もうすぐ春がやって来る。 UD18

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355週報@みさき先輩萌@one ◆MisakigHDA
■ UDの終了と移行について
Q:UDって終わったの?
A:UDは2007年4月27日に終了となりました。キャッシュを処理してももう意味がありません。
  成果や終了に関する情報の翻訳は http://ud-team2ch.net/

Q:ってことは分散プロジェクトは終了?Team 2chは解散?
A:現在ではほとんどの方がBOINCでWCGと言うプロジェクトに移行し始めています。Team 2chも存在してます。

Q:BOINCって?WCGって?
A:BOINCは現在参加人数世界最大の分散クライアント。
  特徴としてはUDと違い複数のプロジェクトに参加可能。WCGはその内の医療系プロジェクトです。

Q:WCGってUDと同じようなクライアントで参加出来るんでしょ?なんでBOINCで参加するの?
A:WCGのクライアントはUD社製のため、将来性はあまり明るくありません。(特にVista対応やマルチコア対応など)
 その点BOINCは高性能です。またどんなプロジェクトに参加してもポイントは共通です。
 つまり、UDのようにある日突然無くなってしまう、という可能性が低いです。

Q:どうやってBOINCでWCGに参加するの?
A:画像と日本語で丁寧に説明してるコチラを参照してください
  Team 2ch Wiki
  http://team2ch.info/WorldCommunityGrid/
  世界史板チームサイト
  http://www.geocities.jp/asamayamanobore/BOINC/boinctop.html

356週報@みさき先輩萌@one ◆MisakigHDA :2007/05/13(日) 22:22:27 ID:FG2L9vt90
■ BOINCのFAQ その1
Q:自分も板チームに参加したいんだけど・・・
A:参加するには、 「名前(@チーム名)@LeafKey」 でOKです。 (※ UD時の"@leaf&key"ではありません)

  板内チーム名は以下を推奨しています。

 @Jan DR2ナイト雀鬼      @Fil Filsnown        .@Siz 雫
 @Kiz 痕              @TH ToHeart         @LF LF97
 @WA WHITE ALBUM      .@CP こみパ        @NW ナイトライター
 @MA まじかる☆アンティーク . .@Tas 誰彼          @AB アビスボート 
 @Uta うたわれるもの      @Tza Tenerezza       @Rou Routes
 @Ten 天使のいない12月   .@TH2 ToHeart2      .@TT Tears to Tiara
 @Kus 鎖              .@Ful フルアニ       .@Meg 君が呼ぶ、メギドの丘で

 @Dou 同棲            @MON MOON.       .@ONE ONE
 @Kan Kanon            .@AIR AIR            .@CLA CLANNAD
 @pla planetarian         @LB リトルバスターズ

 @WY With You
357週報@みさき先輩萌@one ◆MisakigHDA :2007/05/13(日) 22:22:34 ID:FG2L9vt90
■ BOINCのFAQ その2
Q:CPUの使用率が100%にならず不安定なんですが
A:シンプルビュー画面でPreferencesをクリック→Use no more than〜を100%に→SAVEをクリック!

Q:CPUの使用率を100%から下げたら不安定になるんですが・・
A:BOINCでCPU使用率を90%以下に設定すると、使用率が数%〜数十%まで大きく変動して
不安定になるので、BOINC側は100%に設定して、
Battle Encoder Shirase ttp://mion.faireal.net/BES/
を使って使用率を絞ったほうが安定するよ

Q:宿題が完了してるのに送信してくれない?報告待機ってなんだヽ(`Д´)ノ
A:宿題の送信は完了したらすぐに行ってます。送信していないように見える「報告待機」の状態は
完了した宿題に関する成績の情報を送信するのを待っている状態。自動的に報告されるので放置でOKです。

Q:いつまでたっても自分のポイントがWCGのサイトで表示されないのですが・・・
A:サイトが更新されるまで最低24時間かかります。宿題の検証でさらに時間がかかることがあります。マターリ待ちましょう

Q:メモリ使いすぎ!
A:WCGならWCGのHPのマイグリッド→デバイスマネージャー→装置プロファイルの
次のスペース以内を使用: % (全メモリーに対する比率) をいじって調節してください
但し減らしすぎるとBOINCがこのPCじゃ宿題できねーな、と判断して宿題が来なくなるよ。
あとはメモリをあまり使わないプロジェクトのみ参加するとか。

Q:英語読めないんだけど・・
A:BOINCは最初のインストールが英語なだけでセットアップや日常での表示は日本語です
以下のページで日本語と画像で解説されてます
http://team2ch.info/WorldCommunityGrid/
http://www.geocities.jp/asamayamanobore/BOINC/dounyuu/boincdounyuu2.html

358週報@みさき先輩萌@one ◆MisakigHDA :2007/05/13(日) 22:22:45 ID:FG2L9vt90
■ BOINCのFAQ その3
Q:Win98では日本語表示されないんだけど
A:ttp://boinc.baldanders.info/
> Windows 98 または Me 上で BOINC Manager をお使いのかたでうまく日本語が表示されない場合は,
> BOINC Manager.mo の代わりに BOINC Manager.win98.mo を使ってみてください
> (locale\ja フォルダにコピーする場合は BOINC Manager.mo に名前を変更してください)。
> 症状が改善する場合があります。
また
もともとlocale\ja フォルダにあったBOINC Manager.moを削除して
BOINC Manager.win98.moを突っ込んでBOINC Manager.moに名前を変えたら
きちんと表示された事例があります

Q:MacやLinuxでは参加できないんでしょ?
A:BOINCやWCGはMacやLinuxでも参戦できます

Q:BAMって何?
A:BAM!はそもそも、BOINCクライアントの管理や参加プロジェクト管理を楽にするための支援サイト。
 BOINCプロジェクトに参加するのに必須ではないです。

359週報@みさき先輩萌@one ◆MisakigHDA :2007/05/13(日) 22:22:54 ID:FG2L9vt90
■ 分散コンピューティングプロジェクト一覧
                ┏━━Help Cure Muscular Dystrophy(筋ジストロフィー治療支援)
                ┃  ┏FightAIDS@Home(HIVの新薬開発)
  WCG Agent━━┻━╋Human Proteome(たんぱく質構造の予測)
                    ┣休止中:Help Defeat Cancer(がん組織の分析)
       .┏WCG━━━┻Genome Comparison(ゲノム比較)
  BOINC╋Rosetta@home(たんぱく質構造の予測)
       .┣SIMAP(たんぱく質の類似性データベースの構築)
       .┣TANPAKU(たんぱく質構造の予測)
       .┣proteins@home(たんぱく質構造の予測)
       .┣RALPH@home(Rosetta@home次期バージョンのαテスト)等など
       .┗非医療系━┳QMC@home(モンテカルロ法を用いて量子化学方程式を解く)
                ┗SETI@Home(地球外の知的生命を検出)
  Folding@Home━Folding@Home(たんぱく質構造の予測・アルツハイマー解析)
  cellcomputingβirth━CHRONOS(ヒトゲノム染色体間法則性解明)など

  各プロジェクトについてはこちら ( 移行先まとめ http://lists.team2ch.info/ )
360週報@みさき先輩萌@one ◆MisakigHDA :2007/05/13(日) 22:23:03 ID:FG2L9vt90
■ 各プロジェクト参加の目安
各プロジェクトごとに推奨マシンスペックが違います。PCや解析ソフトの起動時間が短いと
不利なプロジェクトもあるので、参加する際は以下の表を参考にしてください。
CPU性能・メモリ使用量・解析時間が多く必要とされるプロジェクトほど上に、
UDと同じ感覚でできるものや短い時間で終わるプロジェクトは下に配置しています。
 高性能...| ・Climateprediction.net project
 PC向け | ・BBC Climate Change Experiment
.       | ・FightAIDS@Home(WCG)
.       | ・Human Proteome Folding - Phase 2(WCG)
.       | 
.       | ・SETI@home
.       | ・Rosetta@home
 低性能...| ・Genome Comparison Overview(WCG)
 PC向け | ・TANPAKU 
361週報@みさき先輩萌@one ◆MisakigHDA :2007/05/13(日) 22:23:20 ID:FG2L9vt90
■ WCG提出結果について
WCG結果状況 https://secure.worldcommunitygrid.org/ms/viewBoincResults.do
宿題の提出状況を確認できる。導入したら確認してちゃんと提出できてるか確認。
妥当性検査処理中は他の人が同じ宿題を提出し、規定数揃うまで続くので数日かかる。
規定数は結果状況ページの宿題名をクリックで出るページのMinimum Quorum。

進行中→妥当性 (宿題を提出したが他の人が同じ宿題を出すまで答え合わせ待ち)
      検査処理中.┬→有効 (宿題の結果が正常。この場合のみ成績になる)
             ├→エラー (クライアント側でエラーが発生。または宿題を捨てた)
             ├→遅すぎる (提出期限に間に合わなかった)
             ├→無応答 (提出したが答え合わせが期限に間に合わなかった)
             ├→不確定┬→有効 (答え合わせの結果が違ってたので確認中
             │     ...│     確認できたら有効。駄目なら無効)
             ├→無効←┘ (宿題の結果が他の人と違ってた)
             └→その他 (何れにも当てはまらない状態)
詳しくはWikiを参照 http://team2ch.info/WorldCommunityGrid/MyGrid/#t4392865

■ WCGメンテ時間について
毎日 09:06 から1時間程度.    統計更新 (チーム統計の更新も含む)
毎日 10:00 から30分程度     BOINCの宿題採点停止
毎日 21:06 から35〜45分程度  統計更新 (全体と個人統計だけ)
毎日 22:00 から30分程度     BOINCの宿題採点停止
日曜 17:00 から1時間程度.    UDとWebサイトのデータベースのバックアップ
日曜 18:00 から3時間程度.    BOINCのメンテナンス

362週報@みさき先輩萌@one ◆MisakigHDA :2007/05/13(日) 22:23:54 ID:FG2L9vt90
■ cell computing βirth
現在、CHRONOSに加えて、スギ花粉飛散経路探索プロジェクト(SPRING)を実施中。
今回のプロジェクトによって得られた結果を解析することにより、より詳細にシミュレーション上での
花粉の挙動が明らかになり、観測データと比較・検討することにより、より高精細な飛散予報を
行うことが可能になると期待しています。
インターネットに繋がるパソコンがあれば、誰でも簡単に参加できます。
もし、興味を持たれましたら、参加方法やプロジェクトの詳細等、下のサイトをご覧下さい。
http://www.cellcomputing.net/simple/index.php

■ Climateprediction.net
Climateprediction.netとはインターネットに繋がっているコンピュータで、
長期的気候予測技術の改善・地球温暖化気温変動調査を行う科学実験です。
無料のプログラムをダウンロードして、データを分析することであなたも参加できます。
WindowsでもMacでもOS/2でもPC-UNIX等でも参加できます。
climateprediction.netとは何か、もう少し詳しく知りたい場合は
ここ↓をみてみるとか。
本家
http://climateprediction.net/

■ Folding@Home
http://folding.stanford.edu/
 目標:タンパク質の折り畳み、凝集およびそれらに関連する病気について理解すること

 タンパク質がどのように自力で組みあがっていくか(折り畳み)をシミュレートし解明するプロジェクトです。
 アルツハイマー病、嚢胞性線維症、BSE(狂牛病)、遺伝型肺気腫などの病気や多くのガンさえもが
 タンパク質が正常に折り畳まれなかった結果だと考えられています。

参加はいたって簡単。
http://folding.stanford.edu/download.html から各OS用のクライアントソフトをダウンロードして下さい。
 Windows 98/ME/NT/2000/XP , Linux(x86) , Mac OS X(PPC) に対応しています。(FreeBSD/OpenBSDもOK!)

363週報@みさき先輩萌@one ◆MisakigHDA :2007/05/13(日) 22:24:08 ID:FG2L9vt90
■ WCGの板別集計@404氏
http://wcg-team2ch.no-ip.info/index.html

■ WCGとTANPAKUのTeam 2chチーム内ランキング
cell computing 統計情報(左側メニューの下の方にあります)
http://www5.tok2.com/home/cellrank/

364週報@みさき先輩萌@one ◆MisakigHDA :2007/05/13(日) 22:24:25 ID:FG2L9vt90
■UDの成果に関する情報(原文)

 Grid.org http://www.grid.org/projects/cancer/index.htm
 オックスフォード http://www.chem.ox.ac.uk/curecancer.html
 米国がん研究国立基金NFCR http://www.nfcr.org/Default.aspx?tabid=404

 ※解析結果の著作権、特許権はオックスフォード大学が所有し、特許で得られるロイヤリティは
   研究資金としてNFCR*2を通じてオックスフォード大学に還元され、
   解析結果が製薬会社の利益のために利用されることはありません。
   ソース:http://www.chem.ox.ac.uk/cancer/ipstatement.html
365週報@みさき先輩萌@one ◆MisakigHDA :2007/05/13(日) 22:24:34 ID:FG2L9vt90
●Grid.org http://www.grid.org/projects/cancer/index.htmの翻訳

このプロジェクトに参加したすべてのメンバーに感謝を!

癌研究プロジェクトは、科学と、コンピューターと、専門ソフトと、癌と戦うことに
参加した組織と個々人との結びつきを通して、新しい抗癌を発見するという
研究に発展しました。

この研究は癌治療の可能性のあるタンパク質を特定することを中心にしてきました。
「ヴァーチャル・スクリーニング」と呼ばれる特別な分析ソフトは、そのようなタンパク質
と相互作用のある分子*1を明らかにし、
治療薬に発展する公算の大きい分子の候補を見つけました。

癌研究プロジェクトの参加者はインターネットを通して配位子(ligand)の構造を受け取り、
LigandFit(Accelrys作)と呼ばれるソフトを使って分子を分析しました。LigandFitは
タンパク質の結合場所と結び付きを試みることで分子のデータを分析しました。
配位子がタンパク質の結合に成功すると、その結果は得点され、最も高い得点を得た
結びつきが記録され、更なる査定のために提出されました。

Grid.orgは癌研究や健康に関する研究に、比類ない貢献をしてきました。
ばくだいな量の新しい手がかりが見つかり、そしてそれらの手がかりは
活発に研究され、新しい化合物がテストされています。我々が病気の治療の
研究に発展できるようになった、Grid.orgのボランティアたちの働きに率直な感謝を。

ドクター・グラハム・リチャード
オックスフォード大学
366週報@みさき先輩萌@one ◆MisakigHDA :2007/05/13(日) 22:24:53 ID:FG2L9vt90
●オックスフォード http://www.chem.ox.ac.uk/curecancer.htmlの翻訳

4月27日金曜日、スクリーンセイバープロジェクトはついに終わりを迎えようとしています。
癌研究のための国家基金(NFCR)によるこのプロジェクトは6年間に渡って続き、
インテル、マイクロソフト、IBMによって何度も資金援助を受けましたが、主には
United Devices Inc of Austin Texasの協力によるものでした。

200以上の国の、3500万台以上の個人のコンピューターの参加する、巨大な成功に
なりました。これ以上の参加者を持つ計画はSETI(地球外生命体探索)計画だけですが、
しかしこの研究のような多量のデータ通信は誰も経験したことのないものです。

このプロジェクトは合成への道として知られる、小さな薬品のような分子の莫大な
データベースを築きました。これらの合成物が、水晶構造体や生物学的に重大な、
タンパク質の阻害物質を作る可能性があるかどうかを、仮想的にスクリーンしました。

主な対象は、癌と相互に作用するための仕組みを与えていると思われる、
タンパク質の阻害物質でしたが、炭素菌と天然痘を目的としたサイドプロジェクトもありました。

何が得られたのでしょうか?まず方法論的に見て、個人のコンピューターを使った
ヴァーチャル・スクリーニングの方法が可能であることを示しました。この方法は
幾つかの企業によって採用されました。

367週報@みさき先輩萌@one ◆MisakigHDA :2007/05/13(日) 22:24:58 ID:FG2L9vt90
実際「当たった」分子の点で言えば、我々が統合し、スクリーンしてきたものは生物製剤の
活動に顕れています。あるケースでは実験上有効だとされる合成物が、業界標準より
高い10%に達しました。我々はまだ、結合やテストに進む前の、NFCRとの協力で
得られた、多くの結果を持っています。我々が今すぐに新しいターゲットに取り掛かることが
出来なくても、この点についての研究は進められるでしょう。

我々は45万年分もに当たる、コンピューターでの時間を与えてくれた何百万もの
ボランティアの皆さんに感謝します。皆さんなしにはこのプロジェクトは不可能だったでしょう。
皆さんの助けによって、開発へと進むことを望む、新しい手がかりを見つけることができました。

全ての人に、心からの感謝を込めて。
368週報@みさき先輩萌@one ◆MisakigHDA :2007/05/13(日) 22:25:08 ID:FG2L9vt90
●米国がん研究国立基金NFCR http://www.nfcr.org/Default.aspx?tabid=404の翻訳

「あなたのコンピューターで癌を治そう計画」は素晴らしい成功を収め、
NFCRはこの試みに惜しみなく時間と資源を提供してくれた全ての人に
感謝したいと思います。我々のプロジェクトの第一フェーズは終わり、
今新たなフェーズへと移りつつあります。このフェーズによってNFCRは、
デジタルデータを受け取り、新しい抗癌剤の候補となる、選別された分子に対して
科学的結合や生物学的テストを始めることが可能になります。これは
このプロジェクトにとって重大なマイルストーンです。

これまで我々は、抗癌性のある化合物の、何千もの手がかりを特定し、
そして実際多くが薬を開発するレベルの初期に達しています。
これはあなたがた一人一人なしには不可能でした。そしてNFCRは
あなたの協力に永遠に感謝しています。

過去数ヶ月、利用可能なデータがNFCRに送られ、我々の科学プロジェクトの
リーダーたちによって分析されました。非常に膨大なデータが新たな薬の
候補となる可能性を秘めており、同時に更なるデータ解析に向けた
大いなる試みも提示しています。

NFCRはオックスフォード大学とInhibOx
(データベース、ソフトウェア、方法論開発、コンピューターによる薬剤開発に
特化した、オックスフォード大学から派生した会社)との連携によって、
12個の癌のターゲットのうち2つ…CDK2とFGFに関係するデータを分析する
更なる計画を提供しています。この連携による目的は、InhibOxの技術的な
援助により、更なる試験のために数百の分子の下位集合を明らかにすることです。