バイオインフォマティクスを教えてください 3

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坂村さんてえらいの? なんか業績あったっけ?
946名無しゲノムのクローンさん:02/07/11 01:21
世界が狭いんだから、何しようとしてるかかいただけで
どこの誰かわかっちゃう罠
947Ross Altman:02/07/12 00:13
正月はハワイで過ごしたいみなさま、PSBの投稿準備はいかがですか?
948名無しゲノムのクローンさん:02/07/12 00:23
日本代表のワールドカップは宮城で終わりを迎えた。
フランス・アルゼンチン・ポルトガル、そしてクロアチア・カメルーン・コスタリカなどの強豪が一次リーグ敗退を見せ、いわゆる常連国以外の
チームのレベルがあがっていることが今大会の大きな特徴と言える展開となった。日本代表も一次リーグトップ、無敗で進出。前回大会で中田英寿選手
一人が突出していた様子はうって変わってドリームキャスト。ベルギー戦、ロシア戦でのガッツと実力は素直に感動するしかない見事さだった。
驚異的な進歩であり、歴史的な一ヶ月だった。しかし、だからこそ余計にトルコ戦でのミスの多さに執念の足りなさを感じた。選手も、サポーター
も。まるで11人ゴン中山であるかのような韓国の執念と、怒涛の声援とどうしても比較してしまう。
まぁしかしあくまで序曲の終わりである。過去の栄光にしがみつき、隣国諸国に文化的にも経済的にも次々に抜かれつつある我が国。ITやバイオなど
先端分野では世界から相手にされなくなりつつある我が国。そんな中、特別光るその実力を世界にみせた日本代表に学び、またトルコ戦で敗れた理由を
見つめなおさなければならない。この偉大なステップをさらなる栄光につなげなければならない。それは全ての個人が、意志と執念で繋げなければならない。
夢と勇気を見せてくれた日本代表に応えよう。
さて、ワールドカップそのものはまだまだこれからである。ドイツと韓国頑張れ!4年後にはまた!
949名無しゲノムのクローンさん:02/07/12 11:23
京大化研の寄付部門の講座の助手の人は、かわいいって噂があるけど、本当か?
既婚?
950名無しゲノムのクローンさん:02/07/13 00:13
951名無しゲノムのクローンさん:02/07/13 01:55
>>937

>>934>>936見ていれば、いかに訳知り顔でいい加減なことをはなすやつが
多いか分かるね。東大の情報科学はかなり外部からは受けやすい学科だぞ。
米澤先生はラムダ計算の試験問題を出しつづけたというイメージがあるが?

>>939
それも嘘だね。
952名無しゲノムのクローンさん:02/07/13 02:08
953名無しゲノムのクローンさん:02/07/13 04:29
あのさ、情報科学って「科学」なんて名前を冠するほどのことをしてるとこ
じゃないんだ。ま、それはそれでいい。
だけど、バイオインフォマティクスというからには、せめて研究対象を
ちゃんと勉強してから来てくれ。
あまりにも、対象に目をつぶりすぎるやつが幅をきかせすぎてる。
K先生はその最たるものだ。GenBankの創始者といっているけれど、
いったいなにをしたっていうんだ?たまたまそこにいあわせただけだろ?
それが大した物だ、というのなら、もうそれいじょう言う言葉はない。
954名無しゲノムのクローンさん:02/07/13 08:04
K久先生は理・物理の人でしょ?というつっこみはおいておいて(W
現在、名前のあがる人の多くは理・物理の出身です。
(生物物理も含むと)
G[のぶ]先生、G藤[修]先生、N村[春木]先生、M宅先生などなど。

>>953の言いたい情報科学の科学という言葉が確かに???という
気持ちになるのは理解できる。「別に工学でもいいじゃん」って。
でも、H谷さんの本職というべき分野などは工学ではあまり成立
しないよね。現在大学院では情報理工学系研究科コンピューター科学
専攻と名前を変えたけれども、目指すところは「計算の基礎理論,
計算システム/プログラミングとコンピュータアーキテクチャを
中心とした計算システム分野の教育・研究を行い,次世代情報
科学技術のコンピュータ的側面の基礎を主な研究対象とする. 」
ということにある。だから理・情報を責めるには噛み合わなさ過ぎる。

バイオインフォマティックスに関してはこのスレでガイシュツしまくりの
内容になるが、生物学的に面白いことを抽出する道具(理論や実装)を
作る側と、それを利用して面白いことを言う側に分かれると思われる。
>>953は後者であってこそのバイオインフォだということだと思うけれども、
まだどーなるか分からないような前者の研究も認めてあげて欲しいような、
そんな気がする。

生物物理屋としては後者の研究は正しいが、バイオインフォ屋の研究と
しては後者の態度こそ、多くの現象に共通な抽象化された背景を記号化
するという意味での科学ではなくなるという気がしないでもないがどうでしょう?
955名無しゲノムのクローンさん:02/07/13 10:24
>>954
いわんとしていることは分かります。半分くらいは同意。
でもこれもガイシュツだけど生物学的な現象の多くは
機械的な記号化にはそぐわない、というのが生物屋からの
意見で、研究対象を良く知らなければいくら優れた人が
機械的にゴリゴリやっても時間の無駄、っていうことなの
ではないか?
953さんのいう「対象に目をつぶりすぎている」というのも、
結局のところ不完全な記号化のことだと思う。記号化する時の
プロセスそのものに無頓着すぎることが、反発を買っている。
わたしゃ、アルゴリズムやだから、アルゴリズムの高速化にはきょーみあるが、それで何を出すかなんてのにはきょーみないな。
極端な話だが。
別にいいじゃん、それで。
みんなが同じ興味しかもってなかったらそれはそれでおかしいよ。
957名無しゲノムのクローンさん:02/07/13 11:08
別にそれはそれでいいと思うよ。
しかし、高速化によって本来の目的から外れてしまうようなら
そのアルゴリズムはまったく意味をなさない。研究も同じ、と言うこと。
「バイオインフォマティクス」を歌って多額の予算を取るようなことを
するなら、本来の目的と大幅に違った方向に向かうべきじゃない。
958名無しゲノムのクローンさん:02/07/13 11:09
>>956
おれもそれでいいと思うけど、そう言う人は生物板ではなく、
情報システム板とか行くべきだと思う。
959名無しゲノムのクローンさん:02/07/13 12:07
つまりあれだろ、
生物屋が「こんなツール欲しい」と思った時に
頼めるプログラマが「バイオインフォマティシャン」だろ?
>959
御意。
でもほんとそうなんだよな。
情報屋としては、「そんなん自分でやれよ」ってつい内心思ってしまうことを頼まれてはらたつ。
まぁ、こっちも、こーゆーデータだせよ、って向こうがおもしろくなさげなことをやらせるから(でデータもらっても、あまり感謝しないし)、お互い様なんだけどね。
情報には情報の評価の尺度、ってのがあって、それに満たないような論文はクソ。
生物の方でも、そっちの評価の尺度ってのがあって、それに満たない論文はクソ。
問題は、どっちつかずで、どちらの尺度でもクソな論文が多いつうことだな。
かといって、バイオインフォマティクスの尺度、なんてのは存在しないし、あっても人によってまちまちだからつかえない。

ほんとISMBの査読とか(査読しても査読されても)いらいらするよ。評価基準があいまいすぎ。
962959:02/07/13 12:55
情報屋は生物屋に「(プログラムを)作ってやってる」って意識があって
生物屋は情報屋を「(生物に関する)知識のないヤツ」って意識があったら
そりゃうまくいかんよな。

ちなみに俺、情報側な。
963名無しゲノムのクローンさん:02/07/13 12:57
ただコンピュータつかってるだけで「バイオインフォマティクス」としてでかい研究予算とってるのは
ゆるせないな。ふつうで「バイオ」として申請しなされ。

って意見とかも>957の意見とかもあるかとは思うが、
とかなんとか足のひっぱりあい、ってアフォとしかいいようがない。

ちゃんとアフォ同士結託して、この分野をもっと大きくしないとこの分野にお金がおりなくなるYO!
片方のアフォだけでお金を取れる分野じゃないよ。この分野はやっぱり。

まぁ、おえらがたの皆さんはちゃんとわかっていて、なぁなぁでちゃんと予算とってきますが。
964名無しゲノムのクローンさん:02/07/13 15:22
ただ「バイオ」とついているだけで「バイオインフォマティクス」としてでかい研究予算とってるのは
ゆるせないな。ふつうで「情報」として申請しなされ。
965名無しゲノムのクローンさん:02/07/13 17:20
バイオインフォをただのツールとしてしか理解できない生物屋には、
もういい加減うんざりだ。
近い将来には、シミュレーションを上手く活用すれば
ウェットの実験なんてほとんどしなくても研究できるようになるのに。
966名無しゲノムのクローンさん:02/07/13 18:07
>965
本気でそう思ってるんだったら生物を知らなさ過ぎ。
計算科学を上手く活用すれば、確かに見当違いの実験は減るだろうけれども、
実験科学である以上シミュレーションでいくら斬新な仮説が立てられても
検証はウェットでするしかないとおもうわけ。
それともE-Cellでも使いますか?
967名無しゲノムのクローンさん:02/07/13 18:38
例えばタンパク質の立体構造予測に関しては、今のところ
分子シミュレーションより素直にBLASTする方が精度高いわけやしね(笑
シミュレーション屋さんはもっと頑張ってくれんと。

>>966
そうそう、シミュレーションは見当違いな実験を減らすためだけのものやからね。
あ、あと見て楽しむのと(笑
968ギャルギャル集合:02/07/13 18:43
男性にはまだ余り知られて
ませんので逆アポ率も激増
H好きな女子中高生が待ってます
(i/j/eza対応)

H必ず出来る何度も挑戦
中高生感度良好
ロリ−タ好き

http://go.iclub.to/yewssio/
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ヌキヌキ部屋へ直行

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969名無しゲノムのクローンさん:02/07/13 18:58
金久=ジェんバンクの立ち上げに居合わせただけ、っていうけど、
居合わせたのも才能ではありませんか?
本題からはそれるけど、京大の本庶先生も、NIHの研究室にたまたま行ってただけではないですか?
ていうか、東大理学部情報科学って、実際のところどうなの?
バイオインフォマティクスで、いくところではないとは思うが?
>>967
また、お前の知識(書き方)も中途半端だな。
BLASTだけで構造予測できるかよ。
大体BLASTでホモロジーの高いものが引っかかってきて、
それを基にモデリングするのは予測とは言わんぞ。
そんなものは、単なるホモロジーモデリングだ。

それに、全てのタンパク質の構造を実験的に決めるのは無理だろ。
これからはモデリングとシミュレーションの割合がずっと増えるんだよ。
ホモロジーモデリングも立派な構造予測だと思うが・・・。
972名無しゲノムのクローンさん:02/07/13 22:22
>>970
前半部分は、割と当然のことだと思ったから書かなかっただけなんだけど。
(確かに漏れは中途半端な知識だけど、そんな漏れでも知ってる事だよ)
そこまでキッチリ説明しないと分からない人は、ここにはあまり居ないでしょ?

シミュレーションの精度がこれだけ悪いと参考にしかならず、
結局はウェットな実験でしか確証が得られないわけじゃない。

そのうちに「家庭用PCでもペタフロップ」な時代が来たとすれば
シミュレーションも速度だけでなく精度だって上がっていくと思うけど、、、


「例えば地球シミュレータの天気予報って、どれぐらいの確率で当たるんですか?」
>>970
実験的に無理だからといって、simulationでごまかしていいという
理屈にはならないだろ。精度が低いと分かっているごみデータを
量産するのが科学か?simulationの精度に関しては、計算機の速度
があがったって解決はしない。
タンパク3000が完成したらモデリングの割合は増えるだろうけど
ね。
情報科学、でシミュレーションしか思いつかんようなDQNはいってよし。
ていうか、シミュレーションて情報科学じゃないし。
それを実現するのに必要なアルゴリズムの開発は情報科学である可能性はあるけど。
976970:02/07/14 00:10
まだ、気付かないのか?
注意深く探してみろ。
977972:02/07/14 00:19
あー恥ずかしいwww
965の時点はマジだったけど急遽970からネタにしたんだろ?
979970:02/07/14 00:41
どうでも好きなように解釈してくれ。2chなんだから(w
議論しても答えの出るわけのない議論をしている文系みたいな連中のカキコばっかりなスレっていうのはここですか?
それが2chでしょ(W
新しい要素に対して後ろ向きの意見しか出せない頭の固い連中か
夢ばかり見て現実を考えられてない子供みたいな連中ばかりです

あと句読点をまともに使えない連中と(笑
983名無しゲノムのクローンさん:02/07/14 19:15
おまえら、NIHでも見学して、BLASTの筆頭著者にあってこい。
日本人とはスケールが違うぞ。
アルツシュール、態度わるすぎ。
かんじわるい。
そろそろ次スレだな
>>983
ウルサイ!
俺は固さで勝負なんじゃ!

987名無しゲノムのクローンさん:02/07/14 23:25
こうやって叩きあっているうちにブレークスルーがうまれるというものさ
988名無しゲノムのクローンさん:02/07/14 23:40
イヒ!!
次スレ>>

バイオインフォマティクスを教えてください 4
http://science.2ch.net/test/read.cgi/life/1026659511/
次もやるの?
もうやめるの?
992名無しゲノムのクローンさん:02/07/15 02:24
>>983
コーラ好きの兄ちゃんですね。
そんなに態度悪かったかなぁ。
993名無しゲノムのクローンさん:02/07/15 17:35
態度悪いって、どこでみたの?
アルツシュールは某学会であいました。まぁ、本人ともしゃべったけど、まぁ、もう過去の人だね。
もちろん、昔はすごい論文いっぱいかいたんだけど。
自分の興味ない発表は露骨によそを向いてる(自分がチェアなんだぞ、おめー)

同系統の研究者でいうと、ウォーターマンさんとかガスフィールドとかもいるけどすっごく気さくなおじさん。
しゃべってもなかなかよろしくてよ。