最初の初号機搭乗→暴走→シンクロ率400％→サルベージで女性化するが、
ギャグ作品のようにゲンドウなどからの扱いががらりと変わるわけでもなく、
そのまま本編のように進行する話。
女性化したことは大した機密ではないが大っぴらにしたいことでもないので
シンジは普通に男子制服で登校。あまり外見からは気付かれない。
トウジにも殴られる。
ケンスケとのテントでの会話で女性化したことは告げられ、
それを聞いたトウジはあいつ、そんな大変な目にもあっとったのに…とさらに反省。
アスカもユニゾン特訓で同居を始めるまではシンジの女性化を知らず、
特訓中に女になってると気付いてからシンジに説明を求める。
結構知られてるので、時田からも
「パイロットを性転換してしまうような突飛な兵器でですか？」
などと皮肉られる。
ゼーレからは別にどうでもいいこととしてあまり関心を持たれない。
戦自はマナとムサシのどっちを派遣するか悩むが、
元は男なんだからと結局マナを派遣する。
その頃には既にクラス中に女性化してることは広まっているので
シンジに近づくマナはレズっ気ありという疑いの目で見られる。