・最初は仮設5号機対第3使徒 マリは365歩のマーチ歌いながら戦う
・使徒撃退するも5号機は蒸発、加持は直前ヘリで逃亡
・加持がゲンドウに渡したのはアダムではなく「ネブカドネザルの鍵」
・母親の墓参りに来たゲンドウとシンジ、ミサトの車で帰宅途中に使徒(時計型と呼ぶしかない)登場
・アスカが登場、単独で使徒撃破。レイの事を「えこひいき」シンジの事を「七光り」と呼ぶ
・シンジ、アスカ、レイ、トウジ、ケンスケ、加持で海洋生態系保存研究機構に行く
ここは赤くなった海を生命のある青い海に戻そうとする研究機関。 赤い海では生物は生きられないらしい
・今回アスカが加持に憧れるとかそういう描写が無かった、というかこいつら多分一度も会話してない
・ゲンドウと冬月が月にあるEVA6号機を見学に、渚カヲル(ズボン履いてるけど上半身裸)登場
・使徒(サハクィエル)登場。最初は球体状で全身をATフィールドで覆っている
落下直前に形態がTV版っぽくなる。EVA3体の連携で撃破。撃破後ゲンドウがシンジを「よくやった」と褒める
・4号機消滅。アメリカから3号機が届く
・バチカン条約(エヴァの各国保有数は3機まで)の制限の為2号機が封印される
・学校の屋上で寝てたシンジの前にパラシュートで降下してきたマリ登場
・マリ「キミ良いにおいするね。LCLの臭いがするよ。じゃあねネルフの子犬ちゃん」
・3号機起動実験。パイロットはアスカ。トウジは学校には来ないけど実は妹の退院の為。
・3号機使徒に、シンジは戦うことを拒否するがダミーシステム(今回ダミープラグとは呼ばない)発動