★エディットモード無し(MD=裏技で可能、有ると無いとではソフトの価値が全く違う)
★カクバクダン無し(エイジス=国際問題に発展するのをを恐れて不可、AD大戦略の顔だった兵器)
★通信対戦不可能 (MDは一応可能、これは無くても困らない)
★兵器カタログ通常版無し(セガダイでのみ別途料金1800円位で同梱可、MDは最初から同梱)
★不必要なポリゴン兵器(戦闘時にカメラワークが殆ど無い固定画面では無意味、しかも変なモデリング)
★戦闘画面改悪、謎の六角地形(MD=ロード皆無、エイジス=戦闘前ロード4秒、戦闘後ロード6秒、計10秒)
★性能表画面改悪(MDは性能表表示ロードなし、エイジス=兵器表示に1秒読み込みあり)
★進化・改良・他画面改悪 (エイジス=「ウィーン」とアホな音を立て改良兵器などが上から降りてくる)
★一週目では64部隊以上の兵器のストック不可(ラストマップに到達すれば500部隊ストック可能で召還も可)