☆ABCトランスポーターについて語ろう☆

生体内排出機構・ABCトランスポーターについて語りませんか？
私は相当初心者ですが、一緒に議論していただけると大変ｳﾚｼ。

詳細や私が見つけた関連HPは２以降にあげます。

特定領域名　ABC蛋白の多機能性と生命維持機構
cseika-1.kais.kyoto-u.ac.jp/ueda/jpn.html

がん治療戦略の我々の２つの標的
www.med.kyushu-u.ac.jp/facul/koho/anticancer.html

ここのHPでABCトランスポーターについての知見を得られます。

で、何を議論したいのかしら?

>>3
知見の交換や、質問・疑問などをみんなで検討したいのですが。

立体構造ってもう何か出てるの？

>>5
見たことないです。
どのようなカンジかってのは、上記植田先生のページで見れますが…
立体じゃないんですよね。

生化学会で予想立体構造をだしてたところあったぞ。

でかいから難しいんじゃあない。可溶性も低そうだし。

あれ、最近のscienceの表紙ってそれのhomologじゃ
なかったけ？

大腸菌のABC

ABCトランスポーターって具体的にどんなんだっけ？

酵母でかなり研究が進んでたような・・・

＞＞１
京大のサーバーってダウンしているの?
２のサイトにアクセスできん。

ABCトラポの分子メカニズムに興味あります。
とくに、基質選択性がどの程度なのかに興味あります。

イオンチャンネルの選択性はかなりわかってきたけど（今週のNature)、
ABCが運んでいる基質はかなりでかいから、
「うまいこと水和水を取り除いて、そのときの大きさでイオンを選択する」
ってストーリーじゃ、ABCトランスポーターの基質選択性は説明難しそう。

でも、私は専門じゃないので、
実際のところどのくらい基質選択性が厳密（いい加減）なのか知りません。

この辺り、知ってるかたいます?

レスがないようですが、
ABCトランスポーターの研究者って、その分子メカニズムには興味ないのかな？
はたから見てると、小さなイオンを通さずに（ホントか?）、
「比較的でかいものを能動輸送する」
ってところが面白いんですけどねぇ。

みんさん、遺伝子ばっかりやってるのかしら?

とりあえず構造を決めた論文などないか。

少し前なら発言しなかっただろうな（苦笑、および独り言）

>>5
全体かカセットのみか忘れたが立体構造解析したものはペーパーとして
見たことあります。
>>11
文字通りATP Binding Casette、数十アミノ酸からなるドメインでATP
が結合すると考えられいる、をもつタンパク質の総称です。またファミ
リーとして一番大きいといって良いほど多数存在します。
>>13
必ずしも巨大分子とは、限らないと思いますが。もっとも有名なCFTRは、
Clイオンを輸送してますしMDR1はNaイオンでしょう。なお基質？の特定
が難しいのはABCトランスポーターに限ってのことではないかと。このフ
ァミリーは構造が特徴的ですから分類は容易ですが、多くは何を輸送して
いるかわかっていないはずです。
>>12
進んだのは単にゲノム解析が終わったことによる余波程度かと。KOなんか
酵母は楽なんで他分野と比較すればもちろん進んでいるでしょうがそれぞ
れが何を輸送しどんな役割を担っているか、などは多くのABCで未知のまま
です。

ペプチドトランスポーターであるTAPは、TAP1とTAP2というABCトランスポーター
のヘテロなダイマーでできています。
こいつらは抗原提示のペプチドを小胞体内クウへ輸送します。そんなことだから
基質特異性はわりと低いようです。運ばれるペプチドのN末C末がわりとアミノ酸が保存されて
いるようです。

嚢胞性繊維症age

GPCRそのものがイオンチャネルの働きもあるって話信じます？

>>16,17　ご回答ありがとうございます。
さらに、いくつか質問させてください。

>>16
平面膜や再構成リポソームを用いて、
輸送速度や電圧依存性などを調べた例はありますか?
また、TAP1,2のように大きな物を運ぶ際に、
別のイオンも間違って通しちゃうって事はないのですか？

>>17
TAP1,2がダイマーとの事ですが、
これはどのABCトランスポーターもそうなのですか？
その二つの間の協同性はあるのですか？

ダイマーをくんではたらくABCをハーフタイプ
モノダイマーではたらくABCをフルタイプ
とよんでいて、フルタイプABCはドメイン構造やアミノ酸の数で
ハーフタイプABCふたつぶんに相当します。つまり、ハーフタイプがダイマーを
組んで、フルタイプの大きさに相当するというわけです。

フルタイプの細胞内局在は形質膜
ハーフタイプの細胞内局在はオルガネラ
らしいです。いまのところみつかっているABCは。
オルガネラといってもミトコンドリア・小胞体・リソソームなど
けっこういろんなところにあるみたいですね。

ところで、ABCにはなぜ興味をもったのですか？

>>21
私の専門はABCではありませんが、
ATPを使って仕事をするタンパク質の研究をしてます。

ATPで仕事をするメカニズムは
かなりの部分で共通だと考えてます。

そこで、他のATP駆動タンパクのメカニズムと
どこまで共通で、
どこからそれぞれのタンパク質独自なのか
を見定めたいのです。

なるほど。
それならば論文の名前はわすれましたが
current biology
に、tap1 tap2で、どのようにATPやADPが輸送にかかわっているかの
ひとつの仮説を提出しているのがありました。興味をもってよんで
いただけるとおもいます。論文名は自分で検索おねがいします。
たしかタンペとかいうひとが書いたものでした。かれはtap研究の
権威です。

灯台の徳田先生のグループの論文もおもしろかった。
読んでいる人多いと思うけど。
2000年4月のNatue Cell Boilogyに載ったやつ。

ありがとうございます。
参考にさせてもらいます。

>>13
＜他のATP駆動タンパクのメカニズムと
＜どこまで共通で、
＜どこからそれぞれのタンパク質独自なのか
＜を見定めたいのです。
なかなか面白そうですね。ただABCsuperfamilyをひとつに括るのは
いささか問題があるかと。先に例としてあげたCFTRなどは、transporter
と呼ぶのに適当かという意見もありまして、その働きはむしろchannnel
様らしいです。liposomeを用いた実験はもちろんありますが、やは
りきめ細かい部分まで及んだものは医学的実用性が高いCFTRをはじめ
とする一部のものに限られます。それらは結構古いペーパーでもあり
ますが信用度は今一と思っています。なお電圧依存（電位の方が正しい
かと）に関しても同様です。

また、間違ってかどうかはわかりませんがMDR1がNaイオンを透過させる
というのがわかったのはクローニング後５年以上経てです。機能が既知
のABCのうちでも更に多くの機能が追加される可能性は大かと。

>>26お返事ありがとうございます。

私は、構造学的な共通性にも興味があります。
ATP加水分解に伴う、構造変化の仕方には、
実は相当共通部分があるだろうという見方です。
また、エネルギー的に、最も変化の激しい
（つまり、仕事が出来る）ステップも
共通性があるだろうと、考えてます。

ABCトランスポータの原子分解能の構造は1個しか出てないので（今はもっとある？）、
比べようもありませんが、
反応スキームに関しては比べられるかなぁと期待しています。

http://mentai.2ch.net/test/read.cgi/space/1005225730/8

>>27 恐れ入りますが、MDR1がNaイオンを透過させる
ことを示した論文を具体的に、ご紹介願えますか？

>>27 恐れ入りますが、MDR1がNaイオンを透過させる
ことを示した論文を具体的に、ご紹介願えますか？

answer, boke!!

勉強になるスレ。　age

元ファイザーの開発室長、陶工大の石川センセ
ＡＢＣトランスポーターによるドラッグディスカバリーの概念特許による
バイオベンチャー設立

ポリアミン輸送に関わるABCって特定のものか
知ってる人解説きぼ〜ん。ああいった小さいものでも
特異性ってあるのかと思って。

HisPが出てるだろバカ度も