iPhone 質問スレ Part95

前スレでガラス割れたという書き込みをしたんですが、その後新品に22800円払って変えてきました。
iPhoneの復元についてなんですが、最初に同期させてみたらバックアップから復元しますかと聞かれました。
そして新しいiPhoneのOSが3.1.2だったので3.1.3にするか聞かれました。（バックアップは3.1.3）
そして復元が終わってみると、
メールなどは復元されているようですが純正アプリしかインストールされていませんでした。
購入したアプリの設定やファイルなどはどうやって復元させるのでしょうか？
今、復元後の最初の同期をしている最中なんですが
このやり方だと新規にアプリがインストールされた状態になってしまいますよね？