パーティションを切る意味を教えてください。

HDD IDのこととフォーマットととは関係ない。
HDD IDのかかれている領域とデータ領域は明確に異なる。

一般的に起動すると、HDD ID領域にアクセスし、HDDの情報を得る。
ヘッド数シリンダー数etc、そして次にブート領域を読み込む。
ゆえにHDD ID領域の破壊があると、そのHDDは認識されずそれ以降の読み込みは放棄される。