって初めて誕生する

私はこの得意の環境度はズバリ、流動性のある媒体が存在する環境だと思う。
>>422で書いた混合というのも、流動性のある媒体中で生じるということを
想定している。結晶もその内部では化学反応は進行せず、流動性のある表面でのみ
化学反応が進行するのだ。
進化も、「自己複製」を実現した以降は必然的に生じる現象。

私はuniversal biologyを目指している。

>>424
×私はこの得意の環境度はズバリ、流動性のある媒体が存在する環境だと思う。
○私はこの特異の環境とはズバリ、流動性のある媒体が存在する環境だと思う。

おれ的には、日光のｴﾈﾙｷﾞｰが共有結合のｴﾈﾙｷﾞｰに蓄えられる段階と
それを触媒する原始的な酵素の出現、が最も生命を感じさせる。
ATP分解と分子内熱運動はいわばその逆の過程であり、同様におもしろい。。
自己複製は生物らしい大事なｼｽﾃﾑだが、どうも興味が湧かない。

いつから生物の始まりのスレッドになったのですか？
構造生物学のトピックに戻して下さい。

>>420,421
ぜんぜん駄目。人工の機械であっても自己組織化や集積化を利用して
形成した構造物はある。人工皮膚やセンサーデバイスなどを考えば
人工の機械がすべてトップダウンで作られたものではない。
やはり機械の定義がわからない。機械の定義をせずに人工の機械を
定義することはできない。
カオス的である物理学的作用に基づく挙動を示すただの二重剛体振子
は人間にはコントロールできない挙動を示す。

>>420,421
ごめんごめん。ぜんぜん駄目じゃないよ。
君らの議論を僕は支持するよ。すれ違いだけど。

機械の定義：人間が意図して作成したある一定の目的を達成可能な構造物。
生物の定義：自己複製的に恒常的に自立維持可能な、自然由来のモノ。
遺伝子組み換えなどで生物がパワーアップしたりするが、これは
生物なんかねという疑問は自然にでますが、生物じゃないね。
自然淘汰とかで高機能化していないから。
機械ー生物は人間の手が介在するかがポイント。またどの程度介在するかというのがポイント。かっこいい犬とかわいい犬を交配させて強い
犬ﾌﾟﾌﾟを作るのは人間の意図が入っているが自然に発生とする。

スレ違いという人もいるが、私はそうは思わない。
蛋白の構造を解析するのも、そればかりいろんな蛋白で
やるのでは博物学になってしまうが、それに共通する原理を
見いだせばuniversal biologyにつながる。

>>430
じゃあ構造生物学の目的と生物の定義について一言お願いします。

まだまだ博物学、というか総当り的な研究が続くと思うよ。構造は。
一般的性質や共通原理は、構造決定の技術的なブレイクスルーがないと
ムリかと。
水溶性で、比較的解析しやすいといわれても1月はかかるでしょ？
凄腕もっと早いかもしれんが。共通原理を見つける前に、構造決定
技術の革新が先かと。それは結晶化理論かもしれないし、結晶使わない、
NMRでもなくて高分解能だせる夢の技術かもしれないし。
今にシーケンサーのように誰でも、それこそ学部4年のペェペェでも構造
解析できるような技術が誕生すれば、構造の一般的性質について議論できるんじゃ
ないかな？

理論生物学という路線自体は成立するものだと、個人的には
思うが、今それをやってる人間は、胡散臭いと思う。今の奴ら
は、体と使わないこと＝スマートでかっこいいという考えだから、
実験をやるのは、パートのおばちゃんで、事務だって専門の人間
がやるから、研究室の経営だってろくに分かってない。で、考える
のが仕事だっていうけど、そいつらの知識の源泉なんてたかが知
れてる。数学ができるわけでも、プログラムが書けるわけでも、統計
が使えるわけでもない。単に楽したくて、生物選んだのーたりんでしょ。
こんなのに、税金使わせていばらしとく理由なんてどこになるのか
わからない。

>>432
そこら辺のブレークスルーは物理電気機械数学の人あるいは
それらの知識を持つものから出てくるぞきっと。あるいは
最近は生物をやっている人の中でこれらの知識を持つものが
大分増えてきているから、生物屋さんは難しいことを考えられ
ないし、その必要が薄いという時代がそのうち変わってくるん
だろうか。そのうちが１０年後か２０年後か解らないが。
今は生物系でない人の生物方面へのお引越しが多いけど、
知的能力の集積と言う意味で別に悪いことではない。

装置の扱いが簡単になって結果が簡単に出ても、それを
考察して論理的に解析する力を養わねばだめだろう。

はいはい、ごくろーさん。

>>装置の扱いが簡単になって結果が簡単に出ても、それを
考察して論理的に解析する力を養わねばだめだろう

そうだな。異論なし。

ただ、仕事として考えたときに、いまの技術では構造決める手間があまりに
かかりすぎてる気がする。
遺伝子関係の研究だって、シーケンサーの自動化なくしてはできなかった
わけだし。限られた時間内で仕事をするとなれば、やはり技術革新は必須の
課題かと。省けた時間で、もっと高度な議論をすればいいんじゃない？

水の挙動を完全に定式化できて、イオンやらpHやら含めて分オーダーくらいまでの
計算ができるようになればフォールディングを含めて蛋白質のたいがいのことは
計算機内で再現できるでしょ。
物理だの原理だの言う人はそこら辺をやってくれないかい？

インシリコもいいんだけどさ、結局は確かめなきゃいけないじゃん？
生のデータでさ。

そすると、そういう研究といっしょに実験的構造決定技術の革新が必要
なわけよ。

結局のとこ実験屋がすべてパートのおばちゃんに置き換わるのは必然じゃない？

>>437
あれ、そういう人結構いるよね？うまい相互ポテンシャルを見つけるのが
難しいと思われるのだけど。だけどコンピューターに入れたら有限の時間で
何でも出来るようになるわけないじゃない。ノイマン型コンピューターとか
スパコンでぱちぱちやっても気象現象の正確な予想なんて出来ないよ。
計算科学には現象のモデル化、計算アルゴリズム固有の計算誤差、
ソースの問題（計算速度、コスト）など会って、計算の人はこれを意識した
上で仕事していると思うよ。計算機内で何でも出来るっていう表現は
あんまりしないほうが良い（理由は言いません）。

>>436
スループット、仕事効率があがることも重要だけど、議論に必要な情報が
得られれば議論も深まるかもしれんね。実際に構造解析して時間がかかって
ストレスが溜まる感覚、これ私わかります。でも俺は装置を使えば何でも
結果が出てしまうと、議論が表面的なものになる傾向がある気がしない
でない。

>>435
怖い？

>438
だから、うちらタンパク屋がやってる各論も勿論大事だけど、総論に持ってくには
水のことがわからないといかんのではないかと。

>440
いや、だから「たいがい」だし、分オーダーって限定したのだけど。ま、分でも
現時点ではとんでもなくでかいスケールなのは勿論だけども。
例えば、蛋白質のフォールディングって気象の正確な予想よりは変数の数
少なくない？

あー分オーダーね。時間オーダーのことね。わかったわかった。
水大事ね。
>>441
気象予想でコントロールボリュームをどの程度の荒さに
切っているんだろうね。ええと仮に地球全体モデルで
4/3Pir^3で地表から大気方面まで分布とって（荒くても良いかな）
平面は10m四方とすると、えーとえーと、、面倒くさいな。
コントロールボリュームに圧力、速度（３次元）、温度、湿度
の６変数をかければ見つかるかな。
タンパク質のin silicoのモデル
の場合、分子数Ｘ（分子軌道がらみでさらにパラメータ増える？）
×（位置情報）×（電子的情報）Ｘ（その他）
で出るけど、遠いすがりの計算の人いないかな。

>>439
いや、まじ、パッチクランプや細胞インジェクとやってくれる
パートのおばちゃんがいたらどんなに楽か、と。
>>442
計算生物学をよく知っている人のほうが計算機の限界に対して
正直だよね。それにしてもこのスレもりあがってるな。

俺は、機械の定義が知りたかったんだけどな。
構造生物学の目的って何だろう　と言ってみる。

乱暴トーク終了。もうすぐお昼なので飯買いに行くか。

>442
気象予報は海洋科学技術センターにある、世界でトップクラスのスパコンでも
せいぜい1km四方だったかと。情報古いかもしれないが。
変数なんて、取り方次第でいくらでも変わるけど、それでも大雑把に言って
蛋白質のフォールディングのほうが変数少ないと思うけどな。

それはともかく、現状では理論をもとに予測をして、実験と突き合わせるって
ことができてないのよ。
私が言いたいのは、物理だ原理だ言うんだったら、水のクラスタ形成でも
水和でも排除体積効果でもなんでもいいから、水の問題を解決してくれって
ことだ。

構造生物学の目的は、分子生物学・細胞生物学・生化学の論文の
図１にカラーのリボン図をもってくること、なんだけど。
ある意味、レフェリーさえだませれば、それでいい。
共同研究者ですら、信じてくれないことが、よくある。
構造プロテオミクスの方が、むしろ志は高いと思うよ。
何せ、１００００個のインデックスを作ろうっていうんだから。

あ、もちろん、今それに取り組んでいる方が大勢いらっしゃることは知っています。
そういう、地味で難しくて大事な問題に精力的に取り組んでおられる方には最大限の
敬意を表したいと思います。

>>446
随　分　乱　暴　な　こ　と　を　言　う　じ　ゃ　な　い　か　！

ちなみに情報生物学の目的は、構造生物学と図１をあら
そうことだ。いまのところマルチプルアラインメント最強。
PyMolで作った半透明のリボン図が勝つか？
CHROMAで塗った七色のマルチプルアラインメントが勝つか？
明日はどっちだ！

>>449
あちいな。
PyMolとCHROMAか。言葉の意味はよくわからんがとにかく凄い自信と
乱暴な物言いだな。

>>でも俺は装置を使えば何でも結果が出てしまうと、議論が表面的なものに
なる傾向がある気がしないでない。

確かに。その可能性も否定できない。シーケンサーの開発で馬鹿分子生物屋
を多数輩出したのも、これまた事実。
ところが、それを上手に使ってもっと深い議論をした人も大勢いるんじゃないか？
俺は遺伝子詳しくないからわからんが。

しかし、シーケンサーと違うのは構造は三次元情報であって、シーケンスの
１次元の情報よりは数段数学的・情報的にも上のはずでしょう。
構造に関して言えば、シーケンスみたいに単純にあそことここが似てるみたいな
単純な議論にならずにすむと、楽観視してみる罠。
単体の構造決めた上で今度は複合体の問題とかあるわけだから、事はいっそう複雑
になると思う。

>>445
もちろん流動性のある媒体としての水に注目するのは分かるのだが、
この広い宇宙にはアルコールに満たされた惑星や、表面温度が高く
どろどろの鉄で満たされた惑星があるかも知れない。
そんな惑星には生物が出現する見込みは全くないのだろうか？

>>452
乱暴な論理展開ですね。

>>453
そうかな。universal biologyを目指す私は物質間の相互作用、
とくに化学反応は流動性のある媒体中やその接触面で生じるので、
流動性のある媒体は何も水に限定される必要はないと考えるのだが。

地球という辺境の生物学（笑）に拘束されている従来の生物学者には
すでに精緻化された議論が可能なのかも知れないが、universal bilogyは
まだこれからの学問。現在は骨格を固める作業中なのだ。

>>454
そうか頑張ってくれたまえ。ネタかと思った。
しかし、その乱暴な研究対象の選び方、気に入りましたよ。
厚い温泉やマグマとか、高圧力の深海に居るような生物も
対象に入るのかな。地球と言う辺境にも場所様々ね。
深海の不思議生物から不思議構造のタンパクﾊｹｰﾝとか。

非常に盛り上がっている所、申し訳ない。

>>402 何番目のアミノ酸のどの原子が亜鉛と共役電子対を形成して

むかし勉強したことをすっかり忘れてしまったんだが、
亜鉛って共役電子対を形成するんだったっけ。
共役電子対を形成すると共有結合じゃなかったっけ。
金属って、非共役電子対をどこかから供与してもらって、結合するんじゃなかったっけ。
非共有結合だったよ〜な。配位結合って言うんだったかな。

いや〜、とんちんかんなこと言っているかな〜。
化学の教科書が無いよ〜。
何年前に捨てたんだろ。
ｓａｇｅ

金属が絡んだタンパク質を取り扱っている方、もしくは化学の方、よろしくお願いします。

>>456
universal biologyでは蛋白にこだわる必要すらないのだ。

>>457
キレートでしょ。
universal biologyから見て、キレートは生物が色素を生成する
ようになる上できわめて重要な反応と考えている。

キレートっちゅうことは、イオン結合ですか？

>>460
キレート　chelate
（有機）多座配位子が配位してできた化合物．

キレート化　chelation
（有機）1個以上の金属陽イオンまたは水素イオンを環に含む複素環化合物を生成する
ような化学反応．

キレート剤　chelating agent
（有機）金属イオンと2個以上の配位結合を形成しうる原子をもつ有機化合物．

キレート樹脂　chelating resin
（有機）キレート結合により特定の陽イオンに高選択性をもつイオン交換樹脂の総称．
たとえばフェノール部分を8‐キノリノールで置換したフェノール‐ホルムアルデヒド樹脂は
とくに銅，ニッケル，コバルト，鉄(III)に選択性がある．

>>459
なるほど凄い自身だな。だがまだまだ乱暴さに欠け、
迫力のない議論でしかない。もっとその意義について
語ってくれたまえ。

あ、やっぱり配位結合ですか。どうもです。

で、>>402 の場合もキレートっちゅうこと？
一般的に、タンパク質に金属が絡む場合。

>>462
＞だがまだまだ乱暴さに欠け、
＞迫力のない議論でしかない。

アホ。これ以上踏み出すとトンデモになる。

っちゅうか「亜鉛と共役電子対を形成」有り？

>>464
もうちょっと我慢して下さい。お願いします。
最後の決め台詞を用意しているので。

>>465
共役電子対を形成したら共有結合になってしまうではないか

>>467

457のおぼろげな記憶が正解で、402が不正解ということでよろしいですね。

ありがとうございました。

消えますので、議論をお続け下さい。

>>459
>universal biologyでは蛋白にこだわる必要すらないのだ。

たしかに原理的にはタンパク以外でも高性能触媒はできそうだが、仮にあったとし
ても確かめようがないようなきがする罠。まさか自分で設計するなんてムリでしょう
し。ってかそれやったら神っしょ。

もしくは触媒さえなくてもいいと乱暴に議論が展開されるのかな？

>>469
多分、従来の議論のようにタンパク（もしくは核酸）
が主要な構成要素でなくて、タンパクや溶媒、脂質、核酸、微量金属など
を含めた議論がuniversal biologyでは必要と読んだよ。
UB(universal biology）はニューフロンティアなので。

>>469-470
未来のuniversal biologistの中には触媒を自ら設計したり、蛋白や
溶媒、脂質、核酸、微量金属などを含めた議論を行う研究者も出てくる
だろうが、universal biologyの提唱者としての私の考え方は少し違う。

ただいま少々忙しいので、もう少し待ってくれたまい。

ああ、アシモフのエッセイに他の生物系の可能性とかで、そんな話があったなぁ。
宇宙関係だとクセジュからもなんか出てたよね。
日本人では誰だっけ？ 文庫で出してた人いたなぁ。121塩基の配列を11×11に
並べて、ってのは面白かった。O島？ 違ったかな
あと生命は地下深くで誕生した、だから他の惑星にもいるんじゃないか
って話は誰だっけ？ 確か翻訳されることになったはずだよね。
ぜんぜん構造生物学じゃないなぁ。

変異体とかキメラタンパクって結晶取らないでも構造決められるかな？

たった一つアミノ酸が違うだけなのになぜ!？

という感が強い今日この頃。もとの構造が既知として違うとこだけ量子化学
計算とか、分子動力学計算とかで構造決まるか？
詳しい人レスきぼん......。

もちろん結晶が出て、データが出たら分子置換ぐらいは試すけど。

>>473
アミノ酸の親水性が少し違う場合と、偉い違う場合でこんなに
３次元構造が変わりますねという場合の変化も見たいですね。
あるいはその変異のおかげで、２量体が形成されてしまうとか。

そうか。既知構造の側鎖がそっくり入れ替わるだけじゃないのな。

そうなるともし変異体の構造決定を、結晶使わないでやるとなると
構造未知のタンパクを予測するのと大して手間かわらないことになるのか？

あの、一つお伺いしたいんですが、色素はたいていなんらかの金属を
含んでいますよね。ヘモグロビンは鉄、クロロフィルはマグネシウム、
ビリルビンはナトリウムという具合に・・・
例外としてはどんなものがありますか？

>>436
がヒヨコスレッドに行っていました。

>>477
オープンソースな生物系ソフトスレにもいたよ。

1残基変異にしろキメラにしろ、全体の構造は大して変わらなくて
計算でだいたい結晶と同じ構造が出ることもあれば、構造をとらなく
なることもある。あらかじめ変化の程度を予測できればいいけど、
100%確実にするのは難しい。

生体内で金属のない色素って言うと、フラビンとかアントシアンとかか？
GFPの発色団ってのもあるな。例外ってわけでもないんじゃないか。

スレ違いになったらごめんなさい。構造屋さんに聞きたいのです。
変異タンパク質やキメラの構築にDNAシャッフリングが”本当につかえる”テクだと
思ってますか？実際にやったことのある人、うまくいった例等、聞かせて下さい。

何をもってうまくいったというの？
キメラ遺伝子がつくれればいいの？
それとも機能や安定性の増した変異体が取れないといけないの？
どっちにしてもうまくいった例は腐るほどあるじゃん。
もはやメジャーなジャーナルには掲載されないくらい例はあるよ。

>>3のス全部落ちちゃったね

>>3のレスはたしか漏れのような気がする。
今思えば方法論別より総合ｽﾚのほうがいいな。
NMRだX線だと拘泥する時代でもなくなった。

あげてみる

Ｘ線のタンパク結晶化ってどうよ？
http://science2.2ch.net/test/read.cgi/life/1030796416/l50

タンパク質のＮＭＲ
http://science2.2ch.net/test/read.cgi/life/1054459635/l50

Ｘ線とＮＭＲはどっちが凄いの？
http://science2.2ch.net/test/read.cgi/life/992530477/l50

喪前ら投稿するときジャーナルのランクはどう決めてるよ？

N姉妹->PNAS->JMB->Biochemistry->色々

>486
Structureはいかんの？

NSBがだめそうならJBCで、JBCがだめそうならActa

大体、Nature,PNASを狙う。半分はだめになり、BCなどに行くな。

>>436
最近見ないな。
ひよこのことばかり考えていないで、たまには構造生物学についても
考えてはどうか。
たしかに、ひよこのことを考えるのは楽しい。特に君のような漢には
ひよこは楽しいことなのかもしれん。それは認める。
しかし、いつになったらひよこのことを卒業するというのだ？
夢を抱いて墓場に入るつもりか？今一度構造生物学を思い出して欲しい。

↓436
ﾊｧ━━━━━━;´Д`━━━━━━ﾝ!!!!

　　　 (⌒V⌒)
　　　│ ＾ ＾ │＜これからも僕を応援して下さいね（＾＾）。
　　⊂|　　　　|つ
　　　（＿）（＿）　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　山崎パン

なじぇNS落ちで、CELL, EMBOを考えないの

構造生物って構造決定するばかりが仕事じゃないんだよ。
de novo designだってあるだろ。
そんなのCellやEMBOに載らない。

お久しぶりです。最近旧入りの仕事が入りまして。
ひよこはもうどうでもいいですｗ
ただの暇つぶしですからｗ

それから436というのはただの消し忘れで、私の名前でも何でもありません。

>>494
そうですね。
構造生物学のおしごとは確かに構造決定だけではないでしょうね。
まぁよく「図を載せるための研究」などど言われたりもしますが、それは
おおきな誤解と信じています。

構造決定後の応用としてはおそらくリガンド探しや、複合体検索などがあるでしょうね。
それにはX線のみならずNMRデータとの比較もあるかと。

構造生物学は、いままでのブラックボックス的な実験生物がくとはすこし視点
が違い、厳密に物理的な実在として生物（主にタンパクでしょう）を研究でき
るすばらしい学問だと思いますよ。

そうか、日柄一日中ひよこのことばかり考えているのかと思ったが、
安心したよ。

んな馬鹿な（藁

かといって日がな一日構造生物学を考えてるわけでもないけどね。

>>497
違うんだ。

∧_∧
　　　　　 （・ω・）
　　　　 /⌒　　 ｀ヽ
　 n＿/　/.　　　 ﾉ|
　（ヨ＿_/ヽ　　　| |
　 　 　 　 /　　　| ＼＿_
　　　 　 （　　 _ﾉ |＼_∧》∧
　　　　　 | 　 /　/　 （・ω・）
　　　 　　|　 /　/　/⌒　　｀ヽ
　　　　 　(　 )　)　h（ ・　　・) h
　　　　　 |　|　/　（ヨ）　　, (__E）
　　　　　 |　|　|　('ヽ(　⌒Ｙ　)つ
　　　　　/　|＼ ＼ヽ､____人__ノ
　　 　 ∠／　　￣

500げっと

ところで前にX線回折で得たデータを信じない実験屋がいると
いう話があったのだけど、なんだろう。
■　解像度が粗いから信じない
■　結晶化条件によって像が変わるんでないのという疑問
■　構造多形とか
□　構造回折が難しそうで得体が知れないから、
　　　（それに自分で正しいか確認する術も当然ないので）
　　信じない
■　あるいは自分の実験結果に基づくもっと真っ当な理由
なのかな？

>>499　耳ずれているよ。

解像度って何？

たぶんシトウトさんは分解能という言葉を正確に
理解していない、という嫌味でしょ。分解能２A
とは原子座標精度が２Aであると勘違いしてる人
は確かに多し。

確かに。最初に見えるのは電子密度だからな。
そっから手で（最近は自動フィッティングもあるみたいだが）モデル組んでる
から信じないっていわれるかもね。
でも信じないにしても、何を故にして信じないのか、それをいえないようでは
ただの迷信。

あと、結晶化条件によって像が変わるってのは、そらあたりまえです。
タンパク質なんてもともとそんなにがっちりした構造じゃないから、結晶化
条件によって「多少」かわるはず。けどまぁほとんど変わらないと思うけど。

この期におよんでX銭信じない人もいないと思うけど、それでも信じないってのなら
相当な物理コンプか、なにか裏をもってるのだろうな。

ところで、タンパク質が構造的に解かれているかどうかって
どうやって調べるのですか？例えば固有の名前がわかっているときとか。
きっとグラフィックできれいに表示する方法があると思うんですが、
どのようなソフトを使って表示するのが良いのでしょうか。
またその構造をグラフィックで見ると何がおもしろいのでしょうか。

基本的なことばかりですいません。

つttp://www.google.co.jp/

1) ttp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp
検索すると出てくる
searchliteあたりが使いやすいが
ただしインタフェースサイアク
またはentrezを使えばよい
ttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Structure&itool=toolbar
おれはむしろこっちのほうが検索しやすい

2)グラフィックでみるだけではおそらく面白さは直感
できないと思う。藤先生の最新の教科書に立体構造を面白く
みるための手法の解説があるよ。

>>507
できたらレビューキボンヌ。図書館ない。

>>505

タンパク質立体構造表示ソフトの多くはフリーウェアです。
その代表的なものにRasmolがあります。これはフリーウェアでなおかつ
Windows環境で動くので、初めての方にはお勧めですよ。若干のコマンドと
マウス操作に慣れれば画面上で自由に分子を動かして見ることができます。

Linux環境があってOpenGLをお持ちでしたら、Molscriptがお勧めです。
こちらはフリーウェアではありますが、作者に許諾を得ないともらえません。
そういった面で面倒ですが、非常に美しい描画と多彩な機能を備えてますので
より本格的に表示したいならばこちらをお勧めします。
多くの論文や教科書の図はこのソフトをつかってかかれています。

test

>>505
そのほかのソフトも含めてPDB（やそのミラー）のホーム
ページに画像表示のソフトに関するリンクや入手法が集めてあるので見てみるとよいです。

>>508
>507がいっているのはいわゆる「進化追跡法」の
ことだと思います。藤先生の教科書、バイオインフォ
マティクスのスレでも紹介されてました。いい本なのか
なあ？

ttp://bookweb.kinokuniya.co.jp/guest/cgi-bin/wshosea.cgi?W-NIPS=997824896X

本の紹介欄より
タンパク質機能解析のためのバイオインフォマティクス
ISBN:4061538551
本書では、タンパク質の機能解析に焦点を絞り、アミノ酸配列、
立体構造、あるいはゲノムのデータを用いた、さまざまなアプ
ローチの方法を紹介する。
いいかえると、本書では、“手段”ではなく、“目的”に重点
を置いて、情報科学的な解析方法を解説する。

第１章　タンパク質のバイオインフォマティクス
（タンパク質のバイオインフォマティクスのゴール；
進化的情報の利用―自然が行ったタンパク質工学　ほか）

第２章　タンパク質の分子進化（相同タンパク質とは；
分子進化の性質　ほか）
第３章　タンパク質の生化学的機能の解析（相同アミノ
酸配列比較解析の手順；相同配列比較解析の新しい流れ
―ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ　ｔｒａｃｅと関連手法　ほか）

第４章　タンパク質の生物学的機能の解析（タンパク質間相
互作用の進化に及ぼす影響；タンパク質間相互作用の予測　ほか）

第５章　おわりに―進化的情報とバイオインフォマティクス
（進化的情報と共変関係；データの同型性　ほか）

あまり立体構造とは関係ないような気もするのですけど・・・？？

>>512
タンパクって構造に基づいて機能をなしているのだから、
普通に相同性解析とかなど構造と関係あるんじゃないのですか？
あるいは実際に研究されている人の目からは、
相同たんぱく質とかバイオインフォって、構造と別のものと感じ取られるもの
なんでしょうか。
一般論ですが細かいところまでやるとものごとの区別がはっきりしてくる
というのもあるけど、どうなんでしょう？

うん　難しいですねえ
「 タンパクって構造に基づいて機能をなしている」
激しく同意
でも「分子進化は配列レベルで起こり、進化を通じて
特定の機能は保存されたり保存されなかったりする」
とか
「分子進化の過程で保存されがちなのは分子表面よりも
むしろ疎水コア」
とか、どういうふうに統合していいのかわからないくらい難
しいことが、近年たくさん見つかってきているような気も
するんです。

誰かこの分野に詳しい人の降臨キボンヌ

>>514
「分子進化は配列レベルで起こり、進化を通じて特定の機能は保存されたり保存されなかったりする」
「分子進化の過程で保存されがちなのは分子表面よりもむしろ疎水コア」
感覚的にわかりやすいね。勉強になりますた。

また、　ひ　よ　こ　の人来ませんかねえ？

NMRによる構造解析と言えば、田之倉優先生、これ最強！

NMRのいいところって何だっけ？
X線回折と比べて。
結晶化不要、とか、忘れますた。

動的構造変化を読みとることができる

電子顕微鏡による構造解析と言えば、藤吉先生、これ最強！

>>517
そうなの？
彼は構造に関してはド素人なんだと思っていたよ。
勘違いだったようだ。

釣りたいのなら、他の板でどうです？

>>516
呼んだ？？

立体構造って生理、細胞、生化、分生のデータがそろってるとこに
最後の一押しだったからこそ華々しかったんだけど、いろいろ考えられて
あーだこーだ言えて面白かったんだけど、ほかのデータが何にもないと
きついねぇ。
下手すると生理、細胞、生化、分生にネタ提供するだけの存在に成り下がりかねん。
かといって自分で全部やるのがいいとも限らないしな。これから何を
するか考えないとなぁ。

>下手すると生理、細胞、生化、分生にネタ提供するだけ

って、自分の論文の引用数が増えるから、よいんでないの？
構造系の雑誌のIFが下がるのは、構造が出ちゃうとそれで
もう最後の一押しでおしまいになって、あとはreview誌にいちど
引用されたらもう引用されなくなっちゃうような構造が多すぎた
からだっていう考え方もあるよ。
おもしろいネタ、生理や分化の人が興味をもってくれるようなネタを
提供できれば、インパクトあるんじゃないかな？

確かにそういう考え方もあるな。
ただ、ディスカッションができなくて、下手すると論文出せないって
こともあるじゃない？ IFよりは面白い考察がしたいな。
でもそれは前向きな考え方だね。ありがとさん。

　　　　ﾋﾟﾖﾋﾟﾖ♪
　　　　;;''""''';;
　　　 ﾐ,,,, _,,・∋　<<523はひよこ大っ好き
　　 ミ　　 　 ﾐ　　　　　　　　　ぬっころす
　　ﾐ,,"　　"彡
　　 "('/'''(')"

CNSランキングのスレでは
構造生物学でCNSを連発するような独立した若手がいない
らしいですが、どうよ

構造生物学でといいますと、構造だけで論文出すというこうとですか？
今は、まずそのような論文はないと思いますよ。ほぼ機能との関係があるデータ
がそろっているかと。一部膜タンパクなどでは構造で出ていたりしますが。

構造解析した図が一枚でも載っていたら構造生物学と呼ぶかどうか。

つまり、どこまでが構造生物学の論文と呼べるか、そのボーダーがはっきり
定義できない限りそのようなことは議論できないのではないでしょうか？

529です。age忘れました。

　　　　　■■■
　　　　■　　　■　　　ピヨピヨ
　　　　■　　・　＞　　　
　　　■　　　　■
　　■　　　　　■　　　　　　ピヨピヨ
■■　　　　　■
　　■■■■■
　　　　■
　　　山山山　　　　　　　　　(v_v)
　　　　　　　　　　　

最近、東工大ってどうよ？

構造解析の定義って何よ。ここでは普通タンパクだよね。
結晶化後X線またはNMRを用いて、電子密度を求め、
３次元的幾何学的な分子レベルの構造を明らかにする
ことを構造解析と定義する。
構造生物学の定義って何よ。その中で構造解析の意義が
語られると思うけど。どうなん？

構想生物学のことはここが詳しいよ。http://science3.2ch.net/test/read.cgi/life/1082227034/

ん〜〜定義がないと語れないっていうのもロジックとして不完全・・・
定義がないのに個々人が勝手に語っても、議論が収拾しない、ちう
ことだろ？でも、経験的に２ｃｈでいままでに何らかの議論が収拾した
例が、どれくらいの頻度であるんだ？
みんな、好き勝手にかたったらええやないか。

別にそこまで考えてないよ？
俺も好き勝手に構造生物学って何かなーと思ったレベル。
構造解析と違う響きがない？

>>536
一行目はなぜ疑問文？

構造解析は技術、構造生物学は学問（学問分野）でしょう。
技術の開発は応用系の学問だろうけど、構造解析自体は単なる技術の利用だな。
理研の仕事の半分は構造解析に留まっているんじゃないだろうか。
構造を解いて入るけど、そのうち生物学的な意味付けをして論文にしているのは何割ぐらいあるのかなぁ。

>>533 （結晶化後X線または）NMRを用いて、電子密度を求め、

わらた

わらうな

おおわらい

確かにchemical shiftは電子密度を見積もっている部分もある。

>>542
どういうこと？

遮蔽があるから電子密度の影響を受けてるとは言える。
ただ、方法論としてあらわに取り扱われてるわけでは
ない。んだよね？ひょっとして電子密度に換算できる
のか？ケミカルシフト

「電子密度の影響を受けてる」と「電子密度を見積もっている」は全く違うと思いますが。

見積もるソフトももう数年で実用化しそう。時代を先取りということで。

http://science3.2ch.net/test/read.cgi/life/1063642812/423

別スレなんだけどさ。
この人気のなさは何でだろう・・・・
S川ｾﾝｾが抜けたせい？
それともOﾀﾞｾﾝｾが抜けたせい？(@_@
ﾏｻｶﾈ

いつぞやの、ニューフロンティア構造生物学の話はどうなったのだろうか。

構造生物屋の一日ってどんな感じですか？

クリオネの捕食動画が見たいです。
どなたか動画が見れるサイト教えてください

>>549
ばらばら

>>549
一日中、結晶が出来るのをお祈りしながら待ってる（毎日）

知り合いのところが昔
ピラミッドパワーで結晶化とかいって
四角錐組み立ててた

俺はお守りだな。いろんな神社や寺院のお守りを集めて、一日中見ている。

>>554
ご利益はありましたか？

その昔バキュロに手ぇ出しかけたことがあった。
撤退してから思い出したが「オシラサマ」だ。遠野物語だ。

ということで胎蔵界曼荼羅のポストカードでも貼ろうかしら。
やばい奴だと思われるに違いない。

風水を考えてラボをセットアップしたエロい人を知っている…

>>555
ぼちぼちですね〜。１昨年あたりから、少なくともrejectがへりまし
た。majorかminorかはともかく、一回のreviseで大体片付くように。
同一立体構造の直撃もぎりぎりで避けれている模様。
ところでどこかに結晶化の神様っていないのかな？

ゲノム風水ワロタ

グリセリン結晶化伝説ってありましたな。
変な本ばっかり読んでるな俺。

あくた【芥】
ごみ。ちり。くず。転じて、つまらないもの。
「最愛(いとおし)みし人は―の如く我を悪(にく)めるよ/金色夜叉（紅葉）」

エッペン丸ごと結晶化してたりしたら(ﾟдﾟ)ｳﾏｰ

塩でした〜

氷室神社
http://www1.sphere.ne.jp/naracity/j/kan_spot_data/w_si45.html
結晶化というより結晶保存の神様かな

最近分子置換で位相解いてる香具師はイルカ？

MADで解いたことないや

みんなは結晶化する前にこんなに調べてる？
うちは精製・濃縮出来たら即CrystalScreenを試す。

大阪大学蛋白質研究所セミナー「結晶になる蛋白質標品かどうかを判定する方法」
日時：平成１６年６月２５日（金）

示差走査熱量計（ＤＳＣ）による蛋白質試料のフォールディング評価油谷 克英 （理研播磨）
native電気泳動による蛋白質試料の評価　樋口 芳樹 （兵庫県立大院生命）
示差熱分析、ｎａｔｉｖｅ電気泳動による蛋白質の試料の評価　楠木 正巳 （阪大蛋白研）
動的光散乱による蛋白質試料の評価　加藤 博章 （京大院薬・理研播磨）
ＮＭＲによる蛋白質試料の評価　池上 貴久 （阪大蛋白研）
電子顕微鏡による蛋白質試料の評価　前田 将司 （阪大蛋白研）

CrystalScreenよりWizardのほうが好きだ

DynaPro?

>>566
MADと分子置換は全然ちゃうんじゃない？
MADって多波長異常分散でしょ？

MADと分子置換が同じなんて言ってないじゃん

>判定する方法
結晶化しにくいものを排除するのには
使えなくもなさげだけどなあ (遠まわし)

その前の精製段階でこれちょっと質悪いよ、
てゆう感触はあるんじゃないすか

さて、ここでおまいらのバックグラウンドを
　　　○○学
という形で書き込んでたまい。おいらが集計するから。

まず俺ね。
　　　分子生物学

医学

四柱推命学

無学

堀口大学

生物物理化学

ただいまの集計
分子生物学 1
医学 1
生物物理化学 1
うんこ 3
-------------------
計　　　　　　　 6

東京大学

ネタ回答自体は別にいいと思うのだが、それが異様につまらないのはちょっと勘弁してくれ。
単語一発で笑いを取るのは難しいんだよ。

ただいまの集計
分子生物学 1
医学 1
生物物理化学 1
うんこ 4（異様につまらないネタ回答多し）
-------------------
計　　　　　　　 7

多分現時点で一番多いＢＧは「Ｘ線結晶学」だと思うのだが

音楽

学部学科名と研究分野名がごちゃごちゃな統計だなあ

565 ：名無しゲノムのクローンさん ：04/06/18 00:22
最近分子置換で位相解いてる香具師はイルカ？

566 ：名無しゲノムのクローンさん ：04/06/18 01:29
MADで解いたことないや

570 ：名無しゲノムのクローンさん ：04/06/19 02:37
>>566
MADと分子置換は全然ちゃうんじゃない？
MADって多波長異常分散でしょ？

571 ：名無しゲノムのクローンさん ：04/06/19 02:49
MADと分子置換が同じなんて言ってないじゃん

おそらく566は分子置換（MR:molecular replacement)と
多波長異常散乱（MAD：Multi-wavelength Anomalous Diffraction）を
間違えたものと思われます。

こんなのでマジレスするのもなんだが
自分は最近分子置換法ばっかりだ、と言いたかったのではないかと

小児科学

分子置換楽で好きだけど？

重原子なんてつくるの面倒ジャン。

をい。おまいら初PDBうｐは何歳んときだ？

>>588
gif大関係者れすか？

危険だねぇｗ

>>590
５しゃいの時。ところで３Ｋはそろそろ中間点ですが、３Ｋの
皆様調子はいかがでしょうか？ちなみに私は３０００出なくて
も全然無問題と思っているものです。

>>590
23んときかな。漏れはモデル構築だけしかやってないけど、教授の計らいで
名前載せてもらったｗ

昨日PDB見に行ったら漏れのタンパク構造解かれてた......。
もうだめぽ。もうだめぽ。

Actaがある
Actaがある
Actaがあるさ

595
今M1。修論までに構造を拝めるのかどうか。
藻前ら精製からはじめて、構造出るまでにどれくらい時間かかった？

精製の最適化にかかる時間に依存するに決まってるだろ。
すぐできる場合もあれば、一年以上やっても上手く行かない場合もある。

コンストラクトを色々試すなら、モレキュラーバイオの基本＆Tipsをいくつか知っているといいかもしれない。
後はタンパク質一般の基本的性質と、目的タンパクの性質をよく知って、最後は愛情を注げ。

４年かかりますた

６００ゲト

>>599
それは愛情の注ぎ具合が足りなかったのでは？

David Blow
そして
Francis Crick

合掌

結晶が１日に３つも出ました！　でますた！！

塩ですた

脱塩しますた！何回もしますた！！！

ともだちんこ

何回もしますたっ！！！

みんな深夜に。

とにかくめでてぇ。603はその時間に結晶見たのか？
遅くまで研究ご苦労。
　 ∧＿∧　　　　Λ＿Λ
　（　・∀・） 　　　(ω・`　) ｵﾂｶﾚ ｵﾁｬｦ ﾄﾞｿﾞｰ
　（　∪ ∪　　　　とと　　ヽ
　と＿_）__）　　旦　 し―‐Ｊ

＞＞６０８
これが夕方なんだな。アメリカにいるので。
その日本茶をすする感じ、凄くいいぜ！　
日本茶最強。アメリカ人は日本茶が好き。制癌作用などリスペクとされるし。

こういうと、アメリカまで言って２chやっている厨房とくるもんだ。
（ネットに国境なしで理解下さい）。

　 ∧＿∧　　　　Λ＿Λ
　（　・∀・） 　　　(ω・`　) ｵﾂｶﾚ ｵﾁｬｦ ﾄﾞｿﾞｰ
　（　∪ ∪　　　　とと　　ヽ
　と＿_）__）　　旦　 し―‐Ｊ

3つとも全部反射とんの?

まさか、膜ではないよね？
膜で結晶3つって、((((ﾟДﾟ；)))ｶﾞｸｶﾞｸﾌﾞﾙﾌﾞﾙ

まさかね。日本もがんがれ！！
　 Λ＿Λ
　(ω・`　) ｵﾂｶﾚ ｵﾁｬｦ ﾄﾞｿﾞｰ
　とと　　ヽ
旦　 し―‐Ｊ

611ですが。
そっちだとX線源は何になるんだ？
アメリカならシンクロトロンの２つや３つあってもよさそうだが。

まぁ、PDBにうｐしたらカキコめや。あ、Authorのってて特定されるから
無理って落ちか？

Λ＿Λ
　(ω・`　) ｵﾂｶﾚ ｵﾁｬｦ ﾄﾞｿﾞｰ
　とと　　ヽ
旦　 し―‐Ｊ

おええええ

イラク首　切り動画集

http://www.consumptionjunction.com/downloads/cj_36037.wmv
http://www.asagao.sakura.ne.jp/~yuugeki/ebay/kubikiri.wmv
http://www.consumptionjunction.com/downloads/cj_34947.wmv

ドミさん、今年に入って３本目のCell。おめ

>>613
ここ数年はどんどん増えているよ。
設備のことよりも、こっちの人は知識の幅が広いかな？
分子生物学の学生が電気回路や機械でやる材料力学とかしっかり理解してたりするし。もっと数学の勉強とかやった方がいい。日本人は細かいことは得意だね。

>数学の勉強とかやった方がいい

アホか

>>616
化学や物理から生物に転向した人なら
その手の講議は学部で一通り習ってると思う。
だから、日本にもそんなのはそこそこいると思うけど。

>>617
ほんとにきちんと構造生物やるならある程度の数学は必要だろ。
NMRならもっとだと思うが。

しかし、>>617のようなやつを含めて、数学できないやつって本当に多いぞ？
>>618の言うような場合はもちろん問題ないんだけどね。
ちゃんと基礎学力もどっかでつけておくほうがいいよ。化学にしてもね。
そうすれば、>>617もいつか、大きな声で　でますた！　っていえるようになるから。お茶も出してもらえるから。　とにかく、ガンガレ。

構造なんか初めから興味ねーんだよボケ。
今日もソルジャーワーク大変だね。

>>621
お前それじゃあ、だめだな．．．。。。

でも、ガンガレ！　俺はもう遅いから寝る。

構造生物学はパラパラ漫画。
時系列のめちゃくちゃな画像から動画を推測する学問と理解している。
結晶構造など、結晶化してる時点でアーティファクトだと思う。
しかしながら、肉眼では見えないものを想像させることのできる素晴らしい学問であるとも理解している。
研究は所詮全てアーティファクト。データはそれを含めてすべて真実。
そのデーターをいかに解釈し、情報をいかに取りだすかが、研究者の能力だと理解してる。
解釈するための能力として、数学、物理等の基本を学ぶべきである。
デジタル信号処理も知らず、画像処理を行ってる研究者など、アーティファクトにアーティファクトを重ねるようなものである。

>>623
> 結晶構造など、結晶化してる時点でアーティファクトだと思う。
これは確かにそうなんだが、動いている時の状態を知るためには
静止している時の状態をまず知る必要があると考えることができる。

まぁ単なるソルジャーワークを魅力のある仕事とだ言って騙す人間も
必要だ。頭のいい人間はそういう人間が産み出した成果を利用する。

ぬる、じやなくて濡れ木って結構すごくない？
Y山の助手だった人？　だよね？

このスレもいつぞやのあの香ばしい香りが戻りつつあるな．．．
適度に物理の人が入っているほうが議論が楽しいわ。

>>624
賛成だ。繰り返すが、構造生物学は、まさしくパラパラ漫画なのだよ。
パラパラでも絵が一つもなければ動画は作れない。
また、絵が増えれば、連続画像がスムーズに繋がる。
後は、並べる順番を間違わず、正しいストーリーを導き出せるかが重要だと思う。
構造生物学者の能力は、この想像力を必要としているのではないだろうか？
「ウミガメのスープ」には幻覚剤が入っていたとストーリを作った俺には無理な学問だ。

いいですよ。
もっと続けたらいい。もう621は何もいえないよ。
言っても表面的なことしかいえないだろう。

617はKO専用要員なので気にしないでください >>all

ずっと書き込みなかったもんね。

そうそう。うちのラボでも結晶が出た。俺んじゃないけど。

これがまた不思議なやつででさ。その結晶、ずっと結晶にならず去年のD1
が諦めたサンプルなんよ。それをこないだきたM１が掘り起こしてあっさり
結晶出したんだけど、今度はかなり広い条件で結晶になるんだ。
去年、それをあきらめたD1がやって出なかった条件でもね。

そんなわけで、今じゃほとんどリゾチームなみに結晶がでるんよ。
やぱ結晶の神様っているんだなとつくづく実感。

でも、誰か賢人、この不思議な現象にコメントキボン。

>>630
ルパート・シェルドレイクの形態共鳴だw
彼の説によると、いったんある研究室で結晶化に成功すると、
あちこちの研究室でも結晶化に成功するようになるんだと。

シェルドレイクが今も生きているのかどうか、支持者が
いるのかどうか知らないが、彼ならCJDにおけるプリオンの
出現も形態共鳴で説明しようとするだろう。

ＫＯも構造も同じようなもんだろ
すげー本質的。

630
そ、それじゃ他の研究室で結晶出したっつうこと？？
((((ﾟДﾟ;)))ｶﾞｸｶﾞｸﾌﾞﾙﾌﾞﾙ

急がないと、、、、。

そのM1が精製が上手いとか、あると思う

>>630
たぶんそれは、例の「あこうしみ」というのと関係あるよ。
ま、とにかくまったりくつろげや。
　 Λ＿Λ
　(ω・`　) ｵﾂｶﾚ ｵﾁｬｦ ﾄﾞｿﾞｰ
　とと　　ヽ
旦　 し―‐Ｊ

そういえばサンプルなんだった？

いや、それはちょっと、、、。

サンプル言うと特定されそうなのでやめときまつ。
とにかくラボは今騒然としてます。近いうち反射取るみたいなので。

>>630

>>635と同じ意見。結晶条件じゃなくて精製度の違いなのでは？

>>637
そうだね。聞く感じ可溶性らしいね。
うまく行くとよいねぇ。

>>625
N木研の方ですか？

濡木先生N出たね。

>>637
低分子、とか精製時に集めるフラクション間違ってた、とかいう
落ちじゃないだろうな...

いや、ちゃんとしたタンパクですよ。

フラクション間違えたとか、、、私が精製してたわけじゃないんでよく
わかりません。去年のDは、M時代にちゃんと構造取ってるので、フラク
ション間違えるとか、初歩的なミスはしてないと思います。

KOも構造もこれから厳しいでしょ

構造生物学って、構造主義とはいっさいの関わりはないですか？

ない

はあ。そうですか。ありがとうごんす。

>>645
まったく関係がないことはない。
「ない」なんて言い切る奴は構造主義の方をよく知らないんだろう。

>>648
といって、敢えて「ある」と言って混乱させることも無かろう。

>>649
まぁ、「ない」の一言で引き下がるような情けない奴だったからな。

>>650
池田清彦『構造主義生物学とは何か』『構造主義と進化論』『構造主義科学論の冒険』
しか、素人の俺には接点が見つけられないが。
どうぞよろしくご教示なされまし。

>>648
>>649
何か教えてください。
池田清彦については、
『分類という思想』（新潮選書）の発刊案内で知っただけで読んでません。

>>650の知識は当てにしてません。

"ない"２文字の>>646です。

うちら構造生物学の人が述べる構造とは、ここで改めて言うまでもなく
分子生物学・生化学的レベルで働く部品(主にタンパク質や核酸)の立体構造のことです。
これらの立体構造を解析し決定し、分子レベルにおける生命反応の
理解を進めんとするのが構造生物学。
要素還元主義的発想を突き詰めたものである。(物理化学系出身者が多いからな)

で、柴谷さんとか池田さん(分類学出身だったか)は
分子とか細胞とか個体とかのレベルにかかわらず、生物において一定に働く
ルールや関係性のようなものを仮構としての「構造」と名づけている。
これで進化論を語ろうとしているらしい。

ある意味対極にあるし実質的に何のかかわりもない。

>>653
構造生物学（構造主義生物学ではなく）の人に訊こう。
今や、かなり多くの蛋白質、核酸の立体構造が明らかにされているね。
ではここら辺で、構造生物学の真の問いである、「生きているとはどういう
ことか？」に対するあなた方の考えを聞かせてもらおうか。

生命現象がどういう仕組みで動いているかが漏れらのテーマです。

個人レベルでは毎日生き死にについて考えておりますが、将来不安なのでｗ

>>653
あなたの仰るのは、構造生物学と構造主義生物学との間には関わりがない。ということですね。
そして構造主義生物学は、ストロースらのいわゆる構造主義とそれなりの接点があると。

非常によく分かりました。
結果的に>>648-649が言わんとしていたことも想像できました。
さらに>>650が。。

>>654
ちょっと的外れだね。その質問は構造生物学じゃなくて、生物学一般
に対しての質問だね。
構造生物学ってのはあくまで原子レベルで生命を語るっていう、
物理スケールで分けたときの生物学の分類だから、そういう質問は
ナンセンスだと思うぞ。

ゆくゆくは構造生物でできた結果を生化学、生理学などにフィードバックさせる
わけだから、それができてはじめてその質問が可能なんじゃぁなかろうか？

君の聞いてることは、車のネジ１本見て、車はどうやって走るのかネジの形で
説明してくださいといってるのとたいして変わらないぞ。

それから、タンパクの構造がいくら決まったといったところで高々数万の数だよ。
生命一般を語るにはまだまだ足りないし、生命に活動に重要な意味を持つ膜タンパク
に至ってはほとんど決まってないだろ。
『ここら辺で、構造生物学の真の問いである、「生きているとはどういう
ことか？」』という質問をするレベルにすら来ていないよ。

まぁ、生きてることはどういうことか？
構造生物学じゃなくていいなら答えようか。熱力学的に生体が定常系を保っている
間は生きているとみなせるんじゃないか？逆にいえば死とは生体と外界が平衡に
達することと言えると思う。長レススマソ。

構造生物学に真の問いなんかない。
構造生物学には目的しかない。
構造生物学の真の目的は
「カラーのリボン図が欲しい」だ。

>>657
＞それから、タンパクの構造がいくら決まったといったところで高々数万の数だよ。
＞生命一般を語るにはまだまだ足りないし、生命に活動に重要な意味を持つ膜タンパク
＞に至ってはほとんど決まってないだろ。
膜蛋白の言いたいことは分かるが、それだけ分かれば、残りもそのうちの
どれかと同じようなものさ。君のような言い方が、単なるソルジャーワークを
価値ある仕事のように騙して若い研究者をこき使う口実に使われるの。

＞熱力学的に生体が定常系を保っている
＞間は生きているとみなせるんじゃないか？逆にいえば死とは生体と外界が平衡に
＞達することと言えると思う。
これで分かった気になれる君の単純な頭脳が羨ましいよ。

おれは、657にさんせーやな。
特に最後。「死とは生体と外界が平衡に達すること」ってとこ。
ま、「生物」の定義によるわな。
下条しんすけの「意識とはなんだろう」って本に、
「生きるとは、受け取る側の意識も重要である」って書いてあった。
アイボなんて、「犬」じゃないじゃん。
なんか、生きてるっぽいやんか。
自己複製が生きることなら、自分で自分のコピーを作るロボットも生き物ってことになるし。
657さんは、すごく深い意味を言ってるだと思う。
と、思いたい。そーじゃなけりゃ、俺も単純脳。

熱力学の解釈、これはまさにその通りなんだけどね。
熱力って普遍的であるが故に、一方でだから何なのって
どうどうめぐりになるんだよなぁ〜。

やっぱ死に至る場合には、平衡に到達する機構を知りたいし、
逆に生命が誕生する時には、平衡からずれる機構を知りたい。

哲学やりたいなら、別の板いけば？

>>662
この辺りのスレのどの部分が哲学に感じるの？
と言うか、哲学と科学に明確な境界はないと思うのだが。
物理と生物に境界がないようにね。
と言っても君には意味が分からないだろうけど。

>>659 「膜蛋白の言いたいことは分かるが、それだけ分かれば、残りもそのうちのどれかと同じようなものさ。」

理解不可能なカキコだ。
膜タンパクはまだ数えるほどしか構造決定されていないのに、残りはそのうちどれかと同じなのか？
決してそんなことは無いだろ。

「>>657のカキコのうち、膜タンパクうんぬんの部分は理解できる。」「可溶性タンパクは数万の構造が解ければ、残りはそのうちどれかと同じだろう。」という意味か？
そうならば読み手が理解できるように書いてくれよ。

「残りはそのうちどれかと同じ」の部分。ホモロジーモデリングかなんかで推測すれば良いと考える（タンパク３０００プロジェクトの大元の考え？）のはキミの勝手だが、
それだけでタンパク質機能の特異性の部分とかを説明付けられるとは思えんから、オレとしては似ているけど違う２つのタンパク質に興味を持てば２つとも実際に構造決定することが大切だと考える。
基本構造を全部解くことは必要なことだとは思うけど、実際に関わりたいとは思わない。


って、マジレスする必要ないか。

657
おぉ。有意義なレスがたくさん。レス人全員に感謝。やっぱ学術版はこうでないと。

>>659
ちょっと構造を甘く見すぎかと思う。構造がほとんどそっくりなのに結合状態が
違う（ATPase）ことで機能をなすものとか、まだまだ人知の及ばないものが沢山
あるはず。GroELとかProteasomeみたいな、膜ではないけど超大型のビックリ分子
もまだあるとおもう。

それからソルジャーワークを忌み嫌う人がいますが、多かれ少なかれ実験が必要な
分野にはソルジャーワークが必要です。私は一生懸命実験する人を馬鹿にしないし、
そこから得られたデータには最大限敬意をもって評価しています。

多くのサイエンスはそうやって発展してきたわけだし。アインシュタインだって
いきなり相対論を作ったわけじゃないでしょ？

そういう、なんと言うか、科学の華麗な部分ばかりに目を奪われてる若い人が多いな
最近。

アインシュタインはソルジャーだったのか

>>666
頑張れ。応援する。

ちがくてよ。データがないところから理論もへったくれもないでしょってことよ。
別に彼がソルジャーワークやってと言ってるわけではない。

623さん、すまん。わし、623ではない。

アインシュタインは当時は特許事務所の役人で、実験なんてやってなかったです。
すべて思考で作り上げる理論物理学者です。光を光の速さで追いかけたらどう見
えるのだろうか、とか考えてたんでしょうか。見えるものを見えるままに解釈す
るレベルでは、あの技術レベルの時代にニュートン力学から相対論への飛躍はな
かったでしょう。

ただ、彼は「天才」ですから実験の大切さを否定する材料にはならないです。

ちなみに彼は相対性理論ではノーベル賞はもらっていません。
当時、実験的に確認できた光電効果についての研究でノーベル賞を
もらっています。

665
説明厨か？
この板の住民はみんな教養ある人たちだから、おまいさんに説明してもらわなくても
そのくらいのことは知っているはずです。

>光を光の速さで追いかけたらどう見えるのだろうか、とか考えてたんでしょうか。

これはマイケルソン・モーレーの実験で真空中の光の速さが、観測者の運動にかかわらず
一定である、という事実がにわかに真実味を帯びてきていた時代だからです。

つまり、アインシュタインも実験結果を受けて、理論を立ててるのです。

それから、量子論での彼の貢献は、もちろん黒体放射の実験結果からの考察に
起因するものです。

芸術家とちがって、科学（物理だけじゃなくほとんどすべての自然科学）理論
は必ずその前提となる実験があって成り立つのです。無から理論を生まれないのね。

私が言いたかったのはアインシュタインがどうとかじゃなくて、彼のような理論的
、まぁ今の若い人たちが「華麗な仕事」と思うような業績の裏にはかならず実験事実
が存在する、ということ。

構造生物学を含めた生物学では、ひとつの有名な実験で理論がひっくり
返るようなこともありますが、それよりも多くの実験・観測の統計から
本質が明らかになることもあるのです。

古いですが、メンデルの遺伝の法則なんかその最たる例でしょう。
エンドウマメ植えて、種とって、一個ずつ分けて、そんな単調な実験の繰り返し
だったはずです。今の言葉で言えば、これこそまさにソルジャーワークじゃないですか？
しかし、メンデルの発見した遺伝モデルは果たして無意味でしょうか？
私は決して無駄ではないと思いますが。

メンデルの時代に比べたらはるかに精密な時代に生きてますが、それでも
『データの蓄積』の重要さは変わらないと思いますよ。

実験データに対する依存度が理論物理学と生物学では大きく違うね。

（理論）物理学では1のデータがあれば、残り9に対しても同じように
適用できる見込みが高いので理論の構築は容易だが、生物学では
10万の蛋白があってそのうち3万くらいの蛋白の構造が明らかにされた
くらいでは理論を構築するのは困難と考えられている。

しかし、本当にそんなにホモロジーモデリングは有効ではないのだろうか？

アインシュタインは天才だと言われるが、彼が依拠したのは
マイケルソン・モーレーその他の指折りで数えられる程度の
実験データでしかない。これだけのデータで非常に広範な
物理現象が説明できる理論が構築できたということは、
物理学が扱っていることは生物学が扱っていることより
はるかに単純であることの証明であろう。

>>674
ホモロジーモデリングは用途によるな。
手法の裏付けにあるのが分子進化なので、状況によっていきなり裏切られることもある。

ある意味では単純ですね。しかして、それだけ洗練されていて、よく体系化
されているとも考えられるでしょう。単純なものを扱ってるからといって
物理学者をバカにする人も中にはいますが、それは間違いと思います。
別に675氏を批判してるわけではありません。ただの一般論です。

もし構造生物学の目指すところが本当に正しいのならば、数百年後の生物学の
教科書はもっと薄くなっているかもしれませんね。

生物学には色々なバックグランドを持った人がいろいろなアプローチをしていいと思うのだけど、
俺の若者への希望としては、一通り体系化が進んだ学問、すなわり物理を学び、
体系化とは一体に何か、と言うことを理解した上で生物学にチャレンジしてもらいたいものです。
さもないと、知識や事実の羅列になってしまいそう。。。。。
あと、物理はなるべく普遍的で一般に成り立つ法則を求める学問だけれど、
生物学は個別性、すなわち違いを求める、という側面もありますね。

>>677
＞ある意味では単純ですね。しかして、それだけ洗練されていて、よく体系化
＞されているとも考えられるでしょう。
いや、現代は物理法則では説明できない現象が山積しているのにそれに
目をつぶって非科学的と断じ、100年間にも渡ってアインシュタインを天才と
崇め続けるのは物理学者の怠慢ではないかと考えることもできる。

同じことがコンピュータサイエンスにも言える。50年も前にチューリングと
ノイマンによって考案されたコンピュータは、確かに速度は向上したが
その根本的なアーキテクチャーは再考されることなく継承されているのは
コンピュータサイエンティストの怠慢とも考えられる。ノイマン型コンピュータでは
人工知能の実現が疑問視されているにもかかわらず。

厨もわかず、なかなか知的なスレになってきたな。結構なことです。

>>678
確かに。若者への要望なんていうほど年取っちゃいませんが、理論を
毛嫌いする傾向は生物系の学生に共通してますな。たしかに、生物学の用語
は素人前で話すとさも大仰に聞こえますからね。

物理は基本ですから、できれば一通りマスターしてきてほしいですがね。
それは大学のカリキュラムの問題ですから、我々にはいかんともしがたいですね。

物理の理論で以って何かを計算したりすることは少ないかもしれないけど、
ものの考え方や、仮定の立て方を学んでほしいですね。

要は物理＞＞＞生物

量子力学が誕生したとき、物理学者は大挙して化学に押しかけてきた。
しかし、時とともに物理学者は去り、化学者が量子力学を身につける
ことになった。・・・なぜなら物理学者たちは化学を知らなかったか
らだ。

・・・とか聞いたことがある。そういうことが生物学にもあるだろうか。






しかし、分子生物学者たちも「生物」を知っているといえるのだろうか（笑）

>>655
ソルジャーワークは、その実験の重要性がわかっている賢い人でないと
できない、と師匠は言っておりました。

生物の場合は、わからないことがたくさんあるので、
世界で初めて、というのは難しくないのですが、
その中で重要な問題を見つけられるかどうかは、
やはり「嗅覚」が必要なんではないでしょうか。

そうだね。重要な問題を見つけるためには、やはりすでにわかってることをよく
知ってなくちゃならない。これは生物に限ったことじゃないけどね。

世間では（というか2ｃｈでは？）ソルジャーは風当たり強いみたいですが、
ふんぞり返って、えらそうに理論たれる生物系の老いぼれ教授よりはずっと
科学に貢献してると思います。
ソルジャーなんて言葉自体が私は気に入らない。一生懸命やって、やっと出したデータ
の尊さは、実験を必死にやった人じゃないとわからないですからね。
きちんと考えながら、決して闇雲でない方法で実験してるなら問題ないと思います。

あとね、理論の人は体を動かしていないので「ソルジャー」していないように
見えるけど、彼らは頭のなかで、あるいは紙の上で「実験」してるんだよ。
一日考えると、すっげーつかれる。（らしい）

そういう意味では、Einsteinだって「ソルジャー」しているんでないかな。
ただ、高い金を出せば性能の良い「実験装置」がかえるわけじゃないので、
その辺が違うけど。

>>682
自分の実験結果をpublishできる程度には、生物を知っているんじゃないか？

博物的な知識を馬鹿にしちゃいけません。
物理学の理論体系を学ぶのも大切かも知れないけど、
生物学をやりたいんなら生物の知識が必要です。

>>687
当たり前だのクラッカー

>>679
>いや、現代は物理法則では説明できない現象が山積しているのにそれに
>目をつぶって非科学的と断じ、100年間にも渡ってアインシュタインを天才と
>崇め続けるのは物理学者の怠慢ではないかと考えることもできる。

物理法則で説明できないのではなく、問題が一定規模を超えると
単純な方程式では現実的な時間の中では解けなくなるだけでしょう。
学問の分野においての天才はその後100年分の仕事を創出するような
一つの仕事を成し得る人のことです。アインスタインはそういう天才といっていい。
生物学一般でもそういうひとは何人か居る。
分子生物では、私の大嫌いなある人物（イカサマ野郎）が浮かぶ。


>同じことがコンピュータサイエンスにも言える。50年も前にチューリングと
>ノイマンによって考案されたコンピュータは、確かに速度は向上したが
>その根本的なアーキテクチャーは再考されることなく継承されているのは
>コンピュータサイエンティストの怠慢とも考えられる。ノイマン型コンピュータでは
>人工知能の実現が疑問視されているにもかかわらず。

ノイマン型が人間の頭で考えられるもっとも単純かつ合理的な仕組みだからです。
天然知能は演算速度そのものは速くないが、再プログラム可能なハードワイヤード
多値処理を行うので、そういう仕組みを実現することは現在の技術では非常に困難です。
可能性としては、FPGAのようなタイプの再プログラム可能ロジックゲートハードウェアを
使うと言う方法、コンパレータを使ったアナログコンピュータを動的プログラム可能に
したものなどの方法がありえるが、いずれも現在の技術は人工知能の要求を
満たすにはかなり程遠い状況です。

イカサマ野郎って誰だよ

>>689
これ以上やっても水掛け論になるのでやめておくが、

＞可能性としては、FPGAのようなタイプの再プログラム可能ロジックゲートハードウェアを
＞使うと言う方法、コンパレータを使ったアナログコンピュータを動的プログラム可能に
＞したものなどの方法がありえる
まだ足りないというか、私はやはりまだ根本的に誤っていると思う。

＞いずれも現在の技術は人工知能の要求を
＞満たすにはかなり程遠い状況です。
最初はなんでも単純なものから始まるんだよ。

イカサマ野郎・・・案外とフランシス・クリックのことかも知れん。

>>688
> 当たり前だのクラッカー
すっとんとろりこすちゃらかちゃんちゃん　すちゃらかちゃんちゃん
街道名物ご存じないか〜
チビとノッポの迷コンビ〜

分かる奴には分かる・・・

>>692
どういうものなら根本的にまちがってないんですか？

その点以外はおおむね同意。

>>693
> どういうものなら根本的にまちがってないんですか？
さぁねぇ。正体不明の名無しにタネを明かすほどお人好しじゃない。

> その点以外はおおむね同意。
これだけではどちらに同意しているのか分からない。
味方と思わせて、実は敵だったということが往々にしてあるので・・・

なつくな、シッシッ

>>694
何だ種無しか。

>>686
それでは大きな仕事はできません。

生化学の人が化学に、生物物理の人が物理に、強くないと話にならないように、
分子生物学の人は生物に強くないと。

>>697
> 分子生物学の人は生物に強くないと。
分子生物学は生物学じゃないという意味において賛成

分子生物はヲタク学。何のバックグラウンドもいらない。

クリックやモノーの頃の分子生物と現代の分子生物は質的に違うと思う。

あのさ、分子表面を描くのにいいフリーウェア何か知ってる？

Graspってただじゃないよね？

いまだとpymol辺りかな？
bobscriptってのもあるけど。使うのめんどくさいし。

Raster３DよりPOV RAYのがきれいだよね。

一応molmolもつ変えるよ　分子表面。

　　　　　　　　　　　　　　　　　γ⌒／＾＾／＾-
　　　　　　　　　　　　　　 ,ゝ｀/~　/~　/~　 /⌒
　　　　　　　　 　　_　　〈（_|　　|　|~　　|~　 /＾ ）
　　　　　　　　　　　　(/~　/~　/~　/~　~　/~　/＾＼
　　　　　　　　　　　（）/)/~　/~　|~　　　 .|~　|~　|~　/）
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　　　　　　　　　┌―.　- '"-ゞ,●＞　　　::::::...　　　　　　　　 |
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　　　　　　　　　　　＼＼/.　　　　　　　　　　　　　　　　　　 |
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　　　　　　　　　　　　　　　　　｜　　　　　　　　　　　　　　｜
　　　　　　　　　　　　　　　　　｜　　　　　　　　　　　　　　/
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　　　　　　　　　　　　　　　　 　l　　`ｰ-::､_　　　　　　　,,..'|ヽ.
　　　　　　　　　　　　　　 　　:人　　　　　　`ー――''''' 　/　ヽ
　　　　　　　　　　　　　　＿／　　`ｰ-､　　　　　　　　　 ,.-'"　　 ＼ー-､
　　　　　　　　 　　,.-'"　　＼:　　　　　 ＼　　　　　 .,.-''"　　　　 |
　　　　　　　　　／.　　　　　＼　　　　　　　 ~＞､,.-''"　　　　　　|
　　　　,,..-‐'''""　　　　　　　　ヾ　　　　,.-''"| 　　　/――――､/
りんら　ろるらりろうりらお　りんらろくろららろー　りれっろはりろるにおりり　　Grasp, pymol, bobscript, Raster3D, POV RAY, molmol 〜♪

PovRay時間かかりすぎ。orz

アレはグラフィックカードを爆速なのに変えればレンダリング早くなるもの
なのかね？

結構変わるよ。
しかしVisualizationって興味あるやつ沢山いると思うけど
微妙に敷居高くない？
よいサイトがあったら紹介して、俺は知らないんだけど。
↓
厨房も喜んでいじりはじめる
↓
構造解析人気出る
↓
古参者が引き立てられる
↓
学位、論文、就職
ｳﾏー

　　　　　　　　　　　　　　【大ちゃんブレイン】
　　　　　　　　　　　　　　　　野球のあらゆるデータがつまってるぞ！
　　　　　　　　　　　　　　　　でも全然使わないよ！
　　　　　　　　　　　　　　　/￣￣￣￣￣￣￣￣￣
　　　　　　　　　　　　　　/　　　　　　　【大ちゃんヘッド】
　　　　　　　　　　　　　/　　　　　　　　　まぶしい光でてきの目をくらますんだ！
　　　　　 　 　 　 　 　/ 　 　　　／￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣
　　　　　　　　　／￣￣￣￣￣￣＼
　　　　　　　／　　 　　　　　　　　　　＼　　【大ちゃんアイ】
　　　　　　/　　　　 　　　　　　　　　　　ヽ 　　ひどい目にあうと泣いちゃうぞ！
　　 　　　 l:::::::::　　　　　　　　　　　／￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣
　　 　　　 |:::::::::: 　　（●）　　　 （●）　　 |
　　　　　　|::::::::::::::::: 　 ＼＿＿_／　　　　|
　　 　　　 ヽ:::::::::::::::::::.　　＼／　　　　　ノ　【大ちゃんマウス】
　　　　　　　　　＼　　　　　　　＼　　　ピッチャーデニー、代走を万永に替える為にあるんだ！
　　　　　　　　　　＼　　　　　　　￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣
　　　　　　　　　　　　＼　　　【大ちゃんシャドウ】
　　　　　　　　　　　　　 ＼　　　立体感と哀愁をいっぺんにあらわすすぐれもの！

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 　　／￣￣｀ヽ＿____
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 　　 /　.;;;.　(Ｏ) ,.:::::::., ＼
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 　　　　　　　　　 　　 /_　''''　 　 　':::::::::' 　 ）
　 ＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿／　|＼____／∨∨|. /Ｗ
　 ＼　　　:;;:;::;;:;;:;::;;　:;;:;::;;:;;:;::;;:;;:;::　　　　:;;:;::;; 　 :;;:;: ; ;:;:　:;;:;::;;　:;;:;::;;　:;;:;: 　 ;; ＼＿＿＿＿_|/__/
　 　 ＼　　　::;;:;:;::　　::::::;;;::::;;;;;:::;;::　:;;:;::;;　:::;;:;;;;;:;;:;　::::::　 　 ＼　　::::;;:;::::;;:::　::;;::; 　ノ　　
　　　 　＼＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿　　　　　::;;:;::;:;; ::｜ 　::;;;;;　:::::　　　／
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　＼ :;;:;::;; 　:;:;;: 　 :|　 ;;:;::;:;::;　　　／
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 ＼　　　　 　 :｜（　　 ） 　 ／　　　
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　＼ 　 　 　:/＿＼　＼´＼
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　／　 　　／　 ／ ＼　＼ .＼
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 ／　　 　／　 ／ 　　 ﾉノノﾉノノ
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　／　　 　／　 ／
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 　／　　　 ／　 ／
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　（　　 　 〈　　 〈
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 ＼ 　 　 ＼ 　 ＼
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 　 ＼ 　　　＼ 　 ＼
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 　　＼　 　　＼＿ ＼＿
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 　ﾉ 　　　＼　￣＼ ￣＼
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　＜　　　 　　⌒ヽ　⌒ヽ ⌒ヽ
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 　￣￣￣￣￣￣

　　　　　　,､,､ 「 |__ ◎　 /　／/　　　　　　　　　　　　　__,,,,,......,,,,,__
　 r-一^1ヽヽ' |　- -　　〔／ / 　　　　　　　　　　,. ‐''"´　　 　 　 　 ｀`''= ､
　 ＝＝＝, 　　ヽ二二l　　　/ 　　　　　　　　　／..　..＿ __ ,,..　　　 　 　 　 ヽ;,
　 ￣) ﾉ￣　　　 ,､,､ __　　 /　　,ｨ.　　　　　　/_二´-､ｰ‐.:-‐ ニ''‐-:.､　　　 　 'ヽ
　 　ヽ' 　　　　 ヽヽ'ﾉノ　　7_／/.　　 　　　,;';ニ-‐:.､.:　r.:ﾆ ‐''''ー ‐-:..､　　　　ヽ
　 r--ーﾌ　　　 　ヽ '　　　　　/　　　　　　/､､..__,.､;. ;　;　 _,,,,,,__.､ｨ,ｯ,　:.　　:..　　 ヽ
　 ﾆﾆﾆﾆﾆ ､　　 r-一^1　　　 /　　 　　　彡=､;;;;;;ﾂ,: i;. '; '､;;;;;;;;;;､==ミﾐ.:　　　　　　､;
　'----- ┘　 ,＝　r＝,　　/　　　　 　　"ｉ:.（●）､::.　 .:::::::: （●）､ .:　　　　　　 　　ヾ
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　　　ｌ|　　　　　　ヽ' 　　　　 ￣フ　　　　/.´`'''´.::;′　::::::.,　 `　　´　　 ヾ ､ 　 　　 ﾉ
　　　|l　　　　　 __冖___.　　　.／　　　　 {　　　 （ ,､:. ,.-､ .:） ､　　　　　　　　 　 ;ゞミ
　　　ｌl　　　　　ヽ┐,･ノ　　 >　　 　　　 ';　 /　`,.;.;.;.;.;.;.,´　 ヽ　　　　 , , ,:,:,:,., ﾐ;;ヾ;､ﾆ'
　　　ｌ|　　　 　 　 .レ"　　　＼ 　　　　　i;';. i .,.;';';';';';';';';';';';';.;., ヾ:.　　.;';';';';';､';､';ヾﾍヾ､
　　　|ｌ　　　　　　 _　 　　ﾄ┬-　　　　　､};'; ;', ＼＿＿_／ ､:';.,.':　 ';';';､';'､';';ﾐ;ﾐ;)ゝ:::.､
　　　ｌl　　　　　　| ｌ　　　.|　 　 　　　　､_'j;';';､´　 ＼／　　　　ﾆｰ';';　 .;';';ﾐ';';ﾐ;ﾐ;f (
　　　ｌｌ　　　　　　| ｌ　　' i　　　　　　　､_ 'ｯ;';';｀　　,:;:,　　　´　.,.,.,';';.,.;';';ヾ';';ﾐ';ミ､´
　　　|ｌ　　　　　　| ｌ　　 {　　　　　　　　｀ーｷ;ｿ;'ﾉ;';!;'､;';';'､;';';';';';ヾ';';';'ﾐ';';ﾐ';ﾐ;ﾐ;'､ `7
.　ｎ.　ｎ.　ｎ　　　　　　　l　　　　　　　　　ゝ-ゞ､ﾂ;'ﾒ;'i;'ﾊ;;ゞ;;ヾ;;ﾍ';';ヾ';ﾐ';ﾐ';ミ`:: 　 |
　 |!　 |! 　|!　　　　　　　 l　　　　　　　　´,ﾆ､ｰ ﾍ;ﾊ;ｿ;r;ｿ;ﾘ;ﾊ;ゞ;ﾅ;ｲﾐゞ`｀::.　 　 .:|

リアル大ちゃん【リアルだいちゃん】

PDBのサブページ（？）見たいなところに、各種Visualizeツールがリンクされてる
よ。もれ的にはRaster３Dの時代は終わった感があるんだが。

Swiss PDB Viewerっていうフリーウェアがリボン図とか、SurfaceのPovRayファイル
をはいてくれるんだ。それをPovRayで少し書き換えて、レイトレースするとぶったまげる
ぐらい綺麗な図がでてくるよ。影とか、光源の種類とか、リボンの材質とかいろいろ
変えられるし。ただし、いかんせんレイトレーサーなので時間かかる。orz

これさえ克服できればいいVisualizeツールなんだがな〜。

>>711　ありが�d

↓
厨房も喜んでいじりはじめる　⇒　俺のことね
↓

なんか作ったらうｐしてみよーや。

713
こんなん。シトクロム。

ttp://v.isp.2ch.net/up/a7e99b8f7d95.jpg

>>714
サイエンスというかアート。　いいと思うよ。

論文でもSwissPDBviewer利用者増えてるね。あとVMDからPovRayか。。

713
どうもありがとう。せっかく構造出すなら綺麗な画像で見たいよね。
純粋にサイエンスを見て楽しむ、それができれば一般の人も興味を
持ってくれるかと思って描いてます。

でも、このヘムの中心を輝かすのはIrving Geisさんのアイデア。彼はこういう
図を手で描いていたから驚き。
(ﾟдﾟ)

他にも作ろうと思えば作れるよ。もし、みんなのとこで決めたタンパクがあれば
描きまっせ。余計なお世話か.......。

cuemolはどう

http://cuemol.sourceforge.jp/ja/

日本語のtutorialあるよ

つーか、初心者にとってはDBから3次元構造のデータが落とせること自体
驚きだったりするんだよね。
さて、3次元で視覚的に構造を楽しんだ後、何をするのでしょうか。
知りません。

マシンパワーがあるなら、私のようにいろいろ描いてみるのも楽しいですよ。
ガラスのDNAとか、金属のαへリックス、とか木製のβシートとか。

時間かかりますけどね。

俺もやってみようかなー。なんか面白そうだし。
上の感じだとSwissPBDViewrっていうのが良さそうなのでまずそれを試してみる。

喪前らにはそんなもん知ってるよというものですが、栞用に貼っとく。
　　　　　　　　　　　　　　　　　　※素人勧誘のため
PDB(Protein Data Bank)のSoftwareのサイト
　Structure Analysis and Verification
Modeling and Simulation
Molecular Graphics　ここであがっているのはこの項目
　　随分と沢山のソフトウェアがあるんだね。
　　※プロの人、Reviewもっとｷﾎﾞﾝﾇ。
　ttp://www.rcsb.org/pdb/software-list.html

その中で上で評判のSwissPBDViewへのリンク
　ttp://us.expasy.org/spdbv/

SwissPBDView,PovRavを使うとこんなことが出来る。
　ttp://us.expasy.org/spdbv/text/gallery.htm
大学の先生が作った学生用のTutorial
　※マニュアルもあるけど145ページくらいです。
　ttp://www.usm.maine.edu/~rhodes/SPVTut/index.html

素人のおいらもまずこのTutorialから初めて見ようかなー♪
ここまで来てですが、このソフトが一番いいのかな？

Overviewだけ読んだぞ。
このTutorialをやると、
exercises in manipulating, analyzing, and comparing protein structures　が出来るのだそうだ。

このソフトの目的：
・for viewing structures and creating vivid illustrations　ｲｲﾈ
・it also shines as an analytical tool　　　　　ﾄﾞﾝﾅanalysisﾔｯﾁｭｰﾈﾝ
・find hydrogen bonds within proteins and between proteins and ligands.　水素ｹﾂｺﾞｳ ﾏﾝｾｰ
・to compare their structures and sequences.　ｲｲﾈ
・computes electrostatic potentials and molecular surfaces, and carries out energy minimization.　これは遊び(!)の域からでてるな
・For proteins of known sequence but unknown structure, submits amino acid sequences to find homologous proteins Expasy使って

だれか、Electrostatic potentials（電気的な幾何構造？）とMolecularSurface（空間的な幾何構造?）を作って、多分一番安定に結合するLigandを見つけるっていうのになるんだろうけど、このあたりの詳細ｷﾎﾞﾝﾇ。

誰もお茶出してくれないから自分で。
　 ∧＿∧　　　　Λ＿Λ
　（　・∀・） 　　　(ω・`　) ｵﾂｶﾚ ｵﾁｬｦ ﾄﾞｿﾞｰ
　（　∪ ∪　　　　とと　　ヽ
　と＿_）__）　　旦　 し―‐Ｊ

>>723の学生用のTutorialは、
オフライン用のも用意されているから、出先でも読むことができます。
To Use Tutorial Off-line　参照

俺もこれからスタバに行ってﾏﾀｰﾘしてこようかな。

ageとく。素人が頑張ると裾野が広がり専門家が美味しいﾖｶﾝ。

>>725
それは多分創薬関係のソフトの仕事だろうなぁ。フリーウェアではおそらく
リガンドサーチソフトはない。あっても製品版で、価格がウン千万の世界だよ。

>>728
アカデミックフリーはあるよ。DOCKとか。AutoDockもか？
製品版もウン千万ではなくウン百万（コマーシャルユーザーで）。
ま、高いことには変わりないが。

>>728,729
そっちになると急に高くなるんだ。でも製薬会社なら普通に買いそうな値段だね。

DOCKに何百万払うかというと微妙な性能だ

>>721
でけたらうｐしてみ。もれの夢はリボソームのsurfaceをpovでレイトレース
すること。無論、内部のrRNAは残して表面が透けてれば(ﾟдﾟ)ｳﾏｰ

Turorialの最初の６章は読んだぞ！
だいたいWindowの構成が分かってきた。　他にも素人の人寄ってこないかな？
これってAAの面白いFlash作るのの、科学版って感じがするYo!
俺はサイエンス遊びでやってるんだけどね。
俺がもう少し発達してきたら、プロ技を聞くからそのときは宜しくおながいします。

＞＞７３２
うpの仕方ようわからんが、そのときになったら調べると思う。
レイトレースって、Retraceのことだと思うけど、
リトレースするってどういう意味？　よくわからん。
空間の情報を参照して三次元的に面とか線をつけるってこと？

>>733
英語読むのが面倒でまだやってないんだが、なんか簡単な例を
示してくれるとうれしいなあ。できたらよろしく。

で、レイトレとはray tracingのことです。

今日は、さぼったぞ！
前進なしもなんなので、マックにインストールしたのと、チュートリアルに1HEWリゾチームの結晶構造解析のpdbファイルを落としたりした。
>>734
Ray traceね、なるほど。ところで簡単な例ってちょっとわからなかった。
ソフトの使い方をざっっくり言うのなら出来るけど。

ちなみに、Tutorialで勉強するときにパソコン２台あるとらくちんだ。

>>731
ごめん、書き方が悪かった。
DOCKの製品版の値段は知らない。FlexX（特許の問題が起こってるけど）とか
Glideの製品版の値段が数百万。
DOCKは確かに高い金出して買う価値があるかどうか。どうせなら完全フリーにすれば
いいのだが。

なるほどとかいいながら、Ray tracingってなんだか知らんかった（ニヤニヤされそう）。まあすぐ知らなくても大丈夫そうだけど。Layerをトレースするって訳じゃなさそうだし。そのうち教えて下さい。

新スレ立てるまでもないのですが、分子グラフィック専門スレとして、

【αﾍﾘｯｸｽ】生体分子グラフィックスどうよ【βｼｰﾄ】
　　　　http://science3.2ch.net/life/#1

立てました。分子グラフィックネタは、よろしければこちらでいかがですか？

スマソ。リンク間違えました。
http://science3.2ch.net/test/read.cgi/life/1093929010/l50
です。あってるかな？

このスレではだめなんでつか。
ここの人はあこうしみとか出さないので安心していたのですが。

先住民のご意見キボンヌ。俺も昔は乱暴したけどもさ。
明日はTutorialの7章から読むぞ。

構造の人はさあ　　他人の決めたPDBには萌えないんだよ。

じゃあ、一部移行するか。

>>740
新スレ主。
ここでもいいとは思うのですが、幾分スレタイとずれてきたので。
DOCKの話ししてる人いるし、邪魔かとオモテ。

構造の人はさあ　DOCKとかHADOCKとかFTDOCKとか信じてないんだよ

>>744
DOCKの話をしている人ですが、全然OKだよ。
もちろん新スレがあってもいいけど。

>>745
それは全く正しい。
ただ、全部の化合物に対して複合体の構造測定してくれ、ってわけにもいかないからさ。

マ・クベです。良い壷を探しています。
今後ともよろしく。

ご挨拶です。
ttp://www.media-k.co.jp/jiten/imgbbs/bbs1/img-box/img20040831203300.jpg

【台風18号】またスプリング８の屋根が飛ぶ
http://news16.2ch.net/test/read.cgi/scienceplus/1094696070/l50

台風18号に伴う大型放射光施設（SPring-8）における台風被害の発生について
http://www.riken.go.jp/r-world/info/release/press/2004/040908_2/index.html

　 ∧＿∧　　　　Λ＿Λ
　（　・∀・） 　　　(ω・`　) ｵﾂｶﾚ ｵﾁｬｦ ﾄﾞｿﾞｰ
　（　∪ ∪　　　　とと　　ヽ
　と＿_）__）　　旦　 し―‐Ｊ

再開遅れるのかね

http://www.fsis.iis.u-tokyo.ac.jp/theme/molecula/

これ使ったことある方、感想を教えてください。
もしかして酵素と阻害剤の相互作用なんか解析できたりします？

>>752
できるけど、それが信用できるかどうかは疑問。
というか、まだ完成してない。gcc2.95でないとコンパイルできないソースなんか
公表するなと。

構造主義生物学はスレ違いかな

【生化学】カルシウムポンプ蛋白質のゲートの開閉機構を解明
http://news16.2ch.net/test/read.cgi/scienceplus/1096617628/l50

おいおまえら、構造生物学がらみで次にノーベル賞をとるのは誰だと思いますか？

・Steitz
・Hendrickson
・Kornberg
・Richmond
・横山

ロジャーは純粋にすごいと思うね。
あと、言うまでもないが、Steitz>>Y山さん
でも構造がらみでノーベル賞とるのは誰？っていわれると、
だれかなぁ・・・。

Hendrickson:MAD法の開発
今年取っておかしくないでしょう

Steiz>>Kornberg>>Hendrickson>>yokoyama>>Richmond

>>752
狙いは悪くないと思ったので、今落としている。
windows版がないのは漏れにはイタイ。
漏れのcygwin環境で動くのか…？？？

make clean
make[1]: Entering directory `D:/cygwin/tmp/BioStation'
ant -f launcher.xml clean
process_begin: CreateProcess((null), ant -f launcher.xml clean, ...) failed.
make (e=2): 指定されたファイルが見つかりません。
make[1]: *** [clean] Error 2
make[1]: Leaving directory `D:/cygwin/tmp/BioStation'
make: *** [all_clean] Error 2

だとさ。なんかファイル足らないみたい…。
JAVAもいるのか…。
用意すんのやだ。ってかcygwinではたぶん無理。
なげます。
XP版がでないかぎりスルー。

ってか気がついたのだが、fortran部分はintelのコンパイラ使ってる。
なぜ、量子化学の連中は、WinXPでintelVisualFortran使って開発
しないのか？？？
GAME××のコードが使いまわせなくなるから？　とか勘ぐった。

漏れ、やっちゃおうかなあ。ＸＰでの開発…。

winでの開発がないのは、業界自体の歴史的背景のせいだろうね。昔のWindowsマシンで何ヶ月か連続稼働なんて考えづらかったし。
なにせ量子化学プログラムは1960年代から続く歴史を持っているので、いろいろセンスの古いところがあるよ。
ちなみにGAMESSのコードを使っているFMOは他にある。

蛋白質ー基質間相互作用を量子化学計算を使って
化学的精度 (kcal/mol) で出すのはまだ無理。

>>765
う〜〜〜ん、もうちょっと具体的に。

>>766
765じゃないけど、第一の問題は近似が大量に入っていること。
量子化学計算自体に近似があるけど、タンパク質を扱う場合はさらに入っている。

そしてそれ以上に致命的な問題は水。
素の量子化学計算は原子が増加するとその5乗近いオーダーで計算量が増加するので、水和水を付けるのはものすごく難しい。
FMOなどは近似を使ってオーダーを落としている（2乗？）けど、それでも水を入れられるほどではない。
連続体モデルで溶媒和効果を近似する試みもあるけど、それもまた精度が余り良くない。また、QM/MMなどで水は古典的に扱う方法もあるけど、やはり所詮古典なので、これもまた精度に問題がある。

他には、本質的に量子化学計算は0Kの状態を計算している、という問題もある。つまり、相互作用のエントロピー的な部分に問題がある。
一応それ以外の温度を考えることもできるけど、さらに計算が煩雑になる。

ふむ。

さてソースでも読もうかと思ったのだが、台風でキーボードが浸水。
修理だな。
てわけでしばらくはパソで遊べん。

まあ、実験の方の勉強でもしてる。

しかし、タンパク−基質相互作用だけなら、そこまで面倒に考える必要も
ないのでは…という気もする。（フォールディんグ問題はひとまずおいと
いて、という意味）

ミオグロビンなら水素結合、チトクロームならクーロン相互作用とかキモになる
項があると思うのだが、こういうのは経験で知識つけていくしかないかなあ。

>>768
それは大変だったな…。

このあたりが、まさに定量的と定性的の間にある超えられない壁を実感する世界なんだ。
低分子化合物にとっては1kcal/molの違いですら複合体を形成するかしないかにおいて
致命的な差になることがある。
わずかなエネルギー差が全く違う結果を与えるという点では、フォールディングと同じだよ。

ただ、「だから無理だ」とあきらめていても無意味なので、768がいろいろ頑張ってくれると漏れもうれしい。

>>768
「キモ」の所を上手く取り出せば何とかなるのでは？で、
やって来たのがこれまでの数十年。結果は、まあ大雑把
にいって失敗だった...最近は、MDなど特にそうだが、や
はりなるべく近似なしのガチンコ計算が必要という雰囲
気だな。もしくは、極端な粗視化によって、その範囲で
言えること（これが難しんだが）だけ言おう、という姿
勢かなあ。実験の中のヒトは、罵るだけじゃなく長い目
で評価して欲しいとおも。

メインパソは台風でイマイチなので、代理パソで書き込み。

>>769
>>770
おつ。

ところで計算機と化学に興味持ってあれこれ調べてたのだが、ちょいと気になった
のがNMRのスペクトルシミュレーション。
手法もよくわからんのだが、気になったのは、それらが商用ソフトとして販売
されている点。
MO、MDは割とフリーのものもあるようだが、あっちの分野はほととんど無いと
思う。
この差はいったい何？
量子化学の人は太っ腹？

>>771
NMRスペクトルシミュレーションが金になるのは・・・・当たるから、でしょ？
MO/MDでも金とってるものはあるよ。フリーだから、という理由以外で、
フリーのほうがいいのだ、という科学的根拠があったらきぼーぬ。

>>772
MOにしても金取ってるGaussianの人気は相変わらず高いけど、Gaussianにも苦手がある。
そういう分野ではフリーのソフトのほうが有効な場面もあるよ。
NMRスペクトルシミュレーションが金を取るのは、当たるからではなく競合相手がいないから。

MOやMDのソフトウェアにフリーが多いのは、おそらく歴史的な理由だろうね。
科学計算をやっている人がみんな友だちだったような時代から続いてるから。

そうではなくて、科学計算ソフトで商売をしようなどという発想の希薄だった
あるいはそれでは尊敬されなかった時代から存在するからだろう。

研究者人口がそもそもちがいますからねえ
分析化学　>> 量子化学
だから分析やさん相手なら商売になる
ってことでしょう。

田中 俊之筑波教授が公募を出してます。助手の。
この人はどんな方ですか？人柄とか。
知ってる人いますか？

応募者が2chで情報収集しようとすんなバカ。

そんなの勝手じゃン。ばか！

NMR討論会あげ。
駒場江美ナース、食事できる場所少なすぎ。
駅前の定食屋、狭すぎ。

最近書き込み無いね。みんな結晶でた〜？？

基本的なことですが、、、。モデル構築の際、みなさんGlyてどうしてます？？

まだはじめたばっかりでなれていないのですが、側鎖が無いのでどうしてもCαを読み間違えてそうで
怖いのです。あ、ちなみにXtalViewを使ってます。

見えないところをあれこれ議論しても無駄だ。Glyはそのまま二次構造を引っ張るか
して、あとで精密化したときにおかしければ直す！

それでもだめなら結晶作り直すか、位相決定法かえるかしないとだめだろうな。

>>781
分解能と位相の質にもよりますが、まぁ基本的には782氏の言うとおりです。
精密化が進むにつれてマップはよくなるのが普通ですから、
よく分からない場所は、最初は適当において置くのがいいでしょう。

「Cαの読み間違え」というのは意味がよく分かりませんが、
（CαとN原子の位置の置き方でしょうか？）
原子間の距離は、精密化プログラムがかなり強力に
合わせてくれるから、心配しなくてもいいです。
ただ、主鎖のカルボニル基のO原子はよっぽど分解能が
悪く無い限り見えるはずなので、注意して置いてください。

分解能が良いならば（<2.3Å）、まずARP/wARPを試してみましょう！

781のGlyはきっとラセミ化してしまっているのに違いない
間違いない

>>784
というか、Glyに不斉点は存在しないのでｆ（ｒｙ

ジョンキュリアンってすごいね〜〜〜

>783
ARP/wARPいいんだけどさぁ、あんまし学生に使わせたくないんだよね。
それやっちゃうと、結局行き着くとこは毎日いい結晶出ますようにって
お祈りしながら実験することになっちゃうんだよね。

ルーチンワークはルーチンとしてやってかなきゃいかんのだけど、
最初から最後までルーチン化されてると研究する気も起きないだろ。

ちゃんと、XfitとかOとか、１からモデル組める人が時間無くてARP/wARP
っていうならまだしも、どっちもろくに使いこなせなくて途中計算も
人が書いたスクリプトでやってるような学生には使わせたくない。

一から教えるのもめんどくさいよ。特にＯの操作方法とか。
あと最近は液晶ディスプレイしかなくて立体メガネも使えなくて、初心者にモデリングはつらそうだ。

でも重要な分子は分解能３．２ÅくらいでもNatureに出る。
結局良い仕事をするには技術が必要ということだ。
位相が付いたけど２．６Åしかないから構造出せません、なんて人は淘汰されるだろ。
その辺ちゃんと判っている学生は．．．ウチにはおらんなあ。

ARP/wARPが３Åでもモデルが出せるようになったらおしまいだが。

つうか電子密度図見ながらのモデリングが楽しみだったんだけど。
そういう時代になっちゃったってことかな。

こちらもあげてみる
今年もばりばり結晶だしてもりもり構造きめようじゃねーのｗ

>>790
ルーチンワーク乙

>>790
がんがれ

じゃあ、一部移行するか。

>>789
ロボトが結晶マウントする時代だしな...

おまいら、結晶でたか？構造決まったか？？
そろそろ報告しようや。

ビームタイムがもう無いよ

>>796
気合いでin house だ! やれっ!!

面白い研究ができるならば。

最近はMADしかやったことないヘタレが多そうだな。俺もだが。

MIRよりオサレだと思うが

オサレでも、実験室系でできない

リボン図にしちまえば、どの方法で解いたって同じだろ。
F1-Fo map見せて、分解能の高さを誇ったって
nothing newでしょぼい議論しかできなかったら、へたれのオナニ研究と悪口言われても
しかたねーべなよ

nothing newでも論文にならないことはないだろ。

ならないよ。
論文になってないPDB登録がたくさんあるのはなぜ？
いまや、SNP'sやバクテリアのゲノム配列と同じ扱い
だから、nothing newだったら論文にはならん。

ホモログが今まで解かれてない　新規Polです。
ときたい　ときたい〜〜〜〜〜
でも、あぐるんです。

ｼｮﾎﾞﾝ。

効果的な可溶性おっきくする変異ないっすか？

Val, Leu, Ile, Met, Cys, Phe, Tyr, Trp をぜーんぶGluに
置換すれ。多分溶けるぞ。

溶けても、解けなきゃしかたない。
解けても、説けなきゃしかたない。

上手くまとめたな

>>806
なんでGluなんすか？
Gly？

>>809
ふかくかんがえるな

構造といたらい〜んでつ

Actaがある
Actaがある
Actaがあるさ〜

け、け、結晶がでますた！
一日ででますた！！！

987 ：名無しゲノムのクローンさん ：05/03/02 11:59:02
構造屋って計算は強いかもしれんが機能に対する洞察とか、
構造分かったから次は何ができるかとかそういうことが無茶弱い気がする。
結局５年かかって出した論文が５回くらいしか引用されないとか普通だし。
オレなら絶対構造はやらん。

構造の論文読んで機能を推測して、
いいデータが出たら構造はなかったことにして論文書く。
その方が高IFの論文に通りやすいから。
むろん引用もしない。

構造から機能を推測したと本当に言ってしまうと、
それってどのくらい確かなわけ？　ただの勘じゃねーの？　みたいな感じで、
シークエンスのホモロジーから遺伝子を釣って来たくらいの扱いしかされん。
逆に遺伝学や活性で釣ってきたと言うとCell、Natureいくからね。

まくべよ、その結晶はいいものなのか？ん？

http://groups.msn.com/om1flfsnc6jamhuomktsepo4a6/shoebox.msnw

ほぼX線スレだな

関連スレ

Ｘ線のタンパク結晶化ってどうよ？
http://science3.2ch.net/test/read.cgi/life/1030796416/l50

タンパク質のＮＭＲ
http://science3.2ch.net/test/read.cgi/life/1054459635/l50

>>814
構造屋っていっても機能予測ばっかりやってるわけじゃない。
in vivoんととコラボしてやってたりするから。そのへんは持ちつ
もたれつで機能屋と構造屋の関係があるわけですから。どっちが
上というわけではないでしょ。

結局、よほどのことがない限り構造と機能は一緒に出さないと
CellもNatureも載らない。

>>819
in vivoのところとコラボするとロクなことないぞ。
１．in vivoラボのガセネタに振り回されて大学院生が撃沈、か
２．うまく構造がとけた試料については、1st・コレスポの
処遇でもめて、学生が結局学位とれなくなる、か。
タンパク3000（個別解析）で、機能系ラボに金を
配分しているラボほど、中間評価が低かった・・・・鬱だ。
構造も機能も自分のラボでやらないとCellもNatureも載らない。

普通結果でた時のコレスポなんて最初に決めないか？？
そんなんも決めないでコラボするのは、研究者以前に研究営業
としてどうかしてる。機能も構造も両方完璧にできる大学レベルの
ラボは、おそらく日本にないぽ。
そうやって数少ない身内どうしで敵だ見方だって騒いでるうちはCellもNatureも
載らないぽ。構造屋さんは構造屋さんの仕事と持分があって、Vivo屋さんは
それ相当の持分があっていいと思うな。
なによりコラボするならマメに連絡とってセミナーやらないと事故の元。

誰でも解けるようなものばっかり数合わせで解こうとするからだろ。

Ｎ川、Ｎ村？

研究営業としてはだめだめだけれども、
結果が出たときのためにはどうしてもその分野の
in vivoの大御所の人に名前を貸してもらいたいと
思っている構造の人たちも多いわけ、、、
それはつまり、自分らで機能が完璧にできないということの
コンプレックスの裏返しなわけね、、、

vivo 屋さんの相当の持分→vivo屋さんの総取りにちかいことが
行われてるよ

結晶が出ますた！！

>>825
いまどき結晶でたくらいでいちいち報告すんな、ボケ！！
...ってボスに言われないかい？

結晶？でまくるが何か？　CaSO4だけどなorz

酒石酸とかな。
反射は出たか＞まくべ

他板で見た情報

231 名前：ぱくぱく名無しさん[sage] 投稿日：05/03/18(金) 21:51:18
>>220
飽和溶液の底に「ありがとう」と書いた紙をぺたっと貼っておけば
水が柔らかになってよい結晶がつくれると雑誌に書いてあった。

http://books.rakuten.co.jp/RBOOKS/NS/CSfLastGenGoodsPage_001.jsp?GOODS_NO=1395112
http://books.rakuten.co.jp/RBOOKS/NS/CSfLastGenGoodsPage_001.jsp?GOODS_NO=1518727

タンパクも柔らかになってあちこちフラフラして見えないor結晶化しない

最近日本のラボから面白い構造出てるの（今海外ポスドク＋非構造屋なんで
日本の状況が分からない）？何かあるなら論文のＰｕｂＭｅｄＩＤよろしこ。

変な形の結晶が出ますた！

嘘ついてますた！

結晶できたからってよろこんでるばあいじゃないぞ!
結晶ができなくて困っている人もたくさんいるんだ!

そういえば来週からNMR学会だね！

３０００プロジェクトの成果はどうなった？
横山はいうほどすごいの？

>>836
ゴミ蛋白ばっかり。投資するなら豊島･藤吉ぐらいで十分。

予算取りのためのY山バッシングの嵐がすごいですね
でも結局CNSの数で負けちゃうね
それでもってＢ評価っていうのは泣けるね

費用対効果に見合わないからでしょ

×費用対効果に見合わない
○費用に見合わない
○費用対効果が低い

>837
あとは若手で岩田想 (投資済み)，濡木理あたりではなかろうか。

T島先生も費用対効果は決して高くないよね

そしてテンション低いままNMR学会が横浜で開催中です

で、泥沼蛋白野郎どもは金がなくなったら行き先あるの？

>>842 あれ以上の費用対効果を上げてるいるのかよｗ

>>842 あれ以上の費用対効果を上げてる奴いるのかよｗ

あれ以上のって・・T島先生ってなんだかんだで一杯お金もらってるじゃん？

>847
それでもあれだけNatureのしかもArticleに出せば十分だろう。
基礎科学としては、だが。

黄緑色の結晶が出ますた！

>>848 いや、それどころかＮがどうこうっていうレベルに収まらない大きい仕事だよね。

>850
確かに。あれだけひとりで全てのステップを可視化したんだ。
そんな仕事あるんだろうか？
イオンチャネルでノーベル賞とられちゃった今では微妙だが、
十分候補にふさわしいくらいの成果だと思うが。

なんか自作自演ぽいな
あれだけっていうけどタンパク３０００から出たＣＮＳの
数を考えるとコストパフォーマンスは大して良くないぞ
これはマジ。
役人は説得できないよ。

誰がタンパク3000の話してるんだよｗ

「T島の成果はタンパク３０００にくらべて決して
コストパフォーマンスがよいわけではない
なぜなら論文が少なすぎる」
って話をしているんだろ？

で、タンパク３０００はいくら突っ込んで何報ＣＮＳが出たって？

1構造1000万円ｗ

構造広場へリターン・・・。構造生物学しかやってこなかった研究者には灯台下暗し。
Ｘ線結晶構造解析は専門領域。構造生物学は複合領域。生化学、細胞生物学で少々数年
修行してみるとおいしい研究分野だと痛感。。。ひひひ。

わからんが８０は超えてると思うぞ
Y山とWツキが稼ぎ頭だが

いくら突っ込んだと思ってんだよｗ

まあ、でもサイエンスを知らない素人でも、物質がどんな形かどんな色か、そういったことは理解できるでしょう。逆に言えば、それは共通認識になりうるということです。

>>860
あなたが見ている物質の形や色を、他の人も同じように見ているという
保証はどこにあるのでしょう？

だから？なんかの役に立つの？
ゴミみたいな構造解くだけなら自費でやるべき。

別に役に立たなくていいんじゃない？
今まで散々使ってきた他の分野にあげても癌も糖尿病も治せないし。
核融合もまともなひとはあれはダメだと言ってるのにまだやってるし。
リニアコライダーでヒッグス場の粒子見つけるんだとかいってる連中もいるし。
ナノテクで新しい有害物質作るにも投資してるし。
道路掘って埋める公共事業もOKなんだから別にいいっしょ。
アンタに先見の明があれば、あるいは次の流行を創る力があれば、つぎはアンタに金まわってくるよ。

ってか役に立たないといけないという発想する奴はサイエンス辞めた方が良いよw


ところで、ゴミ集めても数値目標達成できないんだったら誰かが責任は取らないといけないの？

>>858
例えばYokoyama S.を含むCNSは、2002年以降７報あるんだが、
Vassylyevさん関係５報、Ｎ木さん関係１報、CRESTだか関係１報だよね。
胸を張ってタンパク3000からのCNSと呼べる論文はあるの？

ageとく

>>864が問題の核心をつくからスレが止まっちゃったじゃないかw

核心を突いてるのは
>>864
で、
>>863
はタダの粘着だからスルーされてるのでは？

どうでもいいけどネイチャーの論文にもピンキリがあるから同じ1報として単純に考えるのはいかがなものか。

まちがったw

核心を突いてるのは
>>863
で、
>>864
はタダの粘着だからスルーされてるのでは？

どうでもいいけどネイチャーの論文にもピンキリがあるから同じ1報として単純に考えるのはいかがなものか。

ともあれ自作自演してまでT島を異常に崇拝するそのセンスがわからんなあ。
きっとT島のNatureはほかのよりスゴイとか言いたいんだろうが・・・
こういう粘着ってなんかキモイな

Y山の犬で、生物板で散々叩かれていたイチロー君の独立を祝う奴はいないのか？

>>867-868
バカっぽ〜いアンカーの間違いですなw

>ネイチャーの論文にもピンキリがあるから同じ1報として単純に考えるのはいかがなものか。
もスレ違い。ユルイね〜

>>869
自演って誰のこと言ってるつもりかわからんが、Ｔ島氏は人格に問(r

>>870
いない。同じく人格に(r

>>869
この文脈でＴ島を持ち上げていると読めるオマイが異常

盛り上がってるY研とは離れますが、ここ1-2年で新規の構造と言える
もの１つでも出ました（分野変えしたんで最近の構造関係に疎いもので）？

一時期の転写因子でよく新規の構造見つかりましたが最近聞かないん
で。最近の構造は大きいか生物学的な意義のあるものがいい雑誌に載る
けどこの感じからするともう新規の構造はほぼ残っていないということ
ですかね。

新規なだけならいい雑誌に載らなくなったことは確実

>>874
その文章からするとここ1-2年でも新規の構造（新規の定義が
曖昧だとは思いますが）は見つかっているってことですか？

そうだけど？

お勧めの分子ビューワーある？rasmol使ってるんだがいまいち。

PyMolスレッド見れ

chimera最高

http://science4.2ch.net/test/read.cgi/life/1093929010/l50
ここにほら。

3000個解いてもご不満ですか

ココのスレは物理や化学や医薬学出身の人の発言が目立ちますが、
生物学を勉強したものが生物学を定義すると　A)系統と進化　B)発生と遺伝　C)生理〜外界からの刺激と応答、と代謝〜受精卵誕生から個体死までの
動的平衡の制御　D)種の生態と種社会が有機的環境および無機的環境に及ぼす相互作用　(順不同)
の意味の異なる四つの現象の関わりと究明といえるのではないでしょうか？
ちなみに生物出身でも分子生物学に貢献された方もたくさんいらっしゃいます。

だからなんだよｗ

折りたたまれて安定化した不活性のタンパク質を解析してもねえ
無意味無価値の研究で血税を垂れ流しはムカつくよな

分かったようなこと言っちゃってｗ

>>877

Winでちょっと構造眺めるくらいの使い方ならCueMolいいよ。GUI操作だけでかなりのことが出来る。Figを作れないこともない。

http://cuemol.sourceforge.jp/ja/

医者が「興味がある」とか「重要」とかってほざいてる
タンパク質って結構トンデモが多いよな。
やっぱＭＤじゃなあ。

やっぱホモログの構造からモデリングしてMDで揺さぶっただけの構造じゃあだめだよな。

しったかぶりの学部生か何かか？つまらん煽りが続いてるな。

次期タンパク３０００どうなるんだろうねｗｗ
来年度は「評価が２の機関の方は参加はご遠慮ください」なんだよね

日本からScience2報同時掲載age

マニアック過ぎて読む気がしないがｗ

やっぱホモログの構造からモデリングしてMDで揺さぶっただけの構造じゃあだめだよな

日本発のCNSの構造論文が増えたってことはまさにタンパク3000のお陰なんじゃないの？

Se-Met + MAD法の普及でソーキングやったことないヤシが増えてる件について。

俺はやったことあるが、もう2度やりたいとは思わんな。
MADで決まるならそっちでいい。所詮手法は手法だ。

Se-Metで発現しないお（　つω`）

>>895
ソーキングでもMADできるだろ。

古い人間だからアレかもしんないけど、Se-Metはなーんか腰抜けって感じ。
ソーキングで結晶つぶしまくってこそ漢って感じするなｗ

ま、便利になったからそれはそれでいいんだけどね。

分子置換だけで10年以上やってきた俺が来ましたよ

>>896
MetもCysもないタンパクやってるお。もう疲れたお( ´ω｀)

Se-Met体ができる前に重原子入ってしまうとおっしゃる凄いお方もおられたが。

>>899
S-SADは無理ぽ？

>>897
あぁ〜、すげぇわかる希ガス。
せっかく育てた結晶を自らの手で潰す、破壊の美学とでもいうか。

Nativeとしてデータとればどんなに美しい回折像が見られるか、そう思いながら
水銀溶液にぶち込む瞬間、そして砕け散る結晶。。。。

これぞ構造生物学。

昔FFで出てきた、火のクリスタルを春八にもっていってビーム当てたら
何Åぐらい出るかなぁ、、、。

>>893
予算が増えて研究者の頭数は増えたが平均レベルはむしろ下がった希ガス

>>902
NMRのことも時々で良いから思い出してあげてください

>>901
っつうかS-SAD成功したヤシいるの？
いたら挙手＆詳しく。

うちの研究室ではデフォルト
海外だが

お前の言う構造生物学ってのは、結晶化とNMRとX線ーNMRの比較だけで成り立つんだな

そうだ

そうだ、カレー食べよう

いんほまちくすとでんけんはなかまはずれですかそうですか

ScienceとNature連発。
キングさん絶好調やね。

ジョーンズさんもね

>912
いずれもマニアックながら、ただの基質認識だけではなく、反応機構のスナップショットを念頭においてる。
やっぱり構造から酵素の反応を知るというのが重要だとNatureやScienceは考えているのだろうね。

キングさんって誰？

牧師だよ牧師

Y研でのN木さんのあだ名だよ

昔Ｙ研でキングさんといえばＮ木さんの１年上のＫ野さんを差していたのだが

キングは称号だから代々受け継がれるんだよ。

Kornbergキタコレ

ん。RNAポリメラーゼの構造はY山先生も精力的に取り組んできたはずだが...

「できる」X線学者がみんな傘下から出て行ってしまった現状を何とかしてくださいY先生

タンパク構造3000のプロジェクト自体は世界レベルで見て成功してるほうなんだから、
評価してやれw

どういう観点で「成功している方」なんて言えるのかね？
数？ 同じようなもの解いてもなあ....

先週のNatureにタンパク構造3000の記事出てたね

私怨

>>925
ありゃNMR屋のやっかみだろう