◆MAPK pathway◆

様々な生物にあってしかも一つの細胞にいくつも
異なる応答に関与するpathwayがあるにもかかわらず
上手く制御されているのはどうしてですか？

厨房にも分かるように教えて下さい。

私もかねがね不思議に思っています。
私は学部二年ですが、リン酸カスケードってどうしてあんなにあるのに
こんがらがったりしないの？？
誰か情報伝達を研究されている方、教えてください。。

私もかねがね不思議に思っています。

教えてください。

俺にも教えてくれ。

教えてクレー。

http://www.biocreations.com/animations/_portfolio/MAPK.html

これがお薦めじゃｗ

>>7
おもろい♪笑った。

つうか、細胞内シグナル伝達の研究の９８％がデマだと思う。特にセルライン
に細胞内蛋白のほとんどそれになっちゃうくらいオーバーエクスプレスさせて
実験してるやつはほとんど嘘。生理条件を完全無視しとる。

ところでみなさんの好きなリン酸化カスケードは何ですか？

私はATM/AKR→chk→cdc25→cdc2→いろいろ
とか、TGFβ→Smad
が好きです。
Wnt経路も好きです。
発生とか細胞周期が好きなんです。

リン酸化カスケードがたくさんあるのにうまいこといく理由は
おそらくそのキナーゼやフォスファターゼの立体構造に
鍵があるのではないでしょうか？

1さんや2さんへの答えにはなりませんが
Cdk2が不活性化状態から活性化状態へと移行する際の
立体構造の変化についての研究はかなりおもしろいです。
“The Molecular Basis of Cell Cycle and Growth Control”
という本に書いてありました。

＞１０
僕は
円楽＞トンペイ＞うたまる＞円楽＞山だたかお＞きくぞう
カスケードがいい。

>>9
　激しく同意なんだが、生理的条件に拘った地道な細胞生理の研究より
そういう研究の方が論文通りやすいんだよな。

おーいヤマダ君、11の座布団全部とってくれい！

むひゃひゃ。このスレ、おもろ過ぎ。
根底となるような問題を表に出している。

基本的に、生化学での解糖系のフォーマットの踏襲でしょう。
しかし、遺伝子云々ということで、細胞外のシグナルから転写までを
つなげる概念としては、有効だし、ほとんど唯一でしょう。
（例外は、ステロイド系のレセプターぐらいか）

生理条件にこだわるのであれば、少ししゃれた系をつくれば、
それなりに面白いかと思うけど。ほとんど、眼にしないね。
したとしても、MAPK系の活性化とかいって、面白くなくなるし。

なんか最近何を持ってMAPKファミリーといってるのかわからん。橋田寿賀子
ファミリーみたいに分かりやすけりゃいいけど、ある新種のキナーぜ見つけ
たら、発見者がMAPKファミリーだ！と思えば、そうだし、そうじゃなきゃ、
違う名前がついてくるってだけでしょう。そもそも最近MAPKっていわれテル
モのも純粋にmitogenに関するだけじゃないわけでしょ？もうMAPKファミリー
はいらないよ。俺、きらい。

>12
そう思う方、昆虫の分野はいかがでしょう？
脚光を浴びることはなくとも、地道に安心して
研究できます。
合い言葉は
「それって生理的条件にそってる？」
「生理的濃度じゃないでしょ？」

最近はDrosophilaの論文でも、眼や翅にoverexpressさせて解析してる
のが多いので、生理的条件を無視してる傾向が強くなってるように思い
ますが。

>>15

10年以上前からMAPKに関わってきた専門家としてコメントすると。。

MAPKファミリーとして確立しているのはERK、JNK、p38の３つです。
１）ThrとTyrの両方のリン酸化によって活性化する。
２）MAPKKK→MAPKK→MAPKの３つが同定されている。
ことが条件になります。
その他は１次構造上のhomologyが認められるだけで、MAPKファミリーとは
言えないと思います。superfamilyという表現がありますが、適切かどうか
微妙だと思います。

mitogen-activated protein kinaseという名前は歴史的経緯から「やむを
得ず」確立してしまったところがあります。80年代後半に発見された時は
MAP2 (microtuble-associated protein 2) kinaseと呼ばれていたのですが、
それではあたかもMAP2だけを生理的基質にする「つまらない」kinaseとみなされる
可能性があったので、MAP2の2を取ってMAPという略称が先にあり、それに合わせるためにmitogenを使うことになった訳です。

>18
いるんですよ。昔からMAPKやってるっていうひと。ERK, JNK, p38とかいうけど、
その中にも色々出てくるでしょう？ERKなんて１やら２やら５やらと。んでもって、
上のほう行くとASK1とかTAKとかとかそんなのまでみんなMAPKKKKKKKKKKKKKKKKKみたいに
Kつけまくってるんだよね。だいたい昔からN田研とかでやってる人は物事みんなMAPK
にしすぎ。絶対怪しい。違う名前でもいいジャン。N田さんは認めるけど、その下にくっ
ついてる信者はいただけないやつが多い。

>>9

> つうか、細胞内シグナル伝達の研究の９８％がデマだと思う。特にセルライン
> に細胞内蛋白のほとんどそれになっちゃうくらいオーバーエクスプレスさせて
> 実験してるやつはほとんど嘘。生理条件を完全無視しとる。

98%という数字の根拠は不明ですが、ちょっとオーバーでしょう。
細胞内シグナル伝達の研究者にとって最も重要なのは、「デマ」かどうかを嗅ぎ分ける嗅覚だと
思います。他のモデル生物の遺伝学的知見と噛み合うか、そのデータの再現性はあるか（論文発表
したラボ内でも再現不能という噂が入ってくることもある）なども参考になります。
細胞内だけでなく、人間の間のシグナル伝達にも通じてないと、生き残れない世界ですね。

セルラインでの実験は、個体を扱う発生屋さんから見れば、セルラインにした時点で生理的条件にある細胞
とはみなされないそうです。

基本的に、overexpressionによって得られたデータそのものは嘘ではないので（解釈に間違いがある
可能性はあるけど）、それを参考にして、より生理的な実験系を考えていけばいいと思います。

>20
解釈の間違いとそれをかぎ分ける嗅覚が大事という意見に
激しく同意します。
実験生物学者としてありがちなことは、解釈を「より論文
をとおりやすくする」「修論博論をまとめやすくするように
柔軟に解釈する」ことが横行し、あとで統一的な全体の流れを
みるとどんどん矛盾がたまってくるようなことが多いとおもいま
す。

>>19

> いるんですよ。昔からMAPKやってるっていうひと。

うーん、本質的でないところに噛み付かれても困るんだけど。MAPKが無名のころからやってる日本人は
10人もいないはずです。当方シグナルの一流研究室では知名度がありますが、2chの方々に認められたい
とは思ってませんので。


> その中にも色々出てくるでしょう？ERKなんて１やら２やら５やらと。

ERK1とERK2はisoform、ERK5は別のpathwayを構成します。ERK3とERK4はMAPK pathwayには入りません。
JNKとp38は-1,-2,-3とかalpha, betaなどありますが全てisoformです。


> 上のほう行くとASK1とかTAKとかとかそんなのまでみんなMAPKKKKKKKKKKKKKKKKKみたいに
> Kつけまくってるんだよね。

MAPKKKまでが最高です。たまにSte20/PAKあたりをMAPKKKKとしている総説を見かけますが、これらが本当に
MAPKKKをdirectにリン酸化して活性化するという明確なデータはありません。最近のTRAF6のK63を介した
ユビキチン化によるTAK1の活性化の論文はMAPKKKの活性化機構を考える上で非常に面白いと思います。


>だいたい昔からN田研とかでやってる人は物事みんなMAPKにしすぎ。絶対怪しい。違う名前でもいいジャン。

昔からN田研にいたメンバーで、今でもMAPKを研究してるのは、G籐先生を入れても２人しかいません。
何かN田研に恨みでもあるのかな。

>>2

> 私は学部二年ですが、リン酸カスケードってどうしてあんなにあるのに
> こんがらがったりしないの？？

１つのモデルとしてscaffolding蛋白質の存在があげられます。
特定のMAPK pathwayに属するMAPK、MAPKK、MAPKKK全てに結合することにより、そこを足場として
リン酸化カスケードが「こんがらがらない」ように進行する、という考えです。
PMID: 11818078
が最近の総説としてお勧めです。

あと、少し話がずれるかも知れませんが、MAPKKとMAPKは単に酵素と基質として相互作用するだけでなく、別の部位で
dockingすることが知られています。このdockingが細胞内での効率的な反応を促進し、さらには「こんがらがる」
のを防いでいる可能性もあります。MAPKKのN末端にある塩基性アミノ酸のクラスターとMAPKの酸性アミノ酸の
クラスターがdockingする訳ですが、あの炭疽菌の毒素はMAPKKのこのN末端を切断することで毒性を発揮します。

初心者なので、くだらない質問かもしれませんがよろしくお願いします。

MAP経路を活性化させる大元の原因はなんですか。
また、p38の役割はなんですか??

>19
>N田さんは認めるけど、その下にくっついてる信者はいただけないやつが多い。

そうは言うけど、N田研出身者の有名研究室への就職率はすごい。
助手だと灯台医、鏡台医、KO医、灯台分生研（A山さん）、名大理（M本さん）など、、、
N田さんの力も確かだけど、学生の優秀さも確か（その生意気さが反感を買ってるようだが）。
T市、Y田先生が退官寸前なので、生命科学研究科ではダントツで入るのが難しいそうな。

MAPKごときに魅力を感じるようでは
京大生も落ちたものじゃ。
おわりだね。

>26

分かってないなー。
京大生を甘くみてるようだが、MAPKに魅力を感じているからN田研に
人気がある訳ではないのだよ。（ちなみに自分は京大生ではありません）


今後はこのスレの主旨にそって、初心者にもわかりやすいよう、MAPK pathwayや
その他のリン酸化カスケードについての学術的な議論の場にしませんか。

>>27さんに同意。

＞＞２３
ありがとうございます。２のものです。
２３さんがおっしゃる話では、それはリン酸カスケードには常に
シャペロンみたいなのがついて回っていて、
そのためにこんがらがることなくリン酸化のシグナルが伝わるということで
解釈してもよいのでしょうか？？

あと、炭素菌の毒性とうのもは、ＭＡＰＫとドッキングすることで制御されている、
換言するならばＭＡＰＫに解毒作用のようなものがあるのでしょうか？？

「こんがらがる」の定義にもよるが、一過的には合目的的でないように
思える反応も起こっているみたいです。どこかに神様がいて、この経路
はこの反応、あの経路はあの反応という風にデザインした訳ではないの
で当然といえば当然ですが、全体としてまったりとふさわしい反応が起
こる、ってのが実情のようです。

だからMAPKはいいから、スズキ胸尾さんのこと教えてよ。あれだって、
魅力的なカスケードだと思うよ。
旨尾＞砂糖（主任分析感）＞旨尾（活性化型）ぐおらーーー＞シゲイ
絵＞小町＞田仲牧子＞小町＞しげいえ＞旨尾＞。。。。

たびたびすみません。
どうしても、スズキ旨尾あたりのシグナルカスケード知りたい。
わかりやすく、お願いします。

>>30さん。その一過的に起こっている反応について
解説しているpaperか本があれば教えてください。

>>29

> それはリン酸カスケードには常に
> シャペロンみたいなのがついて回っていて、
> そのためにこんがらがることなくリン酸化のシグナルが伝わるということで
> 解釈してもよいのでしょうか？？

シャペロンという言葉は適切でないです。シャペロンとはタンパク質の正しいfoldingを
助ける分子のことです。scaffolding蛋白質は複数のキナーゼと結合し、そのリン酸化反応の
「足場」となる分子のことです。

また、リン酸化カスケードに常にscaffolding蛋白質があるかどうかは疑問だと思います。
酵母でSte5というSte11 (MAPKKK), Ste7 (MAPKK), Fus3/Kss1 (MAPK)全てと結合する
分子が同定されていて、遺伝学的にもSte5が他のMAPK pathwayと「こんがらがる」のを
防いでいることが明らかになっています。哺乳類にも幾つかscaffolding蛋白質の報告がありますが、
本当に「こんがらがる」のを防いでいるかどうかは、遺伝学が困難な系ですので証明はされていないと
思います。

> あと、炭素菌の毒性とうのもは、ＭＡＰＫとドッキングすることで制御されている、
> 換言するならばＭＡＰＫに解毒作用のようなものがあるのでしょうか？？

いえ、通常のMAPK pathwayの活性化において、MAPKKのN末端とMAPKのdockingが効率的な
MAPKの活性化に重要だと考えられています。
炭疽菌のlethal factorはMAPKKのN末端を除去してしまうので、MAPKとdockingできなくなり、
従って、正常なMAPKの活性化が起こらなくなると考えられます。MAPKの生理的重要性を考えれば、
MAPKがちゃんと活性化できなくなった場合、致死的になるのは容易に想像できると思います。

>>30
> 「こんがらがる」の定義にもよるが、一過的には合目的的でないように
> 思える反応も起こっているみたいです。

私もその例についての論文に興味があります。是非教えて下さい。

少しずれた話になるかも知れませんが、MEKKというMAPKKKの同定の論文は
cell lineにoverexpressさせた実験系での解釈の誤りにより、不適切な
名前がついた例です。当初はMEK→ERK1,2の上流にいるのではないかという
ことでMEKK (MEK kinase)と命名された訳ですが、その後の解析により、
MKK4→JNK or p38の上流にいることが分かりました。MEKKをoverexpress
させてしまうと生理的基質でないMEKもリン酸化、活性化するようです。

やはりoverexpressionの実験系には注意が必要ですね。

リン酸カスケードって例えばMAPKKKにリン酸化されて
活性化したMAPKKはその受け取ったリン酸をMAPKに
渡すんですか？

もし違うとしたら不活性化はどのように起こるのですか？

ここの話はさっぱりわからん。
細胞内シグナルの論文ってバンドばかりで、よくわからない。
っていうか、バンドばかりのfigureって再現性あるの？詳しいひと教えてヨ。

>>36
例えば MAPK の場合は、特異的なホスファターゼが存在して、
リン酸化されたMAPKを脱リン酸化することによって不活性化します。
MAPKKKとかMAPKKの場合はどうだか、私は知りません。
ホスファターゼがあるのかもしれないし、なにか阻害因子が結合するのかも
しれないし、キナーゼが分解されるのかもしれない。誰かおしえて〜

＞３７
同感。バンドより、やっぱコンフォーカルのカラフル写真がいいよな
あ！表紙にもなりうるし。

APPの細胞室ドメインにくっつくJIP-1はどうよ？
またあのラボからだが。

バンドが表紙になった雑誌きぼん

>>39

> 同感。バンドより、やっぱコンフォーカルのカラフル写真がいいよな
> あ！

再現性に関しては、バンドの方があります（バンドにも色々あるけど）。
免疫染色の写真とかだと、都合のいい視野をデータにする傾向があるので、
疑惑のデータが存在しますね。特にコンフォーカルはRGBそれぞれを
Photoshopでいじれるし。

>>30さん、そうおっしゃる根拠を教えて下さい。

シグナル伝達経路がこんがらがらない（？）理由って
簡単に言ったらタンパク質(酵素)の基質特異性でしょ。

そんなに単純じゃないでしょ。
Ａ酵素はＢとＣを基質とする。ＢとＣはそれぞれ異なる
刺激に対するcellular responseの経路にあるタンパク質。
Ａ酵素は刺激によって基質とする相手をＢとＣ区別している
ことになる。ではこのメカニズムは？ってことだから。

WNTもえー。

新発見！！MAPKの概念を根底から覆します！！
１年後くらいのCNSをお楽しみに！！

N田研からJBCに出たMLTKってあれなに？

a novel MAP kinase kinase kinaseですがなにか？

MLK、ZAKとどう違うの？

そんなもん自分で勉強しなさい。

このスレは厨房にも分かるように説明する
優しいスレを目指しているのでそう言わずに
教えてあげて下さい。

MLTKまで初心者が分かろうとしたら頭の中がこんがらがるので、
やめといた方がいいです。
シグナル伝達に詳しい人なら、多数のMAPKKKの中での特徴を知るには
やはり原著論文をよく読むべきです。

そこを分かるように説明できるのが本当にデキる奴だと思われ

原著は見たんだよ。
でも、MLTKとZAK,MLKって同じタンパクじゃん。

ということはMpk1/Slt2と同じ意味ってことだろーよ。

>>55
おいおい、ほんとに原著を読んだのかい？

ということは全く違うものってことだろーよ。

>>31
> だからMAPKはいいから、スズキ胸尾さんのこと教えてよ。あれだって、
> 魅力的なカスケードだと思うよ。

では、MAPKとスズキ胸尾のクロストークについて。

「北方領土不要論」という禁句のために自己分解した胸尾だが、それを言わせた
当時欧亜局参事官（現経済協力局長）は、MAPKのN田先生のお兄さんです。

on lineで入手可能な原著論文でおすすめは何ですか？

すこし横レス気味で申し訳ないですが。
フォスファターゼについて質問させてください。
ある細胞にオカダ酸を作用させて、フォスファターゼがその現象に関与して
いることまで証明できたと仮定してください。そこから具体的にどの分子が
その活性を担っているのかを知りたいのですが、どのようなアプローチが
考えられるでしょうか？培養系での話ですので、自由度はかなり広く、いか
なる方法でも考慮したいのですが・・・
よろしくお願いいたします。

MLTKとZAK,MLKは全く相同です。
それをnovel MAPKKKと呼べるのかよ。
違いをわかるように教えてくれよ。

>>62
くどいね。
何をそんなにこだわってるんだ。
違いをいくら説明しても、「その程度でnovelと言えるか」
と文句を言われるに決まってるんだから、誰も教えてくれないよ。
N田さんに直接聞いてみたら。

説明できないなら答えなくていいよ。
わからないんだろ、あんたも。
なんで同じタンパクが別の名前でのってるのかと。

ZAKを見つけたチームにいたんだよ。

>>64
> ZAKを見つけたチームにいたんだよ。

そんなことだろうと思ってたよ。君、台湾人？
BBRCのcloning paperなんて、MAPKの世界では吹き飛ぶということだよ。
ZAKなんて名前は絶対残らないよ。御愁傷さま。

MAPKの世界では同一分子に複数の名前がつくのは日常茶飯事。
現在p38に収束している分子に、一時は何種の名前がついてたか知ってる？

そう言えば、p38のScienceでの発表とほぼ同時期にNature Articleでも
別の名前で載ってたなあ。今では忘れられた名前。
それに比べれば、MLTKとZAkなんて、目クソ耳クソ。

だってだれもMLTKっていてないじゃん。

君がいまMLTKっていってる（書いてる）じゃないか。
僕も今いったけど。
少なくとも計２人。

c-fosやc-junを基質とするMAPKの名前、どなたか知りません？
できれば、ソース（論文）も添えて。
ERK1/2かな？

>69
CSLのカタログ見れ

訂正
c-fosを基質とするMAPKの名前に。
c-junはいいっす。お恥ずかしい・・

>>63
オイオイ、同じタンパク質に違う名前が付いてるのに、違いがあるはず無かろ
う。65で慌ててフォローしたって遅いぞ。

CKII

>>47　CNSの概念を根底からひっくり返さないようにな。

シャア専用ZAKとかないの?

赤いのか？

>>72
では簡単に。
文句ばっかり言ってないで、少しは勉強してくれよ。

MLTKにはalphaとbetaがあって、片方がZAKと同一。
alphaとbetaの機能の違いはJBCを読んでくれ。
MLKsとはhomologyが他のMAPKKKより高いという程度で、同一ではない。

もうMLTKの話は終了にしょうよ。
今のところ、そんなに重要な分子とは思われてないんだから。

点変移のせいで、活性が150%ー200%
ただし安定性は悪い?

MAPKKじゃなくて、MAPK自体のconstitutive active mutantってデザインできる
んでしょうか？

>>79酵素だから簡単だよ。でもLethalになる。

あれ？そうなんですか？例えばどの残基をどう変えれば活性化するんで
しょうか？MAPKKなら被リン酸化部位を酸性アミノ酸に置換しますよね。
さらに、なぜ例えばERK2の活性化型でlethalになるんですか？

４８からのやりとりは
実は専門にしてる奴が厨をよそおった質問をしたのが悪いのか。
その質問にこのスレの趣旨を分かってない奴が
適切とはおもえないレスをしたのが悪いのか。

>>68=71
は勉強足りなくない？学部生かい？
要するにc-fosのexpressionをregulateするMap Kinaseは何か聞きたいんで
しょ？それはERK1/2でよし。ERK1/2がEts-binding proteinの何かと結合して、
そいつをリン酸化して、リン酸化されたそいつが何やら転写因子を掻き集めてc-fosをactivateする。そのEts-binding proteinの候補がElk-1,Sap1a,
Sap2/ERP/Net。この辺のスペシフィシティーはいまいちわかってないけど、多分Elk-1がメイン。

この系統の話に強いのはトレースマンとかシャーロックとかかね。
(スペルくらいは自分で調べてね）

>>79,80,81
ERK1/2のconstitutive active formは今のところ存在してないと思う。
代用としてERK2-MEK1 fusion がある。論文はCobbとかで検索してみて。

久々マジレスしたぞ（藁

>>83
僕の知識と少し違うので以下に記します。転写の方はあまり専門でないので、
僕の方が間違ってるかも知れません。

c-fosのpromoter上にはSRE (serum response element)があって、そこにERK1/2
によってリン酸化されたEts-domain（bindingではないと思う） proteinである
Elk-1などとSRF (serum response factor)が複合体を形成して結合する。
その結果c-Fosが発現する。

> この系統の話に強いのはトレースマンとかシャーロックとかかね。
> (スペルくらいは自分で調べてね）

この分野でpriorityがあるのはやはりR. Treismanでしょう。少し古いですが、
Curr Opin Cell Biol. 1996 Apr;8(2):205-15.
が総説としてお勧めです。

> ERK1/2のconstitutive active formは今のところ存在してないと思う。
> 代用としてERK2-MEK1 fusion がある。論文はCobbとかで検索してみて。

ERK2-MEK1 fusionでconstitutive activeにしているのは西田研の方だと思います。
Biochim Biophys Acta. 1999 Sep 21;1451(2-3):334-42.
PMID: 10556587

M. H. Cobbの方はE. coliに2-plasmid bacterial expressionでactive MEK1とERK1を
共発現させることで活性型のMAPKを得ています。
J Biol Chem. 1997 Apr 25;272(17):11057-62.
PMID: 9110999

を参考にして下さい。

>>84
よう知っとるやん。
もっと正確にいうとElk-1にはDNA binding domainとSRF binding domainと
Activation domainがある。だからElk-1は直接c-fosのpromoterにつくよ。
c-fosのSREのちょっと上流にEts-binding siteがある（Ets domainは
タンパク側だった、鬱）。で、SRFとコンプレックスをつくって転写活性化する
からElk-1,Sap1a,Sap2/ERP/NetはTCFs(Ternary complex factors)と呼ばれる。

>ERK2-MEK1 fusionでconstitutive activeにしているのは西田研の方だと思います。
Biochim Biophys Acta. 1999 Sep 21;1451(2-3):334-42.
PMID: 10556587

それだったらCobb方が早いよ。Cobbの肩持ってもしょーがないけどさ。
Robinson MJ, Stippec SA, Goldsmith E, White MA, Cobb MH. Related Articles
A constitutively active and nuclear form of the MAP kinase ERK2 is sufficient for neurite outgrowth and cell transformation.
Curr Biol. 1998 Oct 22;8(21):1141-50.
PMID: 9799732

83-85の中で誰が一番IFの高い論文をもってるでしょうか？
自分の論文紹介したらすごいよな

>>86
まあ待ってな。今にオレが出すから。
そのネタ書きたくて仕方ないんだけど、
ここで書いたらアウチだからな（藁。

>>87
おっ！Cell級ですか？それともNature級？

>>88
君はこんなとこで人を茶化してないで、
勉強してウンチク語れるようになって下さい。

cnsには届かんと思うが、その下くらいには出せるだろう。

89の言う通り。このスレはウンチク語れる奴が
厨房に分かりやすく説明するスレ。

ただし、ここまで見る限りやや難易度高め。

>>84
>M. H. Cobbの方はE. coliに2-plasmid bacterial expressionでactive MEK1とERK1を
共発現させることで活性型のMAPKを得ています。
J Biol Chem. 1997 Apr 25;272(17):11057-62.
PMID: 9110999

これが今市販されてるActivated MAPKってやつだね。

>>89
っていうか、ここに大層書き込んでいるあなたも、そうとう暇では？
CNSの一つ下ってことはモルセルあたりですか？
あまり人をばかにしないほうがいいかも。

>>92
ばかだね君は。>>85は昼飯食い終わって食後のコーヒーでマターリしながら
書いてたの。いま培養終わって次にとりかかるとこ。意味分かるよね？

君は横で先輩がサイエンスの話してるのを盗み聞きして、自分の糧にしない
の？「先輩はセル何報持ってるんですか？」とか聞いて話を中断させるのが
趣味なの？
大学何年生か知らんけど、もっと表面的には謙虚にならんと損するよ。
ま、俺は御希望に答えてもう一切MAPKの話はしないけどね。

>>93さま、

84の者です。ついでに20, 23, 34, 35, 53も私の書き込みです。
専門の方による真面目な書き込みが少ないので、そう言わずにこのスレを無視しないで下さい。
初めてまともな議論ができて嬉しく思っていますので。

>93
藁。お前こそ大学院の何年だよ。
もうこの板に来るんじゃねえ。

あのー、MAPK pathwayを中心としたシグナル伝達に関する文献は極めて
多く、全てをフォローするのは大変だと思います。特に他のシグナルとの
クロストークとなると、相当な知識と理解が必要になります。

このスレを有益な情報交換の場とするべく、最低限の礼儀ある文章で議論
するようにしませんか。「タンパク質の精製」なみの優良スレを目指しましょう。

皆様のご協力をお願いします。

>>96がいいこと言った！！

俺も協力します！！

今度修士になる者ですがまずこれ読むといいよというのが
あれば教えてください。よろしくです。

かなり若い方なので、日本語総説がいいと思います。
１）生化学 66, 232-243 (1994)
　歴史的経緯を踏まえて分かりやすく西田先生自身が執筆しています。
２）細胞工学 13 (6), 1994
　JNK, p38が発見される前までの総説として適しています。
３）実験医学 14 (19), 1996
　JNK, p38が登場してます。名前が混乱してるので正確に覚える必要は
　ないと思います。
４）実験医学 17 (2), 1999
　比較的新しい総説としてお勧めです。少し難しいかも知れません。

図書館には全てあると思います。
１）は読んだ方がいいと思います。あとは手に取って読むかどうか判断したら
いいでしょう。

多くの（というか殆どの）抗体メーカーが
anti-active ERK Ab
anti-active JNK Ab
anti-active p38 Ab

を販売していますが、どこのメーカーのが優れていると思いますか？
ERKについては、Sigmaのmouse monoclonal Abがいいように思うのですが。
Western, 免疫染色等でのデータを得ている方がいたら教えて下さい。

>>99さん。ありがとうございます。
早速、図書館に探しに行ってきます。

>>100
ERKはCELLSIGNALのが良いです。
p38は何処のが良いか是非教えてください。

細胞系でp38 pathwayをアクチベートさせるのに
どんな刺激をどんな条件で与えてますか？
UVとかHypoxiaとか試したひといますか？

HYPOXIAは難しいです。
LPS、オカダ酸、アニソマイシン
が良いと思います。

hypoxiaは再現性が･･･。

>>104
ナチュラルインデューサーってのがあまりないですよね。
個体を使ってヴィヴォの現象を反影させるような実験系が組めると
いい雑誌に持ってけるのですけどね。
例えばWound healingなんかはどんな感じなんでしょうかね。
ERK1/2系が動くのは当然として、JUNK、p38も動いてるように
思えますけど。

というか、なんか厨房向けじゃなくなってきたような（笑

>>90, 107さんおっしゃる通りです。
厨房の漏れには敷居が高い。

どの辺を難しいと感じるの?
書いてある内容は、初歩的じゃないかもしれないけど、基礎的だよ。
わからないところを分解して聞いてみよう。

IL-1、TNFによるp38を活性化するのに最適な細胞を教えて下さい。

>110
質問が間違ってます。
「かくかくしかじかの細胞現象が知りたいので、どの細胞株が一番生命現象に近いか教えてください」とするべき。
そうでなければ、それは「生化学の、生化学者による、生化学者のための」遊びに過ぎません。

>>111
残念ながら間違っていません。
あなたにはわからないかも知れないが、そういう現象を自らの手（系）
で再現しないといけないひともいる。
生命現象を追うという事は重要ではあるが、それがすべてではない。
ということを知っておくべきだ。
私に言わせればあなたこそ
『アカデミアの、アカデミアによる、アカデミアのための』遊びに過ぎません。

ほほう、生化学者はアカデミアにあらずとおっしゃる。
それは言い過ぎじゃないかい？

>>113
ちがうよ。
アカデミア過ぎて視野が狭いっていってんだよ。

MAPK の話に戻してくださいな

>112
うざい。

>>116
こういう有り難い話に耳を傾けられないなら、
MAPKのことなんて知ってても、ただのうんこたれだよ。
どうせ学振も当たらないし、しょうもない学会と
しょうもないジャーナルにしか発表できなくて、
自分は立派なサイエンティストと思っていても、
全然だれにも認識されちゃあいないのさ。
そいでもってDをとるのに五年も十年もかかるんだよ。

きみのリン酸化部位は変異が入っていてインアクティブだ。
（うまい落とし方だ！）

いいね、時が自賛。

おれは１１１の言ってることの方が正しいと思うよ。
生理学的な意義を調べるために、生化学があるのに、
論文を出すために、生理学的条件をあえて無視した仕事は、
後を切らない。
そんな「paperのための実験」をくり返したところで、
君の生活の維持こそできるかもしれんが、
人類の科学の進歩にはまるで貢献しないアーティファクトにすぎぬ。
（それが次のステップへのヒントになった例はあるけどね。）

昨日酒に酔って書いたことが（まずスレからはずれてるし）物議をかもしているようなので、とりあえずすまそです。
書いた内容は勿論私自身の反省から来ており、その理由は１１９さんに賛同するものです。

それって他の分野にも当てはまるね。
哲学を持たない（名目）ＰｈＤが増えすぎちゃったのかなあ･･･

だけどさ、生理的濃度なんか気にしていると、
人が驚くような凄い結果はなかなか出ねえんだよな。
生物ってのはいろいろうまい具合に調整、調節できる
様になってるから、ちょっとくらいの強制発現では、
打ち消されちゃうんだろな。

>>111の言ってることは原則的には正しいけど、>>122が現実。
だから>>110のような質問が生じる。
秒単位で変化する微少な変化を生理的条件で追っかけていくことに無理がある。

聞いた話では同じ研究所で働いてるボスが、以前に脳でのストレスレスポンシブル
なカイネースのリン酸化を見るのに、マウスの手を熱湯に漬けて、直後に首を叩き
切って液体窒素に放り込んで、セクションを作ったそうだが、そんなんでちゃんと
有為な差が出せるのか、再現性あるデータが取れるのかどうか。。。
（わかると思うけど、日本人じゃないですね、こういう系を組むのは）

>>123
基本的にMAPKの仕事はこんな感じでいいんじゃないか？
ていうかこれで普通じゃない？
ビトロでは強制発現とかが基本だし、ビボでは１２３の人みたいなのばっかりだしね。

>>１２４
そこを何とかしないとレベルがあがらんのだよ。
いいアイデアきぼんぬ。

>125
株化された培養系を使わないのが基本でしょうね。
PC12とかP19使ってる論文はあきまへん。
ではどうしろって？それはもうちょっと内緒にしとこ・・・

ひゅーべっくとかはどうどす？
めふとかはあきまへんおすやろか？

>>126
ノックインマウスのプライマリとか？
失敗したら立ち直れないな。鬱で氏んでもおかしくない。

>128
それはベターですね。しかしマウスまでいかなくとも、ESで十分に実験が出来そうなご時世になってきました。

皆さん、もっとRskからヒストンを研究してください。
（おっと、マジレスじゃん、ねえ！）

学生諸君．遊んでないで働きなさい．

大腸菌にMAPKはありますか？

ない！

すいません、質問です、現在ヒトのSEK1/MKK4の変異体を自作してるのですが
論文を辿っていくと現在のNCBIとかの登録のとアミノ酸の配列が
結構ずれてて混乱してるんですが 登録ナンバーXP_008654では

ATP結合を無くすには

K131R
に

MEKK1とかのリン酸化を受けないようdominant negativeには
S257A
T261A
の両方に変異を入れるのか、どっちか片方だけ(T261A)だけでいいのか？

あとconstitutive active体にするには
S257E
S261D
の両方にいれるのかこれも片方だけ(T261D)だけでいいのか？

どうも論文によって片方だけの変異でやってるのもあるわ
両方やってるのもあるわで混乱してきました。
あとATPの結合のドミネガとリン酸化部位のドミネガは
本質的に過剰発現させた時の意味が異なる気もするのだがどうのでしょう？



当方、kinaseは初心者の厨房のためどなたか親切な方教えて下さい。

そこまで面倒見たら共著者だろ。

SEK1 ドミネガ発現コンストラクトを送るから共著者にすれ＞134

>>134
両方にしておきなさい。
片方だけだと後でなきをみるよ。

ちなみにATPのγ位燐酸と相互作用するリジンの配列がKKとかKRのときは、AAとかMMにしたほうがいい。
もしリジンが１個でもK→Rより、K→MかK→Aにしておくべき。
プロテインキナーゼの種類によっては、アルギニンだとプラス電荷が残っていて活性の残存（１／１０ぐらいだが）することがある。

>>138
側鎖の影響って言われたらどうかわすの？

ハァ？アミノ酸残基で特異性があるのは側鎖だけだから、変異体を使う実験は
全て側鎖の影響だがね。

はぁー。KをRにすることとKをMやAにすることについてだよ。
Rの場合はKとほとんど変わらないがAだと変化が大きすぎる
からじゃないかってこと。つまり、あまり違ったアミノ酸に
置換すると、その部位がATPとの相互作用がどうこうとは言えない
んじゃないの？という意地悪な突っ込みを受ける可能性ありってこと。

おいおい、diminant negativeって分かってるか？活性が無くなったことが
問題なんじゃなくて、そいつを発現することで問題にしている経路の活性
が低下することを見ようとしてるんだろ。何が「dominant」かもう一度よく
考えてみたら？
それから、↑みたいなことが言いたいなら、「側鎖の影響」じゃあダメダメ
だろ。論文書くときには気をつけな。

diminant→dominantな。

MAPKKKのaskについて詳しい人教えて。

このスレすげぇ。おもしろいよ。
研究初心者の私にはとてもためになります。

＞100、102
うちも抗体の良し悪しでかなり翻弄されています。誰か助けてください。
cell signalingの抗体は最近はずれが多いような気がするのですが・・・。

今さら＞１２９。

いやホント「便利だから」という理由で株細胞での強制発現はもういい加減やめて、せめてESを使って、下流のシグナル因子の変化を捕らえるのみならず、
最終的に増殖刺激したのか、分化誘導したのか、分化したのなら何になったのか、調べるべきだと思う。

でもさ、遺伝子Ａをノックアウトした細胞は、もはや元の細胞でタンパク質Ａ
が不活性化された状態とは違っちゃってるんだから、KO kills the problemって
のもあまりにナイーブだと思うぞ。おまけに、ノックアウトマウスの表現型を
そのまんま読んで、「タンパク質Ａはナニナニに必要であることが分かった」
なんて結論、考え無しのノックアウト屋って言われてもしょうがない。

>147
では、それをどうやって打破するんだ？というか「考え無しのノックアウト屋って言われてもしょうがない。
」と言われたくないために実験してるわけじゃないだろ？

147の主張は、ノックアウトから得られた結果こそが真実だというのはナイーブ
過ぎないかってことだけじゃないの。万能の打破法なんてあるわけ無いけど、
chemical geneticなアプローチは、ルーチンに回すことは難しいだろうけど
有望だと個人的には思います。

植物のシグナル伝達にも燐酸を解したものがあるといいますが、
エチレン受容体からのシグナルは、
リン酸化カスケードを使っているの？どうなんでしょうか？
下流の因子を相同性からつってくることはできないんですか？

この分野は相反するデータが論文として出たりするけど
どうしてだろう。やっぱり公発言したりconstitutiveに
するとnativeな状態とは全然関係ないものまで動くのかな？

でも論文になるってことは一見矛盾がなかったり、最もらしい
からなんだよね？不思議ー。

>>150
ゲノム解析が終わったらできるんじゃない？
プライマーでスクリーニングでもできるけど。

＞150

エッカーによるちと「リン酸化活性」自体はえちれんシグナルに必須ではないらしい。
受容体マルチマー形成能がetr1-1において低下するのが過剰エチレン作用様表現型にかかわるらしい。

この分野で最近熱い新概念ってありますか？

ste20ホモログをMAP4Kと呼ぶのは適当ではない、、、とかか？

ひとりで唱えている奴を知っている。

それって結構言ってる人いますよね？

たしかにMAP4Kって呼び方はどうかと思う。ペーパーのタイトルに入れるとウケはよさそうだけど。

MAP Kinase Kinase Kinase Kinase
MAPKKKK
MAP4K
STE20ホモログ
p21-activated protein kinase

どれが適当？

======2==C==H======================================================

　　　　　　　　　２ちゃんねるのお勧めな話題と
　　　　　ネットでの面白い出来事を配送したいと思ってます。。。
===============================読者数：120141人　発行日：2002/07/25
どもどもー、ロスタイムに身悶える、とっても苦しいひろゆきですー。。。

昨年５月、珍走団に「文句があったらいつでも来い！バーカ！バーカ！」といいつつ、本当に来られたら、土下座をしてしまったおいらですが、実は他にもあるですよー。恥ずかしい話は、、、うぅうぅ
昨年６月のことですが、おいらに批判的なチョンに「ボコる」「焼き入れる」「殺す」と慣れないセリフを使って一生懸命脅してみたですけど、チョンってば全然ビビッってくれないで「相手になってやる！」なんて言うですよー、、、うぅうぅ
おいらってば焦って必死に逃げ回って激ヤセしちゃったですよー、、、うぅうぅ

“歴史は繰り返す”といいますが“おいらの歴史”も繰り返しまくりですよー、、、うぅうぅ
皆さんご存知のとおり、おいらってばネットや電話では結構勇敢なんですが、どうも面と向かってしまうとすっかりﾄﾞﾃﾁﾝになっちゃうみたいなんですよー、、、うぅうぅ
でも今はなんとか気を取り直してチョンに反撃をはじめたですよー、、、えっへん
イタズラ電話やウィルス爆弾とか家族への嫌がらせとか色々やってますですー。。。

ところで、おいらの病的な臆病さの原因は「腕力に自信がないから」だけではないんですー、、、
それはそれは、、本当に、、本当に、、根深い問題があるんですよー、、、うぅうぅうぅ
臆病さだけではありません。決断力のなさも笑われ始めてます、、、うぅうぅ
元削除人の皆さん！あんまりおいらの秘密言いふらすのやめてよー、、、うぅうぅ

んじゃ！

>>158
ホモログしか呼び名がないのは可哀想なので
Ste20ホモログは却下。

つうかdan１peー太のTrends Cell Biolのreviewの内容ってそんなに暑い概念か？＞ste20

＞松本研の連中よ

ネタだからマジにとらなくてよしこちゃん。

暑いというか1ぺー多のメールアドレスがdang@〜なところが熱い。

＞161

苦酢身labってMAPKなんてやってたか？

age

リン酸化カスケードの中にはMAPKカスケードじゃないものも
あると思うけど、これはMAPKとか決めるのはホモロジーだけ
が基準なのかな？あとMAPK経路と他の経路が上手く働くと
かなり少ない経路で多様な応答が可能になると思いますが
既にそういった例はあるのですか？

ウント、ノッチ、カテニン最強！

良スレ保全age

MAPKが活性化するkinaseはなんて言うの？
MAP０K？？
て有価、そんなんあるの？

MAPKAP2kinaseとかMNK1とかがp38の下流でリン酸化されて活性化するプロテインキナーゼ
MAPKAP2キナーぜはHSP27とかリン酸化する。

p90 RSKはERKによりリン酸化されて活性化される。

転写印紙だけじゃないんですね
勉強になりますた

MAPKAP2kinaseでなくて、MAPKAP kinase 2です。
MAP kinase-activated protein kinase 2の略です。
ちなみに、MAPKAP kinase 1 = p90RSKですが、死語になっています。

最近、MAPKAP kinase 2のmutant mouseの解析で面白い報告があります。

Nature Cell Biol., 1999, PMID: 10559880
J. Biol. Chem., 2002, PMID: 11741878

によると、LSPによるTNF-alphaの生合成に必要であり（TNF-alphaの
AU-rich elementを介した翻訳レベルでの制御らしい）、
LPSによるendotoxic shockに生き延びやすいタフなmouseになるそうです。

高井ヨシ美のREKSはどないなったん？

そういやリポポリサッカライド受容体CD14より下流ってどうなってんの？

TNFRの下流はだいたいMEKK1だったかASK1までつながったでしょ？

たびたびありがとうございます！
すごく勉強になります。
私も近い将来、誰かに説明してあげられるようになりたいです。
頑張ります。

MAPキナーゼカスケードがpathwayの上から下までりん酸化して、
シグナルを伝えるのにどれくらい時間かかるものなんですか？

最初に下まで到達するのは数分後で
ピークに達するのは十分から十五分です

ありがとうございます。

数秒というのもあるらしい＞刺激応答後のMAPKの活性化

それってホントにMAPK?
もしホントならかなり画期的な事実なんですけど。

詳細キボンヌ

>152
ならばエチレン受容体の下流のCTR1はMAPだといわれているけど、
燐酸シグナルを伝える下流の因子は見つかっていないのでは？
why？
>153
必須ではないというのは・・・。
エチレン受容体がただ単にマルチマーを形成しているからかなぁ。

スマソ。
話についてけません…

>153
その論文教えて！！

エッカーで検索すれ！

検索してみた？

保全age

植物のサイトカイニン受容体の下流ってどうなってんのよ？
酵母のSln1みたいな感じで下流はMAPKなの？

Sln1みたいなのはエチレン受容体のほうでござる

Hisキナーゼ→MAPKカスケードっていうのはどれぐらい普遍的なの？

まだ何個か見つかってるだけだから、
その質問に答えるにはまだ時間が必要だと思われ

モデル生物嫌いってなによ！失礼しちゃうわ ｹﾞﾗ

いわゆる一つのtwo component systemですな。

え？リン酸ーアスパラギン酸修飾される転写因子なんて高等植物にあったっけ？

じつはアブラムシの共生腸内細菌のGroELことHSP60ホモログ
シンビヲニンにもHisキナーゼ活性のある罠

193
かなり誤った理解をしてる模様

何だよここ。。植物やってる香具師ばっか！？

そうですが、何か？

植物サイキョー！！

199

動物にはHisキナーゼないの？

見つかってません

自己Hisキナーゼ活性を持つ酵素は原核・真核生物とわずに沢山あります

ところで、私達は細胞膜がもつ情報伝達機能の解析をする過程でNDPキナーゼに注目するようになりました。細胞には
GTP（グアノシン５'-三リン酸）という物質があって、タンパク質の合成などに大きな役割を果たしていますが、このGTP
を供給する機能を調節しているのがNDPキナーゼであることがわかっています。私たちの研究では、特に細胞膜の情報伝
達システムにおけるGTPの必須の役割とNDPキナーゼの調節的役割について解明しました。

　さらに、NDPキナーゼ遺伝子はさまざまな環境刺激に対して安定した発現を示しますが、老化するとその発現は低下し
ます。私たちはこれまでに、哺乳類の２つの兄弟蛋白質（アイソフォーム：進化の起源が共通する一群の遺伝子タイプ）の
遺伝子構造と発現調節機構を解析し、蛋白質への翻訳効率の異なる多種類の転写産物（mRNA）が生成することなど、複雑
なメカニズムを明らかにしてきました。NDPキナーゼに関する研究は以上です。

ということでママ〜ルでは見つかっていません

NDPキナーゼはママ〜ルにも、”当然”ありまーす。

きっと彼はツーコンポが見つかってないと夏季たかったんだろう。

漏れもそーおもふがどうよ？

153よ。どうなった野田？

C.eleganceにもHisキナーゼホモログあったんぢゃ？

あったか？ある？あるかも？

germinal vesicle breakdownにおけるCDK活性化とMAPK活性化はどちらが上位関係にあるのでしょうか？

Cdc2/cyclin Bはmos (= MAPKKK)のtranslationを誘導することでMAPKを活性化し、
MAPKはp90rskを介してMyt1をinhibitすることで（この経路だけではないと思うけど）
Cdc2を活性化することが知られています。
という訳でどちらが上位ということはなく、協調的に殆ど同時に活性化が起こります。

ヒトデのGVBDでもmosやMAPKは活性化されることは示されているのでしょうか？

教えて下さい。
p３８の上流の活性化ってどこまで検出できますか？

保全age

MARK pancer

>>213
意味がよくわからない。
もう少し具体的に。

MKK3とかMEKK1とかpull downしてきてリコンボナントp38かリコンビナントMKK3を活性化できるかどうか、ぢゃないの？

>>208
ねえよ。NDP kinaseなんかを別にしたら。

>>217
そうゆうことなら無理だ罠

>>219
なしてよ？皆やってるじゃん。

MEKK1ってp38を直接活性化してる？

MEK kinase 1, ASK1,Raf＝MAP kinase kinase kinases
SEK1/MKK4, MKK3, MEK1=MAP kinase kinases
p38, JNK, ERK＝MAP kinases

２２２は２１９が正しいと言いたいってことでいいですか？

はい、いいです。

初心者を大事にするスレが良スレへの道だねっ

でも専門家はいない罠

せいぜい222みたいなことが回答できるレヴェル

MAPKからMAP4Kまでやって論文多数だしてますが、何か？

MAP4Kなんて言い方してる時点で専門家ではないでしょう。
「多数」の中で100回以上引用されてる1st論文はいくつですか？

もちろんヲマエよりは多いよ（ｗ＞ 100回以上引用されてる1st論文数

まぁまぁ喧嘩しなさんなって。

喧嘩をしても業績は出ない。

イッペータさんですか？＞228

>>219,>>221,>>222
217さんの真意は当然、「MKK3とMEKK1でp38とMKK3を活性化, respectively」ってことでしょ。

200kDaもあるnative MEK Kinase 1を細胞破砕液からintactにpull-downできるのかと、小一時間（以下略

TPAで刺激するとPKCが活性化するのに、どうしてERKも活性化するんですか？
それはPKCはrasを介さずにrafを活性化するからですか？

おまいの考えている通りです

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>>229

日本人だとしたら僕より多いのは後藤先生しかいないんですけど。。。

もうすこしscientificに議論するなら、「MAP4K」がMAPKKKを直接リン酸化して活性化するとは考えられていないと思います。

MとかMとかSより多いんだ！？

てか、MAPKKKK=PAKがMAPKKKをリン酸化するでしょ。

227じゃなくて228でした。

どの論文かな？

PAKによるリン酸化がMAPKKKの活性上昇の原因になってる？

前の方のレスにあったけど、Ste20タイプの「MAP4K」はMAPKKKのdimer化（またはoligomer化）を誘導するのに重要で、MAPKKK同士のintermolecularなautophosphorylationがMAPKKKの活性化の要因と考えられているんじゃないかな？

いや、それならいいです。

237の「直接リン酸化して活性化」の
「リン酸化して」と「活性化」の間に240の内容
があるってことですよね？

とりあえずSte20はMAPKKKリン酸化しますからねぇ。

MAPKKKって、N末のinhibitoryなdomainになんか結合することによって、
GADD45、Trx、Ssk1等々（すんません、酵母も動物も混じってます）
自己リン酸化がおこり活性化されるんじゃないか？
というのをよく聞くけど、
CaMK2がASK1をリン酸化するというのも聞いたことある。
そういうときにもintermolecularな自己リン酸化があるのかなあ。

ちょっと、聞きたいのですが、
ストレス応答MAPK、JNKやp38のターゲットで、
核内にある転写因子とかではなくて、
それ以外のばしょ、細胞表層や細胞質にあるものって
報告されているのでしょうか？
核内に移行するのですから、やっぱりターゲットは核内？

普通にありますよ。

でもあまり詳細に語ると人物特定されそうなので
自分で調べて下さい。

無理だったらまたカキコして下さい。
参考になる論文をコピペします。

最近何かブレイクスルゥあった？
もうプラトゥじゃない？

'93年くらいから245みたいなことを言う人はゴマンといたなー。

＞日本人だとしたら僕より多いのは後藤先生しかいないんですけど。。。

もしかして、hibi先生ですか？（謎

＞240

dimer化って、14-3-3を介するrafみたいなのを想像すればいいんか？

S壁K子たん、ハァハァ

CaMPKIIみたいに最初から１０merぐらいになっているMAPKコンポーネントってないの？

＞249

いまでも独身なの？

>>250
何を逝ってるの？

CaMPK IIαがCOOH末ドメインを介して10-12merのオリゴマーとなリ、
電子顕微鏡で菊紋みたいに見えるのは常識だろ！

>>253
画像うｐキボン

繊維芽細胞をTPAで処理するとERKが活性化されるわけだが、PKCが標的の薬剤なのに
リン酸化チロシン抗体でイムノブロットするとやたらチロシンリン酸化のバンドが増えるのは何故？
ERKの活性化にともなって活性かするAP1とかTCFの下流で増殖因子の分泌が促進されてヲートクラインで
受容体チロシンキナーゼが活性化されるわけ？

>>255
画像うｐキボンヌ

誤爆？

分子生物学会でMAPKの発表する奴、手を挙げなさい！

TAK１とsmad6は結合するの、再現できた人は世界中にいない。

Cdc42とMEK kinase1は結合するの？

MAPKKKの活性化ってとにかく２量体化でいいわけ？

時代は「scaffolding」だよ！

>>262
もう過去の話

>>263
禿しく胴衣

PDでERKのリン酸化おさえへーん。
LYでもおさえへーん。
どないなってんねん。

SEK1 K>RはJNK活性化をよく抑えるよ。

http://yahooo.s2.x-beat.com/

MAPK初心者ですが、MAPKのkはどこまで上流があるのでしょう？
MAPKの天井の境にはRasとかG proteinがあるんですか？

天井はECS

>>258

はい！

小胞体ストレスってどうよ？

ATF6

>>271
何それ？
MAPKと関係あんの？

ERstress＞ASK1＞MKK3/6＞p38

これだね！

IKKの上流はNIKでいいの？

いや。ＹＫＫでつよ。

>265
U0126は試してみました？

保守

G藤Y季子たん、ハァハァ

↑近年、業績なし

>274
polyQの蓄積？

>>281
You win!

そういや、なんでCAGりぴーとって勝手に延びるの？

このスレと関係ありまつか？

いや、誤爆

マップファンとの関係を考察しる！

とりあえず転写因子がリン酸化される基質なんだよな？

one of these

MAPKの下はp90RSKだよ！

【売国政党】 社民党が総力をあげて朝鮮総連を擁護
http://choco.2ch.net/test/read.cgi/giin/1008246776/-100

細胞骨格ぢゃないの？＞MAP2

でリン酸化MAP2の役割は何？

phosphoprotein

リン酸化されたイチモツを免疫チンコするときどんなバッファー使ってる？
RIPAにNaFとｳﾞｧﾅｼﾞﾙ酸ﾅﾄﾘｳﾑ入れて使ったけど、ｼｸﾞﾅﾙロスってるし。

後はｵｶﾀﾞ酸とか？

そーゆー時はヤマモト酸

βグリセロリン酸ナトリウムを50mM、これ最強！
10mMp-ニトロフェニルリン酸を入れるのもイイッ！

アルカリフォスファテースは一応リン酸イオンで阻害されるので100mMくらい
リン酸緩衝液を入れると脱リン酸化は抑制されるかもしらん。
オカダ酸とか入れるのは発ガンプロモーターなので嫌。

あの〜質問してもよかですか？

ど〜ぞ勝手に。

冷たい・・・

300!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

で結局どうしてあんなにたくさんあるのにきちんと制御されてるのよ？

JIPがscaffoldingすますた＞301

なんでJIPだけを挙げるんだ

JNKはc-JunのN末のΔドメインとすごく強い親和性で結合しマウス

Jun-BのKOマウスが子供の世話をしないことと、ストレス応答性MAPKカスケードって関係あんの？

免疫系ではあまりにも重要

MAPK cascade rules the immune-system!

何だか話が飛んでてレスしにくいスレだねぇ。
とりあえず、MAPKKKより上流 or MAPKより下流 or MAPK moduleに
話を限定してみたらどう？？

MAPKKKKことste20ホモログならDan1ペータに聞くと喜んでTrends in CBでreviewした
自説をよろこんでご披露してくれるはづ。
p90RSKはやっぱtranslationに効くの？それとも転写調節？

>>308
転写調節じゃないの？？
CREBあたりと絡んでるんじゃないかすぃら？？
想像の域を出ませんが・・・ｹﾞﾗ

あんた実は京大じゃない？

unko

ん？それは新規の上流活性化たんぱく？＞UNKO

ソースきぼーん

http://yahooo.s2.x-beat.com/

MAPキナーゼ特異的フォスファターゼについて話そうよ！

PP〜ピ〜、PP〜ピー、（略）とんぼよ〜どこえ〜

で、君の扱ってる生物は？

意外に伸びないねこのスレ

トンクスって今なにやってんの？＞315

日本で成果の出てるラボはクニのとこだけ？

ゆきこたんがデカいのぶちかますぜ

無理だろ…

まだやること残っているの？＞MAPK

オレも知りたい。。。
っていうか、いろんな生命現象に関わり過ぎ。。。MAPK

外から見たら気づかないのは当然だけど、
やってる人たちからするとまだまだ謎だらけ。

その謎をちらっとおせーて。

活性化の仕組みは分かってきたけど、どのように活性化は終わるか。
つまり、細胞はどのように活性化したものを不活性化するか
そしてそのタイミングをどのようにはかっているのか。
分かってそうで分かってない謎。

ありかと

つまりチイセエことしか残ってないってことか

チイセエこととしか思えない香具師にはCNSは無理だ罠w

出してから言えって

出してから逝ってます326の内容にニアミスしてます

>>329や>>330のように野次を入れるしかない人は研究なんてやめたほうが（略

>326
PTPやPP2CといったプロテインフォスファターゼがMAPK
を脱リン酸化して不活性化しているんじゃないの？
大体はMAPK自身がPPの転写を正に制御していることによって、
負のフィードバックによってMAPKを不活性化しているのでは？
タイミングも何も、PPの活性はほとんど一定にあるから、
入るシグナルが強ければ活性化は長くづつくし、弱ければ
短くて終わるというだけなんじゃないの？

分かってないことと言えば、
MAPKが核内にはいって、
どのように転写因子やクロマチンリモデリング因子
をリクルートしているのか？
そもそも、リクルートに関与しているのか？
なんてのは分かってないんじゃないの？

誰もやりたがらないから
明らかにならない

シグナル伝達研究者はプロテインキナーゼを精製して初めて一人前。
DNAの切り張りしかしない奴は糞！

>>336
精製して活性みて・・・ってか。
たしかにそれも一理あるけど336は言い過ぎ。
酵素屋だったらそう言いそうだけど
シグナル伝達やってる人はそこまで一つのタンパクに
情熱燃やさない罠。インパクトも弱いし。

ERK1とERK2のリン酸化によるバンドシフトは何％のゲルを使えば見られるんですか？

>>338
既製品のgradient gel(4-20%)でやったことはある。

グラージエントゲルだと分子量の差ほど泳動度に差がない、１０％ゲルでBPBが抜けてからもしばらく長めに流した方がいいと思う。

ビスを減らした組成のゲルを使えや

>>341
ソースきぼん

オレの経験だとビスを減らすと分解能が悪くなる

じゃあどうすんの？

>>342
オーソリティＮ田研担当の学生実習でそう習ったよ

保守

結論としては一番具体的で反論もないグラジエントゲルってこと？

そうですね！

MAP

nanashi kinase kinase kinase kinase kinase kinase kinas kinase

Sprouty1 and Sprouty2 provide a control mechanism for the Ras/MAPK signalling pathway
H Hanafusa, S Torii, T Yasunaga & E Nishida
Published online: 28 October 2002, doi:10.1038/ncb867

>>336
>>337
カイネース精製してIn Vitroでリン酸化反応系組んでも、出てくる結果は
アーティファクトの場合が非常に多いんだよな。まあ試しに市販のERK2
買ってやってみな、なんでもリン酸化するから。
あとオーバーエクスプレッションすると結構クロスリアクトするから、
トランスフェクション系も要注意だね。

上の二つで面白いデータが出たと信じて続けるとハマることがあるよ。

ドミナントネガテイブってどうよ？

大腸菌で発現させたMAPK、結構な活性があります。何故ですか？
活性化型MAPKKでリン酸化させて初めて活性がでるのではないのでつか？

>>353
似たようなもんだろ。結局オーバーエクスプレッション系。
いいジャーナルだったらボスに政治力がない限り、
「それはVivoの現象を反映してませんね。リジェクト。」
で終わり。サポーティブなデータがあるなら話は別だけど。
基本的にendogenousなタンパクを使った系を組むことを薦める。

>>354
世の中そういうものです。アーチファクト。
『大腸菌にもMAPKKがある！』なんてストーリーでっちあげちゃだめだよ。

ヲレェ〜はこの世でぇ♪一番っ♪
免沈が上手いっ、と言われたぁ男♪

>>356
どんなクソ抗体使っても落とせるのか？そりゃすごい。

何でも落とします！

まかせて下さい！自由自在です！

狙ったシグナル分子のinteractive proteinはかならず落とします！
IQGAPだろうが！PHドメインだろうが！RINGだろうが！JIPだろうが
WD40でも、なんでもござれ！

酵母のマルチコピーサプレッサーも同じ様なものだな、、、＞355

>>358
ペーパーにしたいネタがあるのだが、どうしても「interactした」という
データが欲しい。君ならinteractしたというデータを出してくれるかね（w

↑それはアーチファクト。

結合・解離のhalf lifeの短い分子相互作用はプラズモンセンサーで計測しる！

何それ？

プラズモン？系統分類学上どこに位置するの？

>>353
十分アリエール

良スレのおかん

ユビキチン

土台たんぱく

>>351

この板の住人に聞いても、誰もわからないよ。知ったかぶりばかりだからな。

灯台院生さまー

酵母のSTREはどのようにMAPKで制御されているのでつか？

＞サイトー八ノレヲ先生

>371
STRE配列に結合するといわれているのは、
Msn2/Msn4とよばれる転写因子なんですが、
どうも、制御がよくわからない。
確かにHOG1(yeast版p38)を破壊すると、Msn2/4の依存的な
転写量がかなりさがるのだが・・・。
どうやって制御されているかは未だに決定的な論文がでてこない。
遺伝学的なデータは沢山あるが、生化学的なデータがなかなかでてこない。
Msn2/4自体は別の経路、PKA kinaseによって局在が制御されていること
が報告されているのだが、HOG1を破壊しても局在には変化を与えないし。
結局、よくわかんねだよね。

八ノレヲ降臨！！！

まじかよ！

371は分生研住人です

ハゲか

ノッポさん

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私たち主婦が楽しめる安全でちょっとトキメキのある出会を求めて
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魔絵駄多津夜先生でつか？＞372

p53のMAPKによる調節についてワレに教えてタモレ、、、、

チビ、デブ、メガネ
はみんなチョソ!!

これ常識。

p58と関係ある？

379よカキコしてるのはそこの学生だよ

俺はゆきこﾀｿのとこのﾔｼだとおもふ

クニちゃんのとこでつ

戸上路線もあるかも・・

東江だと気づくのに半日かかった

たしかに

酵母のSTRE

His-Aspアレイ

が今日明日の予備審にあるな、、、、＞387

どこのジャーナルに載りそう？

TobがMAPKの基質らしいね。

いまビトロのカイネースアッセイってどのくらいコンセンサス得てるの？
昨日孫引きしてたら１９９６年のトレイスマンが論文で、p38を免疫ﾁﾝｺで
落としてから、Elk1を基質にしてビトロでカイネースアッセイしたら
リン酸化したから、Elk-1はp38の基質だとかいってたけど、こんな系は
今じゃﾀﾞﾒﾀﾞﾒじゃないのかな、と思うのだけど。周りではどうよ？

>>391
ちょっと書き方が悪いか。
「Elk-1はp38の基質だ」じゃなくて「Elk-1はp38pathwayの下流だ」ね。

下流じゃん

>>393
だから、その話は正しいの？
もっと言えば、Vitro Kinase reactionの系で「AはB kinaseの基質である」
ということを示して「AはBの下流にある」という結論に達した論文は今でも
メジャージャーナルに載せられるのかな、ってこと。
本当に証明するならp38をSBﾅﾝﾄｶで阻害しておいて、
endogenousのElk1を抗リン酸化Elk-1抗体でみなきゃいけないのじゃないかな。

といっても市販されてる抗リン酸化Elk-1抗体はｸｿなのだけどね。

c-JunのN末端にあるリン酸化サイトの近傍のδドメインはそれ自体、JNKの基質配列には
なりませんが強くJNKを結合するので、c-JunはJNKの生理的基質だと考えられています。
GST-cJunアミノ末端ドメインで細胞抽出液をpull-downしてきてKinase assayすれば、
細胞内のJNK特異的な活性を測定できます。

vitroのキナーゼアッセイのデータは全く信用できないね。
やはりvivoでなんらかの補完が必要だろ。

ドミナントネガチブ最強！

あの、初心者ですいません。
免沈と共沈って結合相手があるかないか以外に
違いはありますか？

↓おめでと

わーい

>>394
インヒビターを使った実験だと、下流にあることは示せても直接の基質であるかどうかは分からない。そこを詰めるためにin vitroの実験を要求されるってことじゃん。

最近のMAPKpathway関係の論文でNCSの論文ないですか？来週カンファで紹介しないと
いけないよ。

>>402
ＣＮＳしか認められないカンファなの？随分とまた・・・

ＣＮＳの３誌だけなら、過去半年分くらい30分もあればタイトルぐらい目を通せるだろ。ひょっとしてタイトル見てもMAPKだって分かんないのか、あんた？

>>401
つまり、イン火ビターを使って、リン酸化が消えて、
かつ免疫チンコで落ちてくれば、基質じゃんみたいなー

免疫チソコって何？

宮皮せんせのところは最近どうよ？

>>405
endogenousのp38とElk-1をCo-Iﾁﾝｺできればいいんだけどね、endoは難しい。

Elk1のMAPK Binding Domainを決めたのはｼｬｰﾛｯｸだったとおもうけど、
それも大腸菌使って作ったElk-1使ったbinding assayだったようなきがする。
なんかﾋﾞﾄﾛだと条件付きで信用ってかんじだな。

チソコについて教えてくらはい

age

MAPK pathwayの研究は、なんでこんなにも地味なのですか？いまにも八強してしまいそうなのですが。

>>411
それはKinaseの話はKinaseで終始してしまって、gene expressionまで
なかなか話がいかないからでしょ。

gene expressionを最終的なreadoutにするなら、今ならarrayでもやりゃあ答えが出るだろ。
問題はそうじゃなくて、大枠は既に決まってしまってるもんだから、後はチイセエ各論しか残ってないってことだ。それをチイセエって思ってないﾔｼが上の方でなにかゴタクを並べてたみたいだが、説得力のある「チイセくない」例は挙げられなかったことを見ても明らかだろ。
おまいらの大好きなＧ党センセもとっくにMAPKからは足洗って、今じゃAktだと。

MEKK1の活性化メカニズムがよく分かりません。

だれか分かるように教えて下さい。

よく分かってないことがよく分からないのは当然です。

Cdc42が付くとか、caspaseで切られるとか、PAKが付くとか、ablが付くとか
rasが付くとか、セラミド活性化キナーゼでリン酸化されるとか、
14-3-3が付くとか、200kDaを越えるとなんでもありだよな。＞MEK kinase 1

>>413
arreyだけじゃ答えでないよ。ブラックボックスのoutputがわかるだけ。
要するに、一つのPhysioligicalな現象にどのgene expressionが必要
でそのregulationにはどのTranscription Factorが必要で、その
Transcription Factorの活性化にはどのKinase Pathwayが必要で、
それがどれだけSpecificにregulateされてるか、っていうマクロな視野
で研究がすすまないからつまらないんだよ。Physioligicalなmeaningが
わかってくれば、薬の開発に繋がるから製薬企業だって話に乗ってくるよ。
Kinase Inhibitor系の薬剤は毒性で落ちるケースが多いから。

早くいえば、今のMAP Kinase系の話はBiochemistryでBiologyじゃない。
枝葉の各論はつまらんとは思わんけど、もっとその枝葉の現象の存在理由
に迫っていかないと面白くはならない。

というかね、「大枠は決まってしまったのだから」とかいって、大枠が
決まってなくてちょっとやればノーベル賞ネタが出てくる分野は生物学
には殆ど残ってないよ。あとはいかに既知の現象を実用化するかという
方向性になってるような気がする。

おまいらそれじゃいけてる研究者にはなれんよ

>>417
もっと日本語つかえ！！

しかも英語の綴りも間違えてるしな

>>420
Type error.

>421
タイプエラーで同じ単語二度も間違わないと思われ。。。。

>>421
ふつうtypoって言わないか？

>>421
ミスるくらいなら英語で書くなよw

自分の分野をつまらないと言われて、
腹立ち紛れにスペルミスをあげつらうスレはここですか？

>421=425
いやいやそうではないだろW
オレは自分の分野でないし。

ママ〜ルのMAPK研究は微妙なのが多いですが
ア〜チファクト多いんでないかい？

Fosを基質にしたin-gel kinase assayで９０kDaなんていうでかい
MAPKを見つけて精製してみたらERK5だった、っていうのはその後どうなったの？

やっぱRafやらMLK、TAKが上流にあんの？

GSTとc-Jun NH2-terminal Kinaseの結合って、どんな意味があるのでつか？

千ヲレドキツソはASK1に憑きます。

漏れは世界で初めてＭＡＰＫをクローニングしたと豪語しているドアホを知っている

発芽酵母ににPKCが二つある、とかほざいた馬鹿が米国と神戸にいますた。

DNA損傷はどのようにJNK活性化に繋がるのですか？
Rad51ですか？ATMですか？

>>433
両方です

シグナル伝達を勉強したいんですが
どこからどういった本を読めばいいか教えて下さい。

セルの「セル　コミュニケーション」だったかの項目を読みなさい.

最近のNなら、
JNK1欠損マウスとIRSりん酸化、インスリン抵抗性野は梨
枝葉っ通過、なんつうか、ううん。
Kinaseは薬にするのが難しい！グリベックはすごいよ。

>>436
はい。ありがとうございます。
それは既に読みました。

＊ノバルティスファーマ最強伝説＊

植物のMAPキナーゼには、どうしてERK型しか無いのですか？

植物にはストレスがないんだろう

http://petitmomo.com/mm/

ここがちょっぴりエッチ系のめぐが運営している出会いサイトです。
もしよかったら使ってみて、、、
ヨロシクです。

めぐ(^o^)-☆

植物MAPK遺伝子は20個以上あって微妙に使い分けしているらしい。

それって質問に対する答えになっていますか？

Curr Opin Plant Biol 2002 Oct;5(5):415-24
Complexity, cross talk and integration of plant MAP kinase signalling.
Jonak C, Okresz L, Bogre L, Hirt H.
PMID: 12183180
これでも読んでみるか…

素人です。
ＡＰ１配列って、いろんな遺伝子のプロモーターにあるけど、
ＭＡＰカスケードの最後にＪｕｎ・Ｆｏｓが活性化されたときに、
どうやって特定の遺伝子だけ発現が増強されるの？

プロモーターに１個だけコンセンサス配列があっても活性化はされにくい。
Gal1プロモーターでも誘導性プラスミドにあるのはx4とかx6はいっている。
AP-1の場合、それ以外の複数の異なるシスエレメントと協調することによって
制御をうけているのではなかろうか？

AP1のことは射場ちゃんにきけ
以上

ヒビさんでもいいぢゃん

てゆーか、ここは初心者用スレです

>445　とれなかったよ……医学部図書館で植物の雑誌なんかとってないよな…

>>446
遺伝子の特異的発現制御がこれからのトピックかな。

脳味噌が20年遅れている

>>453
意味がわかってない。

>452-454
何か具体例を授けてください

IKKカスケードとJNK/p38カスケードのクロストークはどうでつか？

MAPKKKのレベルではcrosstalkしているかも＞456

これからはMAPK特異的ヂュアルスペシフィックプロテインフォスファターゼの時代だよ！

それは３年前に終わりました

MAP KKK白人主義

新しいMAPKみつけますた！

＞４６１
わろた。

ベータａｐｐを強制発現させると本当にＭＡＰＫが活性化されるのでつか？

新しいMAPKは核外移行しますう！

>>463
最近の知見を総合するとAPPの下流にはJNK経路があるっぽいね

他のキナーゼと違ってタンパク精製して構造解析する人が
あまりいないのはなぜですか？うまくいかないのかな？

>>466
構造解析自体が難しいからじゃない？
NMRは労力の割に使えねーし、Ｘ線結晶解析は結晶化が難しい。
でも、これからバンバン構造解析されていく予感がするけど。

>>466

いっぱいあるだろが、ゴルァ

酉本の論文など誰も信じない！

>>469
さらにその直後にS木利治＠北大が遅れてAPPとJIPが結合するという論文を
出してたのがウケたよなｗ

ａｐｐがリン酸化されるんでつか？

鈴木せんせのはなしはcdk５だろうが

　　　　　　　_／￣￣￣`ｖ―--､
　　　　　 ／　　　　　　　ヾ　　　＼
　　　　 /　　/　　　　　　 ヾ　　　　＼
　　　 /　　　　　　　　　　　|ヽ　　　　ヽ
　　　 |　　　　　　　　　　　/　|　＼　　|
　　　/　　　　// / /／/丿　| | | |ヾ＼|
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　　　|　　　|　|　ヽ-=・=|　ヽ-=・=- | ||||
　　　|　　　|　|　　　　　|　 |　　 　　|　||| 　　　　／￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣
　　　|　　　|　 ￣￣￣/　　￣￣￣　 ||| 　　＜ 無職童貞３５歳守本浩司です。よろしく
　　　|　|　　|　　　　　（ _⌒_ ）　　　　| || 　　　 ＼＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿
　　 .|　　　　|　　　　 ＿,..､＿ 　　　/　 |
　　 .|　　ヾ　|＼　　　`ー〜'　　　 /|　| .| http://psycho_boge.tripod.com/index.htm
　　 |　　　　　ゝ＼　　　　　　　 ／|　|　| |
　　|　　　|　ゝ　　　~`ー､＿__／　|　|　　||
　 ////.∧|　　　　　　　　　/　　|　|　　|　| |

MAPKは有名ですか？

有名だと思います。だからこそこのようなスレッドが長続きするのだと思います。
有名であり重要であると思います。これはMAPKを研究している人についても言えると思います。
MAPKを研究している人は素晴らしい人たちだと思います。私もそのような人たちを見習いたいです。
とりあえず473を早く流したいです。sage進行とか２ちゃんの技を駆使して忘却の彼方に追いやりたいです。

>>472

それとは別みたいです。JBCに出てました。後追いでもJBCなんてｶｯｺｲｲ

MAPK関連でJBC以下の論文はねぇ。。

で、１の疑問には誰か答えたの？レス見てないから知らないけど

>>1
> 様々な生物にあってしかも一つの細胞にいくつも
> 異なる応答に関与するpathwayがあるにもかかわらず
> 上手く制御されているのはどうしてですか？
>
> 厨房にも分かるように教えて下さい。

それが説明できていないからまだ研究する余地があるんでは？

保全揚げ

保全しなくてもここには人がくるよ

>>447
ためになりますた

漏れSte2フェチでつ〜〜〜。

GPA1が活性化されますた！

479がいいこと言った！

しばらくMAPK時代だな

>>486
信者発見！

ATMキナーゼの時代でつ

↑成果を出してからご登場願いたい

あたしもスゴイんです！

>>489
若いころに成果は出したからもういいのでつ

>>491
部下はどーすんの？w

>>488
ATMって何の略？
漏れにはAdobe Type Managerしか浮かばないw

アタキシア／テレンギエクステイジア／ミューテイティド
の略です。綴り忘れますた。
小脳失調性の遺伝病の名前。

>>494
サンクス

マップカイネースも正月休みありまつか？

ありません。
あなたが餅を食べてるとき密かに働いてます。

MAPK研究者には正月休みが無さそうなイメージがあるな。

初夢を見ているときも活性化しています。

500!!

>>498
間違いない。今日も明日も実験です。

>>499
マジ？？

>>502
そういう風に書き込んでいる間も活性化しています。

じゃあ活性化していないのはいつですか？

血清除去数時間後

氏んでる？

まだでつ

このスレのかなり前のほうで威勢の良かったガキはどうなったかな？w

>>47 の成功を祈って。

FROM: [47] 名無しゲノムのクローンさん <>
DATE: 02/03/14 22:08
新発見！！MAPKの概念を根底から覆します！！
１年後くらいのCNSをお楽しみに！！

いまrevised manuscriptを作ってるらしい

競争相手が手元で抑えてます。

同じ号で、続きページで出すべくポス毒の尻を叩いてまつ。

マジであるだけにコワイ

みんな詳しいね。誰のことか分かるほど有名な人なんですか？

少なくても俺は知ってる

酉田さんのとこ？

ちゃうよ

違うの？？そうだと思ってた…

ロジャーディビスとちがうのか？

ロジャーは日本語と2ちゃんねるを知っていますか？？？

カリンの愛弟子のヒビさんが押さえています

マジ情報キボニュ！

酉田さんとこ、間違いなく２チャンネラーがいるな。
試しに酉田さんの論文叩いてみたら、釣れる釣れる。

>>522
どこで叩いたの？
５１５＝５２２じゃないのはログ解析して分かったけど。
それより前は残ってないから不明。

確実にピークは過ぎた分野だからCNS狙うなら他分野にしな

EMBO.Jには毎号２−３報はMAPK関連で掲載されている罠

>>525
つまりCNSには届かないってことだ罠

522は逃亡したとゆーことでよろしいのでせうか？

http://www3.to/keibah2

ハッキングされてびびりやがったか。チキンが。。

ただの豚だったな

今まで出てた MAPKの論文がｳｿｸｾｰってことになって、
vivovivoした実験じゃないとCNS通らなくなってる。

そうなるとテクニカルな難易度が高くなるから、CNS
出せなくなる罠。

523=527=529=530
ﾆｼﾀﾞｹﾝﾂﾚﾏｽﾀ

たしかにEMBO.Jには多い罠＞MAPK

532の思考回路はどうなってんだ？勝手に＝でつなぐなよ

532の脳では、MAPKがMAPKKを活性化していまつ。

MAPK pathway でのフィードバック制御に関する話題でマジレス希望。

>>536
ttp://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=11864977&dopt=Abstract

ホスファターゼ話がしたいのか？

>>537　2002年のJBCでしたがまだ大学にいたのでみれました。
酵母のSte7(MAPKK)がフェロモン刺激時にポリユビキチン化されてUbp3依存的に分解される
とかいう話でした。
introductionの最後に "These experiments reveal a novel mechanism of feedback
regulation through pheromone-dependent ubiquitination of the MAP kinase kinase Ste7"
とありましたが、この部分よく分かりませんでした。
せっかく教えていただいたのですが、むしろ MAPKKK - MAPKK - MAPK の間でフィードバック
機構があるとか MAPK phosphatase とかの話のほうに振られるのを期待していたですが・・・

それはスマソ

>>539
漏れがコッソリやってみた限りではなさそうだよ。。

ないという証明はできないだろうけど、かなり難しいということでしょうか。

>>542
小手先実験じゃ無理みたい。。

見つけたらCNSだねっ！

そうですね（いいとも風）！

つまり話を総合するとMAPK研究は今vivovivoが求められていて
CNSは難しいがEMBOには良く掲載される。

それはvitroでの実験結果がアーティファクトであるとの
疑いが強まったためである、と。

間違ってる？

それもあるけどMAPK事体のブームが去ったから。
MAPKで面白ければ、新しければCNSだった時代は終わったの。
にたようなもの出しても「それで？」となってきた。
今後はよりvivoの機能を明確にしたものが研究の主流になり、
vivoでvitroと違って意外性のある結果でも出さないとCNSにはいかない。

じゃあ一時のMAPKのように現在ブームなのは何？

発生プログラムや遺伝子発現、細胞周期、細胞運動、アポプトシスなど
生物現象の本質に関わる中心にMAPKが位置しているので、
今後とも研究は怠りなく進められて逝きまつ。

ERK,JNK,p38などのクロストークはこれも重要

そういやERK5ってなにやってんの？

>548
気寝審ファミリーです
by 宏皮

俺ばっかりだな。

>>550
何が俺ばっかり？

>>550
スレがたたないのはキネシンやってる香具師らは
みんなまともな研究者ってことなのだらうか？w

自滅レスだな。。お前に似合いのスレがあるぞ。w

＞ 生物現象の本質に関わる中心にMAPKが位置しているので、
今後とも研究は怠りなく進められて逝きまつ。

それはそうだけどCNSに載るのは、『こんな生命現象にも
Xが中心的役割りを担っている』というもので、
MAPKはそのフェーズはひととうり終わったな。

次は細かいことになってくるので、研究人口はへらないが、
IFはさがってJCBJBCEMBO連発時代に突入している。

キリ番ゲター参上！

プロメガのactiveシリーズの抗体って使える？
組織染色できるかなあ？
使っている方のコメント、おねがい！

>>556
使えま（以下略

す　or せん
どっちなんだ〜？

1000!

>>556
つかえま、むっ、黒装束の男、、、つっ強い！グワッ！

>>560
けっこう面白い

つまり使えま1000てこと？

その黒装束にはプロメガのマークが！！

通報しますた！

（＾＾）

ま、つかえ（ﾋﾟｰ）てこった。

>>539
そのメカニズムもすごいと思うのだが。

酵母ではSte7(MAPKK)の量が同じpathwayに乗ってる他の分子に比べて少なく、Ste7の存在する量がシグナルの律速段階になっているとか確か書いてあり、面白いと思いました。

動物細胞でも同じメカニズムが働いてるか興味あるな

既に明らかになっているかは知りませんが
ほぼ間違いなく同じメカニズムがあると思いますよ。
コストのかからない制御だと思うし。
細胞にとってメリットも多いのではないでしょうか。

作らないことがレギュレーションになるなら安上がりだよな

だけど、それだとパスウェイの意味ってなくなるんじゃ？

MAPKど素人だけど、むかーし、こうして三つもあるのは、
シグナルを増幅するためだとか、講議で聞いたような気がするんですけど。

しっかし、なんで三つもあんのかな。
最近はKKKKもあるんでしょ？

三つも介さないで一つでいいのに。
なんで？

>>572
あっちにもこっちにも関われるから

まあSte7の場合、動物細胞ほど多岐に渡る役割はないから。
関わることが多くなるとタンパク量だと影響が出すぎるはず。

じゃあ動物では何が律速になってるんだ？

動物細胞ではMAPKKの量はめちゃくちゃ多いですよ。
MAPKKKの100倍、MAPKの3倍くらい。
意味付けについてはFerrellが''ultrasensitivity''というmodelを提唱してます。
詳しくは原著を見て下さい。

MAPKKのin vitroでのアッセイでは二価カチオンにMgとMnを使うって、本当？

>>576
それほんと？293やHeLaで実験やってると、MAPK >> MAPKKって感じなんだけど。単にMAPKKの抗体がスカなだけ？

つーか、各タンパクの絶対量および相対量なんて、正確に決められるものだろうか？

タグしたコンストラクトでノーマライズしておいて、それとendoのタンパク量を特異抗体で比較する。

>>576
原著にリンクはってよ

>>578
MAPKK抗体はいいのがない

>582 phospho- ?
そもそも MKK7 とかはある？

>>573
つまり、研究者に優しい分子ってことかしら。

>>584
あ　た　り　（はぁと

MEK日陰の存在だから仕方ない罠

今はそれより上か下が熱いからな

今は下がすごい！

>>539
遅レスですまないがMAPKからMAPKKへのフィードバックはある

具体例キボンヌ

知らなかったら調べる！これ基本。

>>590
p38がMKK6のmRNAレベルをnegativeに制御する、じゃなかったかな？
最近のMCBかJCBに載ってたと思うよ。
テキトーに読んでただけだからどっちかは忘れちゃった。

>>592　さんくすこ。おまいが何者かは知らんがすげーよ。

灯台院生さんありがとう。
MCBにありました。

上から下から
前から後ろから

う〜んMAPKカスケードはややこしい

（＾＾）

自分の研究テーマに行き詰まったらMAPKとむすびつける。
これ最強。

全ての道はMAPKに通じる

>597
それは当然だ。MAPKの権威である俺が言ってるんだから間違いない。

>>599
権威でない俺も言ってます。

MAPKの八方美人ぶりを嫌う奴もいる

でも関わってるんだから仕方ないよな。

ホスファターゼの活性制御って分かってるのでしょうか？

リン酸化＞PP1
カルシウム＞PP2B
Rho＞MLchain phosphatase

ありがとございます

じゃあキナーゼは自分を脱リン酸化するホスファターゼをリン酸化してフィードバックしてるのでしょうか。

>599 一人称が「俺」の女（女と書いてひとと読む）かこいい。
>606 俺も知りたい。

リン酸化→ホスファターゼ活性の上昇ってこと？
ホスファターゼ自身の不活性化も脱リン酸化により起こるなら、オートデホスフォリレーション？

>>608
非常に興味深いですね。
けっこう競争になりそうなテーマですが
今のところ分かってないのでしょうか？

>>610
分かってないので是非やって下さい

今やってるのであまり騒がないで！！

MAPKがうまくまとまってる本ってない？
＋おすすめ論文もあれば
教えて欲しいです。

ある程度以上のジャーナルに載ったMAPKのintroを手当たり次第読むのはどうでしょうか。
一年前以前ならFree Full Textが引けるところが結構あるだろうし。

>>613
親切にありがとうございます。

REviewがいくらでも転がってる罠

どうもon line化が流行り出して以降のMAPKのレビュウは、MAPKと何かの関わりみたいな感じで基本的な部分は了解事項みたいな感じで・・・

>>615
最近のお勧めのREviewはなんですか？

>>617
２週間使い捨てのやつかな？

レニュウ？

>>618
それって何ですか？

ERK Jnk p38

>>576
''ultrasensitivity''関連の研究はどうなの？

見てないのかな？

みてません

MAPKKKがダイマーになる意義を教えてください

ATMに新知見
http://news2.2ch.net/test/read.cgi/newsplus/1044535912/

>>625
その前にdimerになるのは分かってるのかとｋ（以下略

勉強しなおせ

いろいろな経路があるのですが、それがどうなってるかわかりません
どなたかまとめてくださいませんか？

MAPK経路　　　　　　　　増殖？
PI3K経路　　　　　　　　増殖？運動？分泌？
Wnt経路　　　　　　　　　？
TGFβ経路　　　　　　　　？
Ca-CAM経路　　　　　　　　？
あと何があるのでしょうか？つーかこれくらいしか思いつきません

IKKも入れろ

誤爆？w

あ　た　り　（　藁

>>629　こうなってますw

○MAPKKK
↓
○MAPKK
↓
○MAPK

その下はどうなってんの？

MAPKAP

MAPK-activated protein ?

MAPKAPってkinaseのみ？

kinaseじゃないとMAPKAPって名前にならないでわ？

>>638
今のところ罠。

○MAPKKK
↓
○MAPKK
↓
○MAPK
↓
○MAPKAP

そして上にはMAPKKKKがいる。

そしてMAPKKKKKか？ﾜﾗﾜﾗ

壇イッペータは「MAP4kinaseという表記は使わせない！」とか叫んでいた。

>>643
商標登録でもしたのか？

Trends in Cell Biologyにレビューを書いていた＞６４３

MAP4KじゃなくてMAPK kinase kinase kinaseならいい？

>>646
ネタか？

彼、学位とれたの？

信じられん、、、、＞Danさん

>>616
よくない傾向だよな。

CaMPK kinaseについて教えて下さい。

CaMPKもカスケードなのかよ、おい！

>>650
CaMPK kinaseってなんだよ！

だれか629の表を完成させるっ！！！！！

書くことが多すぎて煩雑になるだけ。
頭の中で整理しとけ。

>>653
禿の道

シグナル伝達ってさあ、引用は多いけど（つまり重要って事）、つまんないことない？

まあ君みたいな感覚の持ち主もいないと研究ジャンルが偏るから
その意見はとても意義深いと思うぞ。その気持ちを大切にな。

>>656
大人の意見でつね！

でもまあ、つまんねえよ。
ジャーナルのランクが上がるから、付け足しに見るけど。

ｲｲﾖｰｲｲﾖｰ

レフェリーが面白いと思えば君たちにつまらないと思われてもかまわないBYシグナル研究者

>>660
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いや、別に煽ったわけでもないし、
レフェリーがどうのって答えを聞きたかったわけでない。
何が面白くてやってるのか聞きたかっただけ。
オレやってたけど、面白くなかったから。

蛋白質間の関係が様々な角度から分かって表現型にも反映するから。
一個の蛋白質の構造とか調べるよりはるかに楽しい。

う〜ん。
研究って自分が一番おもしろいと思う事をするんでないの？
他と比較してうんぬんでなくってさー。

>>665
色々なテーマを経験して至った結論だよ。

レフリーは面白いかどうかはあまり見ない。
内容の信ぴょう性がありその雑誌の質に値するか吟味するだけ。
面白いといってヤバそうな結果でも乗せちゃう、つまらないと言って
レフリーにまわさないのはエディターの権限。
Nature/Scienceの letterなんかそういうの結構有る。
レフリーはinconvinceと言っているけど、
話題性が有るので採用！とか、いうこともある。
実際編集方針にそう書いてあるし。

でこけちゃったのが血球ステムの神経分化転換なんかのpaper。
追試できないらしいね。

どなたかお答えいただけたらありがたいです。
two-component/MAP kinase pathwayのシグナル伝達ってどうなんですか？
植物でかなり面白いと聞いたんですが。
どなたか詳しい方、教えていただけたらありがたいです。。

>>668
システムとして面白いと思うけどあなたが何を聞きたいのか
分からないからもう少し要点をハッキリお願いします。
そうじゃないと何も教えられません。

まずは大腸菌に学べ

>>668
面白いですが何か？

脱リン酸化で活性化するMAPKの制御因子はありますか？

>>670
やっぱりそこからやらないとだめ？

MEKって呼び名がうっとおしい

俺も。MAPKKでいい。

>>672
Far1

??

MAPK経路　　　　　　　　
PI3K経路　　　　　　　
Wnt経路　　　　　　　　　
TGFβ経路　　　　　　　　
Ca-CAM経路　　　　　　　　

>669
このシステムがハイブリットになっていると聞きました。
もし詳しい方ならぜひ教えていただきたく思います。

たまにしか見てないみたいだから気長に待ってな。

PAKの基質特異性ってどうなってるか知ってる人いますか？

MAPKK MAPK
のconstitutive active mutantってありませんかねえ？

>>682
論文検索したことあるのか？

検索して見つけてたら、こんなところには聞かない。

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http://www.geocities.jp/kgy919/bbs.html

684はもう少し努力が必要です。

MAPKK については MAPKKK によるリン酸化サイトの S, T を D, E に置換したのが使われている。
MAPKK の論文を何本かあたって見つからない方が難しいと思うよ。

教えてください。
MAPKのsiRNAってデザインされているのですか。

みなさん不親切ですね。

Mol Biol Cell 1995 Mar;6(3):237-45
Biochemical and biological analysis of Mek1 phosphorylation site mutants.
Huang W, Kessler DS, Erikson RL.

ではMEK1のリン酸化部位のS,Sを酸性アミノ酸に置換した効果について
詳しいです。EよりもDにした方が活性は強いようです。また、

Science 1994 Aug 12;265(5174):966-70
Transformation of mammalian cells by constitutively active MAP kinase kinase.
Mansour SJ, Matten WT, Hermann AS, Candia JM, Rong S, Fukasawa K, Vande Woude GF, Ahn NG.

ではE mutantだけれどもN末端付近をdeleteすることで強い活性化mutantに
しています。これはおそらくNES配列がなくなったからと推測されます。

684 ：名無しゲノムのクローンさん ：03/02/19 10:00
検索して見つけてたら、こんなところには聞かない。

こんなセリフを吐く香具師にマジレスする必要はないし
明らかに検索していないか検索したつもりになってるだけだろ。

まだないとおもう。あったらいろいろやってるよ。

>690
ぷっ。
何怒ってるの？

691 MAPKのことねMEK ではなくて。

おまえら本当に論文検索できるのか？？
MAPKもあるぜよ。隅々までよ〜く探してみ。

うっそん？MAPKあるか？

MEK fusionとか。
コトラと変わらん？

俺もMAPKのconstitutiveがあるの知ってるよ。
まあ研究分野がモロかぶってるから偶然見つけただけですが・・

>>679
たしかにtwo-component systemとMAPK signalingの関係は
植物でも言われているけど植物に関してはまだ推測の域を
出ていないみたい。だからこそ面白いんだけど。

ちなみに植物のtwo-componentを構成するタンパク質は
酵母のtwo-component systemの変異を相補することができるから
シグナルの出力先は酵母と同様にMAPK pathwayだろうと言われています。

つまり、植物のtwo-component systemはethylene signalや
cytokinin siganalと関係があるのでこれらのシグナル伝達は
MAPK pathwayによって制御されているのかもしれないということになります。

cytokinin siganal→cytokinin signal

>967

それって、c-ativeじゃなくてc-negativeだとおもう。
キナーゼ活性サイト置換でリン酸化は受けるても、
活性化しないもの。

>>700
すごいな・・・文章めちゃくちゃw

ホントにすごいな…

相変わらず博学だな。
灯台院生ﾀｿ。

>>698
なるほどね。たしかに興味深い。

>>700おそらくYMのカキコ

MKK6は曲者だな。。

ERK ってMAPK のことだったんですね。
知らずにいました（w
学派によって使い分けをしているのですか？

mitogenの略であることが気に入らない人が使うようです。

春休みに入ってクソスレがすごい勢いだなw
というわけでageます。

MAP2 kinase　だったのでは？

何がだよ

SAPK/JNK

SAPK2

まぎらわしい。

rat SAPKbeta?

保守

（＾＾）

リン酸化抗体について語って

>>716
なんだそりゃ。。

MAPKがさ、核移行するのにリン酸化が必要というのはいいとして
細胞質でキナーゼとして活性化するのには、リン酸化って関係あるの？

>>718
答えるのも馬鹿らしいが関係あるよ。
論文を良く読んでごらん。

　　 ∧＿∧
　　（　　＾＾ ）＜ ぬるぽ（＾＾）

最近のTOPICはなんですか？

本道の方は飽和気味なので、外縁の方が元気が良いよね。植物とかさ。

初学者がシグナル伝達を勉強するときってどんな本を使いました？
大学ではほぼ全く関連する講義が無く、独学しようと思っているところです。

Molecular Biology of the Cellのシグナル伝達の章は、コンパクトにまとまってるだけじゃなくてなかなか野心的で勉強になりました。

漏れも読んでみるよ。

>>722
本道の方は飽和気味ですか…
植物関連の論文よくみますね。

MAPK研究ってこれからどうなるんですか？

まとまったいい本ないですかね。

>>本道の方は飽和気味
一理ある。
butまだまだ分かっていないことも多い。
例えばMAP3K→MAP2Kは？
今後はより上流シグナルが中心になるかも。
この分野は生物学全般では流行でなくなったが、
最近のトピックとしてはスキャフォールドによる特異的制御が面白い。
あまりにも広範囲なのでまとまったいい本はあ難しい。
Molecular Biology of the Cellは確かにいい本。
初心者には最適。
だけど最新情報を知りたいなら免疫関連の1章でも十分詳しいと思う。

白血病解析はすっかり浸透していますが、アルツハイマーの解析もやっています。
痴呆の一因とされていながらもその仕組みはよく分かっていないのが現状。
そこで、このプロジェクトでその仕組みを探ろうという訳です。
登録、ダウンロードはここの↓
http://folding.stanford.edu/
http://folding.stanford.edu/download.html←ここから。
ダウンロードしたら早速開始して名前を登録、
チーム番号に162と入れればチーム2chに入れます。
あとは勝手にやってくれます。
チーム2ch
http://folding.stanford.edu/cgi-bin/teampage?q=162
関連スレ
http://pc.2ch.net/test/read.cgi/pcnews/1033305670/l50
http://pc.2ch.net/test/read.cgi/mac/1049114730/l50
http://pc3.2ch.net/test/read.cgi/pc/1035462153/l50
日本語翻訳サイト　
http://users.hoops.ne.jp/nightingalegoo/index.htm
ちょっと参考に
http://homepage3.nifty.com/kazami/index.html
F@H本家サイトのソース丸パクリ日本語訳
http://www.inter1.jp/~kyw/fah/
みなさんのコンピューターの余力を使って、タンパク質の複雑な問題を解明しましょう。

>>728
早速ありがとうございます。
学部生なんで今勉強してるところです。

シグナル伝達系を包括的に理解するシミュレーション
なんて今後発展するんですかね？

>>730
個々の素過程が殆ど分かってないから無理です。

シグナル伝達論文はほとんどアーチィファクト

過剰発現は正直言って…そのシグナル伝達タンパクの機能の氷山の一角しか見れないからなあ

名前： 企業戦士
E-mail：
内容：
MAPKで抑えておくべきこと（基本ですが）
（１）細胞内でシグナルを伝達するリン酸化カスケード。
すなわち、一例ですが
　受容体
　↓　リガンド結合
　↓　上流シグナル（複雑です・・・）
　↓　MAP3K（Raf、Mosなど）リン酸化（活性化）
　↓　MAP2K（MEK1/2、MKKなど）リン酸化（活性化）
　↓　MAPK（ERK1/2、SAPK、p38など）リン酸化（活性化）
　↓　転写因子リン酸化（活性化）
　遺伝子発現誘導
といったようにセリン・スレオニン残基のリン酸化がリン酸化酵素を活性化し、次のリン酸化酵素をリン酸化していく。
リン酸化酵素にはチロシン残基をリン酸化するタイプの酵素もあるので混同しないよう。
また、これらのシグナルを負に制御する脱リン酸化酵素も存在。

（２）大きく分けてMAPKpathwayには3タイプ存在。
ひとつは古典的MAPKでERK1、2。
これらをリン酸化するMAP2K: MEK1、2
これらをリン酸化するMAP3K: Raf

2つ目はストレスなどで応答するSAPK。
これらをリン酸化するMAP2K: MKK4、7
これらをリン酸化するMAP3K: ?

3つ目のMAPKはp38。
これらをリン酸化するMAP2K: MKK3、6
これらをリン酸化するMAP3K: ?
（MAP3Kは正確には定義しにくい）

>> シグナル伝達系を包括的に理解するシミュレーション
皆さんおっしゃる通り難しい。
何故なら
（１）多くの研究は定性的に評価。
（例：　AとBが作用）
実際には定量的に解析しなければならない。
（例：　Aある条件においてBと何%作用し、Cとは何作用し・・・）
（２）細胞内で蛋白質は我々が定義する以上の多くの因子と結合・作用。
すべての因子を把握するのは実際には困難。
よって中々シュミレーションは困難。

まぁ、こういうのは面白いのですが、
http://kinase.uhnres.utoronto.ca/signallingmap.html
http://www.bio.davidson.edu/courses/Immunology/Flash/MAPK.html

http://homepage.mac.com/ayaya16/

735は基本的なことは分かってるようだね。

JNKの文字が見当たらないが？

>>738
JNK (Jun N-terminus Kinase)はSAPK (Stress Activated Protein Kinase)と同一です。

http://homepage.mac.com/ayaya16/

>>735
生命科学が精密定量科学となった今、今後は
定量的データが大量に出現すると思います。
それにともなってシミュレーションも進歩
するような気もするのですがどうでしょうか？

確かに理想ではありますが、
では定量的という観点から実験誤差などはどう対処すべきだろう。
AとBの作用がある解析では50%寄与、別の方法で解析すると35%。
定量的にはどう評価するのか？精密定量科学に本当になっているのか？
やるとしたらある一つの汎用性の高い解析法で固定した実験手法により評価した相互作用をインプットするしかないかな？
それでも細胞・組織及び細胞状態（活性化、生存率）、もしくは個体差などで各分子相互作用も変化するのでかなり大変だろう？
将来的には期待したいが、しばらくは20個ぐらいの限られた数での複合体、細胞内因子での相互作用を半定量的に評価するのが精一杯かと思う。

それにもかかわらず私たちの体がきちんと成すべき仕事を成し遂げているのは、細かいパーツの特性のバラつきに負けないrobustnessがシステムに備わっているからでしょ。

>>743
robustness→その通り。だからこそ定量的シミュレーションが難しい。
多分、生体は個体レベルでは分子的定量性が若干いい加減でも許容する。典型的な例がほとんどのKOマウスはへテロでは表現型が出ない。遺伝子発現が半分になっても大したことはないという場合が多い（これも所詮マウスでのことであるが）。
個々の遺伝子機能の閾値が低いためか、機能的重複遺伝子のため。
では定量的評価を本題のMAPKについて試みよう。
ヒトにおける定量的評価にはSNPsの考慮は必須だが、今回は無視。
まず細胞を特定する、でこの細胞上の受容体にリガンドが結合し活性化した。
次のステップの前に活性化前の細胞でのベースの細胞内状態の記載が必須、なぜなら特定のシグナルが入る前に多くの細胞では血清などで少なからずのシグナルが入っているから。
次いで、特定シグナルからMAPKカスケード上流を定量的評価しよう・・・この時点でまずツマズク。現時点でも論文で一致した見解が得られていない。
ま、これはパスしたとして複数存在するMAP3K活性化を個々に定量的評価。
次に最低2種類のMAP2K、及びMAPKを定量的評価。ここまでできたとしよう。
次のステップであるMAPKの基質は現時点でもかなりの報告があり、かつ全てが明らかとは思えない。
この中にはMAPKカスケードの正・負に制御する（ループ）因子が含まれる、例えば脱リン酸化酵素。
これらを先の定量的評価系に時系列に従い、挿入する・・・
とここまで記載しても結構嫌気が差してくる・・・やっぱ難しい。

企業戦士さんの言いたいことなんとなく分かったよ。
さらに悲しいことには、仮に全てのパーツとその特性が記載できて、そのデータでモデルを作ることができて、そのモデルが実際をシミュレートできたとしても、それって今オレが研究をやってるインセンティブであるところの「分かった！」って腑に落ち方とは程遠いんだろな。

>>745
シミュレーション、完全否定はしていない。むしろその分野のヒトが頑張って開発してくれることには期待はしている。
その意義も無駄あとは思っていない。俺はその分野の開発には携わらないが。ただユーザーとして定量的評価に活用するのはしばらく無理かなと。
むしろ下記のお遊び程度で満足している面もある。
http://www.bio.davidson.edu/courses/Immunology/Flash/MAPK.html

きしつとこうそとしての相互作用以外にも効率をあげるための結合があるらしいけど、それは重要なの？

>>747
それこそが本スレッド、>>1　
の答えのひとつです。

SARSは細菌兵器なのだ！　　１２モンキーズと同じだ！！　　最初は、ただの肺炎だと思われていたが、数年後には世界中の人口の９０％がＳＡＲＳによって死んでしまうのだ！！ 　このままでは世界人類が滅亡してしまう！！！

それとこのスレの因果関係は？

>>747
それ詳しく教えて下さい。
論文とかありますか？

例えば、scafold蛋白のこと？
それならscafoldとMAPKで検索すれば情報入手できる。

scaffolding

>>753
申し訳ない。訂正。
綴りはscaffoldingもしくはscaffold

MAPKなんてやっても、オンリーワンにはなれん罠。

755は素人

オンリーワンが目的なら、ＭＡＰＫに限らずアクティブな分野では無理だろ。

オンリーワンになるだけだったら、だれでもなれる。
でも、そのオンリーワンは「その他大勢」とほとんど同じくらいか
それ以下の価値しかないということに、はやく気づけ。

なってから言え、タコ。

http://life.fam.cx/

やり始めたら想像以上に奥が深かった。。

MAP5Kってありまつか？

━―━―━―━―━―━―━―━―━[JR山崎駅（＾＾）]━―━―━―━―━―━―━―━―━―

━―━―━―━―━―━―━―━―━[JR山崎駅（＾＾）]━―━―━―━―━―━―━―━―━―

ありま温泉

マップカイネェス秋田

>>742,744,745

ここの研究なんて面白そうですがどうでしょうか？

名古屋大学大学院理学研究科生命理学専攻の提案した
「システム生命科学：分子シグナル系の統合」が
世界的研究教育拠点形成のための文部科学省・
21世紀中核的研究拠点（COE）プログラムに選定されました。
平成14年度から５年間の計画で、すでに平成14年10月から研究が
スタートしています。ここではその研究計画を紹介します。

他のスレにもカキコしてたな。
進学先候補か？

>>768
候補です。
どうなんでしょうか？

オリジナリティーなし。

「２ｃｈからきました」ってコメントに書いたら値引きしてくれたよ。

　http://www.dvd-yuis.com/

自分がやりたければ行けばいい。
それだけ。

はげどう

　　　 　∧＿∧
ﾋﾟｭ.ｰ　(　　＾＾ ） ＜これからも僕を応援して下さいね（＾＾）。
　　＝〔~∪￣￣〕
　　＝ ◎――◎ 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　山崎渉

age

　__∧＿∧_
　|（　　＾＾ ）|　＜寝るぽ（＾＾）
　|＼⌒⌒⌒＼
　＼ |⌒⌒⌒~|　　　　　　　　　山崎渉
　　 ~￣￣￣￣

AGE

ハッキリ言ってアメリカなどの多民族国家では黒人の方がアジア人よりもずっと立場は上だよ。
貧弱で弱弱しく、アグレッシブさに欠け、醜いアジア人は黒人のストレス解消のいい的。
黒人は有名スポーツ選手、ミュージシャンを多数輩出してるし、アジア人はかなり彼らに見下されている。
(黒人は白人には頭があがらないため日系料理天などの日本人店員相手に威張り散らしてストレス解消する。
また、日本女はすぐヤラせてくれる肉便器としてとおっている。
「○ドルでどうだ？(俺を買え）」と逆売春を持ちかける黒人男性も多い。）
彼らの見ていないところでこそこそ陰口しか叩けない日本人は滑稽。

MAPKカスケードはカスケードをとることで
どういう利点があるのですか？
二重リン酸化との関連は？

http://homepage.mac.com/hiroyuki44/

age

　　　 　∧＿∧　 ∧＿∧
ﾋﾟｭ.ｰ　（　 ・３・） (　　＾＾ ） ＜これからも僕たちを応援して下さいね（＾＾）。
　　＝〔~∪￣￣￣∪￣￣〕
　　＝ ◎――――――◎ 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　山崎渉&ぼるじょあ

なんかない？

いろいろあるさ

>>784
なんかネタ振ってよ

SproutyとSpredはどうよ？

国内でも色々と異論があるみたいだよね

http://ck.jp.ap.valuecommerce.com/servlet/referral?sid=2120992&pid=871320760
http://ck.jp.ap.valuecommerce.com/servlet/referral?sid=2120992&pid=871244644
http://ck.jp.ap.valuecommerce.com/servlet/referral?sid=2120992&pid=871244663
http://ck.jp.ap.valuecommerce.com/servlet/referral?sid=2120992&pid=871244709
http://ck.jp.ap.valuecommerce.com/servlet/referral?sid=2120992&pid=871244737
http://ck.jp.ap.valuecommerce.com/servlet/referral?sid=2120992&pid=871457383
http://ck.jp.ap.valuecommerce.com/servlet/referral?sid=2120992&pid=871244813
http://ck.jp.ap.valuecommerce.com/servlet/referral?sid=2120992&pid=871482337

>>787
どういうことですか？

>>779
知ってて振ってるだろ、オマエ

　　　 (⌒V⌒)
　　　│ ＾ ＾ │＜これからも僕を応援して下さいね（＾＾）。
　　⊂|　　　　|つ
　　　（＿）（＿）　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　山崎パン

エストゲンによってMAPKが活性化するって言う論文を読みましたが、
核内レセプターであるERのリガンドであるエストゲンがなぜ
核外のMAPKを活性化する事ができるのでしょうか？

何の論文？

おかねもうけ情報見つけました

http://pocket.muvc.net/job/index.html

>>792
回り回って

>>793
読んでいた論文は
Endocrinology. 2003 Mar;144(3):832-8.
Estrogen activation of cyclic adenosine 5'-monophosphate response element-mediated transcription
requires the extracellularly regulated kinase/mitogen-activated protein kinase pathway.
です。
あとこんな論文もあります。
Biochem Biophys Res Commun. 1997 Jun 9;235(1):99-102.
Rapid activation of MAP kinase by estrogen in the bone cell line.

いま気付きましたが>>792の書き込みはエストゲンじゃなくて
エストロゲンですね。すみません。

おれのとこじゃ、これらの論文読めないわ。
メジャー紙でないから、実験上のアーティファクトや、
ハンドリングの問題とかあるかもしれないけど、
察するに、E2のレセプターの候補が細胞膜にもいると考えてるのでは？
活性化が早いので回り回ってというのは違うね。

膜結合性のステロイドレセプターというのは既に複数知られています。
もともと転写を介さない速い反応は昔からいろいろ知られてたわけですし。
日本の学会のシンポとかではあまり話題に上らないようですが。
その中には既知の蛋白だったケースもあり、昔Scienceだかに載ってました。

>>790
詳しく教えて下さい

>>798
>>799
Endocrinologyの論文ではHT22細胞にERをトランスフェクションして
実験をしているのでERが核内ではなくMAPKの上流に発現していると
考えてよろしいのでしょうか？
ちなみにMAPKの活性化にはERは必要であるという結果は出ています。

こっちも専門ではないし論文を読む気はないですが、Abstractsを拾い読み
したところ、BBRC論文でもWadeらの以前の論文Endocrinology. 2001 142,
2336-42（BSA-E2を使用）でも膜にあるレセプターと考えています。
それがいわゆるER（つまり普通は核内にあるやつ）かどうかは、BBRCでは
濃度が違うから別物だと考えているようですが、Endocrinology 2003の
方ではWe have previously shown that both ER alpha and ER beta
are capable of activating the MAPK pathwayと言い回しており、当方は
その論文を同定してないので何とも言えません（ERをトランスフェクション
すれば各種膜結合型レセプターの発現も変わり得ると思うもので）。

ところでエストゲンとか言っているし、もう少し自分で調べられた方が
いいのでは。あまり甘えてばかりだと誰にも相手されなくなりますよ。

すみませんでした。
勉強不足については何も言い返せません。
ただエストゲンはただのタイプミスです。
いくら何でもエストロゲンぐらいは知っています。

とにかく貴重な意見ありがとうございました。
必死に勉強します。

age

MAPKKKKの研究ってどのくらい進んでるの？
酵母以外でもあるのですか？

ハエのドーサルクロージャーとか

まじレスすると世界はとまってないからです。
時間を考慮に入れてください。

ERK,JNK,p38などのクロストーク

JIPのこと教えてください。

すかほーるどでつ

クロストークといえば格好がいいが
実際のところどれが本質でどれがアーティファクトか
わからん、ちゅうこと。
よほど冴えた頭脳でない限り、いっさいがっさいが時間とお
金の無駄遣いにおわる可能性大

>>811
クロスの何が今は流行ですか？

age

ステロイドの膜受容体応答ってのは、なにか他の膜受容体へのアロステリックな作用によるものなのかどうか。MAPKと関係ないぞ、おい。

ある経路の活性化の結果、別の経路Ｂのシグナル伝達因子が転写レベルで活性化された時にまで「クロストーク」なんて言うのヤメレ！

培養細胞のみの結果で、シグナルが何々に大切だとかいうのやめて下さい。
そういう論文つまらない。

つまらないなら読むなよ。全ての論文は途中経過の報告にしか過ぎないものだから、次のステージで個体レベルの検証をすれば良いし、そのためにも必要な情報だろ。

HEK293Tこそ我がツールです。すべてこれでやりまつ。

washで剥がれがちなのが難点です

>>817
すばらしい　確かに正論だ。
途中経過でない完成された生物学にしか興味がなければ
それこそ２−３年遅れの教科書だけ読んでればいいわけだなあ。
ブラボー

あぼーん

A positive-feedback-based bistable 'memory module' that governs a cell fate decision.

Xiong W, Ferrell JE Jr.

Department of Molecular Pharmacology, Stanford University School of Medicine, Stanford, California 94305-5174, USA.

The maturation of Xenopus oocytes can be thought of as a process of cell fate induction, with the immature oocyte representing
the default fate and the mature oocyte representing the induced fate. Crucial mediators of Xenopus oocyte maturation, including
the p42 mitogen-activated protein kinase (MAPK) and the cell-division cycle protein kinase Cdc2, are known to be organized
into positive feedback loops. In principle, such positive feedback loops could produce an actively maintained 'memory' of a
transient inductive stimulus and could explain the irreversibility of maturation. Here we show that the p42 MAPK and Cdc2
system normally generates an irreversible biochemical response from a transient stimulus, but the response becomes transient
when positive feedback is blocked. Our results explain how a group of intrinsically reversible signal transducers can generate an
irreversible response at a systems level, and show how a cell fate can be maintained by a self-sustaining pattern of protein kinase
activation.

>>822
他は？？

age

あげ

ノックアウトマウスで、偶然にもMAPKのリン酸化が起こらなくなった、
あるいは一部の細胞でMAPKのリン酸化が抑制されていたという例はありますか？
しかし、このスレの前半の人達は凄いですね。Come back!

しかし、カズさんは記憶研究からは足を洗ってしまったのか。
利根川さんもschizophreniaを始めたとどこかで読んだ気がするが。
利根川さんのセル論文出ていたけど、MEKのノックアウト（すでにあるのだろうけど）
ではなくて、ドミネガにしたメリットってなんなの？　

ERK1/2, JNK, p38 および各々のリン酸化に対する抗体ですが、
みなさんどこのメーカーのものを使っていますか？

Promegaが一番よい

I型インターフェロンとの絡みはどうなってますか

て言うか、リン酸化そもそも終わってねぇ？

え？　これからやろうとしているのに。

Signaling switches and bistability arising from multisite phosphorylation in protein kinase cascades.

実験医学2004年6月Vol.22,no.9
「複雑な生命機能を制御するタンパク質就職」

マップキナーゼするにはどこのラボが良いですか？

名古屋大学？松本？貝淵？

貝●さんのところからばんばん論文は出ているんだけど、
いまいち腑に落ちないというかなんというか、
言いにくいなあ。

>>837
あんた分かってるなぁ。
禿しく胴衣。胡散臭よな。

>>838
貝●さんのところの論文は、まず始めにストーリーありきで、
そのストーリーに沿うようにデーターを出してうまく
並べていってるような印象を受ける。
あのE-cadherinの論文もそんな感じだったよね。

JNKの上流のkinaseとかいったら、いってみろとすごまれました。

MKK7はGADD45βと結合する。
NF-κBはGADD45βを介してMKK7を阻害する。
MKK7-/-マウス由来fibroblastはG2/Mアレストをおこす。
しかしGADD45βがG2/Mアレストを誘導した、というデータはない。

TRAFとかだってMAPKカスケードの上流因子と直接相互作用すんぢゃん。

crosstalk大杉

841の情報は1文が甘い。

>835

貝●さんとこ、MAPKなんてやってないべ。

>839

トップジャーナル狙ってるラボなんて、みんな似たようなもんでしょ。

おまいらノーベル賞候補と言われる某氏を忘れてないか？

なんだTRAFって？

MAPKKKKKKKKKK　ってなんだよ　ﾜﾛﾀ

MAtsumotoK

杉本さんてどうしたの？

弟子を連れて海外に行ったそうな(詳細求む)
てか、杉本さんてMAPKってわけでもないだろ

良スレあげ

a

松K

S本さんは弟子を連れてニュージャージーに行きました。
ってもう知ってるかな。

このスレ通し読みしてきたけど前半は確かにすごいな。
案外I江さんあたりが書き込んでたんじゃないだろうか。