バイオインフォマティシャンになるには

引率で企業に就職して研究職についてますが、失敗したなと思ってます。
たまたま、プログラムかけるので仕事に使いたいのですが、周りの
妨害工作がひどいです。デーたを渡さないというのは当たり前で、
ノートを持ち去られたり、パソコンを知らないあいだにいじられたり
やってることが奨学生レベルです。
　そこで、職場をかえたいのですが、いった先で同じ目にあっても
つまらないので、バイオインフォマティシャンとして仕事できるとこ
ろを知りたいです。また、フリーor派遣でそのような仕事につくこと
はできますか？教えて下さい。

ドクター持ってたらポスドクでそういうところに行くというのが基本
だけど。。。。

持ってない場合はどうすのかなあ？？？？？？？？

BTJでもみてみれば

>>3
うかつでした。
NECとか医薬分子設計研究所などいろいろありますね......
実務経験とか英語とか条件はきびそうですが
なにか、情報処理技術者試験みたいなアピールできる■をとって
転職を目指します。

同じようなほかのヒトもがんばってください

こっちへいけ
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1026659511/l50

>>5
テクニックの話しではなくて（そんなのは分かってるし、これから自分で考えること）
雇用とか職場の話しがしたいんですよ。情報あったらお願いします。

>>1
どこへいってもそんなもの。
そこをうまくやってこそ社会人。

>>7
いらっしゃいませ！！
まあそれは分かっているのですが....それを言ってはおしまいかなと思います。
若干ではあるけれども、日本の生物の企業＋アカデミー全体=研究環境も、そろ
そろ変化のきざしを見せつつあると思います。田中さんの受賞なんて、海外が
その変化を促進させようとしてるのではないか？と勘ぐってしまいました。なん
の目的があるかとつっこまれれば答えようがないですが....
そんなこんなで、わたしは今のところもう少し悪あがきをしてみようと思って
ます。

１の文の意味がよくわからないんですけど？
１さんはどんな企業の研究職なんですか？
現在バイオインフォマティシャンなんですか？

>>9
説明不足のようですね。できるだけ詳しく書きます。

私は、生物系大学院で修士を取ったあと企業に就職しています。

どんな企業かというと、製薬でも食品でもなくて、本職は機械をやっている某企業です。まだ、企業の中の一部所として活動している段階でして、テーマもこれから絞っていくという段階ですが、いま、このチームでねらっているのは、RNA発現解析の新しいメソッドのR＆Ｄです。
仕事の進め方は、外部との研究期間との共同研究という形で進めてまして、私自信も会社の研究所での仕事のほかにその外部の研究期間へ一定
期間出向してwetの研究者として実験をしたりしてきました。

　

↓
そういう状況のもとで（十分詳しくないかもしれないですが、これ以上
は支障があるので......）たまたま自分はC/C++がいじれてlinuxについても勉強していたので、いちからプログラムをかいてGenBankからおと
した配列でシミュレーションなどの初歩的なinfomaticsを独学でやっ
てます。（みなさん独学でしょうが.......）。やってみると、自分程度のP
Cのスキルでも、生物学の知識と組み合わせれば、実用的な意味のある
データが出せるし、仕事になるという確信を持ちました。
一方周囲の反応は一番はじめに書いた通りです。お互いし悪いところが
あるのかもしれないですが、私が必要だと思う実験をやってもらえると
いうことはないですし、私が自分で実験するのも気にいらないようです。実験すぺーすも与えられないし、完全にいじめです。いまの会社の
テーマは自分に合っているし、仕事が安定して続けられれば、残りたい
ですが、そういう状況ではないです。
　このようなことから、一番はじめの投稿に至りました。
　ご理解いただけたでしょうか？

>>11
配列でシミュレーションって何のこと？？

ひとまず学位取得を目指せ

>>13
やっぱり......
どうしてもドクターがいりますか？
ドクターないからわからないけどそんなに価値のあるものですか？

ドクターとればinformaticsできるならいいけどそんな保証はもちろん
ないし、だとしたらそんなものに貴重な時間とお金をかけるのは無駄か
と思います。
ドクター持ってる人もいっぱい知ってるけど、全然仕事できてないし、
もちろんinformaticsわかってない。
苦労していまからドクター取ってそういう人たちと同等に扱われたので
は、やはりストレスがたまってしまいます。

なんとかならんですかねえ？いい大学院、informaticsをやらせてくれ
るいい大学院＆ドクターコースのある研究所の情報、内情に詳しいかた
お願いします。実際、ほんとうに困ってます。

>>12
基本的には、分子生物学実験をコンピュータ中で再現したこと（in silico 実験）をそういう風に書いた。
内容はレベルが低くて恥ずかしいので、詳しくは聞かないでください。

↓
やっぱもう少し詳しくはなすと....
はじめにやったのは、ほかの人も同じだと思うけど
RE digestion でどのような断片が出てくるかの解析。

その結果から、実験系のoptimiseが論理的にできて、
informaticsは使えると思うと同時に、
いままで院とかで受けた指導は何だったのか？疑問に思えた。
思えば、統計すらまともにできない人ばっかだったし、
そういう意味からすると、生物系の大学に進んだ時点で間違って
いたのかもしれん。

妨害工作というよりは、意思の疎通ができてないだけでは？
テーマ絞込みの段階であれば、
なぜ、１さんがそういうことをやってるのか？
なぜ、他の人は１さんがやってることに協力しないのか？
話し合い等はないのですか？

どうも１さんの書き込みをみてると、自分の好き勝手なことを
やっているから、周りが協力しないというようにも取れます。
（あくまで）そういう見方もできるというだけで、非難してるつもりはありません。
邪推だったらすいません。）

もし、そういう状態なら、大学に戻るしかないんじゃないですか？

>>17　のいうように
話し合いは散々しているんですよね。でも、その話し合いは、

私がデータを出して、新しい見解を提出する&
こういう実験が必要だと主張する。
↓
周りからはその場で考えた適当な反対意見で否定される。
↓
勿論、私はその場でその適当な反対意見に反駁する
↓
次回また話し合いをすることにする
↓
実際次回同じ話を詰めることはない（相手がさける）

このサイクルの繰り返しをテーマを変えながらやってます。
ちなみに、私以外の人の提案で話し合いがもたれることは無いです。
寝技、腹芸のオンパレードです。また、人数が少ないので知財関係
の仕事等、実験以外の仕事もやらされています。実験しかしていない
人も上にいる。

愚痴になってしまいましたが、これが実体です。せっかく機会だからあ
えて書きました。

自分も、移る先として大学も視野に入れているのですが、そもそも大学
時代からinformaticsに対するアレルギーから来る妨害（と思われるも
の）は感じていたので、企業だろうと大学だろうと移る先でまた同じよ
うなことになるか不安です。17さんの今の立場は存じませんが、今は一
般の大学の生物研究室のその辺の雰囲気は変わっているのでしょうか？

ドクターなんて、論文５本もかけばとれるんだから、何なやむことがある？
5本くらいさっさとかけないようでは、ドクター云々いう必要もないし。

>>1は被害妄想の持ちすぎ。

会社でも大学でもボスの言うことを聞くのは当然。
自分で好きなことをしたいなら勝手に独立するか
さっさと学位を捕って、自分の研究室を持つべし。

自分の研究室を持っても、研究費がないから好きなことできない。
で、学生にアタリちらす。
最悪。

>>20
たしかに被害妄想ですませるとこもあるけど、それだけではないもの
分ってもらえると思いましたが.....

上司のいうことは聞いているんですよ。書いたように、特許の調査やら
申請で資料つくれといわれれば、やるわけでだし、それが当然だと思っ
てますので。むしろ、それを拒否して実験だけやってるくせに結果がで
ひとがいるので、ハラ立ちますが。

　それは、置いておいて、bioinformaticsでラボを持つというのは、
普通の研究室を持つより難しいのでしょうか？ラボもちそうな年代には
informaticsやろうとする人は少なくてライバルがいないうえに、時流
に乗っているテーマであるのは有利だけど、上の人を説得するのは骨が
折れそうです（経験から言って）

　経験者のかた、ラボ持とうとしている方、忌憚ない意見をどうぞ。

ベンチャーしかないのでは。

>>23

興味あるので、「ベンチャーしかない」の結論に至るまでのロジック
をお教えください。参考にしたいのです。

このスレでの私の発言から推察される、私自身の性格からでしょうか？
私の学歴、職歴からでしょうか？
現在の日本国内の雇用環境からでしょうか？

ベンチャーしかないは、設立ですか就職ですか？

それより１よ。自分の論文は何報持っているんだ？

>>18をよむと、確かにかんがえさせられますね。
立ち上げの段階で意見がでないというのは、
部署として発展の見込みがなさそうな気がするのですが・・・。
もともとは、主に実験するための部署なのですか？

ただ、>>２０さんの言うことも一理あります。
どこにいっても好きなことをやるというのは難しいです。

１さんは、ドライとウェット（informaticsと実験）を両方やろうとしているのですか？
もしそうなら、そういう場所を見つけるのが非常に難しいと思います。
というか、あったら教えて欲しいです。
そもそも、私の知る限り（狭い範囲です）、ドライとウェットが友好的に研究してることは少ないです。
それでっも、大学よりも研究所のようなところのほうがまだましのように思います。
そこでも、私の聞く限り、ドライは雑用的な仕事のほうが多いです。

ラボをもちやすいかということに関しては、少し遅いのかなと思います。
（あくまで推測です。）
今はバイオインフォの研究室が新しくできていますので、
情報学あるいは分子進化などをやってた研究室からでた人が
バイオインフォと称してラボ持ててます。
ただ、今は結構多くの人がやり始めてますから、５年くらい先には
競争激化してるかもしれないですね。

話を聞く限り、あなたの行く道は大学院で博士号 GET して研究する以外
ないように思いますが。会社はカネになることしかできませんから、変な
事を言ってたてつくようなことはしないで安易に派閥に乗っかりましょう。

でもって気になるのが、 google 等で探せば一発で出てくるような事を
いちいちこんなところでスレ立てて聞いていることです。自助努力しま
しょう。まだあなたには今後の苦労の準備ができていない気がする。

>26
バイオインフォでは、今から人材を養成しているのでは間に合わない
ということが指摘されていますね。数年後には辞めて次のテーマへ移る
気持ちで望まないといけないかもしれません。

>>25
それを聞かれるとつらいですが。
修士とるときの一報だけです。informaticsには関係ありません。

いまから、そうとう頑張らなければ論ドクは難しいと思います。

>>27
御指摘ありがとうございます。

＞google等でさがせば一発ででてくるような事をいちいち〜

まあ、それはそうなんですがこの掲示板も自助努力の一環として
御理解ください。

それと、この掲示板は私の私的な相談をすることを目的として設立
しましたが、より一般的なテーマ「今、bioinformaticsでどうすれば
飯をくえるか？食えないか？」について、皆さんの意見、情報を書き込
してもらうもの目的としています。その方が、タイトルに誘われて来る
バイオインフォマティシャンになりたい人の参考になると思います。も
ちろん、27さんの言うように自分で努力するのを忘れてはいけません
が。

あいかわらず、私自身の相談に対するお答え、情報、突っ込みも
お願いします。

以上

実験から流れてきた人には覚悟しにくいことかもしれませんが、もともと
情報・計算系に対する風当たりは相当なものがあります。特に生物関係は。
はっきり言って、アカデミックでも大して変わらないと思っておいた
ほうがいいです。
計算屋が提案した実験を文句なくやってもらえるのなんて、たぶん教授
レベル（それも「大御所」レベル）にならないと無理ではないかと。
その覚悟の上に渡り歩くことを考えないときついですよ。

>>30
そうですね。
　有名なのは富◯勝とか、陶◯明とかいますよね、、
私がひかれるのは、いまのことろ陶◯明先生のところの「タプル法」
という名前で紹介されているような仕事です。ああいうのは、実験屋
の視点が絶対必要であるし、コンピュータを使う必然性があって、なお
かつ実用的（推定）でいい仕事だと思います。

　この手の、仕事はどの研究室でもできると思うんですよね。設備的に
も問題はないし（1GHzのlinuxマシンがうごいてればいい）、実験家が
「こういうのやりたいなあ。」というのを実現できる生物系の理解力と
情報系のスキルをあわせ持つ人（私ではないとして一般的にそういうひ
とがいたとして...）がいれば、かなり重宝すると思うんですが、30さん
のいうように「障害」がかなりあります。

　どうすれば、両先生のように仕事できいますか？
　先生の下で実際に動いているひとはどのようなひとでしょうか？

>>31
>この手の、仕事はどの研究室でもできると思うんですよね。設備的に
>も問題はないし（1GHzのlinuxマシンがうごいてればいい）、

その考え方はどうなのかな。
たとえば、B4の学生に全設備の整ったラボを与えても、実験系の仕事は出来ないと思うんだよね。
それは彼が優秀かそうでないかによるものじゃなく、トレーニングが必要だということ。

バイオインフォマティクスだと、どうしてトレーニング不要と思ってしまうのかなあ。
実験家がやりたいことさえ理解できればいいっていうものでも、
情報科学の知識やプログラミングの技術があればいいってものでもないと思うんだけど。

じゃあ何が必要かって？ちゃんとトレーニングを受けてくださいよ。
実験系研究者だって、素人に一言で説明できるような内容の研究なんて
していないと思うよ。

そもそも１のような相談を２chに求めるような状況がまずいと思う。
新しいことをしたいなら身の回りに相談できる人がいないようではどっちにしても苦労するぞ。

バイオインフォ分野はそこら中で学生を採っているようだから、
その中にまぎれてしまえばいいのではと思う。灯台でも鏡台でも
居殿研でもいくらでもあるよ。奥さんや子供がいるなら会社で
論博という選択肢もあるかも知れないが極めて苦しい。家庭の
ために人生を諦めたほうがいい。

それと、こういうこと言うのもなんだが、2ch の Wet/Dry 論
争は、実際に研究に関与している人があまり参加していないの
ではないかと思う。現実的でなく頭で考えただけの議論が多い。
下手すると 1 さんの方が現場に詳しいかもしれない。

そうでもないよ。ウェットドライ戦争はなかなか壮絶なもんだ

>>34
>>35

いらっしゃいませ。
wet/dry論争は結局のところ、indormaticsの分野の仕事の縄張り
合戦ですから、このスレの話題になると思います。あくまで、仕事
を取りやすいのは、wetからいくのか、dryからいくのかみたいな観点
の話しは非常に重要だと思います。
　この手の話は、bioinfomatics-jp等のアカデミックよりのMLなんか
では、意識的にさけられてる話題でして、むしろ2chのこのスレの方が
適していると思います。みなさん事情があるでしょうから。

　以上　1からの一言

上司に相談する、が基本では？
話すと意外と解決できたりすると思う。
やめるのはそれからでも遅くないと思うが。

やってることがハンパなんじゃない？
うちにもいるよ、あれも出来ますこれも出来ますと口では言いながら
その実何にも出来ないやつが。

1のように実験とinfomaticsを両方相互補完的にみれて、かつ自分で両方
できる人案外少ないと思う。たぶん、できる人だと思う。できる事なら話を聞いてみたい。
bioinfomaticsは暗に薬とかの実用を目標にしてるわけだが、多少視点を変えて
みると実験と生物の情報処理を同等に扱う"研究室"は存在する。
例えば、遺伝研の・・・研とか進化っぽいとこ。
で、かならずしも、応用がないとは限らない。というか十分に応用性はある。
そういった研究室に入ったら1は楽しく充実した研究ができると思う。

しっかりした考えに基づくdryとしっかりした考えに基づくwetは、なんら
対立するところがないどころか、お互いがお互いを補うものだと思う。

私は、約５年某企業でSEとして働いた後、
今年から某大学のバイオインフォの研究室に転職しました。
この研究室では、ドライとウェットの人材が両方いて、
両方の仕事をそれぞれ経験しながら研究を進めていこうという感じの良い研究室だと思います。
私はここで２，３年、バイオインフォの勉強をして、バイオインフォマティシャンとして企業にさらに転職する心積もりなのです。
だけど、実際、今やっている仕事はテクニシャン以下の雑用ばかりで
生物系の実験はおろか、PGも全然やっていません。
当初の思惑と外れて、多少焦っています。

バイオインフォ関連のソフトウェアを作成している企業というのは、1さんの言うようにたくさんあるのでしょうか？
そしてどんなところなのでしょうか。
どういう風に検索したらヒットしますかねー、BTJを見ていても結構少ないように思うのですが。

http://homepage.mac.com/leverage/

>>40
バイオインフォ関連という境界線の引き方が難しいですが、
日立も富士通もやってます。バイオインフォ関連学会に行け
ば、それ系ベンチャーのパンフレットを山のように持ってい
くことができます。調べるのは簡単です。

そういう訳なので、あなたの書きこみがネタ臭く感じてしま
うんですね。ゲスの勘ぐりなら失礼。

ゲスだな

確かにゲスだ。

バイオインフォマティクス ソフトウエア 程度のキーワードでも
たくさん引っ掛けられるんだからしょうがないでしょう。CTC や
オリンパスとかいくらでも。

どんな所かというと、やはり生物実験系ハードを作っていた所や
その子会社系列ということになるでしょうね。あるいは大学発系
のベンチャーとか。研究費が余ったのでどうでもいいソフトを作
らせてカネを消費してる所もある。

バミューダルールがあるから、ベンチャーで一山当ての成果は
出しにくいだろうね。装置作りで当てることは可能だが、そう
なると大企業系列が有利かな。

バイオインフォ関係の仕事をしたい気持ちは、よく分かるぜ。
俺もかつて、その関連の仕事をしていた。遺伝子こ構造解析やアラアイメント
の処理をするソフトを開発していた。もう８年くらい前だから、当時は
バイオインフォなんて言葉すらなかった。最近、そこの会社の人と会って
話を聞いたら、やはり当時とそれほど変わらないソフト作りをしているとか。
まあ、あの種のソフト作りは今でも、それなりに面白いだろう。
昨今ではバイオインフォ関係の本も少しずつ出るご時世だから、社会的にも
認められてきたか、重要性が認識されてきたと思う。
しかし、今後の世の中で、本当に１つの学問もしくは研究分野として
確立するかどうかは、別問題のようだ。
バイオインフォに関わる手法の多くは、確立統計的なもの（隠れマルコフなど）
や探索的アルゴリズムに関わるものに、今のところは過ぎないようだ。
もっと広く、情報科学自体に興味を持って研究と勉強を進めるのがいい
のではないかな？　若い人達は。
もちろん、分子生物学も勉強するといい。
バイオインフォだけで、将来的にも食って行けるかどうかは、誰にとっても
疑問だね。少し関わる程度がいいのかも？
ただし、専門の大学院なども出ているようだから、そこで勉強するのは、
本気で専門家になってしまうつもりならいいかもよ。
バイオインフォ自体は、情報科学や生物学の中の、マイナーな分野として
残るものではないだろうか。
過去に関わって人間の意見として、参考にしてくれ。

>>32

すみません。自分の立場のことしか考えて無くて、学生のことは頭に
置かずに発言しました。

ということで、学生の立場を思って発言するならば、bioinformatics
という分野は、間違い無く境界領域のしごとで、まだ認知されて日が浅
いのは間違いないと思う。で、生物の専門家とか情報の専門家というの
はごまんといて、そういう人の意見を参考にして手探り状態で知識を身
につけていくしか方法はないと思いますよ。ごまんといる生物の専門家
とか情報の専門家というのは、個別のアドバイスや個別のいちゃもんは
できるけど、bioinformaticsとはこういうもので最低限こういう技術
を身につけてなくてはいけないということは現時点では、誰もいえない
と思います。
　だから、なにが言いたいかというと、例え学生だからといって、bioinformaticsに関わろうとするなら自分で何とかしよういう気持ち
がなによりも必要かと思います。他の理系分野もみんなそうだと思うけ
どbioinformaticsのような境界領域はそれが得に顕著かと思います。

http://yahooo.s2.x-beat.com/

>>38

そのように見られることは確かに多いです。

そう思われているときは、相手が生物系のときはIT用語やアルゴリズム
の話しをして、相手が情報系のときは生物の実験系の話しをして、散々
虐めて、その後なめた口を一切聞けなくします。それが大人（シャカイ
ジン）のやりかたです。

　まあそれは冗談ですが（冗談＝〜２０％）、実際、学会などで話しを
しても自分のやってること以外の知識に乏しい人がおおいので、そう思
われても仕方ないかと思います。しかし、それはbioinformaticsに
限った話ではないですが。
　自分としては、せっかくbioinformaticsという便利な言葉が出てき
たのだから、bioinformaticsをするひと「バイオインフォマティシャ
ン」を名乗るからには、その名をけがさぬように日々勉強＆精進が必要
だと思います。２chへ書き込みなんかしてて言うのはなんですが。。。

>>42
そうですね。
我ながらアフォな書き込みでした。でもレスありがとうございました。
バイオインフォ関連のソフトウェアを作っている企業で、
人材募集をしている企業を探しているんですが、
意外と少ないように思うのですよ。
それで焦って、あのような書き込みになってしまいました。
失礼しました。

大手がバイオインフォに手を出していることは昔から知っています。
実は、私はその御指摘のＦ系ＳＥでしたので。
だけど、やっている会社にいるからって、
一度異なる部署に配属されてしまったら、希望の部署にいけることはまずない。
だから退職したのです。
（上司には、勉強して戻って来いや〜って笑われました・・・）

でも、世間やら２ちゃんやらで騒いでいるわりには、
バイオインフォ関連企業での人材募集って少ないと思うのですよ。
特にＰＧやらＳＥとなると。
生物系（ウェット）の研究者を募集しているところは割りと多いと思いますが。
私の探し方が下手なだけかもしれませんが。。。

>>47
遺伝子構造解析やアライメントの処理をするソフトの開発。
いいっすねー
まさに私がやりたいことで、羨ましい限りです。

ちなみに、そのソフトウェアはどういう環境で動くのですか？
やはりユニックソですか？
開発言語はＣ言語ですかね？

>>51
大変失礼いたしました。
ご指摘の人材募集の件ですが、実は私もこの人材の需給関係について
かなりおかしな事態が起きているということを感じています。

バイオインフォ分野は、まだ人材を受け入れる産業界自体が存在せず、
そのためあぶり出た人たちはベンチャー企業を仕方なく作っているよ
うに感じます。そのような所が人材募集をするはずがないですね。
政府はバイオインフォにカネを大量に撒いていますが、研究機関は使
いこなすことのできる優秀な人材を集めることすらできない状態です
(即ちここでは人材不足)。優秀でない人材ならなんとか集まりますが。
深刻すぎてあまり 2ch に書く内容ではないのでこれにて失礼。

>>52
>遺伝子構造解析やアライメントの処理をするソフトの開発。
>
単純に処理をするなら、基本となるアルゴリズムは既にありますよ。
開発環境がどうこうという問題は、今はありません。
自分のやりやすいものを選択すればいいだけです。

>>50
是非一度お話してみたいものです。
情報系、生物系いずれか一方でさえ、ケムにまく以上の知識・能力を持った人には
まだ会ったことが無いので。

>>53
その通りです。だけど、政府のやり方もひどいよね。
本当に優秀な人でないと出来ないような内容の仕事なのに
はした金で十分な社会保障もなく雇わざるをえない仕組みにしてるんだから。

社会保障がないのなら、せめて通常の３−１０倍程度の待遇で迎えるのがスジでしょう。
スーパーポスドク構想も、今までよりはマシのようだけど、笑っちゃうような内容だしなあ。
独立行政法人化で多少はマシになるんだろうか。

ソフトウェアの開発にオリジナリティを持ち込むには生物系の知識
が欠かせないと思っています。

遺伝子解析ソフトウェアを使っていて「こうしたほうがいい」と思うひ
とは多々いると思いますが、それが実際の日本発の製品に結びつかない
のは生物が分っていてなおかつ要求定義、外部設計、内部設計の話しが
分っている人がいないからでは？と素人ながら思っているのですが、ど
うでしょう？

ソフトウェアをやっている人はどこからアイデアを得ているんでしょう
か？システム開発の上流過程では生物の知識は全くいらないでしょう
か？もし、要求定義、外部設計、内部設計＋生物が分っているひとが
いたら、ひっぱりだこですか？

>>42
＞生物系（ウェット）の研究者を募集しているところは割と多い
と思いますが。

そうなんですが、そういうのはホントにウェットしか出来ないんですよ
ね。どうも、役所のひとは生物学者とSEが同じ場所にいれば、自然と
バイオインフォマティクスの仕事が出てくるという錯覚をしているので
はないかと思います。私は、やはり両方見れる人がプロジェクトを仕切
らないとオリジナリティのある仕事は出てこないのではないかという
考えでいます。で、そういう人は、すくなくも表には出てきてませんね
え。これは、ある意味チャンスかと思います。

>>56

上流工程の技術（DFD,SPDのようなチャートの類いやら、ジャクソン法、ワーニエ法
コードヨードンとかでしょうか？）というのは、大規模な開発でどのように共通
理解を形成するかというためのものです。ですから、個人で開発される場合には
必要ないと言い切れるものですし、生物系の方にしっかりしたアイデア、シーズ
があれば、ソフト屋のほうで対応できるのだと思います。
　「要求定義、外部設計、内部設計＋生物が分っているひと」にはお目にかかった
ことはないので、なんとも言えないですが、もしいれば確かに全体として仕事
は早くなったりはすると思いますが、オリジナリティーを持ち込めるかどうかは
別の要因（両者のコミュニケーションとか生物のヒトのやる気）が大きいかと
思います。

>58

ということは、そういったソフト会社は
バイオインフォに関してどういう人材を欲しているのでしょうか？
文面をみるに、情報系の知識さえあれば、生物の知識はあるに越したことは
ないけれどもあまりくわしくなくても良さそうに思えます。

やっぱりウェットばっかりやってて、たまにプログラムを書くような
人はいらないんですかね。

プログラム書く(だけ)ってのはシークエンシングするのに似ている
気がする。周辺知識がなければできないから、それはそれで価値が
あるのだけど、それ自体はある程度確立された技術であって、研究
しているわけでも、研究的アプローチ(思考)をしているわけでも何
でもない。逆にいえば、そういう人はテクニシャンに多い。

>>50
ワラタ。
僕も、普段、生物屋には、「この研究は情報科学的に、すばらしい結果でしてな」
情報屋には「この研究は生物学上、きわめて重要なことですわ」
とかいってます。
半分冗談ではありますが、半分本気で、こういったのがバイオインフォだと思ってます。
生物屋に生物話をしたって、やっぱり何も得ることないし、情報屋に情報話をしても、対して進展するわけでもないんだから。

>>61
>生物屋に生物話をしたって、やっぱり何も得ることないし、情報屋に情報話をしても、対して進展するわけでもないんだから。

生物やに情報の話し、情報やに生物の話しをするとなにか得られる？
発展はあるのかな？

>62
あると思うぞ
言葉が通じるのが前提だがな

>61
>生物屋に生物話をしたって、やっぱり何も得ることないし、情報屋に情報話をしても、対して進展するわけでもないんだから。
そりゃどっちの知識も中途半端だからだろ

すごく「いつもの展開」になりそうな予感。
実験屋がバイオインフォマティシャンを見たら必ず言う台詞が登場している。

>>1は、このへんの事情も理解しておくべし。

>>64

むしろ私はその辺のはなしも聞きたいですね。
どうして、実験屋はインフォマティックスを意味ないものにしたがるか？
それは、自分の保身のためなのか？
実験屋は現在巷にあふれている膨大なデータをどうしようとしてるのか？
実験屋はそれをチャンスととらえられないのか？

>>65
まあまあ、そういう荒れそうな話はこっちでやろうよ。
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1026659511/l50

いまどきポスドク以上で優秀な奴は、実験屋なのに Linux 上で
グラフィックライブラリ書いたり Java Script 書いたり Perl
でデータベースアクセスしたりするんだよ。情報出身でも同様。

片方の知識しかなくて、他方の分野を自分の脳内イメージだけで
狂ったように批判したりするのは所詮二流で、バイオインフォに
はそういう連中は要らない。そんな人が活躍できるほど簡単じゃ
ない。

>>66
やめてくれ。あのスレようやくまともっぽくなってきたんだから。
あのスレの住人のほとんどはその手の話題には飽き飽きしている。

ただ、後半は同意。必ずしも実験屋だけじゃなく、情報屋にも
ヤバイやつは同じくらいいるけどね。
優秀な先生なんかはそれなりに聴く耳持ってくれるよ。

理研に大量にいるポス毒って、将来どーすんの？

>>66 >>67

私が思っていたよりもマトモな人がだいぶ増えてきているんですねえ。
安心しました。

来春たくさんできるポストは私がいただきますので、よろしく。

>>70

っそっそそそっそうなんでつか？

>>70
「たくさんできる」ポストを一人でいただくのは無理だな。
漏れにも回せ。

どうせ子ね。

>>72
検認という手もあるぞ

へ？　ほんとうに優秀な実験屋にはバイオインフォなんていらないのでは？
自分で検索したりなんかしたりしているのは１．５流から１流に
上がろうともがいている連中で、それなりに優秀だけれどもトップ
サイエンティストにはなりえない連中ばっかりという気もするんだけど。
このスレを荒らしたいわけではないので、サゲ

検索程度しかやってない連中はそうだね。
僕もあらしたくないので、さげ。

バイオインフォが即ち検索を意味した時代はほぼ終わったでしょうね。
ただ、ひとつ指摘するなら、検索ができることは検索しかできないこと
とは違う。

>>75
うーん、たぶんまだそういう認識の人が一杯いるのでしょうねえ。
実際、一昔前ならその認識でそれほど間違ってなかったと思いますが。

データ量を考えれば、自力で全ての情報を扱うのは（実験者本人にとってさえ）
もはや難しいのではないかと思います。

いや、もちろん100年に一人レベルのケタ違いな人だったらできるのかも
しれませんが、さすがにそのレベルの人を基準に語るわけにはいかないかと。

「情報をどう取り扱うか？」
を考えたときに既に出来上がっているデータベースを検索することに
しか意識が向かないか、他のところにも意識がむくかというのが、これ
から仕事にコンピュータを活用できるかできないかの分かれ目だと思
う。
　データベースの構築、そのためのデータの絞り込みや正規化とか、
その基礎になるonthology、たんなる検索以外のデータマイニングと
呼ばれる技術による解析。ぱっと考えただけでもこれだけの仕事が必要
になってくると思うし、それぞれに情報系と生物系の仕事が必要であっ
て、学術的な側面と産業技術的な側面とを兼ね備えている。
　現状を考えると、このような仕事をこなせる人材は圧倒的に不足して
いるので、もっといろいろな処で求人があってもおかしくないんです
が、実際少ないのは率直にいって不思議です。コンピュータを使わない
研究所なんてないんですから。

コンピュータを研究現場に持ち込めないのは、生物研究における組織
のあり方、形態がそれに適してはいないからではないでしょうか？

　情報技術をからめた経営の本やもっと簡単なものでは情報処理技術者
試験の教科書にかかれている理想的な組織と正反対の位置にあるのが、
今の生物研究界だと思う。て言うと本に書かれたことが正しいのかと
言われると思うけど、個人的にどちらの組織で働きたいかと考えれば
情報の本に書かれているほうが圧倒的に魅力的であると思う。

>>79
>　現状を考えると、このような仕事をこなせる人材は圧倒的に不足して
>いるので、もっといろいろな処で求人があってもおかしくないんです
>が、実際少ないのは率直にいって不思議です。コンピュータを使わない
>研究所なんてないんですから。

それはあってしかるべき人材需要であって現実とは乖離しています。
現実は

>「情報をどう取り扱うか？」
>を考えたときに既に出来上がっているデータベースを検索することに
>しか意識が向かない

人達ばかりですんで。
まったく居ないとは言いませんけどね。

>>81
揚げ足をとるわけではないんですが、
「あってしかるべき人材」=市場価値のあるスキル、知識、経験をもつひと
だと思います。そういうヒトを今すぐにどうすればいいかとか、どうすれば
そのようなヒトを仲間にいれられるかに考え方をシフトすべきだと思います。
　現在国内において、そのようなヒトは確実に存在しています。注目をあびている
ヒトもいれば、そうでないヒトもいます。

「あってしかるべき人材需要」で一塊りです。
「あってしかるべき人材」というものがあったとしても、需要の方はさて、どうですかね？

博士がなくて、バイオインフォ研究したいなら、お台場じゃないの？
年度途中でも採用するらしいよ。
http://www.cbrc.jp/cbrc/intro/lookfor_pd.html
となりの大先生の方のセンターと違って、実験は出来ないみたいだけど。

山形も常時研究員を募集していますよ。

CBRCは有名ですけど、「山形」って山形大学ですか？
おはずかしい話しですが、山形大学がインフォマティクスに力
をいれているという話しは聞き及んでいないのですが、宜しければ
詳細をお教えください。

このスレで山形と言えばKOでは。
バイオインフォスレで話題にするとなぜか荒れるけどね。
このスレの住人の良識に期待。

鶴岡 in 山形　だったんですね。

10/20に情報処理技術者試験を受けて参りました。
　誰か生物系で、どれかの区分持ってるひといますか？それ役に立ってますか
？お教えください。

>>80
たとえばそう言う研究組織、そういう研究所をつくったとして、
それは本当に機能するの?
機能と言うのはつまり、CNS級またはノーベル賞級の研究が
でるの?

たとえばMRCなんかをモデルにするといいと思うんだけど
あそこってバイオインフォマティクスはさかんですけど
組織形態や使用しているシステムは驚くほどローテクですよね?

http://members.tripod.co.jp/umibenomakigai/index.html

　私が解決すべき問題としてイメージしていたのは、もっと低レベルの
「情報リテラシー格差による差別」「ナレッジマネージメント」のよう
な問題でした。こういう問題は一般企業でも問題になっていて、むしろ
そちらの方が対応が進んでいると思います。こういう環境を整えなけれ
ば、情報技術その他の新しいモノを生物研究の現場に導入するのは、難
しいと思いますが。
　CNS級とかノーベル賞をとれるかどうか？というのは選考する側の意
向もあるし運もあるし個の力量もあるので、組織の形態だけの話しでは
ないと思います。組織がしっかりしていても、他がだめだったらダメで
しょう。
　経験からいうと、私個人はしっかりとレベルの低い問題を考えている
組織で働きたいです。

で、MRCってなんですか？

バイオインフォマティクスの聖地です。

えっと・・・・MRC知らない人がバイオインフォマティシャンになるには
どうすればいいですか？

ＭＲＣなんて知らないし、知る気もないっす

どうとでもなります

>>81
既にあるデータベースを検索するのではなく、
既にあるデータベースをRDBMS上にインプリメントするだけってのはどうよ？

　必要な仕事のひとつだとは思いますね。多分、自分のとこの配列を
外のネットワークにださないためにin houseのDBを構築するとか、って
いう話しなのかなと思うけど。
　だったら、学校では教えてくれないけど、実践では必ず必要っていう
とこでしょうか？

↓
RDBMSだったら、いじりやすくもなりますし

必要な仕事だよね。そのための科研費もあるし。
しかし、それを「研究」と呼んでいいんだろうかね？

>>101
「研究」と呼ぶか呼ばないかはどっちでもいいのでは？
研究者やってたらそんな仕事多いよね。へんに目くじら立ててもしょうがない。
少なくとも「研究の準備」になるだけマシだと思う。ラットの世話みたいなもんだ。

技術を知らずして、夢ばかり語っていても「研究」には成らんでしょうね。

この分野で会社いきながら（SE）で
社会人ドクターで学位をとろうとしている方はいらっしゃいますか？

実験をしない情報系のみのバイオインフォなら、時間的になんとかなるかと
思っているのですが、どなたかそういう経験のかたいます？
いちおう、職場では医用画像とかやってます。

１さんなんかは、このへんを考えたことはないんでしょうか

そういうことが許される大学院て、どこ？
実験ナシならなんとかって、甘く見てるかなあっていう気もするけど。
それとも平均的なドクター学生よりカナリ優れているということかな。

＞１０５
具体的にどこの大学院というのはないのですが
知人は情報系でDをとった人がいるもので。
もしかしたら、バイオインフォでも社会人Dをとれるかなと。

私はウェット系出身なんですが、社会人Dをとろうとすると
正直実験系は職場で実験できないと不可能だとおもいます。
情報系がメインのバイオインフォならなんとか土日あたりをメインに
研究室にあまり行かなくても、自宅とかでも研究ができるんじゃないかなと
おもったもので。

言われてみれば、たしかに本業でやってる方から見れば甘い考えですね。

何をやるか次第ですね。
まあ時間をかければいいってもんじゃないし
研究計画･遂行能力と英語力がソコソコあればいいわけですからね。
あとは、いい指導教官に恵まれれば・・・

頑張ってください。

>>104
知っているだけで3人はいるな。そういうバイオインフォ情報系社会人で論文Ｄ。
うちひとり曰く「Ｄをとる目的で何かやるのはホンマツテントー。研究してたら自然に論文もたまるからＤなんて適当にとれるよ。そうじゃない人がＤとったって、その後どうするの？」

>108
たしかにおっしゃる通りなのですが
このスレの最初のほうにあるように
やはり、バイオインフォマティクスの仕事をするには
学位が必要なのかなと思いまして。

一応、今の会社はバイオインフォの部署があるのですが
配属の希望が通らなくて今はそのような仕事はしてないわけです。
それで、どうせ学位をとって職場を変えるなら仕事を続けながらの方が
良いのではと思いました。

ところで、１０８さんの知人は、会社ではどういう業務をしていたのでしょうか。
やはりバイオインフォマティクスに関連した研究職ですか？

学位ナシで研究所の研究者してるひともいるよね。

みんな、会社でバイオインフォ系でしたね。みんな相当優秀。
会社の仕事でできない場合だと、最近は、社会人博士課程、ってのがあるみたいだから、会社と相談して、
そういうのをやらせてもらう、ってのがいいんじゃない？（週2回くらい大学に通わせてもらうかんじ）
バイオインフォ系じゃないけど、そういうので博士とった知人も何人かいるし。

そうですね。大変参考になりました。
さっそく会社に相談してみます。

>>108

　うらやましい限りですね。論文D のひとの言うことにも同意です。
ところで、その人たちは論文で使うデータをどのように調達したので
しょうか？共同研究してたのか、社内の仕事なのか？
　いくらなんでも、公共DBを休日にいじくって論文になるほど甘くはな
いと重いますので。。。

知人のバイオインフォの情報系Ｄってのは、ほとんど、ほんとに「情報」の研究ですね。
遺伝子発見アルゴリズムだとか、モチーフ発見手法だとか、検索アルゴリズムとかの高速化あるいはaccuracyのあげ方とか。
いかに高性能なツールを作るか、という方向性ね。
データを中心にした考え方だと会社での論文は難しいんじゃないかな。
ふつうデータはとれないし、とれても企業秘密、ってことが多いからね。

レスありがとうございました。
論ドクとるなら、わたしの場合もその線しかないでしょうね。
共同研究では論文かけるネタはたくさんあるのですが、いざ出そうとすると
もめそうな雰囲気です。

ほえー、学卒はおよびでないんですかなぁ？
Linuxとか少しいじれてウェット系出身なんですが
どう進めばよいでしょうか？

ウェットの学卒は正直厳しい気がする。
情報系の学卒のほうが、まだのぞみがあるきがするが。

そっかー。
ちなみに１１７は情報系？

どっちでもないけど、うちの会社では
そんな感じ。ウェットは収支以上じゃないと
理系扱いしていない感じ。

アカデミックなら、多分OKじゃない？
ウェットの学卒でも、なんかテクニシャンで募集あるみたいね。
UNIXできて、生物科卒の人とか。

ウエットとかドライってなんなの？

>>117
学卒だったら、ソフト会社に就職してSEめざすのもいいんじゃないでしょうか？修士卒だと年令的に相手にしてもらえなくなります。
　実験にこだわりがあるなら別ですが、そっちの方が、バイオインフォ
に関わる仕事をできる可能性は高いかと思います。どの会社に入る
かが重要でしょうが。。。

wet＝実際の核酸、タンパク質等の生体分子、または生体そのもの
　　　を直接あつかう実験。

dry＝コンピュータを使って、核酸、タンパク質配列を解析したり（
　　　alignment,motif探索,clusteringその他）、wet実験や生体
　　　内の反応をシミュレーションをしたりすること。実際の核酸、タ
　　　ンパク質等の生体分子、または生体はいじらない。

>119
ですよね。インフォのテクニシャンってありますか？
>122
ウェットはほぼOK.ドライはゲノムくらいは・・・。
タンパク質配列を解析したり（alignment,motif探索,clusteringその他
内の反応をシミュレーションをしたりすること。実際の核酸、タンパク質
等の生体分子、または生体はいじらない。
への壁はあつい？？
なにが必要ですかね？

>123　
イカケンやリケンでちらっとテクニシャン（バイオインフォマティシャン？）
の募集を見た覚えがあるんだけど今はないのかな？

ども！

初すれです。
オラクルではバイオインフォ関連のセミナーを開催しているようですが、
バイオ研究からみた「 データベース技術者への期待 」って何があるのでしょうか？
こちらのスレを見ていると　公共のDBなどがすでにあって　１さんのように
progの技術があれば　特に期待するようなことは無いように思うのですが。
理系出身ですがBIOではありません。


　　・薬で使用されるバイオインフォマティクスの実際
　　・データベース技術者の活躍の場面

いらっしゃいませ。
DB技術者へ期待されていることというのは、一般的にはDBの構築とか
チューニングでしょうか。プログラムをかけるだけでは、インデックス
とかバッファサイズとかどうしたら良いかはわかりませんから、そこに
は必ず技術者が必要となるのではないかと思います。が、こういう仕事
はDDBJその他の公共DBで既にプロの担当者がいるのはおっしゃられる
通りです。
　私個人の意見は、これからDBの設計のところで技術者の活躍する場面
が出てくるのではないかとおもいます。例えば、オブジェクトモデルの
採用とかRDFを使ってメタデータを表現してDB自体の応用性を高めると
か（どっかで既にやってるのかもしれないですが。。。）OLAP的な使
い方を全面に出したようなDBはあんまり見たことがないです。（強いて
いえばKEGG)。そういう仕事の方が技術者の方もやりがいがあるんじゃ
ないでしょうか？
　ただ、以前意見がでたように、生物の現場ではそこまで意識改革がIT
について進んでいないので、啓蒙活動から手をつけなければならんと
おもいますが。。。

KEGGは生物屋さんではなく富士通系の情報処理会社が仕事をしているような・・・

かずさの中村先生のとこはどう？

製薬会社の場合には、これまでにも社内のデータをいかに効率良くDB化するか
ということにかなり労力をさいています。
そこに急速に増え続けたbioinfoデータやSNPデータをのせて、統合を
はかるのだとすれば、それは壮絶な労力を要するでしょう

労力だけが必要とも言ふ

でもってそれを使って成果がでるかというと・・・

それもまた研究の一側面だよ。
華々しい何かを期待しているのなら、他のことをしたほうがよい。

一側面ならね。
全面だったら氏ぬね。

せっかくなので調べたら、こんなのがありました。
私は興味ありますけど、ソフト屋さんからみてどうなのでしょうか？

XOL(Ontology eXchange Language)
http://www.ai.sri.com/pkarp/xol/

The Molecular Biology Ontology Working Group
http://smi-web.stanford.edu/projects/bio-ontology/

>>135
は
>>131
です。

オントロジーならうちに来い。

怒娘？

高木研のことじゃ？

>>128
KEGGって何？

なんで、こんなにdryの求人がないんだ、ｺﾞﾙｧ！！
ほんと、一時期は結構募集していたと思うのに。＜124
バイオインフォっていう言葉も、もう下火なのか。

あるところにはちゃんとあるけどね。

KEGG知らないでバイオインフォ屋になろうと思う人が出る時代なのか・・・
http://www.genome.ad.jp/Japanese/

まあそういわずに、、、

べつに知らなくてもいいんじゃないの

keggってクリッカブルマップだろ？

超食シリアル！

高々クリッカブルマップつくるのにずいぶん人と金使ってるよな。
某先生の藍陣を雇うための隠れ蓑とかいううわさがあるとかないとか・・

愛人といえばGSCの○○でしょう！！

１にゃ悪いが情報系や数学科出身の連中に半年くらい
バイオの実験させりゃいいとこいくんじゃないかな。
機器メーカーの製作者もバイオの実験くらいやらせて
くれりゃこちらとももう少し意志の疎通が図れると
思うんだが。

>>150
ぜんぜん悪くないですよ。むしろ望む所ですよ。
どうしたらそんな風にいくか、どっかでやってないかって考えてますよ。

>>150
そんなにいいこと、やってるところがひとつもないなんてことがあるだろうか。（反語）

>>152
わたしの知ってるはんいでは、純粋な情報出身者に実験やらせるとこないです
よ。去年の某セミナーでも情報の先生が「情報出身者にも実験を体験させる機会を
与えて下さい」と発言してました。

>>152
それとも、情報系のひとが実験やるのが「そんなにいいこと」では
ないというアイロニーなのか？
分かりにくい。

実践しているところがないわけじゃない。
が、うまくいってるところが一つもないってこと。

価値基準が違いすぎてうまく行かないでしょう。

>>153
純粋な情報出身者に実験をやらせない理由

１）　実験と簡単にいうが、非常にお金がかかる
２）　漠然と学生実習のようなことをしても意味がない
　　 （実験の感触をつかむことはできない）
３）　関連論文を「興味を持って」読んでいないので、教えるのが大変
４）　テーマをもってやらせるのでは、どの程度の期間がかかるかわからない
５）　情報出身者が会話できる程度になるまで実験をやらせるには、数年かかってしまう。

というわけで、本気でバイオインフォマティクスでいきたいなら、
情報系＋実験系の学生をちゃんと体験しておくべき。
就職してから、ラボのお金で教育してもらおうなんてアマちゃんもいいところと知るべし。

わたしはプログラムかけるようになってから仕事として実験してたこと
あるけど、その時は
「こういうプログラムをかけば。。。」とか
「こういう解析をすれば」とか、そもそも
「こういうデータがあれば」
というような思いを巡らすことがプログラム知る前より確実に多くなった
で、実際にプログラム組んでみて周りに見せたら、反発するひとが多かった
けど一応賛同してくれるヒトもいた。こういうような体験は、バイオインフォ
やりたいヒトには早い段階で経験して欲しいと思う。そのためには、
自分で手を動かして、ウォークスルーで全工程を概観することが必要
だと思う。
　たしかに、最初は教える生物のヒトは大変だとおもうけど。。

>>153
１〜５の話は全部情報系の人に限った話で無く、生物系の学生にも
あてはまります。

結局広い意味のコストの問題として東大のバイオインフォマティックス
コースのように学生をちゃんと育てたほうが生物を知らない計算機屋に
後から生物学を教えるよりもはるかに良くなってしまうという罠
だいたいバイオインフォで飯が食える人数の推定ってどこかで為されて
たのを見たことがあるけど宮廷で専門としてバイオインフォをやった
人間くらいのパイしかなかったような・・・そうすると後付けの計算機屋は
いらんということになってしまぅ・・・

酵母のある転写因子についてQueryすると、
制御下のターゲット遺伝子がドバッと返ってくるような
データベースってご存じないですか？

酵母のある転写因子についてQueryすると、
制御下のターゲット遺伝子がドバッと返ってくるような
データベースってご存じないですか？

>>156
休廷で専門でバイオインフォやってる人とは、恵比須で１２月に学会発
表してるようなひとですか？とりあえず、恐怖感はないです。

　ああいうレベルの仕事は情報の人（プロ）が忌憚のない意見をいった
らどうなるのかなあ？

　その前にオリジナリティーが全く感じられないやっつけ仕事ばかりな
んが気になるし、「こんなことしました。」程度の夏休みの自由研究絵
日記みたいのをみせられてもなあ。。。

なんか趣旨が違うように取られているんだけど（まぁいいけど）
ようはある程度の年齢になった人間に再教育をするよりは
新しく人材を一部の機関で育てるだけで必要な人材数はまかなえるのでは？
ってこと

単にテクニシャンのバイオインフォ版で良いなら幾らでも
求められるけれどもそれでも新規に実験をさせて学ばせるほどのコストは
かけられないでしょうね

そこまでの自信があるならこのスレに書く前にとっととやっつけでない
素晴らしい仕事を見せてくださいね

個人的な意見を言わせて貰えばそんなに高度な情報学の
知識はいらんのよねバイオインフォには
＃たまに天才は必要だけど「俺は情報が出来るんだ」という程度の人はいらん

それよりも博物学のような生物学の知見が如何に大事なことか！
誰かが教育してくれるとかではなく自分の必要性を示しながら
wetな人たちと連携して仕事をしながら自ら学んでいくことが
出来るかじゃないのかな

>>153のは高木センセの国立のやつかな？
あのレベルではない現実の実験は労力と年数がかかりすぎるので
いずれにしても結果は上に書いたのと同じところに逝く

　大学院は就職予備校ではないでしょ。テクニシャンの育成なら、民間
でもっと安く効率的にできるよ。建て前をいうなら、大学院はそういう
やつらを引っ張っていける実力と経験をつけるとこでしょ。建て前と
かいたのは、

それが分ってないのが多すぎる⇒
周り（担当叫喚たち）がそれに合わせる⇒
全体のレベルがどうしようもないほど下がる。

という状況があるから。大学でてみりゃわかるけど、院での仕事なんて
いわば遊び、そんなのででかい顔してたら恥かくだけ。ああいう発表
をしてる人たちはそれが分ってるとは思えない。論理的整合性ばかり
気にするあまり、問題設定が定型的にできるものしか扱えなくなって
る。守りにはいらないでもっと遊べ。受験エリートの傾向丸出しで笑え
るな。

＞誰かが教育してくれるとかでなく〜
この辺は激しく同意。そのあたりが理解できてないと官民とも仕事は
無理。

>>153
はそれじゃないよ。

↑
最後のところ、いってることがよくわからないんだけど、説明してくれませんか？

それと「夏休みの自由研究」やってる人たちは、「遊びで」やっているつもりなんだよね。
そういうスタンスなんだからさ、あそこは。
情報科学の人の中にはそういう伝統があって、遊びでやっているなかから
いいものが生まれるものだと思われている。
彼らの問題は、「遊びでやっていていいものを作れる人」と「そうでない人」に
才能の差があって、誰がやっても同じようにうまくいく可能性があるわけじゃ
ないことに気づいていないこと。いや、気づいてるかも。要するに

「だめなやつは何をやってもだめ」

これが現実。

現実から目をそらしたいのね

>>165
最後のところってどこですか？
おおまかに言えばわたしのいいたいのは「ちなみに」さんと同じような
意見ですからあまりもめる必要もないと思いますが。。。
民間orアカデミー、社会人or学生、アカデッミクポストの立場の違いかと
思うけど。

つーか、ＧＩＷって、夏休みの宿題だよ。
たいてい、〆きり前になって、なんか出してよ、とたのまれて、しょうがなく出すものだし。
そんな、いい結果をＧＩＷなんかに投稿するわけないでしょ。もっといいとこに投稿します。

>>167
突っかかったみたいな形になってすみませんね。
そういうつもりじゃなかったんだけど。わからないのは
　↓です。

　>>153
　はそれじゃないよ。

>>166
話しの中のセミナーは高木センセとは関係ないということ
こちらの解釈が違ってたらすいません。

>>165
納得。

↑間違えた
×　>>166　 ⇒　◯　>>169

>>168
納得と言ったけど、いい結果を出すとこって具体的にどこですか？

国内の学会 CBIとか情報系の学会ですか？
国外で発表しますか？
journalですか？

お教えください。

GIWよりはISMBかもね（だいたいなんでいい結果を国内で出さなきゃ
いけないの？）

Journalでは内容によってはNARかね

CBIは別にインパクトのある仕事をなげる場ではない

情報的にいい論文だったら、そりゃデータベースだったらＳＩＧＭＯＤとか、アルゴリズムだったらＦＯＣＳとかＳＯＤＡとかに出すだろ。
そんな、読者が読んでもわかんなくて感動してくれないようなところにはださないよん。

で、ちょっと情報科学的に落ちる結果だけど、バイオ的によろしければＩＳＭＢ，ＲＥＣＯＭＢ，ＷＡＢＩ。
それが無理そうならＰＳＢ．
はしにもぼうにもかからないとＧＩＷ。

ジャーナルなら、ＮＡＲ，ＪＣＢ。　かな、やっぱり。ちょっとおちるとBioinformatics。
あと、情報科学系のいい論文は、ジャーナルにはいきなり出しません。（カンファレンス重視）

生物よりのヒトだと、また違うとは思うけど。

いっぱい情報ありがとうございます。
まだあったら宜しくお願いします。
学会いくにも、個人or会社のお金がかかるわけだし、かね取られるんだったら
内容のともなったものを味わいたいとおもいますね。

バイオインフォマティシャンになるために
最低限よまなければならない本はなんですか？

そんなのないでしょ。
まずは、自分の分野で、専門家であることが必要。それができてもないのに、バイオインフォの本なんか読んでも何もできないよ。
だいたい、本なんて、2年前のことまでしか書いてないから、ナンの参考にもならないし。

んなこたあるまい。
まあ、お勧めはMBC, Developmental Biology, Cells, embryos and evolution
programing Perl, software tools,　the elements of programming style
あたりだ。

あと、Natureのヒトゲノムペーパー、C.elegansゲノムあたりは必読だよ。
ほかに、molecular evolutionary genetics, population genetics,
the neutral theory of molecular evolution, biochemistry, biometry
あたりだろうか。余力があれば、molecular cloningにも目を通しておきたい。

読めるか、そんなに。あほか。

「ちなみに」氏ではないが、
>>181
ネタだとは思うが一応マジレスすると、このくらいが読めないのなら
そもそも研究者に向いてないと思う。どの分野であれ。
何も「一日で読め」というわけじゃないんだから。

ほとんど日本語になってるので、語学に自信のない向きは日本語でどうぞ。
D1以上なら得手不得手に関わらず英語で読んでほしいけどな。

>>181

これくらい読んでいるのは当たり前では？日本語ででも
このうちの半分くらいは学部のうちに読んで興味を持って
大学院に進学してくれ・・・頼むから・・・

純粋な生物出身者の計算機をつかわせたくない理由

１）　計算機演習と簡単にいうが、アルゴリズムとかプログラミングとかは付け焼刃では身につかない。
　　　　　　たとえ書けても、「私は自転車にのれます」とかいって、三輪車にのっている程度にしかなってくれない。
２）　漠然と計算機実習のようなことをしても意味がない
　　 （アルゴリズムの感触をつかむことはできない）
３）　関連論文を「興味を持って」読んでいないので、教えるのが大変
　　　　　　情報科学的に何が面白いのかもわからない。
４）　テーマをもってやらせるのでは、どの程度の期間がかかるかわからない
　　　　　　まず無理でしょう。
５）　生物出身者が会話できる程度になるまで計算機実験をやらせるには、数年かかってしまう。

というわけで、本気でバイオインフォマティクスでいきたいなら、
情報系＋実験系の学生をちゃんと体験しておくべき。
就職してから、ラボのお金で教育してもらおうなんてアマちゃんもいいところと知るべし。

>>184
あたりまえ、、、、と思いたいんだけどねえ。（ため息）

>>185
計算機なんてその辺のPCにLinux入れときゃじゅうぶん。
ま、アルゴリズムはともかく、実際に「まともに」プログラミングできるかどうかは
意識を集中した時間に依存する部分が大きいから、
表面だけさらおうとするやつがだめなのは確かだね。

ただ、４）はあたらないんじゃないか？
問題設定自信は計算機科学じゃないから。

>>185

バイオインフォの人間は生物学的に意味のあることを言わなければ
ただのオナニーになるので生物学に詳しくなければならないが
生物学出身の人間はλ計算まで出来る必要やOS・並列計算機の仕組み
まで知る必要性はあまりないので>>185の問題設定は間違い

>>情報系＋実験系の学生をちゃんと体験しておくべき。
これには同意

文部科学省もこれにお金をいっぱいつけているしね

バイオインフォマティシャンとバイオインフォマティストの違いが説明されていました。

ぼうのう氏のMLでのことですね
---------------------------------------------------------------
・バイオインフォマティスト
バイオインフォマティクスのツールをどう使えばいいかだけではなく、それを効率的に使うためにはどういったインターフェースを用意すればいいか設計できる人
・バイオインフォマティシャン
バイオインフォマティクスのツールを深く理解することなしに使えるように訓練された人

ぐらいでしょうか（訳：ぼうのう）。
バイオインフォマティストのほうがなんかよさそうなイメージですね。
＃日本にたくさんいる、アルゴリズムだけを考えていらっしゃるひとはなんというのでしょうね。
---------------------------------------------------------------

日本にいる？？？？みたことないけど？？
しいていえばDPアルゴリズムを改良している後藤氏くらいか。

何年前の話をあげてるんだ>>191　それはともかく、Ｇ氏もいまだに同じようなことをやってるのはどうかと。。。
まぁ、アルゴリズム屋は数え上げられるけどね。人数。

そりゃ失礼しました。
たとえばどんなのがあるんですか？

後藤氏ってCBRCの人？

英語の教科書で名前の出る数少ない日本人ではある・・・

>>185
1〜５は生物出身者だけじゃなくて情報の学生にもてはまるよ。
文系SEだっているからね。

>>158でもいったから一応言っとく。

>>185
バイオインフォマティクスを本格的にやりたい
生物系の人にやらせなければいけない情報系
の具体的なことは何ですか？
よませなければいけない本でもいいです。

>>196
Linuxマシン管理とPerl+CGIプログラミング。

>>190
前後のコメントを省いた引用はやめて下さい。せめて
元記事のURLを入れてほしいな。
ttp://www.egroups.co.jp/message/bioinformatics-jp/1511

>>194
失礼しました。

みなさん、引用時には情報ソースの　URL or 書名　のどちらかは
記入するようにお願いします。

↓
×194 → ◯198

俺は別に名なしのゲノムさんがバイオインフォマティシャンになってもいいと思うよ。ただしそのハードルはとてつもなく高いと思う。きどってなれるもんじゃないと思うよ。あとは強い信念と根性の問題だと思う…

そんなこタあるまい。
問題は、バイオもコンピュータも良くわからずに
わかったフリだけして中途半端にやってくる奴じゃないの。

知らない奴ほど知ったかぶりして足引っ張るから。

私も今は生物よりのヒト、情報よりのヒトというのが混在していていいのだと
思いますし、いろんなレベルのヒトがいていいと思います。バイオインフォマティクス
の定義とか、なにができればバイオインフォマティシャンと呼べるかという定義
は無意味かと思います。このスレはそのために議論をどうすれば食えるかorニーズ
はあるのかないのかに絞っていきたいと思ってタイトルをつけています。

>>179-180

おれも、便乗で質問させてください。
現在26歳で、Javaプログラマです。
プログラマの経験は、1年ですが、普通の人が経験3年で身に付けるレベルに
1年の経験で達したと思っています。Javaのことは深く理解してるつもりです。
言語は、Java以外はほとんど、使えない^^；です。
UNIX(Linux)の知識は、本さえあれば、普通になんでもできるレベルです。
生物学の知識は、ほとんどないです。一般書読む程度かなー。

こんな私ですが、
バイオインフォマティシャンになれるんでしょうか？
この業界って、年齢は関係ありますか？
言語はJavaしか使えないのですが、これはこの業界に転職する上で
マイナスとなるでしょうか？
やはり、今、バイオインフォマティシャンとして現場で働いている人は
若い人が多いのでしょうか？
現在、26歳です。就職できるか焦ってます。

需要はあると思いますよ。
学位はなさそうですね・・・ふむ。
どの程度の給料がもらえればいいのかな？

副腎ってどこにあるんですか？　前腎中腎後腎って何ですか？

>>206

レスありがとう。
需要ありますか!？少し希望が出てきました。

学位はないです。大卒です。
この仕事に関われるんだったら、給料は、あまり気になりません。
給料は低くなっても、しょうがないですね。

できる言語はJavaだけ(SQL、XML少々)、
しかも経験1年というのは相手にされないのだろうかと心配です。
バイオインフォでは、PerlやC言語ができた方がいいって話を
聞いたことがあるのですが、Javaの話は全然聞きませんからね。。。
Javaの話を聞くことはありますか？
あと、年齢が(現在26歳)、高すぎないだろうか、ということも心配です。

バイオインフォ関連の大学院(慶大とか)に入るという選択肢も考えているんですが、
果たして卒業後に、この年で就職先があるかどうかということも気になります。

知っている範囲で教えて欲しいです。

>>205

もうすぐ26歳で、この業界のプログラマです。
この業界で３年仕事をしています。

＞生物学の知識は、ほとんどないです。一般書読む程度かなー。

プログラムの知識はこの業界はあまり必要ありません。
生物の知識のほうが重要です。

生物の知識が乏しいと研究者とのコミュニケーションが取れなくて
厳しいです。

>あと、年齢が(現在26歳)、高すぎないだろうか、ということも心配です。

年齢は関係ないと思います。
この業界は即戦力を求めています。

205さんもがんばってください。

>>209
ありがとう。経験者さんですか。

>プログラムの知識はこの業界はあまり必要ありません。
>生物の知識のほうが重要です。

そうなんですか。
どっちかっていうと、プログラム書く力の方が求められていると
思ってました。
私は勘違いしてたみたいですね。

>年齢は関係ないと思います。
>この業界は即戦力を求めています。

バイオインフォの仕事(プログラマ)している人で、35超えている人って
あまりいないと思っていました。バイオインフォの世界も、若い人主体で
プログラムを組んでいると思っておりましたので。
やはり、即戦力ですか。

>205さんもがんばってください。

どもです！

>>210

>どっちかっていうと、プログラム書く力の方が求められていると
>思ってました。

この業界はフリーのツールなどが充実していますのでそのツール
を利用できるかが重要になってきます。

>バイオインフォの仕事(プログラマ)している人で、35超えている人って
>あまりいないと思っていました。

いることはいますけど、ほとんどは仕様書を書いて若い人に仕事を振り分けてる
って感じですかね。

>>209

>この業界はフリーのツールなどが充実していますのでそのツール
>を利用できるかが重要になってきます。

なるほど。
一から、ソフトを作るってのはなさそうですね。
既に、あるソフトに手直しをして使ってみたり、少しの修正をしたりして
いるということですね。

>いることはいますけど、ほとんどは仕様書を書いて若い人に仕事を振り分けてる
>って感じですかね。

そうですか。
はっきりいって、プログラムをガリガリ書いていられるのは何歳くらいが
限界だと思いますか？もちろん、やる気の問題などありますが、
一般的に業界ではどうなっているんだろうと思いまして。

「バイオインフォマティクス３種の神器」ってなんや？　
くだらん。

名案。バイオ系のオンナノコを彼女にする。
一番、手っ取り早い。

>>212
実際に求められているレベルは、フリーのツールを使いこなすレベルより
上になりつつあるよ。PCでUNIX (Linux)が動くようになって、
誰でも簡単にいろいろなことを試せるようになったから、
ちょっと関心もってる生物学者はツールくらいは使えるようになってきてる。
まあ、まだまだひよこレベルだけど。

むしろこういうプログラムを書いてほしいと言われて書けるレベル、
あるいはこんなのはどうですか？というようなレベルの人が
これからは要求されると思う。

バイオインフォマティシャン、あるいはバイオインフォマティシストでもいいけど
とよばれる人の中で、本当に自分でfrom the scrachでプログラムを書く、
あるいは書ける人は非常に少ない。書いたとしても小学生の作文レベル。
そんな人ばかりだから、「○○程度ができれば十分」といわざるを得ない状況になってるが、
本当に要求がないわけじゃあなく、できないこと頼むよりは、できる程度で我慢
というかんじなのだろう。・・・が、生物学者の方だって画期的なアイデアが
あるわけじゃあないから、「こんなのができればとってもたすかります〜」と
さらっといえるようなレベルですらない。

（つづき）

業界自体が発展途上にあるので、みんな手探りでやってると言う感じ。
もし、プログラミングサイドから入るなら、Lincoln Steinの軌跡をたどるといい。
彼はMIT Whitehead Institute時代からゲノムプロジェクトに関わりつつ、
実際にやっている仕事は、一貫してバイオインフォマティクスプログラミングだった。
彼の書いたPerlモジュールも数多い。Perlがわからなくても、彼の思想から
得るものは多いと思う。

（つづき）


で、そのほかに何を要求されるかと言うと、最低限必要なのは統計処理の能力です。
さまざまなデータを統計処理するためのプログラムを書くという仕事。
もちろん、正確にできなければならないが、ライブラリを使ってもかまわない。
要は「目的を達成するのに何をしたらいいか」を知っている、あるいは調べる方法を
知っていることが肝心。生物学者は目の前にデータがあっても、
それを処理する手段をしらないことがあまりにも多いから。
あ、生物学者といっては語弊があるね。「分子生物学者」と言い換えます。

異論、反論、罵倒、その他、お待ちしております。（＾ー＾）

統計処理って、回帰分析と関係ありますか？

>>218
はい、あります。

A型の特徴

●とにかく気が小さい
●ストレスを溜め込んでは、キレて関係ない人間を巻き添えにして暴れまくる
●他人の忠告を受け入れない、反省できない、学習能力がない（自分の筋を無理にでも通そうとするため）
●「常識、常識」と口うるさいが、実はA型の常識はピントがズレまくっている（日本の常識は世界の非常識）
●権力、強者（警察、暴走族…ｅｔｃ）に弱く、弱者には威張り散らす
●あら探しだけは名人級（例え10の長所があってもほめることをせず、たった１つの短所を見つけてはけなす）
●基本的に悲観主義でマイナス思考に支配されているため、根が暗くうっとうしい
●一人では何もできない、女は連れションが大好き（群れでしか行動できないヘタレ）
●多数派（注・日本では）であることをいいことに、少数派を馬鹿にする、排斥する
●異質、異文化を排斥する
●集団いじめのパイオニア＆天才
●悪口、陰口が大好き
●他人からどう見られているか、体裁をいつも気にしている
●ＤＶ夫が多い
●自分の感情をうまく表現できず、コミュニケーション能力に乏しい（知障）
●頑固で融通(応用）が利かず、表面上意気投合しているようで、腹の中は各自バラバラ
●人を信じられず、疑い深い
●自分は常に自己抑制しているもんだから、自由に見える人間に嫉妬し足を引っ張ろうとする
●おまけに執念深くしつこい（一生恨みますタイプ）
●自分に甘く他人に厳しい（冷酷）
●要するに女々しい、あるいは女の腐ったみたいなやつが多い

あたってるよ・・・

僕はA（たぶんAA）だが全然ちがうぞ。　神経質なのは
Aらしいが。

栄型ってネアンデルタールの子孫かな？

>>215-217

統計が必要なんですね。
それは聞いたことあったんですけど、他人に改めて指摘されると
本当に必要なんだと思わされました。
他に、生物学者の要望を理解するためには、生物学について、
それなりに知っとかないといけないんですね。
生物学の知識は、基礎さえおさえておけばいいと思っていたんですが、
どうやら甘かったようです。
でも、私が調べた限りでは、今、バイオインフォ関連の開発を
行ってる人って、ちゃんとした生物学の知識を持ってないように見えるんですが。。

本当に役に立つ仕事をしている人は、ちゃんとした生物学の知識をもっていると思いますよ。
開発やっている人は、ちゃんとした指導者についていれば、さほど知識がなくとも
それなりにやれます。ただ、ちゃんとした指導者は、どんどん忙しくなるので、
その人が忙しくなる前に、必要なことを吸収できるような下地ができていないと
自分だけ取り残されることになります。

>>225

なるほど。
覚えるべきことはたくさんありますね。
プログラムだけちゃんと出来てりゃいいやじゃないんですね。
最初は、プログラムのことを覚えるので精一杯で、
生物学のことは後回しになりそうですが。
指導者から、少しでも多く吸収することを考えてないといけないんですね。
もともと、生物にも興味持っていたんで、
生物学をきちんと勉強して、ちゃんとした開発者になりたいです。
成れればの話ですけどね。。

ぜひ、がんばってくださいね。

>>226
統計が大事だと悟ったあなたは必ず開発者としてのバイオインフォマティシャンになれます！！

ってか、基本だろ、そんなの。

基本がわかってない人が多い

>>228
統計重要なのはわかるが
生物学出身者にはまず何をどこから
やらせるべきなの？

>>231
なにを目ざすかにもよると思いますが。。

プログラム書いたことがなければ、まず言語からでは。
アルゴリズムを理解すること自体に言語の知識が必要となる場合が多いし、やっぱり自分で書いていじくらないとアルゴリズムを「使う」こと
はできない。統計をやるにしても言語を通じていじくれなければ意味が
ないと思える。

Cの標準ライブラリーを一通り使いこなせて、数値計算の基本が頭に
はいっていれば、後はやる気のあるヒトなら模索しながらでも仕事を
すすめられるかと思う。

>>232
なるほど言いたいことは良くわかります。
しかし、生物屋に→言語→アルゴリズム＋統計という流れに
勉強して実際に解析にまで手を伸ばすとすると
膨大な時間がかかると思うのでそこで
なんとか効率良くやれないかなと考えているのです。
でも、やっぱ模索しながら地道にやるしかないのですかね。

まぁ、そういった勉強は学生時代にやっとくべし。
研究者になってからでは遅いよ。

>>234
もちろん学生時代の話ですよ。

>>228
統計が大事とするとどこの研究室が有望？

>>230

何かをはじめようとするのに遅いということはないよ

必要になったらやれば良いということ。

学生時代って高校、中学、小学校？

>>229
「生物屋の育成」の方をもっと効率良くすることはできないでしょうか？

>>238
と同じ考えで情報出身ではなく生物屋を
育成するために必要なことを考えていきましょう。
とにかく生物屋は数学の基本はあまりわかってない。
それを出発点として考えた場合の効率よい育成の仕方
を考えていきましょう。

>>239
数学ができないようなやつぁどっち道だめ。

>>239
まあできるヒトもいっぱいいるんですが。。。
そういうヒトに対するインセンティブが低く過ぎるかと。。。

>>241
インセンティブが低いというのはアカデミック分野の意味という
ことですかそれとも企業ということですか？

１はバイオインフォマティシャン？になって何をしたいの？
生物学的なモティヴェーションを聞かせて欲しいな。

荒れてないスレにこんなことを書くのは気が引けるのだが、
バイオインフォ関係の人って「情報学的」「生物学的」と
区分けしすぎてない？　それが無用の対立を招いているような気が。
せっかく学際的な分野なのにさ、と思うこともしばしば。

まあ、それはこのスレよりも「教えてください」スレに当てはまるのだが、
「生物学的な」モチベーションという表現が気にならなくもない。
もちろん、243が「生物学＞情報学」みたいな意味で言っているわけではない
と思うので、気を悪くしたら申し訳ないのだが。

>>242
両方

>>243
今暇なときは、遺伝子と表現型の関係を表現するにはどういう数学をつ
かえばいいかという問題を考えることが多いかな。
それには、遺伝子ネットワークとかゲノム構造と進化の関係とかをやる
のが前提となるとおもうけどけど、

具体的にどうするか？
プロモーター配列の情報処理ってどうするのか？
人工生命との関連性は？問題解決のツールに使えないか？

とか考えることはいろいろある。

>>244
私もそう思うことはしばしばだけど。。。
でも絶対モチベーションは「生物学的」な問題に解答をあたえること
にフォーカスされているべきだと思う。

理論的、数学的おもしろさ美しさはその後についてくるで相反する
ものではないというのが私の姿勢。

>>244
その意見はわかるのだがバイオインフォに携わるとどうしても
「情報学的」「生物学的」と考えてしまうのではないかと思う。
両方の教育がうまく学べればそれはなくなると思うけど。
そんな環境で学んだ人ってほぼいないのではないかと思う。

バイオインフォの役割は
>>246の意見に個人的に賛成しますがね。

　今は上のヒトに多少なりとも両方ヤレルヒトが皆無だから、仕方なく
情報系のヒト、生物系のヒトと分けて管理しなければならないだけだ
と思う。

　だから、現場でやるヒトはそういうことにあまり捕らわれず、適等に
つき合っておいて、自分が必要だと思えば、生物系だろうと情報に手を
出すべきだということ。その場合には組織の全面的バックアップは期待
できないけど。

　そんな動きが広まれば、情報と生物の「壁」みたいなのは自然と崩壊
すると思う。これ理想論じゃなくてもうあちこちで起こってることでは
ないかなあ？結局「壁」をつくるのもこわすもの自分次第では。

情報学的にっていうのは、要するに
「今回は生物（命）情報を扱っているけれど、普遍的に使えるような
理論や手法を開発したい」
ってことなんでしょ？
アインスタインがどうやって相対性理論を完成したかを考えたら
やることは明白だと思うんだけど。
結局生物学的なことを突き詰めることができなくて半端なことを
やっているような印象しか与えていないんだよ。

生物はむずかしいよ。　その本質を数学や物理で表現するのは。。。

そんなに複雑なわけじゃあないと思うよ。
難しいのは確かだが。

誰か関西で雇ってくれないかなぁ。
両方の知識がついたﾃﾞｸﾆｼｬﾝなんだけど・・・・・
バイトでもいい。

でくじゃだめ。

やっぱり？

sigh.

>>249
でももともとの情報学が扱っていた「情報」というのは人為的な知性が
介在することによってはじめて産まれた「情報」のことであって、もと
もと自然に存在する「生物情報」とは情報の定義がそもそも違うんじゃ
ないか、という気もするんですけど。生物情報は、もちろん人がそれを
利用できたらいいな、と思ってはいるけれども、遺伝子配列にしろアミ
ノ酸一次配列にしろ立体構造にしろ、人が介在しなくても勝手になんか
やっているって気がします。しかもその全体像はいまだ未知。
それをいわゆる「情報」と同じように普遍的にとりあつかうことは可能
なの?

>>１

レス遅くなってすみせんです。
226だけど、>>228レス今日読んで、嬉しかったです。
自信を無くしてただけに、突然の応援に感激しますた。
１さん共々、頑張る気になりましたよ。ドモドモ。

>>255
うーん、自然科学から入った人（と他人事のように書いているが、私も
実験屋（ただし化学））はよくそういうけど、「情報学」自体は
実はそれほど人為的な学問じゃないよね。ついコンピュータのことばかりを
イメージしてしまうけど、考えてみれば数学そのものは
まさに自然哲学から生じた学問だし。

ただ、情報学を学んでいるうちにそれを忘れることはあるかもしれない。
実験屋が片手間にやってるせいかもしれないけど。
少なくとも、自然界への畏敬の念は忘れるべきではないとは思う。

>>255
>>257のいうとおりです。
情報学は、長らく実データを扱えない時期が続いたので、
モデル的仕事をやりすぎて、そのうちAlifeなんかをはじめてみたけど
むなしいだけだったし、経済とか複雑系とかを扱い始めてみても
結局は現実世界をあらわすことになんか使えないことに気づいているはずです。
だからといって、いままでやってきたことに意味がない、と思いたくはないが
地に足をつけて、つまり現実の世界を細かく調べてやるほどの根気がない。
そんな感じじゃないでしょうか。

情報系は一方で「怠けるためにがんばる」文化があるでしょ？
生物系はそれではだめなことをいやというほど

途中で書き込まれてしまった。すまん。

生物系は、怠けるためにがんばってもやっぱり怠けられないことを
いやというほど思い知らされているひとが多いんですよ。
だから、手を抜こうという姿を見ると「それじゃだめだ」となる。

もちろん、上手な手の抜き方をすることで画期的な前進がある場合はあります。

「手を抜く」という思想は不可欠だとは思うんだけどね。
「怠けたい」というよりは「もはや怠けるしかない」みたいな感じで。
それこそ、情報量の膨大さを考えれば。
情報の人の「手を抜く」という感覚とは違うのかもしれないけど。その
あたりは上手く意思疎通ができればいいのだが。

手を抜くためには、最低限しなきゃいけないことがあるでしょ?
そこを怠ってしまうと余計手間がかかるようになる。
情報系が生物学に対して行っているアプローチはまさにそれ。

一通りレスを読んで思ったのですが、
理想のバイオインフォ研究者になる敷居はものすごく高いような気がします。
当方、Wetの大学院生ですが、とても情報系の勉強まで手がまわりません。
実際本当に優秀な生物学(主に分子細胞レベル）の研究者になろうと思ったら、
生物以外にもやること満載。
例えば、生物系で驚くほど物理化学を知らない人が、意外と多くいるけれど、
物理化学なしによく分子細胞レベルの実験をしてるなーと思います。
とても、言語、ｱﾙｺﾞﾘｽﾞﾑまでいく余裕は。。。

そもそも生物系というのは、自己批判にもなりますが、
自然科学全般に対する教養が低いと思います。
生物しか知らない人が多いから、別のバイオインフォスレであるような、
無意味な対立も起きると思います。

ちょっと話がずれましたが、生半可な能力、熱意では、
たいがい中途半端になってしまう分野のように受け取ってしまいましたが、
実際、理想的なバイオインフォ研究者はいらっしゃるのでしょうか？

おしまいに、ちょっと前のレスでテキストを列挙されていた方がありましたが、
読むだけなら良いにしても、あれだけの分量を「読み込む」ことは相当なことだと思われます。
ましてや英語で読める人材がそれほど多くいるでしょうか？

生物情報が厖大だというのは、「普遍的にとりあつかうことで何か見えてくる」
という見込があるからこそ、の作業仮説なわけでしょう。
でも実際には、酵母は自分の細砲さえ無事ふえることができれば、自分のもってる
遺伝子のホモログが人やマウスでなにやってようと、別に関係ないわけですね。
「普遍的網羅的に取り扱うことから、何か意味ある情報を発見することが
可能である」というデータモデルで、取り扱う情報量の増加に関するコストと
そこから意味ある情報が抽出可能になるベネフィットの割合を冷静に考えれば
「そんなに厖大な情報を扱わなくても、わかることはわかる」し
「いくら厖大な情報を扱っても、わからんことはわからん」っていうのが
予測可能なはずなんだけどな。

>>263
　言いたいことは理解してるつもりだけど。。。。
　でも、「大量のデータを解析して見えてくるもの」は確かにあるわけでしょ？
昔はシークエンスして相同性みてもデータベースに乗ってるデータが少なかった
からそれ以上の知見を得るのは難しかった。けど今はデータも増えて大抵のもの
はヒットするようになった。こういうのは大量のデータを扱うコストが一つの
研究室で各々ちまちまやってるコストの総和よりも小さくなったというのじゃ
ないか？そのためのインフラ整備にはもちろんコストがかかるけど。。。
今は、例えばノックアウトの手法ですすめてる研究が致死になったり、homolog
で機能が補われたりして、いきずまるケースがどこでも問題になってるけど
こういうのをシュミレーションみたいな情報的手法によって回避することがで
きれば、また「大量の情報を扱うコストが個々にちまちまやるコストの総和を
下回る現象」が起きるのではないでしょうか？

ただ、少なくとも最終的にはwetの系で有効性が見出せなければ役に立たない
ということは常に言えると思う。

>>262
一流の物理学者や数学者になる敷居が高いのと同じことでは？
ま、一流の生物学者、一流の医者、一流の野球選手でもいいや。

要するに、半端者になるのは簡単だが、一流になるには何をしても大変なんだよ。
で、この分野は一流になることが要求されている分野とは思わないか?

うーん、情報の人を「生物の知識がない」と非難する生物人は多いけど、
結局実験系研究者の情報学に対する認識も甘いような。
ﾏﾀｰﾘスレで名指しして悪いが、>>255や>>263を読むとそんな気がする。
なんというか、数学を（おそらく高校数学などの印象が強すぎる
せいだと思うけど）「机上の学問」だと思いすぎているのでは？

ただ、かと思えばなんでもできる魔法の道具だと思っている人もいたり
するわけだが。

煽るみたいなことを書いた後でこんなことを言っても説得力が無いかも
しれないが、お互いに歩み寄るべし。

>>267
そーね。
数学の表現手段としての側面にも眼をむけてほしいよ。

正しく使えてない人が大きな顔をするので誤解を呼んでいる罠

>>266
僕がつたない日本語で伝えようとしたのは、
例に挙げられたような一つの分野で一流になるのは、もちろん大変だけれど、
バイオインフォはさらに二つの異なったディシプリンで深い造詣がないと、
とても一流たりえないと思った、ということです。

>>267
まあまあ。そういうパースペクティブのない人達は放置しましょう。

>>270
最近思うんだけどね、二つの異なった分野で一流は無理だと思う。
それより、一つ一流な分野を持っていて、もう一つは半流というか、
できるだけ歩み寄って学んで理解する姿勢が必要かと。
「餅は餅屋」じゃないけど、得意分野をお互い分担して、効率よく
仕事をすすめるのが現実的じゃないのかな。
なので、一流を一つは持っていないと、仕事をする上では問題外。
漏れは、数学出身で、とある研究所で働いていますが、そうやって
周りのプログラマーや実験屋さんの人たちとうまく付き合えていますよ。

>>271
同意。自分の専門分野をしっかり持った上で、それ以外の分野は
網羅的に知識を持つ程度が良いと思う。余り深入りせずに
まさしく「餅は餅屋」。信頼できるパートナーを見つけることの方
が重要だと思うよ。

こういう多彩な人は例外ですかね？バイオインフォとは関係ないけどさ
----------------------------------------------------------------
外国人研究者：「俺は後藤という日本人を3人知っている．パラメトロンの後藤，
ゴトー・ペアの後藤，磁気単極子の後藤．お前はそのどれかか」
後藤英一：「俺はそのすべてだ」の後藤英一は1931年1月26日東京渋谷に生まれた．
----------------------------------------------------------------

>>270
バイオインフォで一流になるには、二つの異なったﾃﾞｨｼﾌﾟﾘﾝで深い造詣が要求されます。
その意味で、現在のトップランナーたちはみな二流です。
バイオインフォマティクスの力については、ゲノムペーパーを見ればよくわかります。
ゲノムプロジェクトはまさに「バイオインフォマティクス」の成果ですから。

>>271
それはあなたにとって無理というだけのことです。
あきらめた人にはどんな些細なことであっても不可能です。
ただ、相手を理解し、会話ができることは重要です。
あまりに会話のできない人が多すぎるから。
周囲の人とうまく付き合っているというのが何を指している
のかわからないが、研究上のコラボレーションができて成果が
上がっているという意味にとっていいんですよね？？

>>274
271です。もちろん成果は上がってます。
私は現実的で効率的な研究の進め方を書いたつもりです。
今の業務に関する自分の専門外のことは、自分なりに勉強している
つもりです。でも限界があります。
274さんのバックグラウンドは何かは知りませんが、ある分野で
一流になるためには膨大な時間と経験が必要ですよね？
でもそれは時間的にも物理的にも金銭的にも無理なわけです。

あなたは一流なのですか？それとも一流の意味はよく分かっているのでしょうか？

＞一流になるためには膨大な時間と経験が必要ですよね？

もちろんそのとおりです。が、知識を得ることは経験を積むことほどには時間を要せず
闇雲にやるより非常に時間効率のよいものです。
それを省略しようとする人が多すぎる。
楽でないからといって、やらなくていい、という風に決め付ける人が
成功しているとはまったく思えません。すくなくとも成功とよぶ基準は
私とは異なっているようです。

そして時間的、物理的、金銭的に無理というのは、ほんとうにそうですか？
それらの制約はどこからくるんでしょう？本当にそれは限界とすべきなんでしょうか？
つらいからといって避けていたのでは、どんな些細なことでも可能になりません。

最後に、私は一流と呼べるレベルには達していません。
が、上のほうで書かれている書籍はすべて2度以上通読しているし、
身についています。生物もコンピュータも情報も身につけてます。
それが最低限のスタートラインだと考えているからです。

無理と決め付ける発言を見たとき、自己評価の非常に高い人だと思いました。
つまり、自分にできないことが他人にできるわけがない、と思っているということの現れだからです。
まあ、すべてのことができないと先に進めないわけではないので、
できることを手がかりに、お互い建設的に前に進んでゆきましょう。

＞生物もコンピュータも情報も身につけてます。
こう言い切るってのは相当だと思うが。
生物(学）を（網羅的に）理解するのなんて、ほとんど不可能な気がするが。
例えば、蛋白質のインターラクションのelectrostaticな性質や熱力学的な原理、
動物行動学における動機づけに関する研究、生理学における力学的な解析、
細胞生物学における細胞内輸送、等など、
漏れの無能さゆえ適当な例があがらず申し訳ないが、
生物学って本当に範囲が広いわけで、「身につけて」ると言い切るのは、
失礼ながら言い過ぎと思われます。
もっともそれは言葉のあやで、基本的なことが身についてる、ということかも分かりません。
しかし、だとするならば、それは271のいう「一流」には程遠いレベルでしょう。
276は非常に勉強家と思いますが、
僕は現実としてやはり「制約」やら「限界」はあると思います。
ですから、
僕は271や272の意見に基本的に賛成です。

>無理と決め付ける発言を見たとき、自己評価の非常に高い人だと思いました。
このようなことを言ったのは、自分の中での「一流」がそれなりの技術と経験と
知識を身に付けている人と思っているからです。だから聞いたのですよ。
一流の意味はわかっているのかなと。

277さんがおっしゃるように、
＞生物もコンピュータも情報も身につけてます。
で、逆にあなたの「一流」に対する考え方がよく出ていると思います。
こうやって言い切るぐらいだから、相当知識があるのでしょうけど、
私とはその閾値が違うと思いました。

>そして時間的、物理的、金銭的に無理というのは、ほんとうにそうですか？
自分の立場について言えば本当です。なぜなら、僕は企業の人間で、雑務が
１日の多くを占めるからです。もちろん雑務をさっさと終わらせる努力は
自分なりにしているし、残った時間で、生物のことを勉強しています。
知識を得ることを怠っていると書いた覚えはないのですが。

あと、生物を学ぶには、知識同様、経験が大事なんだなと常々感じます。
生物のひとがいう「こ〜んな感じのことが起こっている」を、私たちは
なるべく汲み取って翻訳して、アルゴリズムや数理モデルを作っていきます。
それは彼らの経験が、言葉にいえないけど、何らかの真実を指している
と考えているからです。本や論文にはそういう現場レベルでの感覚は
書いてないですよね？

何事も一流になるためには、じっくり腰を据えた研究をしばらく続けないと
無理であると自分の経験から思います。

>>277
>もっともそれは言葉のあやで、基本的なことが身についてる、ということかも分かりません。
>しかし、だとするならば、それは271のいう「一流」には程遠いレベルでしょう。

そうですよ。
その基本すらやらずにごちゃごちゃいう人が多すぎるんですよ。
現状をご存じないんですか?

>>278
>で、逆にあなたの「一流」に対する考え方がよく出ていると思います。
>こうやって言い切るぐらいだから、相当知識があるのでしょうけど、
>私とはその閾値が違うと思いました。

まあ、相当カチンときたみたいですな。
どの程度のレベルに達しているのかは、業績を見せればある程度
納得していただけるかと思いますが、完全に個人を特定できる内容なので
ここでは控えます。

まあ、私自身は自分は１流はまだまだ及ばないと思っています。
しかし、できないといわず、目指さなくてはいけないとも思ってます。
そういうことです。閾値の違いがどうというのは非常にくだらないことです。

経験に関する考え方は同じようです。ただ知識を得ることを投げている意見が
上のほうで散見されていたので、文句をつけただけのことです。

なんとなくですが、>>277-278の方は意識のレベルは低くないように感じられます。
だからこそ、なおさら「無理だから」という言い訳はしてほしくないと思うのですが、
その点には賛成してもらえないのでしょうか。

これで医科研の中井さん程度の業績もなかったら笑えるが？
そこまで言い切れるのだからぼうのうみたいに実名で登場してくれ

>279
言われずとも努力してますが。
浅学無才若輩者の僕でも、サイエンスを網羅的に勉強しようという意気込みがあります。
ただそれでも、専門外の分野は、ある程度の基礎だけ学習するのが精いっぱいである、
というのが僕の認識です。おそらく278も近い意見と思われます。
なるべく高みを望んで精進することは大事だけれども、
実際問題、可能なことと不可能なことはあります。
だからこそ、このスレでもすでに何人もの方が書き込んでおられるように、
バイオインフォにおいては、巧みな連携、コラボレーションが重要になると思うのです。
一人の優秀な人間が全部やるより、二人の専門家のコラボの方が効率は良さそうです。
ちょっとした考えの相違で、少し不毛な議論になってしまって残念ですが、
基本的には、自分の専門のことを極めんとするのは当然として、
他分野のことも基礎的なことはカバーできるように知識を吸収していこう、
そういうscientificに（ある程度）matureな研究者間のコラボレーションが、
バイオインフォに必要、と僕は考えます。
後、付け加えですが、日本人の科学者の鬼門となりがちですが、
英語は必須ですね。

一人で全てをやろうとするこころざしも素晴らしいと思うし、
他者と補い合って仕事を進めようとするのも十分高度なこと
（場合によっては「一人で全てをやる」のよりも難しいのでは？）
だと思う。

単に研究の進め方の違いだけで、要求される能力の程度はどちらも
同じくらい高いと思うよ。正直、えらく不毛な議論だと思う。

他者とコラボレーションするのは「逃げ」でできるようなことでも
ないし、一方で「効率的」と胸を張っていえるほどのものでもない
と思う。
「教えてください」スレでの「実験 vs 情報」の荒れ具合を見れば
それがわかるのではないかな、と。

本当の意味でのコラボレーションっていうのはバイオインフォの場合
あるのかな？と最近思います。

　研究では問題設定というのが仕事の前に必要だと思うのですが、
問題を考えるヒトにスキルがなければ、その問題を取り上げようと
しないわけですし、複数の人間でその作業をやろうとすると、最大
公約数的なアイデアしか扱えず教科書に乗ってるような仕事のカーボン
コピーになってしまう気がします。
かといって自分のアイデアを強引に展開すれば片方だけのヒトはついて
来れず結局仕事がポシャる。

自分の共同研究（をやろうとした）の経験からいうと今みたいに生物と
情報をやる人間がきっちり二分されていて、各々がいままで自分のやり
方に固執していては、共同研究は無理です、というかマトモな仕事は出
来ません。

>>280
やだ。（＾ー＾）

>>281
まあいいです、不可能と思う限りできることはありませんから。
可能と思ってもできるとは限りませんが。

>>282
まそうですね。コラボレーションが逃げとは思ってませんよ。

>>283
ということですね。どちらかが主導を握るのが普通です。
手伝い仕事で満足できる人ならそれでかまわないのでしょう。

僕の日本語の拙さからか、あまり真意は伝わっていないように思われます。
サイエンスにおいてコラボレーションほど重要なものはない、と僕は信じています。
例えば、その意識の高さ、強固な意志、
そして生物と情報においての豊富な知識量を持つと見受けられる、
1と284がコラボしたらいい仕事ができそうですが。
最もそれでも各々がよりどちらかに詳しければ、
能力を補完できて良さそうですが。

何を一番重要と捕らえるかは人によって異なります。
たとえば、ゲノムプロジェクトみたいなのは、まさにコラボレーションによって
可能になったといえるでしょう。
また、通常の研究はほとんどコラボレーションで行われているもの確かです。
ただ個々の研究を見ると、かならず主体となる人がいます。
研究がうまく行くかどうかは、その「主体」の意識、知識、経験などが効いてきます。
そのひとの足りない部分を補う人がいるのは非常にいいことだし
その作業をしている人は非常に重要とは思うのですが、
研究者として、ずっとそういう態度でいいのかというと、その点は疑問です。
「主体」になるにはどうしたらいいか、というのが私のテーマsです。

まぁ、結局のところ、自分が主体の論文（情報系）と、相手が主体の論文（生物系）をそれぞれがファーストネームで書いて、
めでたく終わることが多いね。
両方が主体であるのが重要。片方がパシリでは、やはり、共同研究は一ヶ月で破綻します。

あまりそういう実例を見たことがないけど、それって普通なの？

だとすると、情報系の人が情報学的意義付けを重視するのはわかるけど、
それをやってしまうと筋違いな結果を導きがちだよね？？
めでたく終わるってのが信じられない。

>>288

同じ結果（情報学的にも生物学的にも美味しい）からそれぞれの
立場で著者順を変えて論文書くことを言っているんじゃないかな？
これだと2倍美味しいから共同研究関係がちゃんと成り立つ

>>288
「情報学的意義付け → 筋違い」というあたりに「またかよ」と
感じてしまうのは、あっちのスレをさんざん見てきたせいだろうか。
>>288がそういうつもりでなかったのならｺﾞﾒｿ。

ひとつの結果が生物学的にも生物学的にもおいしいって言う事例は
本当にあるんでしょうか?
あるいは、ひとつの研究と言い換えてもいい。
一方に重点をおくと、他方に関してはアヤシイ内容になりがちな
気がするんだけど。
で、情報系の人が生物計で批判される要件は、そこにあるのではないかと。

> 生物学的にも生物学的にも
に笑ってしまったが、マジレスすると優れた業績の場合はむしろ
複数の領域に渡って重要なことのほうが多いのでは。

ただ、>>291の書いているようなことも一面の真実ではある。
それでも、なぜか批判されるのは常に情報系、というあたりに
何らかの偏見みたいなものが関与しているんじゃないかなあ、と。
「情報学的に優れているけど生物学的にはあんまり」のときも、
「生物学的には重要だけど情報学的にはそれほどでもない」のときも。

生物屋はバイオインフォマティクスなんてただの道具としか思ってないからな。
新しい測定方にいくら物理学的な意義があっても、何か新しいものが観察ができなければ意味がないのと同じこと。

要するに、生物側にはおいしいものをほとんど提供せず
予算だけは持ってゆくから批判の的になると。

>>292
　測定方法についてもその原理を理解してなければ、データの解釈とか
検証に支障をきたすわけだから、科学者として自分の説に責任を持ちた
かったら道具にこだわるのは義務だと思う。

　バイオインフォについては、その適用と実施において
「生物とは何か？」「ある生命現象の意義とは？」
という類いのアイデアを仮設として常に包含していなければならないの
で、測定方法と一緒にはできないし、そこにこそ生物研究の主体がある
と考えるべきでは？と思うなあ。

学生時代からちょくちょく思っていたことだけど、
測定、観察は物理、化学にまかせて、理論、表現、検証なんかは数学、
情報にまかせてなんてしてたら生物屋のやることは実験で手をうごかす
ことぐらいしかなくなっちゃうんじゃないか？それは科学といえるのか？

何が言いたいの？

生物屋＝実験屋
という発想が違うんじゃないのかと。
それは奢りじゃないのかと。

所詮、実験もたんなる道具でしょ

そのとおり。だからバイオインフォマティクスも、
計算機を道具として考えるやり方と実験データを材料として捕らえる面がある。
本来分離すべきものでもないと思うが、方法論、データに固執しすぎるあまり
情報系、生物系という極論が生まれる

ahoka
tannaru dougu tte
do-yu-imiyo?
tanaka-san ha tannaru do-gu notameni nobe-ru kyu no
hatumei ga hituyo- datta

ノーベル賞は道具や方法論の発明・発見に偏ってますが何か?

>>291
ひとつの結果、というのは違います。
だいたい、何をもって結果とするか、というところからして違います。
これこれをこうモデル化して、それにこういうアルゴリズムを組んで、それで計算したアウトプットを既存手法と比較検証し、さらには実験的に検証する。
ってな流れがあるかと思いますが、共同のひとつの論文にしたら、大喧嘩になります。

情「おまえの書いた文章で、アルゴリズムに関するここの記述は、無茶苦茶だよ。」
生「そんなの枝葉末節やん。それにそんなこまかいアルゴリズムなんてどうでもいいから書くなよ。計算時間だって、正確さを落としたら早くなる、なんていらんだろ。消せよ」
生「それに、おまえの書いた文章の、ここは、不正確だよ。もうちょっと詳しくこれくらい書けよ」
情「そんなん、いらんやん。そんなの書いたら、何がいいたいのかわからなくなるよ」
生「それはともかく、過去のこの手法と比べた方がええんとちゃう？」
情「そんなわけわからん従来の手でやった手法と比べたって、やり方も、だいたい前提とする問題すらも違うから、比べられないよ。もっと論理的な頭はないんかよ。」
生「だから、同じことを検証しようとしてるんだから、比べないとあかんがな。何いってんねん。」
情「おいおい、さっきは、アルゴリズムちゃんと書かなあかん、ゆうたけど、こんなしょうもないこと書かんでええやろ。はずかしいがな。」
生「何いってるねん。そこが、アルゴリズムの一番重要なところやろ。それがあるから、生物的な結果がでるねん。」
情「おまえ、頭大丈夫か？そんな小学生でも思いつけるようなこと、たのむから論文にいれないでくれよ。」

まぁ、2本別々の、著者順をかえたものを出して，互いの論文の批判はなるべく避ける、というのが一番いい方法です。

言い換えれば、互いに相手の分野には小学生レベル、と。

304が核心をついた！

くり返しになるけど、共同研究をしようとする場合には両方がそれぞれ生物
も情報も分かっている必要がある。それから、共同研究が一応うまくいくのは
相手の実験系を使わせてほしいとか、サンプルを提供してほしいというレベル
の話しであって、お互いの知識を補いあうなんていうのは理想論に過ぎないん
ではないか？と思う。それからついでにいうと、そんなに実験系とかサンプル
とか欲しいものがはっきりしてるんなら、企業が商売としてやれるだろと思う
技術やサンプルを提供することは、サイエンスとして評価されることではないと
思う。こういうような捕らえかたすれば、バイオインフォマティシャンがどういう
立場で仕事すればいいか見えてくると思うが。。

ま、理想は理想として現実には共同研究らしきことが行われては
どっちか（通常プログラマ）がこき使われていやになってハイ終わりだよね。

情報系をやるにしても生物系でやるにしても、
生物を材料に使う以上どっちみち生物のこと知らないと
駄目だと思うのに、どうしてこうもやらないヒトが多いのか・・・

情報系の人と長く付き合える生物学者、ってのは相手の嗜好に賛同はしなくても、理解できる人。
逆もしかり。
知識を知る、というより、相手の興味を理解することが大事ですね。
たとえ自分は面白いとは思わなくても、この人は、これには興味を示すに違いない、って。
逆に、自分が面白いと思うからって、相手にもそれを求めるのはだめ。

で、理想は、自分が面白くないことをやってくれる奇特な人だから、これは利用しよう、ってかんじですね。
お互いに、面白くないことを相手がやってくれて、それが自分には面白い、ってのが共同研究の理想でしょ。

>>307 の考え方では、情報系の人とはうまくいかないのでは？

情報系に何を求めたらよいのかわかりません。
自分がやりたいことはたいてい自分でできるので・・・

相手方が知りたいと思うことのプライマーを示す程度のことはしますが、
たいてい相手は全部読む前に挫折します。
だけど、彼らが求めていることってたいてい、電話帳のような教科書を
要約して15分くらいで説明することなので、不可能なんです。

で、当然、うまく行きません。

> だけど、彼らが求めていることってたいてい、電話帳のような教科書を
> 要約して15分くらいで説明することなので、不可能なんです。

まぁ、この地点で、この情報屋は、おそらく生物系の人と長くは付き合えない人かもねぇ。。。（ｗ
かくいう私も、共同研究は成功といえるのは５つに１つくらいだし、難しいね。

>>309
うーん、たぶん相手も
> 自分がやりたいことはたいてい自分でできるので・・・
を見ながら頭を抱えているのではないかと思わなくもない。

共同研究なんてそんなもんだ。
あまり相手に幻想を抱くのも、逆に見下すのも、どちらも意味がないのでは。

http://curry.2ch.net/train/kako/1024/10246/1024677387.html

しばらく見ないと思ったが・・・ﾐﾂﾄまだ生きてたのか。

>>311
それがさ、通常の共同研究なら、ひととおり説明すればわかってもらえるが、
異分野だと基礎から説明しなきゃならなかったりで、大変なんだよ。
「なんでそうなるの？」っていわれても、わかってるくらいなら研究はいらないんじゃ。
としか答えられないことも多いし。

情報系のことを知らない生物屋。
生物系のことを知らない情報屋。
共同研究はお互いに歩み寄れず上手くいかない。
となれば、両方できる人材の育成、教育が不可欠。
このスレの人達で何か考えある人いらっしゃいますかぁ？

育成というかすぐにでもやりたいやれるというヒトが沢山いると思うん
ですが、そういうヒトを表舞台におしあげればいいと思うんですが。
↓
でも、そういうヒトは研究者というよりは、テクニシャン志向がつよい
のかなあ？
↓
だとすれば、請負か派遣でそういう仕事を引き受けるのはどうか？
↓
って言うような話をホントはしたかったんですけどね。

こういうの、もうやってることろあるんでしょうか？

育成は東大でやってるよ。理学部生化＋情報科学部の講師ということで。
建前上、学部生向けの授業で夏期講習のような形。
そのほか、レギュラーな講義もやってる。

ほかに産総研、奈良先端などにそれ用の予算がついてるらしい。
来年からは京大化研でも始めるらしい。
教育ができない、いやしないという評判の某先生のところでできるのかどうか・・・
あの先生は異動が決まったんだっけ?

>>318 が言ってることとは直接関係ないですが、

そういう所で「既存の」生物学と情報学を勉強しなおさなければバイオインフォマティシャ
にはなれないんでしょうか？確かに、バイオインフォマティクス研究員育成
のための機関を指定しているのは知ってるんですが。それが国の政策でしょうか？

そういうヒトが研究員になるまで待っている余裕は私にはないんですが、そう
ならなければテクニシャン等の人材需要も起ってこないというのは本末転倒の
ような気がするのですが。
生物学者のために生物学があるわけではないですからね。

今現在の人材需要というのはないんですかねえ？もしドクターをもってたら全て
うまくいくんでしょうか？

東大理学部のバイオインフォマ講座に、あのcadherinとRho/Racだかの
怪しげな論文を出して高い先生にこきおろされていたＫ田先生がいるね

>>319
よくわかりません。

結局、他の生物分野といっしょで人材の需要なんて
無いに等しいのさ。

優秀な人なら、すぐ職にありつけるのも他の分野と同じ。

需要はある。
基準を満たすかどうかの問題だけ。

ありのままの私を見てほしいの。そして愛して。






そんな馬鹿女みたいだな、楽して就職もとめるようなやつぁ。
素材がよければそんな馬鹿女はウェルカム・・・・だが

ちゃかすのは勝手だけど、私が聞きたいことは他にも大勢のヒトが聞き
たいとおもっているのは事実。特に中規模小規模のソフトハウス等。

>>319　のいう基準っていうのはどのようなものですかね？
319がどういうヒトかは知らないけど生物系のヒトが基準を出せないで
いるのが今の現状だと思うけど。その意見は、以前にもこのスレで出て
きてますよね。

ちなみに私自身は職を得ていてｂａｉｏｉｎｆｏに一応携わっているん
ですよ。批判をする前にこのスレに一通り眼を通してほしいですね！！

↓
×319→◯323
×baioinfo→◯bioinfomatics

前宣伝はすばらしいけど、雇ってみると使えないやつは非常に多い。
前宣伝が駄目で、使ってみるとすばらしいということはほとんどない。

だから、「こいつはいい」と思わせることができる程度の実力はつけてね。

生物系が情報系を使うとか、その逆とかの発想からはいい加減
抜け出して下さい。

そんなこといってない。
どっちかで駄目なやつはどっち道駄目なだけ。

あげ

>>326

×bioinfomatics→◯bioinformatics

ププ

バイオインフォマティシャン達は、明日から、パシフィコ横浜に集まりますか？

ここの１はもうこのスレ投げたのかい？

スレを台無しにしてすまないが、普通の企業はそんなことないよ。
基本的に実験系と情報系は独立してるはず。１はすぐにでも職場を変えるべき。
大手製薬メーカーか、ソフト会社に移るべき。

つーか、自分が望んでも・・・




世の中厳しいのぅ

つーか、折れは両方（情報、実験）やってます。まあ、テーマをうまいこと見つける
のが一番先決なのでは。結局、両方使うための説得力があるかどうかが一番大切だと
思われ。すぐ実験すれば済むようなことは計算する必要ないし。

GIWの発表、韓国版Ecellがkoのよりよほど面白かった。
いつまでも机上の空欄より、実体に即した研究なのがいい

>>337
「机上の空欄」て。
koの奴らも、そんなこという奴に批評されたくないだろうなあ。

理系学問板で2ch語はあまり見ないので、俺の知らない2ch語だという
わけでもなさそうだし。

　／∧　　　 　／∧
　　　　　　　　 ／　/ λ　 　／　/λ
　　　　　　　／　　/ /λ ／　　/ /λ
　　　　　 ／　　　/ / /λ　　 / / /λ
　　　　／　　　　　　　　 ￣￣　　　 　＼
　　　/　　　　　／￣＼　　　　　／￣＼＼
　　 /　　　　　 |　　 ●| 　　　　| 　　●|　 ヽ
　　|　　　　　　 し￣ヽJ　　　　 し ￣ヽJ　 　|
　 ｜　　　　　　　　 　 　　'"""　　　　　　 　 |
　 ｜　　 """"　　　Ｔ" 　 　 ｜　　 T　"""　|
　　 |　　 """"　　　 | 　　 　　ﾉ 　 　| 　""" |
　　 ＼　　　　　　 　丶 ＿__人＿__ノ　　　 /
　　　　＼_　　　　　　　　ヽ―／　　　__／
　　　　　／　　　　　　　　　￣　ヽヽ　　　＼
　　　　／　　　　　　　　　　　　　ぷっ

>>338
「机上の空欄」、E-cellをあらわすのにぴったりジャン。
実験系で決められなかった速度係数の「空欄」を適ト〜に決めちゃうんでしょ？

>>338
その書き込みきっと朝鮮人が書いてるんだよ。
ﾁｮﾝにまでバカにされるなんてねえ。

>>341
理系学術板で嫌韓風の書き込み、というのもあまり見ないな。
2chだからって無理にそういうこと書かなくてもいいのだが。

>>341
携帯で打ったので間違って「ろ」→「ら」になってしまっただけの日本人ですが何か?

携帯でまで２ｃｈを見てる椰子って・・・

ラボのPCでやってるやつよりはマシだと思いますが何か?
電車ん中ですること無くて退屈なんだもん〜

￣￣￣￣￣￣￣○￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣
　　　　　　　　　　　O 。
　　　　　　　　　　　　　　　　 , ─ヽ
＿＿＿＿＿＿＿＿　　　　/,/＼ヾ＼ 　　／￣￣￣￣￣￣￣￣￣
|＿＿|＿＿|＿＿|＿　　 __（（´∀｀＼　）＜　というお話だったのサ
|＿|＿＿|＿＿|＿＿　／ノへゝ/''' 　)ヽ　　＼＿＿＿＿＿＿＿＿＿
||＿＿|　　　　　　　 | | ＼´-｀）　/　丿/
|＿|＿|　从.从从　　| ＼__￣￣⊂|丿/
|＿＿|| 从人人从.　|　/＼＿＿/::::::|||
|＿|＿|／//ヽヾ＼　 /　　　::::::::::::ゝ/||
────────(~〜ヽ::::::::::::|／　　　　　　　　＝ 完 ＝

β（。。）ふーｍ

１はどこへ行ってしまったんだろう。

このスレはバイオ系の学生とかはのぞいてないのだろうか？

最近、２ｃｈ自体が低調だからね。

てか、バイオがそれに輪かけて低調だろ。
予算が無くてどこも逃げに走ってるし。
元気があるのはユースケの所だけだ。

ユースケなんでそんなに?

ねえねえちょっと質問なんだけどさ。
今、バイオインフォちょっとかじってるんだけど、
大学院入りなおして、少し本腰いれてやりたいなって思ってるんだ。
ただ、この業界の先行きを心配してたりする。。
最近沈んできているような気がしないでもない。。

バブルははじけたかもしれないけれどこれからの必須技術では
あるので本気であるならばその本気に答える実はあると思うよ

どの分野でもそうだけど、優秀なら食っていけるし、そうでなければ食っていけない。
あまり業界自体の浮き沈みばかりを追いかけても無意味だよ。研究者の中には
「食い逃げ」ばかりする人もいるけど、実はそれこそ一番能力を要求されるからねえ。
しかも周りからは軽視されるし。

食い逃げの人生、好きですか?

>>353-355

352です。ううっ、きみらは大人だな。
もちろん、本腰入れてがんばろうと思っていたので、
軽い気持ちでいるわけじゃないけど、ちょっと世間に流されすぎだな、自分。
ただ、27才から、院(修士)に入ることができるんだろうかと不安に思ってる。
やはり年寄り扱いされるのだろうか。この辺知ってるやつどうよ？

博士へ入学ってやつは時々いるけどなあ。
ま、がんばってくださいよ。
私がアドバイスできることがあるとすれば、
かたくなにならず、頭を柔軟に保つようにしてください
ということくらいです。
年をとるとどうしても頭が固くなりがちだから。

>>356
結構いるから安心して。

>>352
大学の学部とか今の仕事とか参考までに書いてもらうことできますか？
個人を特定できない範囲で。年令出してるから気をつけてください。

バイオインフォマティクスはまだ新しい分野だから、
ゼロからはじめたって新規参入は難しくないでしょう。
なんてったって、今いる大御所の大半が新規参入組なんだから。
しっかり勉強していい研究者になってくださいね。
予算食いつぶしを繰り返す人生を送ることの無いよう。
ね。＞ゴクツブシナ方々

>>352 浮くのが嫌ならアメリカに行っちゃうという手もある

アメリカ、アメリカ・・か。

（こんどから米米倶楽部とでも名乗ったら？）

アメリカに対して極端に強い敵対心を持つのも、なんかコンプレックスくさくて嫌だな。
いいところは認めりゃいいじゃん。

というか、そういう（アメリカ賛美の）文脈ですらないじゃん。
「アメリカにはいろんな奴がいるから少々のことでは浮かない」というだけだろ。
「アメリカ」という単語が出ただけで>>362-363かよ。おめでてーな。

>>359
1生きてたのか〜。何かあって死んじゃったっていう可能性も考えてたｗ
学部卒。バイオに関係ない社会学部出身だよ。会社はいろんな分野のことやってて、
バイオインフォマティクスもその一つ。おれはたまたまそこを担当することになって
面白くなってきたってところっす。

いまさら？

>>365
数理科学として考えれば、バイオインフォに比べて経済学なんかの方が一日
の長があるなと感じます。経済学上の仕事を生物にあてはめれば、遺伝、進化
の分野ではいい仕事になるか思うし、そのように見受けられる仕事もいくつか
ありますよね。そんなバックグラウンドを持っているヒトが参入してくること
は恐怖感を感じざるを得ませんが、この業界としてはいいことなのでしょう。

>>365
会社としてバイオインフォに取り組まれているということですが、
どういうやり方で利益を上げようとしてるんでしょうか？国のプロジェ
クトをやるとか、研究者相手の商売とか、自社で医療関係に進出する
とか？研究者をしては私もやりたいこと、やれることはいっぱい思い付
くんですが、商売となると。。。難しいですよねえ。。。。

>>367　そう思って入ってくる香具師がどれほど多いことか･･･玉砕してないやつは手を上げてみて?

>>367 文系でもできるって知ってひがんでいるのか？

しかし、企業でのバイオインフォマティクスって不思議。
高倍率のバイオインフォの部署に、宮廷院卒の生物屋が
殺到する会社もあれば、365のようにあまり適性がなさそうな人でも
できたりする会社もある。

大学で研究するならともかく、ソフト会社なんかで
バイオインフォマティシャンになるための基準ってなんだろう？


運かな、やっぱり。

↑すまん。>>369ね

>>370
少なくとも今の処は、研究者としてバイオインフォに携わる以外に、SE、プログラマー、PM
として携わるというヒトもいるということではないでしょうか？バイオインフォと呼べる仕事
をしてるのに、現場のヒトはプログラムが出来ないという現場がおおいので、そういうヒトた
ちの仕事が必要なんだと思います。特にHTに関しては。
　そういうふうにして取れたデータを休廷引率のひとたちが分析させてもらってるのが現状
じゃない？HT以上の成果をだせてないなら、もっと謙虚になったほうがいいと思うけど

すまそ。HTってなあに？

High Throughput?

H Tech

◯High Throughput
×Hyper Threading
×Hyper Transport

>>370
そうじゃないよ。
情報科学において経済学は格好の研究対象だった。
多数の論文が有機的にかみ合わないことが多く、
文献を調べることを労多くして実りが少なかったので
テキストデータから有用データのみを抽出して
要約したり文献間の関係を調べるということが盛んに行われた。
が、その成果は実際どうだったのか？
そしてその分野に従事していた人たちは、もはや経済学で
やることがなくなって生物系に流れてきた。で、やっていることは？

経済の流れは生物情報とは違う。
「数理科学として考えれば」今の「いわゆる」バイオインフォマティクスより
優れているように見えるかもしれない。
しかし、数理生物学ははるか昔から行われていて数理的な仕事は
やるべき仕事が多く残っているといえる状況ではない。
むしろ、作られたモデルでうまく説明がつかないという意味においては
経済学と同じ難問を抱えているといっていいと思う。
あなたの発言はそういう背景を理解した上でのことですか？
とてもそうは思えなかったので>>369の発言をしたのですが、まちがってますか？

◎Home Trade

>>377
私がレスしていいのか分かりませんが、、、
経済学が数理科学としてバイオインフォよりも進んでいるとおもえるのは、自分
のアイデアを数学で表現しようとする文化があると思ったから。大分少なくは
なったけど、数式にたいするアレルギーを持つヒトがバイオには多くて、そのような
議論ができずにいた期間がながくあったし、それに加えてデータの蓄積が十分
になってからの日が浅いという経緯がある。だから、経済学が成熟していて、
ある程度やり尽くした感があるのに対して、バイオインフォはこれからというの
はおおまかにいってあっていると思う。で、数理生物学としてやるべきことが
のこっていないといわれると、そうではないと思う。昔、数理科学という名前
で扱っていたデータと今のバイオインフォが扱っているデータが質量ともに違う
ので、なんかしらのモデルの設定をするにしてもDNAレベルに基づいて一から
考え直す必要にせまられた、あるいは、やっとそういうことができるようになった
という段階なのではないでしょうか？まだ、どういう新しいモデルがでてくるかも
分からん状況だよ、道具としては自然選択とか複雑系とか経済学と共通の概念
がしばらくはキーになると思うけども。
　経済学が事実の予想にかんしては、完全に敗北しているのはおっしゃるとおり
だけど、データの構造をぶんせきすることにいかんしては、バイオインフォは
もっと経済学を見習う必要があると思う、「車輪の再発明」はやっぱ効率悪いから。

>>379
はあ。

>経済学が事実の予想にかんしては、完全に敗北しているのはおっしゃるとおり

なのになぜ見習わなきゃならんのかね?
そっちの道は袋小路なんだよ。複雑系は一見使えるようにみえて
実は使えない道に進むのは、それこそ先人の努力を無にするものと思うがな。
それと、現在のバイオインフォマティクスが扱っているデータは
量こそ多いものの質的に優れているとはいえないよ。
大量のデータが玉石混合のとき、データの価値は「石」のほうに統一されてしまうものだから。
昔の数理生物学、集団遺伝学の理論や知識は、データこそ少なかったものの
数理的意義という点では今行われているバイオインフォマティクスの先を行くもの。
なぜかって？いまのバイオインフォマティクスは、データに愛情を持たない
擬似専門家がデータの意味を考えないで方法論だけでやろうとしてるから。
あるいは逆に、データの意味を過大に考えすぎるあまり、方法論を軽視しすぎる
傾向があるから。
どっちにせよ、経済学で行われた数理的研究が活躍するチャンスは非常に
少ないといわざるを得ないと思うが、いかが。

>>380

言いたかったのは、「データの構造を分析する」ことに関しては経済学
は先をいっているということなんですよ。なにも、将来を予測すること
だけがサイエンスの究極の目的というわけではないですよね。だから、
まずは大量にあるデータを整理すること、そこに含まれる”構造”を明ら
かにしてみようというのは、シンプルで意味のある行動じゃないんですか？
複雑系もその目的には十分有効だとにんしきしてますが。
まあ、私の個人的スタンスはツールもあるしデータもあるんだから取りあ
えずやってみるのがいいでしょというだけのことです。そのスタンスを
否定したら、いままでの生物学の実験（教科書にのってるシュペーマン
の実験等）も否定しなきゃならんのではないの、極端に言えば。
　ただ、インターネット上のデータの信頼性は誰もが疑問視するところで
あるから、いまのところは考察をくわえるときにはそのことに注意し
なければならないし、それを改善する努力は必要だと思う。

言いたいことはよくわかりました。
が、データの構造を分析することは、数理生態、集団遺伝学が
すでにやってきたことなんだってば。
私のとって将来を予測することこそがサイエンスの究極の目的です。
将来を正しく予測することは、本質をきちんと理解しないとできないから。
その途中の段階としてデータを整理することが重要というのはわかります。
が「大量性」よりも大切なことがあることは十分認識しなければならない
はずです。
複雑系は一見良いアプローチに見えるかもしれませんが、
本質を見失わせる可能性の高い諸刃の剣でもあります。
とりあえずやってみることは否定しないけれど、
プロセスにこだわりすぎて本質を失うのは本末転倒で、
そのような例をあまりにも多く見てきているので
否定的な立場に立たざるを得ないのです。

シュペーマンの実験云々のくだりは何が言いたいのかわかりまませんが、
いままでの生物学のデータはまさに玉石混合で、シュペーマンの実験は
玉に当たるほうです。石と混ぜてごった煮にしてしまってはいけません。

> なぜかって？いまのバイオインフォマティクスは、データに愛情を持たない
> 擬似専門家がデータの意味を考えないで方法論だけでやろうとしてるから。
> あるいは逆に、データの意味を過大に考えすぎるあまり、方法論を軽視しすぎる
> 傾向があるから。

このへんは例の「情報屋・生物屋」問題だね。

ただ、それがわかっている380ほどの人間が（別に皮肉ではない）、
必要以上に経済学の技法を低く見ているようにも思えるのだが。
「理系・文系」的な偏見に捕らわれていなければいいのだが。
一応、「玉石混交」の玉と石を分離する程度には経済学の技法も発達しているよ。
その「玉」をどう扱うか、というのがどんな分野だろうと最大の問題なわけで。

どーでもいーから研究しろ

>>383
生物情報学には効果的に玉と石を分離する技法はないですよ。
むしろ、頭数そろえるために石ころ混ぜるよりは、玉だとわかっているものだけを
解析に使ったほうがいいんじゃないかということなんだけど
経済学の技法がそこへ効果的に適用できるとも思われないし。
理系だから、文系だから、というつもりはまったくありません。

>>384
ここで議論することの何が問題?

＞＞380
せっかくだから質問させてください。
その玉と石を見分けるための方法というのは具体的に何なの？
やっぱ実験の経験が云々、、、とかいうことになるの？

データの精度の問題、アノテーションの信頼性というのはもうすぐにでも問題になりそう
だからなんとかしないといけんのじゃないかと思うけど、なにかいいアイデアありますか？

経済学の手法がどうのこうのよりもこっちの話のほうが伸びそう。

実験の経験はあるに越したことはないけれど、
むしろ、関連分野の知識をどれだけ持っているか、データが持っている意味や
背景をどれだけ推察できるかの方が大切ですよね。
経済だってそうでしょう？　数式モデルでやろうとするからうまくいかなくなる。
そのうまくいかない方法論だけ持ち込んでも駄目ということなんですよ。

で、玉と石を見分ける具体的方法は、あるなら私も知りたいです。
しいて言えば、論文をちゃんと読めってコトくらい。

>>387
＞むしろ、関連分野の知識をどれだけ持っているか、データが持っている意味や
＞背景をどれだけ推察できるかの方が大切ですよね。
＞経済だってそうでしょう？　数式モデルでやろうとするからうまくいかなくなる。

これってデータドリブンorモデルドリブンとか探索的解析orモデル解析
の違いの話しですよね？だったら、私の意見はそれらは表裏一体のもので
そもそも２つに分けて論じることが無意味なくらい密接に関係しあった
概念であるということです。経済学にもデータドリブンorモデルドリブン
両方アルト思うし、バイオインフォマテクスでも両方の考え方がありうる
それは、過去から将来にわたって変わらないことだと思います。

まあね。
だけど、どれほどモデル立てても検証できないのでは意味がないでしょ。
すでに多くのモデルが立てられている以上、新しく参入するには有効性を
示さないといけない。そのためには数式や手法だけを持ち込むのではなく
自分自身が評価を示さないといけないわけで、評価するためには十分な
バックグラウンドが必要になる。で、分子生物の場合、要求されるバック
グラウンドの敷居がとても高い。異分野から流入の人が玉砕するといった
理由はそこです。

（＾＾）

分子生物学のバックグラウンドの閾が高いというのは、具体的にどういうことな訳？
他の自然科学、人文科学とどこが違うんだよ。
業界が閉鎖的だということか？

まあ、コンピュータの導入に不利なことを無理矢理言おうとして失敗してる感があるなあ。
たとえば、DNA情報はとてもコンピュータで扱いやすいよ、分子生物学ができてバイオインフォ
がやりやすくなったという面がある。

また、モデルの有効性の評価自体もコンピュータサイエンスが解決すべき問題ですが、何か？

>>391
あんた本当に1かよ。ここはﾏﾀｰﾘスレにするはずだったのでは。

>>389みたいな文言なんて一杯見てきたじゃん。今更熱くなるような
内容でもない。
ただ、>>389の指す「バックグラウンド」が偏っていそうなイメージはあるけどね。
分子生物学の重要なバックグラウンドの一つに「情報理論」があることを
知らないんじゃないか、という気さえする。まさかそんなことはないとは
思うけど。

言い方きつく成り過ぎましたね。
すいません。

まあまあ、喧嘩両成敗♪^^

分子生物学のどの辺が情報理論を使っているのですか?

（＾＾）

某MLで話題になってる

http://www.ecc.ac.jp/c_gakuin/kobe/course_28.html

ってどうよ？

まあいいんじゃない

このスレが立ち上がってから
バイオインフォの職場に転職できた人っていないのかな。
新卒の人でもいいんで、できれば体験談をききたいところです。

>>397
なんだかな〜。
学校行って、バイオインフォマティシャンとして、
就職できるかどうかってことを考えると、厳しすぎなくない？
需要も一時よりかなり減ってることだし。
>情報解析ツールインストール実習
って、そんなもんを大きくのせてるし・・・。

>>397
バリバリの実験屋がこれらの事が一通りできるようになれば
結構面白い仕事ができるかも、と思ふ。
必要に応じて自分専用の解析ツールを作れるようになるからね。
もちろん、これ以外に統計とか物理化学とかの知識もあったら良い。

>>400
まあ、それはそうなんだが、一般的な分子生物学者のレベルや時間的余裕を考えると
こういうことのできる人材は決して無駄ではないと思うよ。

>>401
>統計とか物理化学とかの知識もあったら良い
あったら良い、ではなくて、なくてはだめ、では？

物理やですが
今度Bioinformaticsに登校しようとおもってます

こういふ人います？

>>403
その研究（実験）でそれらが必要なら当然必要。
だけど違う場合は、あったらさらに良い、というものだと思う。
学部程度の知識は必要だろうけど、深くやろうとすると勉強に時間かかる。
実験屋なら、その時間を実験に費やす方が効率が良いんじゃないかな。

自分の実験データと、そこら辺に転がってるDBのデータを自前DBに放り込んで
見たい情報をきれいに並べて表示するだけでも大分効率上がるし、新しい視点でものが見れるかも。
ちょっとPerl覚えればコピペ３００回とかしなくてすむし。
工夫次第で他にも良いことたくさんあると思うよ。

>>404
物理の何屋？

ざっぱにいうと統計力学かな
Complex　Networkとかやってたから
gene networkとかいうと反応しちゃうのよね

>>406
生物系ではないヒトがbioinfoやるときってデータはどういう風に入手する
んですか？インターネット上に転がってるデータの場合、信頼性が最近特に
気になります。そうことを気にしだすと、やっぱ実験が具体的にどういうふう
に行われて、どうデータが加工されているかという現場をしってるか知らないか
というのは大きいかなあと思います。アルゴリズムの場合は、そういうトコは
やったヒトの言葉をそのまま鵜のみにしてOKとしてしまうんでしょうか？

>>404
Bioinfomaticsて何回か読んだ印象では「生物」てよか「数学｣の
雑誌だった。
　いや、漏れがガチ生物系で、英語も堪能ではない性かも知れないけど。
　なので>406系な人も余裕で投稿できると思う。

>407
＞アルゴリズムの場合は、そういうトコはやったヒトの言葉をそのまま鵜のみに
＞してOKとしてしまうんでしょうか
　YES。
　てゆうか大前提として「信頼できるデータ｣と考える「しかない」んでは。
　現場でどう加工されてるかがわかっても、その転がってるデータの処理法まで
わかるわけじゃないから、疑いはじめたら疑いきれないでしょ。どっかであきら
めにゃならんのなら､「なるべくあやしくなさ”そうな”ところのデータを選ぶ｣
以外に有効な自衛策ってなさげ。
　まあ、ふつうの論文データといっしょっちゃいっしょだよね。

>1
おれはこれからバイオインフォの世界に飛び込むぜ。
まだ大学生でしかも高校で生物学んだことない。
ずっと物理だった。
化学もよくわからん。
でもバイオインフォに大きな魅力と輝く未来を感じるから
今は知識の収集に夢中だ。
他大学の院に行くつもりだ。

お互いがんばろーぜー

生物板にこんなに熱くまじめに研究を語るスレがあるとは。
ってことでついでにカキコ。
俺は>>401にハゲドウ。
俺はこてこての実験屋だけどちょっとしたプログラムでも
かなり研究が楽になるものです。
特に網羅的な解析とかでデータのスクリーニングで
かなり役に立ちました。何気に汎用性の高いツールって
使い勝手が悪かったりするし。
これからの実験屋もどんどんdryの知識を身に付けて
より多くの真実を突き止めていくべきだと思います。

インフォマティクスって何？
ITテクのこと？

情報学でしょ。雑多な情報からいかに有効なエッセンスをとりだすかーみたいな。

この分野は就職が問題だな。最終的にはSEとかになるしかないのが現状。
しかもSEはバイオ関係のSEというのはあまりない。結局、普通に工学部
とか出た香具師と同じ進路を歩むことになる。一般企業でこの分野に需要
があることはそうそうない。でも、なんかバイオインフォは就職に有利と
か思っちゃってる香具師らは多い。そういうのは実際に就活したことがない
香具師が言う場合が多いが。

就職なんて、人生に何度もするものじゃないからな。
オレはうまくいった組。

実験やってるなら、多少分野が変わっても生物学を続けられるけど、バイオ
インフォは分野が変わって普通にシステム作りとかやらされたらもう生物学
じゃないもんな。バイオインフォって案外狭いのだ。逆に言えば分子生物学
的手法は凄い汎用性を持つということか。

>>409
一応、その手の仕事をしている者から一言いわせてもらえるならば。。。
学生時代は漠然と「バイオインフォやりたいなあ。。」と思っている程度
でよくて、バイオインフォの入門書なんかをあせって読むよりも、自分なり
に考えて、関連分野（統計とか、アルゴリズムとか、システム工学とか）の
専門書を読み込んで置くほうがよいと思いますよ。それが、実際に仕事する
ときの基礎体力になります。
　また、すこし体力がついて自分でいろいろ考えが浮かびだしたら、それを
すぐに試せるような体制をとっておくことも大切です。具体的には、インター
ネット上の配列を取ってきて、それを自作プログラムでいじるようなことです。
それを、やるためにはwwwの知識とか言語とかハードとか分生のwebに関する諸々
（フォーマットとか）の覚えることが、また増えるわけですが。。。その時に
なってバイオインフォの入門書をパラパラ見る必要性が出てきます。インター
ネットに簡単にアクセスできる環境にあれば、それもいらないと思いますが。

なんつーか、最小限の努力で最大限の効果を得ようとするﾔｶﾗが多すぎンだよ。
人間の能力なんて、そんなに差がないんだから、
自分だけ楽しようと慕ってうまく行くわけないって。

>>417
つまり、バイオインフォをやってる＝楽をしてるということ？
ふむふむ。どの辺が楽をしてるように見えるのかね？

バイオインフォやるなら、バイオのことも情報科学のことも
しらなきゃまずいだろ？なのにいきなりバイオインフォ。
それが楽してるように見えるんだが。

>>419
うーむ、要するにバイオインフォって言う言葉にとらわれているのね。例え
ば生物化学は生物のことも化学の事も究めないといけないかというとそうじゃ
ないように、バイオインフォもそうないのじゃよ。バイオインフォをやるには
バイオインフォを知らなきゃいけない。別にそういう意味では他の分野と
同じだよ。

しかし、生物のことをしらなくてバイオインフォはできないよ。

>>415
分子生物も実験手法だけに絞れば狭い世界だと思いますよ。
なにか一個新しい手法がでてくると、やれtwo hybridだとかRNAiだとか
って民族大移動が簡単に起ってますよね？最近その傾向が顕著になってる
ような気もします。
そういった手法をとりいれつつも、自分なりの方向性を試すとか、仕事に
奥行きをだすとかといったことを考えると、インフォマテックスを避けて
通ることはできないと思いますが、、、、どうでしょう？

>>422
分子生物学の凄いところはそのアプリケーションの広さ。この手法があれば
ほとんどのことが解析できる。今、バイオインフォに求められているのはま
さにこの汎用性。現時点ではこれがものすごく有用なツールとは言えない。
だからバイオインフォに手を出す人が少ないのも事実。俺も含めてこの手の
分野を研究してる人はその有用性を実証してかなくちゃならんのだよね。

>1
アドバイスありがとう。とても勉強になった。
まずは地固めをすることにした。
よく知らない世界なので、ここの板はとてもためになる。

>>423
まさにその通りだなあ。
逆に、分子生物は技術の応用をすることによって科学を行っている、と。
言い換えれば、分子生物学者＝技術者。
技術者が、自分の使えない技術を認められないのは当然。
まあ、学問なんてそんなもんだ。

応用範囲の広さだけをいうのなら、数理科学、コンピュータサイエンスの方が分子生物に比べて
圧倒的に広いし、覚えなきゃならないことが多い。分子生物学の優位性は直接、バイオマテリア
ルをいじれるということに尽きると思う。まあ当たり前といえば当たり前だけど、数理科学と比
較した場合はそう成ると思う、そう思うとこんな比較自体に意味はないのではないかとも思える
けど、、、。

>>426
まあ、そうなんだけど、これは生物を理解するための手法として考えた場合
ね。みんなはどうか知らんが、折れはあくまでも生物学をやりたいし、興味
がある。そう考えた時に分子生物学は強力なツールなわけ。でもバイオイン
フォはまだまだ実験的な情報が圧倒的に不足してるから予想するといっても
実験の論文のディスカッションの域をでないものが多いのさ。だから、一生
懸命コンピュータで解析しても、実験やってる人に言わせれば、そんなん折
れにも予想がつくとか言われるわけさ。生物学は新たな発見が伴わないとや
ってる意味はない。そう考えるとまだまだ弱いかな・・・と。でもこれから
さ。

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あげます

バイオインフォって何？って聞く実験屋って普段の実験計画とか結果の解析
とか真面目に考えてるのか？
コンピュータの使い方を説明してると、
「それができるといったい何がいいの？」とか
「そんな予想だったらコンピュータつかわなくてもいいじゃん。」とか
いう輩が多いんだけど、普段自分で実験系たてててを動かしてたら、自分なりに
問題意識というのがあるから、全部説明しなきゃ分からないなんてことは無いと
思うけどなあ。こんなこと聞くのは、田舎の中小企業の中間管理職のオッサンく
らいダヨ。

なんか、わかったようなわからないような。
真意は何?

今はコンピュータ使いこなせてないと思っていたとしても、
「もし、使いこなせたとしたら、、、、」
って想像してみりゃいいわけではないの？想像だけならお金み時間もかからない
それをせずに、頭から
「コンピュータに生物は無理」
ってきめてるやつが多すぎると思うけどなあ。

>>421
分子生物屋は生物のことを知っているの?

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コンピュータはただの道具に過ぎないと思うが・・
要はアタマだろ。コンピュータを使えば云々、という持論を展開するヤツは
やっぱ（ｒｙ

>>433　分子生物はアレだから（ｗ

>>435
それをいったら、分子生物的実験もただの道具だわな。
実験を考えるアタマもただの道具。実験結果を言葉で他の人に伝える
ための言葉もただの道具。

バイオインフォマティクスにせよ分子生物学にせよ、全部単なる道具。
それはまあ当たり前なんだけど、やっぱりみんな自分が使ってる道具こそが
一番だと思いたがるものだし、そうなるとだんだん道具の話ばかりするように
なる。
他のスレを見てると、その意味ではバイオインフォだけが特別視される
理由はないように思うな。

分子生物屋は分子生物学的な実験手法をつかいこなせてるという自負
がある訳？

たとえばさあ、、
シークエンスできるって言ったって、単にオートシークエンサーの使用
方法が分かるというだけで、オートシークエンサーの設計とか改良なんて
出来ないし、はなから興味がない。DNAチップにしたって同じで結局機械
屋とかソフト屋におんぶにだっこ。で、自分で新しい汎用性のある実験
手法をあみ出そうというモチベーションがあれば、まだ救いもあるけど、
そんなヒトはごくわずかだし、周囲からむしろ異端視される。
こんな連中がなんかの技術をもっていると言えるのか?

>>432
禿堂

>>440
要するに機械に遊ばれてるだけってやつだな。
それは情報屋にも時々いる。そういう奴は特に
何も新しいものを見出したり見出そうとしたり
する気概もなく研究費を食いつぶすだけになる。

遊ばれてるってかいい加減、この仕事やる以上最低限のことは気にして
ってのを気にしない輩が多い。ただ、洗濯機とか電子レンジをいじる感
覚と一緒。マニュアルに従ってやれば、自動的にそれなりの結果が出て
くるという感覚で、端からみてると中の仕組みとかは全く意識してない
気がする。それでトラブったときにうまく対処できるのかよ？テクニシ
ャンならそれでもいいのかもしれないけど、ポスドクとかそれじゃやば
いでしょ。

いや、そうじゃなくてさ、コンピュータは道具としては使い方が
難しい部類に入ると思う。だからといって「技術至上」ってのは
まずいんじゃないかってこと。

洗濯機とか電子レンジだっていじる必要はなくて、どういうインプットをすれば
どういうアウトプットが得られるか、故障したら誰に対処してもらえばいいか
それさえ知っていれば十分なわけ。コックが電子レンジの組み立て方、
修理の仕方を知らなくたって、料理する上で何の問題もないのと同じ。

コンピュータ至上の人は、バイオインフォをやる上で、何がインプットで
何がアウトプットか、知っているんですか？
インプットにどんな問題点があって、扱い方にどんな注意が必要か、
またアウトプットの解釈にどんな影響を与えるか、わかりますか？

こういう問いに、まともに答えられそうにない人ばかりが
バイオインフォをやっているように思えるんですよ。
杞憂ならいいんですがね。

ただ、技術改良とか自分達なりの精度の追求というのは、その感覚から
は出てこないですよね。それが、まずいっていうか、他の分野の人から
いろいろ言われるとこだと思うんですよ。機械屋にしろソフト屋にしろ
彼等は傍役として、参加しているわけで、主役は生物屋なんですよね。
だったら、せめて必要な精度とかサンプル量とか測定方法とかの話しを
できる人が生物側、測定する側にいないとダメではないでしょうか？
あそこの会社のあの機械で分析しましたってのじゃ家電感覚で、開発と
要素、発展途上の機械を使っているという当事者意識はないのではないか？
と思うけど。

それはその通りです。
ただ、技術ばかりに目が向いているような気がしてしまうので、
それってどうなのかな、と思ってしまうんですよ。
それに、ツールやデータベースが大切なのはわかるけれど、
その中身を良く知らないといいデザインなんてできないじゃないですか。
実際に、開発に携わっている人が、よく知っているとは思えないことが
多すぎて･･･杞憂ならいいんです。

だったら尚更、生物を分かっている人間が、開発ステージからたずさわら
ないといけないのでは、、、俺は生物を知ってると自負する人が、開発者
に的を得たことをバシバシ言ってのける必要があるのではないでしょうか。

もちろんそうだけど、労力と成果のトレードオフを考えて
二の足を踏むことが多いんでしょう。
コンピュータだけやってきた人は、人の意見聞くよりは、
自分の好きな道具開発に走りがちだし、そうなったら協力した生物やは
時間を無駄にしただけになってしまうから。

本来研究を推進している人が、その分野を一番良く知っているべきなのであって、
人が協力してくれなかったからできませんでしたっていうのではよろしくないでしょう?

なんか、駄々こねてるだけみたいになってきたからそろそろやめるけど
単なる技術開発にとどまらず、研究成果につながって
かつ現実的ないい案ってなかなかないんだと思う。

だからこそやりがいがあるんだけど。

折れがバイオインフォをやる一つの理由は、バイオインフォってお金がなくてもアイ
ディアだけで研究が出来ることだと思う。ぶっちゃけ家にいても出来るし。お金がか
かる研究はボスの許可がいるけど、バイオインフォなら手軽に結果をだせる。それは
貧乏研究者にとっては最高だと思うが。つまり金持ちの科学だった生物学が貧乏人の
ものになったと。それって凄いと思わん？

うまくいけばね。

>>449
それは甘いと思われ。
配列ひとつにしたって、表に出ないさまざまな
アナログ部分がある。 自分で実験しないと結局
だめな気がすることが多い。

とりあえずここの情報を見比べてください。
上と下で何か矛盾していませんか。おかしいと思うのですが。

http://www.deai-navi.net/linkrank/linkrank.cgi?mode=in&id=fdeai

>>451
まあ、研究の内容にもよるだろう。細密な測定がものを言う研究は駄目だが、
計算がものをいう研究の場合はOK。バイオインフォにも計算機への依存度が
高い研究と実験結果への依存度が高い研究がある。生体シミュレーションとか
ね。

★☆★キラキラお星様★☆★
http://jsweb.muvc.net/index.html

453つけたし。
生体シミュレーションは前者ね。

>>449
金持ちの科学だったのが、金だけではダメな科学になったということは
言えるかな？それだって、スゴイことだけど、、

>>456
だよねー。実験生物学ってその人の業績っていうより、研究資金の業績って
感じだもんなぁ。やることは決まっていて後は如何に早くやるかの競争だけ。
当然金を持ってる香具師のほうが有利だよね・・・

>>457
それだけに、抵抗勢力の執念深さも相当なものです。
この分野にこれから飛び込もうとするヒトはその辺も覚悟しておいて
下さい。

本当に金なくてできるなら、抵抗勢力も何も気にする必要ないじゃん

>>459
458がいってるのは、いくら理論で結果を出しても物量で結果を出す香具師
らが力を持ってる限り、その結果は受け入れられがたいってこと。だって自
分らの既得権益を侵すわけだからね。でもそれは乗り越えなくちゃならない
試練でもある。

無理が通れば道理が引っ込むのが此の世界。
それをやられるのが一番痛い。

そんな、国内で戦わなくても面白い内容ならNが取り上げてくれるだろ?
そうしたら国内の評価なんてついてくるさ。
例外）K野氏。

なんかバイオインフォスレの定番の展開になってきたな。
「教えてください」スレよりは議論になっているとは思うが。

でも、結局実験と計算が対立概念だと思うこと自体が間違いでは。
そもそも得意分野が全然違うんだし。
コンピュータを使わずにマイクロアレイや配列の解析ができるとしたら
フォン・ノイマン級の天才だし、実験なしにそれぞれの遺伝子の機能
を完全に予測できる奴がいたら、もはや物理法則を超越した存在としか思えん。

どっちが勝ってるとか劣ってるとか有意義だとか無意味だとかいった
議論がしたければ、せめてフォン・ノイマン並みになってから。

いつも眺めている初心者のために、
このまま議論をすすめてくれ

>>463
おっしゃることは分かります。
このスレの展開としては、実験　対　情報　の対立的な議論が続いたあと、>>463さんみたいな
意見がでてきて、しばらく冷静になるけど、あるときまた突発的に同じような議論が蒸し返され
るってことがくり返されてる感じなんですよね。心情としては、>>463さんみたいにみんな思っ
てるんだけど、現場で働いているとそうもいってられないというのが、本音ではないですかね？

最近の議論で、もう少し突っ込んで話した方がいいと思うのは、「組織」のあり方という点。
昔は、小さい研究室のなかで家内制手工業的に種類の少ない技術が代々うけつがれてきていて、
今はweb上で多量のデータがパブリックドメインとして共有されていて、大量のテクニシャンを
かかえるハイスループットに特化したビックラボが多くなっている。こういう変化により、現場
で働く人間に求められる成果とか、それを出すための技術、資質というのも大分変わっているの
ではないかという気がする。更にいえば、多くのテクニシャンを小数のスタッフがこき使うと
いうビックラボも限界が見えてきている気がする。次は、自立分散的に活動するエージェントが
ラボの枠をこえて自由にコラボできるような組織体系ってのが求められてかなあと思う。個人
個人が自分で考えて何れだけ実験につっこむか、どれだけ情報につっこむかと決める。結果が
でるかでないかによってしか、その配分がそのテーマを解くために最適だったかどうかは決めら
れないから小回りのきかないビックラボでは判断は無理と思うので、遺伝的アルゴリズムで問題を
解くような感じがやっぱ理想かなと思う。そうなれば、実験対情報の不毛な二項対立もなく
なるかと思う。

>コンピュータを使わずにマイクロアレイや配列の解析ができるとしたら
>フォン・ノイマン級の天才だし、

コンピュータを使わずにマイクロアレイ・配列解析するのは無理としても、
既にソフトウェアツールはあるわけだよね？それのオペレータだったら
技術員でいいわけだし、何らかの面でそれらを越えるツールが作れないんだったら、
存在価値がないといわれても仕方がないわけさ。
しかも、フォンノイマンを持ち出すこと意図は？？
そういえば、どっかで非ノイマン型ハードウェアを作りましたっていう
発表してるとこがあったっけ。

>実験なしにそれぞれの遺伝子の機能
>を完全に予測できる奴がいたら、もはや物理法則を超越した存在としか思えん。

それは相とも言い切れないと思うよ。
この部分は実現可能な方向に向かっていると思う。
だからといって、実験対情報の対立になるべきというわけじゃない。
要するに、研究対象を理解せずに研究なんてできない、ってだけなんだ。
研究対象を理解しようとしないやつがあまりに多いから思わず文句を言いたくなるだけ。

>しかも、フォンノイマンを持ち出すこと意図は？？

フォン＝ノイマンは、パーティーの余興で８桁の割算を暗算でやるというくらい
の周囲の人達にとってわかりやすい天才だった。

コンピュータを使わずにマイクロアレイの解析を行うために、
もともと人がみても直感的に理解しやすいようにアレイに
生やすDNAのほうに規則性を持たせておく、という特許が確か
存在します。
蛍光強度の変化をまるで手相のように見るのです。
どうせパターン認識しようとおもったら、人工ニューラルネット
に行きつくのだし、ニューラルネットよりは熟練者の判断のほうが
速いし的確。

>>467
それは特技であって、天才を現すものじゃないと思うが・・・
日本にもいるだろ、そろばんとかやってて暗算がむちゃくちゃ得意なやつ？
ま、ノイマンが秀才だったのは確かだな。

>>468
まあ、そうとも言い切れんのだ。彼らのいう非ノイマン型コンピュータは
並列処理機とグラフィックアクセラレータの中間のような存在。
割と現実的でかつ高速演算が可能。しかもそれをメモリとして扱うそうだ。
ニューラルネットにするなら、現在のアーキテクチャに乗せるよりは
その”非ノイマン型”に乗せるほうが、かなり高速かつフレキシブルな
動作が期待できそう。詳しいことは設計図を見てないので知らんけどね。

>>468
「コンピュータを使わずに」と断言してしまう（しかもこのスレで！）ほどの
汎用性があるかどうかは疑問だけど、面白そうな技術ではあるね。

ただ、「パターン認識→ニューラルネット」には異議を唱えたい気分だが。

ニューラルネットを使ってできることは、線形計画法でできることだけ。
威力はGAの方が高い。

>> 466
このスレの人たちがこの手の議論に敏感なのは、
> 研究対象を理解せずに
という言葉が「生物の知識の薄い情報屋」に向けて語られがちで、
「実験データの処理の知識の不足した生物屋」には妙に寛大だから
じゃないかな、とは思う。

実際のところトップクラスの人たちは両方ともできるわけで、変な対立に
なること自体が残念な気もする。

>>468　の方向性でも、
チャーノフの顔グラフとか使ってみれば
もっと面白くなりそう（W

☆★☆お星さまキラキラ☆★☆
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　　 　 ∧＿∧∩　／￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣
　　　 （　´∀｀）/＜先生！こんなのがありました！
　＿ / /　　 /　　　＼＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿
＼⊂ノ￣￣￣￣＼
　||＼　　　　　　　　＼
　||＼||￣￣￣￣￣||
　||　 ||￣￣￣￣￣||
http://saitama.gasuki.com/mona/

昨日、IBMの会社説明会に行ってきますた。最近ではゲノムのパターン認識な
どもやっておるらしいですね。ああいう情報会社がどんどん進出してくると
生物界も変わってくるんでしょうねぇ。だからって生物系の人材があのような
会社で働くのは難しいというか・・・むしろ情報系が生物系の現場で働く機会
を得やすくなったというか・・・もちろん一概にそういうわけじゃないとは思う
のですが、そういう一方的な人材の流れがあって、それが実験屋の気持ちを
逆なでするのでしょうか。ということで、バイオインフォマティクスは生物学
ではなく単なる情報学の一分野と言ってしまったほうが気持ちいいのかも知れ
ませんね。かなりの独断と偏見ですが・・・

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>>476
IBMの説明会どの部署の人にきいたのですか？

>>476

情報系の人間のバイオインフォに対する取り組み方にも問題があるよ。
生物系にはプログラム書く程度のことができるヒトが独りもいないとでも思っているのか
知らないけど、プログラムさえかければ後の生物のはなしは聞きカジリ程度で仕事になる
と思っている。少なくとも情報の上の連中はそう思っているから、若手の経験の浅いSEの
卵が担当者になることになる。そんなので仕事になるわけないでしょ。勘違いにも程がある
よ。

>>479
これまでの流れを読んでないかのような典型的な意見だなあ。
生物系の人間のバイオインフォに対する取り組み方にも問題があるよ。
データ処理のはなしは聞きカジリ程度で仕事になると思っている。

というのは冗談にせよ、境界領域の研究者で、他分野からの人間を批判しても
しょうがない。自分の分野の人たちと共通の「敵」になるから、話は
盛り上がるのかもしれないけどね。
もう少しお互いに自己批判すべし。

わたしゃバイオインフォの人間だよ。
ぜんぜんバイオインフォやってないのに、ちょろっと齧っただけで
大きな予算を持ってく人がいるのには、あきれてものも言えないだけ。

生物学出身者と情報学出身者の違いについて独断と偏見で決めると、
生物学出身者はバイオインフォで何が分かるのかということにこだわる。
一方情報学出身者は新しいツールを開発することにこだわる。
っていうことかなぁ？　どっちも大切だけど、情報学って科学っていうより工学って
感じがする。

>>478
東京基礎研究所の人。もちろん取らないとか言われたんじゃないよ。
正確な情報が知りたかったら人事の人に問い合わせてね。

>>483
IBMのことは分からないけど、生物系をとるIT会社は少ないと思う。
やるとこはやってるけど、そういうのは共同研究先のコネ採用が主体だと思う。
いいわるいは別にして、生物系の場合はIT会社に限った話でもないし、、、
悲しいね、、、

バイオインフォマティクス使って解析もできね〜よ〜なドクターどうよ？！
逝ってヨシ！

まあ、使い道を知らない人が道具を作ると
使いにくい道具になるってわけだ。

使いにくいだけならまだしも役立たずだったり。
労力とその対価だけはタップリつかってみたり。

>>483
ありがと。
俺が行った時は東京基礎研の人はバイオインフォじゃない人
だったんで違う内容のこと話してました。
あと人が多すぎてゆっくり聞けなかった。

>>487
多分俺が聞いたのも同じかもう一人の人だと思うが・・・
確かに人が多すぎて、しかも説明する人が少なくてあまりよく聞けなかった。
それに、まだ若い人だったから自分の周辺しかわからないって感じだった。

「このまま一生彼女ができないのでは…」

　私は社会学を専攻している者です。社会学や周辺の学問を利用し、実践的な
恋愛理論を開発しております。机上の空論に終わらず、あくまで実践的。効果
は絶大です。この理論は私自身の苦悩から生まれました。モテないことに深く
悩んでいた私は社会学部に入り、恋愛をはじめとするコミュニケーションにつ
いて考察することを決意。開発期間およそ６年。やっと研究が実を結びました。
ルックスなんて恋愛に関係ないということを自ら証明したのです。今回はその
集大成を公開しようと、メールマガジン発行を決めました。すでに数回発行し
ておりますが、購読者にはバックナンバーが閲覧できますのでご安心を！

　今ならまだ間に合います。春、出会いの季節に幸せが訪れるかどうかは、あな
たの選択次第です。絶対に後悔はさせません。「９０日彼女ゲットプログラム」
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とりあえず、この春休みはJAVAをがんばろっと。

私の年収査定額は約650万円でした･･･寂

JAVAよりPerlでないかい？

まあ言語は、何でもいいから一つ極めればいいんだけど。。。
今やるんだったら、JAVAでしょ！？
Perl、Perlって言うヒトおおいけど、なんでawk,ruby,sedじゃだめなの？

>>493
あんたその挙げた言語の知識あるの？
知ってればそんな質問出ないよ。
知らなければ説明してもわかってもらえそうにないし。

まあ、そんなに責めなさんな。春厨なんだから。

正直、JAVAはつぶしが利くよ。将来研究者として続けないかも知れない人は
JAVAにいったほうがいいかも。
バイオインフォマティクス関係やりたいならJAVAよりはPerlがオススメ。
一応Web関係需要はあるけど、大幅には期待できない。
sed, awkは便利だし、ダメだとはいわないが・・・言語というにはちょっとねえ。
rubyは言語としては悪くないというが、イマイチマイナー。実行速度もちょっと。
そんな感じかな。

ちなみに言語として極めるなら、C/C++, JAVA, Perlは一応並立と考えてよいけど
CをやっておくとPerlのありがたみが良くわかるだろうね〜
JAVAは考え方がカナリ違うので、Cをマスターしても移行には壁があるかも。

JAVAとCが考え方違うのは、グローバル関数を積極的に使うかどうか？という
ところでしょうか。Cでも、できるだけグローバル関数を使わないような習慣
コードしてれば、比較的JAVAに移行しやすいと思うけど、その場合にも、C++
やってなければOPPについて勉強しなければならない。

×グローバル関数
○グローバル変数

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レスありがとうございました。でも今ひとつ良く分からないんですよ。
言語の一長一短をあげていけば、それは各々あると思うのですが、PERL
がバイオインフォに向いているという積極的な理由というのは思いあた
らないんですよ。結局R研とかで（Cをやらないで）PERLだけでなんとか
しよう、なんとかできると思っているひとが多いからそういう論調にな
っているんだとしか思えないのですが、、、

>>499
　標準的フォーマットが定まってないテキスト形式のデータが多い。
　文字列処理が多い。
ってところからではなかろうか。


　
　

文字列処理だけなら、他にもそれに特化した言語があるし、lispでもlispもどき
でもいいし、C/C++でも事足りる。結局Perlっていってるのは派閥マンセーの
権威主義者だけじゃないのか？

まあ、結局自分の手に馴染んだ言語があれば、それを使えばいいし、新たに
必要になれば、その時に新しい言語を覚えればいいだけのこと。
特にもめることはあるまい。

>>496
良くわかってないようだから、CおよびC++かJAVAを「齧ってみること」を勧めるよ。
一応、マスターしてから自分で10個ぐらいは「実用的」プログラムを書いてみてね。
CとOOPとの違いは、思想の違いだから歴然としているよ。もちろん、どの言語を
使っても「同じプログラムを同じような手法で」書くことは可能なのだけれど。

>>499
思い当たらなかったら、やりたいのをやればいいさ。
文字列処理に関してPerlはものすごく強力だよ。特に正規表現周りは群を抜いてる。
他言語でも同等のことが同程度の労力でできると思うのなら、やってみればいいよ。

>>500
ぶっちゃけそんなとこだね。それだけではないけれど。

>>501
はあ。好きなようにやってください。でも、あなた実問題解いたことないでしょ？

>>502
ま、それはそう。でも「適材適所」って、プログラミングやってると
本当にそのとおりだなあ、って思うことがよくあるよ。

あげ

>>503
　まあプログラムに不慣れな生物屋さんにとっては
適度にいいかげんだど　小さなプログラムなら
破綻せずに　それなりに動くプログラムが書け
インタープリタ感覚ですぐうごかせる
perl がとっつきやすかったところじゃあないのかな。

　ああ　それとＧＵＩ関連は　今のとこ　あまり
お呼びでなかったというのも　あるかもしれない


　

以前、テレビでショパンコンクールという若手ピアニストの登竜門に関する番組を見ました。

昔はショパンコンクールでは、「ショパンのワルツやポロネーゼはポーランド民謡の独特
なリズムを持っているので、ポーランド人でなければ弾きこなせない。」と言われていて
実際ポーランド人が上位入賞することが多かったそうです。
しかし、今は外国人の弾く”チャイコフスキーを通して見たショパン”のような演奏も一定
の評価を得るようになったそうです。で、ポーランド人ピアニストの上位進出は相対的に少
なくなっているようです。
番組の中で審査員として参加した日本人のピアニストは、「ポーランド人しか弾けないショパ
ンがホントにあるのなら、今の若いポーランド人のピアニストにそれを弾いてみせて欲しい。」
と言っていました。まさにそのとおりだと思います。

>>505
GUって何に使うのさ?

GUI=graphic user's interface

大概の処理の結果表示はHTMLで出力すれば満足ね。
私がperlが使う理由は「多くの人がperlを使っているから」
こんな私はDQN?

>>508　そんなことはわかるが、なぜそれが必要なんだい?　誰のために?

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 ﾄ-､___
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 　_,,-‐‐‐‐‐‐ｔ-:､_ `‐､､_
　　　　　　　　　　　　　　　　__,,,-‐'´　　　　　.:.　,,:.:｀`‐､;:;:;ヽ_
　　,,,_____,,..､_,,,,,-‐‐‐-､､_,,-'´　　　　............:.:/:　.:.　　　　 ｀｀｀`ヽ､_
　〈=__,,,,__,,,,,,,,,,,,..::::::::::...　　;.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:,;ノ::.　　　　　　　　　　　　`‐､､
／　.._____.. .. .　｀｀```ヽ- '--‐‐'''''~~~'`::::ヽ:.:.:.....　　　　　　　　､　　　　 ヽ､
ヒ;-'´　　｀｀``:‐:‐:-:-.:__,,､､､､､　　....:.:.:.:.:.:.`:.:.:.:,;,;,;,;.:.:.;,;...........ヽ､ヽＴ　　 ◎ ヽ､
　　　　　　　　　　　　　　　　　｀｀``‐--:-:‐:':´:｀:｀´:: :::｀`:..､_:.:.:.:.:.:.:.ヽ､__　,-==,
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　｀｀``‐‐:-:-:-:-:‐
GUI

>>509　多くの人が使うにはソレナリに理由があるからいいんじゃないかな。

>>510
　だから生物屋さんの今の使い方じゃあ　およびでないって
言ってるだろ。

　一般的になぜ必要かは　あんたもWindowsやMac使ったり
ブラウザ使ったりしてるなら　ようわかるだろ。　

>>513
499は漏れのような気がするけど。。
あなたは誰？

>>513
いや、今の使い方でなくてもｲｲから、どういう使い方なら必要なんだい?
純粋な疑問なんだけど。
WindowsとかMacとかブラウザとは、ちょっと目的が違うと思うんだが･･

>>514
すまん　なんか勘違いしていたようだす　５０５だす。

>>515
　コマンドに与えるパラメータが多くなり　コマンドオプションじゃや
表現できなくなり　また　出力をグラフィカル表現したいといった
要望がでてきて　ＵＮＩＸの上にＸができて　DOSはWindowsに
なりましたとさ。

　そんな要求がなければキャラクターベースのユーザインタフェース
で全然ＯＫだぜってこった

GUIで与えられるオプションの方が多いとでも?
出力をグラフィカルに・・ってのはわからなくもないが
今あるツールでは不十分なのか？

もいっちょ。ユーザインターフェースがなぜ必要なのか
考えてみたことある?　誰のためになぜ必要なんだろうって。

論文に載せるスクリーンショットのためだす。

おまいらスレタイ読んでますか？



パソオタの勢力争いなんぞよそでやれっつーの

パソオタって言い方、いかにも、コンピュータに関わってない者の言い方だな。

計算機への関わり方にもいろいろあるということだろう。
まあ、そんなにマニアックな話しをしているわけでもないのだが。。。

よほど計算機にコンプレクスもってるらし

計算機...
俺も「コンピュータ」っていう言い方にどうも違和感があって
必ず「計算機」と言ってしまう。なんでだろ〜
ちなみに情報工学系。

生物系にとっての計算機＝電卓
情報系にとっての計算機＝？

>>524
それは、計算機の内部で何が行われているか？に興味を持ったことがあるか
ないかではないのかなあ。数字を一定のルールに基づいて変更することを高速
でくり返すのが計算機の本質だとしたら、電卓もパソコンもゲーム機も本質的
に変わらないと気付くはず。

ノイマン型と非ノイマン型の違いを述べよ。

現在のコンピュータは中国語タイプ。
動詞（）と名詞（）の区別がない。

みかかデータってどないでしょうか？

ノイマン型コンピュータってのは、CPUがプログラムを逐次処理するんだよ。
順番にね。
非ノイマン型コンピュータってのは、CPUがプログラムを逐次処理しないよ。
並列処理するんだよ。ドバーっていっしょにするんだよ。
バイオコンピュータ、ニューロコンピュータに応用されてるよ。

バイオインフォで、みかかデータのことはあんまり聞かないよ。
NTTの子会社って、けっこうバイオインフォに参加してるね。とりあえず参加なのかな。

みかかの子会社ですか。みかかデータの子会社ではなくて。
なるほど、どうもです。

>>530　キミ、ホントにわかってるの?　坂村健はそんなこといわなかったぞ。

>>517
　あんたも粘着だねぇ　そして人の文章読む能力もない

　現状　バイオインフォマツールとして求められているものには
GUIが必要なほど複雑な要求がないから　キャラクタベースの
コマンドツールで十分　だから　Perl で不自由感じないのだろうな
っていうのが　>>505 で述べた趣旨だろ。　　

＞＞531
すまん。まちがえたよ。
NTTの子会社じゃなくて、みかかグループだね。

＞＞532
定義じたいまちがってないでしょ？
坂村健の視点で述べようという発想はなかったよ。

>>533
GUIってのは、ユーザとしては便利だよ。
しかし、研究者として、方法開発の段階から作ろうとしてる奴が、
わざわざGUI作るメリットがあるのか?と問うたんだよ。
あんた、ただのプログラマなんだろ、要するに。

>>534
配点１０点で３点

なんで、3点なんだよ。

ちなみに坂村健は、バイオインフォには絡んでいるという話はないよね？

”週間ボイス”っていいよ
ニュースの英字記事内容と訳文を月８０円で毎週日曜日に
購読できて、そのニュース音声も聞くことができる。
まぐまぐから配信されるから安心だよ。
申込は以下のアドレスからできるよ。
HPにはサンプルがあるから試してみて

ＨＰから↓
http://flexy.infoseek.ne.jp

まぐまぐから↓
http://premium.mag2.com/
週間ボイスで探してみてね。

>>537
なんでって、説明が不十分だから。
ノイマン型非ノイマン型とバイオインフォは関係ないだろ。
坂村健は某大某学部で教鞭をとっているんだぞ

>539
バイオインフォ関係ないんならよそでやれって。
そんなだからパソオタって言われるんだよ｡


あと
＞坂村健はそんなこといわなかったぞ
＞坂村健は某大某学部で教鞭をとっているんだぞ
おまえ、すごいカッコ悪いよ｡
坂村が死ねといったら死ぬのか？
墨汁を飲めといったら飲むのか？

乳離れしてないリアル厨房はお家でママのパイオツでもしゃぶってなさいってこった。

（＾＾）

>>535
　517の人かどうかしらんけど。（何か急に書き込みが幼稚に
なっているので）

>>研究者として、方法開発の段階から作ろうとしてる奴が
>>わざわざGUI作るメリットがあるのか?

　まあいろいろな研究があるが　データの解析で数値の並らび
みてるだけだとわからんけどグラフ化してはじめてみえてくるってことも
あるだろう。　　

　高校ぐらいでてるんだろうから　これぐらいわかるよな。

　で、535にはもう一度 >>505 読んで欲しいんだけど、
バイオインフォマ、中でも配列解析の分野では
比較的　データのビジュアル化という面での必要性が
少なく、その反面文字列処理が楽に書けるっていう方が
重要であったため　perlがはやってるんだろうねって
言っているわけだ。

　GUIが必要　不必要なんて論議は　誰もしていないわけだ。
535は国語でも勉強してなさいってことだ。

グラフってのはGUIなのか？え？
Perlでグラフがかけないのか?
データのビジュアル化＝GUIなのか？？

勘違いすんなよ。

計算インテンシブか、文字列処理インテンシブかで使うべき言語は違う。
一般にGUIは大量処理には効率が悪いから、>>505が最後に余計な一文を入れたのが悪い。
それを除いても>>505はプログラミングを本当にわかっていないと思われるフシがある。
教科書ちゃんと読んでごらん。アルゴリズムや言語の選択について様々な角度から書いてあるはずだ。
その上で、この分野には何が向いているのか、もう一度考え直してみるといい。

>>543
　何ひとりできばっているんだい。　ますます幼稚かしてるぞ。
分かりやすい例を　ひとつあげただけだろう。

　君は何を主張したいんだい？　　私は　キャラクタベースのＵＩで
十分な分野には　グラフィックス機能が強くない言語でも
不自由ないんだろうねって言ってるだけなんだが。


>>544
>一般にGUIは大量処理には効率が悪いから
ＧＵＩを使った入力の話してるのかい？　
大量のデータを解析するための「サイエンティフィック・
ビジュアリゼーション」ってな分野もあるわけだが。

　544さんの読んでる教科書には書いてなかったのかい？


>この分野には何が向いているのか、もう一度考え直してみるといい。

　私はperlおたじゃあなくて　何でこの分野でperl　命っていう一派が
いるかという書き込みに対して、私なりの理由を述べたにすぎないのだが。

　どなたかが以前書いていたが、使用する言語など　処理対象の
性質と　やりたいことにあわせて　使いやすいもの使えばいいと
いうことだよ。

＞大量のデータを解析するための「サイエンティフィック・
＞ビジュアリゼーション」ってな分野もあるわけだが。

えっと何を言いたいんだろう？　SVがGUIの一分野といってる？
なんかズレた人らしい。

＞どなたかが以前書いていたが、使用する言語など　処理対象の
＞性質と　やりたいことにあわせて　使いやすいもの使えばいいと
＞いうことだよ。

それがわかってて、どうしてああいう質問jになるんだ？

>>544
544さんも　どちらかの先生なのもしれませんが
自分の意見の開示もなく、２ｃｈのようなメディアで
フシがあるとか　〜した方がよいとか
幼稚化するまえの535みたいな書き方するもんじゃあ
ないですよ。

　しったか小僧にしかみられませんぜ

>>546
　 あちゃあ　546読む前に547書いちゃったよ。
544さんも　いきなり幼稚かしちゃったねぇ。　
こりゃあ　まちがっても　どっかの先生ではないな

　505でＧＵＩって書いたのはちょっと誤解を生んだみたいだね。
「グラフィックス機能」っていう意味で使っただけなんだが。

>それがわかってて、どうしてああいう質問jになるんだ？
私　どこかで　質問しました？
　　

>>546
>えっと何を言いたいんだろう？　SVがGUIの一分野といってる？
>なんかズレた人らしい。

　多量のデータだからこそ、視覚化しユーザに示すことが有効な
場面もあるだろうって意味で例示しただけなのだが。　

Perlっていってるのは派閥マンセーの
権威主義者だけじゃないのか？

>>549　それをデータ処理と呼びたいのなら、ご自由に。

コンピュータ関係板のノリを生物板に持ち込まれてもなあ。
OSとか言語とかその他もろもろの「流派」で言い争うようなノリこそが、
実験屋に嫌われる部分じゃないかなあ、と。

頭ごなしに「計算で何がわかる」とわめき散らす生物屋と同様、直接的には「生物学（この板は生物板）」
と関係なさそうな議論でスレ（しかも元々はﾏﾀｰﾘスレ）を消費してしまうような
情報屋にも自重が必要なのでは。
これも学際領域には重要な「歩み寄り」かと。

>>551
それにデータ処理が必要でないと想うならご自由に。
ノイマン型コンピュータ３点君と同レベルだね。

>>553
oioi! なんでおれのことを持ち出すんだyo!!
関係ないだろ、おれは。

それより、バイオインフォマティシャンになるには、
どうすりゃいいのさ。
プログラマとしてだったら、この先、できる人じゃないと
淘汰されていくように思ってるんだけど。
どんな分野でもそうだけどさ。
この分野で頑張っていこうと思ってるから、
学問の世界に戻って、一から生物を勉強をしたいって思ってるんだけど、
どうかな。
ウェットしたいよ。ウェット。

やればあ？

>>554
　一からってのが「ホントに一からだったらやめとけ」とも思うが。
　大変な割に、報われない可能性が高いと思うので｡

　正直ウェット部分は今後はどんどん減ってく気がするんだよね｡
　実験数が減るってんじゃなく、どんどん簡単にできる方法が生まれてるせいで
自動化＆テクニシャン担当部分がどんどん増えてくだろう、って意味で。
　バイオインフォがかかわってる分子生物学実験てのは、大半が単純作業だって事を
忘れちゃいけない。現に今、シークエンスとかは高卒のバイトがガンガン回してるよ。

　なので無理して博士号とか目指すくらいなら「知識のいっぱいある技術者」
目指して続けたほうが重宝がられるのでは、とか思ったり。正直、データの山が
できるたびに「統計学の知識がたくさんある技術者が欲しい」と思うもん｡

＃ちなみにプログラマ達が自分で思ってる程プログラミング能力は重宝がられてない。
＃最近は外注出しても安いから、「どんな風に情報を整理したら的確な結論が出る
＃か」に詳しい、いわば統計屋のほうがありがたみがある。
＃どのプログラム使うなんて論争は「オタクの戯言」程度にしか見られてない。
＃あおりじゃなくマジな話｡多少処理が遅くたって俺らにゃ関係ねーんだって。

　ただどうしてもアタマ張って研究がしたいってんなら博士号取るしかないけど。
　その場合は分子生物学は後10年程で仕事が激減するので、プロテオミクスとか、
より将来を見据えて糖鎖解析をたくさんやってるところを探すとか、だろうなー｡

>>556

基本的に言ってることには賛成ですが、、、

＞なので無理して博士号とか目指すくらいなら「知識のいっぱいある技術者」
＞目指して続けたほうが重宝がられるのでは、とか思ったり。正直、データの山
＞ができるたびに「統計学の知識がたくさんある技術者が欲しい」と思うもん

これが現状なのだったら、「統計学の知識がたくさんある技術者」に十分な
待遇を用意するのが必要なのではないでしょうか？そういうスキルのある人
なら、SEでもCROでもSMOでも製薬会社でもデキル人なら活き場所はあるし
そっちのほうが給料もいいんだったらそっちへいくと思います。
生物屋のトップの人たちは、そういう人にアプローチをかけて引き抜くような
努力が足りないと思うのですが、また引き抜いてきても現場でスポイルされて
しまうのなら最初からそんなことしないほうがマシですが、その心配が先に
立っているんでしょうかね？

http://www.cbrc.jp/training/index.html
ここに逝けば給料を貰いながらバイオインフォの勉強できるのでは？

　　　　　　　　　　　　　∩
　　　 　 　 ∧＿∧ 　　| |　　　／￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣
　　　　 　 （　 ´Д｀）／/　　＜　先生！こんなのを発見シマスタ！
　　　　　 ／ 　 　 　 /　　　　｜
　　　　 / /|　　　　/　　　　　　＼ 　http://saitama.gasuki.com/aomori/
　 ＿＿| | .|　　　　| 　　　　　　　 ＼
　 ＼　 ￣￣￣￣￣￣￣＼ 　　　　＼＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿
　　||＼　　　　　　　　　　 　 ＼
　　||＼||￣￣￣￣￣￣￣||￣
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　　 　 .||　 　 　 　 　 　 　 ||

556の思わぬマジレスに感謝

>　バイオインフォがかかわってる分子生物学実験てのは、大半が単純作業だって事を
忘れちゃいけない。現に今、シークエンスとかは高卒のバイトがガンガン回してるよ。

こういうことは、あまり考えたことがなかった。現場の意見だな。

>　なので無理して博士号とか目指すくらいなら「知識のいっぱいある技術者」
>目指して続けたほうが重宝がられるのでは、とか思ったり。

これ、疑問。
知識のいっぱいある技術者になっても、結局、便利屋で終るような気がする。
学部卒の学歴の者には、まず、博士号ありきに思える。修士でもいいや。
バイオについて、知識持ってても、重要な仕事はまかせてもらえないと。
物知りで終わりそう。博士や修士は、無理してとる価値はあるとふんでいるよ。

> ＃どのプログラム使うなんて論争は「オタクの戯言」程度にしか見られてない。

頷けるなー。使えたらいい、動きゃーいいってことよね。論争に巻き込まれすぎない
ように注意したいところだね。

だけど、この言語を使ったほうが、処理が速いとか、コーディングしやすいとかを
考えるから、バイオインフォで、いろんな処理の仕方が生まれてきたってのがあるし、
作っている者としては、そういうことを考えながら、仕事することができなくなったら、楽しくないな。
今までと同じように作ったら、もっと早く仕事を仕上げることができるけど、
たまーにオタクの戯言をはき、独りでその仕事の本流から外れてしまい、
結果、仕事が遅れてしまうというのはよくある。いけない癖だと思いつつ続けてしまう。

>　その場合は分子生物学は後10年程で仕事が激減するので、プロテオミクスとか、
より将来を見据えて糖鎖解析をたくさんやってるところを探すとか、だろうなー｡

激減するの？

すでにバイオインフォの研究所でも質量分析の研究の準備を始めているな
http://www.cbrc.jp/cbrc/recruit/cellular.html

>>557
>「統計学の知識がたくさんある技術者」に十分な
>待遇を用意するのが必要なのではないでしょうか？
　残念ながら「待遇を用意するほど重要性は高くない｣と思われてるのが
現実かと。事実、私も「聞ける相手がいたら便利｣とは思っても、「聞く
ために年間600〜1000万の経費を使おう」とは思えません｡そんなら年200
万で専門の会社と契約しちゃうもん(笑）。

　>>1氏は「待遇が低い｣と何度も言ってるけど、逆に「待遇に見合う何｣
ができるのでしょう？ざっとこの板を見回したけど、結局「バイオインフォ
マティクスはこんなことができる」って素人にわかる形ではだれも示せてな
いでしょ？｡人事権を持った古い人たちにわかる形で｢こんなことができる｣
って示せないと、いつまでもその地位は向上しないんじゃないかなあ｡
　前に「どのプログラム使うなんてどうでもいい｣って言ったけど、
「方法はなんでもいい。いいから何年で何がどれくらいできるか言えよ！｣
ってのが普通の雇用側の感覚なんじゃない？
＞そういう人にアプローチをかけて引き抜くような努力が足りない
　なので「努力が足りない｣とか言われても｡って感じです｡使えるかどうか
わかんないものを、こっちから探して使えってのは無茶でしょ｡君がプロ野
球のスカウトだとして、木こりのスイングが早いからってスカウトする？
　逆に木こりがプロ選手になりたかったら｢ボールを打てる｣ことを示さなきゃ
ならない。テストなりプレゼンなりしてね。
　その努力無しに「何で雇ってくれないのだ！」って言われてもなあ。
＃wet中心の奴だってこの手のプレゼンは要求されるんだよ。念のため。
＃しかも雇われたあとも、学者じゃなく役人がわかるレベルでやらされる。
＃でないと予算が出ないのだ｡

　で、プレゼンで「インフォマ使ったらwet実験するより効率的で、かつ安く上
がる可能性が高い」って示せればwet技術者よりインフォマティシャンを雇うほ
うに行くでしょう。

　でも現状ではそれを示せる人ってほとんどいないんじゃない？
　人事面接でも「プログラムもできます｣って自慢げに言う奴はごろごろしてる。
でも、「それを使って何ができる？｣って聞くとだいたい市販orフリーソフトで
充分間に合うレベルのことしかしゃべれない。そう突っ込むと「いや、そのほう
が速くできる」とか何とか反論されるけど、そんなレベルじゃ雇ってまでは使え
ないよ、てのが現場の普通の判断ではないかな。

＞デキル人なら活き場所はあるしそっちのほうが給料もいいんだったらそっちへいくと思います
　wetだってそんなにいい待遇なわけじゃないよ｡俺、公立の研究所の研究員
（一応公務員扱い：30歳)だけど、何だかんだ引かれて月23万。同年齢の上級
公務員より明らかに安いでしょ？
　稼ぎたいんなら企業行けばいいってわかっててやってるので、べつに文句は
ないけどね｡「好きな研究できるからいる」ってカンジ。

>>560
＞学部卒の学歴の者には、まず、博士号ありきに思える。修士でもいいや。
　んー。そんなもんなのかな。
　持ってるがわから見れば｢もってない人にはったりの効く肩書き｣でしかないんだが。
　たとえば新規プロジェクト立ち上げるにはアタマに立つ人がPh.Dじゃな
いと、的な面は確かにある｡でも研究所内では「Dr持ってるから使える」
「持ってないから使えない｣なんて話はあんまり聞かないけどなあ(あ、
『Drもってるだけの使えない人』がやっかみで『Drもってないくせに』
的なことを言うのは見たことあるわ(笑））。
　実際、所内で研究してる某企業のプロジェクトチーム（自社製品を現場で
使うためにどうしたらいいか、実際に使って試すプロジェクト）の人たちは
4大卒+修士卒中心だよ。
＞知識のいっぱいある技術者になっても、結局、便利屋で終るような気がする
　こうならないためにはまとめる+発表する能力をしっかり身につけ、自分から
ガンガンプレゼンするしかありません｡逆にいえば、これができない人は単に
データベース代わりに使われて終わります｡
＃これ、研究者も一緒だけど｡

　まあ、これまでの流れに乗っかった、「研究室に入る→論文書く→実績積んで
自分の研究室持つ｣ってパターンで名をあげるつもりなら博士号あるほうが有利か
も知れないけど、最低5年かけてやっとスタートラインに立てる、ってのはちょ
っとなぁ・・・。とか思います｡
　

＞激減するの？
　します。断言｡
　全ゲノム解析が終わり、アノテーションまで済んじゃえば、今やって
る研究の大半はdryのみでできてしまう（あ、確認実験は必要か)。すると
当然実験者は不用になるでしょう。
　他動物でも同じ事をすることになるだろうけど、人間ほど研究費が出せる動物
はないので、当然規模は縮小します。唯一金の出そうなマウスも結構終わってるし。

　で、ゲノム解析でわかること･わからないことがはっきりしたので、今
後は「わからないこと｣をタンパク･糖鎖で調べていくのが主流になってい
くでしょう｡多分｡

　分子生物学関連は・・・どうなるんだろ。
　発現解析での病理診断とか、そういう方向にいくのかね？
　マイクロアレイとか？
　どっちにしろこれまで必要とされてたものとは別の能力が必要になるだろね｡
　

＞人事面接でも「プログラムもできます｣って自慢げに言う奴はごろごろしてる。
＞でも、「それを使って何ができる？｣って聞くとだいたい市販orフリーソフトで
＞充分間に合うレベルのことしかしゃべれない。そう突っ込むと「いや、そのほ
＞うが速くできる」とか何とか反論されるけど、そんなレベルじゃ雇ってまでは
＞使えないよ、てのが現場の普通の判断ではないかな。

「その方が速くできる」ってのはほんとですよ。扱うデータが多いとか、処理
が定型的だけどそれなりに複雑とかってなると差が顕著にでてくる。
その人がどんなレベルかが、この書き込みでは分らないけど、ちゃんと話し
は聞いてあげてるんでしょうな？で、そのひとが入ってきた場合にどの程度
仕事がはかどるか計算できているんでしょうね？
wetの技術持ってるやつのプログラミング技術は稚拙で、IT会社のSEとかプロ
グラマーの技術は高度だとかって権威主義にはまっていないかとおもうよ。
IT会社所属の人にも聞いてみてくらべて見ればいいんじゃないですか？
たぶん、こんな話しだったらIT会社の人でも同じような話ししかできない
ですよ。
さらに、wet 知っててプログラムできるやつでないと出来ない仕事も有るんで
すよ。
なんかこれからの仕事はdry中心になるっていってるわりには、悪い言い方す
ればハラくくれてないような気がしますけどね、、、dryな人ともコミュニケー
ションもっととってみて下さい。

うわあ、>1さんって偉いんだねえ
転職したいってグチたれてるくせに、他人の仕事のやり方にこんな口調でつっこめるんだあ
りっぱりっぱー

1さんは転職できたの？

いや、しかしある種の典型例、という気はするな。
否定しようと思って相手の話を聞くか、肯定しようと思って相手の話を聞くか
でどうとでもなる問題だからね。
556の書き方に前者の空気を感じないわけにはいかないかな、と。
ま、誰しもそういうところ（自分の専門と違う分野を否定的に見る傾向）は
あるので、特別556に悪意があるとも思わないが。

そういう人にもきちんと説明する力というのは絶対に必要なものだが、wetの人のほうが
人数が多い（当たり前だが）現状では、dry側のほうが否定的に見られる機会が
多くなって、妙に苦労をさせられているような気になるんじゃないか。

現状では、両者の知識に断絶があって、必要があっても雇用がなされない
っていうケースがおおいとおもうんですよね。こういうdryの技術があれば
こういう仕事ができるっていうようなことが感覚として通じる人が採用する
側の人にいれば大分状況は変わってくると思うのですが、それは無いもの
ねだりなんですかね？

てかいい加減に転職しろやゴラァ>>1

ってか、まだ半年も経ってないじゃん。このスレできてから。

あー、まだそんなしか経ってないんですね。
でも最初はこれほどにのびるとは思いもしなかった（感慨）。

このスレできてから、初の年度切り替えを迎えたわけで、就職＆転職をした
人もそれなりにいたことと思います。今は忙しいかもしれないですが、４月
に入ってそれなりに新しい環境になじんで落ちついたトコロで、成功談や
失敗談などを書き込み頂けると幸いです。

さようなら

（＾＾）

　　 ∧＿∧
　　（　　＾＾ ）＜ ぬるぽ（＾＾）

すげえさびれっぷリ
なんで？

http://homepage.mac.com/hitomi18/

結局だれも思ったように、転職できてないのかねえ？
やっぱ厳しいね。

>>1が自分の転職顛末記でも書きゃあいいんだよ

>>581
それはおもしろそうだ。

転職は実際いろいろあたったけど、結局してないんですが、
今の処で自分が言ってきたことを、やっとやらせてくれることになったので
まだ残ってます。

､-〜ーーー〜、
　ﾉ　　 二､_､_ゝ,/,ﾍ
　） 　 彳　＿_　__| |
ノ　.ｲ6| 　 一 〈 ‐|,ゝ／￣￣￣￣￣￣￣￣
ゝ､　　,ゝ　　　　ゝl＜　http://www.dvd01.hamstar.jp
　ヒ.i,| ＼　「 ‐一|　　＼＿＿＿＿＿＿＿＿
, -/＼ 　＼＿__|
　 ＼　＼　　|＼

>578
　>1が痛いところを突かれると感情的な返答しかできなくなる人物だからです

>580
　転職への意識があまいからだろ。

　自分ができることをせずに「会社が悪い、社会が悪い」なんていってる
共○党体質の奴を採用する人事担当者はいないと思われ。

http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1033065664/

15 ：うちの社員達は ：02/09/29 17:37
社長が悪い、上司が悪い、同僚が悪い、日本の制度が悪い...。

そして、困難から逃げたがる、「どこか転職先ない？」

で、ラボを定時前にあがる.....。

落ちる人間は皆落ちるべくして落ちていく...................合掌。

age

★一重★目が細いか小さい★目頭がほとんど無い★ツリ目かトガリ目★
★ヨリ目★眉毛がかなり薄い★目と眉毛の間が広い★ハの字眉★
★肌が茶色い★ヒゲが薄いか生えない（男性限定）★
★歯が大きい、または出っ歯★スネ毛など体毛が薄いかほとんど生えない★
★頬骨が強く張っている★彫りが極端に浅く、起伏に乏しい★
★うりざね型の面長★絶壁頭（過短頭）★


以上のうち４つ以上該当すれば朝鮮

あ、該当するわ

わたしも。5つ。

ところで、Hな招待のひとっていますか？

http://homepage.mac.com/hitomi18/

>>556
>「全ゲノム解析が終わり、アノテーションまで済んじゃえば、」
アノテーションって、嘘八百ならべることですか?
アノテーションの間違いを正す側の立場にも立って下さい。
一度偽のアノテーションされてしまうと、それをひっくりかえして
論文を通すのはものすごく労力がいりますので。
あるゲノム解析結果のアノテーション結果に含まれる偽情報の
割合が、一定以上より高ければ、そのゲノム解析結果に含まれる
アノテーションを、まとめて一斉に無視または黙殺する、という
ふうに、皆で申し合わせると思いますよ。
蛋白質の２次構造予測と同じ道をたどる。

>>593
どのレスに反応してるのかと思ったよ。
>565ね。

ま、確かに556は知ったかちゃんっぽい雰囲気があったので仕方ないにせよ、
きみも>565の主張の言葉尻を一カ月以上経ってからとらえたりしない。

専門板では仕方ないとはいえ、自分の専門分野の話になると話の流れもなにも
関係なしに興奮するやつ多すぎ。
そもそも「アノテーションまで済んじゃえば」という仮定自体が（今のところは）
まだ現実味のないものなんだから、興奮するな。

まあ、現実を知らない聞きかじり学生の戯言だよね

後追いばかりの日本の業界で誰がENCODE@NHGRIの真似事
をするのかな？
さぁ、みんなで考えよう。

現在、M2で情報系の研究室に所属するものです。
現在Dにいくか企業にいくかまよってます。
バイオインフォに関係する分野の研究をやっているのですが、
研究室でそれをやっているのは私だけです。
Dに進学するなら生物系の研究室に移ろうと思ってます。
T大に新しくできたバイオインフォ専門の学科はどうなんでしょうか？
企業に就職するならバイオインフォの研究はほぼ無理で、
バイオ系の研究機関向けのSEにはなれそうです。
ただ研究者になるという夢を捨てきれないです。
親はDまでは援助するといってるのですが、
新しい分野なのでその後はポストがあるのかなと不安になってしまいます。

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生物系の研究分野にうつっても３年間では学位とれないですよ。
もし、修士までの仕事が学術論文になっているのなら、それを
アピールして是非学振に応募しましょう。５月末くらいが締切です。
大学院で分野を移りたい、という相談は、生物板でもよく見かけ
ますが、移るかどうかは、「以前の所属で最低でも一報1stで
publishしていること」というのが、条件だと思います。
中途半端で投げ出す人間は、次の仕事も中途半端で投げ出す確率
が高いのは、なぜでしょうか?

>>599
アドバイスありがとうございます。
現在1報投稿中です。
学振は１報(情報系)で取れる可能性はあるのでしょうか？
現在のテーマはこれ以上進展が望めなさそうなので、
新しいテーマを探し中です。
それなら研究室を変わったほうが、
視野が広がっていいかなと考えてます。
バイオインフォをやるなら
それ専門の教官のほうが
踏み込んだ議論ができてプラスになるのではと思っているのですが。

>>600
T大の講義課目は充実していますよ。
D学生として所属する場合に教官がいいかどうかは別問題ですが。
とりあえず、一度しかない人生、将来食えるかどうかだけで進路を決められるくらいなら
就職をオススメしておきます。
ちなみに、ガクシンはコネの要素が若干あります。
研究室を移るツモリなら、行き先の教官と蜜に連絡を取って一緒に方策を
考えてもらったほうがいいでしょう。
研究は、研究能力以外にコミュニケーション能力「も」かなり問われるものですから、
そういう意味で教官と「会話ができる」ことは非常に重要なのです。
がんばってください。

>>601
丁寧なアドバイスありがとうございます。
実際に動き回って話を聞いてみるのは大事なことですね。
もう少しよく考えて見ます。

ぷぅ〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜

━―━―━―━―━―━―━―━―━[JR山崎駅（＾＾）]━―━―━―━―━―━―━―━―━―

　　　 　∧＿∧
ﾋﾟｭ.ｰ　(　　＾＾ ） ＜これからも僕を応援して下さいね（＾＾）。
　　＝〔~∪￣￣〕
　　＝ ◎――◎ 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　山崎渉

age

漏れはなり損なった・・・(T_T)
もうちょっと給料が無いと赤字になるのが判明したからだ。
ちなみに1ではない。

>>607赤字ってふつうにけっこうもらってるものと思ってたけど

業務系のPGと同じくらいの給料？

>>608
PGはもちっと貰ってるはず。
ええとね、教えてくださいスレの「429」よりはまし。
仕事はアノテーション、ついでにイントラ/ツールのメンテナンス/作成。
漏れの場合引っ越しとかあるから。

> 漏れの場合引っ越しとかあるから。
引越しって、出張のことか？
給料は、20万前半がいいところいう感じみたいんだな。
バイオインフォマティシャンの給料って言われてたほどじゃないよね。ぜんぜん。
どっかのサイトで、将来的に、有望で年収2000マンとかいう記事をみたような
覚えがあるんだが。それにはｈどとおいな。

わたしゃ、転職サイトでの査定が650万円でした。現実はもっといい。
ヘッドハントもされたけど、オファーが900万だったので蹴りました。

いまwet系企業にいますが、会社で自分たちの出すwetデータを情報学的に
利用するために何をすればいいのかについてセンスある人材を求めてます。

そのようなセンスの備わった人ならば学位の有無には関係なく少なくともwet系
企業では利用価値が高いと思ってくれるかなと考えています。これまでの塩基配列
情報なんかは既にＤＢ化された情報を利用するのがメインでしたが、その辺りに
ついての人材は正直そろそろ飽和しつつあるって印象です。
しかしながら自社データを情報学的に解析したいと考えているものの、
普通の生物屋さんだとデータをただため込んでいけばいいと思いこんでいる。
一方情報屋さんの方でも生物データにどれほどブレがあってデータが出る前の
実験段階での細かな条件設定をかけないといけないとかをあまり理解されずに
出てくるデータをただ取り込んだり解析したりしている。
そろそろそんな時代は終わりつつあるし、次世代に対応できる人が必要です。

>>612（続き）
個人的には今日本にいる多くの情報屋さんの多くが自分たちで一次ＤＢを作る側
でなくＮＣＢＩ等で既にできあがった１次ＤＢから情報をとってきて２次ＤＢ
以降を作成、もしくは解析を実施することで情報屋としてのトレーニングを受けた
人が多いというのが原因なのかなとも感じています。
しかしwet企業では現実問題として毎日毎日凄い数のwetデータが出て来てますし、
条件等の制御なく出てくるデータはどんなに頑張ってオラクルの中にツッコンでも
所詮はゴミとうことになりかねない感じです。

これから情報をやられる方なら、実験データを１次ＤＢ化できるセンスのある
人になって欲しいです。そのためには自ら実験の中でのデータの性質を理解し、
そこから出るデータの曖昧さを納得した上でさらに情報屋さんのセンスでそれ以降
の使用に耐えうるＤＢを作成でき人になって貰えれば嬉しいなと。
そういう人ならば少なくともwet系企業では引く手あまたになれるかなと思います。

あと >>1 さんの最初の方に情報屋が出す結果や提案に生物屋があまり反応しない
ということが書かれていたかなと思いますが、確かに良くあることだと感じてます。
Wet系の人が乗ってくる話と乗らない話にはそれぞれ特徴があるような気がします。
それは生物実験を実際にやったことがある人だけが感じるものかもしれません。
そこにwet出身でdryにはいった人の強みになる部分があるかなとも思っています。
生物屋さんをその気にさせる琴線やツボとなるデータや発想があるのだと思います。

>>613
「教えて下さい」スレとネタがかぶりかけているが、こっちのほうがよっぽど建設的
だな。
おおよそ賛成だが、まあ「情報屋」「生物屋」という区分け自体がなくなる時代が来ることを祈っているよ。

>>612-613
今度某製薬企業に転職します。
Dryの立場だけど、あなたのカキコは凄く参考になりました。
感謝感謝っす。

>>612,631
の有意義なカキコの後で済まんが・・・。

>>610
＞引越しって、出張のことか？
＞給料は、20万前半がいいところいう感じみたいんだな。
いや、先方が関東で、当方現在関西在住。そこの給料はふがふが。
＞将来的に、有望で年収2000マン
ううむ。イマイチ応用した成果(売上等)が出てこないからとか。
スタートアップなら、20万程度+ストックオプションでも、まあ
許せるだろうけど・・・。
>>611
ああ、民間はしっかり払ってるなぁ。
ところでバイオインフォマティ＿スト/＿シャン　で、待遇の差は？
611はどちらかというと前者じゃないかと踏んでるんだが。

>>616
民間じゃありませんよ、一応前者のツモリです。実質後者かもしらんけど。
前後の区別があるとこってあるんですか？

ちなみにヘッドハントは「実質」後者の待遇でした。
一応バイオインフォのグループヘッドという名目だったけど、
求められている内容はぜんぜんそうじゃなかった。
で、実を言うと「蹴った」というは不正確です。
よりつまらない仕事をより安い給料でなんてとても引き受けらんないので、
今のおよそ倍の年俸を要求したら先方から断ってきたのが本当のところです。

ま、私も非常識だが、先方もねえ。
ちなみに要求額は2000万未満でした。ホントは2000万っていいたかったけどさっ

>611
やはり学位をお持ちなんですよね？

私もリクナビネクスト登録していますが、
生物系学部卒＆情報系企業4年＆生物系国立研究所2年という経歴で
バイオインフォ系企業を探していますが全く引っかかりません。
オファーがくるのは生物と全く関係のないクソSE仕事ばかり。。。
差し支えなければ、その転職サイトのURLかヒントを教えてほすぃのですが！

あと生物、医療系などに強い転職サイトなんてありますか？

こんなところでも募集があるね
http://www.cbrc.jp/cbrc/recruit/cellular.html

612-613さんのいってることって、要するに
「教えてください」のスレでさんざん叩かれていた
「一次データがでてくる過程でかかってくるバイア
ス」の話と同じと思う。結局、かなり詳しいところまで実験
とはなんたるかを知らなければ、一次データをDB化
できるバイオインフォのエキスパートとして企業では
役に立てないってことですよね。
NCBIからダウンロードしてきて、ってところ耳が痛い
です。やっぱクソSEになるしかないのかなあ。

>>618
リクナビはこの手の求人あんまし見かけんような・・・。
##どこと聞かれても困るが。

>>620
漏れは明日からそのテの仕事。

>>917
遅レススマソ。
ぱっと浮かんだのは、派遣のテク君は間違いなく後者、ぐらいかな・・・？
制度上はともかく、待遇・実力では別れてるような・・・。
しかし名目だけ前者で、実質後者って・・・サイテー
よくある話だけどね。
「蹴って」正解でしょうな。

>>618
学位持ってます。今は学位を求められるようです。
ただし、学位を持っている人も少なくなくなってきたのでそれだけじゃダメでしょうね。

転職サイト、リクナビネクストじゃないけどどこだったかなあ･･･ちょっとまって。（調べ中）
見つかりませんでした。たしかExciteかGooかYahooあたりに広告が載ってたとこだと思います。
条件を入れると郵便で査定結果が送られてくるとこですが、結果はきわめて遺憾なものでしたよ。（笑）

ヘッドハントは直接名指しで職場に電話がかかって来ました。なんて大胆な･･･
先の条件よりは良かったので、転職サイトは「平均」と記載されてますが、
最低レベルなのではないかと、勝手に解釈してます。だって実際が転職サイトの
情報より上なら喜ばれるけど、評判おちるもんね。

みなさん貴重で有意義なお話、転職体験記などありがとうございます。これで、この擦れも
開始当初よりもずいぶんとサマになってきたかと思う今日このごろです。

もうひとつのスレでも話題になっていたバイアスの話しは私もずっと気になっていたとこだっ
たので、我が意を得たりの心境でした。これから数年の間にますます重要になってくる考え方
ではないでしょうか？

＞＞６１１さま
学位を持っている人も少なくなってきたというのは多くなってきたの間違いですよね？
やっぱり、企業でも指導的立場については学位が必要なのでしょうかね？個人的には
最近のドクターをみてると肩書きよりも実力だよなあと思ってしまうのですが、、、
一生懸命やれば結果が出るという類いの分野ではないだけに、向き不向きがはっきり
現れてしまうという、他の生物学と違って、ある意味厳しい側面があると思いますので、、、、

ヌキたい時にヌク！
http://www.k-514.com/

>>625
「少なくなってきた」ではなくて「少なくなくなってきた」と書いたのですが・・・(＾＾;
カタガキより実力というのはもちろんのことですが、ひとつのことに集中して何かをやり遂げ、
それを文字にしてまとめるという課程を経ている博士と、そうでない修士とでは、
いろいろな意味で実力に差が出てしまうのだと思います。
もちろん、修士でもポテンシャルのある人はいるのでしょうが「玉も磨かざれば光らず」です。
実を言うと、光ってない博士も少なくないんですが、修士が川原の石とすると、
博士はダイヤモンド鉱の石というくらいの差はあるんではないかと。
つまり、ドッチにも大当たりは少ないけど、ダイヤモンド鉱からは、
稀にダイヤモンド原石が拾えることがある、位の意味です。
それじゃああんまりかな。

ちなみに、一生懸命やって結果が出ない分野ではありません。
もちろん、単なる肉体労働じゃありませんが、一生懸命やらないと
大した結果は出せません。そこを勘違いしてる人は多いのでは？
才能だけで何とかなる分野なんて、どこにもありませんよ。

>>627
才能がないなら早く見切りをつけたいってコトなんじゃないの〜
それで諦めがつくんなら、最初から余計なことしなきゃいいと思うが。

☆
http://www.sexpixbox.com/pleasant/nude/index.html

http://homepage.mac.com/hiroyuki44/

博士が既得権益にこだわるのは分かりますが、、、、
それは学際領域でこれから成果を出していこうとしてるこの分野で
やるべきことなんですかねえ？

博士、修士、学卒、専門学校卒などのそれぞれのこの分野での仕事の
仕方ってもう決まっているんですか？野球みたいにポジションがはっきり
してないとこがミソだと思ってたんですが、、、、

●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●
オリジナル
http://mizumusida.s2.x-beat.com/moji/img-box/img20030703000742.jpg
騙し
http://mizumusida.s2.x-beat.com/moji/img-box/img20030703000701.jpg
ニュー速のコテ　灯台院生　

女神になろうとしたがその画像はコラだったｗ

バレて叩かれて逆ギレｗ
灯台潜伏スレ　雑談　（今いるから記念カキコしてね？）
http://news4.2ch.net/test/read.cgi/news/1057511431/
●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●

>>631 およそ決まってるよ。
ひとつハッキリしていることは、トレーニングを受けてない奴はまったくだめということ。
博士って、言葉で言うほど軽くないんだよ〜
ま、軽い博士がいることは否定しないが。

とくにバイオインフォでないラボがメインの生物系大学院の
バイオインフォ研究室出身の博士は大変だよね。
論文一報パブリッシュじゃ学位もらえないもんね。
規定では1st一報とかいてあるけど、ふつうは3報とか
学位審査会でねちねちいわれるからね

http://homepage.mac.com/hiroyuki44/2ch.html

>>631

> 博士、修士、学卒、専門学校卒などのそれぞれのこの分野での仕事の
> 仕方ってもう決まっているんですか？野球みたいにポジションがはっきり
> してないとこがミソだと思ってたんですが、、、、

多くの現場を見てもポジションははっきりしているよ。
いくらプログラム書けても意味のある仕事をして論文に自分でまとめ上げる
というのはそれなりの力が求められるしね

>>634

NARとBioinformatics誌に2報あれば、取り敢えずは博士をあげても
いいかなぁ 将来を考えると別にいじめるつもりはないけれども
3報くらいは学生時代に書いてあると楽だよ

＞＞６３３
漏れが一番軽いと思っている博士は、自分をすぐに見失ってしまうおこちゃま系（意外と
多い）。バイオインフォやらプログラムやら機械工作のことはさっぱり分からないと自分
で諦めている。で、なにが自分に残っているのかを考えたとき何もないじゃないかと気付く
だって、生物実験の話しなんて聞けば誰でも理解できるものだし、逆にそういうものでな
ければ、仕事としてみとめられなかったという歪んだ事情もあったんだからしょうがない。
新しい実験系なんてできるとこは限られてるし、個人的にやったって潰されるのが落ち。

「自分の考えを他のひとは理解できるし、訂正までできる。なのに自分は周りの人間の言
ってることがさっぱり分からない、、、、」こういうドツボにはまった生物博士ってこれから
どうするのかね。。。。よくあるパターンは一般に受け入れられない理論展開をしてしまう
オカルト志向女子中学生みたいな人。こういうのをミュンヒハウゼン症候群というんだよ。

なんとか、こういう怪しい人間を処理していかないと、同じ業界のこっちまで異常な人間だ
と思われてしまう罠。洩れは博士もってないからいいけど、持っている人は博士同士でなん
とかして下さい。持ってない人間がいうと「こんぷこんぷ」ってうざいので、、、

http://homepage.mac.com/hiroyuki44/

＞なにが自分に残っているのかを考えたとき何もないじゃないかと気付く
そこで開き直れればいいんだけどね。
どう開き直るかって？
「生物学的センス」つうやつですよ。
こればっかりは付け焼刃で学んでも絶対に身に付かないのだ。
「俺には他人よりも生物学的センスがある」という確信、これ最強。
別に信念だから理論武装しなくてよいし。

まぁ信念て重要かもね

漏れも俺のやっていることは正しい。なぜなら俺がやっているからだ、
という訳の分からない根拠で仕事をして成果が出たしね。
もちろん長期的にこんなことがうまくいくとも思っていないんだけど、
いざ仕事をはじめたら迷っている間に手を動かした方が良いことって
あるからね。始める前に考え悩むことは正しいが、手を一度動かし
始めたのならばある程度形になるまでは走りきるべきだと思うよ。
これはインフォだろうと分子生物学の実験だろうと同じ。

ノックアウトマウスで知能に関与する遺伝子を探す実験なんて
方法論は教えれば高校生でも理解できるじゃない？でも、その
実験を意志に囓りついてでもやり通すことは誰にも出来る事じゃ
ないよ

http://homepage.mac.com/hiroyuki44/

>だって、生物実験の話しなんて聞けば誰でも理解できるものだし、逆にそういうものでな
>ければ、仕事としてみとめられなかったという歪んだ事情もあったんだからしょうがない。

あのさ、実験そのものはわかりやすいかも知らんが、なぜその実験をやるのか、
そこから何を引き出そうとしているかについては、そんな簡単じゃないとおもうな。
まともに実験計画が出来るようなら、博士予備軍として十分な資質があるといえる。
あくまで予備軍ね。論文を書くにはさらに別の才能が要求されるから。

>>642
自分で新し実験系組んでまともなデータ出して、堂々と論文に出セルような
人なら「博士」やってても文句なんてでないですよ。問題は、そんなクリエイ
ティブなことをやりたくてもやらせてくれない状況なのでは、予算がないから
実験できないなんて本末転倒もいいとこで、だったら実験者が納得いく範囲で
工夫するか、研究者自体の人数を減らすなり、他のとこから予算持ってくるな
りすればいい話しなんですよ。
なぜ、そうしないのか？老人のいいなりになる奴ばかりがポストを占めるから
こうなったんじゃないのか？

>>643
なんか、ずいぶんと身近限定的な問題を抱えているような印象をうけるなあ。
予算がないから実験できないっていう状況はありえなくないけど、それを
何年も言い訳にしてるのなら、やはり本人の問題だろうなあ。
しかし、金もくれない老人のイイナリになって、まともに論文を出せないやつが、
そんなに多いのか？ もしそうだとしたら、それは構造的な問題であって、
誰がそのポジションについても本人にはどうにもしようがないのじゃないか？

　__∧＿∧_
　|（　　＾＾ ）|　＜寝るぽ（＾＾）
　|＼⌒⌒⌒＼
　＼ |⌒⌒⌒~|　　　　　　　　　山崎渉
　　 ~￣￣￣￣

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　|（　　＾＾ ）|　＜寝るぽ（＾＾）
　|＼⌒⌒⌒＼
　＼ |⌒⌒⌒~|　　　　　　　　　山崎渉
　　 ~￣￣￣￣

教授も、給料安い

どのくらい？

給料なんて貰わなくても、親の財産で生きていける人なんだから、
それでいいんでしょ？誰も成果なんて期待してない。

http://www.geocities.co.jp/HiTeens-Penguin/4966/
向上よいとこ

バイオインフォマティシャンの分類
(１)研究者
(２)技術者
(３)SE
情報系出身だとよほど生物学や医学を勉強しなければ
〔研究も実験そのものも基礎的な知識も必要)
なぜいまバイオインフォに予算がきて、脚光を
あびてるのか考えると、やっぱ医学的センスがなければまずい
ということに気付くんだよね。
実際には(1)(2)はほとんどが実験系生物学出身者でしめられてるよね
あとMDと。

MD?(ﾌﾟ

652はnonMD
MDこんぷうざ

>>651
そうでもないよ。
まあ、煽り目的の652は無視するにしても、実際MDよりは情報関係者のほうが多い
のではないかと（別にMDを軽視しているわけではない）。
「教えて下さい」スレがしょっちゅう荒れまくるのも（まさに今も荒れている）、
情報関係者が無視できないくらい多いせいだと思う。

率直にいえば、生物学的センスも情報学的センスも、どっちだって必要ではないかと。
一方しかない（あるいは両方ない）人が偉そうにしてくるからあのスレは
荒れやすいのでは。

とか書くと、このスレでもまた「いつもの」論争が始まるのだろうか。もしその
きっかけになってしまったら申し訳ない。そんなつもりではないのだ。

同時に両方とも荒れたら、確かにヤダナ。

MDだから悪いのではない。
「MD」ということ以外に誇るものを持たず、しかも鼻にかける態度が悪いのだ。

ｿﾚﾀﾞ！

　　　　 　 　 　 ,　-‐-　､
　　 　 　 　 /^８ /　　　 ヽ
.　　　　 　 /　ﾉ.//ノﾉ ))））〉 |￣￣￣￣￣
　 　 　 　 'ﾉノ! ! |. ( |　|　||　　　　／同人をやっています！
　　　 　 　 　 `l |ゝ" lﾌ／ﾘ　　 ＜　エロ過ぎるけど、見に来て下さいね！
　　　　　　iｱ-､　/＾l水ﾄ､　　　　　＼ http://pink.sakura.ne.jp/~erotan/
　　　　　　￣く ｀ヽ |l：|l、ヽ‐v'し'i |＿＿＿＿＿
　　 　 　 　 　 ｀ -ﾉﾆﾆﾄ､ー┘ ´
　　　　　　　　 ／/　　 ! ＼
　　 　 　 　 ／　　　　　　　ヽ
.　 　 　 　 〈　　/　 　 　 ヽ　i
　　　　　　　ヽ/ 　 　 　 　i,ノ
　　　　　　　　｀　ｧ‐ｧr‐r ´
　　　　　　　　　/､./ l　.!
.　　　　　　　　 l! l\　ll\!!
　　　　　　　 　 ヽ＿)l__ﾉ

ハッキリ言ってアメリカなどの多民族国家では黒人の方がアジア人よりもずっと立場は上だよ。
貧弱で弱弱しく、アグレッシブさに欠け、醜いアジア人は黒人のストレス解消のいい的。
黒人は有名スポーツ選手、ミュージシャンを多数輩出してるし、アジア人はかなり彼らに見下されている。
(黒人は白人には頭があがらないため日系料理天などの日本人店員相手に威張り散らしてストレス解消する。
また、日本女はすぐヤラせてくれる肉便器としてとおっている。
「○ドルでどうだ？(俺を買え）」と逆売春を持ちかける黒人男性も多い。）
彼らの見ていないところでこそこそ陰口しか叩けない日本人は滑稽。

　　　 　∧＿∧　 ∧＿∧
ﾋﾟｭ.ｰ　（　 ・３・） (　　＾＾ ） ＜これからも僕たちを応援して下さいね（＾＾）。
　　＝〔~∪￣￣￣∪￣￣〕
　　＝ ◎――――――◎ 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　山崎渉&ぼるじょあ

NatureJapan広告メールによると、北野宏明が募集掛けてるね。

たまにはこっちも上げてみよう

http://homepage.mac.com/hiroyuki44/jaz10.html

あっちはあんなに盛り上がってるのにどうしてこっちは閑散なのかな？

>>664
こっちはﾏﾀｰﾘスレだから。

　　　 (⌒V⌒)
　　　│ ＾ ＾ │＜これからも僕を応援して下さいね（＾＾）。
　　⊂|　　　　|つ
　　　（＿）（＿）　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　山崎パン

↑
微妙に演技のいい数字取ったな

保守

みなさん、バイオインフォマティシャンって、
どんな職務内容を想像しておられます？

肉体労働者

正解

>>669
捏造データ作成工作員

イメージしにくい。。

仕事してる振りしながら一日中インターネットで遊んでいても
怒られないしょうもないやつら

>>674
それは、ウチのwet系ポソドクでつ。

なんか、つまんないネタスレみたいになってるな。
他のバイオインフォ系スレのノリを持ち込まないで欲しいんだが。しかもageで。
バイオインフォマティシャンになっている、あるいはなる気のある人以外は
来てもしょうがないスレなわけで。

ま、>>669のネタ振りがいかにも部外者を呼び込んじゃいそうだったことは事実だが。

正解の発表、まだー？

でし。
>>676
す、すまぬ。
>>677
いや、「なる気のある人」でしかないので、漏れが聞きたいのよ。
##699では、日本語間違ってた。スマソ。
>>670
プログラマーが「脳内どかちん」なのは定説だけど・・・。
>>672, 674, 675
おもろないし、煽っても誰も乗らないよ。

訂正。
>>678
>いや、「なる気のある人」でしかない
どうやらなった、裸子胃。たいしたスキルは持ち合わせてないが。

で、当面の仕事が鯖立？なんか、「bio」があってもなくても、ある程度
似たようなことやってるなあ・・・。

さすがに下がり過ぎとみた。

>>676
今は、どこのラボもボスは生物、医学出身なわけで、データそのものへの
執着は情報屋よりは、小さくなるのは仕方ない、執着しろという方が無理。
彼らは、データよりもストーリー重視であって、それを隠さないし、恥ずか
しくも思っていないし、むしろ胸をはっている。こういう人間が、自分の仕事
を評価する立場であるとすれば、はっきりいって、、、、





い　ま　は　バ　イ　オ　イ　ン　フ　ォ　で　は　食　え　な　い　。

理学や医学の大きな論理に巻き込まれるわけね。

アメリカあたりでは共同研究をガンガンやっているほうが羽振りがいいけど
日本ではどうか。

この仕事、しかし早いパソコンが欲しくなる仕事だYO、解析サーバの他に
デスクで使ってるパソコンがみんなアルト思うけど、amd64欲しくなってる
人はどれくらいいるか、聞いてみたいNA。

あげ

PowerMacほしいZE

amd64 （しかもopteron）欲しいに一票。
いろいろやりたいことあるけど、とりあえずDBどれだけ
早くなるかに期待。

クラスタくんで並列プログラムかけば？

linux嫌い。

TRONについてこの分野で使い道
はあるか？もちろん（シークエンス）機器
の操作というのもあるけど、、、、
そういう当たり前意外のでなにか、、、

ｵﾌﾞﾃﾛﾝｹﾞﾄしました。無茶苦茶速いいですゅ。
DBはまだ試してない

とろんを使う理由は特にありません。まあ、使えなくはないけど、
基本的にCPUパワー、メモリ容量、ディスク容量を大量消費する仕事が多いので
とろんは向いてると言いにくいです。
しいていえば、クラスタ組まないかぎり通信速度はあまり問題になりません。
クラスタ組んでも、使い方次第で通信がボトルネックにはなりにくいです。
マックは計算とオフィスを一台で済ましたい人向きです。
が、どうせ片手間のことしかできませんから、学習用と思ったほうがいいでしょう。
コストパフォーマンスは低いです。
灯台で、何百台もマックいれたようですが、個人的趣味のために税金無駄遣いするなといいたい。

このスレは荒れかけても自己回復能力のある珍しいスレですね。W

amd64のマザーを調べたら、意外と搭載可能メモリが少なくてショボーン
としてる683でつ。
・・・G5かなあ・・・？
>>680, 690
ｵﾌﾞﾃﾛﾝ速いすか。うらやましいでつ。
DB試したらどうだったか聞きたいです。

あぼーん

あげ

さげ