Ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃｓ教信者大集合

ゲノムインプリンティング、Ｘ染色体不活化、
クロマチンリモデリング、ＤＮＡメチル化などなど
この際、メンデルしか知らない輩は相手にしないぞ！
Allan Wolffe追悼記念スレ発信。

>Allan Wolffe追悼記念スレ発信。
Alanだバカモノ。

で、それだれ？
ArabidopsisのMOM遺伝子はすごい面白いよ！
植物以外の人も読んだほうがいい。
Natureだ。検索せよ

ハブさん＠シンジェンタのしごと？

教祖も筆の誤り。
日本は少しこの分野が弱い気がするけど、
「風土」に合わないのかな？

bisulfate sequenceやったことある人いる？
おれは挫折した

人の遺伝病でインプリンティングセンターとか
言ってる先生いるね。たしか、熊本医科大だったような。

>>6
阪大の田嶋さん。

>>6
ずいぶん昔にやった。
エピジェネシス＝DNAメチル化と日本で考えられていた頃の話。
苦労したが何とか出来た。

>>7
熊本大の中○さんじゃないのか？
最近はインプリンティングに話がとどまっていないのが面白いぞ。
というのもエピジェネ機構のポイントはDNA修飾でなく今やヒストン修飾だから。

複製の研究者でエピジェネシス真剣に考えている人いないのかな。
この辺の話、詳しい人いる？

>9
>エピジェネ機構のポイントはDNA修飾でなく今やヒストン修飾だから。
その見方は甘い。甘すぎる。

エピジェネティクスのメカニズムは、DNAでもヒストンでもなく、
「クロマチン修飾」という文脈でとらえなければならない。
DNA修飾は重要、もちろんヒストンの修飾も重要。そして今後は、
クロマチン構成因子群、なかでも非ヒストン因子の修飾に関して
新発見があいつぐであろう。

>>10
そうでよね。DNA修飾とヒストン修飾の相関がアカパンカビで
証明されました。まさに「メチル化」万歳！！！

>>9
確かMeCP2は複製装置の一員だと、Adrian Bird様が宣っておられた。
論文になってるかな？

>>3
植物のMOM＝ホ乳類のMi-2でいいのかな？
特異的なメチル化が影響を受ける点がおもろいですね。
だめもとで、ESTのホモロジーサーチをかけましたが、
見事にハズレ。(*^_^*)

つまらない分野だ！かもね？by 隣のドクター

そんなドクター、ポアしてよし！
（うそだよ。(^^)）

そういえば、エピゲネのノーベル賞ってまだだね。
Xistあたりいいんじゃないの？

MOM=Mi-2 じゃなかったようなきがする
MOMがmutantになると，
DNAのメチル化の状態は変化しないのに（即ち，メチル化されたままなのに），
サイレンシングされている遺伝子のサイレンスが
解除されるんだよ．

>10>11

アカパンカビ〜？
そういうつまンない話でなくて、
ポリコームとか、homeobox genesのはなしでしょう。

欧米ではブレイク寸前のにおいを感じるけど、
日本ではだれもやってないのか〜？

日本で、植物で、エピジェネティクスやってるのは
Ｋ谷先生だけだろうか。

>>15
Homeoboxもですか？！その話を「お話」としてもう１０数年前から
提唱してるひとがうちの近所のラボにいるが、本人はもう気にして
ないみたい。（イギリスより発信中）
Epigenetic情報を維持する機構は今のところ解ってない（まあ情報
改変のメカニズムもまだだけど・・・）ので、楽しみだなあ。

>>14
つまりHDACへの橋渡しがうまくいかなくなってる、でいいでしょうか？
そこんとこチェックしてるのかな？

Polycombによるクロマチン制御もエピジェネっていうし、
メチル化によるサイレンシングもエピジェネっていうよね。
この２つ、メカニズムはなんか関係あるの？
メチル化のほうはよくしってるが、
Polycombみたいなのはあんまりしらないので、
だれか解説して

>18
Birdが最近のGeneDevのReviewで
PcGとDNA methylationがinterchangeableの関係にあるんじゃないか
なんて面白いこと言ってるよ。
Adrian Bird
DNA methylation patterns and epigenetic memory
Genes & Dev. 2002 16: 6-21

Birdで思い出したが・・・
エピゲネに関連した（特にメチル化）分子をノックアウトすると、
神経系に異常がでるものが多い気がする。
神経系のエピゲネもあまり盛んではないなあ。（Rettを除いては）

神経系に異常が出る（神経系にしか異常が出ない）のは、システムが複雑になる
ほどちょっとした撹乱に弱いからでしょ。

１９信者に教えてもらったので、「つん読」予定だった
論文コピーを見てみた。
「DNAメチル化は副次的である」と言うニュアンスが強いようです。
まあ教祖も尊敬するひとなので反論はしませんが、大胆！

俺もそう思う。メチル化はどうでもいい。
クロマチン構造の方が大事。

我が教義を普及するのにもってこいのイケテル研究室は
どこにあるのだろう。残念ながら教祖はまだ独立していない
ので、世界規模でsuggestionsを乞います。
PS　エピゲネ異常がもとで病気になるものも結構あるが、
どれもかなりマイナーです。なにか「これもそうだったか！」
と、驚くような新発見はないかな？

がん化のエピってどっかやってないの？

癌のｅｐｉは古典的でしょう。
Genesisあたりに近々レビューが載るはず。
２５信者は具体的になにか興味がおありで？
（信者の悩み相談が教祖の仕事）

他のスレで隔世遺伝に関する問い合わせを発見しました。
これってここの話題でしょう。どなたか解説を。

PcGと隔世遺伝は今勉強中です。

MARに興味のあるひといませんか？

age

シグナル伝達ブームに近いのか？
機構の解析は面白そうだが、細胞分化とか特異的遺伝子発現の話になってくると
せいぜい５アザシチジンで変な細胞が出来た程度の話にしかならない
だからどうしたと言う分野

KeystoneでのSymposium
Epigenetics in Development and Disease に行く人いませんか。

Keystone７月だったっけ？
他の学会と重ならなかったら行きたいが。
まだデータが・・・

>>30
うなずける部分もありますね。ご指摘のように、まだ重要な
生命現象を全て説明するところまではいってないのよ。

しかし特異的遺伝子発現は徐々に出てきています。
（例えばDev Cell 2001 Dec;1(6):749-758. DNA Methylation Is a Critical
Cell-Intrinsic Determinant of Astrocyte Differentiation in the Fetal
Brain.やNat Genet. 2001 Nov;29(3):332-6. Epigenetic silencing of CD4
in T cells committed to the cytotoxic lineage.）

しかしAzaCが乱用されていることは胴囲！厳密にde novo methylaseの
機能を見るために用いるべきだ。（整合的に確立されたメチル化パターンを
ぐちゃぐちゃにして、何見るちゅうねん！）

ところで教祖から迷える子羊さん（３０さん！）に問題。
培養細胞を用いてstable transformantsを作るときに、neoなどの
選択用抗生剤を抜かない方が目的遺伝子の発現量が高く維持される理由
知ってますか？これもエピゲネなんですよ！

>33
個々の細胞レベルで見ると結果は汚いと思います

不活性なレトロウイルスプロゲノムの活性化とか
グルココルチコイドでクロマチン構造の変換が起こるとか
いったい何年前の研究テーマなんだ？
新たな切り口はポリコムとか役者が多くなっただけ

シグナル伝達同様に結局最後は混沌で終わるでしょう
次のブームは何年後か？

30さん、ええこというな。m(_ _)m

確かにマイブームで終わらないように、すこし未開な分野を
切り開く努力が必要でしょうか。エピゲネやってるひとは、
核の中しか見てないですが、本当に生命現象との関連を
解析するにはもっと視野を広げないと。

ご指摘のシグナル伝達から始まって、その情報がゲノムに
記憶されるまでが広義のエピゲネのはず。今は論文探しても
こんなのはまだ見ませんよね。これこそが「新たな切り口」
になると思ってます。

中央高等学院の従業員「西部」が女子トイレに闖入し
汚物入れを物色して女子生徒の使用済みタンポン・ナプキン等を
個人的に収集しているというのは事実。

中央高等学院では
生徒及びその保護者の個人情報を名簿図書館等に売却しています。
中央高等学院 http://chs-f.com/index.html 中央高等学院福岡校
http://www.chuo-school.ac/

>>36
メチル化のおしおきを！

ＭＢＤ２＝demethylaseはデマに終わったが、真性demethylaseは存在
すると思いますか？

>>36
このコピペ厨房のクロマチンの全てのヒストンが脱アセチル化するよう呪っておいた。

>>37
いい質問だ。
存在しないとはいわないが、デアミレースとの区別が
難しいからなあ。
誰かいいアッセイ系を開発してくれたまえ。

>>38
優良信者発見！

デアミレースということは、mutationを想定しての上ですね。
それだったら、受精の際、paternalゲノムがメチル化を剥奪
される系はどうでしょうか？Brian Heindrichあたりが日本語
しゃべれたら参入してくるところだが・・・（彼まだ結構若いぞ）

DNAのメチル化のパターンって何で決まるんですか？
ある特定領域だけが何らかの方法で認識されメチル化されているのですか？
逆に基本的に全部メチル化されてるんだけどある特定領域だけメチル化から免れているのでしょうか？
どっちなんですか？

>>40
それが究極の質問です。
哺乳動物の場合、大部分のシトシンはメチル化されてます。
しかし、ＣｐＧアイランドと呼ばれるＧＣリッチな領域は
一般にメチル化を逃れてます。これらは遺伝子のプロモーター
に見られることが多いので、発現すべき遺伝子はうまく
メチル化によるサイレンシングから逃れています。ここ
からは想像が入りますが、もともと転写因子がくっついて
いてアクティブに転写されているプロモーターは、メチル
基付加酵素がアクセスしにくくなり結果的に非メチル化
状態になるのでしょう。ただし、これでのみメチル化
パターンを説明するのは無理があるのです。ゲノム
インプリンティングなどがそれに当たります。
後２０年ぐらいしたらもっと確かなコメントができるでしょう。
（「どっちなんですか？」に対しては、「どっちも」と
しか今のところ言えません）

>>31
HTMLをうぷしてちょ。

勘違いしてた。
キーストーンはこちら。
http://www.symposia.com/Meetings/ViewMeetings.cfm?MeetingID=602

age

>>41
例えば、TGとかで外来遺伝子を無理やり入れた場合、メチル化されるんですか？
いわゆる位置効果という導入遺伝子の発現の違いはメチル化されるかどうかということなんですか？

ターゲティングの場合、多少外来遺伝子があっても、その遺伝子座に
応じたメチル化に従う場合が多いようです。また外来物として
認識を受ける機構のひとつにリピートがあります。ゲノムに
ベクターを放り込む方法では、多くの場合多コピーで入りますが、
これが発現を下げる要因としてあります。
結果としてみると、発現が何らかの要因で妨害されてしまった
遺伝子領域はメチル化されているようです。

Groucho/Tleあたりが今後の展開として注目株と思いますが、
信者の皆さんのコメントをお待ちしております。

たとえ一人になれども上げ続けるぞ。

エピゲネにおけるnon-coding RNAの示す役割について
話したい御仁はおらぬか？

エピジェネティクス興味あるんだけど、
どこから手をつけたらいいのか、って感じです。
なにかいい本ありますか？

>>48
細胞内での RNA の局在の話でしょうか？

RNAiの機構とXistの機構は何か関係があるんですか？

>>エピゲネ素人その1 さん
冒頭で述べた故Alan Wolffe氏のChromatinがよいのではないでしょうか？
ただしこの分野も、動きが激しいので、レビューの方が正確な情報が
得られることと思います。
細胞内でのRNAの局在もエピゲネ現象の重要な一因ですね。５０さんの
ご指摘のXistなどもその一例としてよいのでは。またゲノムインプリン
ティングで重要視されるH19などもよく知られている分子です。

>>50
直接は関係がないように見えますが。
X chromosome inactivation に関連してJaenischらがNature Genetics
に論文を出してますね。ここでもリピートが注目されてます。

>50
今、いちばんホットな問題。誰しも考えているけど。
誰か､答えを持っていたら、教えてくれ!

>エピゲネ教祖
Alanがブラジルで交通事故でなくなったのは惜しいですね。
Hal Weintraubに続く、悲劇・・・
Weintraubには、かなわない？

>>エピゲネさん
入信します
JaenischのNature Geneticsを教えて貯
がんばってねこれからも

age

>>52
本当に惜しいね。まだ４０前半だったんでしょ。
３５からNIHのdirectorと聞いたけど、とにかくもの凄い
勢いでした。合掌。

>>53
ありがとう。
Ｘ染色体不活化は専門じゃないけど読んで報告します。
ではこの辺で。

やはりDNAのメチル化の話に偏っていますな。
エピジェネシスが生物に共通な現象であるなら、機構に関係する因子も共通であることに注目したい。
DNAのメチル化がない酵母やハエでも通じるものを考えると、HP-1、SUV39を含めヒストン修飾に絡むやつが目立つ。

それでは面白くないので、ヒストン修飾に関係せず、かついろんな生物のエピジェネシスに共通して関わる分子って何かあるのだろうか。ご存じの方教えて。

ｐｓ）
で、non-coding RNAに興味あり。ハエのroxなんて、むちゃくちゃおもしろい。

>>56
むっちゃ初心者ですんません。
酵母やハエはDNAのメチル化がないんですか？
初めて知りました。
アセチル化はあるんですよね？

>>56
教祖の友人でＲＮＡのエピゲネやってるひとがいます。
彼の言い分は「最初にＲＮＡありき」です。
彼とは違いますが、こんなのもnon-coding RNAの機能として
面白いと思います。

Mol Cell 2000 Feb;5(2):377-86
Intergenic transcription and developmental remodeling of chromatin
subdomains in the human beta-globin locus.

ただヒストンと全く無関係かどうかは言えませんが。
ハエのroxはうろ覚えなので、復習してからコメントさせて。

>>57
アセチル化ってあるの？

>57,59
アセチル化とは、ヒストン修飾のことでしょう？
DNA（正確にいうとCpG）修飾じゃなくて。

ヒストン修飾なら、アセチル化、メチル化、リン酸化すべてハエや酵母にあります。

>58
多くのインプリンティング遺伝子に見つかっている逆向きの転写産物RNAの機能は、今どう説明されているのでしょう？
例えばXistに対するTsixとか。
教祖の友人はお詳しい？

>>60
実はその話を昨日、さらに別の友人と１時間ぐらいだべってたところ。
いわゆる特定の遺伝子領域にクラスターを作っているインプリンティング
遺伝子（ＩＧＦ２、Ｈ１９など）にもアンチセンスは存在しますね。
この場合も面白いのが、センスと同様の組織に発現し、しかも別のアレル
から発現している物です。いわゆるアンチセンス効果で、ものの発現が
制御され、よくいわれる「paternal-maternal conflict」に合うから
でしょう。しかしこのような面白いアンチセンスばかりではなく、
おなじアレル由来のもの（IGF2など）もあるので、そう言うやつは
「相手にされない」のが実情みたいです。
一般的な機能は、「わかっとらん」のだそうだ。

>>61
なるほど。機構に関わるか否か、相手にされてないというわけね。
やはりRNAではインプリンティングのアレル特異性が説明しにくいのかな。

やはり教祖にroxの感想を聞きたいところです。
non-coding RNAとして働くだけでなく、その遺伝子領域がエピジェネシスを起こすcis部位になるというストーリー。
確か常染色体にtransgeneして、その挿入部位にエピジェネティックな変化を起こすという話。

時間稼ぎあげ。

サイエンスにでてましたね。Parthenotes（雌性単為発生）を用いて
霊長類のＥＳ細胞を作れるそうだ。つまり受精させずにってこと。
倫理面ではどういう評価なのでしょうか。
（つうか、時間稼ぎパート２）

>>64 教祖さま。
素人には雌性単為発生とエピゲネは関係なさそうみえるのですが、
単為発生したときにインプリンティングがどうなるか、という
つながりでしょうか。

ところで、雌性単為発生するもとの材料が卵なら、
半数体になっちゃうのでしょうか。
それともどこかで倍加させるのでしょうか。

>>65
はいよ〜。ごめんね、インプリンティングつながりでした。
単為発生がほ乳類でうまくいかないのは、胎盤を持つ生物特有の
エピゲネ（＝インプリンティング）ということで納得してちょ。

半数体にはなりません。極体が放出されないからです。
ただ、野郎には自己細胞というわけにはいかん。おなごの
特権のようで・・・
また問題点は、父由来のアレルからしか発現しない遺伝子
（たとえばIgf2）は、この細胞では発現しないことです。

ポスドクから入信したのですが、海外留学するなら
どこのラボがいいでしょうか？
日本人ポスドクがばりばりやってるラボってありますか？

そりゃやっぱり教祖様のラボでしょ。と言いたいとこだが、
あいにくＰＩとポスドク１人の小所帯なもんで・・・
さて、どんな仕事をしたいのかにもよりますが、論文の勢い
で見るとJaenish,Tilghmann（スペル違うかな）,Birdって
ところでしょうかね。ケンブリッジのインプリンティング
グループには優秀な日本人ポスドクがばりばりで頑張って
おられる様子。Cardiff大のMartin Evansもまだ現役だし。
教祖はイギリス在住なので北米のことはほかの信者さんに
バトンタッチ。

>67,68
北米じゃ、Bob Kingstonはどう？
彼、PcG始めたし。
優秀だけど、あまり良い噂は気化内。

あっ教祖さまはイギリス在住ですか

今は博士課程ですが、Yeastを扱ってます
だから、酵母業界のLabの方が行きやすいかなと思ったり
哺乳類業界にも興味があるのですが、ちょっと迷ってます
興味あるテーマを絞ってしまえば、行きたいラボも決まると思うのですが
まだ悩んでるところです

すいません、まとまってなくて・・・

>70
教祖さまなんて持ち上げるから、つい情報もないくせにカキコしてます。
こっちから質問ですが、酵母でエピゲネをするメリットはなんだと
お考えですか？実は教祖は酵母は苦手分野になるので、ちょっと教えて。
そのメリットが使えそうな別のエピゲネ分野なら紹介できんこともないし。
日本でやって来たことを生かして、海外で別の分野にチャレンジするのは
珍しいことじゃないですよ。

エピジェネ素人の私が返事していいのか分からないですけど、
酵母を使う一般的なメリットは
・一応、真格生物で減数分裂もできる
・ジェネレーションが早い
・一倍体でも増殖するので、遺伝子破壊が簡単にできる
・ゲノムシーケンスが完了してすべての遺伝子が決まっている

ただ、エピジェネに特有なメリットがないと、20-30年後の将来は
アカパンカビのような存在になってしまうのではないかと心配してます。
今はモデル系として扱いやすいのが、酵母の最大のメリットだと思いますが、
すでに哺乳類との違いがたくさん報告されていて、いつまでモデル生物と
しての地位を保てるのかなと・・・

67さん。
一般分子生物学的手法としての酵母が非常に使い勝手がよいのは
知ってました。うちでもターゲティングコンストラクトを簡便に
作成するため、酵母でのshuttle vector系を使ってるし、yeast-
two-hybridも手を出してみたいところです。
エピゲネのモデル系としての酵母となると、やはりそのシンプル
さがあだになるのでしょうか？しかし最近の話題で、ヒストン修飾と
DNAメチル化の関係のひとつが初めてアカパンカビで証明されるなど、
大変ベーシックな部分はやはりこれらの系に依存するところが多い
ですね。かえって哺乳類だけみてるのは、後手後手を踏んでることに
なるのかもしれません。
だから６７さんの酵母での利点を生かすには、まだ未知の部分の多い
ほかの分野での基本的なエピゲネに転向して、必要とあらば他人には
取っつき難いモデル系でも仕事を辞さない柔軟性を売りとするのも
一つの選択肢のような気がしますね。

ずーと書き込みできませでした。
やっと復活かな？

>73
心強いコメントありがとうございます。
酵母”も”扱えることを売りするといいのですね。

教祖、体験入信です。しろうとなので教えて下さい。
DNA methylationまたは、Histone methylationは分裂の際どうなるのですか？
依然、複製のときに　セントロメア領域は複製が他よりも少しおくれると読んだことがありますが。
関係ありますか？

すかべんじさん初めまして。体験入信大歓迎！
ちょっと頼りない教祖ですけど・・・

複製の時のはなしですね。
メチル化に関しては、maintenance methylaseなるものが存在します。
多くの場合メチル化はＣＧと連なっているところのＣに付いてます。
これが複製するとhemimethylation（片鎖のＣにしかメチル基が付いて
ない状態）が一時的に発生します。この「中途半端」な状況を解消する
ため、hemimethylationを検知してこれを是正するmaintenance methylase
が存在します。分子としてはDnmt1と呼ばれてるものです。問題なのは
このメチラーゼがうまく働かない場合です。この場合、メチル化が結果的に
脱落していきます。Passive demethylationと呼びます。この現象は発生の
極初期に起きているとされます。

さてヒストンの場合ですが、・・・・
スマソ、ようしらんのじゃ。（謝
他の信者さん助けて。

クローン猫のｃｃは、親猫（核のドナー）と毛並みが違うらしい
エピジェネティクスか？　

>77
その通りじゃ。えっ、メカニズム？
・・・・・・・(^_^;)

１＞
Allan Wolffeって、死んじゃったの？
まだ若かったんでしょ？

関係なくてスマンけど、、

>79
>>52 と>>55を見てね。
彼こそ本当の教祖的存在だったのにね。合掌

分野はちょっと違うけど、僕もAlan Wolffe氏の
Chromatinは持ってます。

しかし、、、何とも残念なことですね。

Oriは、なぜそこから始まるのでしょうか？
どうやってOriは決められたのでしょうか？

>82
それエピゲネかい？
ふつうのgeneticsは詳しくないのでごめんなさい。
他のスレでどうぞ・・・

>>82
ORCがついてる

教祖、target methylationの心をお教え下さい。
転写因子または子ファクターによって遺伝子の特異性は規定されているのでしょうか。
どれくらいの数の因子が分かっているのですか？

>85
Target methylation & demethylationはまさに私がこれから
自分の系を用いて観てみようとしてる分野です。ということは・・・
まだほとんどわかってないんだね。
すかべんじ氏も特定の興味がおありですか？

別スレを立てたかたがいらっしゃるみたいなので、あげとくね。

今投稿準備中のペーパーが旅立ったら、今まで溜まってた質問に
お答えします。それまでは、しばしの時間稼ぎ。

教祖、遺伝子特異的な抑制機構に興味があります。
特定の因子ということよりも、どの程度以前から言われている因子の関与、
例えばDnmt1とRBなどは、信用されているのか？というのが素人からの疑問です。
とちょこっとだけ書いてあげときます。

教祖ーーー！さがってます！

学生なんだけど、生物のイイ参考書ってないのかなー？あったら教えて欲しいなー

明日投稿します。初のメジャー挑戦。しかし、エピゲネではないの・・・
教祖の皆さんのもう少しのご辛抱をお願いしたく存じます。

>91
大学生？だったら明日発売のＣｅｌｌ買いましょうね。

「教祖の皆さん」→「信者の皆さん」の間違いです。<(_ _)>

それとＣｅｌｌの発売は延期みたいですね。

メチルかを完全になくしたら、クローンは簡単にできるのですか？

>94
DNAメチル化を極端に減らしてしまうと、マウスでは死んでしまいます。
（Dnmt1ノックアウト）
だけども、メチル化の少ない生物はいます。ハエやエレガンスなどが
そうです。

>89
Dnmt1はメチル化を維持する酵素なので、改めて遺伝子発現を止めることは
しません。一時期MBD2というメチル化結合因子が、新規のメチル化を導入
するとして注目されましたが、どうもデマだったようです。既にメチル基
が導入された領域は、MeCP2などのメチル化結合因子がHDACなどをリクルート
することで発現がオフになります。
Rbはようしりましぇーん。

最近はやりのクローン動物や幹細胞生物学も、エピゲネを注目し始めて
ます。興味のあるみなさーん、どんどん入信してくだされ。

（布教活動に余念のない教祖でしょ）

Jaenischさんに脱帽。今度ウイーンに会いに行きます。

ageru

なぜ遺伝子発現制御といわずにエピゲネというのか？？
言葉のトリックにすぎんな

MAR興味ありあり。
その実体は？？

>99
迷える子羊を発見しました。
エピゲネが根本的にご指摘の遺伝子発現制御と一線を画しているのは、
通常の転写因子による遺伝子制御は「時と場合によって」同じ因子が
発現していても、結果が左右されることがあることです。この様々な
状況をエピゲネが作り出してる訳です。そこの区別を明確にしたいが
ために、Epigeneticsという言葉を用いているのですね。

>100
MARをゲノム上で発見するソフトなるものがあるそうですね。
教祖も大変興味を持っている領域です。最近聞いた話では、MARが
ゲノムインプリンティング現象におけるひとつのインプリントだと
いうものがありました。今投稿中だそうですから、詳細はもうちょっと
待たないとわかりませんが・・・

>MARをゲノム上で発見するソフトなるものがあるそうですね。
え、本当ですか！？使ってみたい。どこで手にはいるのでしょう？
ちと論文検索してみます。
MARに関しては、もしかすると人によって全く違うものを追っている
のではないかという疑問も拭えないところもあるのですが・・・

>もしかすると人によって全く違うものを追っている
>のではないかという疑問も拭えないところもあるのですが・・・

そうかも知れません。（藁
重松先生は「目で見る」のがベストだと・・・
今ちょっと件のソフトについては詳細がわかりませんが、
わかり次第アップします。

THNXです。＞ソフト

Genome Res 2002 Feb;12(2):349-54
In silico prediction of scaffold/matrix attachment regions in large genomic sequences.
Frisch M, Frech K, Klingenhoff A, Cartharius K, Liebich I, Werner T.

教祖様、どうやらこれではないかと思われます。

MAR-Finder (Singh, Kramer and Krawetz, 1997) and
ChrClass (Glazkov, Rogozin and Glazko, 1998) are
compared and it is concluded that both programs
can be recommended for analysis of eukaryotic genomes

こんな情報もﾊｹｰﾝされました！

了解です。
友人のよく使っているのはMAR-Finderの方だと思います。
１００さん、ご苦労様です。

100さん、
先日MARサブ教祖に話をしてきました。彼は染色体がMARにくっついていることが、その遺伝子発現の決定因子であると断言しました。つまりPol2が遺伝子にくっつくのではなく、遺伝子が活性化したMARに近づくのだそうです。
ホントの証明はこれからでしょうね！

おお、情報をありがとうございます。
断言・・・きっと何か確信に足る状況証拠があるのでしょうね。
これからが楽しみです。

こんにちは、教祖様｡Ｘ染色体不活化、クロマチンリモデリング、ＤＮＡメチル化
辺りに興味を持ち始めている一学生です｡
ＤＱＮ学生ではありますが、今後の身の振り方についてご指導お願いします｡
ちなみに、Natureは毎週欠かさず興味のある分野は目を通しています｡

学生信者さん初めまして。
なかなかいいところに興味が向いていらっしゃるようです。
まず、一生一学徒としてやっていくだけの覚悟があるかどうかですね。
もし（建前だけでも）イエスなら、エピゲネは避けて通れないよ(^o^)

さてまじめな話、これまでは遺伝子発現調節の各論を、各ラボで断片のみを
見てきた時代でした。しかしこれからは、エピゲネを含めてこれらを包括的
に見ていく必要が出てきそうです。遺伝子アレルの核内の位置はどうか、RNA
のturnover、splicingはどう連動しているのか。これらが「これからの」
サイエンスであると思います。ではどう身を振るべきでしょうか？初めは
やっぱり得意分野を作ることが大切です。この意味でどこで研究していても
基本姿勢を守っておけばOKだと思います。

是非論文読んでて面白いことを思いついた日には、ここにアップしてみて
下さい。

ヒストンの修飾で、リン酸化はMAPKからくると言われています。
いま、細胞分化の際のエピゲネ的変化で、この辺を追っかけようと考え始め
ています。いまのところ、この領域はＩＥＧ（初期応答遺伝子）に限って
話が進んでいますが、もっと広く考えて、シグナル伝達系の記憶としての
ヒストン修飾の役割を模索しています。
どなたかうんちくを述べてください。

なんか激しく下がってるような・・・

MAPKの勉強してたらGSK3betaの方に話が向かって来てます。えらいこっちゃ。

　Dnmt1とRBは直接相互作用するぞ！　なんで、G1期にそんな結合をしてるんだ？

結局エピゲネもシグ伝と同じでクロストークの嵐で頭こんがらがって終わりだな
（細かい知識振り回すオタクが出てつまらなくなる）

エピゲネサラリーマンさんは、エピゲネと細胞周期をご覧になってるのですか？教祖は興味があってもなかなか手が出せません。

できればシグナルとエピゲネをつなげたいんですが・・・
Oxfordにやってるひとがいるみたいなんです。

現在はバイオ機器の会社で働いてますが、昔Dnmtの研究に関与したことがあります。
最近の認識としてDnmt1は維持型のメチル化を行うだけではなくて、他の因子
の活性を調節する可能性が示唆されてます。その例として、症状バエではDnmt1
ホモログがみつかってますがメチル化活性はありません。細胞周期におけるDnmt1
の他の役割については現在全くの未開拓分野でおもしろいとおもうんだけどなぁ

　マニアックあんど長くてスマソ

エピゲネサラリーマンさん、こんちわ。

そうでしたね。ハエではDnmtのみならず、MBDまであるんですよね。まったくなにしてるんでしょう？
Dnmt1に関しては、最近の論文でDnmt3との協調によって完全なメチル化維持を施している、というのがありました。
今日本にEn　LiのところからDnmt3をクローニングしたひとがかえってきて、神戸のCDBにいらっしゃるので、（お名前はど忘れ！）さらなる発展が待ち遠しいですね。

信者の皆さん、デメチラーゼのクローニング方法について語りましょう。

まず私から。
ヒトゲノムの配列から、DnmtとMBDのホモログを探し、抗体を作り、雄性前核が染まるものを同定する。
当たれば、楽々ネーチャーアーティクル。（でもMBD2の例もあるし・・・）

定期ｱｹﾞ

ヒト細胞抽出液からデメチラーゼ活性のある分画を精製してきて、マスで同定。
デメチラーゼ活性なんてどうやってはかるんだ？　
　それよりも新規のメチルトランスフェラーゼの同定のほうが確率高くないか？
もう一つぐらいあるだろ。

>121
その線で見つかる気がします。確実にデメチル化が起きてる細胞を使うことが大前提です。
活性は、プラスミﾄﾞでメチル化して、メチル感受性酵素で切れないことを確認後、その抽出液で処理後、切れればＯＫ。
それにしても、楽ではないです。

済みません。下げてました。

教祖様。なるほど基本技でデメチラーゼ活性を追うことができるんですね。
問題はメチル化因子をつぶした細胞が必要ですか。。。こっちのほうが大変
そうですね。昔新規のメチルトランスフェラーゼの存在の可能性がネイチャー
に載っていた記憶があるのですが、Dnmt1とDnmt3をダブルでつぶすと、ゲノム
のメチル化はどうなるんでしょうか？最近の事情は知らないのですみません。

ダブルで潰すと、ほぼ完全にメチル化が取れます。（最近のサイエンス）

確実なデメチル化というと、受精後の雄性前核ぐらいしか思いつきません。もっとごっそりとって来れる出発材料はないものかなあ？

教祖様は、親世代が受けた各種のストレスが、その親の生産した
配偶子の遺伝子発現にどの程度影響を与えると御考えですか？
脊椎動物を中心にお答えいただければ幸いです。

信者さんこんにちわ。

これは他のスレにありました、獲得形質が云々というあれですね。
実は、あのスレに３で書き込んだのはわたしだ！

これはepigenetic inheritanceと呼ばれる現象です。遺伝子レベルで言うと、獲得形質がgeneticな影響を与えることは考えられません。
そこでエピゲネ！さすが信者さん、正しいスレに書き込まれましたね。
しかし問題発生。私自身、あのNature Geneticsの内容は覚えていないのです。

お待ち頂ければ調べてみますが、当教会には非常に優秀な信者さんが多数いらっしゃるので、そちらからの援護射撃にも期待してください。