異常型プリオンの抗体って・・・？
1 ：名無しゲノムのクローンさん：
たしか抗体は、塩基配列を認識するもののはず・・・
ということは、2次検査で用いられるウェスタンブロット法での抗体ってどういう仕組みで正常プリオンと異常プリオンを区別しているのでしょう？
ということは、2次検査で用いられるウェスタンブロット法での抗体ってどういう仕組みで正常プリオンと異常プリオンを区別しているのでしょう？
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2 ： ：01/10/18 18:34
>>1
抗体が塩基配列を直接認識ですか。。
抗体が塩基配列を直接認識ですか。。
test
4 ：教えてさん：01/10/18 18:39
＞２
利根川進さんの論文読むと、そういうことになりませんか？
そして生体内での抗体精製の過程と・・・
異物タンパクは、マクロファージなどの抗原提示細胞などによって、細胞内に取り込まれ分解されてしまいますので、立体構造を認識する抗体ではないと思うんですが・・・
利根川進さんの論文読むと、そういうことになりませんか？
そして生体内での抗体精製の過程と・・・
異物タンパクは、マクロファージなどの抗原提示細胞などによって、細胞内に取り込まれ分解されてしまいますので、立体構造を認識する抗体ではないと思うんですが・・・
5 ：２ではないが：01/10/18 18:44
意味不明、変な知識を振り回す前に、
基本からやり直し！
基本からやり直し！
５に同意。セントラルドグマからやり直し。
抗体はタンパク質の特定配列と立体構造を認識する。
タンパク質全長にくっつくわけじゃ無いからね。
蛋白は折り畳まれているから内側に折り畳まれた配列は、
認識されることが無いし、外側なら認識される。
で、それ以前に、タンパク質は何が連なってできてる？
抗体はタンパク質の特定配列と立体構造を認識する。
タンパク質全長にくっつくわけじゃ無いからね。
蛋白は折り畳まれているから内側に折り畳まれた配列は、
認識されることが無いし、外側なら認識される。
で、それ以前に、タンパク質は何が連なってできてる？
7 ：名無しゲノムのクローンさん：01/10/18 19:18
なんだ？なんだ？？
いつの間に、生物板がトンデモ生物板になったんだ？
いつの間に、生物板がトンデモ生物板になったんだ？
8 ：名無しゲノムのクローンさん：01/10/18 19:44
正直ドキュソな１は死んで欲しい
9 ：名無しゲノムのクローンさん：01/10/18 19:47
10 ：1：01/10/18 19:59
＞５．６
利根川さんの論文と、一般的な生体内での抗体作製の過程を勉強された上でもそうなるんですか？
では、こちらの勉強不足ですね。
大変申し訳ありませんが、抗体の作製方法（vitroではなくvivoで）を教えてください。
ちなみにセントラルドグマと抗体作製の関係もわからないんですが・・？
セントラルドグマの方向性は、たしかにタンパクの立体構造を意味しますがね。
利根川さんの論文と、一般的な生体内での抗体作製の過程を勉強された上でもそうなるんですか？
では、こちらの勉強不足ですね。
大変申し訳ありませんが、抗体の作製方法（vitroではなくvivoで）を教えてください。
ちなみにセントラルドグマと抗体作製の関係もわからないんですが・・？
セントラルドグマの方向性は、たしかにタンパクの立体構造を意味しますがね。
11 ：名無しゲノムのクローンさん：01/10/18 20:00
・・・・・
異常プリオンの耐性を逆手にとって、前もってproteinaseで処理して
正常プリオンを壊してから検査に使うのです。
異常プリオンの耐性を逆手にとって、前もってproteinaseで処理して
正常プリオンを壊してから検査に使うのです。
12 ：1：01/10/18 20:02
13 ：1：01/10/18 20:05
＞１１
proteinaseKですか？
これで分解されると、抗体の認識以下のペプチドになるんでしょうか？
たしかにそれだとうまくいきますよね。
ただ、分解度の問題もあるとは思いますが・・・
どうもありがとうございます。
proteinaseKですか？
これで分解されると、抗体の認識以下のペプチドになるんでしょうか？
たしかにそれだとうまくいきますよね。
ただ、分解度の問題もあるとは思いますが・・・
どうもありがとうございます。
14 ：名無しゲノムのクローンさん：01/10/18 20:13
15 ：優しい人：01/10/18 20:13
>１
「塩基」配列は核酸だろ。
蛋白の場合は「アミノ酸」配列。
しかも抗体は一次構造を認識するのではなくて、
立体構造を認識している。
「塩基」配列は核酸だろ。
蛋白の場合は「アミノ酸」配列。
しかも抗体は一次構造を認識するのではなくて、
立体構造を認識している。
16 ：11：01/10/18 20:50
キットでは当然うまく分解するように設定してあると思うけど、
「分解度の問題もある 」ので
14がいうようにELISAだと「疑陽性」がでる可能性も．．．
ウエスタンでやればチョイと分解されれば分離できるから、
確度は上がる。・・・２頭目の騒ぎもこれで納得？？
「分解度の問題もある 」ので
14がいうようにELISAだと「疑陽性」がでる可能性も．．．
ウエスタンでやればチョイと分解されれば分離できるから、
確度は上がる。・・・２頭目の騒ぎもこれで納得？？
17 ：名無しゲノムのクローンさん：01/10/19 02:26
最近この板DQNが多すぎ
18 ：名無しゲノムのクローンさん：01/10/19 02:58
＞１
どこの惑星の利根川だよ？
ひょっとしてネタ？
いや、こんな言い方して悪いけど、利根川進がどうとか言う前にまず高校生物
か何か、勉強すべきことがあると思うよ。まぢで。
どこの惑星の利根川だよ？
ひょっとしてネタ？
いや、こんな言い方して悪いけど、利根川進がどうとか言う前にまず高校生物
か何か、勉強すべきことがあると思うよ。まぢで。
19 ：名無しゲノムのクローンさん：01/10/19 03:04
1はネタです。
20 ：名無しゲノムのクローンさん：01/10/19 03:10
21 ：名無しゲノムのクローンさん：01/10/19 03:17
通りすがった者ですが、>>20どのようにかいてあるのでしょうか。
15はあまりおかしくないようにおもえるので。
15はあまりおかしくないようにおもえるので。
22 ：名無しゲノムのクローンさん：01/10/19 03:32
抗原は細胞内で５−１４程度のペプチドに分解されて細胞表面に提示されます。
抗体に認識される部分はそのうちの5-8アミノ酸程度といわれています。
とすると、認識対象は「一般的には」一次構造であって立体構造ではありません。
どういうわけか、立体構造を認識できる抗体もあるのかもしれませんが、
それは普通じゃないのです。
抗体に認識される部分はそのうちの5-8アミノ酸程度といわれています。
とすると、認識対象は「一般的には」一次構造であって立体構造ではありません。
どういうわけか、立体構造を認識できる抗体もあるのかもしれませんが、
それは普通じゃないのです。
23 ：21：01/10/19 03:44
言われてみれば確かにそう習ったような気が。
ありがとうございます。
ありがとうございます。
24 ：名無しゲノムのクローンさん：01/10/19 06:19
>>20-23
これはネタですか？15はマジ本気だと思いますよ。
15の言ってる事が理解できないのなら、抗体について
もう少し勉強した方がいいですね。抗原が必ずしも蛋白質
もしくはペプチドではない事を考えると（金属アレルギー
とかね）、22が今の議論に当てはまらない事が分かるはず
です。22の文章は正しいが、15の言っている事を否定する
事にはならないですね。
これはネタですか？15はマジ本気だと思いますよ。
15の言ってる事が理解できないのなら、抗体について
もう少し勉強した方がいいですね。抗原が必ずしも蛋白質
もしくはペプチドではない事を考えると（金属アレルギー
とかね）、22が今の議論に当てはまらない事が分かるはず
です。22の文章は正しいが、15の言っている事を否定する
事にはならないですね。
25 ：24：01/10/19 06:21
補足：
>認識対象は「一般的には」一次構造であって立体構造ではありません
という部分は、今の議論では間違ってると思います。
>認識対象は「一般的には」一次構造であって立体構造ではありません
という部分は、今の議論では間違ってると思います。
26 ：名無しゲノムのクローンさん：01/10/19 10:13
うーむ。立体構造を認識・・ってのはかなり違和感があると思いますが?
>>24-25は分かってていってるのか、分からずに言ってるのか、
なんだか良く分からないな。
実際の認識は、実存の物質間の分子間相互作用によるものだから
立体的な構造認識があるのは確かです。
しかし、「立体構造を認識」といってしまうと意味が違う。
そこまで意識した発言とは思えないのですがいかがですか？
>>24-25は分かってていってるのか、分からずに言ってるのか、
なんだか良く分からないな。
実際の認識は、実存の物質間の分子間相互作用によるものだから
立体的な構造認識があるのは確かです。
しかし、「立体構造を認識」といってしまうと意味が違う。
そこまで意識した発言とは思えないのですがいかがですか？
27 ：名無しゲノムのクローンさん：01/10/19 10:18
横レスですが、今の議論においては
＞認識対象は「一般的には」一次構造であって立体構造ではありません
ということの指摘はかなり本質をついていると思います。
すくなくともMHC分子による抗原提示を介してT-cellのセレクション・マ
チュレーションが行われているわけですので、「生体内のほと
んどの抗体は一次配列（あるいはそれをコードするflexibleな
ペプチド）しか認識できない」のです。原理的には。だから
プリオン蛋白質に一次構造上の変異ではなく立体構造上の
変異がその病原性に関わっているとした場合、病原性プリオンだけ
を認識する抗体を取得することは、実験的にはかなり困難です。
ただし、ここにトリックがあります。つづく
＞認識対象は「一般的には」一次構造であって立体構造ではありません
ということの指摘はかなり本質をついていると思います。
すくなくともMHC分子による抗原提示を介してT-cellのセレクション・マ
チュレーションが行われているわけですので、「生体内のほと
んどの抗体は一次配列（あるいはそれをコードするflexibleな
ペプチド）しか認識できない」のです。原理的には。だから
プリオン蛋白質に一次構造上の変異ではなく立体構造上の
変異がその病原性に関わっているとした場合、病原性プリオンだけ
を認識する抗体を取得することは、実験的にはかなり困難です。
ただし、ここにトリックがあります。つづく
28 ：名無しゲノムのクローンさん：01/10/19 10:23
すいません、DQNなうち間違えをしました。MHCではなくて
HLAです ↑
HLAです ↑
29 ：名無しゲノムのクローンさん：01/10/19 10:28
HLA分子上で提示された抗原のペプチドといえども、
TCRに認識される際には必ずなんらかのコンフォメーションを
とって認識されます。そのときに、そのペプチドは、その
ペプチドのもととなった蛋白質の立体構造を部分的にまねした
状態で、TCRに認識される確率がゼロではない、のです。
なので、そういうモノクロ抗体を何種類もとってきて、比較し
てやると、相当な手間の末に「どっちかといえば病原性プリオン
によくくっつく」抗体がとれる、ということです。
そういう説明でいいでしょうか？
TCRに認識される際には必ずなんらかのコンフォメーションを
とって認識されます。そのときに、そのペプチドは、その
ペプチドのもととなった蛋白質の立体構造を部分的にまねした
状態で、TCRに認識される確率がゼロではない、のです。
なので、そういうモノクロ抗体を何種類もとってきて、比較し
てやると、相当な手間の末に「どっちかといえば病原性プリオン
によくくっつく」抗体がとれる、ということです。
そういう説明でいいでしょうか？
30 ：24：01/10/20 05:19
>>26-29
私は免疫学のプロではないので、間違った表現があるかも
しれません。その際はご指摘ください。個人的には、>>15
の発言のほうが議論にあっていると思っていて、>>1-22から、
>>23 となるのは危険じゃないかと思うのです。>>29の補足で
すが、
例えば、認識部位がアミノ酸100-105の抗体２種類を考えます。
これらの抗体を作る時、HLA上に提示された抗原のペプチドが
93-107の領域だった場合と、97-101の領域だった場合の２
通りだったとします。もし、前者の場合ペプチドが
αヘリックス、後者の場合βシート構造だった場合に、
２つの抗体は同じアミノ酸領域の立体構造の違いを認識
することになると言えるのではないでしょうか？このような理屈で
立体構造を認識するモノクローナル抗体を単離する事が出来
るし、実際それを使った狂牛病判定キットもあるようです。
（糞スレ上げるなーって声が飛んできそうですが。)
私は免疫学のプロではないので、間違った表現があるかも
しれません。その際はご指摘ください。個人的には、>>15
の発言のほうが議論にあっていると思っていて、>>1-22から、
>>23 となるのは危険じゃないかと思うのです。>>29の補足で
すが、
例えば、認識部位がアミノ酸100-105の抗体２種類を考えます。
これらの抗体を作る時、HLA上に提示された抗原のペプチドが
93-107の領域だった場合と、97-101の領域だった場合の２
通りだったとします。もし、前者の場合ペプチドが
αヘリックス、後者の場合βシート構造だった場合に、
２つの抗体は同じアミノ酸領域の立体構造の違いを認識
することになると言えるのではないでしょうか？このような理屈で
立体構造を認識するモノクローナル抗体を単離する事が出来
るし、実際それを使った狂牛病判定キットもあるようです。
（糞スレ上げるなーって声が飛んできそうですが。)
31 ：名無しゲノムのクローンさん：01/10/20 08:26
↑「アミノ酸100-105」=>「ある蛋白質のアミノ酸番号100-105」
と読み替えてネ。
（つづき）
仮に抗体が一次構造のみを認識すると仮定して、５アミノ酸からなる
認識部位を持つ抗体を考えてみよう。この５アミノ酸の配列が出てくる
頻度は、20の5乗で3200000残基に一回。蛋白質の平均残基数が1000と
すると、3200種類の蛋白質当たり一回出てくる。一方、人の遺伝子
の総数は約100000。どう考えても５アミノ酸からなる認識部位を持つ
抗体は自己免疫となり、作成されない事になる。
従って、５アミノ酸からなる認識部位を持つ抗体はその前後の構造や、
蛋白質全体のコンフォメーションに左右される特定の立体構造を認識
していると考えるしかない。
と読み替えてネ。
（つづき）
仮に抗体が一次構造のみを認識すると仮定して、５アミノ酸からなる
認識部位を持つ抗体を考えてみよう。この５アミノ酸の配列が出てくる
頻度は、20の5乗で3200000残基に一回。蛋白質の平均残基数が1000と
すると、3200種類の蛋白質当たり一回出てくる。一方、人の遺伝子
の総数は約100000。どう考えても５アミノ酸からなる認識部位を持つ
抗体は自己免疫となり、作成されない事になる。
従って、５アミノ酸からなる認識部位を持つ抗体はその前後の構造や、
蛋白質全体のコンフォメーションに左右される特定の立体構造を認識
していると考えるしかない。
32 ：名無しゲノムのクローンさん：01/10/20 12:02
29>31
さらに補足です。
たしかにペプチドのコンフォメーションは前後の配列によって
かなり変化します。でも基本的にはペプチドはペプチド単独で
そのコンフォメーションが変わるというよりも、その周囲の
かんきょうによって大きく変わると思います。するとここで
モンダイになってくるのは、むしろ抗原を提示するHLA分子の
多様性なんだと思います。いちおうHLAにも多様性があるので、
あるペプチドがへリックスになるか、シートやターンになるか、
という組み合わせの自由が、ここで獲得されるのではないでしょうか？
で、結論としては偶然に蛋白質のコンフォメーションを認識できる
ような抗体がとれることがあって、うまく工夫すればちゃんと高確率で
異常プリオンを認識できる、ということだとおもいます。
いかがですか？
さらに補足です。
たしかにペプチドのコンフォメーションは前後の配列によって
かなり変化します。でも基本的にはペプチドはペプチド単独で
そのコンフォメーションが変わるというよりも、その周囲の
かんきょうによって大きく変わると思います。するとここで
モンダイになってくるのは、むしろ抗原を提示するHLA分子の
多様性なんだと思います。いちおうHLAにも多様性があるので、
あるペプチドがへリックスになるか、シートやターンになるか、
という組み合わせの自由が、ここで獲得されるのではないでしょうか？
で、結論としては偶然に蛋白質のコンフォメーションを認識できる
ような抗体がとれることがあって、うまく工夫すればちゃんと高確率で
異常プリオンを認識できる、ということだとおもいます。
いかがですか？
33 ：名無しゲノムのクローンさん：01/10/26 04:27
Muzukasii? >>32
34 ：名無しゲノムのクローンさん：
貴様ら、いいか、よく聞いとけよ！
抗体自身はタンパクだが、抗体が認識する相手はタンパクだけじゃねーぞ！
馬鹿は口出しするな。
抗体自身はタンパクだが、抗体が認識する相手はタンパクだけじゃねーぞ！
馬鹿は口出しするな。