タンパク質のＮＭＲ
1 ：名無しスピン核：
ＮＭＲでタンパク質とか核酸とかの生体高分子の構造解析をしているみなさまー
ＮＭＲの素晴らしさ、苦労話などについて語りましょー
初心者からの質問もどしどし書き込んでちょ
ＮＭＲの素晴らしさ、苦労話などについて語りましょー
初心者からの質問もどしどし書き込んでちょ
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2 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/01 18:42
とろーじーについて教えてください
3 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/01 19:02
んｍｒとは？なんですか。しろうとです。
しつもんです。
しつもんです。
4 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/01 19:34
苦労のほうがおおいよ〜（＞＿＜）X線にすればよかった。
女の子いっぱいいるし←X線
女の子いっぱいいるし←X線
5 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/01 20:08
しろうとですしつもんですたんぱくしつとはなんですか。
糖はどうなんですか。むしですか。脂質はどうですか。やまわしにますか。
糖はどうなんですか。むしですか。脂質はどうですか。やまわしにますか。
6 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/01 20:12
初心者です全角半角とは何ですか検索とは何ですか。
7 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/01 20:20
核スピンとはなんですか スピン１／２の核とはなんですか
8 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/01 20:21
糖の分析してますが何か？
9 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/01 20:26
>>5最後わらた。
10 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/01 20:26
天然存在比はなんですか
11 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/01 20:29
ルパンはケーん
かたってくれ
かたってくれ
12 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/01 20:33
スカラーカップリングはなんですか？
スカラー波とはかんけいありますか？
スカラー波とはかんけいありますか？
14 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/01 20:58
>>2おなじこといったりするあれだｙ。
>>3核磁気共鳴っつー現象だ。原理は知らん。ほかのやつ頼んだ。
>>4女の子での苦労をしらねーやつか。おめでてーな。
>>5蛋白はアミノ酸がつながってんだよ。糖はやってるやつがいるようだから8に聞け。脂質はしらん。山は死ぬ。もちろん海もだ。
>>6素人は全半角なんか気にスンナ。もちろん1もだ。
検索が不便でもどうでもいいってこった。
もちろん1は検索なんか知らんとおもうがな。
>>7原子核がまわるんだよ。そうだろ？な？ちがうのか？
>>8なにかじゃなーよ。得意げな顔してなにがなにかだ。
おまえはなにかといいたかっただけじゃねーのかと以下略。
>>9わらたじゃねーよ以下略。
>>10いろいろ同位体があるんだけどそのひりつがどうこうということ。
データの解釈のときに問題になるのか?
>>11派遣したのか騙ったのか。
>>12スカラーって辺りは関係あるな。なにかって？
すまんもうむり。
>>3核磁気共鳴っつー現象だ。原理は知らん。ほかのやつ頼んだ。
>>4女の子での苦労をしらねーやつか。おめでてーな。
>>5蛋白はアミノ酸がつながってんだよ。糖はやってるやつがいるようだから8に聞け。脂質はしらん。山は死ぬ。もちろん海もだ。
>>6素人は全半角なんか気にスンナ。もちろん1もだ。
検索が不便でもどうでもいいってこった。
もちろん1は検索なんか知らんとおもうがな。
>>7原子核がまわるんだよ。そうだろ？な？ちがうのか？
>>8なにかじゃなーよ。得意げな顔してなにがなにかだ。
おまえはなにかといいたかっただけじゃねーのかと以下略。
>>9わらたじゃねーよ以下略。
>>10いろいろ同位体があるんだけどそのひりつがどうこうということ。
データの解釈のときに問題になるのか?
>>11派遣したのか騙ったのか。
>>12スカラーって辺りは関係あるな。なにかって？
すまんもうむり。
15 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/01 21:00
ＮＭＲ若手研究会ってなんですか？
最終日のプログラムは、あれはなにかのしゃれですか？
最終日のプログラムは、あれはなにかのしゃれですか？
16 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/01 21:20
>14 わらた！
17 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/01 22:42
超高圧NMRってなんですか？
18 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/01 23:32
>>17
深海魚を高圧の重水槽に入れて大きな外部磁場をかけ、
磁気共鳴による振動磁場の吸収エネルギーを観測する手法のこと。
深海魚を固定するために凝固点以下でやらないと逝けない。
磁場の異方性を取り除くために、水槽を高速スピンさせることも多い。
しかし、T1が短くなることがあるので測定効率は良いらしい。
深海魚を高圧の重水槽に入れて大きな外部磁場をかけ、
磁気共鳴による振動磁場の吸収エネルギーを観測する手法のこと。
深海魚を固定するために凝固点以下でやらないと逝けない。
磁場の異方性を取り除くために、水槽を高速スピンさせることも多い。
しかし、T1が短くなることがあるので測定効率は良いらしい。
19 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/01 23:34
しんじていいんだな？
おれはしんじるぞ。
学会で呼んだおえらい外国のせんせにそう説明するぞ。
いいんだな？？
おれはしんじるぞ。
学会で呼んだおえらい外国のせんせにそう説明するぞ。
いいんだな？？
20 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/01 23:44
vitroでコンフォーメンション研究なんてもう止めたら？
うそ臭いから。
うそ臭いから。
21 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/01 23:44
>>17
本来は固体NMRでしか観測できないような岩石、鉱物などでも
数千気圧の超高圧をかけることにより溶融解し、溶液NMRの
手法により通常のNMR測定ができる。通常は鉱物中のAl,Siなどを
観測する手法
本来は固体NMRでしか観測できないような岩石、鉱物などでも
数千気圧の超高圧をかけることにより溶融解し、溶液NMRの
手法により通常のNMR測定ができる。通常は鉱物中のAl,Siなどを
観測する手法
22 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/01 23:48
融解したら結晶構造の情報がなるなるじゃないかぁ！！！
23 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/01 23:49
定量につかうんだよ。積分値の。
24 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/01 23:51
そんなもん妖怪してICPではかれよ！！
25 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/01 23:52
いや、３０００気圧の圧力をかけることにいみがあるんだよ。
地球のコアと同じ条件にするんだよ。
地球のコアと同じ条件にするんだよ。
26 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/01 23:52
28 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/01 23:54
まあ深海魚に圧力かけるにしろ岩石に圧力かける
にしろ、タンパクに圧力かけるよりも・・・
にしろ、タンパクに圧力かけるよりも・・・
29 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/01 23:58
深海魚は圧力かけないと死んじゃうからね。
深海魚の酵素はコンフォーメーションも違うらしい。
深海魚の酵素はコンフォーメーションも違うらしい。
30 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/02 00:01
単に酸素の分圧の問題と思われ。
31 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/02 00:03
ダイアモンドマルチアンビルで深海魚を圧縮？？
地球科学ならすでにやってそうな実験だな。
地球科学ならすでにやってそうな実験だな。
32 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/02 00:04
ちょといいか？圧力かけたら固まるんじゃ？
温度上げたら解けると思うが。
温度上げたら解けると思うが。
33 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/02 00:05
地球のマグマはとけていますが、なにか？
>>30
古いよ。古いすぎる。
古いよ。古いすぎる。
35 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/02 00:05
あと地球のコアが停止したら、人類は一年で滅亡しますが、なにか？
36 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/02 00:06
ばかだなあ。高圧で温度が上がるんじゃないか。
37 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/02 00:06
>>32
熱力学の基礎からやり直しましょう。
熱力学の基礎からやり直しましょう。
38 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/02 00:07
39 ：32：03/06/02 00:11
つまり高圧という表現は不十分で高温高圧というのがより正確な状態を表しているということでよろしいか?高温低圧という状況もありうるよな?
40 ：32：03/06/02 00:12
すまそ、高圧低温の間違い。
41 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/02 00:13
どうでもいいってんだよばーか。
42 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/02 00:24
いずれにせよ、in vitroの構造観察や分子動力学の結果と整合性がないと
何やってんだかわからないことに。。
何やってんだかわからないことに。。
43 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/02 00:31
分子動力学ってpH定義できるんか？
pH６とpH７の差が出るほど水分子い
れられないんちゃうか。
別に分子動力学の結果や、クソGFPを
死ぬほど発現させた細胞内の挙動と
違ってたからといって、屁とも思わん
ここだけの話ｖｖ
pH６とpH７の差が出るほど水分子い
れられないんちゃうか。
別に分子動力学の結果や、クソGFPを
死ぬほど発現させた細胞内の挙動と
違ってたからといって、屁とも思わん
ここだけの話ｖｖ
44 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/02 00:42
水分子の量でpHを再現するの？？
45 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/02 13:04
15Nの化学シフトの標準はなにをつかえばいいでつか?
46 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/02 16:57
31Pの化学シフトの標準はなにをつかえばいいでつか?
47 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/02 20:45
48 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/03 00:32
ぶっちゃけ何kダルトンまで？
49 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/04 02:50
松竹梅 3種類コースがあります
松 30kd
竹 20kd
梅 10kd うちのラボは梅クラスメイン、ときどき竹クラス。
松 30kd
竹 20kd
梅 10kd うちのラボは梅クラスメイン、ときどき竹クラス。
50 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/04 12:55
松になるか梅になるかってのは、実際何の差なの？
（まあ、いろいろあるんだろうが）
（まあ、いろいろあるんだろうが）
51 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/05 15:41
蛋白質構造のNMR解析はX線解析に比べ、どういう利点があるのですか？
厨な質問ですみませんです。
厨な質問ですみませんです。
52 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/05 20:03
エックス線は体にわるいです。
53 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/05 20:43
中性子よりはマシかも知れんけどな。
54 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/06 00:23
でも800MHzの磁石の下は、結構頭痛や耳鳴りがするよ。
55 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/06 00:27
X線はときどきクリスタルパッキングのせいで「とんでもないウソをつく」
NMRは精度はひくいけれどもウソはつかない。
そんなわけでX線業界には一発バクチ屋が、NMR業界には地味目でぱっと
しないお人よしの正直者が多い。X線にもときどき正直者がいますが、そう
いうひとはやっぱり学会とかでは地味系です
NMRは精度はひくいけれどもウソはつかない。
そんなわけでX線業界には一発バクチ屋が、NMR業界には地味目でぱっと
しないお人よしの正直者が多い。X線にもときどき正直者がいますが、そう
いうひとはやっぱり学会とかでは地味系です
>>52
>>55
有難うございます。現在論文まみれの厨なM１です。
んで、バインディングモジュールの研究をしているのですが
NMRによる解析が論文に出てきて足踏みしてました。
てか、死にたいです・・・
>>55
有難うございます。現在論文まみれの厨なM１です。
んで、バインディングモジュールの研究をしているのですが
NMRによる解析が論文に出てきて足踏みしてました。
てか、死にたいです・・・
57 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/06 22:15
良スレ予感age
58 ：無料動画直リン：03/06/06 22:25
59 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/07 00:09
スピンディフュージョンはなんですか？
ローテーショナルディフュージョンとはちがうですか？
ローテーショナルディフュージョンとはちがうですか？
60 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/07 09:29
結晶化は楽しいですか？
61 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/07 12:15
楽しいですよ。一度仕込んだらしばらくは寝て待つだけ。その間はあがきようもないので、開き直ってます。
62 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/07 21:59
NMR部屋は寒い(風邪引きやすい)。
結晶化部屋はほどほどの室温。低温室で仕込んだりもするけど。
音楽聴きながら、またるりと単純作業。
どちらが楽しいかは…人によるなあ。
結晶化部屋はほどほどの室温。低温室で仕込んだりもするけど。
音楽聴きながら、またるりと単純作業。
どちらが楽しいかは…人によるなあ。
63 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/07 22:13
てゆか漏れはどっちも、はすっぱしか齧ってないからなんとも。
64 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/07 22:46
65 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/08 00:28
まあねえ・・・・
結晶出ないと地獄だし、出ても外国と競争になったらやっぱり
地獄だし、競争にすらならないマイナーな蛋白（機能未知で
番号しかついてない奴）なんかは構造から機能が類推できなければ
やっぱり地獄だからなあ
結晶出ないと地獄だし、出ても外国と競争になったらやっぱり
地獄だし、競争にすらならないマイナーな蛋白（機能未知で
番号しかついてない奴）なんかは構造から機能が類推できなければ
やっぱり地獄だからなあ
66 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/08 00:38
でも結晶仕込んでるあいだ暇だし、遊んでても就職活動してても文句いわれないから就職するんだったら結晶化はおすすめだよ！
67 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/08 10:38
NMRしんどいっす。就職活動できるX線がうらやましい・・・・（＞＿＜）
68 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/08 23:05
大丈夫だ。みんなDに進めばいいｗ
69 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/08 23:32
進んだ後どうなるでつか？ 職はあるでつか？
70 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/10 00:27
D進めばどっちもポス毒
両方見てきた限りM卒ならNMRの方が就職いいですよ。
ある程度物理のわかる人＋有機機器分析のできる人
という評価になるから。
薬剤師とかのライセンスを持ってるなら薬局や病院があるけど
理学系は厳しいねえ
両方見てきた限りM卒ならNMRの方が就職いいですよ。
ある程度物理のわかる人＋有機機器分析のできる人
という評価になるから。
薬剤師とかのライセンスを持ってるなら薬局や病院があるけど
理学系は厳しいねえ
71 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/13 08:58
＞ある程度物理のわかる人＋有機機器分析のできる人
でもおれものとりしかできない（汗
でもおれものとりしかできない（汗
72 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/14 01:34
Mの場合は４年で与えられたテーマに依存するからなあ。
molecularから一か八かで始めなけりゃいけないテーマと
精製法が既に出来上がってるテーマと
(ひどい場合は可溶性画分にガンガン発現するのでラベルもすんなりOKとか、
結晶化条件がすでに決まってるとか)
いろいろあるけど、他人の幸運は見ない振りして自分の道を突き進むしかない
・・・といまさらながら気づいた。ものとりで苦戦しても将来きっと役に立つだろう。
就職活動は・・・M1後期から始まるからものとり軍団は苦戦だけどね。
molecularから一か八かで始めなけりゃいけないテーマと
精製法が既に出来上がってるテーマと
(ひどい場合は可溶性画分にガンガン発現するのでラベルもすんなりOKとか、
結晶化条件がすでに決まってるとか)
いろいろあるけど、他人の幸運は見ない振りして自分の道を突き進むしかない
・・・といまさらながら気づいた。ものとりで苦戦しても将来きっと役に立つだろう。
就職活動は・・・M1後期から始まるからものとり軍団は苦戦だけどね。
73 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/16 19:54
72がいいこといった
74 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/22 14:58
ようするにNMRやってるのはだめだめってこと
だがそれでもNMRに惹かれてる奴らはおおい
今年の若手NMR研究会ではAKSK先生を囲む会をするそうだ。
X線の人たちのほうは若手の研究会とか勉強会とかないの？
だがそれでもNMRに惹かれてる奴らはおおい
今年の若手NMR研究会ではAKSK先生を囲む会をするそうだ。
X線の人たちのほうは若手の研究会とか勉強会とかないの？
__∧＿∧_
|（ ＾＾ ）| ＜寝るぽ（＾＾）
|＼⌒⌒⌒＼
＼ |⌒⌒⌒~| 山崎渉
~￣￣￣￣
76 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/19 07:41
保守
77 ：なまえをいれてください：03/07/24 15:58
ハッキリ言ってアメリカなどの多民族国家では黒人の方がアジア人よりもずっと立場は上だよ。
貧弱で弱弱しく、アグレッシブさに欠け、醜いアジア人は黒人のストレス解消のいい的。
黒人は有名スポーツ選手、ミュージシャンを多数輩出してるし、アジア人はかなり彼らに見下されている。
(黒人は白人には頭があがらないため日系料理天などの日本人店員相手に威張り散らしてストレス解消する。
また、日本女はすぐヤラせてくれる肉便器としてとおっている。
「○ドルでどうだ？(俺を買え）」と逆売春を持ちかける黒人男性も多い。）
彼らの見ていないところでこそこそ陰口しか叩けない日本人は滑稽。
貧弱で弱弱しく、アグレッシブさに欠け、醜いアジア人は黒人のストレス解消のいい的。
黒人は有名スポーツ選手、ミュージシャンを多数輩出してるし、アジア人はかなり彼らに見下されている。
(黒人は白人には頭があがらないため日系料理天などの日本人店員相手に威張り散らしてストレス解消する。
また、日本女はすぐヤラせてくれる肉便器としてとおっている。
「○ドルでどうだ？(俺を買え）」と逆売春を持ちかける黒人男性も多い。）
彼らの見ていないところでこそこそ陰口しか叩けない日本人は滑稽。
78 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/24 15:39
ま、ここまでグダグダ頭悪い書き込みをしてみた結果からも、みんなNMRのことはなーんもわかってないってことだな。
79 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/24 19:12
ヽ､.三 ﾐﾆ､＿ ＿＿＿ _,. ‐'´／/-─==＝＝=-､ヾ ／ヽ
,.‐'´ `''‐- ､._ヽ /.i ∠,. -─;==:- ､ゝ‐;----// ヾ.､
[ |､! /'￣r'bゝ}二. {`´ '´＿_ （_Y_）,. |.r-'‐┬‐l l⌒ | }
ﾞl |｀} ..:ヽ--ﾞ‐´ﾘ￣ヽd､ '''' ￣￣ |l !ﾆ! !⌒ //
. i.! l .::::: ｿ;;:.. ヽ､._ _,ノ' ゞ）ノ./
｀ ｰ＝=--‐'´(__,. ..、 ￣￣￣ i／‐'／
i .:::ﾄ､ ￣ ´ l､_／::|
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ヽ ｰ‐==:ﾆﾆﾆ⊃ !:: ト､
俺は大変なことに気づいてしまった！
NMRの「N」という字をよく見て見ろ！
Nは日本（NIPPON）を意味する
日本人の耳にはNとMの発音の違いは聞き取りにくいから
子音のuはノイズと考えてコレを取り除くと
NはMを意味しているがハッキリとわかる
よく見ると「MMR」！
そう、NNRとは暗に俺達の存在を伝える為のものだったのだ！
こちらの情報を基に、俺達を根絶やしにする気に違いない！
分子を超えてあなたは、我々に一体何度ー我々の前に立ちはだかってくるというのだ！！
田中耕一！！！
,.‐'´ `''‐- ､._ヽ /.i ∠,. -─;==:- ､ゝ‐;----// ヾ.､
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俺は大変なことに気づいてしまった！
NMRの「N」という字をよく見て見ろ！
Nは日本（NIPPON）を意味する
日本人の耳にはNとMの発音の違いは聞き取りにくいから
子音のuはノイズと考えてコレを取り除くと
NはMを意味しているがハッキリとわかる
よく見ると「MMR」！
そう、NNRとは暗に俺達の存在を伝える為のものだったのだ！
こちらの情報を基に、俺達を根絶やしにする気に違いない！
分子を超えてあなたは、我々に一体何度ー我々の前に立ちはだかってくるというのだ！！
田中耕一！！！
80 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/25 19:33
いよいよ来週に迫ったということでRRRあげ。
RRRを修復複製組換えのシンポジウムだと思ってる人は、
逝ってよし！
RRRを修復複製組換えのシンポジウムだと思ってる人は、
逝ってよし！
81 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/30 03:15
いよいよ？
82 ：名無しゲノムのクローンさん：03/11/25 12:04
N討あげ
83 ：名無しゲノムのクローンさん：03/11/25 15:13
学会が近いというだけで構造生物学関係のスレをいちいち全部ageるな。 お前はプチ山崎か。
84 ：名無しゲノムのクローンさん：03/11/29 12:41
ちょい質問しる。
おらは既存の蛋白の変異をつくる仕事したました。
測定はCOZZY,COESYなど２次元です。
測定後チャートをPDBと参照しながら、どの部位に変化あるかどうか
調べていた経験をみちます。
でも、鶴見の理研なんかは未知の蛋白の構造を調べるのみ
どうしているのか検討つきません。
連鎖帰属するとおもうけど、データないのならば
このアミノ酸は何番目ってきめらないとおもうんだけど
そのへん、どのような手法で決め手いるのか？
おらは既存の蛋白の変異をつくる仕事したました。
測定はCOZZY,COESYなど２次元です。
測定後チャートをPDBと参照しながら、どの部位に変化あるかどうか
調べていた経験をみちます。
でも、鶴見の理研なんかは未知の蛋白の構造を調べるのみ
どうしているのか検討つきません。
連鎖帰属するとおもうけど、データないのならば
このアミノ酸は何番目ってきめらないとおもうんだけど
そのへん、どのような手法で決め手いるのか？
85 ：名無しゲノムのクローンさん：03/11/29 13:35
結合って見えるんだよ、だから問題なし（ﾏｼﾞﾚｽ）
以上。
以上。
86 ：名無しゲノムのクローンさん：03/11/29 13:36
播磨じゃなく鶴見が出てきた理由がわからん
87 ：名無しゲノムのクローンさん：03/11/29 21:31
淡白３０００しなね〜の・・
88 ：名無しゲノムのクローンさん：03/11/30 11:00
アホっぽいレス。
それ出すなら播磨。
それ出すなら播磨。
89 ：名無しゲノムのクローンさん：03/12/02 01:51
播磨にもNMRあるんだけど、誰が何に使ってるのかレポートしれ！
90 ：名無しゲノムのクローンさん：03/12/02 14:05
いまだに理論を理解するのに苦労してる・・・
あと、acronym多杉。
あと、acronym多杉。
91 ：名無しゲノムのクローンさん：03/12/03 22:54
俺は物理屋で量力得意だからまずはNMRの理論的理解から入っていく。
おまえら生物屋は高校数学も理解できない馬鹿ばっかりだから
苦労するだろうよ。測定だけしてろ。
播磨は放射光（生物屋のお前らには放射光の理論的理解も無理だろう）
鶴見はＮＭＲ（ブルカー、日本電子、バリアン）
>>88 ばかはおまえだよ
おまえら生物屋は高校数学も理解できない馬鹿ばっかりだから
苦労するだろうよ。測定だけしてろ。
播磨は放射光（生物屋のお前らには放射光の理論的理解も無理だろう）
鶴見はＮＭＲ（ブルカー、日本電子、バリアン）
>>88 ばかはおまえだよ
92 ：名無しゲノムのクローンさん：03/12/03 23:24
93 ：名無しゲノムのクローンさん：03/12/04 02:04
>>91 播磨にもNMRはあるっしょ。最近だれが何につかってるんだか。
知ったか豚は哀れ？ まあマターリと理論でも理解してオナニーしてろってこった。
知ったか豚は哀れ？ まあマターリと理論でも理解してオナニーしてろってこった。
94 ：名無しゲノムのクローンさん：03/12/04 10:36
>91
生物屋は測定だけじゃなくて大量発現と精製もします！
物理屋だったら新しい方法考えてちょ！
それができないなら生物やと同じだなー。
だったら君が物理勉強してもいみないじゃーん?｡
生物屋は測定だけじゃなくて大量発現と精製もします！
物理屋だったら新しい方法考えてちょ！
それができないなら生物やと同じだなー。
だったら君が物理勉強してもいみないじゃーん?｡
95 ：名無しゲノムのクローンさん：03/12/04 13:51
煽られてるし・・・
こんなの放置汁！
こんなの放置汁！
96 ：名無しゲノムのクローンさん：03/12/05 11:11
>>91
わかった。そしたら物理屋は薬飲まなくっていいよ。
わかった。そしたら物理屋は薬飲まなくっていいよ。
98 ：名無しゲノムのクローンさん：03/12/15 09:50
>97
そんなこと言って薬が売れなくなって困るのは、多額の研究開発資金を投資して薬を作った自分達だということを忘れていないか?
そんなこと言って薬が売れなくなって困るのは、多額の研究開発資金を投資して薬を作った自分達だということを忘れていないか?
いえいえ、物理屋なんか人口の0.01%以下でしょ。
ｶｽみたいな数ジャン。
わが国には医療薬依存症の年寄りが山ほどいるから
わが業界は安泰じゃ。
もっとも、わが国で原体の開発はほとんど行われていないわけだが。
ｶｽみたいな数ジャン。
わが国には医療薬依存症の年寄りが山ほどいるから
わが業界は安泰じゃ。
もっとも、わが国で原体の開発はほとんど行われていないわけだが。
100 ：名無しゲノムのクローンさん：03/12/21 02:57
物理を馬鹿にするヤツは小柴のオッちゃんが「メー」するどー！
小柴さん激怒のニュートリノ実験計画、「逆転」で予算化
--------------------------------------------------------------------------------
総合科学技術会議のランク付けで最低の「Ｃ評価」だった
文部科学省のニュートリノ実験施設建設計画が、２０日示された
来年度予算の財務省原案に盛り込まれた。
ニュートリノ研究でノーベル物理学賞を受けた小柴昌俊・東大名誉教授の
抗議が「逆転」につながった。
認められたのは「大強度陽子加速器計画」の一部として
０７年に始まる予定だった実験施設建設を、来年度から
に前倒しするための予算６億円（概算要求額は８億円）。
総合科学技術会議は今年１０月、「計画全体の見直しなしの前倒しはおかしい」
としてＣ評価をつけ改善を求めた。文部科学省は科学技術・学術審議会の
作業部会で見直しを行ったうえで、改めて予算要求していた。
小柴さんはこの日「実験が始められることは非常に喜ばしい。
今後も基礎研究の予算に十分配慮して欲しい」と語った。
(12/20 10:55)
小柴さん激怒のニュートリノ実験計画、「逆転」で予算化
--------------------------------------------------------------------------------
総合科学技術会議のランク付けで最低の「Ｃ評価」だった
文部科学省のニュートリノ実験施設建設計画が、２０日示された
来年度予算の財務省原案に盛り込まれた。
ニュートリノ研究でノーベル物理学賞を受けた小柴昌俊・東大名誉教授の
抗議が「逆転」につながった。
認められたのは「大強度陽子加速器計画」の一部として
０７年に始まる予定だった実験施設建設を、来年度から
に前倒しするための予算６億円（概算要求額は８億円）。
総合科学技術会議は今年１０月、「計画全体の見直しなしの前倒しはおかしい」
としてＣ評価をつけ改善を求めた。文部科学省は科学技術・学術審議会の
作業部会で見直しを行ったうえで、改めて予算要求していた。
小柴さんはこの日「実験が始められることは非常に喜ばしい。
今後も基礎研究の予算に十分配慮して欲しい」と語った。
(12/20 10:55)
101 ：名無しゲノムのクローンさん：03/12/21 22:08
きっと同じようなことを世界のNOYORIもするんだろーなあ
102 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/07 11:34
端にヒスタグを付けたままの場合、全部見えます？
103 ：和泉市上町、 無職の田村静絵（２４）：04/04/07 12:43
みえますよ
104 ：名無しゲノムのクローンさん：04/04/08 08:51
どもありがと。では付けたままやってみます。
105 ：名無しゲノムのクローンさん：04/05/20 08:58
あげ
106 ：名無しゲノムのクローンさん：04/05/20 13:53
全部見えませんでした。オーバーラップしてるのかな。
107 ：名無しゲノムのクローンさん：04/06/18 12:43
そりゃオーバーラップすっだろよ
108 ：名無しゲノムのクローンさん：04/06/28 04:13
「ヒスタグの６個のヒスの、３番目と４番目が完全に一致しているとか、そういうこと」なんですが、「そりゃ、すっだろよ。」でしょうか。
それとも、見えなくなっているのでしょうか。
それとも、見えなくなっているのでしょうか。
109 ：名無しゲノムのクローンさん：04/07/25 07:08
Ｘ線の方のスレは盛り上がっておりますが、こっちのスレは全然ですね。
110 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/11 13:52
今度は構造生物学のスレが盛り上がってますね。
111 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/12 17:56
NMR人も構造スレくれば？
112 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/14 10:45
お、久しぶりにオレ以外の人の書き込みだ。
113 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/19 02:50
固体NMRでのタンパク構造解析についてどう思いますか？
もっと分解能があがらないと意味無いような気がするんですけど･･
このタンパクには有効だってものがあれば教えてください。
もっと分解能があがらないと意味無いような気がするんですけど･･
このタンパクには有効だってものがあれば教えてください。
114 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/19 06:22
Oschkinatらの仕事は立派だと思うし、十分分解能高いと思う。
蛋白質の立体構造の分解能という意味なら。
NMRのsignalの分解能という意味では、固体試料の試料調製
の時の試料の均一性が実はものすごく線幅を決めてしまう
ので、もっとサンプリングにこだわったほうがいいと思う。
具体的にはmicro crystalを使うのがもっともよいと思う。
蛋白質の立体構造の分解能という意味なら。
NMRのsignalの分解能という意味では、固体試料の試料調製
の時の試料の均一性が実はものすごく線幅を決めてしまう
ので、もっとサンプリングにこだわったほうがいいと思う。
具体的にはmicro crystalを使うのがもっともよいと思う。
115 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/19 06:23
そういえば、大阪で開かれた今年のRRRはよかったね。
来年もやるらしいよ。
来年もやるらしいよ。
116 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/19 14:19
珍しくこのスレがあがってきてるな。
117 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/20 09:53
学会とかで見てると海外の論文にあるような線幅の狭いうつくしい
スペクトルを国内でだしているグループは非常に少ない。
何かサンプリングにコツでもあるのかな？
フィブリンとかアミロイド系試料では、もともとsample heteregenityが
高すぎるんじゃないのかなあ？
スペクトルを国内でだしているグループは非常に少ない。
何かサンプリングにコツでもあるのかな？
フィブリンとかアミロイド系試料では、もともとsample heteregenityが
高すぎるんじゃないのかなあ？
118 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/20 17:52
固体サンプルの均一性を上げるには結晶化しかないと思う。
単結晶ができるならX-rayでいいし、微結晶ならまぁまぁ有効かな。
忘れてたけど、タンパク3000プロジェクトのNMR部門は結果でてるのかな？
単結晶ができるならX-rayでいいし、微結晶ならまぁまぁ有効かな。
忘れてたけど、タンパク3000プロジェクトのNMR部門は結果でてるのかな？
119 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/20 19:32
NMR討論会に行けばわかるね。ていうか今年中間評価なんだよね。
120 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/21 18:06
タンパク3000終了後はNMRで蛋白質の構造解析やってる人あぶれるのかな・・・
121 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/22 21:07
それよりもSpring8が実質的に開店休業に追い込まれる可能性高いから
たぶん、X線の結晶化技術が未熟な若造連中が大量に成果でなくなって
あぶれると思う。大量にものとりができて、高純度に精製できる香具師は
大きなきれいな結晶がつくれるんで、実験室系でもあまり問題なく成果
だせるが、タグがなきゃ精製できないとかいってるお坊ちゃまPhDは
壊滅すると思われ
たぶん、X線の結晶化技術が未熟な若造連中が大量に成果でなくなって
あぶれると思う。大量にものとりができて、高純度に精製できる香具師は
大きなきれいな結晶がつくれるんで、実験室系でもあまり問題なく成果
だせるが、タグがなきゃ精製できないとかいってるお坊ちゃまPhDは
壊滅すると思われ
122 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/25 16:32
Spring8を使ってるX線結晶解析はミュータントだろうと結果が出てれば
まぁいいんじゃないかな。
NMRはタンパクの全体構造を出すのに向いて無い気がするっていうか
技術が足りないよ。
まぁいいんじゃないかな。
NMRはタンパクの全体構造を出すのに向いて無い気がするっていうか
技術が足りないよ。
123 ：Ｙ山Ｓえ：04/08/25 19:24
タンパク3000終了後も私が存命中はNMRやってる人をすべて私が
引き取りますので、安心して構造解析やって下さい。
引き取りますので、安心して構造解析やって下さい。
124 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/25 21:38
あなたのボスだったＭ澤先生のような早死にだけはしないでくださいね。
125 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/26 22:53
>X線結晶解析はミュータントだろうと結果が出てれば
まぁいいんじゃないかな。
藁
まぁいいんじゃないかな。
藁
>>121の主張している内容が理解できない。
127 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/28 21:19
128 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/28 22:00
古い人が昔の精製歴を自慢するんだよ。
痛いって自分でわかんないのかねぇ
痛いって自分でわかんないのかねぇ
129 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/29 02:25
>>127
かといって、マスターで膜ねらったりすると人生どぶにすてる結果が待ってる罠。
かといって、マスターで膜ねらったりすると人生どぶにすてる結果が待ってる罠。
130 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/31 11:44
リコンビナントを精製しても自慢にもならないし、
天然資源から天然物を精製したことを自慢してはいけないと言うことですね。
つまり、精製に自慢は禁物と。
天然資源から天然物を精製したことを自慢してはいけないと言うことですね。
つまり、精製に自慢は禁物と。
131 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/31 12:01
ここ、タンパク質精製スレじゃなくてＮＭＲじゃん。
目的のタンパク質のラベル用の精製プロトコルを確立できればいいんじゃないだろうか？
未だに構造が解けていないタンパク質の場合、簡単に確立できる場合も有るだろうけど、難しい場合の方が多いのではないだろうか。
（というか、簡単であったならば、誰かが既に構造といている、とも考えられる。）
自慢する必要は無いかもしれんが。
あまり小さな断片に切らないでね。
目的のタンパク質のラベル用の精製プロトコルを確立できればいいんじゃないだろうか？
未だに構造が解けていないタンパク質の場合、簡単に確立できる場合も有るだろうけど、難しい場合の方が多いのではないだろうか。
（というか、簡単であったならば、誰かが既に構造といている、とも考えられる。）
自慢する必要は無いかもしれんが。
あまり小さな断片に切らないでね。
132 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/31 17:58
X線で構造解析が難しいタンパク質もNMRならできるみたいなこといってるけど
実際、結晶ができにくいタンパク質の全構造はNMRでも出しにくい。
もちろん精製も難しいのもあるだろうけど
結局タンパク質がみんな同じ構造を形成してる条件ってのが
結晶状態でしょ。
粉末状態のNMRなんてデータがあいまいすぎて構造決定できないでしょ。
実際、結晶ができにくいタンパク質の全構造はNMRでも出しにくい。
もちろん精製も難しいのもあるだろうけど
結局タンパク質がみんな同じ構造を形成してる条件ってのが
結晶状態でしょ。
粉末状態のNMRなんてデータがあいまいすぎて構造決定できないでしょ。
133 ：名無しゲノムのクローンさん：04/08/31 21:18
134 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/01 12:08
>>132 では、前半はマトモなこと書いてると思った。
結晶が出来やすいようなタンパク質はＮＭＲスペクトルも綺麗という話を聞いたことが有る。
両方やってないから知らないけど。
後半は意味が分からん。
結晶を試料としてＮＭＲやってると思っているのか？
それとも、オレには理解できない固体ＮＭＲの事か何かか？
一般的には>>133が書いているように溶液ＮＭＲですね。
> タンパク質がみんな同じ構造を形成してる条件ってのが結晶状態でしょ。
この日本語、だれか解読＆解説して下さい。
結晶が出来やすいようなタンパク質はＮＭＲスペクトルも綺麗という話を聞いたことが有る。
両方やってないから知らないけど。
後半は意味が分からん。
結晶を試料としてＮＭＲやってると思っているのか？
それとも、オレには理解できない固体ＮＭＲの事か何かか？
一般的には>>133が書いているように溶液ＮＭＲですね。
> タンパク質がみんな同じ構造を形成してる条件ってのが結晶状態でしょ。
この日本語、だれか解読＆解説して下さい。
135 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/06 00:11
タンパク質のX線構造解析のスレあります？
原理が理解できません。どなたか簡単に教えてください。
原理が理解できません。どなたか簡単に教えてください。
136 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/06 16:13
137 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/06 22:47
microなheterogenityのことをいってるとおもわれ
spectraがきれいなたんぱく質は結晶化もかんたんにいくし
うんがよければnmr試料管内部で結晶化する
では結晶がでない蛋白質はどこが悪いんだ？
spectraがきれいなたんぱく質は結晶化もかんたんにいくし
うんがよければnmr試料管内部で結晶化する
では結晶がでない蛋白質はどこが悪いんだ？
138 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/07 19:05
スプリング8の屋根が飛んで、使えなくなってしまっているわけだが、構造やってる人、大丈夫？
139 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/07 19:25
>>138
＿|￣|○
＿|￣|○
140 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/07 21:05
いや今、夏のメンテ期間だから
再開時期が遅れるかどうか微妙
再開時期が遅れるかどうか微妙
141 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/08 03:10
142 ：名無しゲノムのクローンさん ：04/09/11 11:59:43
共同機器のNMR新しくするより、Q-TOF型質量分析計がほしいよー
うちの大学の先生達は新しい装置を警戒するから駄目だ
うちの大学の先生達は新しい装置を警戒するから駄目だ
143 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/11 21:19:29
NMRができないと
いきていけないよ
いきていけないよ
144 ：Ｙ山Ｓえ：04/09/13 19:20:08
これからはタンパク質と核酸のNMRの時代ですよ。
我こそはと思う若人は是非私のもとに集結せよ。
我こそはと思う若人は是非私のもとに集結せよ。
145 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/13 20:06:09
教官がNMRがなんなのかよくわかっていないんですが・・。
独学で使えますかね？
独学で使えますかね？
146 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/13 20:46:09
使えますよ。
でも、Ｙ山Ｓえ先生のご指導を受ければ更に短期間で習熟しますよ。
でも、Ｙ山Ｓえ先生のご指導を受ければ更に短期間で習熟しますよ。
147 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/14 01:00:07
実際のところ横浜研究所には外に出れば教授クラスの
ＮＭＲ使いがゴロゴロしてるから、誰かに教えてもらえ
れば、短期間で習熟しますね。
ＮＭＲ使いがゴロゴロしてるから、誰かに教えてもらえ
れば、短期間で習熟しますね。
148 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/14 01:32:13
その割には外に出る人少ないよね
149 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/14 08:38:27
なんでだろうね？予測はつくけれども。やっぱり最大の要因は、理研の出す
住居手当の額のせいかなあ？
住居手当の額のせいかなあ？
150 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/20 11:15:02
住居手当てはいくら？
突然低レベルの質問でもうしわけありません。
ラット組織で椎間板からの蛋白抽出、ウエスタンブロッテンングを行っている者ですが、蛋白をアセトンで濃縮したあと、蛋白質がペレット状になってしまい、うまくサンプルバッファーに溶けずに四苦八苦しております。
このサンプルはSDS-PAGE用に抽出しているのですが、どなたか低分子蛋白を失活させることなくこのペレット状になった蛋白をサンプル化させる方法をご存知ありませんでしょうか。
よろしくお願いします。
ラット組織で椎間板からの蛋白抽出、ウエスタンブロッテンングを行っている者ですが、蛋白をアセトンで濃縮したあと、蛋白質がペレット状になってしまい、うまくサンプルバッファーに溶けずに四苦八苦しております。
このサンプルはSDS-PAGE用に抽出しているのですが、どなたか低分子蛋白を失活させることなくこのペレット状になった蛋白をサンプル化させる方法をご存知ありませんでしょうか。
よろしくお願いします。
152 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/20 19:59:25
>>113
Wuthrichが1986年に出した構造のクオリティって、
ちょうど2002年のOschkinatらの構造のクオリティくらいでしょう。
溶液の場合はCaMでヘテロの仕事が出来ることが示されて、
1990年代に入ってから一気に構造のクオリティが上がり始めているわけで
固体だって、もう一つ何か大きなブレークスルーがあったら、
クオリティが飛躍的に上がる可能性は十分あると思うよ。
逆に言うとこれはチャンスなわけで、
そういうブレークスルーを起こした人はビッグになれると思うけどな。
そんでもってももっと言うと、今後十年くらいで固体の方法論がほぼ完成して
その後は今の溶液みたいにルーチンになると
誰でも使える技術になるかも知れないね。
のんびりと構えている場合ではないのだ。
Wuthrichが1986年に出した構造のクオリティって、
ちょうど2002年のOschkinatらの構造のクオリティくらいでしょう。
溶液の場合はCaMでヘテロの仕事が出来ることが示されて、
1990年代に入ってから一気に構造のクオリティが上がり始めているわけで
固体だって、もう一つ何か大きなブレークスルーがあったら、
クオリティが飛躍的に上がる可能性は十分あると思うよ。
逆に言うとこれはチャンスなわけで、
そういうブレークスルーを起こした人はビッグになれると思うけどな。
そんでもってももっと言うと、今後十年くらいで固体の方法論がほぼ完成して
その後は今の溶液みたいにルーチンになると
誰でも使える技術になるかも知れないね。
のんびりと構えている場合ではないのだ。
153 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/22 12:47:37
固体NMRもなにやら技術が確立されつつあるね。
X線で回折像の見えない結晶くずれの微結晶を
固体NMRで解析できるみたいだね。
そんなサンプルは腐るほどあると思うから
固体NMRも使えるようになってくると思うよ。
ただ、タンパクのNMRってことで言ったら
高分子になればなるほど難しいよね。
X線で回折像の見えない結晶くずれの微結晶を
固体NMRで解析できるみたいだね。
そんなサンプルは腐るほどあると思うから
固体NMRも使えるようになってくると思うよ。
ただ、タンパクのNMRってことで言ったら
高分子になればなるほど難しいよね。
154 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/23 04:01:20
>>151
ペレットになってるタンパクを失活させずにサンプルにする？
間違いだらけだな。
まず１つ。SDS-PAGEでは、活性が有るかどうかは関係ない。
サンプルバッファーを加えた時点で、基本的に失活する。
次に。
ペレット状になっている時点で活性はないんじゃないだろうか。
それとも、ペレット状のタンパク質の活性を測ってる？
今回の場合、限られた情報からはアセトンの添加によって失活してると考えられるので、有機溶媒系以外の濃縮を考えたほうが良いと思う。
例えば硫安沈殿、もしくはイオン交換系のカラムなどはどうなん？
ペレットになってるタンパクを失活させずにサンプルにする？
間違いだらけだな。
まず１つ。SDS-PAGEでは、活性が有るかどうかは関係ない。
サンプルバッファーを加えた時点で、基本的に失活する。
次に。
ペレット状になっている時点で活性はないんじゃないだろうか。
それとも、ペレット状のタンパク質の活性を測ってる？
今回の場合、限られた情報からはアセトンの添加によって失活してると考えられるので、有機溶媒系以外の濃縮を考えたほうが良いと思う。
例えば硫安沈殿、もしくはイオン交換系のカラムなどはどうなん？
155 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/25 23:02:25
>>1
最初すれたい読んだときＭＭＲかと思ったＯＴＬ
最初すれたい読んだときＭＭＲかと思ったＯＴＬ
156 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/26 00:52:32
ＮＭＲの最後のr音を除くとenema(浣腸)になる。r音が弱い日本人は笑われてるかも。
157 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/27 02:58:32
158 ：名無しゲノムのクローンさん：04/09/29 00:57:29
添加するアセトンの量を変えてみては？
やっぱ、X線のほうがNMRより華やかなのは、
結晶の美しさを反映しているように思えるのはおれだけか？
やっぱ、X線のほうがNMRより華やかなのは、
結晶の美しさを反映しているように思えるのはおれだけか？
159 ：名無しゲノムのクローンさん：04/10/19 00:58:54
実に。
NMRでも３DCGアニメーションなんかで、ポリゴンもりもり使って発表すれば
華やかになるんじゃないの？
素人目にみて（ﾟдﾟ）ｽｹﾞｰ っていわせられるかの問題な気ガスる。
NMRでも３DCGアニメーションなんかで、ポリゴンもりもり使って発表すれば
華やかになるんじゃないの？
素人目にみて（ﾟдﾟ）ｽｹﾞｰ っていわせられるかの問題な気ガスる。
160 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/04 21:52:01
あげてみる
今年もよろしく。
今年もよろしく。
161 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/05 20:31:35
NMRってどれくらい分かるんですか？
分子量が100kくらいのでかいのも構造わかる？
分子量が100kくらいのでかいのも構造わかる？
162 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/05 23:05:23
タンパク質のNMRはツールもあるし、方法論も確立されているし、
職人じみたテクニックを思っている人がゴロゴロしているから、
競争がきびしいぞ。
もしそれで限界を感じていたら、低分子の有機分子の構造決定の
技術開発に、是非参入してくれ。
これはタンパクのNMRとは全く別のジャンルだと思ったほうがいい。
自分は、タンパクの専門家が分子量1000もない分子の構造決定で
ギブアップする姿を何度も見た。
立体化学の決定方法とか、いまだに職人技で本当に難しいんだよ。
職人じみたテクニックを思っている人がゴロゴロしているから、
競争がきびしいぞ。
もしそれで限界を感じていたら、低分子の有機分子の構造決定の
技術開発に、是非参入してくれ。
これはタンパクのNMRとは全く別のジャンルだと思ったほうがいい。
自分は、タンパクの専門家が分子量1000もない分子の構造決定で
ギブアップする姿を何度も見た。
立体化学の決定方法とか、いまだに職人技で本当に難しいんだよ。
163 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/05 23:41:13
162は立体構造の話と化学構造の話を区別して書いておくれ。まるで違うから。
ついでに言うと、タンパクNMRのデータ解析に関して職人じみたテクニックを
持っている人なんて、国内では数えるほどしかいないよ。
ついでに言うと、タンパクNMRのデータ解析に関して職人じみたテクニックを
持っている人なんて、国内では数えるほどしかいないよ。
164 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/05 23:55:39
タンパクのNMRってどの程度実用性があるの？
分子量の制限、ラベル化、精製、測定期間中の安定性。。
乗り越えるべきハードルがあまりにも多すぎるような希ガス
分子量の制限、ラベル化、精製、測定期間中の安定性。。
乗り越えるべきハードルがあまりにも多すぎるような希ガス
165 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/05 23:59:05
すまん、私が言っているのは化学構造のこと。まず最初に平面構造を決定
しなければならないが、これだけでも相当な職人芸を要する。
次に「立体配置」(configuration)を決めなければいけないが、これはさらに
難しい。
なお、NMRで決められるのは、相対立体配置。特殊な技術で絶対立体配置も
決定できる。
163が言っている「立体構造」とは、「立体配座」(conformation)のことと
思われる。
これにはタンパクのNMR技術が一部応用できる。
しなければならないが、これだけでも相当な職人芸を要する。
次に「立体配置」(configuration)を決めなければいけないが、これはさらに
難しい。
なお、NMRで決められるのは、相対立体配置。特殊な技術で絶対立体配置も
決定できる。
163が言っている「立体構造」とは、「立体配座」(conformation)のことと
思われる。
これにはタンパクのNMR技術が一部応用できる。
166 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/06 00:03:48
まだ発展途上って感じですね
昔からあるけど なかなかぱっとしないですね
昔からあるけど なかなかぱっとしないですね
>>165
>これだけでも相当な職人芸を要する。
そうか？
漏れは合成屋。合成ルートがわかっていればそんなに職人芸だとは思わない。
ただし、構造の予測がつかない天然物では確かに神の領域かもしれない。というか
X線で構造を確定した後、NMRで屁理屈をこねるのが常套手段。報文に書くときは
NMRで構造を予測し、X線で確認したと順番が逆になる。
>これだけでも相当な職人芸を要する。
そうか？
漏れは合成屋。合成ルートがわかっていればそんなに職人芸だとは思わない。
ただし、構造の予測がつかない天然物では確かに神の領域かもしれない。というか
X線で構造を確定した後、NMRで屁理屈をこねるのが常套手段。報文に書くときは
NMRで構造を予測し、X線で確認したと順番が逆になる。
もちろん合成ルートがわかっていれば、そんなに難しくない。
でも、あなたも信じていた構造のまま何ステップも進めて「どうもおかしい」と気づいて、NMRを
さかのぼって見直してみて「あちゃー」って経験があるでしょ。
構造の予測のつかない天然物や分解物では本当に難しい。構造見れば、ただのアミノ酸の誘導体
（しかも既知）に何ヶ月も費やした経験が誰にでもあるはずですよ。
でも、あなたも信じていた構造のまま何ステップも進めて「どうもおかしい」と気づいて、NMRを
さかのぼって見直してみて「あちゃー」って経験があるでしょ。
構造の予測のつかない天然物や分解物では本当に難しい。構造見れば、ただのアミノ酸の誘導体
（しかも既知）に何ヶ月も費やした経験が誰にでもあるはずですよ。
169 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/06 00:28:47
162のような話は耳タコだけど、いつも比較してるのは
低分子の化学構造決定 と タンパクの立体構造決定。
タンパクの化学構造（一次構造）をＮＭＲで決められる人なんていないよ。
あげ足を取り過ぎたかな。少しは実のありそうな質問に励もう。
１．低分子の化学構造解析は確かに難しいが、技術開発の余地なんてそんなにあるの？
解析能力は単に知識量と慣れの問題では？
２．絶対立体配置の決定って何を使うの？配向試料とか特殊な装置とか？
既にスレ違いなんで、簡単なお返事で結構です。
低分子の化学構造決定 と タンパクの立体構造決定。
タンパクの化学構造（一次構造）をＮＭＲで決められる人なんていないよ。
あげ足を取り過ぎたかな。少しは実のありそうな質問に励もう。
１．低分子の化学構造解析は確かに難しいが、技術開発の余地なんてそんなにあるの？
解析能力は単に知識量と慣れの問題では？
２．絶対立体配置の決定って何を使うの？配向試料とか特殊な装置とか？
既にスレ違いなんで、簡単なお返事で結構です。
170 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/06 00:43:18
あーでもできなくはないか＞タンパク一次構造決定 言い過ぎた。
MTPA誘導体の磁気異方性効果できめまつ。
これでいいよね>>165さん
これでいいよね>>165さん
お答えする。
１．技術開発の余地はある。
その経験に負うところが多い知識を客観化できれば、どれだけ研究が進歩するか。
特にケミカルシフトとカップリング情報の蓄積においては、個人の経験に負うところが多すぎる。
生物の研究においては、生物機能の調整物質としての低分子生理活性物質の研究が進んでいないことに
危惧を覚える。
２．絶対構造の決定には、NMRでやる限りにおいては補助基の導入による新Mosher法が一般的。
ただ、これには有機化学の知識が不可欠だ。
１．技術開発の余地はある。
その経験に負うところが多い知識を客観化できれば、どれだけ研究が進歩するか。
特にケミカルシフトとカップリング情報の蓄積においては、個人の経験に負うところが多すぎる。
生物の研究においては、生物機能の調整物質としての低分子生理活性物質の研究が進んでいないことに
危惧を覚える。
２．絶対構造の決定には、NMRでやる限りにおいては補助基の導入による新Mosher法が一般的。
ただ、これには有機化学の知識が不可欠だ。
173 ：162,165,172：05/01/06 00:55:04
>>171
いいです。
いいです。
ごめん、ちょとずれた。
レスアンカー、適宜解釈して下さい
レスアンカー、適宜解釈して下さい
175 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/06 01:15:19
>>175
漏れも低分子ータンパク相互作用の解析にNMRがどれだけ使えるのか？という疑問
を持っている（それで>>164を書き込んだ）。
NMRのえらいセンセーは大いに可能であるみたいな話をしているが、
ほんとうかいな？
漏れも低分子ータンパク相互作用の解析にNMRがどれだけ使えるのか？という疑問
を持っている（それで>>164を書き込んだ）。
NMRのえらいセンセーは大いに可能であるみたいな話をしているが、
ほんとうかいな？
177 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/06 02:27:47
ああ、>>164の疑問はそういうことね。
タンパク単体の立体構造決定に関してなら、スレ丸ごと要約しなきゃか？と思ってた。
低分子ータンパク相互作用の解析なら、NMRは悪くないと思う。
と書いて済ませたくなるけど、単体で主鎖を帰属できるタンパクに限られることを
思うと、その疑問も自然かなと思うよ。
タンパク単体の立体構造決定に関してなら、スレ丸ごと要約しなきゃか？と思ってた。
低分子ータンパク相互作用の解析なら、NMRは悪くないと思う。
と書いて済ませたくなるけど、単体で主鎖を帰属できるタンパクに限られることを
思うと、その疑問も自然かなと思うよ。
178 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/06 02:54:31
>>169
低分子の化学構造決定法について技術開発の余地
は、あるかもしれないが、それは単なる技術開発であって
科学ではない。
単に13C/15N/17O標識試料が高価すぎて入手できないので、
天然存在比でやろうとするから、測定の感度が足りず
データも足りなくて、難儀しているだけなケースが
圧倒的に多い。
その化合物の構造決定が莫大な利益を生むのが明白な場合、
海外の製薬会社はとんでもない金をかけて、解決する。
つまり金のないラボが苦しんでいるだけということで、
だとすると開発する側の意欲も萎える。
蛋白質のNMRでも同様で、小麦胚芽無細胞系と
単一アミノ酸選択標識とSAILアミノ酸があれば、分子量限界も
大きく広がるし、主鎖も側差も帰属は楽勝。
金のないラボが大腸菌がどうの、巻戻しがどうの、シャペロン
共発現がどうの、というが、それもまた自己満足に過ぎない。
低分子の化学構造決定法について技術開発の余地
は、あるかもしれないが、それは単なる技術開発であって
科学ではない。
単に13C/15N/17O標識試料が高価すぎて入手できないので、
天然存在比でやろうとするから、測定の感度が足りず
データも足りなくて、難儀しているだけなケースが
圧倒的に多い。
その化合物の構造決定が莫大な利益を生むのが明白な場合、
海外の製薬会社はとんでもない金をかけて、解決する。
つまり金のないラボが苦しんでいるだけということで、
だとすると開発する側の意欲も萎える。
蛋白質のNMRでも同様で、小麦胚芽無細胞系と
単一アミノ酸選択標識とSAILアミノ酸があれば、分子量限界も
大きく広がるし、主鎖も側差も帰属は楽勝。
金のないラボが大腸菌がどうの、巻戻しがどうの、シャペロン
共発現がどうの、というが、それもまた自己満足に過ぎない。
179 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/06 03:05:05
>>178は首都大の方？w 他はさておき最後の２行はどうかな。
金でタンパクに構造をとらせることができるの？
金でタンパクに構造をとらせることができるの？
180 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/06 03:25:14
>>179
>金でタンパクに構造をとらせることができるの？
俺的には答えはYesだけどね。正確にはタンパクに
構造をとらせやすい方法は金がたくさんかかるという
こと。
金があれば培養動物細胞で三重標識できるから。
あるいは理研が開発に成功したらしいHeLaの無細胞系
のスケールアップなんていうのもよさそうだし。
無細胞系を調製する前段階の細胞の状態から標識いれて
おけば可能かもね。
ともかく大腸菌や酵母にこだわってる限り
科学の問題と経済の問題をすりかえているだけなんじゃ
ないかって気がする。
>金でタンパクに構造をとらせることができるの？
俺的には答えはYesだけどね。正確にはタンパクに
構造をとらせやすい方法は金がたくさんかかるという
こと。
金があれば培養動物細胞で三重標識できるから。
あるいは理研が開発に成功したらしいHeLaの無細胞系
のスケールアップなんていうのもよさそうだし。
無細胞系を調製する前段階の細胞の状態から標識いれて
おけば可能かもね。
ともかく大腸菌や酵母にこだわってる限り
科学の問題と経済の問題をすりかえているだけなんじゃ
ないかって気がする。
181 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/06 03:29:24
有機化学でも理学系と工学系では論文の出し方の
スタイルが違うッしょ？
新規の合成ルートを追及するか、既存のルート＋安い
原料＋高い収率を追求するか？
経済効果と有用性を考えるんだったら、そりゃ工学的セン
スのほうが役にたつけどさ？それをいいだすくらいなら、
最初から生命科学なんかやんなきゃいいのにって思うぞ。
スタイルが違うッしょ？
新規の合成ルートを追及するか、既存のルート＋安い
原料＋高い収率を追求するか？
経済効果と有用性を考えるんだったら、そりゃ工学的セン
スのほうが役にたつけどさ？それをいいだすくらいなら、
最初から生命科学なんかやんなきゃいいのにって思うぞ。
182 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/06 04:31:11
>>180
元気があっていいねえ。動物由来の蛋白なら動物由来の系で発現すりゃいい、か。
じゃあ、ちなみにアラビドプシスの遺伝子を小麦の無細胞系で発現して何％が
構造解析に適したサンプルができたか知ってるかな？
と書きつつも裏の話をここで書くわけにはいかんしな、ほなサイナラってとこか。
元気があっていいねえ。動物由来の蛋白なら動物由来の系で発現すりゃいい、か。
じゃあ、ちなみにアラビドプシスの遺伝子を小麦の無細胞系で発現して何％が
構造解析に適したサンプルができたか知ってるかな？
と書きつつも裏の話をここで書くわけにはいかんしな、ほなサイナラってとこか。
183 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/06 08:43:46
この種の研究のもどかしさを、みんな感じていることを確認できて
すごくうれしい。
ただ、金にあかせて安定同位体ラベルとか、タンパクとの相互作用を
調べればいいとか、発想が貧困（ちょっと言いすぎ）だなぁ。
漏れは、その単なる技術開発の後にあるNMR研究のブレイクスルーを
待っているんだよ。
すごくうれしい。
ただ、金にあかせて安定同位体ラベルとか、タンパクとの相互作用を
調べればいいとか、発想が貧困（ちょっと言いすぎ）だなぁ。
漏れは、その単なる技術開発の後にあるNMR研究のブレイクスルーを
待っているんだよ。
184 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/06 22:16:41
あ、>>184は非タンパクの話ね。
186 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/07 09:38:24
184は俺だが。185は別人。非タンパクはスレ違いなんでそろそろ終わりにしてね。
すみません、２ｃｈブラウザのレスがずれていました。
非タンパクの話はもう終わりでいいです。
非タンパクの話はもう終わりでいいです。
188 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/15 00:34:01
今週のnatureのarticleだれか説明してくれろ
189 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/15 18:41:06
w
190 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/16 01:56:28
いやぁ クリスさん偉くなっちゃったから。
政治が科学を動かすんでしょう。
英国はNMRによる構造ゲノムをやらないかわりに、
英国では網羅的な蛋白質ダイナミクス解析を行う
国プロを立てるんだ！ なんてオチがついてたら笑いますな
でもってそのためのN編集部へのネゴシエーション、と。
政治が科学を動かすんでしょう。
英国はNMRによる構造ゲノムをやらないかわりに、
英国では網羅的な蛋白質ダイナミクス解析を行う
国プロを立てるんだ！ なんてオチがついてたら笑いますな
でもってそのためのN編集部へのネゴシエーション、と。
191 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/18 19:27:30
N編集部へのネゴシエーションできるのがうらやまｐ
192 ：名無しゲノムのクローンさん：05/01/19 02:41:22
一般ピープルにはできませんな。
193 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/04 01:52:54
最近、スプリング８に行けと言われたが、
おまいら、お勧めの宿を教えてくれ。
準備で忙しい！！
おまいら、お勧めの宿を教えてくれ。
準備で忙しい！！
194 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/04 07:59:19
宿舎利用以外にお勧めのやどなんかねーべな。相生駅前か？
195 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/04 19:57:30
いいじゃん宿舎で。立派だし。風呂は自動で沸くし。
食い物はあの近辺どこもダメだ
ローソンが一番まし
食い物はあの近辺どこもダメだ
ローソンが一番まし
196 ：名無しゲノムのクローンさん：05/02/04 19:58:30
そういや、パスタ屋があったな
行ったことはない
行ったことはない
197 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/05/10(火) 17:20:51
ＮＭＲの初心者です。
本当に基本的なことで申し訳ないのですが，
食品の開発分野でＮＭＲの用途って
なにかありますか？？？
少し伺いたいです。
本当に基本的なことで申し訳ないのですが，
食品の開発分野でＮＭＲの用途って
なにかありますか？？？
少し伺いたいです。
198 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/05/14(土) 20:38:27
>>197
> ＮＭＲの初心者です。
> 本当に基本的なことで申し訳ないのですが，
> 食品の開発分野でＮＭＲの用途って
> なにかありますか？？？
> 少し伺いたいです。
ぐぐれ
ttp://www.google.co.jp/search?hl=ja&q=食品と開発+NMR&btnG=Google+検索&lr=
> ＮＭＲの初心者です。
> 本当に基本的なことで申し訳ないのですが，
> 食品の開発分野でＮＭＲの用途って
> なにかありますか？？？
> 少し伺いたいです。
ぐぐれ
ttp://www.google.co.jp/search?hl=ja&q=食品と開発+NMR&btnG=Google+検索&lr=
199 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/05/15(日) 01:32:46
200 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/05/15(日) 01:50:32
各種栄養ドリンク剤の一次元スペクトル比較
というポスター演題を見かけたことがある。
というポスター演題を見かけたことがある。
201 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/06/01(水) 20:15:38
水のクラスターサイズ測定ではないかい。
その効果はとっくに否定されていると思われるが、いまだに、怪しい浄水機などの売り台詞になっている。
つい最近も、水の構造的記憶は従来信じられていたよりもさらに素早く（フェムト秒オーダーで）失われるという
結果が発表されているのにね。
（ところで、水のクラスターサイズ云々の言いだしっぺは、日○電子の某氏ではなかったか。古い話だが。）
もちろん、タンパク質まわりの構造水のことことを言ってるんじゃないよ。
その効果はとっくに否定されていると思われるが、いまだに、怪しい浄水機などの売り台詞になっている。
つい最近も、水の構造的記憶は従来信じられていたよりもさらに素早く（フェムト秒オーダーで）失われるという
結果が発表されているのにね。
（ところで、水のクラスターサイズ云々の言いだしっぺは、日○電子の某氏ではなかったか。古い話だが。）
もちろん、タンパク質まわりの構造水のことことを言ってるんじゃないよ。
202 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/06/01(水) 20:33:15
>>170 NMRによるタンパク質の一次構造決定。
実用性はほとんど無い（一般的手法の方がはるかに少量の試料でできる）が、やってみたい。レトロだ。
モデリングによる立体構造予測コンテストのCASPみたく（その逆に近いが）、2Dか3DのNMRスペクトルだけ渡して、配列を決定させ、
その正確度を競うってのはどう。まあ、部分的にあたりつけて、DBから配列検索すれば、ほとんどのケースあたっちゃうかもしれ
ないけど、方法として排除はできないので、それもありってことで。コンテストの得点は、ピークのアサイメントテーブルまで完成
させた上でのミスに対しての減点方式ってのはどう。
問題点は、データの供給元と解析時間か。別に完璧を期す必要もないから、すでに結果をpublish済みのデータで、
場所は勉強会みたいなところで、各ラボのチームを組み、「48時間以内にできるところまでやれ。自動解析ソフトの使用も可。」
でやってもいいや。職人芸を披露するラボ、解析ソフトのチューンナップで勝負するラボなど出てきて、ボトムアップにつながる
と思うんだけどね。
それで、データ供給元のアサイメントミスが見つかったら・・・・・、いいじゃないか、前進だよ。
実用性はほとんど無い（一般的手法の方がはるかに少量の試料でできる）が、やってみたい。レトロだ。
モデリングによる立体構造予測コンテストのCASPみたく（その逆に近いが）、2Dか3DのNMRスペクトルだけ渡して、配列を決定させ、
その正確度を競うってのはどう。まあ、部分的にあたりつけて、DBから配列検索すれば、ほとんどのケースあたっちゃうかもしれ
ないけど、方法として排除はできないので、それもありってことで。コンテストの得点は、ピークのアサイメントテーブルまで完成
させた上でのミスに対しての減点方式ってのはどう。
問題点は、データの供給元と解析時間か。別に完璧を期す必要もないから、すでに結果をpublish済みのデータで、
場所は勉強会みたいなところで、各ラボのチームを組み、「48時間以内にできるところまでやれ。自動解析ソフトの使用も可。」
でやってもいいや。職人芸を披露するラボ、解析ソフトのチューンナップで勝負するラボなど出てきて、ボトムアップにつながる
と思うんだけどね。
それで、データ供給元のアサイメントミスが見つかったら・・・・・、いいじゃないか、前進だよ。
203 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/06/05(日) 09:18:31
NMR若手の会に行った人！
今年はどうだった？
最終日の総合討論面白かった？？
今年はどうだった？
最終日の総合討論面白かった？？
204 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/06/16(木) 08:13:38
205 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/06/20(月) 08:28:00
206 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/07/28(木) 15:42:49
あのーお聞きしたいんですが、
His-tagでNMRって本当に大丈夫なんでしょうか・・・？
濃度が高いとアグルってきいたんですけど。。
His-tagでNMRって本当に大丈夫なんでしょうか・・・？
濃度が高いとアグルってきいたんですけど。。
207 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/07/29(金) 19:10:07
>>206
NMR屋さんじゃないけどだれも答えてないようなので。
構造解析の際は普通は切り捨てるみたいですねぇ
帰属もちょっとたいへんだとか。
特にアグりやすいのはpPRO-EXで発現させたものだと思う
（このベクター、いまどこのメーカーだっけ？合併が多くてわけわかめ）
あれはNMR濃度の１桁下(mg/mlオーダー)でもアグる可能性が高い
NMR屋さんじゃないけどだれも答えてないようなので。
構造解析の際は普通は切り捨てるみたいですねぇ
帰属もちょっとたいへんだとか。
特にアグりやすいのはpPRO-EXで発現させたものだと思う
（このベクター、いまどこのメーカーだっけ？合併が多くてわけわかめ）
あれはNMR濃度の１桁下(mg/mlオーダー)でもアグる可能性が高い
208 ：名無しゲノムのNMR屋さん：2005/09/02(金) 13:31:51
>構造解析の際は普通は切り捨てるみたいですねぇ
>帰属もちょっとたいへんだとか。
こちらNMR屋です。
His-tagにしても、GST-tagにしても、融合タンパク質のタグは切るのが普通ですね。
NMRは磁場の強さ(MHz)と安定磁場の供給が重要ですから、
できればタンパクの分子量が小さく(MW＜30KDa)、cryogenic probeが付いていると
スペクトルの分解能と、シグナル/ノイズ比が良くなるので、
比較的シグナルがきれいに見えますね。
しかし、サンプルに関してはタグを付けてタンパク質の可溶化度を上げているので、
タグを切断する→アグリゲーション
の可能性が高くなります。
以前、His-tagを切断しないままスペクトル測定した方がいるのですが、
His-tagくらいの分子量なら、分子量が少ないのでなんとかなるみたいですね。
しかし、生理学的な機能を探求するためには向かないかもしれませんね。
シグナルの帰属は確かに大変ですが、それはX線の方も苦労していることなので、
苦労して構造を出すという意味では同じだと思いますよ。
最近は全自動帰属・構造計算ソフトも普及してきていますし。
>帰属もちょっとたいへんだとか。
こちらNMR屋です。
His-tagにしても、GST-tagにしても、融合タンパク質のタグは切るのが普通ですね。
NMRは磁場の強さ(MHz)と安定磁場の供給が重要ですから、
できればタンパクの分子量が小さく(MW＜30KDa)、cryogenic probeが付いていると
スペクトルの分解能と、シグナル/ノイズ比が良くなるので、
比較的シグナルがきれいに見えますね。
しかし、サンプルに関してはタグを付けてタンパク質の可溶化度を上げているので、
タグを切断する→アグリゲーション
の可能性が高くなります。
以前、His-tagを切断しないままスペクトル測定した方がいるのですが、
His-tagくらいの分子量なら、分子量が少ないのでなんとかなるみたいですね。
しかし、生理学的な機能を探求するためには向かないかもしれませんね。
シグナルの帰属は確かに大変ですが、それはX線の方も苦労していることなので、
苦労して構造を出すという意味では同じだと思いますよ。
最近は全自動帰属・構造計算ソフトも普及してきていますし。
209 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/09/06(火) 11:29:04
His-tag つけたまま、方向族のSidechain の貴族はつらいっす。
210 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/09/07(水) 00:15:01
そういうこともあるさ
211 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/12/07(水) 03:18:48
800Mが欲しい
212 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/12/08(木) 00:27:07
700でいいのでクライオ付きにしてほしい それもできればTCIきぼんぬ
213 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/12/10(土) 02:12:28
基本的な質問でごめんなさい。
ＮＭＲで３次構造が解析できるのは、周知の事実ですが、実際のところ、その制限、濃度、具体的にコストがどれくらいかかるのか、ご存知の方いらっしゃいませんでしょうか？
私は、有機化合物の構造決定によくＮＭＲを用いていましたが、どうやらまったく違うようですね。
実際に、良くある「三次構造の絵」を描くのに必要な要件などもお教えいただければ幸いです。
ＮＭＲで３次構造が解析できるのは、周知の事実ですが、実際のところ、その制限、濃度、具体的にコストがどれくらいかかるのか、ご存知の方いらっしゃいませんでしょうか？
私は、有機化合物の構造決定によくＮＭＲを用いていましたが、どうやらまったく違うようですね。
実際に、良くある「三次構造の絵」を描くのに必要な要件などもお教えいただければ幸いです。
214 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/12/10(土) 02:46:30
>>213さん
有機化合物の構造決定にもNMRを使用しますが、大きな違いは
「分子量」「多核」「多次元」「積算時間」だと思います。
一般的に、有機化合物は低分子のNMRと呼ばれるように、
大きくてもだいたいMW=5000程度のものだと思います。
さらに、測定に関しても1Hや13Cがメインですが、
生体高分子の試料となると13Cや15N、D2Oなどの安定同位体各種も
試料の作成のためにたくさん使用します。
何よりも、遺伝子組換え大腸菌からの試料作成で、
13C-glucoseや15NH4Cl、D2Oを使用するので、
試料作成までにも多大な研究資金が必須です。
試料の濃度は、最近はNMRの各社とも、プローブを冷却することでS/Nを
向上させることができるようになりつつありますので、
ノーマルプローブでの測定よりは改善されているものもあります。
冷却プローブを用いれば、
0.1mMのタンパク質濃度で測定できるという試料も中にはあります。
したがって、好試料の好条件で測定したいのであれば、
コストの上限はまずありません。
高磁場超伝導マグネット、冷却プロープ(各社によって呼び方が違いますが)
多核なので、少なくとも3核の多チャンネルetc...
磁場が500MHzのフル装備のNMRが一台あれば、リッチなラポだと思います。
さらに基本的なことを知りたければ「Protein NMR Spectroscopy」という
本を一読ください。
ご参考になりましたでしょうか??
有機化合物の構造決定にもNMRを使用しますが、大きな違いは
「分子量」「多核」「多次元」「積算時間」だと思います。
一般的に、有機化合物は低分子のNMRと呼ばれるように、
大きくてもだいたいMW=5000程度のものだと思います。
さらに、測定に関しても1Hや13Cがメインですが、
生体高分子の試料となると13Cや15N、D2Oなどの安定同位体各種も
試料の作成のためにたくさん使用します。
何よりも、遺伝子組換え大腸菌からの試料作成で、
13C-glucoseや15NH4Cl、D2Oを使用するので、
試料作成までにも多大な研究資金が必須です。
試料の濃度は、最近はNMRの各社とも、プローブを冷却することでS/Nを
向上させることができるようになりつつありますので、
ノーマルプローブでの測定よりは改善されているものもあります。
冷却プローブを用いれば、
0.1mMのタンパク質濃度で測定できるという試料も中にはあります。
したがって、好試料の好条件で測定したいのであれば、
コストの上限はまずありません。
高磁場超伝導マグネット、冷却プロープ(各社によって呼び方が違いますが)
多核なので、少なくとも3核の多チャンネルetc...
磁場が500MHzのフル装備のNMRが一台あれば、リッチなラポだと思います。
さらに基本的なことを知りたければ「Protein NMR Spectroscopy」という
本を一読ください。
ご参考になりましたでしょうか??
215 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/12/12(月) 22:37:42
そういえばNMR討論会の話題が出てないね。
今年は初のアジア国際学会だったというのに！
今年は初のアジア国際学会だったというのに！
216 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/12/14(水) 03:02:33
今年のNMR討論会アジア国際学会行ってきましたけど...
「横浜大さんばし」って不思議なところでしたね。
多次元多核NMRって、日本国内の研究レベルが高いことがわかりました。
アジア地域では、比較的古典的な測定法での発表が多かった気がします。
Yokoyama.Sのポスター発表が多いのにびっくり。さすがですね。
タンパク質の構造決定ツールとしては定着した感じがしますが、
「NMRでしかできないこと」を発表なされている方は少なかったように
感じました。
ほかのみなさまの感想もお聞きしたいですね。
「横浜大さんばし」って不思議なところでしたね。
多次元多核NMRって、日本国内の研究レベルが高いことがわかりました。
アジア地域では、比較的古典的な測定法での発表が多かった気がします。
Yokoyama.Sのポスター発表が多いのにびっくり。さすがですね。
タンパク質の構造決定ツールとしては定着した感じがしますが、
「NMRでしかできないこと」を発表なされている方は少なかったように
感じました。
ほかのみなさまの感想もお聞きしたいですね。
217 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/12/14(水) 22:08:27
個人的にめっちゃ疲れました ＾−＾；
やれやれ
個人的には，最近天然物屋さんとか固体素材屋さんの
参加が減ってきているのが残念で，ちょっと気になり
ます．製薬会社の方も何人かお見かけしましたが
ぜひポスター発表で参加していただきたいと思います．
あとV社とO社のブースにあったパネル「13CのDNP」が
とても気になりました．
やれやれ
個人的には，最近天然物屋さんとか固体素材屋さんの
参加が減ってきているのが残念で，ちょっと気になり
ます．製薬会社の方も何人かお見かけしましたが
ぜひポスター発表で参加していただきたいと思います．
あとV社とO社のブースにあったパネル「13CのDNP」が
とても気になりました．
>>217さん
そうですね!V社もO社もかなりhigh-resolution NMRを意識していますね。
私もO社のブースで出ていた950MHz NMRって、どれほど分解能が良くなっているのか、
個人的に興味を持ちました。
確かに最近は天然物屋さんのNMRや、固体材料系の参加が少ないですね。
天然物屋さんは「ペプチド討論会」という学会がありますし、
固体材料系NMRの研究も、「NMR討論会」のポスター発表にぜひ参加してもらえると
大きなカテゴリーでの「NMR討論会」になりそうな期待感が。(^-^)
そうですね!V社もO社もかなりhigh-resolution NMRを意識していますね。
私もO社のブースで出ていた950MHz NMRって、どれほど分解能が良くなっているのか、
個人的に興味を持ちました。
確かに最近は天然物屋さんのNMRや、固体材料系の参加が少ないですね。
天然物屋さんは「ペプチド討論会」という学会がありますし、
固体材料系NMRの研究も、「NMR討論会」のポスター発表にぜひ参加してもらえると
大きなカテゴリーでの「NMR討論会」になりそうな期待感が。(^-^)
219 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/12/18(日) 22:22:31
NMRについて素人質問ですが、
実社会においてどのように役に立つ技術なのですか？
特に蛋白質のNMRスレということなのでお聞きするのですが。
実社会においてどのように役に立つ技術なのですか？
特に蛋白質のNMRスレということなのでお聞きするのですが。
220 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/12/18(日) 22:39:47
Twinkle twinkle T2*
221 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/12/19(月) 00:16:30
実社会においてといわれれば
市場で甘いスイカの選別につかわれている
MRIのほうがよほど役に立つ技術なのだが
基礎科学における最強の分光分析ツールの一つ
ということじゃあかんか？
市場で甘いスイカの選別につかわれている
MRIのほうがよほど役に立つ技術なのだが
基礎科学における最強の分光分析ツールの一つ
ということじゃあかんか？
222 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/12/19(月) 01:15:12
基礎科学とか分析とか言われても良くわかりません。
例えば
薬をデザインするために
薬の標的酵素の構造が知りたくて
「蛋白質のNMR」で立体構造を解析して
得られた構造から、創薬のリード化合物を作る。
みたいな文系の素人にも分かるような具体的な説明をしてくれると嬉しいです。
例えば
薬をデザインするために
薬の標的酵素の構造が知りたくて
「蛋白質のNMR」で立体構造を解析して
得られた構造から、創薬のリード化合物を作る。
みたいな文系の素人にも分かるような具体的な説明をしてくれると嬉しいです。
223 ：２２３：2005/12/19(月) 07:00:35
たんぱくのNMR構造ってどれくらい信用できるの？
例えば2つの異なった構造がマイクロ秒で交換してたら、
NMRで見えるのはその平均値。ぜんぜん違ってたりして。
例えば2つの異なった構造がマイクロ秒で交換してたら、
NMRで見えるのはその平均値。ぜんぜん違ってたりして。
224 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/12/19(月) 20:21:18
そうだね
ぜんぜん違うかもね
しかも二つじゃないかもね
側鎖とかぐるぐる回転してるはずだしね
ぜんぜん違うかもね
しかも二つじゃないかもね
側鎖とかぐるぐる回転してるはずだしね
225 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/12/19(月) 20:40:31
それ言い出したら何をもって「構造」と定義するのかってことに
なっちゃうよね。暗黙の了解として蛋白質がある機能を果たす
時には一定の構造をとっているだろうって考えてるから構造解析で
決定された平均構造（あえてこう言うけど）が機能を果たす上で
重要ってことでいいんじゃない？もちろん生化学の結果と照らし
合わせてその構造が機能的に理にかなっているがうらを取る必要は
あるけどね。
なっちゃうよね。暗黙の了解として蛋白質がある機能を果たす
時には一定の構造をとっているだろうって考えてるから構造解析で
決定された平均構造（あえてこう言うけど）が機能を果たす上で
重要ってことでいいんじゃない？もちろん生化学の結果と照らし
合わせてその構造が機能的に理にかなっているがうらを取る必要は
あるけどね。
226 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/12/19(月) 21:44:28
N木先生はお元気？
227 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/12/19(月) 22:06:20
相変わらず絶好調みたい
228 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/12/19(月) 22:34:16
たとえば結晶構造を出発座標にしてMDをがんがん走らせて
ある所に蛋白質がある機能を果たすための構造と運動性を
ある程度計算機で再現できた！っていってる人がいるとす
るじゃん？で、別の蛋白質で別の結晶構造を出発にしたら
いくらMDかけても機能を説明可能な計算結果が得られなか
ったとするじゃん？で、そもそもこの結晶構造は、クライ
オ条件で測定された構造だし、結晶化条件も高塩濃度だし
この蛋白質はPEG存在化では活性が阻害されることが知られ
ているっていう文献まで見つけちゃったりするじゃん？
かといって、別の結晶系で得られた構造で、室温で解析し
たら肝心の部分がディスオーダーしてたりするじゃん？
実験的に決定された構造が、すべて合理的に蛋白質の機能を
説明するのに役立つってわけではないと思うよ。あたりも
あればはずれもあるってことだとおもうよ。たくさんやった
ら当たりも増えてくるから、ともかくたくさん決めたらい
いんだよ。
ある所に蛋白質がある機能を果たすための構造と運動性を
ある程度計算機で再現できた！っていってる人がいるとす
るじゃん？で、別の蛋白質で別の結晶構造を出発にしたら
いくらMDかけても機能を説明可能な計算結果が得られなか
ったとするじゃん？で、そもそもこの結晶構造は、クライ
オ条件で測定された構造だし、結晶化条件も高塩濃度だし
この蛋白質はPEG存在化では活性が阻害されることが知られ
ているっていう文献まで見つけちゃったりするじゃん？
かといって、別の結晶系で得られた構造で、室温で解析し
たら肝心の部分がディスオーダーしてたりするじゃん？
実験的に決定された構造が、すべて合理的に蛋白質の機能を
説明するのに役立つってわけではないと思うよ。あたりも
あればはずれもあるってことだとおもうよ。たくさんやった
ら当たりも増えてくるから、ともかくたくさん決めたらい
いんだよ。
229 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/12/20(火) 00:27:46
う〜ん・・・
蛋白質の立体構造決定ていうのは金に成るのかならないのか
NMRだと採算が合わない気がするけどどうなの？
蛋白質の立体構造決定ていうのは金に成るのかならないのか
NMRだと採算が合わない気がするけどどうなの？
230 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/12/20(火) 00:31:10
ＮＭＲってなんですか？
(゜д゜)＜あらやだ！
(゜д゜)＜あらやだ！
231 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/12/20(火) 00:51:39
No Meaningful Resultの略です
（これって初出はWuthrich先生だという噂は
本当ですか？）
（これって初出はWuthrich先生だという噂は
本当ですか？）
232 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/12/20(火) 23:10:55
一番効率の良い構造解析方法ってなあに？
電顕？X線？NMR？
膜タンパクは電顕が良さそうだけど・・
速さじゃX線？結晶でない場合はNMR？
ていうか、どの技術に精通しているのが一番就職が良いの？
電顕？X線？NMR？
膜タンパクは電顕が良さそうだけど・・
速さじゃX線？結晶でない場合はNMR？
ていうか、どの技術に精通しているのが一番就職が良いの？
233 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/12/21(水) 00:33:41
就職だったら電顕かNMRだろやっぱり。
実験室系のX線発生装置を持っていない会社や
スプリング８の利用権に登録していない会社が
たくさんあるじゃん？
そういうところでも、薬理解剖用の電顕や
低分子・化合物構造決定・品質管理用のNMRは確実にもって
いるからね・・・それに結晶解析はもうじき外注
が一般化しそうだし、社内でやるのはますます流行らなく
なるんじゃないかな？
実験室系のX線発生装置を持っていない会社や
スプリング８の利用権に登録していない会社が
たくさんあるじゃん？
そういうところでも、薬理解剖用の電顕や
低分子・化合物構造決定・品質管理用のNMRは確実にもって
いるからね・・・それに結晶解析はもうじき外注
が一般化しそうだし、社内でやるのはますます流行らなく
なるんじゃないかな？
234 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/12/21(水) 01:00:37
タンパク質のNMR屋は就職どうなのよ？
235 ：名無しゲノムのクローンさん：2005/12/21(水) 23:14:43
普通じゃない？合成屋には負けるだろうし、マウス解剖もできないから薬理毒性前臨床での採用枠はないだろうし。
236 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/01/17(火) 17:19:46
1/17 第1回 加齢研ゲノムリサーチセンターワークショップ開催の御案内
平成18年1月20日（金）13:00から星陵会館記念ホール（仙台市青葉区広瀬町3-34）にてポストゲノム時代のメディカルサイエンスというテーマで「第1回 加齢研ゲノムリサーチセンターワークショップ」が開催されます。
皆様の多数の御参加をお待ちしております。
ＵＲＬ： http://www.idac.tohoku.ac.jp/seminar/060111.html
13:00 開会挨拶
東北大学加齢医学研究所 所長 帯刀 益夫
1. (13:05〜14:05) 座長 東北大学加齢医学研究所 田村 眞理
「ASKファミリーによるストレス応答シグナルと疾患」
東京大学・大学院薬学系研究科・細胞情報学教室 & CREST
一條 秀憲 先生
2. (14:05〜15:05) 座長 東北大学加齢医学研究所 佐藤 靖史
「ポストゲノムとメタボリィック・デジィーズ」
東京大学先端科学技術研究センター, システム生物医学ラボラトリー、内分泌代謝システム生物医学分野 JST/ERATO柳沢オーtァン受容体プロジェクト
酒井 寿郎 先生
-コーヒーブレーク-
3. (15:20〜16:20) 座長 東北大学加齢医学研究所 山本 徳男
「進化的情報を利用したタンパク質間相互作用の解析」
九州大学生体防御医学研究所微生物ゲノム情報学分野
藤 博幸 先生
4. (16:20〜17:20) 座長 東北大学加齢医学研究所 小椋 利彦
「遺伝子発現と細胞分化のケミカルバイオロジー」
京都大学化学研究所生体機能化学系ケミカルバイオロジー
上杉 志成 先生
平成18年1月20日（金）13:00から星陵会館記念ホール（仙台市青葉区広瀬町3-34）にてポストゲノム時代のメディカルサイエンスというテーマで「第1回 加齢研ゲノムリサーチセンターワークショップ」が開催されます。
皆様の多数の御参加をお待ちしております。
ＵＲＬ： http://www.idac.tohoku.ac.jp/seminar/060111.html
13:00 開会挨拶
東北大学加齢医学研究所 所長 帯刀 益夫
1. (13:05〜14:05) 座長 東北大学加齢医学研究所 田村 眞理
「ASKファミリーによるストレス応答シグナルと疾患」
東京大学・大学院薬学系研究科・細胞情報学教室 & CREST
一條 秀憲 先生
2. (14:05〜15:05) 座長 東北大学加齢医学研究所 佐藤 靖史
「ポストゲノムとメタボリィック・デジィーズ」
東京大学先端科学技術研究センター, システム生物医学ラボラトリー、内分泌代謝システム生物医学分野 JST/ERATO柳沢オーtァン受容体プロジェクト
酒井 寿郎 先生
-コーヒーブレーク-
3. (15:20〜16:20) 座長 東北大学加齢医学研究所 山本 徳男
「進化的情報を利用したタンパク質間相互作用の解析」
九州大学生体防御医学研究所微生物ゲノム情報学分野
藤 博幸 先生
4. (16:20〜17:20) 座長 東北大学加齢医学研究所 小椋 利彦
「遺伝子発現と細胞分化のケミカルバイオロジー」
京都大学化学研究所生体機能化学系ケミカルバイオロジー
上杉 志成 先生
237 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/02/14(火) 21:15:57
タンパク質と低分子の相互作用をNMRで見ろって言われたんすけど、、、
混ぜてNMRとればいいだけ？
どれくらいの比率でまぜるの？
混ぜてNMRとればいいだけ？
どれくらいの比率でまぜるの？
238 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/02/14(火) 22:02:38
生体内の濃度を参考にするのが常道では。
でもNMRで計れない濃度だと意味ないから、かなり高濃度にするんだろうな。
ていうか、こんな板できかずに論文を参考にした方が良い。
でもNMRで計れない濃度だと意味ないから、かなり高濃度にするんだろうな。
ていうか、こんな板できかずに論文を参考にした方が良い。
239 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/02/14(火) 22:19:10
まずはいっぺんにデータ取ろうと思わないで
濃いところから薄いところまで幅広く測る。
ほんでクリティカルな比率のところで細かく取り直す。
漏れNMR屋じゃないけど'`,､('∀`) '`,､
濃いところから薄いところまで幅広く測る。
ほんでクリティカルな比率のところで細かく取り直す。
漏れNMR屋じゃないけど'`,､('∀`) '`,､
240 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/02/15(水) 00:31:58
>>237
おまえ横浜あたりの下っ端だろ？
おまえ横浜あたりの下っ端だろ？
241 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/02/15(水) 18:08:07
242 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/02/16(木) 00:30:42
低分子がミセルになったのでわ？？
243 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/02/16(木) 11:57:38
で、肝心のタンパクのピークはどうなのよ。CS変わったの？
低分子のピークがなくなったのは、いろんな可能性があるから、
これだけじゃなんともいえないよ。でも別に異常じゃない
（可能性もある）から安心しな。
低分子のピークがなくなったのは、いろんな可能性があるから、
これだけじゃなんともいえないよ。でも別に異常じゃない
（可能性もある）から安心しな。
244 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/02/17(金) 20:40:17
低分子がかなり溶けにくいので低濃度なんですぅ〜〜
そんでもってこの低分子に対して0.01等量しかタンパク入れてないので
タンパクのシグナルはゴミみたいにちょこっとしか見えないのでタンパク側の解析なんてできないっすよぉ〜〜〜〜
ただ低分子側のシグナルは予想的に強く相互作用してると思っている所だけシグナル消えちゃったんすよぉ〜〜〜
シグナル無いのにどう解析すればいいのですか？？？？？
そんでもってこの低分子に対して0.01等量しかタンパク入れてないので
タンパクのシグナルはゴミみたいにちょこっとしか見えないのでタンパク側の解析なんてできないっすよぉ〜〜〜〜
ただ低分子側のシグナルは予想的に強く相互作用してると思っている所だけシグナル消えちゃったんすよぉ〜〜〜
シグナル無いのにどう解析すればいいのですか？？？？？
245 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/02/17(金) 22:31:31
バイオロジーやりたいんだったらNMR以外の手法を検討するのが最善
246 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/02/18(土) 23:05:47
溶媒に溶けなきゃ、CP/MASでもBloch decayでもCRAMPSでも、
ガリガリやり通すのが真のNMR屋だろう。
ガリガリやり通すのが真のNMR屋だろう。
247 ：sage：2006/02/19(日) 01:33:52
>>245
一応釣られてみるが、バイオロジーをしたいのなら、言うとおりNMR以外、というか
in vivoの実験系での研究をするべきだろう。
構造を決定したいのなら、NMR以外（X-ray、電顕）だろうな。
しかし、タンパク質（あるいはドメイン）の構造をベースとした生化学的な実験系を
考えるなら、NMRが最適だろう。
何を見たいのか、どのようなテーマ設定で研究をするのか、それが問題。
一応釣られてみるが、バイオロジーをしたいのなら、言うとおりNMR以外、というか
in vivoの実験系での研究をするべきだろう。
構造を決定したいのなら、NMR以外（X-ray、電顕）だろうな。
しかし、タンパク質（あるいはドメイン）の構造をベースとした生化学的な実験系を
考えるなら、NMRが最適だろう。
何を見たいのか、どのようなテーマ設定で研究をするのか、それが問題。
248 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/02/19(日) 01:55:56
249 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/02/19(日) 06:45:11
俺NMR屋じゃないから、ぜんぜんはずしてるかもしれないが、
ピークが消えたのは単純に、linebroadeningと考えて
はいけないのか？
ピークが消えたのは単純に、linebroadeningと考えて
はいけないのか？
250 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/02/19(日) 06:49:24
低分子の比率を変えれば、on-rate が変わるかもしれん。
そしたら消えたピークが復活するかもよ。俺NMR屋じゃないから
はずしてたらすまん。
そしたら消えたピークが復活するかもよ。俺NMR屋じゃないから
はずしてたらすまん。
251 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/02/20(月) 01:42:29
>>244
それ実験系の設計そもそもがまちがってるぞ
もし薬物にタンパクがタイトにくっつくんだとしたら
0.01等量しかいれてないのなら0.01等量分のシグナルしか
消えないはずだから99%の強度は残っているはず！！
fast exchangeで例えば0.01等量相当だけ、みかけの分子量増大
で緩和により線幅が増大しても、低分子のpeakをすべて
broad outさせるには、タンパクの分子量が低分子の1万倍以上ないと
だめ（つまりたとえば分子量500万のタンパク質じゃないとだめ）
とすると可能性として何が残るかというと
「薬物がタンパク質に非特異的にタンパク質の３０〜１００倍量
吸着している」っていうことだとおもう
その研究テーマ、かなりの確率でハズレだと思われ
それ実験系の設計そもそもがまちがってるぞ
もし薬物にタンパクがタイトにくっつくんだとしたら
0.01等量しかいれてないのなら0.01等量分のシグナルしか
消えないはずだから99%の強度は残っているはず！！
fast exchangeで例えば0.01等量相当だけ、みかけの分子量増大
で緩和により線幅が増大しても、低分子のpeakをすべて
broad outさせるには、タンパクの分子量が低分子の1万倍以上ないと
だめ（つまりたとえば分子量500万のタンパク質じゃないとだめ）
とすると可能性として何が残るかというと
「薬物がタンパク質に非特異的にタンパク質の３０〜１００倍量
吸着している」っていうことだとおもう
その研究テーマ、かなりの確率でハズレだと思われ
252 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/08/04(金) 07:52:01
今年の若手NMRおもしろかった?
253 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/08/05(土) 02:07:21
オナニーと記憶力や頭の回転と関係はあるんですか？
本を読んでも何日かしたら忘れてしまっててオナニーをしすぎてるからかなとか考えちゃいます。
本を読んでも何日かしたら忘れてしまっててオナニーをしすぎてるからかなとか考えちゃいます。
254 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/08/05(土) 02:24:30
>>253
読んだ本でオナニーすれば、細かいところまで鮮明に記憶できる。
読んだ本でオナニーすれば、細かいところまで鮮明に記憶できる。
255 ：異常者急増の謎に迫る。：2006/08/05(土) 14:21:31
【前頭前野の異常】インターネットをやり過ぎると以下のことが起こります。
・キレやすい性格になる。
・協調性の低下。
・人をいじめたり、日常会話で暴力的な発言をする。
・羞恥心の欠如
・時間感覚の欠如
(深夜までずっと2ch)
・人の意見にすぐ理屈をこねる
・集中力の低下，ぼーとしてる時が多い。
・常に2chのことを考えたり、ネットがやめられない。
・学校や会社をサボり易くなる。
・世の中に対して悲観的になる。
↑どれに当てはまりますか？ネットはやめましょう。
・キレやすい性格になる。
・協調性の低下。
・人をいじめたり、日常会話で暴力的な発言をする。
・羞恥心の欠如
・時間感覚の欠如
(深夜までずっと2ch)
・人の意見にすぐ理屈をこねる
・集中力の低下，ぼーとしてる時が多い。
・常に2chのことを考えたり、ネットがやめられない。
・学校や会社をサボり易くなる。
・世の中に対して悲観的になる。
↑どれに当てはまりますか？ネットはやめましょう。
256 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/08/07(月) 23:18:50
製薬会社か薬学部でもないかぎり、薬物の研究なんてどうせ中途半端なんだから
やめたほうがよかろう
やめたほうがよかろう
257 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/08/07(月) 23:24:48
製薬会社や薬学部でも中途半端だから心配するな。
258 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/08/07(月) 23:31:16
立体構造を決めればすくなくともPDBは残るじゃないか(藁
259 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/08/29(火) 21:33:35
質問さてください。
SEAPって大腸菌で発現させて機能を持ちますか？
どうも発現させても活性が無いみたいなのですが…
SEAPって大腸菌で発現させて機能を持ちますか？
どうも発現させても活性が無いみたいなのですが…
260 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/08/29(火) 21:34:10
↑すいません、誤爆です orz
261 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/09/25(月) 02:36:35
262 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/10/05(木) 00:56:14
今年のＮＭＲ討論会の新人賞は誰が取るかな？
去年は英語で発表したりしてレベルが高かったけど。
去年は英語で発表したりしてレベルが高かったけど。
263 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/10/06(金) 01:44:16
そうでもない
264 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/10/07(土) 13:44:40
新人賞を取ったＭ君は日本語の発表だったね。
265 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/10/20(金) 23:09:06
くじらアゲ
266 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/10/21(土) 17:46:20
じーまとりっくすあげ
267 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/10/22(日) 11:55:46
札幌の構造生物学のシンポジウム・・・大荒れの予感
268 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/10/28(土) 22:22:55
269 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/10/29(日) 10:04:40
そろそろＮＭＲ学会脱退しようかと思ってる
最近ましな論文を発表してない香具師らを年寄りだからといって
選挙で理事にするのはやめれ
最近ましな論文を発表してない香具師らを年寄りだからといって
選挙で理事にするのはやめれ
270 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/03(金) 00:15:01
就職先が見つからん。
271 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/03(金) 15:20:50
結晶解析されてるタンパクをわざわざNMRで構造決定する意味ってあるのか？
272 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/03(金) 19:49:02
ありますよ。現に、ワタシ横山がやっております。
273 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/03(金) 21:50:15
>>271
マジレスすると、クリスタルコンタクトのせいで
いかに多くの蛋白質の活性部位などの重要な構造が誤っているかが
わかる。ＮＭＲの人たちは、決定した構造の収束の悪い部分
たとえばｒｍｓｄが0.5A以上の部分については議論しない。
Ｘ線の人たちも、クリスタルコンタクトの部位から７Ａ以内の残基
についてはその生物学的重要性を議論しない、というくらいの
モラルを徹底してほしいものだ・・・
マジレスすると、クリスタルコンタクトのせいで
いかに多くの蛋白質の活性部位などの重要な構造が誤っているかが
わかる。ＮＭＲの人たちは、決定した構造の収束の悪い部分
たとえばｒｍｓｄが0.5A以上の部分については議論しない。
Ｘ線の人たちも、クリスタルコンタクトの部位から７Ａ以内の残基
についてはその生物学的重要性を議論しない、というくらいの
モラルを徹底してほしいものだ・・・
274 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/03(金) 22:39:09
結晶が生理条件を反映しているとかありえない
275 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/04(土) 15:32:08
あり得ない高濃度純品、高磁場、人工的な緩衝液、切り刻みドメイン化された蛋白質・・・
実験なんて全てわかりやすくするために単純化した系で行われるもの。
実験で決めた構造が真の姿なんてもともと思っていない。
背後にある本質が見えればいいのさ。
手法の優劣にこだわる奴はサイエンスやめた方が良いよ。
実験なんて全てわかりやすくするために単純化した系で行われるもの。
実験で決めた構造が真の姿なんてもともと思っていない。
背後にある本質が見えればいいのさ。
手法の優劣にこだわる奴はサイエンスやめた方が良いよ。
276 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/04(土) 18:25:18
277 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/04(土) 18:42:50
278 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/05(日) 21:31:43
279 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/05(日) 21:44:56
>>274
バカハケーン
バカハケーン
280 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/05(日) 21:48:39
273 >>276,277
日本語よく読んでくれ。
クリスタルパッキングのせいで誤る可能性が高いから
パッキング位置よりも７Ａ以内の構造については
議論するな、といってるんだ。
それを議論しているＸ線屋は、科学者としてのモラルが低いか
（分野外の人間を意図的にミスディレクションしている）または
自分の用いている手法の弱点についてよく知らないか
（科学者として二流）のどちらかじゃないか、と批判をしているだけ。
ＮＭＲの場合は確かにＲＭＳＤが下がらないので、まっとうな
ＮＭＲ学者はその部分について生物学的な議論はしない。
そのあたりのことすらわからずにＸ線が手法として優れている、と
思っているんだとしたら（ｒｙ
日本語よく読んでくれ。
クリスタルパッキングのせいで誤る可能性が高いから
パッキング位置よりも７Ａ以内の構造については
議論するな、といってるんだ。
それを議論しているＸ線屋は、科学者としてのモラルが低いか
（分野外の人間を意図的にミスディレクションしている）または
自分の用いている手法の弱点についてよく知らないか
（科学者として二流）のどちらかじゃないか、と批判をしているだけ。
ＮＭＲの場合は確かにＲＭＳＤが下がらないので、まっとうな
ＮＭＲ学者はその部分について生物学的な議論はしない。
そのあたりのことすらわからずにＸ線が手法として優れている、と
思っているんだとしたら（ｒｙ
281 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/06(月) 12:26:30
7Aの根拠は？
Ｘ線屋を十把一絡げにしてるアンタの方が異常だよｗ
いまさらＸ線を勉強できない老いぼれかい？
おれは必要ならなんでも身につけるよｗｗ
Ｘ線屋を十把一絡げにしてるアンタの方が異常だよｗ
いまさらＸ線を勉強できない老いぼれかい？
おれは必要ならなんでも身につけるよｗｗ
282 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/06(月) 14:02:02
まぁ…なんだ。
ここはスレタイ通りの場所だ。
・・・つまりだな（ｒｙ
ここはスレタイ通りの場所だ。
・・・つまりだな（ｒｙ
283 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/06(月) 23:13:55
隔離スレ。部外者は生暖かい目で見守るにとどめること。
284 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/07(火) 02:55:01
晒し上げ
285 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/08(水) 00:23:12
NMR討論会に参加する人いる？
286 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/08(水) 02:08:09
>>281
>7Aの根拠は？
そんなことも知らなくて他人のこと異常呼ばわりしてたのか？
悪いことはいわないからきちんと勉強してから出直して来い
>必要ならなんでも身につけるよｗｗ
口先だけならなんとでも言えるの典型だな・・・それかいくら
勉強しても身に付かないタイプか
>7Aの根拠は？
そんなことも知らなくて他人のこと異常呼ばわりしてたのか？
悪いことはいわないからきちんと勉強してから出直して来い
>必要ならなんでも身につけるよｗｗ
口先だけならなんとでも言えるの典型だな・・・それかいくら
勉強しても身に付かないタイプか
287 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/10(金) 01:56:12
就職もしづらい、論文も出しにくい、生物学のようでまったく生物学でないprotein NMRのスレがあると聞いてきましたが、ここでよかったですか。
某NMRラボ（教授の自称）出身の俺から質問させてくれ。
今のprotein NMRってやっぱりまだオナヌーな技術のままですか。
某NMRラボ（教授の自称）出身の俺から質問させてくれ。
今のprotein NMRってやっぱりまだオナヌーな技術のままですか。
288 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/10(金) 02:19:18
X線より早いよ
289 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/10(金) 20:57:38
たしかにX線よりは早いことが多いよね。
モノによるけど。
つかほんっとにペーパーなかなか出ないよなー・・
モノによるけど。
つかほんっとにペーパーなかなか出ないよなー・・
290 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/10(金) 21:17:53
NMRで見えているのはダイナミックな構造だ。
Ｘ線で見ているようなスタティックなものではない。
ダイナミックな構造を議論するための十分な概念が揃っていないのに
無理やり結果を解釈しようとするから、
Ｘ線の後追いのような論文しか掲載されない。
緩和時間を見ているのか、緩和のメカニズムを見ているのか、
相互作用の強さを見ているのか、相互作用の距離や種類を見ているのか、
ある瞬間の構造を見ているのか、平均的な構造を見ているのか・・・etc.
ＮＭＲの結果を解釈するには、色々な概念を駆使する必要がある。
テンソルが理解できないとか言っていたら、構造解析なんてできるわけがない。
Ｘ線が議論の混乱を起こさないのは、とまった絵を見ているだけだと、
色々な概念を提示して解析する必要がないからだ。
低分子の結晶なら化学式や組成式を示して終了。
もちろん群論がわからない奴に結晶を扱う資格はないが。
Ｘ線で見ているようなスタティックなものではない。
ダイナミックな構造を議論するための十分な概念が揃っていないのに
無理やり結果を解釈しようとするから、
Ｘ線の後追いのような論文しか掲載されない。
緩和時間を見ているのか、緩和のメカニズムを見ているのか、
相互作用の強さを見ているのか、相互作用の距離や種類を見ているのか、
ある瞬間の構造を見ているのか、平均的な構造を見ているのか・・・etc.
ＮＭＲの結果を解釈するには、色々な概念を駆使する必要がある。
テンソルが理解できないとか言っていたら、構造解析なんてできるわけがない。
Ｘ線が議論の混乱を起こさないのは、とまった絵を見ているだけだと、
色々な概念を提示して解析する必要がないからだ。
低分子の結晶なら化学式や組成式を示して終了。
もちろん群論がわからない奴に結晶を扱う資格はないが。
291 ：sage：2006/11/10(金) 23:30:06
NMRで膜タンの構造解析はどの程度できるの？
もち、膜貫通へリックス一本のミセル中での構造とかではなく、
七回膜貫通ものとかで。
TROSYとかCRINEPTとかで、どの程度できるようになったのかな。
ちょっと前に、主鎖帰属した論文とかあったよなー。
もち、膜貫通へリックス一本のミセル中での構造とかではなく、
七回膜貫通ものとかで。
TROSYとかCRINEPTとかで、どの程度できるようになったのかな。
ちょっと前に、主鎖帰属した論文とかあったよなー。
292 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/10(金) 23:45:00
293 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/11(土) 00:12:04
競争が少ないのだからノンビリやればいいじゃないの
294 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/11(土) 00:40:01
>>291
どうやらきれいなスペクトルが得られる膜タンパク質の
試料調製は、溶液(ミセル)NMRでも、膜タンパク質の結晶化と
同じくらい難しいらしいよ。
たぶんバクテリオロドプシン(の単量体変異体)だったら今の
技術なら行ける。でもバクテリオロドプシンいまさら決めてもさあ。
どうやらきれいなスペクトルが得られる膜タンパク質の
試料調製は、溶液(ミセル)NMRでも、膜タンパク質の結晶化と
同じくらい難しいらしいよ。
たぶんバクテリオロドプシン(の単量体変異体)だったら今の
技術なら行ける。でもバクテリオロドプシンいまさら決めてもさあ。
295 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/11(土) 02:57:14
296 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/11(土) 10:17:17
>>294
「試料調製が、膜タンパク質の結晶化と同じくらい」ということはないだろう。
結晶化のステップがないからな。
ただ、必要な試料量が多いので、同位体標識した試料の大量調製がコスト的に問題になるか。
バクテリオロドプシンでも、主鎖帰属でもできれば、構造変化見たりできて面白げ。
「試料調製が、膜タンパク質の結晶化と同じくらい」ということはないだろう。
結晶化のステップがないからな。
ただ、必要な試料量が多いので、同位体標識した試料の大量調製がコスト的に問題になるか。
バクテリオロドプシンでも、主鎖帰属でもできれば、構造変化見たりできて面白げ。
297 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/11(土) 10:22:39
298 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/11(土) 10:48:51
>>297
ああ、そういうことですか。
特に、へリックスのみの場合はOmpXとかのベータバレル型と違って、
構造が緩そうだからな。Refoldとか難しいだろうな。
まあ、そういうのをできるようにするのが研究なんだろうが。
ああ、そういうことですか。
特に、へリックスのみの場合はOmpXとかのベータバレル型と違って、
構造が緩そうだからな。Refoldとか難しいだろうな。
まあ、そういうのをできるようにするのが研究なんだろうが。
299 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/11(土) 10:49:29
スペクトルが出るかどうかは、濃度の問題です。
分解するかどうかは、外部磁場強度とシム調整その他諸々の条件がありますね。
シークエンスそのものにも問題があるかもです。
分解するかどうかは、外部磁場強度とシム調整その他諸々の条件がありますね。
シークエンスそのものにも問題があるかもです。
300 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/11(土) 10:51:07
そういうのをできるようにするというか、
そういうシークエンスを適切に選ぶのが研究者としての大前提です。
そういうシークエンスを適切に選ぶのが研究者としての大前提です。
301 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/11(土) 11:59:01
297 >>298/299
7TMは一部の例外を除いて、構造がゆるいんじゃないかなと個人的には思ってます。
濃度がそこそこあっても、中間的タイムスケールでの多型構造間の平衡や交換があ
るとHSQCや3DのS/Nが驚くほど悪くなりますから。
ミセルサイズを小さくするために選んだ界面活性剤が、7TMの構造の固さの維持に
とっては最適じゃないかもしれない、というジレンマがあります。
でも、そもそも大腸菌以外の発現系を使うと、そういう基本的なことを
試せるだけの試料量すら確保できないことも多いので・・・・．
7TMは一部の例外を除いて、構造がゆるいんじゃないかなと個人的には思ってます。
濃度がそこそこあっても、中間的タイムスケールでの多型構造間の平衡や交換があ
るとHSQCや3DのS/Nが驚くほど悪くなりますから。
ミセルサイズを小さくするために選んだ界面活性剤が、7TMの構造の固さの維持に
とっては最適じゃないかもしれない、というジレンマがあります。
でも、そもそも大腸菌以外の発現系を使うと、そういう基本的なことを
試せるだけの試料量すら確保できないことも多いので・・・・．
302 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/11(土) 11:59:08
例えば、GPCRなどの膜タンパクのHSQCが帰属できたとして、
低分子リガンドを混ぜたり、或いは相互作用する蛋白を混ぜたりして、
スペクトル変化を観察すれば、残基レベルで結合部位がわかる。
或いは構造変化する部位がわかる。
現状ではこの程度を目指すべきでしょうか？
原子座標の決定はもう少し未来へ。。。
低分子リガンドを混ぜたり、或いは相互作用する蛋白を混ぜたりして、
スペクトル変化を観察すれば、残基レベルで結合部位がわかる。
或いは構造変化する部位がわかる。
現状ではこの程度を目指すべきでしょうか？
原子座標の決定はもう少し未来へ。。。
303 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/11(土) 18:19:22
最近、このスレ活発だな
304 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/11(土) 22:42:57
>>302
いい読みです。私も同意見デス。
でも前述の理由で3次元がとれないと通常の方法じゃ主鎖帰属ができないの
です。だとするとコムギハイガの無細胞系で、構造が均一なGPCRをとる
っていう技術がかぎになるんじゃないかと思います。
無細胞系で試料調製ができれば河野先生のやりかたで主鎖帰属が可能です。
いい読みです。私も同意見デス。
でも前述の理由で3次元がとれないと通常の方法じゃ主鎖帰属ができないの
です。だとするとコムギハイガの無細胞系で、構造が均一なGPCRをとる
っていう技術がかぎになるんじゃないかと思います。
無細胞系で試料調製ができれば河野先生のやりかたで主鎖帰属が可能です。
305 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/12(日) 02:33:58
HSQCのスクリーニングってAbbottが特許取ってるんじゃないの？
306 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/12(日) 02:36:21
307 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/12(日) 19:12:23
無細胞系が鍵って、それじゃ将来性なさそうだな。
308 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/12(日) 23:57:58
セルフリーでGPCRかー、もはや懐かしい響きですらある。
キモは脂質構成系をセルフリーでどれだけ再現できるかってことは5,6年前から言われてるとおりだし。
一時期やろうと思ってはみたけど、セルフリーで膜タンパク質とかははっきりいって至難の業というか運の世界だと思う。
というか膜タンパク質の原子座標とかは、NMRじゃよほどうまくサンプルの緩和時間いじらんことには無理だろうから、X線の出番だろうけど、X線でdynamicsは追いにくいし、他の手法のがいいんでないかな。
どんな手法でGPCRのコンフォメーションなんか追っかければいいかわからんけど。
キモは脂質構成系をセルフリーでどれだけ再現できるかってことは5,6年前から言われてるとおりだし。
一時期やろうと思ってはみたけど、セルフリーで膜タンパク質とかははっきりいって至難の業というか運の世界だと思う。
というか膜タンパク質の原子座標とかは、NMRじゃよほどうまくサンプルの緩和時間いじらんことには無理だろうから、X線の出番だろうけど、X線でdynamicsは追いにくいし、他の手法のがいいんでないかな。
どんな手法でGPCRのコンフォメーションなんか追っかければいいかわからんけど。
309 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/13(月) 05:15:10
そしてサンプルの均一性の話が出てきて
以下無限ループ
以下無限ループ
310 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/13(月) 21:31:41
混合物はあくまで混合物。
緩和時間の違いとしても現れる。
緩和時間の違いとしても現れる。
311 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/14(火) 00:14:27
N討大荒れの予感w
312 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/14(火) 01:03:02
313 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/14(火) 01:04:57
それはそうなんだけど歩留まりが悪すぎるのはどうする？
314 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/14(火) 01:33:11
315 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/14(火) 05:06:38
どんな素晴らしい測定機器も使うことが出来なければ空論と同じ
どっか使わせて欲しい…
どっか使わせて欲しい…
316 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/15(水) 01:37:09
>>315
なんだってそうじゃん
なんだってそうじゃん
317 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/15(水) 22:52:52
相変わらず、NMR、X線、電顕のなにができてなにができない論になりそうな予感。
話題を変えよう。
例えば、「細胞の中に存在する全ての原子」の座標を知る方法ってないの？
もちろん現状ではないが、将来的な可能性という意味で。
とりあえず、凍らせるなどして死んだ細胞でもよいとする。
自由電子レーザ？
話題を変えよう。
例えば、「細胞の中に存在する全ての原子」の座標を知る方法ってないの？
もちろん現状ではないが、将来的な可能性という意味で。
とりあえず、凍らせるなどして死んだ細胞でもよいとする。
自由電子レーザ？
318 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/15(水) 22:56:25
>>314
歩留まりはフツーに日本語だろ。
歩留まりはフツーに日本語だろ。
319 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/16(木) 14:39:19
記念カキコ
320 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/16(木) 20:07:42
近い将来開発される自由電子レーザーの波長では分解能の面では電顕にも勝てるかどうか。。。
321 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/17(金) 03:00:05
NMR討論会のチュートリアルから出る人いる？
322 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/17(金) 08:55:39
チュートリアルだけ出る人が多いらしいよ
学生さんにとって参加費無料で勉強できる機会が多いのは
うれしいらしい
でも同じ日に横浜でP. Wrightとかのミニシンポジウムがあるので
関東からチュートリアル目当てで行く人はおおくなさそう．
学生さんにとって参加費無料で勉強できる機会が多いのは
うれしいらしい
でも同じ日に横浜でP. Wrightとかのミニシンポジウムがあるので
関東からチュートリアル目当てで行く人はおおくなさそう．
323 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/18(土) 13:50:03
>>278
今年は大丈夫
今年は大丈夫
324 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/21(火) 00:43:14
NMR討論会はじまりますね！
京大の学生期間中どすえ
京大の学生期間中どすえ
325 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/21(火) 23:20:58
チュートリアル行った人〜 面白かった？
326 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/22(水) 22:15:36
NMR討論会はじまりましたね！
327 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/25(土) 19:24:00
で何か面白いトピックはあったかい？
328 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/26(日) 00:37:20
正直、今年も微妙だった
329 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/26(日) 01:59:39
記念テコキ
330 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/26(日) 02:22:31
331 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/26(日) 19:22:20
やっぱ、微妙だったかぁ〜。逝かなくてよかったw
さんくす
さんくす
332 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/11/26(日) 21:56:53
333 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/12/02(土) 00:25:57
N討はオーラル大杉だし、
会場はガラガラだし、
オナニー実験のオンパレードだし、
なんつーか、ただの同窓会みたいなもんになってたね。
会場はガラガラだし、
オナニー実験のオンパレードだし、
なんつーか、ただの同窓会みたいなもんになってたね。
334 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/12/03(日) 17:59:52
335 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/12/03(日) 20:53:15
年寄りには同窓会が必要なんだよ
336 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/12/04(月) 00:04:00
>332
汚名は返上するもんだ。
挽回してどうするよ。
汚名は返上するもんだ。
挽回してどうするよ。
337 ：名無しさん＠お腹いっぱい。：2006/12/05(火) 19:40:18
338 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/12/12(火) 02:04:51
さてまた地道に化学シフトリストの修正でもするか・・・
339 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/12/14(木) 03:30:39
タンパクコンソとの合同シンポ、思ったより面白かったぞ
340 ：名無しゲノムのクローンさん：2006/12/31(日) 01:34:30
なんかサビレチマッタナ
341 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/01/07(日) 07:35:54
もう終わっているんだよ。観念しなさい。
342 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/01/07(日) 22:34:53
アケ゛アゲ
343 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/01/08(月) 22:41:51
さてＭ９でもつくるか
344 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/01/18(木) 05:34:08
タンパク質同士の分子認識に周辺の水分子が関わってるってほんと？
345 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/01/18(木) 09:26:03
346 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/01/18(木) 11:47:26
水分子は関わってるが。>>346 こそ勉強しろ
347 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/01/18(木) 11:53:17
↑>>345じゃね
348 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/01/18(木) 13:03:02
346は自己帰結したんだよ。
349 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/01/18(木) 21:30:57
●なんのでもいいけど、脳細胞って作れるの？
350 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/01/21(日) 20:00:09
>>345
｢親水性、水素結合｣がどいうものか勉強してから出直してこい！
｢親水性、水素結合｣がどいうものか勉強してから出直してこい！
351 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/01/23(火) 08:57:44
346はまだ粘着してるのか
もまい本当に「疎水性相互作用」がなんだかわかってないだろ（ｗ）
ひょっとしてファンデルワールス相互作用と区別がついてないんじゃないか？（ｗ）
出直さなくていいからこの分野やめとけ（ｗ）
もまい本当に「疎水性相互作用」がなんだかわかってないだろ（ｗ）
ひょっとしてファンデルワールス相互作用と区別がついてないんじゃないか？（ｗ）
出直さなくていいからこの分野やめとけ（ｗ）
352 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/01/23(火) 23:45:08
↑出直されると困るの？
353 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/01/23(火) 23:54:36
344の質問ってファンデルワールスのことを言っているのか、タンパク周辺の水和水分子のことを言っているのか、どっちなんだ。
どちらのケースも有り得るんでねぇの？
なのでファンデルワールスだけで話が終わってしまうほど浅い問題ではないと思うが
どちらのケースも有り得るんでねぇの？
なのでファンデルワールスだけで話が終わってしまうほど浅い問題ではないと思うが
354 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/01/23(火) 23:54:54
ものすごく困る
355 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/02/18(日) 00:28:27
Spin Dynamicsはいい本だ
356 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/06/16(土) 21:03:19
他におすすめの参考書はありませんか？
357 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/06/16(土) 21:20:57
Cavanagh, Protein NMR Spectroscopy
358 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/06/16(土) 21:26:24
日本語の本でおすすめのものはありますか？
359 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/06/16(土) 22:03:33
200 Basic NMR Experiment
Understanding NMR spectroscopy, James Keeler
Understanding NMR spectroscopy, James Keeler
360 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/07/28(土) 18:21:11
構造土方のみなさん、お元気ですか？
361 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/07/28(土) 22:34:22
理研のマシンタイム公募はいつはじまるの？
362 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/07/30(月) 07:29:47
Kのしょうってくちだけでつか？
Yやまお始め、NMRの構造土方のみなさんは
みんな口八丁手八丁でつかｗ
Yやまお始め、NMRの構造土方のみなさんは
みんな口八丁手八丁でつかｗ
363 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/07/30(月) 22:25:20
手八丁なら問題ないじゃん？
金だけとって口だけなのが問題
金だけとって口だけなのが問題
364 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/08/19(日) 17:18:48
今年のＮＭＲ討論会は札幌だったっけ
365 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/08/19(日) 23:44:40
優秀なポスドクが欲しい
366 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/08/24(金) 16:11:23
PNEにNMRの特集が載っていたが、
やっぱり終わってるな、と思った。
やっぱり終わってるな、と思った。
367 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/08/28(火) 01:51:58
タンパク質のNMRで食べていくにはお金が足りません。
X線に転向したいと思います。NMRはどこかで借ります。
X線に転向したいと思います。NMRはどこかで借ります。
368 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/08/30(木) 01:24:17
>>366
三鳥のヒトはまあどうでもいいが、若手売り出し中のI原さんの経歴に傷がついたかもね、あの評判悪い特集への寄稿は。
三鳥のヒトはまあどうでもいいが、若手売り出し中のI原さんの経歴に傷がついたかもね、あの評判悪い特集への寄稿は。
369 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/09/06(木) 19:35:01
阪大淡白権の教授公募って誰？
って聞いても言えないわな・・・
って聞いても言えないわな・・・
370 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/09/08(土) 01:42:35
NMRニュースレターで立て続けにアカデミックポストの案内が。
甘い話には裏がありそう。
甘い話には裏がありそう。
371 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/09/11(火) 00:41:40
どうせＦ先生が昇任でしょ。
372 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/09/13(木) 23:38:51
N冬タンパク質ばかりでﾜﾗﾀ
まんねりだねぇ
まんねりだねぇ
373 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/11/14(水) 14:55:35
タンパク質のNMRについて質問があります。NMRで観測可能な
タンパク質のコンフォメーション変化の時間領域はどの程度まででしょうか。
素人質問で申し訳ありませんが、ご存知の方がいればよろしく
お願い致します。
タンパク質のコンフォメーション変化の時間領域はどの程度まででしょうか。
素人質問で申し訳ありませんが、ご存知の方がいればよろしく
お願い致します。
374 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/12/02(日) 13:16:34
すまん、漏れはNMR屋じゃないのだが…
>>368
評判悪かったんだw
あれ、ディスオーダーな奴に興味があって買った。
>>all
ディスオーダーな奴を網羅的に調べるのって、どれぐらいヒト/物/金/時間かかるの?
>>368
評判悪かったんだw
あれ、ディスオーダーな奴に興味があって買った。
>>all
ディスオーダーな奴を網羅的に調べるのって、どれぐらいヒト/物/金/時間かかるの?
375 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/12/03(月) 09:45:36
最近、X線からNMRにきた初心者です。
長いです。すいません。
現在、タンパク質と低分子化合物の相互作用を
HSQC測定により解析しています。
けど、あるはずのGly、Ser、Thrのピークが検出されません。
全て低分子化合物自体と直接は相互作用しない位置にあります。
以前は見えていたのですが・・・
以前と違うのは、pHを少し変えたのと、バッファーを
重水素置換のものからphosphate bufferに変えたことです。
ピークの重複ならintensityが異常に高いピークが
出てくると思うのですが、そういったものは見られません。
何故なんでしょう？？
長いです。すいません。
現在、タンパク質と低分子化合物の相互作用を
HSQC測定により解析しています。
けど、あるはずのGly、Ser、Thrのピークが検出されません。
全て低分子化合物自体と直接は相互作用しない位置にあります。
以前は見えていたのですが・・・
以前と違うのは、pHを少し変えたのと、バッファーを
重水素置換のものからphosphate bufferに変えたことです。
ピークの重複ならintensityが異常に高いピークが
出てくると思うのですが、そういったものは見られません。
何故なんでしょう？？
誰も答えてくれないね…ね > 375, 373
377 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/12/07(金) 06:18:19
>>375
アミドプロトンシグナル強度は弱塩基性から酸性にいくにしたがって
強くなる傾向があります。pHをどう変えたのか気になりますね。
まずは試しに低温で測定して，新たなピークが出ないか見てみたら
どうでしょう？
あとbufferの件ですが，補因子にMgやNDP/NTPがあるタンパク質の
場合，リン酸bufferを使うと性質が変わるかもしれませんね。保存さ
れているLys/Arg残基残基があるとか，なにか心当たりはありませんか？
アミドプロトンシグナル強度は弱塩基性から酸性にいくにしたがって
強くなる傾向があります。pHをどう変えたのか気になりますね。
まずは試しに低温で測定して，新たなピークが出ないか見てみたら
どうでしょう？
あとbufferの件ですが，補因子にMgやNDP/NTPがあるタンパク質の
場合，リン酸bufferを使うと性質が変わるかもしれませんね。保存さ
れているLys/Arg残基残基があるとか，なにか心当たりはありませんか？
378 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/12/08(土) 12:28:13
というかシグナルが消える理由は複数の立体構造間の遅い化学交換現象が
原因ではないの？
原因ではないの？
379 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/12/08(土) 16:57:21
分子内の化学交換でしたら，温度をいろいろ変えてHSQCを測って
比べるのはいい方針だと思います。
比べるのはいい方針だと思います。
380 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/12/15(土) 15:10:03
あと主磁場を変えてはかるのもいいよ・・・化学交換なら・・・・５００と９００とか
381 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/12/18(火) 01:19:17
NMRで超伝導素材が使われているのは検出側？
382 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/12/19(水) 11:24:44
375です。御返答ありがとうございます。
嬉しいです。
>>377
弱酸性から中性に変えました。
心当たりは・・・ないです。
>>378
>>380
500と更に強いのでやったんですが、変わらなかったです。
>>379
条件変えてやってみたいんですけど、
あんまり関係ない残基だから見えなくても
という意向によりやる予定はないんです。
嬉しいです。
>>377
弱酸性から中性に変えました。
心当たりは・・・ないです。
>>378
>>380
500と更に強いのでやったんですが、変わらなかったです。
>>379
条件変えてやってみたいんですけど、
あんまり関係ない残基だから見えなくても
という意向によりやる予定はないんです。
383 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/12/22(土) 12:44:21
384 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/01/09(水) 12:22:35
「NMRを帰属した後、立体構造計算ソフトなどで構造を決定する」ことについて、
詳しく解説などしてある参考書等ありませんでしょうか?
COSY、TOCSYで帰属し、NOESY、ROYSYで得られたチャートをどのようにすると
構造決定まで持っていけるのか、実際的な操作がよくわかりません。
どなたか教えてくれませんか?
詳しく解説などしてある参考書等ありませんでしょうか?
COSY、TOCSYで帰属し、NOESY、ROYSYで得られたチャートをどのようにすると
構造決定まで持っていけるのか、実際的な操作がよくわかりません。
どなたか教えてくれませんか?
385 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/01/09(水) 19:35:31
>>384
以下が古典的名著とされておりますが，本だけではなかなか身に付きません。
また，具体的にどのようなソフトウェアをどう使えばいいかについても様々な
選択肢がありますので，誰かに弟子入りするのが一番の近道です。
ttp://www.amazon.co.jp/タンパク質と核酸のNMR―二次元NMRによる構造解析-Kurt-Wuthrich/dp/4807903497/ref=sr_1_2?ie=UTF8&s=books&qid=1199874624&sr=1-2
以下が古典的名著とされておりますが，本だけではなかなか身に付きません。
また，具体的にどのようなソフトウェアをどう使えばいいかについても様々な
選択肢がありますので，誰かに弟子入りするのが一番の近道です。
ttp://www.amazon.co.jp/タンパク質と核酸のNMR―二次元NMRによる構造解析-Kurt-Wuthrich/dp/4807903497/ref=sr_1_2?ie=UTF8&s=books&qid=1199874624&sr=1-2
386 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/01/09(水) 19:52:29
参考までに，NOESY/ROESY等の帰属がついているものとすると，
(1) スペクトルのピーク強度(あるいは体積)を何らかの方法で定量する。
(2) 「原子1-原子２-ピーク強度」のリストを「原子1-原子2-距離制限」のリストに変換する。
(3) 距離制限を満たす立体構造をプログラムで決定する。
という手順を踏みますが，
(1) はたとえば"NMRView","NMRDraw"等でできると思います。
(2) は「ピーク強度が距離のマイナス６乗に比例する」ことを使えば簡単に計算できます。
(3) はxplor/CNS系，もしくはdyana/cyana系のプログラムを使う人が大半だと思いますが，
他にも選択肢があるでしょう。マニュアルを熟読すれば使い方が分かるとは思いますが，
使ったことのある人からスプリプトをコピーしてもらうのが手っ取り早いです。
(1) スペクトルのピーク強度(あるいは体積)を何らかの方法で定量する。
(2) 「原子1-原子２-ピーク強度」のリストを「原子1-原子2-距離制限」のリストに変換する。
(3) 距離制限を満たす立体構造をプログラムで決定する。
という手順を踏みますが，
(1) はたとえば"NMRView","NMRDraw"等でできると思います。
(2) は「ピーク強度が距離のマイナス６乗に比例する」ことを使えば簡単に計算できます。
(3) はxplor/CNS系，もしくはdyana/cyana系のプログラムを使う人が大半だと思いますが，
他にも選択肢があるでしょう。マニュアルを熟読すれば使い方が分かるとは思いますが，
使ったことのある人からスプリプトをコピーしてもらうのが手っ取り早いです。
387 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/01/09(水) 19:55:54
最後に・・・
・現在ではタンパク質の立体構造を２次元スペクトルだけで決める人は少数派です。
大抵の人は13C/15N標識体を調製しているのではないでしょうか？
・ペプチドの立体構造を決める際，変わったアミノ酸残基が入っている場合は，
その幾何学的構造を別途定義してプログラムに入れてやる必要があります。
・現在ではタンパク質の立体構造を２次元スペクトルだけで決める人は少数派です。
大抵の人は13C/15N標識体を調製しているのではないでしょうか？
・ペプチドの立体構造を決める際，変わったアミノ酸残基が入っている場合は，
その幾何学的構造を別途定義してプログラムに入れてやる必要があります。
388 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/01/10(木) 07:40:18
Wuethrich先生の教科書って非常に分かりにくくない？
もう別分野に転んだためNMR本は後輩に譲ったので書名が手元にないが
洋書でもっといいのが複数ある。
もう別分野に転んだためNMR本は後輩に譲ったので書名が手元にないが
洋書でもっといいのが複数ある。
389 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/01/30(水) 05:46:11
Wuthrichの本を先輩にもらったのですが、
ＮＯＥの連鎖帰属についてしか載っていないので、古いですよね。
でも、そのぶん明快ではある気がします。
ＮＯＥの連鎖帰属についてしか載っていないので、古いですよね。
でも、そのぶん明快ではある気がします。
390 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/01/30(水) 07:45:56
本日ＲＲＲ第二日目です。みんな首都大にＧＯ！
391 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/01/31(木) 00:51:57
藻前らに一言言っておこう・・・時代は、いま確実に、ＦＤＭにむかって進んでいる！
392 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/01/31(木) 02:05:37
shaka!!
393 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/02/01(金) 09:17:24
RRRの報告よろ。
394 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/02/09(土) 00:18:27
ＲＲＲおもしろかった。ミッターマイヤーの説明、非常にわかりやすかった。
でも俺的には池上先生の常磁性金属の話が、目からうろこが落ちるように新鮮だった。
ドッチュの無細胞系によるＧＰＣＲなどの活性型発現は、勉強になった。
ターゲットタンパクの研究会に講師としてよんだらいいんじゃまいか。
首都大のＫ御大は、ロビーで客と話していて、なんか感じ悪かった。
でも俺的には池上先生の常磁性金属の話が、目からうろこが落ちるように新鮮だった。
ドッチュの無細胞系によるＧＰＣＲなどの活性型発現は、勉強になった。
ターゲットタンパクの研究会に講師としてよんだらいいんじゃまいか。
首都大のＫ御大は、ロビーで客と話していて、なんか感じ悪かった。
395 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/07/06(日) 20:40:09
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396 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/07/08(火) 22:22:12
×800拡大映像乙
397 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/07/14(月) 21:08:58
マジレスお願いします
タンパク質のＮＭＲで何がわかるんですか？
タンパク質の構造のどういう点がわかるのですか？
タンパク質のＮＭＲで何がわかるんですか？
タンパク質の構造のどういう点がわかるのですか？
398 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/07/15(火) 02:20:11
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399 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/07/15(火) 07:56:16
ＮＭＲでわかるのは化学シフトと結合定数とＮＯＥと緩和です。
構造解析ではふつうは主にＮＯＥのネットワーク情報しか使いませんので、
おおざっぱな構造がわかるだけです。ただし、このおおざっぱな構造だけで
いい場合には、とくに分子量の小さいドメインの場合は、かかる時間も早い
し安上がりです。
化学シフト変化などをうまく組み合わせると、分子間相互作用がわかります。
緩和をうまく使うと、分子内のローカルな運動性がわかります。
タンパク質のＮＭＲは不均一な試料や、平衡状態にある試料を測定しても
なんらかの情報がとれるので、そのあたりが便利です。
構造解析ではふつうは主にＮＯＥのネットワーク情報しか使いませんので、
おおざっぱな構造がわかるだけです。ただし、このおおざっぱな構造だけで
いい場合には、とくに分子量の小さいドメインの場合は、かかる時間も早い
し安上がりです。
化学シフト変化などをうまく組み合わせると、分子間相互作用がわかります。
緩和をうまく使うと、分子内のローカルな運動性がわかります。
タンパク質のＮＭＲは不均一な試料や、平衡状態にある試料を測定しても
なんらかの情報がとれるので、そのあたりが便利です。
400 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/08/31(日) 15:00:37
一回で構造解析まで進むといいな
401 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/08/31(日) 17:13:43
402 ：モテ神：2008/12/18(木) 00:46:27
マジレスお願いします。
ＤＮＡは水素結合とスタッキング相互作用をすることで二重螺旋を作っています。これを定量的に熱力学みるとき（水素結合、スタッキングそれぞれを）
ＮＭＲをどのように使ったらいいですか？
ＤＮＡは水素結合とスタッキング相互作用をすることで二重螺旋を作っています。これを定量的に熱力学みるとき（水素結合、スタッキングそれぞれを）
ＮＭＲをどのように使ったらいいですか？
403 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/12/18(木) 22:03:37
１）イミノプロトンを観測しながら温度変化すれ。水素結合はずれたらシグナル消えるばい。
２）Base-proton (H1/H8）観測しながら温度変化すれ。スタッキング壊れたら化学シフト変化するばい。
３）高速で交換するH/Dを定量するような測定法(CLEANEX-II HSQC)とかでイミノプロトンを観測しながら温度変化すれ。
４）ともかく温度変化すれ
２）Base-proton (H1/H8）観測しながら温度変化すれ。スタッキング壊れたら化学シフト変化するばい。
３）高速で交換するH/Dを定量するような測定法(CLEANEX-II HSQC)とかでイミノプロトンを観測しながら温度変化すれ。
４）ともかく温度変化すれ
404 ：モテ神：2008/12/18(木) 22:45:49
返答有難うございますm(._.)m
温度を上げるのは私も同意見です、それから解離をＮＭＲで追って、解離した温度を計る事で定量化することはできると思いますが、スタッキングがどうエネルギー的に変化してるか（水素結合が温度と共に弱くなるするとスタッキングが強くなる）をどうやったら追えますかね？
温度を上げるのは私も同意見です、それから解離をＮＭＲで追って、解離した温度を計る事で定量化することはできると思いますが、スタッキングがどうエネルギー的に変化してるか（水素結合が温度と共に弱くなるするとスタッキングが強くなる）をどうやったら追えますかね？
405 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/12/19(金) 00:58:54
水素結合が弱くなる、というのが実はよくわからんばい。塩基対がこわれることで水素結合が切れる
が、イミノプロトンは周囲の水とすぐに水素結合をするはずだから、エンタルピー収支はとんとんだと
おもうんだが、それやったらあかんやろか？水素結合は切れているがスタッキング相互作用が残って
いる、という温度周辺で注意深く測定する、としかいいようがないばい。アホでスマソ・・・
が、イミノプロトンは周囲の水とすぐに水素結合をするはずだから、エンタルピー収支はとんとんだと
おもうんだが、それやったらあかんやろか？水素結合は切れているがスタッキング相互作用が残って
いる、という温度周辺で注意深く測定する、としかいいようがないばい。アホでスマソ・・・
406 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/01/02(金) 08:53:40
温度補正ちゃんとしとけよー
407 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/01/10(土) 22:35:43
RRR。今年は秋葉原。懇親会はメイド喫茶。
408 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/08/26(水) 07:27:00
意味わからんｗｗｗ
409 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/12/09(水) 00:48:32
『蛋白質 核酸 酵素』 休刊のお知らせ
http://gimpo.2ch.net/test/read.cgi/scienceplus/1260214752/
http://gimpo.2ch.net/test/read.cgi/scienceplus/1260214752/
410 ：名無しゲノムのクローンさん：2010/07/26(月) 02:39:55
最近鏡台のグループがIn-cell NMRの論文を発表してるの見かけて
面白そうだと思ったが実際のところどうなの？もし本当にそれで
構造が決められるなら当然本来の構造に更に近い構造だろうから。
更に何か細胞を刺激して構造の変化なんかが観測できたら（X線の
ラウエ反射みたいに）面白い。もしIn cellで直接構造を決められ
なくとも先にin vitroで溶液構造を決めておいてそれが実際に
In cellでも同じだったでも悪くないし。
面白そうだと思ったが実際のところどうなの？もし本当にそれで
構造が決められるなら当然本来の構造に更に近い構造だろうから。
更に何か細胞を刺激して構造の変化なんかが観測できたら（X線の
ラウエ反射みたいに）面白い。もしIn cellで直接構造を決められ
なくとも先にin vitroで溶液構造を決めておいてそれが実際に
In cellでも同じだったでも悪くないし。
411 ：名無しゲノムのクローンさん：2010/07/26(月) 19:21:37
>>441
どうも。>>410で書いたように何か刺激を加えて構造の変化が観測できた
見たいな結果が得られると面白いのだけれどね。もちろんその場合
生物種が一致していないといけないから難しいだろうけど。
どうも。>>410で書いたように何か刺激を加えて構造の変化が観測できた
見たいな結果が得られると面白いのだけれどね。もちろんその場合
生物種が一致していないといけないから難しいだろうけど。