PCI Express x2

そもそも「AGPにUSBが出てる」というのは、AGPスロットのピンの中にUSB用の配線がそのまま出てると言うことなんだよな。
実際のMBに実装されてるかどうかは別としてな。PCI-Expressでも出ているかどうかは未確認。NEWCARDは出てる。
このUSBのコントローラはPCI接続だろうとPCI-Express接続だろうとチップセットの内部バス接続だろうと、なんでもよい。

もしPCI-ExpressスロットにもUSBが出ていて、なおかつそれが配線されていたとしたら、
星の数ほどあるだろうUSB用各種デバイスを現時点ではほとんど使い道のないPCI-Express x1に挿す、等の
活用方法が考えられるが、そうはなっていないようだから、考えるだけ無駄だろう。

PCI-Expressシステムでバスナンバがどういう風に振られるかは興味があるな。
nForce3なんかだと、0が内部バス、1がAGP、2がPCIスロットという風に割り振られる。