新入社員ですが、上司を論破するのは簡単ですね。

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その結果、彼女が「君と協力して仕事をしよう」と言う方向に
なったのなら、それは正解。
結果的に彼女が君に対して敵対心をもち、「君とは仕事はしたくない」と
思ったのなら、それは君の大失敗。

自分を取り巻く人間関係のマネジメントは、プロセスはどうであれ、
最終的に自分の力となり協力者となり、相談相手や手足となって
結果的に君の職務完遂や業績アップを導き出すための物だから。
コレはマネジメントの基本です。
彼女とケンカしていても出来る仕事なら、彼女が「心から君のために協力」
してくれたら「＋α」が必ずあるはずです。議論は、あくまでもプロセス。
プロに要求されるのは結果です。