マイクロアレーどーよ？

1 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/03 02:22

マイクロアレーのスキャナ買うんだけど、どこがいいかな？
解析ソフトは？
はたまた、アレー自体はどこのメーカー？
インハウスなの？？

2 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/03 02:27

ヤマザキナビスコだろ。

3 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/03 03:30

more input please

4 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/03 05:01

自作に限る。

5 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/03 10:38

だから、スキャナとソフトは？

6 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/03 16:21

うちのLabには、日本で２台しかないスキャナがありますが、何か？

7 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/03 20:39

自作できなくてどうする。

8 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/03 20:44

自作なんて時代遅れ。
業者から買うか、コンソーシアムでもらうのが通。

9 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/03 22:22

クラボウのCodeLink

10 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/04 00:43

>>6
どこか分かったぞ

11 ：6：02/08/04 12:15

>>10
あててみそ。

12 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/04 18:23

まともな意見が欲しいのですが
具体的な名前も
お願いします

13 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/04 22:52

>>11
Ｋ大

14 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/05 01:58

GENEPIX 4000B

15 ：6：02/08/05 11:31

・・・・・・・・、残念

16 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/05 21:54

クラボウのCodeLinkはアマシャムで販売するらしい・。

17 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/06 02:40

株式会社DNAチップ研究所

18 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/06 02:43

あそこって株式公開してるの？
知らなかった…

19 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/07 22:50

>>16
つまりIncyteのcDNAを載せたチップは使うなということ？

20 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/08 00:06

Incyteってdatabase有料化したとこ？

21 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/08 00:32

Agilent 処理速度速い
安価なタイプ：東京インスツルメンツ。DNAscope LM 高級機に劣らず。
日本レーザー電子はロシュと組んだ。

22 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/08 01:03

Incyteはほとんど潰れました。

23 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/08 01:06

そう？ニュースじゃ絶好調そうだったけど。

24 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/08 02:51

高すぎるよなーボッタクリ

25 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/09 20:51

バイオインフォマスレでアレーのはなしでてたよ
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1026659511/l50

26 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/14 02:56

株式会社DNAチップ研究所ってどうなんですか？

27 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/17 03:39

とてもｲｲ会社でつ。愛しちゃってまつ。

28 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/17 08:54

あ、嘘つきﾊｹｰﾝ。

29 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/19 22:46

マクロアレイで最先端を走っている大学の研究室を教えて。

30 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/21 00:25

age

31 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/21 21:00

うちかな。
いうてもな、マイクロアレイはもう古いねん。
ガラス基板にマイクロ単位のゆがみがどうしても出てスキャナで
読み取るときに干渉して正確やないねん。

32 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/21 21:23

>>31
いーんだよそれで。どの遺伝子追っかけるか、そのおーまかな
疱疹決めるのに使うだけなんだから。
マイクロアレイに定量性求めるなんて最初から間違ってると思うぞ。

33 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/26 22:43

こんな時代にタカラやクロンテックの低密度アレー使いたいって言ってるＤＱＮ除教授どう思います？
と、言ってみるテスト。

34 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/26 22:49

定量星のある発現解析ができるものはありませんか？

35 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/27 00:02

>>33
低密度には低密度の意義がある。
精進せよ。

ただしその助教授が本当にそこまで考えているかどうかは知らんが。

36 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/27 19:03

御教授ねがいます、35さん！！

37 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/27 19:30

低密度の「マクロ」アレイなら32P-リン酸が使えるわけなんだが、、、、

38 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/27 19:57

プロモーターっすか？
それとも、33Ｐのまちがいっすか？
はたまた、マクロアレーのまちがいっすか？？
それともＤＱＮなんっすか？

39 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/31 22:55

マイクロアレイは一枚を何度も使用できるのですか？

40 ：名無しゲノムのクローンさん：02/08/31 23:02

>>39
マイクロアレイは無理。マクロアレイはできるときいた気がするが、使ったことがない。

41 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/01 04:44

なぜ無理なのですか？
出来そうだけど。
固定化の技術がよくないのかな。

42 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/01 12:40

>>41
プローブはがすとアレイもはがれるからでしょ。
マクロアレイも使い回しがどれだけ効くかはものによる。
クロンテックのアトラスアレイは多分１０回くらいは使える。
（６回使ったデータで論文出した）
同じクロンテックのオリゴアレイは３回までとのふれこみだったが
４回目はもう使えなかった。
マイルドな条件ではがせば何回でも使えるのが売りの
Ambionのウルトラアレイは確かに５度のハイブリでも
全然シグナルおちながったが、
実はそのシグナルのほとんどすべてがクロスハイブリだと判明。
いやになってやめた。
ちなみにこの製品、理由は不明だが半年ほどで製造中止になった。

43 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/01 20:02

プロテインアレイってありませんでした？

44 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/01 20:49

>>320-324

おまえら、ねーちゃんのタンポンを自分のケツの穴に入れようとした事がありますかっっ！！

45 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/01 21:24

>>44
すごすぎて、何の誤爆なんだかわからん。

46 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/05 00:29

>>44を最後に消えるのも悲しいのでageてみる。

47 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/05 18:26

結局まともな実験やってる奴いねーのか
日本には、よー

48 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/05 18:29

2chにマジレス望みなさんな。
2chを見てない研究者の方が圧倒的に多いに決まっとるわボケ！

49 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/05 18:43

アポー
今時２ｃｈ見ない奴なんか、時代遅れじゃー
そんな奴ら逝ってよし
47もな

50 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/05 22:18

GenePix良いよ。
スキャンが早いから、何度も取り直すのに
いらいらしなくて良い。

>どの遺伝子追っかけるか、そのおーまかな
>疱疹決めるのに使うだけなんだから。
なら、ソフトはついてくるので十分

アレイは...
酵母？マウス？ヒト？なにが目的なのかによって違うよ

51 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/06 04:46

イネです。

52 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/06 10:27

大腸菌、枯草菌、酵母、線虫、マウス、ヒト、藍藻、シロイヌナズナ、イネ
コーロバクター、　他にアレイやってる生き物って何がありますか？？？

53 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/27 23:21

犬、猫、牛、いろいろあるぞよ。

54 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 00:02

>>50
そうそう。GenePixよいよね。スキャンしながらビーム強度かえれるし。
アレイは方針ぎめに使うのが正しいと思う。差が出てる遺伝子の情報もらって
ライトサイクラー使って追試しまくる、てかんじかな。だからデータベース
有料のアレイは使いたくない。

55 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 01:37

GenePix4000B萌え～

56 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 01:44

>52

とっても大事な植物を忘れて無いかい？（W

57 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 01:47

ミヤコグサ？

58 ：F腹Kニ郎：02/09/28 01:50

匕×ツリガネゴケだよん

59 ：ヒデェーヤ：02/09/28 01:54

ああそうだ、コナミドリムシだ。

60 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 03:31

マイクロアレイは流行に終わりましたね

61 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 03:35

株式会社DNAチップ研究所
結構良いデータ出してくれた。

62 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 03:37

あそこはノウハウ持ってるからね。

63 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 14:06

そ～だね

64 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/28 22:34

最近アレー使った論文でおもしろいのある？

65 ：：02/09/29 00:36

結局、アレイなんて使い物にならねぇ。

販売代理店が儲かるだけ。

66 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/29 04:08

そう思うﾔｼが多くても儲かるか？

67 ：名無しゲノムのクローンさん：02/09/29 20:11

日本でアレイやってる有名ラボって・・・？

68 ：名無しゲノムのクローンさん：02/10/01 00:46

Ｋ腹？

69 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/01 22:03

使ってる奴いる？

70 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/02 00:13

たくさんいるよ。
学部生かおまえ。

71 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/02 06:50

世の中、誰かがダメというと１００％ダメだと信じ込む奴が多くて困る。
ツーハイブリッドにしてもディファレンシャルディスプレイにしても。
一次スクリーニングとしては有効な手段だよ。

72 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/03 00:45

>>71
マジレスどうもです

73 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/03 00:48

うちはファーウェスタン、ハァハァ

74 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/03 02:27

それはお疲れさま

75 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/03 17:44

ともだちんこ！

76 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/03 19:17

費用はどのくらいかかるの？
お遊びじゃできないお値段？

77 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/04 05:04

>>76
お遊びじゃできない罠

78 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/04 06:39

>>77
数字教えれ。

79 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/04 12:37

>>78
１（いち）、２（に）３（さん）・・・

80 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/04 12:39

　　 ,.´ / Vヽヽ
　　　 ! i iﾉﾉﾘ）) 〉
　　　 i l l.´ヮ｀ﾉﾘ　＜先生！こんなのがありました！
　　　 l く/_只ヽ　　　
　　|￣￣￣￣￣|
http://muryou.gasuki.com/saitama/

81 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/04 18:11

チップ一枚いくらするか分かってる？
俺の一か月の食費と同じなんだよ！ｳﾞｫｹ！！

82 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/05 01:48

なーんだ、一万円か。。
それならお遊びでできるな。

83 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/05 03:04

>>82
どうやったら一万円で食えるのかと小ー時（略）

84 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/05 03:42

>>83
朝食：食パン・ジャム
昼食：１００円カップラーメソ
夕食：食パン・チーズ

85 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/05 04:31

食パン -> 食パンのみみ
１００円カップラーメソ -> ５袋２００円の袋メン

86 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/05 04:36

ジャム -> 自家製白ジャム
チーズ -> チーズ臭のする何か

87 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/05 08:08

>>83
夜食：栄養補給に教授に隠れてｺｿｰﾘ　LB+NaCl(多め）200mlを飲む

88 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/05 12:04

マイクロアレーは一次スクリーニングにしても、費用のわりにイケてない。再現性も乏しい。だからワテはやりまてぇん。

89 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/05 15:22

それはおまいの腕が悪いから。
メソッドのせいにすな。
俺はかなり再現性あったぞ。

90 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/05 15:56

腕のせいねえ。

91 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/05 21:58

>>90
文句ある？

92 ：88：03/01/05 22:17

>89
そうですか。。。気分を害するつもりないのですが。。。

ただ、私は、すでにNature,Cellなどに出た論文を、
（無論、どれも他グループのもの）
RT-PCRでcheckした結果を言っています。
かなり、信用できないと思いますた。

93 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/05 22:18

臨床検体がらみ？それならいかにも再現性なさそうだが。

94 ：89：03/01/05 22:21

>>92
俺はRT-PCRでやっても再現性あったよ。
ついでに言えばNorthernでも。

そいつらのデータが怪しいか君の実験に問題があるのでは？

ま、気分は害していないので有意義な話をしよう。

95 ：88：03/01/05 22:31

＞９４
そうですか、再現性ありましたか。
RT-PCRは、ポジコンをしっかりとっているので、自信はあります。
ということは、彼等のデータの問題かな。。。
でも、複数のグループだったけどな。
アレイは、うまいヒトと下手なヒトで差があるのかなー。

96 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/05 22:46

腕の差なんかあるかボケ（w
アレイの差だよ
そんな事も考えずほざいてるやつの腕なんか信じられるか（w

97 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/05 22:53

>96
いや、だから、私自身がやったわけでないのでW
あなただって全ての実験知ってるわけでないでしょ？
特にマイクロアレイは特殊ですのでW

98 ：96：03/01/05 22:57

>>97
お前誰？
おれは８９を小バカにしてるんだけど

99 ：97：03/01/05 22:59

>98
そうですか。
勘違いしました。。。スマソ。
私とは関係ない議論でした。

100 ：89：03/01/05 23:01

>>97
とりあえず、そのペーパー出したラボに
追試できないって言ってみたら？

101 ：97：03/01/05 23:08

>100
そうですね。。
ただ、大御所なので、もめたくないと言うのはあります。

102 ：89：03/01/05 23:17

君のラボのボスの反応はどうよ？

103 ：bloom：03/01/05 23:19

http://www.agemasukudasai.com/bloom/

104 ：宣伝なんだけど、誰か興味ある？：03/01/07 02:15

●○日清紡がDNA（検査用）マイクロアレイターゲット募集
【いよいよ、12月16日から第二次募集を開始しました。】
DNAマイクロアレイを無料で作製・提供します。ご好評につき、12月16日か
ら1月31日までの限定で、日清紡の「オリゴアレイ」を用いたDNA検査システ
ムの共同研究先の第二次募集を行います。テーマは問いません。これが最後
のチャンスです。皆様、奮ってご応募ください。

　Biotechnology Japanでは、日清紡と提携し、同社が開発したオリゴアレ
イを、iResearchで皆さんに提供、用途開発する共同研究を８月１９日から
開始いたしました。遺伝子疾患・食品検査・環境検査などの分野でDNAの違
いを簡単な方法で判別したい方、どしどしご応募ください。日清紡が共同研
究用DNAマイクロアレイを無料で作製し、ご提供いたします。
日清紡が豊富なDNAマイクロアレイ開発実績をもとに、検査システムの開
発をサポートします。
http://www.nisshinbo.co.jp/bio/iresearch2/index.html

105 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/10 14:39

Cy標識のキットってみんな何使ってる？
cDNAアレイのときはアマシャムの直接標識で再現性まで確認できたけど。

あと、間接標識はどうなの？
会社の触れ込みでは少ないmRNAでできて、取り込み効率が良くて、
Cy5と3の差も無い、値段も(さほど)かわらない、といいこと尽くめなんだけど。
でも最近のキットだと５と３の取り込み差はあんまりなさげだし。
使ってる人キット名ｷﾎﾞﾝ。

106 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/11 01:07

キット使ってないから分からない

107 ：山崎渉：03/01/11 13:20

（＾＾）

108 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/12 01:08

未経験者ですが・・・
マイクロアレーって
板にくっつけるほうはオリゴ？cDNA？
で、検体はＰＣＲ産物の蛍光標識cDNAなの？
なんかイマイチわからないんだよね。。

109 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/12 01:13

cDNA arrayならcDNA。今はいろいろある。

110 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/12 01:25

ありがとう。
オリゴarrayとｃＤＮＡarraayで何か違いがあるの？
で、検体はｃＤＮＡ？
蛍光標識はｍＲＮＡでもできて、ｍＲＮＡにすることもあるの？

111 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/12 02:03

オリゴアレーはないよ

112 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/13 00:35

>111
　意味分かんねえ。

>108
　オリゴアレーは40-60bp、cDNAは任意のcDNAを貼り付ける。
　オリゴは鎖長が短いぶんハイブリするプローブ量が少なくなるが、オリゴ合成するだけで
作成できるんで、cDNAより安い。ので主流はこっちに移りつつある。
　cDNAは（ちゃんと選べば）特異性が高く、検出されたクローンをすぐ使えるのが便利だけ
どPCR・クローンの保存など、制作費は高い。

　検体は普通mRNAで、発現の差異の一次スクリーニングに使う。
　cDNAはmRNAが少ないとき、mRNAを増幅する目的で使うけど、もともと精度が
低い実験なのにますます低くなるので好まれない。
　最近アレイをCpGアイランドで作って、ゲノムをプローブにしてメチレーショ
ンの具合を調べたり、SNP検出に使えないかどうか調べたりしてる。

113 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/13 00:41

ヲリゴアレイの利点はゲノム情報を利用して、5'-UTRとか3'-UTRの特異性の高い
配列を選択的に使用することができたり、配列を選ぶことで多数の遺伝子についてTm値などを任意にそろえることで
一枚のアレイの中で数千もの遺伝子について同じ条件でハイブリできることではないの？

cDNAだと長さや特異性について、所持しているクローン集団に拘束されるからね。

114 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/17 00:32

age

マイクロアレーのスレってここだけ？
意外に人気ない？

115 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/17 00:33

>114
だって使えないもんW

116 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/17 00:57

再現性わり～しな

117 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/17 00:59

経験人口/研究人口に2ちゃんねらという定数を加えると・・

118 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/17 02:08

再現性厨ふたたび

119 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/17 20:13

再現性は言うほど悪くないぞ。

定量性は鬼みたいに悪いけどな(ﾜﾗ

まあ、一次スクリーニングで2万もの遺伝子が探れるって思えばそんなに
悪くないと思うのよ。
最近natureにもアレイ使った論文あがってくるようになったしな。

120 ：山崎渉：03/01/18 12:58

（＾＾）

121 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/19 19:02

俺も再現性はあると思う

122 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/19 19:06

何を持って再現性と言うか次第だな。

123 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/19 22:13

一次スクリーニングがNatureねえ。。。

124 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/20 12:17

>123
んじゃ引いて見れ
「乳がんの予後予測」で出てるから

思い込みでモノを言うのは科学者の仕事じゃねえっしょ？
まず確認だ！

論文にするための指針も整ってきた(MIAMI)し、これからもっと増えるんじゃない？

125 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/20 23:35

いや、そうでなくって、このスレの上の方にもあるけど、
他の方法で再現できないんだよね。
だから、そんな一次スクリーニングでNatureね。。と思っただけ。

126 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/21 01:10

実験自体は間違ってなくて面白ければいい

127 ：名無しゲノムのクローンさん：03/01/22 09:59

>>125
　いや、だからこのスレの上のほうにもあるけどNorthernやリアルタイムPCR
で再現性でるってばさ。　無論すべてではない（良くて6-7割)けど、そもそも
マイクロアレイにそんな厳密さを求める必要ないじゃん。
　アレイの意義はその網羅性にあるんだから。
　よって例の論文のような目的には十分使える。傾向見てるんだからね。

※あと、125氏は論文見ないで語ってるでしょ？
※｢他の方法で再現できる必要のない実験｣だってあるんだよ。

　まあ、使える使えないの判断は、結局実験にかけられる金額によるんだろうな。
＃「ある現象にクリティカルな遺伝子が30万程度の経費で見つかる」
＃（可能性がある）ことが対し、高いか安いか？
　無論はずれる可能性もあるけど､それでも「傾向｣が見られればいいって
共同研究申し込んでくる人ケコウ多いよ。

128 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/08 22:30

蔵棒にたのんだが、思った以上によい結果。
問題は、ここからPaperにどう持っていくか・・・

129 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/08 22:38

マイクロアレイの再現性がどうのこうのなんてどうでもいい。
こんなクソ実験はサイエンティストがやるものではない。
技官にでもやらせとけ。

130 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/08 22:54

>>129
技官単独では実験戦略を練れない。
やることを決めるのはやはり我々。
実験自体は初心者でなければ誰がやってもいいと思う。

131 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/08 23:08

こんなエレガントじゃないことやろうとしてる奴に戦略もクソもあったもんじゃない。
遺伝学とかしらないんだろうな

132 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/09 00:30

その程度の思考力じゃ戦略なんて考えたこともないんだろうな。
まだおこさまなのかな？

133 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/09 00:41

ソルジャーはすぐ釣られるからな

134 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/09 01:08

>>131は痛いな。。

135 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/09 01:27

>>132の方が痛いだろう。普通。
>>134も132なんだろうなあ。。。

136 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/09 02:37

>>135
そうか？

137 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/09 02:38

いまさらマイクロアレーもないだろ？
ウェーハッハッハ、じゃなかった、ウェハーにしたら一網打尽

138 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/09 03:35

お互いに痛がってる様が何とも痛いw

139 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/10 14:24

マイクロアレイの実験そのものなんて難しくもなけりゃさほど面倒でもない。
標識キットが洗練されてきた現在、ｍRNAの取り扱いが出来るレベルの手技が
あればまず失敗しないし再現性もでる。
難しいのはそのあとのデータ解析だろ？特にクラスター解析後の評価とか。
それこそ遺伝学に堪能な>>131の出番なんじゃねーの？

>>132も釣られるなって。
世間にゃ文句たれてりゃ賢くなれた気分に浸れるﾔｼもいるんだから

>>137
　・・・・・寒ッ！
　失礼ですが、昭和何年生まれの方でしょうか？

140 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/10 23:18

味連と自分でやったら全然ダメだす。
失敗したときの金額がいて-よ
外注サービスだすかね

141 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/10 23:29

>>139
なんかさ、投網してから獲物選ぶのがあれなんじゃない？
外道は無視して一本釣り。釣り方にもこだわるのが遺伝学

142 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/11 00:52

でもなー、ほんとに信用できないんだよ。
マイクロアレーって。
煽る気なんて毛頭ないけど、
一次スクリーニングにしても効率悪い。
まあ。。。オレの周りの話だけどねW

143 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/11 00:54

漏れはGeneChip派だが、一次スクリーニングにはこれ以上使える装置は
ないと信じている。
カネさえあればとりあえずチップやっとけ。

144 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/12 20:02

アジレントのはクラボウがいい結果出すって聞いた。
でも高い！
一回見積もりださせたら200万言われた。

まあ、でも、うまくやりゃ結果は出せるってことだよね。
なんかWashとmRNA量にヒミツがあるらしいが・・・。

もうアレイ買ったんなら、アジレントは無料で技術講習やってるから申し込んだら？

145 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/16 01:48

すいません。教えてください。
一次スクリーニングって何のことですか？

146 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/16 14:46

理化学研究所の人がさ、とある会社のアレイが一番良いって言ったました。

147 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/16 15:39

組織マイクロアレーの方が実用的というが・・・
どうなのやら・・・

148 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/16 16:24

マイクロアレーなんぞ使っている時点で負け組・・・

149 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/22 04:25

>>145
10,000個の候補を100個に絞り込むこと。

>>146
Toarreのアレイは良いらしい

150 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/25 03:45

いいコメントありが

151 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/25 12:20

アレイでは１００００の候補から５０００にしか絞れませんW

152 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/25 13:02

俺は6000を10に絞れたよ。

153 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/25 13:05

ナイロン膜にcDNAをブロットして33Pを使用するマクロアレイって、どうよ？

154 ：96：03/02/25 14:15

>152
なにを基準にするかです。
残念ながら多くの当たりを見のがしているでしょう。

155 ：無職の方募集：03/02/25 14:42

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156 ：名無しゲノムのクローンさん：03/02/25 22:38

>>154
　いいんじゃない？＞見逃し
　つかまった10個が重要なものなら、クラスター解析なんかで
追っかけることだって出来るんだし。
　１次スクリーニングで大事なのは個数よりクリティカルな遺伝子が
つかまることだと思うぜ。
　がんばれ>152。

あと>151はもうちょっと統計とバイオインフォマティクス勉強しろな。
まあ、アレイの質にもよるけど。

157 ：143：03/02/25 23:06

>>153
このご時世に古臭いとも思うが、感度と再現性はいまんとこスライドより
ベターらしい。cDNAタイプだとメーカーにtelすれば配列ぐらいただで
教えてくれるし、あとはノザンでマターリ検証。

漏れはアレイ係やってないんで、学部生のゼミ発表レベルの説明でご勘弁。

158 ：山崎渉：03/03/13 13:57

（＾＾）

159 ：山崎渉：03/03/13 14:05

（＾＾）

160 ：名無しゲノムのクローンさん：03/03/24 20:16

日立からacegeneのmouse版が出るって。
4月末｡3万遺伝子で7万円。

これでスライド3枚1セットでなければ使いやすいんだが･･･｡

161 ：山崎渉：03/04/17 09:26

（＾＾）

162 ：山崎渉：03/04/20 04:18

　　 ∧＿∧
　　（　　＾＾）＜ぬるぽ（＾＾）

163 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/21 22:59

自分でやるきはせんな

164 ：　：03/04/25 01:56

GeneChip半額イカだと。
今までの値段は何なんだ？ああ？
ふざけやがって。

165 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/25 13:07

安心しろ。
半額でも充分高いから（ｗ

アカデミックだとさらに約半額になるけど、それでもよその倍くらいだもんなあ。
標識試薬も高いし｡

しかし、急に大幅値下げってのは、やっぱりどんどん安いのが出回るように
なってきたおかげかね｡

166 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/26 22:46

GeneChipの受託はないの？

167 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/26 23:19

たしか、北シスがやってるはず

168 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/27 03:57

アジレントがいいらしいね。
一枚＄３７０で、８枚使う予定。
清水の舞台から飛び降りるような気持ちで決心したわけだが、
作業が終わったら報告するよ。分析には少し時間がかかりそう
だけど、こちらの方は他の所で公表する機会があればいいなあ。

169 ：　：03/04/28 02:04

>>166
受託はもうすぐ自社で始めるって営業さんが逝ってた。

>>168
分析に時間がかからないのが味連との利点、そう聞いてたのだが。

170 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/28 09:59

実験そのものは時間がかからなくても、データの吟味に時間をかけたいという
ことでは？
クラスター解析ならソフト一発だけど、発現パターンとか追い始めると結構
時間かかるよ。

171 ：名無しゲノムのクローンさん：03/04/30 15:01

>168
　おお、同士！>ｱｼﾞﾚﾝﾄ
　ちなみに俺　ratのcDNA使ったけど、結構良かったよ｡
　ただ、ｱｼﾞﾚﾝﾄ推奨のPEのCy色素はあんまり良くない｡
　4c保存で非遮光で届きやがる。もうアホかと｡
　こないだ知り合いが確認したら新品なのに蛍光量0だったって。
　
＃ちなみにウチではアマシャムのfluorolinkでうまくいった
＃結果がいまいちならまずCy活性と、cDNAの出来を確認汁

172 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/01 02:24

>>171
情報ありがとう。CY色素については問い合わせてみます。
うちの研究所にはマイクロアレーセンターなる施設があって、mRNAを準備すれば
後の作業は専門家が手数料＄５５０位でやってくれるみたいです。
発現量の少ないmRNAの挙動を探るには、suppression subtractive hybridization
をやる必要があるとアドバイスを受けました。（PNAS 93, 6025, 1996)
これはキットになっているとのことですが、どうするか検討中です。

173 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/06 06:22

考える時間があるならやってみたほうがいいよ。

174 ：企業戦士：03/05/06 08:34

Agilent userです。
GeneChipをはじめ複数の他社アレイ、使用しました。
Agilentは最高でした。
詳細はHPをご覧ください。
おそらく今後しばらくsingle colorはGeneChip、double colorはAgilentが最高峰になるかと思います。
オリジナルアレイは別として、それ以外の他社メーカーのアレイは余程頑張ってメリットださないと今後苦しいでしょう。

175 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/06 16:24

>173
「ちょっと試そう」でできる値段じゃ無いんだってば。
アレイは何枚かセットで無いと売ってくれないし、標識キットも高い。
キット使わなくてもCy2色で6万くらいになるし。
なので「ここのは使える｣情報は貴重。

>174
　同意。
　あと、もうちょっとアノテーション情報が詳しければ･･･
　例えば日立のAceGeneはgenelistに発現場所とかどんなタンパクが作られる
かの一覧がついてたりする｡
　そりゃまあ＃ACCNから調べりゃいいんだけど、最初っから表としてついてて
くれるとやっぱり便利だ。
　これで、もうちょっと感度が良けりゃあな･･･｡

176 ：bloom：03/05/06 16:25

http://homepage.mac.com/ayaya16/

177 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/06 16:32

スレ汚し失礼します。
今、このスレで
http://that.2ch.net/test/read.cgi/bobby/1049874218/l50
このサイトが大流行。
http://blatt.hp.infoseek.co.jp/
掲示板に書きこみしてあげてください。
よろしくおねがいします。

178 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/06 19:44

えーと、確かAgilentも InCyte情報入手できるようになったと思いますが・・・

確かにAceGeneの情報は最も親切だと思います。
アレイ値段も最も安価。ただし、質はイマイチ（相変わらず安かろう悪かろう）。
で、実際のアレイ解析に関してはメーカーに関わらず、入手できた全てのアノテーション情報をリンクさせて使用している。
多くのメーカーのアノテーション情報はタダ＆フリー入手できますので。
AceGeneの情報は親切過ぎてデータベース的にはイマイチ。
CLONTECHやMERGENのように遺伝子機能・カテゴリーがシンプルにクラス分けされている方が簡便に使用できる。
でも今後はAgilentも InCyte情報でやるかな。
値段は高くなるがやはりオリゴアレイは素晴らしかった。
アノテーション情報も充実しているし。

今興味あるのはアレイのアノテーションよりも論文などで報告ある遺伝子発現変動情報をデータベース化して自由に自分のデータと比較、情報収集できるよ
うにすること。
いくつかの論文ではwebから簡単にデータ抽出できるものも多い。

179 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/06 22:57

素人質問で悪いのだが、他人の（というか、別の方法で作られた）アレイでの
データと自分のデータを比較することって可能なの？
教科書なんかでは、Stanfordタイプのアレイでは不可能、とか書いてるけど、
実感としてはどう？

180 ：企業戦士：03/05/06 23:58

>179
予想通りのレスありがとう。確かに厳密に言えば、定量的比較は困難かも。
でも、答えはイエス。例えばマイクロアレイで200遺伝子を絞り込んだとする。で、実験系（細胞、アレイ、標識法など）が異なるマイクロアレイ結果でも、200遺伝子のうち100遺伝子が特定活性化シグナルで上昇した遺伝子だったとする。
当然、自分の拾ってきた遺伝子のヒントにはなる。少なくともこの100遺伝子のプロモーターには特定刺激に対するエレメントが存在しているわけだから。
実際にインターフェロン誘導遺伝子情報をwebから入手したけど、役に立った。
また組織発現特異性を論じる論文情報なんかも有用でしょう。
ま、要するにヒントさえ得られればOK。マイクロアレイで一番困るのは訳のわからん遺伝子ばかりリストされて対応できないことだから。
ヒントがあれば次の実験で自分で証明しなおせばよい。

181 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/08 02:57

俺もその流れでもうすぐペーパーが出る。

182 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/09 17:51

某メーカーのCodeLinKはどう？
オリゴDNAで質も良さそうだが、、、

183 ：　：03/05/14 20:29

バイオエキスポ逝ってきたよ、上司連れて。
マイクロアレー、種類が増えたのはいいけど、
なんかどこのも代わり映えしないんだよね。
不良在庫の商談会に見えたよ。

184 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/14 23:16

うちのラボにはGeneChipのアレーが一杯眠ってます。
モッタイナイ。

185 ：　：03/05/15 00:59

>>184
射かけんでつか？

186 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/15 01:39

自分のラボでオリジナルアレイ作ってる人いる？
アマシャムのType7starってどう思う？
バック高すぎるよね？
あと、ASPで自動でハイブリって手でやるより汚い・・・・
DyeもアマシャムよりPEの方がいいと思う
アマシャムの使うといつもやっぱりアマシャムか・・・・・と思ってします。

187 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/15 13:40

Type7がどうかは知らないけど､今テストで使ってる東洋鋼鈑のGeneSlideってのが
なかなか。バック低いし、後処理もバッファで茹でるだけ。

アマシャムはキットいまいちだね｡CyはPEよりいいと思う｡
少なくとも冷凍で遮光してくれるもんな（ｗ

188 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/15 13:56

http://endou.kir.jp/2/index2.html

189 ：動画直リン：03/05/15 14:25

http://homepage.mac.com/hitomi18/

190 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/16 01:56

値下げしてくれないとスキャナ買えない。。

191 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/16 16:12

>190
確かに。安いので1000万くらいだもんなあ。

ところでみなさんはCy標識にキット使ってます？
漏れＰＥの直接標識キット使ってるけど､結構いいカンジ｡
アマシャムは直接はまあまあ。間接は微妙。
他の社の奴使ってる人、いたら教えれ

192 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/16 23:07

>>185
射かけんではないでつ。
マイクロあれーできるみなさんのラボはお金もちなのでつか？
うちがそうなので。
でも成果に結びついてない感じで研究費がもったいないでつ。

193 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/17 01:52

それは使い方が悪いのでわ？
きちんと戦略的に使えばバンカバスターより効果的だよ。

194 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/17 14:47

デージーカッター程ではないでつ。

195 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/17 21:53

意味不明なこと書くなよ。〈デージー

196 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/17 22:02

http://life.fam.cx/

197 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/18 01:36

バンカーバスターに対抗しましたが何か？

198 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/18 03:59

ﾃﾞｰｼﾞｰﾃﾞｰｼﾞｰ♪

199 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/18 08:17

↑2001年か？

200 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/19 23:42

Agi連と、光らんぞ

201 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/20 20:09

それ、PEのCy使ってない？
知人がぜんぜん光らないCy売りつけられたって激怒してた
ためしにabs.550と650計ってみ

202 ：山崎渉：03/05/21 21:38

━―━―━―━―━―━―━―━―━[JR山崎駅（＾＾）]━―━―━―━―━―━―━―━―━―

203 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/22 10:15

http://biotech.nikkeibp.co.jp/news/detail.jsp?id=20020192
だって。
結構売れてるんだね。

204 ：　：03/05/22 21:21

>>203
株主総会向けの大本営発表だね。信じる方がどうかしてる。

205 ：名無しゲノムのクローンさん：03/05/23 12:33

>204
いや、ホントっぽい。
春に注文出したら「在庫が無くて３週間待ちになる」って言われたし。
生産が追いついてないって話も聞いた。
そもそも大本営発表にしても「３倍」は鯖読み過ぎだろ（ｗ

もちろんAceGeneが使えるかどうかとは全く別問題なわけだが（ｗ

206 ：山崎渉：03/05/28 14:25

　　　　∧＿∧
ﾋﾟｭ.ｰ　(　　＾＾）＜これからも僕を応援して下さいね（＾＾）。
　　＝〔~∪￣￣〕
　　＝ ◎――◎ 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　山崎渉

207 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/06 10:06

日本レーザって､どうよ？
新製品だしたみたいなんだけど

http://biotech.nikkeibp.co.jp/news/detail.jsp?id=20020428

なんかピンスタンプ式な上､スライドの前処理が面倒で、かつスポット形が
いまいちなカンジなんだけど。

208 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/06 14:55

本当はあるけどまたせてるとか

209 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/11 09:01

>>208
エースgeneは遺伝子数の割りにはとりあえず安い、オリゴでは最安か？
昔から安くマイクロアレイ・サービスしてたDNAチップLabが、日立とcoラボしているからだな。
とりあえず、プアなラボが飛びつきそう。
ただし、これまでの経験上、品質は？
安かろう、悪かろう！
そういえば無料実習会（日立HP）あるみたいだが、ためしに応募するか。

210 ：_：03/06/11 09:14

http://homepage.mac.com/hiroyuki44/hankaku06.html

211 ：　：03/06/12 01:23

>>209
漏れのラボは値段につられてAtlasからAceGeneに変更したが、
スポットのuniformityは明らかにAceGeneの方がベター。

212 ：209：03/06/12 02:44

>>211
Atlasのスポットのuniformityはそんな悪かった？
結果（定量性、感度、バック etc.）はどうだった？

213 ：名無しゲノムのクローンさん：03/06/18 01:43

RNAをT7で増幅させる方法、どうですか、ダレゾやってます？
マイクロアレイの結果、変になりませんかね？
最近キットも幾つか出てますが、どこがいいか知ってます？

214 ：山崎渉：03/07/12 12:45

　__∧＿∧_
　|（　　＾＾）|　＜寝るぽ（＾＾）
　|＼⌒⌒⌒＼
　＼ |⌒⌒⌒~|　　　　　　　　　山崎渉
　　 ~￣￣￣￣

215 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/19 08:26

保守

216 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/19 14:34

マイクロアレイのデータって一次スクリーニング以上の意味ってあるんですか？
信用ならないってよく聞くのですが。

217 ：_：03/07/19 14:35

http://homepage.mac.com/hiroyuki44/

218 ：Dr.χ：03/07/19 14:59

＞216
頭と腕があれば一次スクリーニング以外の実験も可能、
と答えておこう（藁
信用度は当人とシステムに依存。
既に一次スクリーニング以外にも使用されているマイクロアレイの論文あるでしょ。

219 ：名無しゲノムのクローンさん：03/07/19 15:00

★クリックで救えるオマ○コがあるらしい★
http://yahooo.s2.x-beat.com/linkvp/linkvp.html

220 ：なまえをいれてください：03/07/24 15:53

ハッキリ言ってアメリカなどの多民族国家では黒人の方がアジア人よりもずっと立場は上だよ。
貧弱で弱弱しく、アグレッシブさに欠け、醜いアジア人は黒人のストレス解消のいい的。
黒人は有名スポーツ選手、ミュージシャンを多数輩出してるし、アジア人はかなり彼らに見下されている。
(黒人は白人には頭があがらないため日系料理天などの日本人店員相手に威張り散らしてストレス解消する。
また、日本女はすぐヤラせてくれる肉便器としてとおっている。
「○ドルでどうだ？(俺を買え）」と逆売春を持ちかける黒人男性も多い。）
彼らの見ていないところでこそこそ陰口しか叩けない日本人は滑稽。

221 ：名無しゲノムのクローンさん：03/08/03 01:15

ハッキリ言ってアメリカなどの大規模ラボではドットブロットの方がマイクロアレイよりもずっと立場は上だよ。
シグナルが貧弱で、定量性に欠け、醜い蛍光スポットしか出ないマイクロアレイは上級研究員のストレス解消のいい的。
ドットブロットはずっと前からＣＮＳに論文が多数出てるし、マイクロアレイはかなり審査員に見下されている。
(ドットブロットは廃スループットPCRには頭があがらないためStanford型アレイ業者などのテクサポ相手に威張り散らしてストレス解消する。
また、日本じゃマイクロアレイ業者はすぐ値引きしてくれる肉便器としてとおっている。
「○円でどうだ？(俺の完全長cDNAライブラリーを買え）」と逆に商売を持ちかけられるヘタレ業者も多い。）
彼らの見ていないところでこそこそ重箱の隅研究しかできない日本人研究者は滑稽。

222 ：名無しゲノムのクローン：03/09/26 15:42

>213
痔値胃大の魔の教授がやってマツ
データは変になりますが、本人は増幅前と増幅後で相関があるとか
言っています

223 ：genoman：03/10/11 18:59

MIAMIに準拠したデータベースを作成できるかと聞かれましたが
MIAMIそのものが分からず答えられずにいます。
MIAMIについてご存知でしたら、教えて頂けませんか？

224 ：名無しゲノムのクローンさん：03/10/17 00:53

>>222
メーカーのRNA増幅キット使う方が楽だと思うけど。
スマートって淫靡だっけ？金があればつかってみたい。

225 ：名無しゲノムのクローンさん：03/10/17 01:53

＞223
別スレで教えてやったのに、
気付かなかったのね。
よ～く探してみ。
一応、
Minimum Information About a Microarray Experiment

ttp://www.ilsi.org/file/MIAME1.1ToxCircDRAFT-rev3.pdf

226 ：名無しゲノムのクローンさん：03/10/17 04:37

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227 ：名無しゲノムのクローンさん：03/10/21 00:31

アジレント、どうして１スライドに２アレイ？やりにくくてしょうがない。

228 ：名無しゲノムのクローンさん：03/10/21 00:51

>>227
あっひーの密度特許を突破するためだと思います
たしかアトラスもそうだときいたです
これがやならおとなしくあっひー使いましょう

229 ：名無しゲノムのクローンさん：03/10/24 11:49

>>224
私の経験した範囲ですが、oligo dT - T7とT7 RNA polymeraseを利用した増幅をすると、
poly A tailに近い3'側がよく増えます。（RNAのクオリティーが低いときは特に極端）
Affy のテストチップで見ますと、GAPDHなどの3':5'比を見ると3を超えることがざらです。
共同研究者で臨床のサンプルを研究対象にされている先生も複数いるのですが、私がチェックした範囲では
ヒトの臨床サンプル（RNAのクオリティーは概して悪い）で、増幅をしたものは3':5'が50位はあります。
3以下と言うことはほとんどありません。
ですからRNAの増幅をした臨床研究はクオリティーのデータも一緒に出してこないとにわかには受け入れたくないです。
細胞株とか実験動物とか由来のサンプルはそこまでひどいのはあまり見かけないようです。

230 ：名無しゲノムのクローンさん：03/11/08 03:10

>>229
すみません初心者なので教えてください。
マイクロアレーでは普通5'末端付近で灰ぶりさせるように設計されてるそうですが、
それはなぜなんでしょう?３’末端でもプローブが30-50bpぐらいの鎖長で設計されてれば
確率的にノンスペな灰ぶりが起きる確率は無視できるぐらい低いと思えるのですが。
あとポローブcDNAに一本鎖と二本鎖のを使ってるアレーががあるときいたのですが、どっちが
いいのでしょうか？ぼくのボスは区論手のメンブレンアレー最高言うけどRIわｺﾜﾋ...non-RIでｼﾞｹｰﾝｼﾀﾋ...

231 ：名無しゲノムのクローンさん：03/11/18 22:41

中田英寿態度がでかいぞ中田英寿態度がでかいぞ
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中田英寿態度がでかいぞ中田英寿態度がでかいぞ
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中田英寿態度がでかいぞ中田英寿態度がでかいぞ
中田英寿態度がでかいぞ中田英寿態度がでかいぞ
中田英寿態度がでかいぞ中田英寿態度がでかいぞ
中田英寿態度がでかいぞ中田英寿態度がでかいぞ
中田英寿態度がでかいぞ中田英寿態度がでかいぞ
中田英寿態度がでかいぞ中田英寿態度がでかいぞ
中田英寿態度がでかいぞ中田英寿態度がでかいぞ
中田英寿態度がでかいぞ中田英寿態度がでかいぞ
中田英寿態度がでかいぞ中田英寿態度がでかいぞ
中田英寿態度がでかいぞ中田英寿態度がでかいぞ
中田英寿態度がでかいぞ中田英寿態度がでかいぞ
中田英寿態度がでかいぞ中田英寿態度がでかいぞ
中田英寿態度がでかいぞ中田英寿態度がでかいぞ
中田英寿態度がでかいぞ中田英寿態度がでかいぞ
中田英寿態度がでかいぞ中田英寿態度がでかいぞ
中田英寿態度がでかいぞ中田英寿態度がでかいぞ
中田英寿態度がでかいぞ中田英寿態度がでかいぞ
中田英寿態度がでかいぞ中田英寿態度がでかいぞ
中田英寿態度がでかいぞ中田英寿態度がでかいぞ
中田英寿態度がでかいぞ中田英寿態度がでかいぞ
中田英寿態度がでかいぞ中田英寿態度がでかいぞ
中田英寿態度がでかいぞ中田英寿態度がでかいぞ
中田英寿態度がでかいぞ中田英寿態度がでかいぞ

232 ：名無しゲノムのクローンさん：03/11/18 22:41

233 ：名無しゲノムのクローンさん：03/11/18 22:42

234 ：名無しゲノムのクローンさん：03/11/18 22:42

235 ：名無しゲノムのクローンさん：03/11/18 22:43

236 ：名無しゲノムのクローンさん：03/11/18 22:43

237 ：名無しゲノムのクローンさん：03/11/19 01:16

味連トはくそばっか

238 ：アレイ：03/11/20 20:28

ア～レ～～～！！！

239 ：名無しゲノムのクローンさん：03/12/02 23:09

アジレントは大リストラ実施中みたいね
技術者がぐちってたら、やめちまった

240 ：ｱﾚイ：03/12/02 23:39

ア～レ～～～！！！

241 ：229です：03/12/05 14:00

>230
affymetrix.com
一つのトランスクリプトに対して、例えばヒトGAPDHであれば60か所に
プローブが設計されています。（通常10箇所以上）
一か所だけ狙って、上がった下がったなんて言っているわけではありません。
５’末も、中間くらいも、3'末も、チェックできるようになっています。

242 ：名無しゲノムのクローンさん：03/12/08 23:10

最近志熊が妙に気になり、ジョウホウｷﾎﾞｰﾇ

243 ：名無しゲノムのクローンさん：03/12/08 23:37

>242
気になるって、パノラマ？

244 ：名無しゲノムのクローンさん：03/12/08 23:52

マイクロアレイもGeneChipも、問題はデータが出た後なんだけどね。

245 ：名無しゲノムのクローンさん：03/12/10 00:14

ﾊﾟﾉﾗﾏはすでに使ってますねえ
今年は３セット買った。
マイクロ製品出すつもりなのかな？ってこと　
先週も新規チップ（コンソーシアム）の宣伝ありだった
思案中　ジョウホウｷﾎﾞｰﾇ　＞244

246 ：名無しゲノムのクローンさん：03/12/27 05:04

>>241
それはゴージャスなようでいて実はメーカー側の判断停止という罠では？

247 ：名無しゲノムのクローンさん：03/12/27 10:05

＞５’末も、中間くらいも、3'末も、チェックできるようになっています。

あふぃは　５’あがって、中間さがって、３’さがったって笑い話をよく聞くのだが
これ　ホント？　＞２４１

248 ：ｱﾚイ：03/12/27 16:37

アレーーーーーーーーーーーーー

249 ：あぼーん：あぼーん

あぼーん

250 ：名無しゲノムのクローンさん：04/01/26 01:22

今年からアレイ実験はじめますた。みなさん宜しくです。

251 ：名無しゲノムのクローンさん：04/01/27 00:47

ａｆｆｙって、なんかおかしい。へんだ。

252 ：名無しゲノムのクローンさん：04/01/27 15:53

２５０じゃないけどアレイ初心者です

アレイをやるとたくさん結果が得られて（私の行った条件はとくに変化遺伝子が多く１００を余裕で越えた）、解析方法に困っています。

普通は増加・減少というと何倍を越える辺りで区切るものなのか。
変化のあった遺伝子はどのように系統立てていけば良いのか。

初心者の質問ですみませんがどなたか教えて頂けないでしょうか。

253 ：名無しゲノムのクローンさん：04/01/30 22:58

本当に変化遺伝子？実験のぶれじゃないの？
あんまり差の多すぎるアレイの結果は信用する気にならないけど。

254 ：名無しゲノムのクローンさん：04/01/31 01:41

>>252
スクリーニングとして扱うのが一番だろう。
クラスタリングってこちらの意のままに出来ちゃうし、
その100を余裕で超えた遺伝子群でノザンした上で
モデル立てて個別解析→Publishってのが一番楽じゃない？

255 ：名無しゲノムのクローンさん：04/01/31 02:31

１００個も変動遺伝子あったら、それこそ意のままにモデル立てられそうだな。

256 ：名無しゲノムのクローンさん：04/01/31 02:47

経時変化が大事かな？
100個も動くと、2次的変化もあって困難。
100個が動く前に動いている数個を見つけることが出来る実験は？

257 ：252：04/01/31 15:50

貴重なご意見ありがとうございます。
初めてのアレーデータで１００個くらいは普通に動くものなのかなと思い
どのように考察＆今後の展望を立てていくか迷っていたのですが、
やはり２５４さんのおっしゃるように
モデル立てて個別解析→Publishってのが一番ですか？
そうすると１回のアレーで数個パブシッリュ出来るってことでしょうか？

258 ：名無しゲノムのクローンさん：04/02/01 20:31

＞普通は増加・減少というと何倍を越える辺りで区切るものなのか。
これ、難しいね。お金に余裕があるならＮ数を増やして有為差検定をするって手もあるね。

259 ：ｱﾚイ：04/02/01 23:35

ア～レ～～～！！！

260 ：名無しゲノムのクローンさん：04/02/02 10:56

高価な乱数発生機

261 ：252：04/02/02 11:07

>258さん
お金が無いときは数種の同一条件サンプルを混ぜたもので測定するしか無いですか？
僕はそうやりましたが、どのくらい信用性があるのかがわからなくて。。
実際ノザーンなどで確認しても一致しないことも多かったし・・・。

262 ：(ｱﾚ)イ：04/02/02 20:44

ア～レ～～～！！！

263 ：名無しゲノムのクローンさん：04/02/05 14:03

＞実際ノザーンなどで確認しても一致しないことも多かったし・・・。
確認はRTPCRでやている人が多い気がするぽ

264 ：名無しゲノムのクローンさん：04/02/05 19:40

アレイとノーザンじゃハイブリのkineticsが違うので、
結果が一致しなくても不思議ではない。

265 ：名無しゲノムのクローンさん：04/02/05 22:24

みんなじゃんじゃんアレイ実験やろうよ！！
漏れは1万円／chip 切ったら試しに使ってみる。

266 ：名無しゲノムのクローンさん：04/02/06 10:46

>>264
！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！

どちらの倍率（結果）が正しいと言えるんでしょう？

267 ：名無しゲノムのクローンさん：04/02/12 13:35

素人にはおすすめできない

268 ：名無しゲノムのクローンさん：04/02/13 12:50

玄人になりたい

269 ：名無しゲノムのクローンさん：04/02/13 20:24

>266
どちらも正しい。
つまり見ているものが違う。

270 ：(ｱﾚ)イ：04/02/13 22:49

ア～レ～～～！！！

271 ：名無しゲノムのクローンさん：04/02/14 16:21

アレイはアレゲ以外のなにものでもなさげ (c)/.