「大いなる遺産」が眠ると言われる禁断の地に向かったバレルやその友人が
ユーナという謎の女性の妨害によって遭難してしまったために、
彼らを助けに行ったロックが禁断の地の中心で封印を解いて見つけたものは、
セラと言う少女とその部下の青年だった。
自らを古代人と偽った彼らは、大いなる遺産を目覚めさせるために、と言って
ロックに4本の「封印の鍵」を集めさせる。
各地の遺跡をクリアし、空賊の横取り作戦も蹴散らしたロックは4つの鍵を集めたが、
セラはそれを奪って軌道上に浮かぶ宇宙ステーション「ヘブン」へと行ってしまう。
その際に青年と相討ちになったロックはユーナに治療され、その時に
「ロックマン・トリッガー」であった時代の記憶を再生される。
老いも病の苦しみもないヘブンに残った世界で最後の人間である「マスター」は、
自分自身よりオリジナルの人間に近いほどのデコイを作り地球に住まわせていた。
デコイの生命の輝きはヘブンより魅力的であると考えだしたマスターは、
システムを破壊してくれ!と仲良くしていたトリッガーに遺言する。
最後の人間であるマスターが死ぬとシステムは「人類再生プログラム」を開始し、
デコイを全粛正してから本来の人類を遺伝子記録から再生する作業に入るからだ。
トリッガーはマスターの願い通りシステムを破壊しようとしたが、
システムを守りプログラムを実行する役目であるヘブンのマザー、セラと
相討ちになって大破し、おサルのデータに記憶を預けてリセットをかけた。
そのリセットされたトリッガーを偶然バレルが見つけ、ロックとして育てたというわけ。
ちなみにユーナはプログラムのキー「封印の鍵」を管理する役目である
地上のマザーだが、デコイに好意的だった。
ユーナの助力を得てヘブンに到達したロック。
セラはマスターの真意を知り、プログラムの実行を躊躇していた。
ラスボスであるセラを倒すと、感情に溢れマスターに好まれるお前やユーナが
うらやましかったなどと言い残して消滅しようとするが、
「システムが止まったせいで、システムによって封印されていた「古き神々」が
動き出しちゃったわよ。マザーとして放っておけないでしょ?
それにあんたがいなくなると、私、寂しいじゃない!」
と言うユーナの言葉に思いとどまる。