Sequenceはまかせろ！
1 ：Seqばか：
どんどんこい！！
|
|
|
2 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/11 23:30
島津のシークエンサーで 1,200 bp 一気読み。
これで決まり。
これで決まり。
3 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/11 23:32
糞スレたてんな！カス！！
4 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 01:30
よし、あとはまかせた。
5 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 02:01
>2
よめるか？？？
田中効果？？
よめるか？？？
田中効果？？
6 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 02:02
>>5
漏れは読めたよ
漏れは読めたよ
7 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 03:09
8 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 05:05
9 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 05:12
applied biosystems
10 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 05:13
sequenceなって外注。
いまどき自分でやってるやつなんてバカ。
いまどき自分でやってるやつなんてバカ。
11 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 05:14
外注する奴のほうがバカ。
time is money
time is money
12 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/12 12:44
亜ろ過は1000bp読めるはずですけど読めません。
13 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/13 20:22
14 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/13 20:55
COSY-TROSY-HMQC-NOESY-HMBC-INADEQUATE
ぜんぶできます。仕事下さい。
ぜんぶできます。仕事下さい。
15 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/13 21:37
>>14
どこの会社？
どこの会社？
16 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/13 22:36
17 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/13 23:09
まあばあいによるだろ
18 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/14 04:04
今いるラボ：
シークエンスは全部外注。１サンプル１５ドル。
少なくとも４日はかかる。でもたいてい混んでて１週間。
しかも一回に500bpしか読めない。
前いたラボ：
シークエンスは全部自分で（コストは知らんが１５ドルよりは安かろう）。
そんかわり２日で終了。しかも一回で1200bp。これ最強。
シークエンスは全部外注。１サンプル１５ドル。
少なくとも４日はかかる。でもたいてい混んでて１週間。
しかも一回に500bpしか読めない。
前いたラボ：
シークエンスは全部自分で（コストは知らんが１５ドルよりは安かろう）。
そんかわり２日で終了。しかも一回で1200bp。これ最強。
19 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/14 05:34
以前はkitとABIのキャピラリーシーケンサー
使ってminiprepからシーケンス決定まで
一日でやっていた。
超高速だったなあ。
今では海外のラボにでて
外注3日かかっている。
どっちが良いんだろうか？
ご意見希望。
20 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/14 12:54
１５＄ってたかくね？
３，４日で届くから？？５００円ぐらいならねえ？
３，４日で届くから？？５００円ぐらいならねえ？
21 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/14 22:26
だいたいやろうとおもえばコロニー生えてから半日でseq決定までいけるんだし、
seq確認して次のステップに行く必要があるような実験は自分でやれば良いだろ。
15kbくらいseqしなきゃいけないとか、
とりあえず読めば良いのは外注すりゃ良いだろ。
ま、外注なんて余計めんどくさいから俺は全部自分でやっちゃうけどね
seq確認して次のステップに行く必要があるような実験は自分でやれば良いだろ。
15kbくらいseqしなきゃいけないとか、
とりあえず読めば良いのは外注すりゃ良いだろ。
ま、外注なんて余計めんどくさいから俺は全部自分でやっちゃうけどね
22 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/15 01:22
某西海岸。
templateとprimer混ぜたらseq. facilityにLet's go。
13:00までに出したら、翌日の10:00には結果が出ている。
700 bpは楽勝。
$20/sample。
seq.に30分以上かけたことない。
自分でやるなんて考えられない。
templateとprimer混ぜたらseq. facilityにLet's go。
13:00までに出したら、翌日の10:00には結果が出ている。
700 bpは楽勝。
$20/sample。
seq.に30分以上かけたことない。
自分でやるなんて考えられない。
23 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/15 01:43
>>22
それは外注とはいわんだろ
それは外注とはいわんだろ
24 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/15 01:51
25 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/15 02:13
某UCSFにはある。
西海岸はベンチャー企業がたくさんあるので、
本当の外注でも、11:00ごろに営業の人がサンプルを
俺のベンチまで取りに来て、結果は次の日の
18:00くらいまでにメールで送ってくる。
西海岸はベンチャー企業がたくさんあるので、
本当の外注でも、11:00ごろに営業の人がサンプルを
俺のベンチまで取りに来て、結果は次の日の
18:00くらいまでにメールで送ってくる。
26 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/15 17:43
はえー。日本であんのかな？
27 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/15 19:05
岡崎とかそうじゃん？
28 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/15 22:52
じゃあ、Sequenceはまかせた！
29 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/16 00:33
Dye Primer 法はどうですか？
30 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/16 02:20
templateとprimer混ぜたらseq. facilityにLet's goって
そこまでやったら自分でシークエンス反応セットして
カラム精製してシーケンサーにセットするのもかわんないじゃん。
そこまでやったら自分でシークエンス反応セットして
カラム精製してシーケンサーにセットするのもかわんないじゃん。
31 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/16 02:56
>30
はぁ？ヴァか？
はぁ？ヴァか？
32 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/16 03:04
よく、シークエンス反応セットしてカラム精製してシーケンサーにセットするなんて
自分でやってるな。偉いというか無駄というか遅れているというか. . .｡｣
自分でやってるな。偉いというか無駄というか遅れているというか. . .｡｣
33 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/16 03:16
日本人って、自分でしなくてもいいことを一生懸命やって悦に入っている人多すぎ。
34 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/16 03:49
１さ、ちょっとよんで欲しい配列あるから明日ラボにきて。
35 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/16 03:58
東でもにたようなもの。
プライマーとテンプレート混ぜたら、あとはお願いして、夕方なら翌朝、
朝ならすいてれば夕方までに結果が出る。
＄２０
で最近すごく早く出来る機種が入って２倍払うと２時間だか３時間後に、
結果が出るらしいけど、何base読めるかはシラン。
プライマーとテンプレート混ぜたら、あとはお願いして、夕方なら翌朝、
朝ならすいてれば夕方までに結果が出る。
＄２０
で最近すごく早く出来る機種が入って２倍払うと２時間だか３時間後に、
結果が出るらしいけど、何base読めるかはシラン。
36 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/16 04:04
3730は早いぞ。
37 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/16 07:56
sequencingは実験とは言わない。
38 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/16 13:46
つうか大半の実験は流れ作業とか、機械にかけっぱなしだな。
おれらはロボット
おれらはロボット
39 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/16 22:19
１よ、なぜ今日来なかった？まかせようとおもたのに
40 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/17 00:15
1出てこい！
41 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/17 02:02
うちもパートのねーちゃんの仕事ですが。
42 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/17 02:03
砂糖研のみなさま、ごくろうさまです。
43 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/17 02:51
サンプルや試薬調整の手間も考えると
４レーンのDye Primerと1レーンキャピラリー
どちらが楽ですか？オートシークエンサー
４レーンのDye Primerと1レーンキャピラリー
どちらが楽ですか？オートシークエンサー
44 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/17 03:01
キャピ
45 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/17 11:18
ありがとうございます
46 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/18 07:52
１逃亡
47 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/18 09:50
試薬ってどのくらいケチれんのかな？
48 ：Seqアホ：02/10/18 20:09
あーSeqしてー
49 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/18 20:23
結論
ラボにシークエンサーがあって、テクニシャンが反応から
全部やってくれればそれでいい
これが一番早くて安くて楽
どう？
ラボにシークエンサーがあって、テクニシャンが反応から
全部やってくれればそれでいい
これが一番早くて安くて楽
どう？
50 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/18 20:34
>49
悲しいことにうちのラボにはテクニシャンさんも機械もありません
DQNな質問で恐縮ですが、オートシークエンサー（スラブゲル/キャピラリー）
を用いる時、調べたいDNA溶液（特にPCR後の産物）には、何が入っていては
ダメなのでしょうか。DNAと蒸留水しか入ってないとダメなのでしょうか
悲しいことにうちのラボにはテクニシャンさんも機械もありません
DQNな質問で恐縮ですが、オートシークエンサー（スラブゲル/キャピラリー）
を用いる時、調べたいDNA溶液（特にPCR後の産物）には、何が入っていては
ダメなのでしょうか。DNAと蒸留水しか入ってないとダメなのでしょうか
51 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/18 23:02
primer と dNTPs
52 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/19 00:45
>51
ありがとうございます
キャピラリーの中を酵素とかしてたグリセリンとかが通ったらやばいのでは？
と思うのですが、それは問題なく（後で洗浄？）、PCR産物をカラム通して
プライマーとdntps除くのが大切と言うわけですね
ありがとうございます
キャピラリーの中を酵素とかしてたグリセリンとかが通ったらやばいのでは？
と思うのですが、それは問題なく（後で洗浄？）、PCR産物をカラム通して
プライマーとdntps除くのが大切と言うわけですね
53 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/19 00:46
と思うのですが → と思っていたのですが
54 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/19 20:33
晒すアフォウに見るアフォウ
55 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/19 20:42
> 50
２つの段階別に話をする必要がある
シーケンス反応なら，51のとおり
ダイタミのばあい，プライマー（当然両側）が残ってると
両側のシーケンス産物ができてしまい，全然読めません
ｄＮＴＰが残ってるとｄｄＮＴＰとのバランスが崩れてうまく読めないと思う
シーケンサーに流すときなら
ダイタミならｄｄＮＴＰがあるとノイズが高くて読めません
たいてい，シーケンス反応産物をエタ沈したりカラムを通したりします
２つの段階別に話をする必要がある
シーケンス反応なら，51のとおり
ダイタミのばあい，プライマー（当然両側）が残ってると
両側のシーケンス産物ができてしまい，全然読めません
ｄＮＴＰが残ってるとｄｄＮＴＰとのバランスが崩れてうまく読めないと思う
シーケンサーに流すときなら
ダイタミならｄｄＮＴＰがあるとノイズが高くて読めません
たいてい，シーケンス反応産物をエタ沈したりカラムを通したりします
56 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/19 23:48
>55
ありがとうございます
シークエンスはキャピラリーかDye Primerでやることになりそうです
2000bp一度に読めたらいいのですが、、、
ありがとうございます
シークエンスはキャピラリーかDye Primerでやることになりそうです
2000bp一度に読めたらいいのですが、、、
57 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/20 11:06
えっ、読めないの？ぷ
58 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/20 15:59
うちのシークエンサーは200bpです
だからみんな地が裏ぼのを遣っています
だからみんな地が裏ぼのを遣っています
59 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/21 01:16
まじすか！？
60 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/21 01:20
61 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/21 01:21
つうか>>56って頭おかしいのかマジなのか？
62 ：ひよこ：02/10/21 08:06
尼シャム（ファル真シア）Gene RapidかLong Read Tower
使っている人いる？
キャピラリと比べて、コストや手間はどんなもんでしょうか？
使っている人いる？
キャピラリと比べて、コストや手間はどんなもんでしょうか？
63 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/21 11:46
外注すべし
64 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/21 13:28
外注ってどこ（会社）がいいんだろ
65 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/21 13:36
◯わでーはやめとけ
66 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/21 14:32
>>65
さわやかサワデー？
さわやかサワデー？
67 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/21 18:27
68 ：ひよこ：02/10/21 18:30
オートシークエンサーには、読み違えがしばしば出るため、ゲノム構造レベルの
解析であれば外注でもまだ可と思われますが、機能レベルになると一塩基の読み
違えは致命的です。金もかかるし遅いし、外注は私はしないですね。
解析であれば外注でもまだ可と思われますが、機能レベルになると一塩基の読み
違えは致命的です。金もかかるし遅いし、外注は私はしないですね。
69 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/21 18:36
>>68
いくらなら外注にだす？
いくらなら外注にだす？
70 ：ひよこ：02/10/21 19:22
税込み2000円以下。時間も重要です24時間以内結果通知。
宅配なんか使ってたら無理では？小生のような低能は、
頭4：労働6ぐらいじゃないとどうもしっくり来ない。せこせこ
1サンプル4レーンシーケンスします。ところで尼シャム
LRT,GRの人いない？
宅配なんか使ってたら無理では？小生のような低能は、
頭4：労働6ぐらいじゃないとどうもしっくり来ない。せこせこ
1サンプル4レーンシーケンスします。ところで尼シャム
LRT,GRの人いない？
71 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/21 21:20
エロ画像ｷﾎﾞﾝﾇ
72 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/22 02:31
56です
真面目に書いてますがｱﾎなのは認めざる終えません
これからもよろしくお願いします
真面目に書いてますがｱﾎなのは認めざる終えません
これからもよろしくお願いします
73 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/22 14:17
>>ひよこ
２０００円以下なんていくらでもあるんじゃない？
一個だけつーのはきびしいかも
２０００円以下なんていくらでもあるんじゃない？
一個だけつーのはきびしいかも
74 ：ひよこ：02/10/22 14:39
ほんとですか？教えて下さい。
雑誌広告では
8500yen/run納期7日（エス○っく）
さわ○ぃーなんかも頼んだことあるけど、6000だか
8000だか取られた覚えがあります。2000円以下なら
試薬の原価（シークエンスキット、ゲル担体など）を考えると、
得かな。
雑誌広告では
8500yen/run納期7日（エス○っく）
さわ○ぃーなんかも頼んだことあるけど、6000だか
8000だか取られた覚えがあります。2000円以下なら
試薬の原価（シークエンスキット、ゲル担体など）を考えると、
得かな。
75 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/22 15:19
サンプル数にもよると思うけどどのくらい？
76 ：ひよこ：02/10/23 07:35
1回に、1個から10個ぐらいが多い。
77 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/23 10:22
>>62
尼しゃむのLRTはｺﾝﾋﾟｭｰﾀのOSがNeXTなんです。UNIX系で堅牢なのは良いですが
余りにﾏｲﾅｰですね。機械自体はﾖｻｹﾞです。たまにしかｼｰｹﾝｽしないうちのﾗﾎﾞには
ﾍﾞｽﾄﾏｯﾁと思っています。
尼しゃむのLRTはｺﾝﾋﾟｭｰﾀのOSがNeXTなんです。UNIX系で堅牢なのは良いですが
余りにﾏｲﾅｰですね。機械自体はﾖｻｹﾞです。たまにしかｼｰｹﾝｽしないうちのﾗﾎﾞには
ﾍﾞｽﾄﾏｯﾁと思っています。
78 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/23 11:33
北死ス(\3500/run)
たから、\800/run(プレート単位)
嶋づ、ﾃﾞｰﾀ汚いぽ
たから、\800/run(プレート単位)
嶋づ、ﾃﾞｰﾀ汚いぽ
79 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/24 08:18
たから、\800/run(プレート単位)
は普通じゃない？
は普通じゃない？
80 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/25 07:47
シーケンサーほすぃ・・。
島ズーだめなの？RISA?
島ズーだめなの？RISA?
81 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/25 09:08
>79
ﾏｼﾞｽｶ・・・。
ﾏｼﾞｽｶ・・・。
82 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/25 09:38
うちの研究室は外注。１回$15。
電話したら、すぐに業者の人が研究室までサンプルを回収に来てくれ、次の日の午前中にメールで配列送られてくる。
これが普通だと思っていた。
電話したら、すぐに業者の人が研究室までサンプルを回収に来てくれ、次の日の午前中にメールで配列送られてくる。
これが普通だと思っていた。
83 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/28 16:16
激安受託情報求む。
84 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/30 13:14
故障中あげ
85 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/31 01:46
N清紡、これ最強。
86 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/31 22:40
degenerateでdirect sequenceしてみたら出来たよ。
といっても
2の4~5乗くらいのdegenerateだけど。
といっても
2の4~5乗くらいのdegenerateだけど。
87 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/06 14:40
age
88 ：名無しゲノムのクローンさん：02/11/09 01:50
泣き別れしますた
89 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/19 08:22
GCrichはどうすりゃええ？
90 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/19 09:01
DMSO入れ入れでどう？
91 ：名無しゲノムのクローンさん：02/12/19 11:09
BigDyeのver3のdye terminator使え。
これで解決
これで解決
（＾＾）
93 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/29 23:45
読みにくい配列どうしてますか？
PCRの条件変えたりしてうまくいったヒトいる？
PCRの条件変えたりしてうまくいったヒトいる？
94 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/29 23:49
俺も知りたい。
GC-richはBigDye terminator v.3でなんとかなるけど、
Inverted repeatとか、Aが２０個くらい続いたりすると、
急にピーク減るし
GC-richはBigDye terminator v.3でなんとかなるけど、
Inverted repeatとか、Aが２０個くらい続いたりすると、
急にピーク減るし
95 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/31 04:24
プライマーのＴｍを高くしてサイクルの温度を上げる
96 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/31 07:33
A-tractにそれは逆効果じゃないの？
97 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/31 12:37
ABIの場合、Poly Aの時はdATP/ddATPの濃度を上げれると
回避出来そうな気がするが・・・
実際にはしたこと無いけど。
回避出来そうな気がするが・・・
実際にはしたこと無いけど。
98 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/31 14:46
反対側から読む。
99 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/31 22:34
Seqsせよ、
したい。
したい。
100 ：名無しゲノムのクローンさん：03/03/05 22:26
バイオマトリクス研究所に頼んだことある？
どうなん？
￥2500は
どうなん？
￥2500は
101 ：名無しゲノムのクローンさん：03/03/06 00:51
龍ゲネチクスにESTの全長配列解析を頼んだんだが・・・
３カ月経ってGiveUpの通知が・・・
３カ月経ってGiveUpの通知が・・・
102 ：名無しゲノムのクローンさん：03/03/06 09:09
（＾＾）
（＾＾）
（＾＾）
106 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/17 10:52
ライカ（アロカ）の奴，うまく読めたら
1000以上読めるから使ってるけどバンドが濃すぎたり
薄すぎたりして，必ず２回ランさせられます。
うまくやる方法ないですか？
（他のシーケンサーも同じだと思うけど）
1000以上読めるから使ってるけどバンドが濃すぎたり
薄すぎたりして，必ず２回ランさせられます。
うまくやる方法ないですか？
（他のシーケンサーも同じだと思うけど）
107 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/17 23:12
反応キットの問題ではなくて？
もう遠い目だけど1300いってたなぁ。
もう遠い目だけど1300いってたなぁ。
108 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/18 00:43
反応キットって？ エクセルIIを使ってますが。
テンプレートの量がシビアなんです。
２~３倍の量の変化でバンドが薄すぎたり濃すぎたりして
読めないことが多いんです。なんかこれだといういい手はないでしょうか。
ダイナミックレンジが狭いというか。。。
うまくいくと1300行きますね。フォワードとリバースで
2000以上の配列が１発で読めたりします。
テンプレートの量がシビアなんです。
２~３倍の量の変化でバンドが薄すぎたり濃すぎたりして
読めないことが多いんです。なんかこれだといういい手はないでしょうか。
ダイナミックレンジが狭いというか。。。
うまくいくと1300行きますね。フォワードとリバースで
2000以上の配列が１発で読めたりします。
109 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/18 22:37
マジレスしちゃうよ。
テンプレートの量を正確に測ったらどう？
１６サンプル（だっけ）しか流せないなら、載せる量を変えて流すのも
出来ないし、面倒でも電気泳動でしっかり濃度を見積もってみるとか。
テンプレートの量を正確に測ったらどう？
１６サンプル（だっけ）しか流せないなら、載せる量を変えて流すのも
出来ないし、面倒でも電気泳動でしっかり濃度を見積もってみるとか。
110 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/19 14:44
>>109
>マジレスしちゃうよ。
ああ，バカにしてる〜。まあ，しょうがないんですけど。
> テンプレートの量を正確に測ったらどう？
> １６サンプル（だっけ）しか流せないなら、載せる量を変えて流すのも
> 出来ないし、面倒でも電気泳動でしっかり濃度を見積もってみるとか。
うちのラボ，毎年１人ずつくらいしかシーケンスしてないんだけど，
どうやら代々まず１回実験してみてバンドの濃さを確認してから
２回目で本番というアホなことやってきたみたいです。
で，俺も>>109さんのようなこと考えたんだけど，そこまでして
みんなシーケンスしてるのかどうか不思議に思ってたんです。
それで何か俺らの知らない有名な技があるんじゃないかと思って
質問したんですが。。。。
>マジレスしちゃうよ。
ああ，バカにしてる〜。まあ，しょうがないんですけど。
> テンプレートの量を正確に測ったらどう？
> １６サンプル（だっけ）しか流せないなら、載せる量を変えて流すのも
> 出来ないし、面倒でも電気泳動でしっかり濃度を見積もってみるとか。
うちのラボ，毎年１人ずつくらいしかシーケンスしてないんだけど，
どうやら代々まず１回実験してみてバンドの濃さを確認してから
２回目で本番というアホなことやってきたみたいです。
で，俺も>>109さんのようなこと考えたんだけど，そこまでして
みんなシーケンスしてるのかどうか不思議に思ってたんです。
それで何か俺らの知らない有名な技があるんじゃないかと思って
質問したんですが。。。。
111 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/19 22:30
がんがれ！己の信じた道を行け。
∧＿∧
（ ＾＾ ）＜ ぬるぽ（＾＾）
（ ＾＾ ）＜ ぬるぽ（＾＾）
113 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/21 12:11
>>110
外注したら？安いんじゃないの？
外注したら？安いんじゃないの？
114 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/21 17:39
PCR産物を1マイクロリットルとり、そのままシークエンス反応に
用いても300bpぐらいは読めます。
この場合には、鋳型量のダイレクトレンジはかなり広いようです。
用いても300bpぐらいは読めます。
この場合には、鋳型量のダイレクトレンジはかなり広いようです。
115 ：動画直リン：03/04/21 17:39
116 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/11 05:03
ABIのBig Dye Terminator使ってまつ。
今日シーケンス用のPCR反応してドライまでしたんでつが、半日ほど常温で放置ﾌﾟﾚｲしてしまいますた。
こんなんでもシーケンサーで蛍光の検出できるんでしょうか？
つか、温度・時間の条件ってどれくらいまで読める状態を保てるんでしょうか？誰かご存知でしたら教えてﾌﾟﾘｰｽﾞ
今日シーケンス用のPCR反応してドライまでしたんでつが、半日ほど常温で放置ﾌﾟﾚｲしてしまいますた。
こんなんでもシーケンサーで蛍光の検出できるんでしょうか？
つか、温度・時間の条件ってどれくらいまで読める状態を保てるんでしょうか？誰かご存知でしたら教えてﾌﾟﾘｰｽﾞ
117 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/16 19:12
常温ってのが微妙だけど逝けるんじゃないか
アルミで遮光して４度保存で二日目ギリ、３日目アウトって幹事だった記憶が
アルミで遮光して４度保存で二日目ギリ、３日目アウトって幹事だった記憶が
118 ：116：03/05/16 20:13
>>117
レスさんくすこ。
詳細は
金曜の夜にseq前PCR→土曜10時頃エタ沈＋ドライアップ（ここでラップして常温放置）→18時頃冷蔵庫へ→
翌週月曜昼にSequence
って感じでしたがちゃんと読めました。
レスさんくすこ。
詳細は
金曜の夜にseq前PCR→土曜10時頃エタ沈＋ドライアップ（ここでラップして常温放置）→18時頃冷蔵庫へ→
翌週月曜昼にSequence
って感じでしたがちゃんと読めました。
119 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/27 16:19
BigDye Terminator v3.1 使って反応して
エタ沈すると頭にどでかいピークでますが、どうやったらとれます？
エタ沈すると頭にどでかいピークでますが、どうやったらとれます？
120 ：bloom：03/05/27 16:25
121 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/27 17:57
>>119
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1036510268/134
これで3100なら850ベースぐらいまで片側でもＯＫ
両側なら1100ベースぐらいまでかな
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1036510268/134
これで3100なら850ベースぐらいまで片側でもＯＫ
両側なら1100ベースぐらいまでかな
122 ：ちがった：03/05/27 18:00
頭のピークの話だった
ま
とにかく薄めると出なくなるから
ま
とにかく薄めると出なくなるから
123 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/27 18:14
124 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/27 22:39
>>119
反応がうまくいってて、エタ沈のときにEDTA入りの3M NaOAcを使えばほとんど問題にならないよ。これでダメならゲルろ過するしかない。
反応がうまくいってて、エタ沈のときにEDTA入りの3M NaOAcを使えばほとんど問題にならないよ。これでダメならゲルろ過するしかない。
∧＿∧
ﾋﾟｭ.ｰ ( ＾＾ ） ＜これからも僕を応援して下さいね（＾＾）。
＝〔~∪￣￣〕
＝ ◎――◎ 山崎渉
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126 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/11 21:30
最近、業者さんが beckman をごり押しするんですが
どうなんでつかね？
どうなんでつかね？
127 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/12 20:36
ABI系とは色が違うから
後々不便かもよ
後々不便かもよ
128 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/08 07:40
どう見ても２本のプラスミドを読んでるみたい（波形が重なる）。
ヒートショックで入れてコロニーとってきて菌増やしてプラスミド精製して、そんなことあるの？
ヒートショックで入れてコロニーとってきて菌増やしてプラスミド精製して、そんなことあるの？
129 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/08 17:44
あるよ。そんなの。
130 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/12 10:12
よめてない．．．．．．。なんで？
低い波形がいっぱいごちゃごちゃにつまってる。
何が起ってるんでしょうか？
低い波形がいっぱいごちゃごちゃにつまってる。
何が起ってるんでしょうか？
__∧＿∧_
|（ ＾＾ ）| ＜寝るぽ（＾＾）
|＼⌒⌒⌒＼
＼ |⌒⌒⌒~| 山崎渉
~￣￣￣￣
133 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/13 03:51
>>130
エタ沈で吸ったとか。
エタ沈で吸ったとか。
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135 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/16 17:21
>130
鋳型が汚い
鋳型が汚い
136 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/16 18:54
＞130
波形がそれぞれ独立して重なっていなければ読めるはず。
波形が低いなら、サンプルの濃度を上げてみたら?
俺はプラスミド精製するとき、いつもの半分のＴＥで落としてみている。
波形がそれぞれ独立して重なっていなければ読めるはず。
波形が低いなら、サンプルの濃度を上げてみたら?
俺はプラスミド精製するとき、いつもの半分のＴＥで落としてみている。
137 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/16 19:03
＞130
コロニーの取り方が悪いなんてことはないよね。
波形が重なっているなら、最初からやり直したほうがいいかも。
＞135
鋳型が汚いと波形が重なるんですか?
ならばPCR産物を精製して2nd PCRかけてみたらいいのかしら?
連続カキコすまん。
コロニーの取り方が悪いなんてことはないよね。
波形が重なっているなら、最初からやり直したほうがいいかも。
＞135
鋳型が汚いと波形が重なるんですか?
ならばPCR産物を精製して2nd PCRかけてみたらいいのかしら?
連続カキコすまん。
138 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/16 22:48
ヒートショックでtransformさせると、そもそも何でプラスミドが1個しか入らない事になってるんでしょうか。
だから、そんな事にはなってない。
140 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/17 23:48
＞＞１３９
その辺に触れてるリファレンスってない？
その辺に触れてるリファレンスってない？
141 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/18 00:57
バクテリアのcompetenceに関わっている膜蛋白質がいくつか知られているよね。
142 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/18 08:03
>>141
具体的に知りたい。
具体的に知りたい。
143 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/18 08:45
フェチのためのサイト
http://www.k-514.com/fe/ero.html
http://www.k-514.com/fe/ero.html
145 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/18 17:19
>>142
Claverys JP, Martin B.
Bacterial "competence" genes: signatures of active transformation, or only remnants?
Trends Microbiol. 2003 Apr;11(4):161-5.
PMID: 12706993
http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=12706993&dopt=Abstract
Claverys JP, Martin B.
Bacterial "competence" genes: signatures of active transformation, or only remnants?
Trends Microbiol. 2003 Apr;11(4):161-5.
PMID: 12706993
http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=12706993&dopt=Abstract
146 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/18 20:25
>>145
ありがたう
ありがたう
147 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/18 20:30
読んだ感想を報告してね
148 ：なまえをいれてください：03/07/24 16:05
ハッキリ言ってアメリカなどの多民族国家では黒人の方がアジア人よりもずっと立場は上だよ。
貧弱で弱弱しく、アグレッシブさに欠け、醜いアジア人は黒人のストレス解消のいい的。
黒人は有名スポーツ選手、ミュージシャンを多数輩出してるし、アジア人はかなり彼らに見下されている。
(黒人は白人には頭があがらないため日系料理天などの日本人店員相手に威張り散らしてストレス解消する。
また、日本女はすぐヤラせてくれる肉便器としてとおっている。
「○ドルでどうだ？(俺を買え）」と逆売春を持ちかける黒人男性も多い。）
彼らの見ていないところでこそこそ陰口しか叩けない日本人は滑稽。
貧弱で弱弱しく、アグレッシブさに欠け、醜いアジア人は黒人のストレス解消のいい的。
黒人は有名スポーツ選手、ミュージシャンを多数輩出してるし、アジア人はかなり彼らに見下されている。
(黒人は白人には頭があがらないため日系料理天などの日本人店員相手に威張り散らしてストレス解消する。
また、日本女はすぐヤラせてくれる肉便器としてとおっている。
「○ドルでどうだ？(俺を買え）」と逆売春を持ちかける黒人男性も多い。）
彼らの見ていないところでこそこそ陰口しか叩けない日本人は滑稽。
149 ：ぼるじょあ ◆yBEncckFOU ：03/08/02 03:18
∧＿∧ ∧＿∧
ﾋﾟｭ.ｰ （ ・３・） ( ＾＾ ） ＜これからも僕たちを応援して下さいね（＾＾）。
＝〔~∪￣￣￣∪￣￣〕
＝ ◎――――――◎ 山崎渉&ぼるじょあ
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(⌒V⌒)
│ ＾ ＾ │＜これからも僕を応援して下さいね（＾＾）。
⊂| |つ
（＿）（＿） 山崎パン
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