機動戦死ガンダム「ジオニックフロント」ぱーと３

１周目をクリアしたんですけど、２周目ってミッションが変わるわけじゃないんですか？
ガンダムとかも後で使えるんですよね？
基本的な質問ですみませんが、前スレを読んでもなんとなくしかわからなかったので
詳しい方教えて下さい。