遺伝子解析ソフト教えて
227 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/07/13(金) 14:57:48
>>226
私が使っていたときにはアセンブル機能は無かったと思います。
私が使っていたときにはアセンブル機能は無かったと思います。
228 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/07/14(土) 21:39:56
MEGAってどうなん？近所の助手が結構使い勝手がいいと言っていたのだけど。
229 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/07/14(土) 22:05:05
Windows使っているならインストール必須のソフトなんじゃないかな。
Ver. 4になってVer. 3以前の不具合もいくつか解決されている。
もっとも、多重配列エディタとしてはBioEditの方が機能豊富で優れているし、
系統樹描画はNEXUSに対応していないなどの問題も残っているが。
インストール時に関連付けが勝手にいじられるのもイヤなので、BioEdit
よりも先にインストールするようにしている。
Ver. 4になってVer. 3以前の不具合もいくつか解決されている。
もっとも、多重配列エディタとしてはBioEditの方が機能豊富で優れているし、
系統樹描画はNEXUSに対応していないなどの問題も残っているが。
インストール時に関連付けが勝手にいじられるのもイヤなので、BioEdit
よりも先にインストールするようにしている。
230 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/07/15(日) 20:38:23
231 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/07/16(月) 05:45:27
Sequence ScannerはWindows専用でABIフォーマットしか読めない。
そのかわり高機能。Rawデータも表示できたりする。
FinchTVはWindows以外でも使えるしSCFフォーマットも読める。
でもMacOS Xでは4Peaksがあるから、Linuxユーザー以外には不要かも。
そのかわり高機能。Rawデータも表示できたりする。
FinchTVはWindows以外でも使えるしSCFフォーマットも読める。
でもMacOS Xでは4Peaksがあるから、Linuxユーザー以外には不要かも。
232 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/07/18(水) 19:47:31
Linuxにだってconsedがあるよ
もともとアセンブラだけど
どこかのblogにアセンブルしないで波形を表示させるスクリプトがあった
もともとアセンブラだけど
どこかのblogにアセンブルしないで波形を表示させるスクリプトがあった
233 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/07/19(木) 21:03:27
Consedはアセンブラではない。
アセンブラはPhrapですよ。
波形ビューワではある。
StadenのGap4やTrevというのもある。
これらもLinuxで動作する。
アセンブラはPhrapですよ。
波形ビューワではある。
StadenのGap4やTrevというのもある。
これらもLinuxで動作する。
234 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/07/31(火) 23:14:24
perlをおぼえなさい
235 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/08/02(木) 17:18:27
今時Perlなのか？
236 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/08/09(木) 02:49:58
237 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/08/09(木) 19:00:32
238 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/08/17(金) 06:44:12
bioeditが密かにバージョンアップしてた
239 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/11/02(金) 01:58:39
bioeditにアライメントを分けたり結合したりする機能ってついてますか？
240 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/11/03(土) 13:18:15
241 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/11/03(土) 22:23:04
分けるほうはマニュアルでできる
（ファイルをコピーして前半（後半）を消す）
けど
結合はできない
アライメントエディタとしてこれは致命的
シーケンスタイトルが重複してもよい（チェックしてない？）という仕様と関係あるのか
シーケンスタイトルがちゃんとそろっていれば
ｐｈｙ形式でセーブして
phy2mol.plで変換
molcat.plで結合
その後mol2phy.plで戻しても
これは読み込んでくれない
phy形式はすごく柔軟というかタイトルの字数以外の制限は緩い
そのすべてのパターンには対応できていない
mol2seq.plで変換した形式（phy形式の１つのパターン）は読み込める
ということで
phy -> phy2mol -> molcat -> mol2seq
でおＫ
（ファイルをコピーして前半（後半）を消す）
けど
結合はできない
アライメントエディタとしてこれは致命的
シーケンスタイトルが重複してもよい（チェックしてない？）という仕様と関係あるのか
シーケンスタイトルがちゃんとそろっていれば
ｐｈｙ形式でセーブして
phy2mol.plで変換
molcat.plで結合
その後mol2phy.plで戻しても
これは読み込んでくれない
phy形式はすごく柔軟というかタイトルの字数以外の制限は緩い
そのすべてのパターンには対応できていない
mol2seq.plで変換した形式（phy形式の１つのパターン）は読み込める
ということで
phy -> phy2mol -> molcat -> mol2seq
でおＫ
242 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/11/06(火) 01:23:04
厳密なPHYLIP形式は配列名の文字数は10文字以内で使える文字も限られています。
制限が緩いのは色々なソフトが独自拡張しているだけです。
手作業で構わなければ、NEXUS形式にして配列部分だけコピペしてNCHARを総和にすればいいと思う。
FORMATのオプションにINTERLEAVEも必要ですが。
この程度ならスクリプトも簡単に書けるでしょう。
制限が緩いのは色々なソフトが独自拡張しているだけです。
手作業で構わなければ、NEXUS形式にして配列部分だけコピペしてNCHARを総和にすればいいと思う。
FORMATのオプションにINTERLEAVEも必要ですが。
この程度ならスクリプトも簡単に書けるでしょう。
243 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/12/16(日) 21:36:31
まずはよいテキストエディタをインストールするところから
遺伝子解析が始まる
遺伝子解析が始まる
244 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/12/16(日) 21:39:41
ApEひとすじ
245 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/12/17(月) 18:16:48
>243 edでいいでしょうか？
246 ：名無しゲノムのクローンさん：2007/12/18(火) 00:14:55
完全な等幅フォントで表示できること
ＭＳワード使うアホばっかりで困るわほんま
コントロールキャラとスペースを表示できること
おまえそれ全角スペースちゃうんかい
扱えるファイルサイズに制限がないこと
ちまちまやっとったら競争に負けるで
検索置換機能が充実していること
トロトロやっとったらいてまうで
ＭＳワード使うアホばっかりで困るわほんま
コントロールキャラとスペースを表示できること
おまえそれ全角スペースちゃうんかい
扱えるファイルサイズに制限がないこと
ちまちまやっとったら競争に負けるで
検索置換機能が充実していること
トロトロやっとったらいてまうで
247 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/02/11(月) 17:30:35
248 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/02/15(金) 04:44:26
peakscanner
249 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/02/16(土) 17:57:40
BioEditの開発者が同じページで配布していたPDFファイル管理プログラム
のリンクが辿れなくなっちゃったんだけど誰か現在のリンク知らない？
のリンクが辿れなくなっちゃったんだけど誰か現在のリンク知らない？
250 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/02/21(木) 02:23:51
bioeditの開発者って代わったんじゃなかったっけ
251 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/02/21(木) 21:36:11
DNASIS
AutoAssembler
これと同じ機能のOSX対応ソフトがなぜでないのだ
ドレもこれも使い物にならん
AutoAssembler
これと同じ機能のOSX対応ソフトがなぜでないのだ
ドレもこれも使い物にならん
252 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/02/22(金) 03:56:14
チミはOSＸがUNIXだということを知らんのかね
253 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/02/22(金) 05:39:22
MacVectorでFA
254 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/04/01(火) 00:43:44
bioeditで塩基のあいまい検索のやり方
やっとわかった
わかりにくいところにコマンド組込みやがって
やっとわかった
わかりにくいところにコマンド組込みやがって
255 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/04/13(日) 18:22:58
最近のソフト
ソースが特定のＣＰＵに特化してて
コンパイルがとおらん
ソースが特定のＣＰＵに特化してて
コンパイルがとおらん
256 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/04/13(日) 18:35:18
ＡｐＥ最強
257 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/04/19(土) 18:30:21
ApEて
アライメント扱えたっけか？
アライメント扱えたっけか？
258 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/04/24(木) 06:14:54
荒いメント
259 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/04/24(木) 22:32:06
>>257
アライメントなんてClustalWでいいんじゃないのか？
アライメントなんてClustalWでいいんじゃないのか？
260 ：名無しゲノムのクローンさん：2008/04/25(金) 06:47:05
ちゃいますちゃいます
アライメントを手で編集すんの
アライメントを手で編集すんの
261 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/01/09(金) 20:36:09
Vector NTIが動かなくなった･･･
有料化？...orz
有料化？...orz
262 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/01/10(土) 02:07:12
VectorNTIは昨年末から有料になりましたね。
しかも年間ライセンス500ドルくらいからだっけ・・・
しかも年間ライセンス500ドルくらいからだっけ・・・
263 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/01/13(火) 14:36:01
えげつないことをするものだな。
264 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/01/21(水) 02:33:39
ApEの日本語化パッチとかないん？
265 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/01/21(水) 06:55:46
あんな簡単なソフト
日本語化してどうするｗ
日本語化してどうするｗ
266 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/01/21(水) 21:42:54
英語嫌いなんだよ･･･
267 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/01/21(水) 23:08:40
OSX, leopard。
.abiのシークエンスファイル開くとき、FinchTVがフォルトで立ち上がるようにしたいのだが、
全てこのアプリケーションで開くに設定しても、なぜかApEに戻ってしまう。
これって俺のところだけなのだろうか。
.abiのシークエンスファイル開くとき、FinchTVがフォルトで立ち上がるようにしたいのだが、
全てこのアプリケーションで開くに設定しても、なぜかApEに戻ってしまう。
これって俺のところだけなのだろうか。
268 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/01/31(土) 00:04:17
IdentityX---私のやりたいことは何でもできます。Mac専用のフリーソフトです。
http://home.hiroshima-u.ac.jp/kei/IdentityX/index.html
http://home.hiroshima-u.ac.jp/kei/IdentityX/index.html
269 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/01/31(土) 03:33:40
>>268
フリーでは波形が読めないじゃん
フリーでは波形が読めないじゃん
270 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/02/02(月) 11:03:46
波形表示だけのライセンス料金が50,000円で、しかもMAC Address固定なんて
あり得ねぇ〜。買う奴いるのかね？
あり得ねぇ〜。買う奴いるのかね？
271 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/03/14(土) 04:21:49
WinならBioeditがあるけど
OSXではEditViewが動かないからな
足下みられてますな
てか
consed入れたらいいんだろうけど
あれはあれで波形だけ見たいってときに
結構面倒なんだよな
ということで
ace_modoki.pl
を利用しています
OSXではEditViewが動かないからな
足下みられてますな
てか
consed入れたらいいんだろうけど
あれはあれで波形だけ見たいってときに
結構面倒なんだよな
ということで
ace_modoki.pl
を利用しています
272 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/04/08(水) 06:57:57
273 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/07/05(日) 08:50:42
解析ってどうやりゃいいの？
274 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/07/28(火) 08:49:14
Geneiousて、安くて、使い勝手いいらしいよ.
www.geneious.comから、フリーでダウンロードできるらしい。
www.geneious.comから、フリーでダウンロードできるらしい。
275 ：名無しゲノムのクローンさん：2009/08/13(木) 23:25:44
「ぐるっぱ検索」すごすぎますぅ〜〜〜！！
276 ：名無しゲノムのクローンさん：
bioeditの使い方を教えていただけないでしょうか。
２本鎖のDNAのある領域の配列を調べたく、フォワードとリバースの
プライマーでそれぞれPCRをして、それぞれのデータ（塩基配列）を
テキストファイルで頂きました。この配列を比較して、どちらでも増幅
された部分の配列を見たいのですが、どの機能を使ったらよいので
しょうか。
agggacgttgctNggca'caNNactgtgtgggacacat'・・・・・・・・・・・(フォワードで読んだ配列)
'caggacactgtgtgggacacat'cacatgtcagtcattt（リバースで読んだ配列を逆転したもの）
↑こんな感じで比較したいのですが（’’の間の部分がFでもRでも増えた部分です）
２本鎖のDNAのある領域の配列を調べたく、フォワードとリバースの
プライマーでそれぞれPCRをして、それぞれのデータ（塩基配列）を
テキストファイルで頂きました。この配列を比較して、どちらでも増幅
された部分の配列を見たいのですが、どの機能を使ったらよいので
しょうか。
agggacgttgctNggca'caNNactgtgtgggacacat'・・・・・・・・・・・(フォワードで読んだ配列)
'caggacactgtgtgggacacat'cacatgtcagtcattt（リバースで読んだ配列を逆転したもの）
↑こんな感じで比較したいのですが（’’の間の部分がFでもRでも増えた部分です）