Friedrich III. gilt nach wie vor als die „liberale Hoffnung“ Preußens und des Deutschen Kaiserreiches nach 1871, die durch seine späte Thronbesteigung und seinen frühen Tod zunichte gemacht worden sei. . Es ist jedoch unklar, wie liberal die Politik dieses zwischen preußischer Militärtradition und liberalen Ansichten schwankenden Monarchen tatsächlich gewesen wäre. Wegen schlechten Gesundheitszustandes des Kaisers und sich daraus ergebender Rücksichtnahmen fanden Personalveränderungen kaum statt, der preußische Innenminister Robert Viktor von Puttkamer wurde jedoch auf Veranlassung Friedrichs III. entlassen.
In seiner langen Kronprinzenzeit glichen Friedrich Wilhelm und seine Frau Victoria die politische Machtlosigkeit durch die Förderung von Wissenschaft, Kunst und Kultur aus. Unter anderem war er als Vorgesetzter Wilhelm von Bodes mit dem Aufbau der Museen auf der Berliner Museumsinsel betraut. Zu Ehren des verstorbenen Kaisers wurde daher das heutige Bodemuseum nach der Eröffnung 1904 Kaiser-Friedrich-Museum benannt.