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フリージャーナリストの有田芳生が赤報隊事件について、『朝日ジャーナル』が
当時まだタブー視されていた統一教会（統一協会）批判に乗り出したことや、
殺害された小尻記者が統一教会（統一協会）の霊感商法を取材していたことに
対するへの報復の可能性を指摘した。また、教団関連企業の「統一産業」が韓国
から大量狩猟用散弾銃を輸入したことがあり、信者の多くが全国各地で鉄砲店を
経営していることを取り上げた。
日本では神の摂理の一環として「銃砲店の摂理」と銘打って、全国各地で信者に
よる銃砲店を経営し、街頭でも販売活動をしていた（批判を受け、街頭活動は止めた）。
批判者からは、教団は武装化しているのではとの疑念を生んだ。それらの中で、
千葉のモデルガンショップの店長らが、モデルガンを実弾が撃てる短銃に改造して
売りさばいたとして1992年に逮捕された。
教団の救いに関する教えの核心はメシアによる「血統転換」である。「血統転換」とは
人類始祖の堕落により、サタンの血統を受け継いだ人類がメシアに
よって神の血統に接ぎ木されることを言う。
教団の草創期に起きた「梨花女子大事件」騒動の際に、
文鮮明は女性信者に「血統転換」の儀式であるとして、自身と性交
（俗に「血分け」（ピガルム）と呼ばれた）させているという疑惑が高まった。